BAB III : Klasifikasi & Karakterisasi

Mikrobia

BAB III

KLASIFIKASI & KARAKTERISASI

MIKROBIA

Untuk mengenal mikrobia diperlukan karakterisasi guna

keperluan identifikasi. Karakterisasi merupakan usaha mengenal
karakter atau ciri-ciri atau sifat mikrobia. Melakukan karakterisasi pada
organisme merupakan tujuan penting dalam semua cabang
pengetahuan biologi. Dengan demikian melakukan karakterisasi pada
mikrobia juga merupakan tujuan penting dalam mikrobiologi. Suatu
organisme yang telah dapat dikarakterisasi, maka akan
memungkinkan untuk dibandingkan dengan organisme lainnya, guna
menentukan persamaan dan perbedaannya. Suatu kelompok mikrobia
yang mempunyai karakter yang sama, dikelompokkan dalam suatu
takson tertentu dan diberi nama khusus yang memuat informasi untuk
keperluan identifikasi dan klasifikasi. Misalnya jamur benang yang
benang atau hifanya tidak bersekat dikelompokkan ke dalam
Phycomycetes, bakteri-bakteri yang dinding selnya mengikat kuat
pewarna dikelompokkan dalam kelompok bakteri gram positif,
demikian sebaliknya bakteri-bakteri yang dinding selnya tidak
mengikat kuat pewarna atau pewarnanya dapat luntur dikelompokkan
dalam kelompok bakteri gram negatif.

Politeknik LPP Yogyakarta | Hand Out Kuliah Mikrobiologi 29

Industri
 BAB III : Klasifikasi & Karakterisasi
Mikrobia

Untuk mengembangkan skema klasifikasi yang memadai, harus

dimengerti sepenuhnya tentang karakter-karakter mikrobia. Karakter-
karakter atau sifat dari mikrobia yang penting untuk keperluan
identifikasi antara lain yakni :
1. Sifat morfologi koloni, misalnya : bentuk, permukaan, elevasi,
bentuk tepi, bentuk struktur dalam, bentuk pertumbuhan dan
warna koloni
Berikut adalah contoh variasi morfologi koloni pada bakteri pada
agar cawan petri :

Morfologi koloni bakteri pada agar miring :

Morfologi koloni bakteri pada agar tegak :

Politeknik LPP Yogyakarta | Hand Out Kuliah Mikrobiologi 30

Industri
 BAB III : Klasifikasi & Karakterisasi
Mikrobia

Morfologi koloni bakteri pada media cair :

Koloni bakteri umumnya mempunyai permukaan mengkilat dan

licin. Warna koloni bakteri antara lain kuning, krem atau putih.
Berikut adalah beberapa contoh morfologi koloni bakteri :
Escherichia coli

Politeknik LPP Yogyakarta | Hand Out Kuliah Mikrobiologi 31

Industri
 BAB III : Klasifikasi & Karakterisasi
Mikrobia

Morfologi koloni yeast apabila diamati biasanya nampak sama

dengan morfologi koloni bakteri, umumnya untuk membedakan
dengan koloni bakteri harus dilakukan pengamatan lanjutan berupa
morfologi sel. Berikut ini disajikan beberapa contoh morfologi koloni
dari yeast :
Pink yeast colonies

Sedangkan untuk morfologi koloni dari mold umumnya mempunyai

permukaan kasar/berserabut. Serabut-serabut tersebut merupakan
organ dari mold yang disebut dengan hifa. Hifa yang tumbuh ke
atas disebut hifa generatif dan berfungsi untuk perkembangbiakan,
sedangkan hifa yang tumbuh ke bawah (masuk ke media) adalah
hifa vegetatif yang berfungsi untuk mencari makanan. Contoh-
contoh morfologi koloni dari mold adalah sebagai berikut :
Rhizopus oryzae

2. Sifat morfologi sel

Pengamatan morfologi sel meliputi : bentuk, alat gerak, ada
tidaknya spora, kandungan dinding sel, dan sebagainya. Untuk
pengamatan morfologi diperlukan mikroskop untuk alat bantu
pengamatan.
Pada pengamatan morfologi sel, dapat dibedakan dengan jelas
antara sel bakteri, yeast dan mold. Bakteri dan yeast mempunyai
bentuk sel yang hampir sama, akan tetapi ukuran sel yeast lebih
besar daripada sel bakteri. Selain itu, pada sel yeast dapat diamati
adanya organela-organela sel yang jelas walaupun pengamatan

Politeknik LPP Yogyakarta | Hand Out Kuliah Mikrobiologi 32

Industri
 BAB III : Klasifikasi & Karakterisasi
Mikrobia

hanya menggunakan mikroskop perbesaran 100x, sedangkan

organela sel bakteri belum bisa diamati dengan perbesaran
tersebut. Untuk mold, karena multiseluler, sehingga pengamatan
mikroskopik akan memberikan gambaran yang menyerupai
tanaman. Hifa dan organ mold akan membentuk struktur seperti
akar dan ranting tanaman. Untuk lebih jelasnya berikut ini disajikan
perbandingan morfologi sel antara bakteri, yeast dan mold :

sel bakteri sel yeast sel mold

Pada bakteri, bentuk sel dapat dibedakan menjadi 3, yaitu batang
(bacillus), bulat (coccus) dan koma (vibrio). Masing-masing bentuk
sel tersebut masih mempunyai variasi, utamanya variasi dalam
berkelompok membentuk koloni. Variasi tersebut dapat dilihat pada
gambar berikut :

Untuk mempermudah pengamatan morfologi sel, dapat dilakukan

proses pengecatan/pewarnaan terhadap sel mikrobia.

Politeknik LPP Yogyakarta | Hand Out Kuliah Mikrobiologi 33

Industri
 BAB III : Klasifikasi & Karakterisasi
Mikrobia

3. Sifat kimiawi, misalnya : kemampuan mendegradasi karbohidrat,

hidrolisa lemak, peruraian protein dan reduksi berbagai unsur kimia
4. Sifat fisiologi, misalnya : pengaruh suhu, sinar UV, daya
oligodinamik logam berat dan tekanan osmosis
5. Sifat terhadap zat antimikrobia, misalnya : pengaruh zat-zat
kimia yang bersifat bakteriosida dan bakteriostatik.
6. Sifat dan fase pertumbuhan
7. Sifat serologi/antigenic. Bila mikrobia masuk kedalam tubuh,
akan terbentu antibodi yang mengikat antigen. Antigen merupakan
bahan kimia tertentu dari sel mikrobia. Antibodi ini bersifat sangat
spesifik terhadap antigen yang menginduksinya. Oleh karena
mikrobia memiliki antigen yang berbeda, maka antibodi dapat
digunakan untuk mencirikan (rapid indentification) terhadap
mikrobia. Reaksi ini sangat sepesifik sehingga dapat disebut
sebagai lock and key system.
8. Sifat genetik
DNA kromosomal mikroorganisme memiliki bagian yang konstan
dan spesifik bagi mikroorganisme tersebut sehingga dapat
digunakan untuk pencirian mikroorganisme.
9. Patogenisitas
Mikrobia dapat menimbulkan penyakit, kemampuannya untuk
menimbulkan penyakit merupakan ciri khas mikrobia tersebut
selain itu terdapat pula bakteri yang memakan bakteri lainnya
(Bdellovibrio) dan virus (bakteriofag) yang menginfeksi dan
menghancurkan bakteri.
10. Sifat ekologi
Habitat merupakan sifat yang mencirikan mikrobia. Mikrobia yang
hidup di lautan berbeda dengan air tawar. Mikrobia yang terdapat
dalam rongga mulut berbeda dengan saluran pencernaan.

Banyak bakteri yang kalau diamati dengan menggunakan

mikroskop menunjukan bentuk morfologi yang sama persis, akan
tetapi sifat-sifat fisiologinya dapat sangat berbeda, sehingga klasifikasi
bakteri ini yang didasarkan kepada sifat morfologinya saja tidak akan
dapat menempatkan bakteri ke dalam takson tertentu. Banyak sekali

Politeknik LPP Yogyakarta | Hand Out Kuliah Mikrobiologi 34

Industri
 BAB III : Klasifikasi & Karakterisasi
Mikrobia

bakteri yang bentuknya sama, akan tetapi golongan yang satu dapat
memanfaatkan asam amino tertentu, sedangkan golongan yang lain
tidak dapat memanfaatkan asam amino tersebut. Oleh karena itu,
jelaslah bahwa untuk menetapkan takson bakteri tertentu yang hanya
didasarkan kepada sifat-sifat morfologinya akan mengalami kesulitan
dan tidak akan secara tegas menempatkannya dalam suatu takson
tertentu.

Taksonomi mikrobia merupakan suatu bidang ilmu pengetahuan

yang dinamis, karena mikrobia-mikrobia baru terus-menerus
ditemukan dan tersedia pengetahuan baru mengenai mikrobia yang
telah diklasifikasikan. Informasi baru yang paling dapat diharapkan
berasal dari analisis DNA sel mikrobia. Informasi DNA ini sangat
penting dan sangat berharga untuk menentukan kelompok-kelompok
takson. Di samping itu, taksonomi dengan menggunakan komputer
sekarang semakin meningkatkan obyektivitas yang lebih besar dalam
penempatan dan pemantapan kelompok dalam taksonomi.

Sistem klasifikasi mikrobiologi didasarkan pada hirarkhi

taksonomi atau penataan kelompok atau kategori yang menempatkan
takson spesies pada suatu ujung dan kingdom di ujung lainnya.
Taksonomi yang lengkap merupakan klasifikasi yang terdiri atas taksa
kingdom sampai varietas. Takson kingdom pada garis besarnya terdiri
atas devisio-devisio, takson devisio terdiri atas kelas-kelas, takson
kelas terdiri atas ordo-ordo, takson ordo terdiri atas famili-famili,
takson famili terdiri atas genera, takson genus terdiri atas spesies-
spesies, dan takson spesies terdiri atas varietas atau formaspesialis
(bentuk khusus). Secara ringkas, taksa yang dimaksud adalah sebagai
berikut :

Kingdom : terdiri atas seluruh mikrobia di dalam hirarkhi ini

Divisio : sekelompok kelas yang berkerabat
Kelas : sekelompok ordo yang serupa

Politeknik LPP Yogyakarta | Hand Out Kuliah Mikrobiologi 35

Industri
 BAB III : Klasifikasi & Karakterisasi
Mikrobia

Ordo : sekelompok famili yang serupa

Famili : sekelompok genus yang serupa
Genus : sekelompok spesies yang serupa

Spesies : sekelompok mikrobia berkerabat dekat yang

individu-individunya di dalam kelompok ini serupa
pada sebagian terbesar ciri-cirinya

Sebagai contoh, klasifikasi bakteri bintil akar kedelai, yaitu sebagai

berikut :
Kingdom : Bacteria
Divisio : Protophyta (Scizophyta)
Kelas : Schizomycetes
Ordo : Eubacteriales
Famili : Rhizobacteriaceae
Genus : Rhizobium

Spesies : Rhizobium japonicum

Khusus untuk kelompok bakteri, di dunia dikenal adanya

database jenis dan karakter seluruh bakteri sudah sudah berhasil
diidentifikasi. Database tersebut tersedia dalam bentuk buku yang
selalu di update berkala, yaitu buku Bergeys Manual of Determinative
Bacteriology. Sedangkan untuk mikrobia jenis lainnya, di dunia ini
tidak ada database yang bisa menyamai kelengkapan database
bakteri tersebut.
Taksonomi mikrobia bukanlah subjek yang statis. Skema
klasifikasi terus menerus berubah secara perlahan karena diperoleh
lebih banyak informasi dan karena dikembangkannya berbagai metode
untuk menafsirkan data. Dua perkembangan yang relatif baru telah
muncul untuk digunakan dalam taksonomi mikroorganisme sehingga
Politeknik LPP Yogyakarta | Hand Out Kuliah Mikrobiologi 36
Industri
 BAB III : Klasifikasi & Karakterisasi
Mikrobia

yang dalam berbagai cara akan membuat keputusan-keputusan yang

lebih objektif sehingga muncul adanya salah satu cara ialah taksonomi
numeris dan taksonomi genetika.

Politeknik LPP Yogyakarta | Hand Out Kuliah Mikrobiologi 37

Industri