LAPORAN AKHIR

PRAKTIKUM BIOLOGI MOLEKULER

Judul Praktikum
ANALISIS GEN DAN HOMOLOGI PROTEIN

Asisten Praktikum
RAFIKA SARI, M.FARM., APT

DISUSUN OLEH
MAR YO N O
NIM : I21111003

KELOMPOK : III (TIGA)

ANGGOTA : WAHYU ELIZA (I21111001)
SRI MULYANA (I21111012)
AGUS STYAWAN (I21111017)

PROGRAM STUDI FARMASI

FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS TANJUNGPURA
PONTIANAK
2015
 LEMBAR PENGESAHAN

Saya yang bertanda tangan dibawah ini :

Nama : Maryono

NIM : I21111003

Judul Praktikum : Analsis Gen dan Homologi Protein

Tanggal Praktikum : 22 September 2015

Asisten Praktikum : Rafika Sari, M.Farm., Apt

Menyatakan dengan sebenarnya bahwa laporan praktikum biologi molekulerini benar-

benar merupakan hasil tulisan saya sendiri dan dibuat berdasarkan data yang sebenar-

benarnya. Apabila dikemudian hadi terbukti atau dapat dibuktikan bahwa ini bukan tulisan

saya atau hasil memfotokopi, saya bersedia menerima sanksi atas perbuatan tersebut.

Pontianak, 29 September 2015

Asisten Praktikum, Praktikan,

Rafika Sari, M.Farm., Apt Maryono

NIP. 198401162009012002 NIM. I21111003
 BAB I

PENDAHULUAN

I.1. Latar Belakang

Ekspresi gen pada dasarnya merupakan suatu proses sintesis protein (1). Proses ekspresi

gen ini ditentukan oleh sel itu sendiri (2). Jika sel tersebut membutuhkan suatu protein maka

gen tertentu akan diekspresikan(3).

I.2. Tujuan Praktikum

Tujuan dari praktikum ini adalah :

1. Mengetahui teknik serta tahapan dalam melakukan analisis gen dalam dapat

mendeteksi hasil ekspresi gen

2. Mengetahui cara untuk mencari homologi dari gen penyandi protein tertentu dari

manusia maupun orgenisme lain.

 BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

II.1. Gen dan Ekspresi Genetik

Gen merupakan unit molekul DNA atau RNA dengan panjang minimum tertentu yang

membawa informasi mengenai urutan asam amino yang lengkap dari suatu protein(4).

II.2. Homologi Protein

Protein homolog adalah protein yang menjalankan fungsi yang sama pada berbagai

spesies, misalnya hemoglobin yang berfungsi melangsungkan transpor elektron pada berbagai

jenis vertebrata(5).

II.3. Bioinformatika

Bioinformatik merupakan antarmuka (interface) antara ilmu biologi dan komputer.

Bioinformatik menyajikan data-data biologi dalam jumlah besar meliputi data berbasis DNA

dan sekuen protein ke dalam suatu database (umumnya website yang dapat diakses) beserta

metode-metode yang berkaitan untuk analisis data tersebut(6).

 BAB III

METODOLOGI

III.1. Alat dan Bahan

III.1.1. Alat

Alat-alat yang digunakan dalam praktikum ini adalah peralatan menulis, laptop,

modem.

III.1.2. Bahan

Bahan-bahan yang digunakan dalam praktikum ini adalah sekuens nukleotida dan

sekuens protein.

III.2. Cara Kerja

III.2.1. Analisis Sekuens Nukleotida

(Flowchart)

Gambar 1. Diagram Alir Cara Analisis Sekuens Nukelotida

III.2.2. Analisis Sekuens Protein

(Flowchart)

Gambar 2. Diagram Alir Cara Analisis Sekuens Protein

 BAB IV

HASIL DAN PEMBAHASAN

IV.1. Analisis Sekuens Nuklotida

Analisis nukelotida pada dasarnya merupakan pengujian yang bertujuan untuk

menetukan identitas dari sekuens nukleotida asing (query nucleotide). Hasil blast melalui

website NCBI menampilkan identitas terdekat dari sekuens nukelotida asing yang dianalisis,

yakni sekuens dari mRNA Insulin Preproprotein (Homo sapiens).

IV.2. Analisis Sekuens Protein

Analisis sekuens protein merupakan serangkaian pengujian yang dapat digunakan untuk

mencari protein-protein yang memiliki kemiripan tertentu dengan sekuens protein yang

dimiliki (homolog). Hasil blast melalui website NCBI memperlihatkan bahwa terdapat satu

sekuens protein yang diketahui memiliki persamaan mencapai 98,2% dengan sekuens protein

target.
 BAB V

PENUTUP

V.1. Kesimpulan

1. Sekuens nukleotida yang dianalisis menunjukkan bahwa sekuens nukleotida asing

(query nucleotide) tersebut merupakan sekuens dari mRNA Insulin Preproprotein

(Homo sapiens).

2. Analisis homologi protein yang dilakukan memperlihatkan bahwa terdapat satu

protein yang diketahui memiliki persamaan mencapai 98,2% dengan protein target

yang dianalisis.

V.2. Saran

Percobaan selanjutnya dapat dilakukan pengamatan terhadap pohon filogenitas,

sehingga dapat dilihat kedekatan antara sekuens yang dianalisis dengan sekuens yang

terdapat pada spesies yang berbeda.

 DAFTAR PUSTAKA

1. Format standar buku

Nama Belakang Inisial Nama Depan Penulis. Judul: Sub Judul. Edisi. Tempat Terbit:

Penerbit; Tahun Terbit. Halaman

a. Buku yang ditulis oleh satu penulis

Nama Belakang Inisial Nama Depan Penulis. Judul: Sub Judul. Edisi. Tempat Terbit:

Penerbit; Tahun Terbit. Halaman

Mason J. Dental Health: Concepts and Theori. 3rd ed. Philadelphia: Lippincott; 2005.

27-30.

b. Buku yang ditulis oleh dua hingga enam penulit

Nama Belakang Inisial Nama Depan Penulis 1, Nama Belakang Inisial Nama Depan

Penulis 2, hingga Penulis Keenam. Judul: Sub Judul. Edisi. Tempat Terbit: Penerbit;

Tahun Terbit. Halaman

Turner P, McLennan A, Bates A, White M. Molecular Biology. 3 rd ed. New York:

Taylor & Francis Group; 2005. 14-17.

c. Buku yang ditulis oleh tujuh atau lebih penulis

Nama Belakang Inisial Nama Depan Keenam Penulis, et al. Judul: Sub Judul. Edisi.

Tempat Terbit: Penerbit; Tahun Terbit. Halaman

Fauci AS, Braunwald E, Kasper DL, Hauser SL, Longo DL, Jameson JL, et al.

Harrisons Principles of Internal Medicine. 17th ed. New York: McGraw Hill; 2008.

50-52.
2. Format standar untuk jurnal

Nama Belakang Inisial Nama Depan Penulis. Judul Jurnal: Sub Judul. Penerbit Jurnal

(disingkat). Tahun dan Bulan Publikasi; Nomor Volume(Nomor Terbit):Nomor Halaman.

Haas AN, de Castro GD, Moreno T, Susin C, Albandar JM, Oppermann RV, et al.

Azithromycin as an Adjunctive Treatment of Aggressive Periodontitis: 12-Month

Randomized Clinical Trial. J Clin Periodontol. 2008 Aug; 35(8):696-704.

3. Format standar untuk website

Nama Belakang Inisial Nama Depan. Judul Website [Internet]. Tempat Publikasi: Penerbit;

Tanggal Publikasi Pertama Kali [Tanggal Update Terakhir; Tanggal Dicitasi]. Tersedia dari:

URL

a. Website dengan penulis

Fehrenbach MJ. Dental Hygiene Education [Internet]. New York: Fehrenbach dan

Rekan-Rekan; 2000 [diupdate 30 Meil 2009; dicitasi 15 Juni 2009]. Tersedia dari:

http://www.dhed.net/Main.html

b. Website tanpa penulis

American Dental Hygienists Association; 2009 [dicitasi 30 Mel 2009]. Tersedia dari:

http://www.adha.org
Lampiran 1. Penjabaran Sekuens Nukleotida

ACG CTG TTG AAC

1. S 2. L 3. L 4. N
Serin Leusin Leusin Asparagin

TCT TCT GAG CAA

5. S 6. S 7. E 8. Q
Serin Serin Asam Glutamat Glutamin

GTG AAG GGG AGG

10
9. V K 11. G 12. R
.
Valin Lisin Glisin Arginin

CGG GGT AAG GGA

13 14 15
R G K 16. G
. . .

AGT AAG TGG AAG

17 18 19
S R W 20. K
. . .

21 22
23 24.
. .

25 26 27
28.
. . .

29 30 31
32.
. . .

33 34 35
36.
. . .

37 38 39
40.
. . .

41 42 43
44.
. . .
Lampiran 2. Perbandingan Protein-Protein Homolog

Penentuan Persen Homologi

1. Insulin Preproprotein (Homo sapiens)

malwmrllpllallalwgpdpaaafvnqhlcgshlvealylvcgergffytpktrreaedlqvgqv
elgggpgagslqplalegslqkrgiveqcctsicslyqlenycn

2. Insulin Preproprotein (Pan troglodytes)

malwmrllpllvllalwgpdpasafvnqhlcgshlvealylvcgergffytpktrreaedlqvgqv
elgggpgagslqplalegslqkrgiveqcctsicslyqlenycn

Diketahui :

Total AA sekuen pertama (La) = 110 AA

Total AA sekuen kedua (Lb) = 110 AA

Jumlah AA yang mirip (Ls) = 108 AA

Ditanya :

Persen homologi = ....?

Jawab :

Ls 2
S= 100
La + Lb

108 2
100=98,18
S= 110 +110

Jadi, persen homologi kedua sekuen tersebut adalah sebesar 98,18%

 LAPORAN AWAL
PRAKTIKUM BIOLOGI MOLEKULER

Judul Praktikum
ANALISIS GEN DAN HOMOLOGI PROTEIN

Asisten Praktikum
RAFIKA SARI, M.FARM., APT

DISUSUN OLEH
MAR YO N O
NIM : I21111003

KELOMPOK : III (TIGA)

ANGGOTA : WAHYU ELIZA (I21111001)
SRI MULYANA (I21111012)
AGUS STYAWAN (I21111017)

PROGRAM STUDI FARMASI

FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS TANJUNGPURA
PONTIANAK
2015