Struktur DNA dan

Pengaruh
Perubahannya

Denny AP
G64130017 / Q08.1
PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

Asam nukleat merupakan suatu polinukleotida, yaitu polimer linier yang

tersusun dari monomer-monomer nukleotida yang berikatan melalui ikatan
fosfodiester. Fungsi utama asam nukleat adalah sebagai tempat penyimpanan dan
pemindahan informasi genetik. Informasi ini diteruskan dari sel induk ke sel anak
melalui proses replikasi. Sel memiliki dua jenis asam nukleat yaitu asam
deoksiribonukleat (deoxyribonucleic acid/DNA) dan asam ribonukleat (ribonucleic
acid/RNA). (Marks Dawn, et al., 2000).
Dua tipe utama asam nukleat adalah asam dioksiribonukleat(DNA) dan
asam ribonukleat (RNA). DNA terutama ditemui dalam inti sel, asam ini
merupakan pengemban kode genetik dan dapat memproduksi atau mereplikasi
dirinya dengan tujuan membentuk sel-sel baru untuk memproduksi organisme itu
dalam sebagian besar organisme, DNA suatu sel mengerahkan sintesis molekul
RNA, satu tipe RNA, yaitu messenger RNA(mRNA), meninggalkan inti sel dan
mengarahkan tiosintesis dari berbagai tipe protein dalam organisme itu sesuai
dengan kode DNA-nya.

B. Rumusan Masalah
1. Apa yang dimaksud dari DNA dan RNA ?
2. Bagaimana Struktur DNA dan RNA ?
3. Pengaruh perubahan struktur DNA dan RNA ?

C. Tujuan Penulisan
Tulisan ini bertujuan untuk mengetahui pengertian DNA dan RNA,
perbedaannya baik ukuran, lokasi, dan struktur DNA dan RNA tersebut, serta
fungsi dari masing-masing DNA dan RNA.
D. Pembahasan

1. Definisi DNA dan RNA

DNA adalah polimer asam nukleat yang tersusun secara sistematis dan
merupakan pembawa informasi genetik yang diturunkan kepada jasad
kteturunannya. Informasi genetik disusun dalam bentuk kodon yang berupa tiga
pasang basa nukleotida dan menentukan bentuk,struktur, maupun fisiologi
suatu jasad.
Secara struktural, DNA merupakan polimer nukleotida, di mana untuk setiap
nukleotida tersusun atas gula deoksiribosa, pospat, dan basa. Polimer tersebut
membentuk struktur double heliks, di mana kedua heliks disatukan oleh ikatan
hidrogen yang terjadi antara basa-basa yang ada. Ada empat macam basa yang
terdapat di dalam DNA, yaitu Adenin, Sitosin, Guanin, dan Timin. Adenin akan
membentuk dua ikatan hidrogen dengan Timin, sedangkan Guanin akan
membentuk tiga ikatan hidrogen dengan Sitosin. Kombinasi jumlah dan susunan
yang terjadi antara ikatan-ikatan basa ini memungkinkan setiap organisme
memilik cetak biru genetik yang spesifik (khas) yang membedakannya dari cetak
biru milik organisme lainnya.
DNA pada makhluk hidup dapat ditemukan di inti sel (nukleus),
mitokondria, dan klorofil. Namun pada manusia, DNA hanya ditemukan di
nukleus dan mitokondria. Jumlah pasang basa pada DNA nukleus adalah sekitar
tiga milyar. Pengorganisasian DNA di nukleus diawali oleh perikatan DNA
dengan oktamer histon membentuk nukleosom. Sepotong sekuens DNA dengan
panjang sekitar 146-147 pasang basa akan mengelilingi delapan histon sebanyak
1.67 kali. Nukleosom-nukleosom akan berpolimerisasi membentuk
polinukleosom yang kemudian disimpan di dalam kromosom. Kromosom-
kromosom inilah yang berada di dalam DNA, yang akan menggandakan dirinya
pada saat pembelahan sel. Sedangkan DNA yang berada di mitokondria (atau
lebih dikenal dengan nama mtDNA) berbentuk sirkuler (melingkar). Jumlah
pasang basa pada mtDNA lebih sedikit daripada jumlah pasang basa pada DNA
nukleus, yaitu sekitar 160.000. Namun apabila terjadi mutasi pada mtDNA akan
mengakibatkan kerusakan pada sistem yang peka terhadap kebutuhan energi
seperti sistem saraf dan otot.
RNA ( ribonucleic acid ) atau asam ribonukleat merupakan makromolekul
yang berfungsi sebagai penyimpan dan penyalur informasi genetik.RNA sebagai
 penyimpan informasi genetik misalnya pada materi genetik virus, terutama
golongan retrovirus.RNA sebagai penyalur informasi genetik misalnya pada
proses translasi untuk sintesis protein.RNA juga dapat berfungsi sebagai enzim
( ribozim ) yang dapat mengkalis formasi RNA-nya sendiri atau molekul RNA lain.

2. Struktur DNA dan RNA

2.1 Deoxyribonucleic Acid (DNA)

Ada tiga struktur DNA yang dikenal selama ini. Struktur-struktur DNA
tersebut adalah sebagai berikut:
1. Struktur Primer
DNA tersusun dari monomer-monomer nukleotida. Setiap nukleotida
terdiri dari satu basa nitrogen berupa senyawa purin atau pirimidin, satu gula
pentosa berupa 2-deoksi-D-ribosa dalam bentuk furanosa, dan satu molekul
fosfat. Penulisan urutan basa dimulai dari kiri yaitu ujung 5 bebas (tidak
terikat nukleotida lain) menuju ujung dengan gugus 3 hidroksil bebas atau
dengan arah 5 3 (Darnell, et al., dalam T. Milanda, 1994).
2. Struktur Sekunder
Salah satu sifat biokimia DNA yang menentukan fungsinya sebagai
pembawa informasi genetik adalah komposisi basa penyusun. Pada tahun
1949-1953, Edwin Chargaff menggunakan metode kromatografi untuk
pemisahan dan analisis kuantitatif keempat basa DNA, yang diisolasi dari
berbagai organisme. Kesimpulan yang diambil dari data yang terkumpul
adalah sebagai berikut :
a. Komposisi basa DNA bervariasi antara spesies yang satu dengan spesies
yang lain.
b. Sampel DNA yang diisolasi dari berbagai jaringan pada spesies yang sama
mempunyai komposisi basa yang sama.
c. Komposisi DNA pada suatu spesies tidak berubah oleh perubahan usia,
keadaan nutrisi maupun perubahan lingkungan.
d. Hampir semua DNA yang diteliti mempunyai jumlah residu adenin yang
sama dengan jumlah residu timin (A=T), dan jumlah residu guanin yang
sama dengan jumlah residu sitosin (G=C) maka A+G = C+T, yang disebut
aturan Charrgaff.
 e. DNA yang diekstraksi dari spesies-spesies dengan hubungan
kekerabatan yang dekat mempunyai komposisi basa yang hampir sama.
Pada tahun 1953, James D. Watson dan Francis H.C. Crick berhasil
menguraikan struktur sekunder DNA yang berbentuk heliks ganda melalui
analisis pola difraksi sinar X dan membangun model strukturnya (Darnell, et al.
dalam T. Milanda, 1994). Heliks ganda tersebut tersusun dari dua untai
polinukleotida secara antiparalel (arah 53 saling berlawanan), berputar ke
kanan dan melingkari suatu sumbu. Unit gula fosfat berada di luar molekul
DNA dengan basa-basa komplementer yang berpasangan di dalam molekul.
Ikatan hidrogen di antara pasangan basa memegangi kedua untai heliks ganda
tersebut (Willbraham and Matta dalam T. Milanda, 1994). Kedua untai
melingkar sedemikian rupa sehingga keduanya tidak dapat dipisahkan kembali
bila putaran masing-masing untai dibuka.

Gambar 1. Struktur DNA (Steve, Prentis. 1990)

Keterangan : a. Struktur primer DNA
b. Struktur sekunder DNA

Jarak di antara kedua untai hanya memungkinkan pemasangan basa purin

(lebih besar) dengan basa pirimidin (lebih kecil). Adenin berpasangan dengan
timin membentuk dua ikatan hidrogen sedangkan guanin berpasangan dengan
sitosin membentuk tiga ikatan hidrogen. Dua ikatan glikosidik yang mengikat
pasangan basa pada cincin gula, tidak persis berhadapan. Akibatnya, jarak
antara unit-unit gula fosfat yang berhadapan sepanjang heliks ganda tidak
sama dan membentuk celah antara yang berbeda, yaitu celah mayor dan celah
minor (Marks, et al., 1996 ; Robert K. Murray, et al., 2000).
 3. Struktur Tersier
Kebanyakan DNA virus dan DNA mitokondria merupakan molekul lingkar.
Konformasi ini terjadi karena kedua untai polinukleotida membentuk struktur
tertutup yang tidak berujung. Molekul DNA lingkar tertutup yang diisolasi dari
bakteri, virus dan mitokondria seringkali berbentuk superkoil, selain itu DNA
dapat berbentuk molekul linier dengan ujung-ujung rantai yang bebas.

Gambar 2. Struktur Tersier DNA (Steve, Prentis. 1990)

Keterangan : a. Konformasi DNA sirkular
b. Konformasi DNA linear

2.2 Ribonucleic Acid (RNA)

RNA hampir sama dengan DNA, perbedannya terletak pada :

1. Basa utama RNA adalah Adenin, Guanin, Sitosin dan Urasil, dengan
panjang molekul 70 sampai 10.000 pb.
2. Unit gula RNA adalah D-ribosa
3. Molekul RNA berupa untai tunggal, kecuali pada beberapa virus.

3. Pengaruh Perubahan Struktur DNA dan RNA

Denaturasi termal dan renaturasi

Beberapa senyawa kimia tertentu dapat menyebabkan terjadinya denaturasi

DNA. Ternyata, panas juga dapat menyebabkan denaturasi asam nukleat. Proses
denaturasi ini dapat diikuti melalui pengamatan nilai absorbansi yang meningkat
karena molekul rantai ganda (pada dsDNA) akan berubah menjadi molekul rantai
tunggal.
 Denaturasi termal pada DNA, terjadi sangat cepat dan bersifat koperatif karena
denaturasi pada kedua ujung molekul dan pada daerah kaya AT akan mendestabilisasi
daerah-daerah di sekitarnya.
Suhu ketika molekul DNA mulai mengalami denaturasi dinamakan titik leleh
ataumelting temperature (Tm). Nilai Tm merupakan fungsi kandungan GC sampail
DNA, dan berkisar dari 80 C hingga 100C untuk molekul-molekul DNA yang panjang.

Pengaruh Alkali
Pengaruh alkali terhadap asam nukleat akan mengakibatkan terjadinya
perubahan status tautomerik basa. Contohnya peningkatan pH akan menyebabkan
perubahan struktur guanin dari bentuk keto menjadi bentuk enolat karena molekul
tersebut kehilangan sebuah proton. Selanjutnya, perubahan ini akan menyebabkan
terputusnya sejumlah ikatan hidrogen sehingga pada akhirnya rantai ganda DNA
mengalami denaturasi. Hal yang sama terjadi pula pada RNA. Bahkan pada pH netral
sekalipun, RNA sangat rentan terhadap hidrolisis bila dibandingkan dengan DNA hal
ini dikarenakan adanya gugus OH pada atom C nomor 2 di dalam gula ribosanya.

Denaturasi Kimia
Telah diketahui ada beberapa bahan kimia yang dapat menyebabkan denaturasi
asam nukleat pada pH netral. Contoh yang paling dikenal adalah urea (CO(NH2)2)
dan formamid (COHNH2). Pada konsentrasi yang relatif tinggi, senyawa-senyawa
tersebut dapat merusak ikatan hidrogen. Artinya, stabilitas struktur sekunder asam
nukleat menjadi berkurang dan rantai ganda mengalami denaturasi.
 DAFTAR PUSTAKA

Darnell J., Lodish H., and Baltimore D., 1990, Molecular Cell Biology, 2nd edition,
Scientific American Book Inc., New York, p. 99-76
Pelczar, M. J. dan E. C. S. Chan, 1988, Dasar-Dasar Mikrobiologi, Jilid 2, Terjemahan
Ratna Sri Hadioetomo, dkk., Penerbit Universitas Indonesia, Jakarta, h. 449
Watson, J. D., et al., 1987, Molecular Biology of the Gene, 4th edition, The
Benjamin/Cummings Publishing Company Inc., Menco Park, California
Poedjiadi, Anna. 2005.Dasar-dasar Biokimia.UI Press.Jakarta
Stryer, L. 1988, Biochemistry, thrid edition. Stanford University, W.H. Freeman and
Company, New York
Wolf, L.S., 1993, Molecular and cellular Biology. California: Wardsworth Publishing
Company
D. L. Nelson and M. M. Cox. Lehninger Principles of Biochemistry. Worth Publishers,
3rd edition, 2000.