ACARA I

PENGENALAN ALAT, MEDIUM DAN BUFFER

I. Tujuan
Mahasiswa mampu menyebutkan alat, bahan dan medium untuk praktikum
biologi molekuler dengan benar.
II. Tinjauan Pustaka

2.1 Alat
Pengenalan alat merupakan langkah pertama melakukan praktikum. Alat
alat laboratorium mempunyai cara dan prinsip kerja yang berbeda. Selain itu kita
juga dapat meminimalisir risiko kesalahan kerja pada saat melakukan praktikum
molekuler. Setiap pengguna harus mengikuti hal hal tersebut agar dalam
menggunakan alat alat laboratorium tidak terjadi kerusakan alat ataupun hal
hal yang berbahaya. Tabel alat yang biasa digunakan dalam penelitian molekuler:
No Alat Fungsi
1 Freezer Menyimpan reagen
2 Autoclave Sterilisasi
3 Laminar air flow Melindungi sampel dari
kontaminan luar
4 Incubator Inkubasi sampel
5 Nano drop2000 Mengukur konsentrasi DNA
6 Centrifuge Mengendapkan sel
7 Elektroforesis Melihat pita DNA
8 UV transluminator melihat hasil elektroforesis
DNA
9 Timbangan Menimbang bahan kimia
10 Mikropipet 0.1L-10L (tip putih) Mengambil larutan
11 Mikropipet 2L-50L (tip kuning) Mengambil larutan
12 Mikropipet 10L-100L (tip kuning) Mengambil larutan
13 Mikropipet 100L-1000L (tip biru) Mengambil larutan
14 Vortex Meratakan suspensi
15 Pengukur PH Mengukur PH
16 Gel ice Menyeimbangkan suhu dalam
box untuk pemindahan sampel
17 Mortar dan pestel Menghancurkan sampel
2.2 Bahan dan Medium Ekstraksi DNA
Ada berbagai macam bahan kimia yang digunakan di laboratorium mulai
dari larutan yang tidak menimbulkan risiko hingga bahan yang sangat berbahaya.
Bahan kimia tersebut bergantung pada sifat dan karakteristiknya. Setiap bahan
kimia memiliki tingkat bahaya yang berbeda beda. Praktikan harus berhati hati
dan memperhatikan seluruh petunjuk yang dianjurkan. Pelarut yang digunakan
dalam praktikum molekuler harus memiliki standar molekuler yaitu dH2O
(aquadest), ddH2O (aqua bidest), dan dddH2O (miliQ) yang sudah melalui
beberapa tingkat penyaringan dan memiliki pH netral yaitu 7.
2.2.1 TAE Buffer
Pembuatan Etylleneamide tetraacetid/EDTA (0,5 M ;pH 8 ) sebanyak 1000 mL
a. Timbang Na2EDta sebanyak 146, 1 gram
b. Masukkan kedalam gelas beker, tambhakan dH2O sebanyak 500 mL
c. Campurkan menggunakan magnetic stirrer
d. Tetapkan pH tambahkan NaOH sedikit demi sedikit hingga pH 8
e. Masukkan ke dalam gelas ukur 1 liter
f. Tambahkan dH2O hinggs mencapai 1000 mL
g. Masukkan botol duran 1000 mL
h. Strerilisasi autoclave
i. Setelah dingin, masukkan ke dalam beberapa botol untuk menghidari
kontaminasi
j. Simpan dalam keadaan tertutup rapat di suhu kamar
2.2.2 Saponin
Saponin 0,5 % dibuat dengan melakukan pengenceran bertingkat hingga 10 -3 dari
konsentrasi stok saponin 500% dengan pelarut phospat buffer saline (PBS)
III. Metodologi
Metode yang digunakan dalam praktikum pengenalan alat molekuler adalah
dengan peragaan dan penjelasan yang dipaparkan oleh asistesten terkait fungsi,
prinsip serta cara kerja alat alat molekuler. Setiap praktikan mencatat dan
memperhatikan peralatan serta cara kerja dan fungsinya masing masing dan
bertanya jika ada yang kurang jelas . Setiap alat memiliki fungsi dan prinsip kerja
yang berbeda yaitu sebagai berikut :
a. Mesin PCR
Prinsip kerja : membentuk cetakan DNA secara berulang kali dengan
menggunakan prosedur dan waktu tertentu. PCR menggunakan teknik
amplifikasi ( perbanyakan ) secara spesifik pada suatu segmen DNA secara
in vintro dengan menggunakan DNA polymerase, cetakan, DNA genom
dan primer oligonukleotida yang akan menempel pada segmen yang akan
diamplifikasi. Proses PCR ada tiga tahapan yaitu denaturasi, anneling dan
ekstansi
b. Centrifuge
Prinsip kerja : didasarkan pada pemisahan molekuler dari sel atau organel
subseluler. Centrifuge dapat dibedakan berdasarkan ukuran, kapasitas dan
kecepatan.
Fungsi : untuk memutar sampel dengan kecepatan tinggi yang berukuran
molekuler sehingga molekul DNA yang berukuran lebih besar akan
mengendap dibawah
c. Mikropipet
Prinsip kerja : mikropipet terdiri dari ukuran 20, 100, 1000. Gunakan tip
yang baru untuk setiap sampel yang berbeda untuk menghindari
kontaminasi.
Fungsi : untuk mengambil cairan yang ukurannya sangat kecil (dalam
ukuran mikro) dalam hal ini mengambil sampel DNA
d. Autoclave
Berfungsi mensterilkan alat alat bersekala menggunakan uap air panas.
Dimana uap air panas akan merusak protein mikroba sehingga mengalami
koogulasi, pada saat itu protein akan mengendap dan menyebabkan
kematian pada mikroba. Saat penggunaan autoclave penutup harus benar
benar rapat agar uap air yang bertekanan tinggi masuk kedalam atau
beruduksi ke alat.
Cara kerja :
 1. Sebelum melakukan sterilisasi cek dahulu banyaknya air dalam
autoclave. Jika air kurang dari batas yang ditentukan, maka dapat
ditambah air sampai batas tersebut. Gunakan air hasil destilasi, untuk
menghindari terbentuknya kerak dan karat.
2. Masukkan peralatan dan bahan. Jika mensterilisasi botol bertutup ulir,
maka tutup harus dikendorkan.
3. Tutup autoclave dengan rapat lalu kencangkan baut pengaman agar
tidak ada uap yang keluar dari bibir autoclave. Klep pengaman jangan
dikencangkan terlebih dahulu.
4. Nyalakan autoclave, diatur timer dengan waktu minimal 15 menit
pada suhu 121oC.
5. Tunggu sampai air mendidih sehingga uapnya memenuhi
kompartemen autoclave dan terdesak keluar dari klep pengaman.
Kemudian klep pengaman ditutup (dikencangkan) dan tunggu sampai
selesai. Penghitungan waktu 15 dimulai sejak tekanan mencapai 2
atm.
6. Jika alarm tanda selesai berbunyi, maka tunggu tekanan dalam
kompartemen turun hingga sama dengan tekanan udara di
lingkungan (jarum pada preisure gauge menunjuk ke angka nol).
Kemudian klep-klep pengaman dibuka dan keluarkan isi autoclave
dengan hati-hati.
e. Laminar air flow
Mempunyai pola pengaturan dan penyaring liran udara sehingga menjadi
steril dan aplikasi sinar UV beberapa jam sebelum digunakan. Alat ini
meniupkan udara steril secara continue melewati tempat kerja sehingga
tempat kerja bebas dari debu dan spora spora yang mungkin jatuh
kedalam media, waktu pelaksanaan.
f. Incubator
Alat untuk menginkubasi atau memeram mikroba pada suhu yang
terkontrol. Alat ini dilengkapi dengan pengatur suhu dan pengatur waktu.
Kisaran suhu untuk incubator adalah 10 70 C
 Cara kerja :
1. Hubungkan kabel power ke stop kontak.
2. Putar tombol power ke arah kiri (lampu power hijau menyala).
3. Atur suhu dalam incubator dengan menekan tombol set.
4. Sambil menekan tombol set, putarlah tombol di sebeklah kanan atas
tombol set hingga mnencapai suhu yang di inginkan.
5. Setelah suhu yang diinginkan selesai diatur, lepaskan tombol set.
6. Inkubator akan menyesuaikan setingan suhu secara otomatis setelah
beberapa menit.
g. Ph meter
Ph meter adalah alat digital yang digunakan untuk mengukur ph. Prinsip
dasarnya adalah satan ukur yang menguraikan derajat keasaman atau kadar
alkali dari suatu larutan
h. Tip
Cara kerja :
1. Masukkan Tip bersih ke dalam Nozzle / ujung mikropipet.
2. Tekan Thumb Knob sampai hambatan pertama / first stop, jangan ditekan
lebih ke dalam lagi.
3. Masukkan tip ke dalam cairan sedalam 3-4 mm.
4. Tahan pipet dalam posisi vertikal kemudian lepaskan tekanan dari Thumb
Knob maka cairan akan masuk ke tip.
5. Pindahkan ujung tip ke tempat penampung yang diinginkan.
6. Tekan Thumb Knob sampai hambatan kedua / second stop atau tekan
semaksimal mungkin maka semua cairan akan keluar dari ujung tip. Jika
ingin melepas tip putar Thumb Knob searah jarum jam dan ditekan maka
tip akan terdorong keluar dengan sendirinya, atau menggunakan alat
tambahan yang berfungsi mendorong tip keluar.
i. Vortex
Cara kerja :
1. Tabung reaksi diletakkan pada lubang tempat tabung.
 2. Menekan tombol power hingga tempat meletakkan tabung bergerak.
Dengan adanya tegangan yang diberikan, maka tabung reaksi yang berisi
larutan akan tercampur rata.

IV. Hasil Pengamatan

No Gambar Penjelasan
1. Nano drop
2000

2. Vortex

3. ph meter
4. frezeer

5. microwave

6. tip

7. alkohol
8 Mikropipet
2L-50L

9. Mikropipet
P10

10. parafilm

11 Mikropipet P
1000
12 Uv
transluminator

13. centrifuge

14. elektroforesis
 15 Laminar air
flow

16 Gel ice

17. Mortar dan

pestel

V. Pembahasan
Praktikum pengenalan alat ini sangat penting untuk mengenal alat alat
yang digunakan dalam bidang molekuler diantaranya untuk isolasi DNA, PCR
dan elektroforesis. Alat alat tersebut adalah thermocycler (PCR ), elektroforesis,
mikropipet, centrifuge, transluminator UV. Alat lat ini merupakan alat utama
yang digunakan dalam bidang molekuler. Setiap alat memiliki fungsi dan prinsip
kerja yang berbeda.
 Berdasarkan pada penjelasan prinsip kerja dan fungsi alat biologi
molekuler diatas Teknik Elektroforesis mempergunakan medium yang terbuat
dari gel. Perpindahan partikel pada medium gel tersebut dipengaruhi oleh faktor-
faktor seperti ukuran partikel, komposisi dan konsentrasi gel, densitas muatan,
kuat medan listrik dan sebagainya. Semakin kecil partikel tesebut, maka
pergerakan atau migrasinya akan semakin cepat, karena matriks gel mengandung
jaringan kompleks berupa pori-pori sehingga partikel-partikel tersebut dapat
bergerak melalui matriks tersebut (John, 2011).
Asam nukleat laju migrasinya berbanding terbalik dengan ukuran
molekulnya. Molekul DNA bermuatan negatif sehingga di dalam medan listrik
akan bermigrasi melalui matriks gel menuju kutub positif. Semakin besar ukuran
molekulnya, semakin rendah laju migrasinya. Semakin tinggi konsentrasi media
semakin lambat kecepatan DNA, sedangkan jika arus dinaikan maka semakin
cepat pergerakan DNA (Martin, 1996). Spektrofotometri sinar UV digunakan
untuk mengukur tingkat kemurnian DNA hasil isolasi. Penentuan panjang
gelombang maksimum perlu dilakukan untuk mengetahui dimana terjadi absorpsi
maksimum dan untuk meningkatkan proses absorpsi larutan terhadap sinar
(David, 2009).
Panjang gelombang yang digunakan untuk mengetahui kandungan
DNA/RNA menggunakan spektrofotometri UV adalah 260 nm, sedangkan untuk
mengetahui kandungan protein menggunakan spektrofotometri UV dengan
panjang gelombang 280 nm. Reaksi rantai polymerase (PCR) merupakan teknik
ilmiah dalam biologi molekuler untuk memperkuat satu atau beberapa salinan
potongan DNA dan dapat menghasilkan ribuan sampai jutaan salinan urutan
DNA tertentu (John, 2011).PCR sekarang menjadi teknik umum dan sering
diperlukan dalam laboratorium penelitian medis atau biologi untuk berbagai
aplikasi, termasuk cloning untuk sekuensing DNA, filogeni DNA, analisis
fungsional gen, diagnosis dan deteksi penyakit menular (David, 2009).
Mikropipet untuk mengambil dan menghomogenkan sampel DNA dan
loading dye. Penggunaan pipet gelas seperti pipet ukur dan pipet gondok tidak
mempunyai akurasi yang tinggi untuk volume kurang dari 1 ml. Sehingga pada
pemindahan cairan dengan volume kecil kurang dari 1000 microliter, orang
cenderung menggunakan mikropipet, biasa juga disebut dengan pipet otomatis.
Pipet otomatis ini mempunyai akuraritas dan presisi yang lebih baik dari pada
pipet gelas. Setiap pipet dapat diset berapapun volumenya selama dalam range
volume pipet.Mikropipet dapat dibedakan menjadi singel, channel, multichannel
serta adjustable dan fix. Ada beberapa macam merek mikropipet yang beredar
dipasaran seperti Gilson, Pipetman, dan lain-lain (Khopkar, 1990).
UV transiluminator untuk visualisasi pewarnaan DNA didalam gel
agarosa. UV Transilluminators digunakan untuk men-visual-kan DNA setelah di
loading atau running dalam DNA elektroforesis. Polymerase chain reaction (PCR)
adalah sebuah teknologi laboratorium yang utama dalam biologi mokuler. PCR
mempunyai derajat spesifisitas dan sensitivitas yang cukup tinggi. Dengan teknik
PCR ini, dalam hitungan menit kita bisa menghasilkan jutaan copy DNA.
Spektrofotometer merupakan alat yang digunakan untuk mengukur absorbansi
dengan cara melewatkan cahaya dengan panjang gelombang tertentu pada suatu
obyek kaca atau kuarsa yang disebut kuvet. Sebagian dari cahaya tersebut akan
diserap dan sisanya akan dilewatkan. Nilai absorbansi dari cahaya yang
dilewatkan akan sebanding dengan konsentrasi larutan di dalam kuvet.

VI. Kesimpulan
a. Praktikan harus selalu memperhatikan perlengkapan dan alat keselamatan
saat berada di dalam laboratorium dan dalam melakukan praktikum
b. Di dalam laboratorium harus selalu mengikuti petunjuk dari asisten
sebelum melakukan kegiatan praktikum
c. Dalam pengoperasian alat praktikum sebaiknya dibimbing oleh asisten
agar dapat menghindari hal hal yang tidak di inginkan.

Daftar Pustaka
John , Rahmawati. 2011. Chemistry 3A. Erlangga. Jakarta
Daisy, Ami. 1994. Nama Fungsi dan Cara Kerja Alat alat Laboratorium
Mikrobiologi. Kanisius : Yogyakarta
Nugroho, Endik deni, Rahayu, Dwi Anggorawati. 2016. Penuntun Praktikum
Bioteknologi. Deepublish : Yogyakarta
Maftuchah, dkk. 2014. Teknik Dasar Analisis Biologi Molekuler. Deepublish :
Yogyakarta
Pharmawati, M. 2015. Penuntun Praktikum Genetika Tumbuhan. Jurusan Biologi
FMIPA Universitas Udayana : Bali
Tridjatmiko, K. R. 2006. Penggunaan Metode PCR untuk Deteksi cepat
Keragaman DNA, Pelatihan dan Workshop Identifikasi DNA dengan
Aplikasi PCR. Jurnal Biologi 1 (1) : 22-25
David G. Watson. 2009. Analisis Farmasi. EGC. Jakarta