RESUME PLASMID, EPISOM, dan

ELEMEN GENETIK TRANSPOSABLE

Disusun untuk memenuhi tugas

Mata kuliah Genetika I
Yang dibina oleh Prof. Dr
. Hj. Siti Zubaidah, M. Pd

Oleh Kelompok 13/ off G :

Ferni Lia Agustina (150342601904)
Maghfiroh Gesty Maharani (150342600207)

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
FEBRUARI 2017
RESUME
PLASMID DAN EPISOM
Plasmid merupakan materi genetik bakteri yang terdapat dalam suatu kromosom
utama dan terdapat beberapa molekul ekstrakomosomal DNA atau mini chromosome.
Secara definisi plasmid adalah replicon (bagian dari material genetik yang mampu bereplikasi
secara mandiri) yang secara stabil menurukan sifat dalam sebuah keadaan ekstra kromosom.
Beberapa plasmid bersifat dapat dibuang, yaitu, mereka tidak diharuskan untuk bertahan
dalam sel yang mereka tinggali. Di banyak kasus, mereka penting dalam kondisi lingkungan
tertentu misalnya dalam keberadaan antibiotik. Plasmid telah teridentifikasi dalam hampir
semua unsur bakteri yang di uji. Mereka diketahui memiliki signifikansi praktik yang besar
dalam dua area : (1) penyebaran beberapa antibiotik dan resistansi obat pada bakteri patogen
dan (2) instabilitas mikroorganisme yang penting dalam industri.
Berdasarkan keterlibatannya dalam proses konjugasi, plasmid dibagi menjadi dua
kelompok, yaitu kelompok F dan F plasmid, merupakan kelompok yang memperantarai
transfer DNA melalui konjugasi yang disebut dengan transmissible plasmid contohnya adalah
beberapa R plasmid dan beberapa Col-Plasmid. Sifat asli konjugatif dari plasmid R memiliki
pengaruh yang besar dalam penyebaran cepat dari antibiotik dan gen resistansi obat melalui
populasi bakteri patogen. Sedangkan plasmid yang non konjugatif atau yang tidak dapat
ditransmisikan adalah plasmid yang tidak memediasi transfer DNA melalui konjugasi.
Banyak dari plasmid R dan Col bersifat non konjugasif .
Episom adalah elemen genetik yang dapat bereplikasi dalam salah satu dari dua
alternatif : (1) sebagai bagian terintegrasi dari kromosom utama inang (2) sebagai elemen
genetik yang otonom, bersifat independen atau terpisah dari kromosom utama inang. Istilah
plasmid dan episom bukanlah sinonim. Kebanyakan plasmid tidak ada dalam keadaan
terintegrasi sehingga tidak dapat disebut episom, begitupula banyak kromosom temperate
phage, misalnya genom phage adalah episom tetapi bukan termasuk plasmid.
Banyak sifat tersebut sekarang diketahui bergantung pada ada tidaknya urutan DNA
pendek yang disebut elemen IS atau penyisipan urutan. Elemen IS juga terdapat pada
kromosom utama inang. Urutan pendek ini (sekitar 800-1400 pasangan nukleotida) bersifat
transposable yaitu mereka bisa berpindah dari satu posisi ke yang lain dalam satu kromosom,
atau berpindah dari satu kromosom ke kromosom lainnya. Selain itu, elemen IS memediasi
rekombiasi antara elemen genetik dimana mereka tinggal.
Berikut gambar yang menjelaskan tentang perbedaan plasmid dan episome
ELEMENT TRANSPOSABEL
Elemen transposabel ini ditemukan oleh B. Mc-Clintock melalui analisa
ketidakstabilan genetik pada maizena yang berkaitan dengan kerusakan kromosom dan
ditemukan pada bagian dimana elemen transposabel ini berada. Kerusakan dideteksi dengan
hilangnya penanda genetik tertentu. Pada beberapa eksperimen, Mc-Clintock menggunakan
penanda yang mengkontrol deposisi pigmentasi pada aleuron, membran terluar dari
endosperm biji maizena. Penanda tersebut adalah alel pada lokus C pada lengan pendek dari
kromosom 9. Alel yang disebut C1 ini, adalah inhibitor dominan dari pewarnaan aleuron
sehingga biji yang memiliki alel ini akan menjadi tidak berwarna. Mc-Clintock
memfertilisasikan bunga betina CC dengan polen dari bunga jantan C1 C1, menghasilkan
biji yang endospermnya C1 CC. Banyak dari biji ini tidak berwarna, beberapa juga
menunjukkan adanya pigmen ungu kecoklatan. McClintock beranggapan bahwa alel
inhibitor C1 telah hilang beberapa saat selama pembentukan endosperm, sehingga klon dari
jaringan yang dapat membentuk pigmen dapat muncul. Genotip dari klon ini kemungkinan
adalah CC dan yang hilang adalah alel CI. Analisis lebih lanjut menunjukkan bahwa alel ini
hilang akibat kerusakan kromosom.
Kerusakan pada suatu lokasi akan melepaskan segmen kromosom dari sentromernya
sehingga membentuk fragmen asentrik. Kejadian seperti ini secara berkala muncul akibat
kerusakan bagian tertentu pada kromosom 9. Mc-Clintock memberi nama faktor yang
menyebabkan kerusakan ini Ds (disosiasi). Pada ekperimen tersebut, kromosom yang
membawa alel C1 juga membawa faktor Ds. Jika sendirian, faktor ini tidak mampu untuk
mempengaruhi kerusakan kromosom. Ds diaktifkan oleh faktor lain yang
disebut Ac (aktivator).
Dua faktor inilah yang menyebabkan ketidakstabilan genetik pada kromosom 9.
Baik Ac maupun Ds adalah bagian dari elemen transposabel. Elemen ini secara struktur
saling terhubung dan dapat memasuki lokasi berbeda pada kromosom. Ketika salah satu dari
elemen ini masuk atau berada dekat sebuah gen, fungsi dari gen tersebut telah berubah.
Bahkan fungsi dari gen tersebut bisa benar-benar hilang. Oleh karena itu, Mc-Clintock
menyebut Ac dan Ds sebagai elemen pengontrol. Biasanya mutasi yang diakibatkan oleh
elemen kontrol ini tidak tetap. Sebagai contoh, salah satu mutasi dari lokus bronze yaitu bz
m2. Mutasi ini diakibatkan oleh insersi dari elemen Ac dan akan berbalik jika
elemen Ac dihilangkan. Sedangkan mutasi yang lain yaitu bzm1, disebabkan oleh insersi
dari Ds.Namun reversi pada kasus ini hanya terjadi jika elemen Ac ada di bagian manapun
pada genom. Inilah perbedaan dari kedua alel tersebut. Elemen Ac dapat aktif sendiri namun
Ds tidak. Ketika suatu transposon dapat mengaktifkan dirinya sendiri, hal ini disebut
berfungsi secara autonom, sedangkan jika tidak maka disebut nonautonom
Transposable Elements di Bakteri
Ketidakstabilan genetik juga dapat ditemukan pada bakteri dan pada kasus ini juga
ditemukan adanya elemen transposabel. Transposon pada bakteri yang paling sederhana
adalah rangkaian insersi atau elemen IS. Elemen IS yang homolog terkadang berkombinasi
dengan gen lain untuk membentuk tansposon gabungan, yang ditandai dengan simbol Tn.
Simbol ini juga digunakan untuk menandai transposon yang tidak mengandung elemen IS,
seperti elemen yang disebut sebagai Tn3. Seperti halnya transposon gabungan, elemen ini
juga mengandung gen yang yang tidak penting untuk transposisi.
Elemen IS
Elemen IS merupakan elemen yang terorganisasi secara kompak, biasanya merupakan
urutan sandi tunggal dengan urutan yang sama atau hampir sama dan pendek pada kedua
ujungnya. Ujung urutan ini selalu berorientasi secara invert sehingga disebut inverted
terminal repeat yang panjangnya berkisar antara 9 sampai 40 pasang nukleotida.
Ketika elemen IS masuk ke dalam kromosom atau plasmid, elemen ini membuat
duplikat dari urutan DNA pada lokasi insersi. Hasil pengkopian dari duplikasi terletak pada
masing-masing sisi dari elemen tersebut dan disebut sebagai duplikasi lokasi target. Elemen
IS memediasi integrasi episome ke dalam kromosom bakteri.
Tansposon gabungan terbentuk ketika dua elemen IS saling menginsersi. Urutan ini
dapat diubah oleh kerja sama dari elemen yang mengapitnya. Sebagai contoh, pada Tn9,
elemen IS yang mengapit langsung berorientasi dengan yang lainnya sedangkan Tn5 dan
Tn10 berorientasi terbalik. Masing-masing transposon gabungan ini membawa gen yang
resistan terhadap antibiotik. Tn9 resistan terhadap chloraphenicol, Tn5 resistan terhadap
kanamycin dan Tn10 resistan terhadap tetracycline. Hal ini menunjukkan bahwa kadang
elemen IS pengapit pada transposon gabungan tidak identik. Pada Tn5, elemen yang terletak
di kiri, disebut IS50L tidak mampu untuk menstimulasi transposisi namun elemen yang
berada di kanan yaitu IS50R mampu melakukannya. Perbedaannya adalah perubahan
pasangan nukleotida tunggal menghalangi IS50L untuk mensintesis faktor transposisi yang
penting. Faktor ini merupakan protein yang disebut transposase yang disintesis oleh IS50R.
Sedangkan Tn3 merupakan elemen dari kelompok transposons yang memiliki ulangan ujung
terbalik sepanjang 38-40 pasang nukleotid, lebih besar daripada elemen IS dan biasanya
mengandung gen yang dibutuhkan untuk transposisi. Transposisi pada Tn3 berlangsung
dalam dua tahap. Tahap pertama adalah transposase memediasi penggabungan antara dua
molokul sehingga membentuk struktur yang disebut cointegrate. Selama proses ini,
transposon mengalami replikasi dan masing-masing membentuk sambungan
pada cointegrate. Pada tahap kedua, pengkode tnpR memutuskan mediasi rekombinasi pada
lokasi yang spesifik antara dua Tn3 elemen. tahapan ini muncul pada urutan di Tn3 yang
disebut res, lokasi resolusi, dan menyebabkan timbulnya dua molekul, masing-masing dengan
kopian dari transposon.
Transposable Elemen di eukariyotik
 Meskipun beberapa penelitian paling rinci dari unsur berpindah dilakukan dengan
bakteri, ada juga penelitian yang luas pada transposon pada eukariota, dimulai dengan karya
klasik dari mcClinctock. beberapa penemuan yang lebih baru dengan ragi, jagung, dan
transposon drosopbila.

Ferni Lia Agustina (150342601904)

Pertanyaan 1 :
1 Mengapa Ac dan Ds dijadikan sebagai elemen pengontrol?

Jawaban 1:
Baik Ac maupun Ds adalah bagian dari elemen transposabel. Elemen ini secara
struktur saling terhubung dan dapat memasuki lokasi berbeda pada kromosom. Ketika salah
satu dari elemen ini masuk atau berada dekat sebuah gen, fungsi dari gen tersebut telah
berubah. Bahkan fungsi dari gen tersebut bisa benar-benar hilang. Oleh karena itu, Mc-
Clintock menyebut Ac dan Ds sebagai elemen pengontrol.

Pertanyaan 2 :
2 Bagaimana prinsip kerja elemen IS?

Jawaban 2:
Ketika elemen IS masuk ke dalam kromosom atau plasmid, elemen ini membuat
duplikat dari urutan DNA pada lokasi insersi. Hasil pengkopian dari duplikasi terletak pada
masing-masing sisi dari elemen tersebut dan disebut sebagai duplikasi lokasi target. Elemen
IS memediasi integrasi episome ke dalam kromosom bakteri.

Maghfiroh Gesty Maharani (150342600207)

Pertanyaan 1 :
Plasmid dapat digunakan sebagai vektor dalam rekayasa genetika. Apakah sembarang
plasmid dapat digunakan? Bagaimana syarat plasmid dapat menjadi vektor?

Jawaban 1:

Agar dapat digunakan sebagai vektor, plasmid harus memiliki syarat-syarat diantaranya
sebagai berikut :
1. Ukurannya relatif kecil dibanding dengan pori dinding sel inangnya
2. Mempunyai sekurang-kurangnya 2 gen marker yang dapat menandai masuk tidaknya
plasmid ke dalam sel inang
3. Mempunyai tempat pengenalan restriksi sekurang-kurangnya di dalam salah satu marker
yang dapat digunakan sebagai tempat penyisipan fragmen DNA asing
4. Memiliki titik awal replikasi sehingga dapat melakukan replikasi dalam sel inang
Pertanyaan 2
Transposable element dapat menjadi mutagenetic agent dan proses transposon nya dapat
menyebabkan penyakit. Bagaimana mutasi dan penyakit tersebut dapat terjadi ?
Jawab:
Transposable elemen dapat menjadi mutagenetic agent karena merupakan gen yang
dapat berpindah-pindah dari satu gen ke gen yang lain atau dari satu kromosom ke kromosom
yang lain. Mutasi gen akibat transposisi tersebut terjadi karena adanya insersi ke dalam
sesuatu gen. Transposisi tersebut juga dapat mempengaruhi ekspresi gen dengan cara insersi
ke dalam urut-urutan pengatur gen. Misalnya Akibat terjadinya mutasi, ekspresi warna mata
pada Drosophilla menjadi berubah tergantung pasangan alela yang baru.
Kemudian proses transposon yang melibatkan perpindahan transposable tadi dapat
merusak genom dari sel inangnya melalui beberapa cara: retroposon menyisip pada
fungsional gen dan menyebabkan gen tersebut tidak berfungsi. Setelah transposon
meninggalkan gen, akan menyebabkan terbentuknya gap, yang selanjutnya kemungkinan gap
tersebut tidak diperbaiki dengan tepat. Beberapa gandaan dari sekuen yang sama, seperti
sekuen Alu dapat menghambat keakuratan pembentukan pasangan DNA kromosom selalam
mitosis dan meiosis, menyebabkan terjadinya ketidak identikan pasangan kromosom.
Penyakit yang biasanya disebabkan oleh transposon meliputi hemofilia A dan B, beberapa
immunodeficiency, porphyria, predisposition kanker dan Duchenne muscular
dystrophy.Bahkan, beberapa transposon mengandung promotor yang yang melakukan
transkripsi dari transposase. Promotor tersebut dapat menyebabkan terjadinya penyimpangan
ekspresi gen terkait dan menyebabkan suatu penyakit atau mutant fenotip.