Anda di halaman 1dari 12

PERCOBAAN FREDERICK GRIFFITH

STRUKTUR DNA DAN RNA


RESUME
Disusun untuk memenuhi tugas matakuliah Genetika Lanjut yang dibina oleh
Prof. Dr. Aloysius Duran Corebima, M.Pd

Oleh:
Kelompok 2/Kelas D
1. Maratus Sholihah
2. Fatia Rosyida

(140341807359)
(140341807181)

UNIVERSITAS NEGERI MALANG


PASCASARJANA
PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI
JANUARI 2015

A. Percobaan Frederick Griffith


Frederick Griffith menemukan fenomena tentang transformasi dengan
menggunakan

Streptococcus

pneumoniae.

Transformasi

adalah

model

rekombinasi (pertukaran atau transfer genetik antar organisme atau dari satu
organisme ke organisme lain) yang terjadi di beberapa, tapi tidak semua, jenis
bakteri. Streptococcus pneumoniae merupakan organisme hidup dengan variasi
genetik yang dapat dikenali dengan adanya fenotip yang berbeda. Ada dua fenotip
pada percobaan transformasi Griffith ini, yaitu:
1. Memiliki atau tidak memiliki kapsula polisakarida yang menyelubungi sel
bakteri
2. Tipe kapsul berdasarkan komposisi molekuler spesifik dari polisakarida
yang ada dalam kapsul.
Bakteri yang diselaputi kapsula membentuk permukaan halus sehingga
disebut dengan koloni atau galur S (tipe S). Bakteri tipe S ini bersifat virulen yang
mengakibatkan penyakit pneumonia pada mamalia seperti tikus dan manusia.
Kapsula ini mengakibatkan sifat virulen karena bakteri dengan kapsula sulit untuk
dihancurkan oleh sistem pertahan tubuh inang. Bakteri virulen dapat mengalami
mutasi menjadi bakteri avirulen karena tidak memiliki kapsula. Bakteri yang tidak
diselaputi dengan kapsula mempunyai permukaan sel yang kasar sehingga disebut
dengan koloni atau galur R (tipe R). Ada beberapa tipe kapsul yang menyelaputi
sel bakteri berdasarkan tipe antigennya, yaitu tipe I, II, III, dan seterusnya.
Perbedaan tipe kapsula dapat diidentifikasi secara imunologi. Misalnya jika sel
tipe II diinjeksikan ke dalam darah kelinci, maka sistem imun kelinci akan
memproduksi antibodi yang spesifik dengan sel tipe II.
Percobaan Griffith menggunakan galur IIIS yang merupakan virulen
hidup, galur IIR yang merupakan avirulen hidup, dan galur IIIS yang telah
dimatikan dengan pemanasan. Percobaan Griffith terdiri dari 4 kelompok, yaitu:
1. Menginjeksikan galur IIIS hidup ke dalam tubuh tikus Tikus mengalami
kematian.
2. Menginjeksikan galur IIIS yang telah dimatikan ke dalam tubuh tikus
Tikus tidak mengalami kematian.
3. Menginjeksikan galur IIR hidup kedalam tubuh tikus Tikus tidak
mengalami kematian.

4. Menginjeksikan galur IIR hidup dan IIIS yang telah dimatikan ke dalam
tubuh tikus Tikus mengalami kematian.
Galur IIR dan galur IIIS yang telah mati diinjeksikan ke dalam tubuh tikus
mengakibatkan kematian beberapa tikus. Setelah dilakukan analisis pada darah
tikus yang mati tersebut didapatkan bakteri yang ditemukan adalah bakteri yang
identik dengan galur IIIS yang telah dimatikan dalam pemanasan.

Gambar 1. Percobaan Griffith Menggunakan Streptococcus pneumoniae

Patogen dari S. pneumoniae diperoleh atau diakibatkan karena kapsul


polisakarida dari galur tipe IIIS. Hasil ini sangat penting karena sel tipe R yang
tidak berkapsula dapat mengalami mutasi menjadi sel tipe S yang berkapsula.
Akan tetapi ketika mutasi yang terjadi pada sel tipe IIR, maka sel yang dihasilkan
adalah tipe IIS bukan IIIS. Dengan demikian transformasi dari sel avirulen tipe
IIR menjadi sel tipe IIIS tidak dapat dikatakan sebagai peritiwa mutasi, melainkan
karena beberapa komponen virulen dari sel tipe IIIS mengubah sel tipe IIR
menjadi sel tipe IIIS.
Berdasarkan percobaan dan penjelasan tersebut dapat dikatakan bahwa
bakteri galur IIIS yang telah dimatikan memiliki peran dalam mengkonversi
bakteri avirulen IIR menajdai IIIS. Peristiwa konversi tersebut disebut dengan
transformasi, dimana terdapat beberapa bahan komponen kapsula polisakarida
atau beberapa senyawa yang dibutuhkan untuk sintesis kapsula yang menjadi
bahan utama untuk terjadinya transformasi meskipun kapsula itu sendiri tidak

dapat menyebabkan pneumonia. Bahan atau komponen kapsula polisakarida yang


ditransformasi ke sel IIR menimbulkan reaksi enzimatis yang berakhir dengan
sintesis kapsula polisakarida tipe IIIS sehingga menjadi bersifat virulen.
Mekanisme transformasi S. pneumoniae sama dengan transformasi pada
B. subtilis. S. pneumoniae dan B. subtilis akan mengambil DNA dari sumber
manapun. Bakteri yang mampu mengambil DNA dari luar disebut bakteri
kompeten dan protein yang memediasi proses transformasi disebut protein
"competence" (Com). Bakteri mengembangkan kemampuannya selama fase akhir
pertumbuhan mereka saat siklus densitas sel tinggi tetapi sebelum pembelahan sel
berhenti. Proses dimana sel-sel menjadi kompeten dapat dipahami dengan baik
pada B. subtilis, dimana peptida kecil yang disebut "competence pheromones"
disekresikan oleh sel-sel dan terakumulasi pada densitas sel yang tinggi.
Konsentrasi tinggi dari feromon menginduksi ekspresi gen yang mengkode
protein yang diperlukan untuk berlangsungnya transformasi.
Protein ComEA dan ComG mengikat DNA untai ganda pada permukaan
sel kompeten. DNA yang terikat ditarik ke dalam sel melalui ComFA DNA
translocase (enzim yang bergerak atau "translocates" DNA), salah satu untai DNA
terdegradasi oleh deoksiribonuklease (enzim yang mendegradasi DNA), dan untai
lainnya dilindungi dari degradasi oleh lapisan protein DNA-binding untai tunggal
dan Protein RecA (protein yang diperlukan untuk rekombinasi). Dengan bantuan
RecA dan protein lain yang memediasi rekombinasi, untai tunggal dari
transformasi DNA menyatu dengan kromosom sel penerima menjadi DNA
heterodupleks, berpasangan dengan untai komplementer DNA dan mengganti
untaian yang sama. Untai penerima diganti kemudian terdegradasi.
Jika donor dan sel-sel penerima membawa alel yang berbeda dari gen,
rekombinan yang dihasilkan akan memiliki satu alel helix ganda dalam satu untai
dan alel lainnya di untai kedua. Sebuah DNA helix ganda jenis ini disebut
heterodupleks; dan akan menjadi dua homoduplexes ketika bereplikasi. Molekulmolekul DNA diambil oleh sel-sel yang kompeten selama transformasi biasanya
hanya 0,2 sampai 0,5 persen dari kromosom yang lengkap. Oleh karena itu,
kecuali dua gen yang cukup dekat bersama-sama, mereka tidak akan pernah hadir
pada molekul yang sama pada transformasi DNA. Transforman ganda untuk dua

gen (katakanlah, a ke a+, dan b ke b+, menggunakan donor dari a+ b+ dan penerima
ab) akan membutuhkan dua peristiwa transformasi bebas (pengambilan dan
integrasi dari satu molekul DNA membawa a+ dan molekul lain membawa b +).
Probabilitas dua peristiwa independen tersebut terjadi bersama-sama dan akan
setara dengan produk probabilitas yang terjadi sendiri. Jika, sebaliknya, dua gen
yang dekat terkait erat, mereka dapat dilakukan pada satu molekul dari
transformasi DNA, dan transforman ganda dapat dibentuk pada frekuensi tinggi.
Frekuensi yang mana memiliki dua penanda genetik yang cotransformed
sehingga dapat digunakan untuk memperkirakan seberapa jauh bagian mereka
berada dari kromosom inang.
Bakteri kompeten dapat mengikat DNA
eksogen dan mengangkutnya kedalam sel.

DNA eksogen terikat pada komplek


reseptor melalui protein kompeten ComEA
dan ComG. DNA ditarik melalui chanel
penyusun dari protein ComEC pada
membran menggunakan ComFA DNA
Translocase, satu untai DNA terdegradasi
oleh deoxyribonuclease. Untai DNA yang
bertahan distabilkan oleh untai tunggal
DNA binding protein dan protein RecA

Untai tunggal dari DNA donor disatukan


kedalam kromosom sel resipien yang
memproduksi DNA heterodupleks dengan
alel beda dalam dua untai.
Gambar 2. Proses Transformasi pada B. subtilis

B. Struktur DNA dan RNA


Asam nukleat, komponen utama dari nuklein Miescher itu, adalah
makromolekul terdiri dari subunit disebut nukleotida. Setiap nukleotida tersusun
atas (1) fosfat, (2) gula berkarbon lima/pentosa, (3) basa nitrogen. Pada DNA,
gulanya berupa 2-deoxyribose (deoxyribose nucleic acid) sedangkan RNA,
gulanya adalah ribosa (ribose nucleic acid). Empat basa yang berbeda umumnya
ditemukan dalam DNA: adenin (A), guanine (G), timin (T), dan sitosin (C). RNA
juga biasanya mengandung adenin, guanin, sitosin dan namun memiliki basis
yang berbeda, urasil (U), di tempat timin. Adenin dan guanin merupakan basa

yang bercincin ganda yang dinamakan purin sedangkan timin, urasil, dan sitosin
basa dengan cincin tunggal yang dinamakan pirimidin. DNA dan RNA
mengandung empat subunit yang berbeda, atau nukleotida: dua nukleotida purin
dan dua nukleotida pirimidin (Gambar 3).

Gambar 3 Struktur Kimia Gula, Purin dan Pirimidin

Dalam polynukleotida seperti


DNA dan RNA, subunit ini tergabung
dalam rantai panjang (Gambar 4).
RNA biasanya ada sebagai polimer
untai tunggal yang terdiri dari urutan
panjang nukleotida. DNA biasanya
molekul untai ganda yang terdiri dari
dua untai polimer urutan panjang
nukleutida.

Gambar 4. Struktur Polinukleotida

1. Struktur DNA Double Helix


Menurut James Watson dan Francis Crick menyimpulkan struktur DNA
double-helix. Model double helix pada struktur DNA didasarkan atas beberapa
bukti yakni:
a. Ketika Erwin Chargaff dan rekan menganalisis komposisi DNA dari berbagai
organisme yang berbeda, mereka menemukan bahwa konsentrasi timin selalu
sama dengan konsentrasi adenin dan konsentrasi sitosin selalu sama dengan
konsentrasi guanin (Tabel 1). Data mereka juga menunjukkan bahwa
konsentrasi total pirimidin (timin ditambah sitosin) selalu sama dengan
konsentrasi total purin (adenin ditambah guanin).

Tabel 1. Kosentrasi basa nitrogen pada DNA

b. Ketika

sinar

difokuskan

melalui

molekul murni, sinar yang dibelokkan oleh


atom dari molekul dalam pola tertentu,
yang

disebut

pola

difraksi,

yang

memberikan informasi tentang organisasi


komponen molekul. Pola difraksi sinar-X
ini dapat direkam pada film X-ray-sensitif
seperti pola cahaya dapat direkam dengan
kamera dan film yang sensitif terhadap
cahaya. Watson dan Crick menggunakan

Gambar 5. Hasil Difraksi X-ray

DNA
X-ray data difraksi pada struktur DNA
(Gambar 5) yang disediakan oleh Maurice Wilkins, Rosalind Franklin dan

rekan kerja mereka. Data ini menunjukkan bahwa DNA adalah sangat teratur,
dua untai struktur dengan mengulangi substruktur spasi setiap 0,34 nanometer
(1 nm = 109 meteran)
Berdasarkan data kimia Chargaff, Wilkins dan data difraksi sinar-X
Franklin, disimpulkan bahwa model DNA Watson dan Crick mengusulkan bahwa
DNA ada sebagai double helix yang mana dua rantai polinukleotida menggulung
satu sama lain dengan bentuk spiral(Gambar 6). Masing-masing dari dua rantai
polinukleotida dalam double helix terdiri dari urutan nukleotida dihubungkan oleh
ikatan fosfodiester, bergabung gugus deoksiribosa yang berdekatan. Dua
polynukleotida di dalam konfigurasi heliks dihubungkan dengan ikatan hidrogen.
Antara basa yang saling berlawanan. Hasilnya pasangan basa yang saling

bertumpuk antara dua rantai saling tegak lurus terhadap sumbu molekul sehingga
berbentuk tangga spiral.

Gambar 7. Struktur basa nitrogen DNA Double


Helix

Gambar 6. Struktur DNA Double Helix


Gambar 6. Struktur Double Helix
DNA

Pasangan basa spesifik yaitu adenin selalu dipasangkan dengan timin , dan
guanin selalu dipasangkan dengan sitosin. Dengan demikian , semua pasangan
basa terdiri dari satu purin dan pirimidin satu. Ciri spesifik pasangan basa dari
ikatan hidrogen berada dalam konfigurasi normal (Gambar 7). Dalam
konfigurasinya, adenin dan timin membentuk dua ikatan hidrogen sedangkan
guanin dan sitosin membentuk tiga ikatan hidrogen. Ikatan hidrogen tidak akan
terbentuk ketika adenin berpasangan dengan sitosin atau timin berpasangan
dengan guanin.
Pasangan basa dalam DNA ditumpuk sekitar 0,34 nm terpisah, dengan 10
pasangan basa setiap putaran (360o) dari double helix . Tulang punggung
merupakan gula-fosfat dari dua untai komplementer yang antiparalel. Ikatan
fosfodiester pada untai satu dimulai dari atom karbon 3 pada satu nukleotida dan
atom karbon 5 pada nukleotida dibawahnya, sedangkan pada komplemennnya
dimulai dari atom karbon ke 5 ke atom karbon ke 3. Polaritas yang berlawanan
antara untai DNA dan komplemennya ini memegang peranan penting dalam
replikasi, transkripsi, dan rekombinasi.
Stabilitas DNA double helix terbentuk karena adanya ikatan hydrogen
antara basa, meskipun sifatnya lemah (lebih lemah daripada ikatan kovalen) dan
sebagai ikatan hidrofobik antara pasangan basa yang berdekatan. Sisi planar dari
pasangan basa relatif nonpolar sehingga cenderung menjadi hidrofobik (tidak larut
air). Karena tidak larut dalam air, sisi hidrofobik ini memberi kontribusi cukup
besar untuk stabilitas DNA yang berada pada protoplasma sel-sel hidup. Gambar 8
menunjukkan bahwa dua alur (groove) DNA tidak identik, alur utama lebih luas
(major groove) dari alur yang lain (minor groove) pada struktur DNA double
helix.

10
Gambar 8. Dua alur (groove) DNA tidak
identik

2. Bentuk Alternatif dari Double


Helix
Struktur

double

helix

yang

dikemukakan oleh Watson-Crick hanya


mendeskripsikan

B-DNA.

B-DNA

merupakan konformasi DNA dalam


kondisi fisiologis (dalam larutan dengan
konsentrasi garam rendah). Struktur
DNA berubah sesuai fungsinya dalam

lingkungan.

Konformasi yang tepat dari molekul

DNA

tertentu atau segmen molekul DNA akan


tergantung pada sifat molekul yang
berinteraksi dengan DNA tersebut.
B-DNA

intraseluler

memiliki

rata-rata 10,4 pasang nukleotida tiap


putaran,

bukan

10

seperti

pada

penjelasan sebelumnya. Dalam konsentrasi garam tinggi atau dalam keadaan


dehidrasi, DNA yang ada adalah A-DNA, yang merupakan heliks putar kanan
seperti B-DNA, tetapi dengan 11 pasang nukleotida tiap putaran. A-DNA lebih
pendek daripada B-DNA, dengan diameter ketebalan double helix 2,3 nm.
UrutanDNAtertentu dalam bentukdouble-heliks putar kiri disebut Z-DNA
(Z adalah struktur tulang punggung DNA yang berbentuk zig zag). Z-DNA
ditemukan dengan analisis difraksi sinar X dari kristal yang dibentuk oleh
oligomer DNA yang terdiri dari pasangan G-C dan C-G. Z-DNA terjadi pada
double helix yang memiliki banyak G-C dan terdiri dari residu purin dan primidin.
Selain struktur unik heliks putar kiri, Z-DNA berbeda dengan konformasi A
DNAdan B DNA karena memiliki 12 pasang basa tiap putaran, diameternya 1,8
nm dan memiliki alur (groove) tunggal, tetapi fungsinya pada sel hidup masih
belum jelas. Perbandingan antara B-DNA, A-DNA, dan Z-DNA dapat dilihat pada
tabel berikut.
Tabel 2. Perbedaan anatar Bentuk Alternatif DNA

11

C. Pertanyaan
1. Bagaimana transformasi pada S. pneumonia tipe IIR sehingga dapat
bersifat seperti S. pneumonia tipe IIIS dan menyebabkan pneumonia
pada tikus?
Jawaban: DNA yang membawa kode genetik untuk kapsul IIIS
bertransformasi ke dalam S. pneumonia tipe IIR, sehingga S. pneumonia
tipe IIR mengandung gen yang mengkode kapsul IIIS dan dapat
mensintesis kapsul IIIS dan dapat bersifat virulen serta menyebabkan
tikus menderita pneumonia dan mengalami kematian.
2. Mengapa pasangan basa pada DNA selalu spesifik basa A selalu
dengan basa T, sedangkan basa G selalu dengan basa S?
jawaban: karena pada konfigurasinya, adenin dan timin membentuk
akan dua ikatan hidrogen sedangkan guanin dan sitosin akan membentuk
tiga ikatan hidrogen. Seingga Ikatan hidrogen tidak akan terjadi ketika
adenin berpasangan dengan sitosin atau timin berpasangan dengan guanin.
Karena antara basa A dan basa S tidak punya site untuk berikatan
begitupun basa S dengan T.
3. Jelaskan apa yang menyebabkan adanya perbedaan bentuk DNA?
Jawaban: perbedaan bentuk DNA karena bentuk DNA itu menyesuaikan
dengan fungsi DNA dalam lingkungan. Contonya DNA B adalah DNA
yang terdapat pada lingkungan dengan kadar garam rendah, sedangkan
DNA A tidak terdapat pada kondisi lingkungan yang kadar garamnya
tinggi.
D. Daftar Pustaka
Gardner, E. J. 1991. Principle of Genetics. Newyork: John Willey & Sons, inc.
Snustad and Simmons. 2012. Principles of Genetics, Sixth Edition. United States:
John Wiley and Sons, Inc.

12