BAB II

TINJAUAN PUSKATA
2.1 Protein

Protein ialah polimer yang terdiri dari asam amino. Protein memainkan peran

penting dalam hampir semua proses biologis. Enzim, yaitu katalis reaksi biokimia,

hampir semuanya protein. Protein juga membantu berbagai fungsi yang lain, seperti

pengangkutan, penyimpanan, zat vital, gerak terkordinasi, penyangga mekanis, dan

perlindungan terhadap penyakit. Tubuh manusia diperkirakan mengandung 100.000

jenis protein masing-masing mempunyai fungsi biologis sendiri-sendiri.

Sebagaimana akan kita lihat di bagian ini, komposisi kimia dan struktur polimer

aklam yang rumit ini merupakan dasar dari kekhasannya (Chang, 2005).

Protein adalah makromolekul yang paling berlimpah di dalam sel hidup dan

merupakan 50 persen atau lebih dari berat kering sel. Protein ditemukan di dalam

semua sel dan semua bagian sel, protein juga amat bervariasi, ratusan jenis yang

berbeda dapat ditemukan dalam satu sel. Protein mempunyai berbagai peranan

biologis karena protein merupakan instrumen molekuler yang mengekspresikan

informasi genetik. Struktur ribuan protein yang berbeda-beda adalah gugus pada

molekul unit pembangun protein yang relatif sederhana. Semua protein baik yang

berasal dari bakteri yang paling tua atau berasal dari bentuk kehidupan tertinggi,

dibangun dari rangkaian dasar yang sama dari 20 asam amino yang berikatan kovalen

dalam urutan yang khas, karena masing-masing asam amino mempunyai rantai

samping yang khusus yang memberikan sifat kimia masing-masing individu (Nelson

dan Cox, 2008).

 Protein adalah polimer asam amino yang memiliki empat tingkatan struktur

yakni struktur primer, struktur sekunder, struktur tersier dan struktur kuarterner.

Struktur primer asam amino merupakan struktur yang terbentuk dari beberapa urutan

asam amino melalui ikatan peptida. Ikatan peptida yang mengandung gugus karbonil

dan amin memiliki geometri segitiga datar. Jadi semua atom pada ikatan peptida

berada pada bidang datar yang sama. Besar sudut antara ikatan C=O dan N-H pada

ikatan peptida yaitu sekitar 120o (Smith, 2012).

Gambar 2.1 Struktur primer protein (Smith, 2012).

Struktur tiga dimensi yang menstabilkan struktur protein terdiri dari -helix

dan -sheet.-helix terbentuk ketika rantai asam amino membentuk rantai spiral

searah jarum jam. Gugus karbonil pada asam amino pertama akan membentuk ikatan

hidrogen dengan gugus amino pada residu asam amino keempat dalam rantai

polipeptida. Sedangkan gugus R berorientasi diluar rantai spiral asam amino. -sheet

terbentuk ketika rantai asam amino yang berbetuk lembaran tersusun rapi dalam satu

bidang datar. Ikatan hidrogen yang terbentuk berasal dari gugus karbonil dan gugus

amino yang salaing berdekatan. Sedangkan gugus R berorientasi pada bagian atas

dan bawah lembaran tersebut (Smith, 2012).

Dalam meneliti sifat-sifat fisik dan fungsional suatu protein secara rinci,

diperlukan protein yang sangat murni. Sel mengandung ribuan protein yang

berlainan, masing-masing dengan jumlah yang sangat bervariasi. Oleh karena itu
isolasi suatu protein spesifik dalam jumlah yang memadai untuk dianalisis adalah

suatu tantangan besar yang mungkin memerlukan beberapa teknik pemurnian secara

berturutan. Berbagai pendekatan klasik memanfaatkan perbedaan kelarutan relatif

masing-masing protein sebagai fungsi pH (pengendapan isoelektrik), polaritas

(pengendapan dengan etanol atau aseton), atau konsentrasi garam (penggaraman

dengan amonium sulfat) (Murray, dkk., 2006).

2.2 Asam Amino

Asam amino merupakan komponen utama penyusun protein dan dibagi dalam

dua kelompok yaitu asam amino esensial dan non-esensial. Asam amino esensial

tidak dapat diproduksi dalam tubuh sehingga sering harus ditambahkan dalam bentuk

makanan, sedangkan asam amino non-esensial dapat diproduksi dalam tubuh. Asam

amino umumnya berbentuk serbuk dan mudah larut dalam air, namun tidak larut

dalam pelarut organik nonpolar (Sitompul, 2004).

Asam amino mempunyai sebuah asam karboksilat dan gugus amino dalam

sebuah molekul. Akibatnya, suatu asam amino akan mengalami reaksi asam-basa

dalam molekulnyauntuk membentuk suatu ion dipolar, yaitu suatu ion yang

mempunyai muatan positif dan negatif. Ion diolar disebut juga zwiter ion.

Pembentukan ion dipolar (Fessenden dan Fessenden, 1995):

 Gambar 2.2. Pembentukan ion dipolar (Fessenden dan Fessenden, 1995).

Suatu ion dipolar mempunyai sebuah muatan positif dan sebuah

muatan negative sehingga muatan listriknya netral. Walaupun

netral, ion dipolar masih merupakan senyawa ion. Sifat-sifat ini

tidak ada bila ion diplar tidak mempunyai muatan ion (Fessenden

dan Fessenden, 1995).

Asam amino yang

diperoleh dari hidrolisis protein ialah asam amino . Artinya gugus

amino berada pada atom karbon , yaitu disebelah gugus karboksil. Kecuali glisina,

dengan R=H, asam amino memiliki pusat stereogenik pada karbon . Dengan

demikian, semua asam amino kecuali glisina bersifat aktif optis. Asam amino itu

mempunyai konfigurasi L relatif terhadap gliseraldehida (Hart, dkk., 2003).

Gambar 2.3 Konfigurasi L relatif asam amino (Hart, dkk., 2003).

Asam amino yang terdapat dalam protein adalah asam -aminokarboksilat.

Variasi dari struktur monomer-monomer ini terjadi dalam rantai samping.

Semua asam amino lain memiliki rantai samping dan karena itu karbon -nya

bersifat kiral. Asam amino yang berasal dari protein termasuk dalam deret-L artinya

gugus-gugus disekeliling karbon mempunyai konfigurasi yang sama seperti dalam

L-gliseraldehida. (fakta yang menarik adalah bahwa asam -aminorasemik ditemui

dalam meteorit berkarbon tertentu) (Fessenden dan Fessenden, 1995).

Dua molekul asam amino dapat dihubungkan melalui eliminasi molekul air

diantara keduanya. Asam amino yang dihasilkan membentuk peptida. Ikatan antara

kedua unit asam amino ini disebut ikatan peptida (Petrucci, dkk., 2007).

Gambar 2.4 Pembentukan ikatan peptida (Petrucci, dkk., 2007).

Suatu tripeptida mempunyai tiga residu asam amino dan dua

tautan peptida. Sejumlah besar unit asam amino dapat bergabung

membentuk polipeptida (Petrucci, dkk., 2007) .

2.3 Reaksi Identifikasi

2.3.1 Reaksi Ninhidrin
 Ninhidrin adalah reagen yang berfungsi sebagai suatu oksidator yang sangat

kuat yang dapat menyebabkan terjadinya dekarboksilasi oksidatif asam -amino

untuk menghasilkan suatu aldehid dengan atom karbon kurang asam amino

induknya. Senyawa ini merupakan hidrat dari triketon siklik, dan bila bereaksi

dengan asam amino menghasilkan zat berwarna ungu (Hidayatullah, 2012).

Ninhidrin bereaksi dengan sianida pada larutan netral membentuk

hidrindantin tidak berwarna. Hidrindantin akan stabil pada warna merah dalam media

natrium karbonat. Hidrindantin yang berwarna merah terbentuk pada kisaran pH 8-

12. Ketika natrium hidroksida ditambahkan pada larutan yang berwarna merah, maka

larutan berubah warna menjadi biru pekat dalam media natrium hidroksida.

Hidrindantin berubah warna menjadi biru pada pH diatas 12. Waktu pembentukan

dan kestabilan hidrindantin serta konsentrasi ninhidrin sangat berpengaruh terhadap

kesempurnaan reaksi pembentukan hidrindantin (Zulfah dkk., 2015).

Asam amino yang memiliki gugus amino bebas dapat bereaksi dengan

ninhidrin membentuk produk berwarna. Protein yang mengandung gugus amino

bebas dapat bereaksi dengan nihidrin membentuk larutan berwarna biru keunguan.

Sedangkan asam amino yang memiliki gugus amino sekunder juga bisa bereaksi

dengan pereaksi ninhidrin. Seperti pada asam amino prolin yang bereaksi dengan

ninhidrin menghasilkan larutan berwarna kuning. Larutan berwana biru keunguan

dan kuning merupakan hasil positif dari identifikasi gugus amino bebas pada asam

amino dan protein (Milio dan Loffredo, 1995).

2.3.2 Reaksi Gugus Rantai Samping (Gugus R)

 Tes nitroprusida merupakan uji spesifik untuk asam amino sistein, karena

dalam asam amino ini mengandung gugus sulfuhidril (-SH). Gugus tersebut bereaksi

dengan nitroprusida dalam larutan alkali menghasilkan kompleks berwarna merah

(Milio dan Loffredo, 1995).

Gugus R hidrofobik alanin, valin, leusin, dan isoleusin serta gugus R

aromatik fenilalanin, tirosin, dan triptofan biasanya terdapat dibagian interior protein

sitosol. Gugus R bermuatan pada asam amino basa dan asam menstabilkan

konformasi protein spesifik melalui interaksi ionik, atau ikatan garam. Ikatan-ikatan

ini juga berfungsi dalam sistem penghantaran muatan sewaktu katalisis enzimatik

dan perpindahan elektron dalam mitokondria yang melakukan respirasi. Gugus

alkohol primer pada serin dan gugus tioalkohol primer pada sistein adalah nukleofil

yang sangat baik dan dapat berfungsi sedemikian sewaktu katalisis enzimatik

berlangsung. Namun, gugus alkohol sekunder pada treonin, meskipun merupakan

nukleofil yang baik, tidak melakukan peran serupa dalam katalisis. Gugus OH pada

serin, tirosin, dan treonin juga ikut serta dalam regulasi aktivitas enzim yang aktivitas

katalitiknya bergantung pada keadaan fosforilasi residu-residu ini

(Murray dkk., 2006).

2.3.3 Reaksi Biuret

Salah satu cara menguji adanya protein dalam makanan adalah dengan cara

uji biuret. Uji ini dapat digunakan untuk menguji senyawa-senyawa yang memiliki

ikatan peptide. Itulah sebabnya uji biuret dapat digunakan untuk mengetahui ada

tidaknya protein di dalam makanan. Penambahan asam nitrat pekat akan

menimbulkan proses nitrasi pada cincin benzena sehingga terbentuk endapan putih.

Perubahan warna putih menjadi kuning menandakan adanya protein (Rahayu, 2010).
 Tes biuret digunakan untuk mengidentifikasi protein. Uji positif ditandai

dengan larutan berwarna biru kehitaman. Ikatan peptida pada protein dapat bereaksi

dengan dengan reagen biuret dalam larutan tembaga(II) sehingga menghasilkan

larutan berwarna biru kehitaman (Milio dan Loffredo, 1995).

Reagen biuret mengandung CuSO4. Biuret dibentuk dengan pemanasan urea

dan mempunyai struktur mirip dengan struktur peptida dan protein. Prinsip pereaksi

biuret adalah reaksi antara tembaga sulfat dalam alkali dengan senyawa yang berisi

dua atau lebih ikatan peptida seperti protein yang memberikan warna ungu biru yang

khas. Fungsi reagen biuret adalah untuk membentuk kompleks sehingga yang

dikandung dapat diidentifikasi. Reaksi biuret ini bersifat spesifik, artinya hanya

senyawa yang mengandung ikatan peptida saja yang akan bereaksi dengan pereaksi

biuret (Machin, 2012).

2.3.4 Reaksi Hopkins-Cole

Tes Hopkins-Cole merupakan uji spesifik untuk asam amino triptofan, karena

asam amino mengandung gugus indol. Cincin indol dapat bereaksi dengan asam

glioksilik dalam suasana asam sehingga menghasilkan produk cincin dengan larutan

berwarna ungu. Reagen Hopkins-Cole merupakan reagen yang hanya bereaksi

dengan asam amino triptofan (Milio dan Loffredo, 1995).

Larutan protein yang mengandung triptofan dapat direaksikan dengan

pereaksi Hopkins-Cole yang mengandung asam glioksilat. Pereaksi ini dibuat dari

asam oksalat dengan serbuk magnesium dalam air. Setelah dicampur terjadi endapan

putih yang dapat berubah menjadi kuning apabila dipanaskan. Reaksi yang terjadi

ialah nitrasi pada inti benzena yang terdapat pada molekul protein. Jadi reaksi ini
positif untuk protein yang mengandung tirosin, fenialalanin dan triptofan

(Poedjiadi, 1994).

2.3.5 Reaksi Millon

Uji Millon adalah uji spesifik untuk asam amino tirosin, karena pada asam

amino ini mengandung gugus fenol. Pada uji Millon, gugus fenol dalam tirosin akan

mengalami reaksi nitrasi dengan asam nitrat dalam suasana asam. Asam amino

tirosin yang direaksikan dengan reagen Millon akan menghasilkan endapan putih,

dan akan berubah warna menjadi endapan merah ketika terjadi pemanasan

(Milio dan Loffredo, 1995).

Aktivitas komplek dari asam amino esensial lisin dan metionin dengan suatu

logam berat dalam oksidasi sikloheksana dengan tersier-butil hidroperoksida dalam

toluena pada suhu 800C. Semua kompleks disiapkan melalui interaksi ion logam dan

lisin serta meteonin pada suhu kamar dalam larutan air. Hanya kompleks dari Mo dan

W diperoleh dari larutan asam. Kompleks Mo dan W menunjukkan aktivitas terbaik

dalam reaksi epoksida sikloheksena apabila dibandingkan dengan kompleks lain

seperti Ni, Mn, Zn, Co, Cu, Cr, Fe, dan W (Vasillev, dkk., 2013).