Anda di halaman 1dari 4

TO DO LIST!!!

1. Cari arti sebenernya dari transient


2. Cari umur optimal uttuk cabe atau tebu ditransformasikan
3. Cari animasi integrasi tdna ke dna tanaman
4. Saat presentasi, siapapun yang maju, kelompok yang maju harus
siap back up untuk bantu jawab pertanyaan.
5. Pertanyaan sanggahan dan jawaban akan dishare nanti
6. Jadi seharusnya kontrol kita direndem x-gluc juga. Tapi hasilnya fix
gk mungko

NOTULENSI 30 November 2016


1. Tujuan kita jadinya 2. Menentukan keberhasilan transformasi pada
tanama _____ tanpa aseto secara kualitatif dan Menentukan
keberhasilan transformasi pada tanama _____ aseto secara kualitatif
2. Iintegrasi tdna ke genom tanaman
- tdna diarahin vird2 menuju nuklues lewat membran nukleus
- vird2 dan vir e2 mempunyai nucleus location signal (NLS)
sehingga mereka bisa nyampe ke inti
- integrasi ke genom:
- ujung 3 tdna bentuk sinaps dengan genom tanaman
- sinaps hanya nempel di double stranded dna tanaman
- karena adanya sinaps, terbentuk celah dengan 5 sampai 3 dna
tanaman.
- Untai dna tanaman yang menggantung akan di potong oleh
nuklease
- Setelah insersi tdna, terjadi mekanisme perbaikan dna dengan
tdna sebagai template sehingga terbentuk dna
komplementernya.
- Selesai
- Terjadi transkripsi-Translasi. Lalu kalau ada X-Gluc, X-Gluc akan di
pecah oleh GUS
3. Mekanisme VIR
- Tanaman yang terluka akan menghasilkan senyawa fenolik
(asetosiringon) yang mengaktifkan gen virulensi yang pertama,
Vir-A.
- Aktivitas vir vir akan menghasilkan single stranded TDNA
- Kemudian, Vir-A akan mengaktifkan Vir-G sebagai faktor
transkripsi yang akan mengaktifkan region vir di dalam bakteri.
- Vir G akan mengaktifkan vir vir yang lain.
- Saat gen Vir-D aktif akan dihasilkan protein Vir-D1 sebagai
helikase dan Vir-D2 sebagai endonuklease. Endonuklease dan
helikase akan memotong T-DNA rekombinan menjadi single
stranded yang disebut denga T-complex immature. Struktur
tersebut kemudian akan dilingkupi oleh Vir-E menjadi T-complex
yang mature.
- T-Complek isnya adalah Vir D2 +tdna+ Vir E2. Vir D2 dan Vir E2
tetep nempel saat gen masuk ke genom tanaman
- Setelah itu, dibuatlah jembatan oleh Vir-B dan Vir-D4 untuk
menyalurkan T-complex ke jaringan tanaman. Kompleks tersebut
mempermudah translokasi melalui saluran membran
(bridge/jembatan)
4. Bila diberi waktu infiltrasi lebih lama, maka kesempatan T-DNA
rekombinan untuk menyebar ke seluruh jaringan daun menjadi lebih
besar [6].
5. Kegunaan shaker? Mempercepat menaikkan OD dan menambah
gerakan mekanik sehingga memperluas luka yang ada di daun
6. kenapa kita pilih metode transformasi? kenapa bukan hibridasi
secara tradisional? karena lebih cepat, efektif dan efisien
7. Apakah ada bakteri lain selain agrobacterium? Ada, bacillus lalalala
tapi bakteri hanya bekerja seperti patogen dan bacillus gk punya
mekanisme vir. Mekanisme vir hanya ada di agrobacterium. Ada
juga agrobacterium rizogen, tapi dia hanya hidup di akar dan gak
bisa di macem-macemin
8. Apakah ada pengaruh tebu yang kita gunakan hasil kuljar tetapi
cabe yang kita gunakan dari luar (non kuljar). Tebu dari hasil kuljar
tidak mempengaruhi proses tranformasi, tapi berpengaruh terhadap
resistensi. Hasil kuljar lebih resisten kontaminasi
9. Asetosiringon berperan dalam apa? Sebagai atraktan yang
mengaktifkan vir a
10. Kenapa kita gk make senyawa fenolik lainnya seperti vanillin?
Karena masih mahal dan jarang di komersilin
11. Apakah T-DNA nempel spesifik ke gen? no, random masuk ke
gen
12. Apa kelebihan agrobacterium (transformasi tidak langsung)
dibandingkan transformasi langsung (metode Bombar_____)?
Kelebihannya dengan agrobacterium, saat kita transformasi ke
jaringan, gen2 pada TDNA hanya akan masuk satu per sel, gak akan
numpuk
13. Kekurangan bombar___? Gak efektif, bisa numpuk di satu gen,
gk efisien dan mahal
14. Gen GUS termasuk gen yang ekspresinya stabil, gk cepet
ilang ekspresinya
15. chimera= Saat ditumbuhkan (planlet), tidak semua jaringan
mengekrpresikan sifat yang ditransormasikan
16. Chimera bisa terjadi karena pembungkaman gen atau karena
hasil transformasi tidak 100% terekspresikan.
17. Bagaimana cara buktikan 100% terekspresikan?Jadi di
tumbuhkan secara planlet, lalu diuji lagi secara histokimia tanpa
infiltrasi lagi.
18. Ceknya harusnya bukan PCR aja tapi reversePCR juga. Karena
ingin melihat ekspresi RNA bukan DNA. Karena saat DNA menjadi
RNA ada mekanisme silencing gen.
19. Pemuliaan tanaman bisa dengan cara konvensional maupun
bioteknologi.
20. Dengan cara bioteknologi langsung atau non langsung.
Contoh yang langsung adalah teknin Bombar----. Contoh tidak
langsung adalah transformasi, dan ada banyak cara optimasi
transformasi.
- Optimasi transformasi: Eksplan (umur) cabe 2 minggu, tebu 1
bulan
- Waktu infiltrasi semakin lama (60 m)
- Waktu kokultivasi (3 hari)
- OD (0,6-1)
- Asetosiringon
21. Kontra mekanisme transformasi?
- Hasil transformasi ada resistensi kanamisinin, jadi ada argumen
bahwa ada bakteri yang resisten kanamisin karena adanya
tanaman transgenik. Diisanggah dengan penelitian. Bakteri bisa
transfer gen secara horizontal lalalalala.. intinya tidak mungkin
tanaman akan menyalurkan DNAnya ke bakteri.
- Adanya tanaman unggul akan menseleksi tanaman alami, tetapi
disanggag dengan fakta bahwa setiap perusahaan udah punya
plasma nutfah (tanaman tanaman yang beum
ditransformasikan)
22. Transien itu artinya apa? Kalau transien=masuk genom?
Berarti kita TRANSIEN. Kalau transien = sampai tahap terekspresi
100% dalam planlet? BUKAN TRANSIENT