Tugas Individu

Mikrobiologi

RANGKUMAN MATERI
MIKROBIOLOGI PERTANIAN

Disusun Oleh :

Nama : Yusnita Suni

NIM : G111 15 346
Kelas : Mikrobiologi D
Dosen : Dr. Ir. Untung Surapati, MS.

PROGRAM STUDI AGROTEKNOLOGI

FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS HASANUDDIN
MAKASSAR
2016
 MIKROBIOLOGI PERTANIAN

Mikrobiologi merupakan suatu cabang ilmu yang mempelajari tentang

organisme yang relatif kecil sampai dengan yang bisa dilihat mata.
Mikroorganisme tersebut termasuk diantaranya: bakteri, virus, cendawan, alga,
nematoda, serta Prion (protein infeksius). Mikrobiologi mencakup beberapa
cabang studi diantaranya yaitu bakteriologi, virologi, mikologi, dan lain-lain.

A. Bakteriologi Pertanian
Ada banyak bakteri yang terdapat di alam. Beberapa diantaranya bersifat
parasit dan ada pula yang bersifat menguntungkan terutama untuk bidang
pertanian. Beberapa bakteri yang bersifat parasit contohnya yang memnyebabkan
penyakit pada tanaman yaitu Agrobacterium tumefaciens yang menyebabkan
penyakit pada batang kopi.
Disamping itu, bakteri yang bersifat menguntungkan diantaranya yaitu
bakteri yang dapat mengikat nitrogen bebas. Bakteri pengikat nitrogen yang hidup
bebas diantaranya adalah Azotobacter, Rhodosphillum rubrum, dan Clostridium
pasteurianum, sedang yang hidup bersimbiosis adalah Rhyzobium
leguminosorum. Hasil pengikatan nitrogen bebas tersebut adalah amonia. Bakteri
nitrifikasi yang mampu mengubah amonia menjadi nitrat diantaranya adalah
Nitrosomonas, Nitrosococcus, dan Nitrobacter. Reaksi pembentukan amonia dapat
dilihat sebagai berikut :

N2 + 6e + 6H+ 2NH3

Kemampuan bakteri untuk memfiksasi nitrogen bebas dikendalikan oleh

gen nif. Gen ini telah berhasil ditransfer melalui konjugasi dan transduksi dari
Klebsiella yang satu ke Klebsiella mutan yang bukan merupakan galur pengfiksasi
nitrogen.
Beberapa bakteri sekarang telah dikembangkan menjadi biopestisida.
Penggunaan biopestisida jauh lebih menguntungkan daripada pestisida. Hal ini
dikarenakan pestisida menimbulkan efek residu terhadap lingkungan termasuk
manusia. Bakteri-bakteri tertentu dapat menghasilkan endotoksin yang dapat
meracuni serangga hama tanaman tertentu misalnya bakteri Bacillus thuringiensis.
B. Mikologi Pertanian
Sama halnya dengan bakteri, jamur juga dapat bersifat merugikan dan
memberikan keuntungan dalam bidang pertanian. Salah satu jamur yang bersifat
merugikan dengan menghambat pertumbuhan dan produksi suatu tanaman yaitu
jamur Fusarium yang sering menimbulkan penyakit pada tanaman tomat, umbi
kentang, padi, buah pisang, dan tebu.
Jamur banyak dimanfaatkan untuk pembuatan PST (Protein Sel Tunggal).
Produk ini banyak dipakai sebagai sumber protein pakan ternak. Contohnya yaitu:
Paecilomyces varioti, Saccharomyces cerevisiae, Candida utilis, dan lain-lain.
Namun ada beberapa keterbatasan penggunaan PST pada manusia yaitu :
1) Tingginya kandungan asam nukleat pada banyak mikroorganisme yang
dapat mengakibatkan terbentuknya batu ginjal.
2) Masalah-masalah yang berhubungan dengan kesulitan pencernaan dan
gastroenteritis.
3) Kemungkinan adanya racun atau senyawa karsinogenik dari residu substrat.

C. Virologi Pertanian
Berikut ini beberapa virus penyebab penyakit pada tanaman budidaya yaitu :
1) Virus Mosaik (Tobacco Mozaic Virus)
Virus ini menyerang daun tanaman tembakau. Gejalanya berupa bercak-
bercak pada daun tembakau. Bercak-bercak tersebut kemudian
menggembung dan berwarna hijau sehingga menghambat pertumbuhan daun
tembakau.
2) Virus Tungro
Virus ini menyerang tanaman padi dan menyebabkan tanaman tersebut
menunjukkan gejala pertumbuhan yang terhambat sehingga menjadi kerdil.
Penyebaran virus ini disebabkan oleh vektor yaitu wereng coklat dan wereng
hijau.
D. Mikroorganisme Tanah
Mikrobiologi tanah merupakan suatu ilmu yang mempelajari tentang
mikroorganisme tanah yang erat kaitannya dengan mikrobiologi pertanian.
Mikroorganisme tanah memiliki peranan penting dalam mendegradasi bahan
organik kompleks berupa sisa-sisa tanaman dan hewan yang telah mati serta
produk buangan aktivitas manusia menjadi bahan anorganik yang lebih sederhana
untuk selanjutnya dijadikan sebagai zat hara bagi tanaman.

1. Mikroorganisme dalam tanah

Populasi mikroorganisme dalam tanah pertanian yang subur dapat dilukiskan
sebagai berikut: Bakteri (2.500.000.000), Actinomycetes (700.000), Fungi
(400.000), Algae (50.000), dan Protozoa (30.000) per gram tanah pertanian yang
subur. Populasi mikroorganisme dalam tanah dapat dipengaruhi oleh berbagai
faktor yang mempengaruhi pertumbuhan mikroorganisme yaitu: 1) jumlah dan
macam zat hara, 2) kelembaban, 3) tingkat aerasi, 4) suhu, 5) pH, 6) perlakuan
pada tanah misalnya pemumpukan atau banjir yang dapat menyebabkan
peningkatan jumlah mikroorganisme, serta 7) musim dan interaksi antara
mikroorganisme.
Bakteri Actinomycetes seperti Nocordia, Streptomyces, dan
Micromonospora merupakan kelompok mikroorganisme yang menyebabkan bau
musty (bau seperti tanah yang baru dibajak). Mereka berperan dalam
mendegradasi bahan organik sehingga mampu meningkatkan kesuburan tanah.
Peranan fungi adalah melaksanakan dekomposisi jaringan tanaman seperti
selulosa, lignin, dan pectin. Salah satu ciri utama tanah pertanian adalah adanya
butiran tanah. Ini disebabkan oleh penetrasi miselium fungi ke dalam tanh
sehingga menyebabkan terbentuknya partikel kecil tanah.

2. Mikroorganisme di bagian Rhizosphere

Rhizosphere merupakan daerah pertemuan antara akar dan tanah atau
disebut juga dengan daerah perakaran. Bakteri mendominasi daerah rhizosphere.
Pertumbuhannya diaktivasi oleh bahan nutrisi yang dilepaskan jaringan tanaman,
misalnya asam amino, vitamin, dan zat hara lainnya.
3. Interaksi antara mikroorganisme tanah
Ekosistem mikroorganisme tanah mencakup komponen biotik dan abiotik
(jumlah total mikroorganisme, komposisi tanah, dan sifat fisika tanah). Di dalam
ekosistem tersebut terjadi interaksi. Interaksi tersebut dapat bersifat netral, positif
(mutualisme dan komensalisme), dan negatif (antagonism, kompetisi, parasitisme,
dan predasi).
 a. Netralisme, yaitu apabila dua mikroorganisme menempati habitat yang
sama tanpa merugikan atau menguntungkan satu sama lain. Hal ini
disebabkan zat hara yang diperlukan keduanya berbeda sehingga interaksi
jenis ini hanya bersifat sementara dan dapat berubah suatu waktu karena
perubahan lingkungan.
b. Mutualisme, yaitu interaksi yang menghasilkan keuntungan bagi kedua
belah pihak. Contohnya seperti penukaran zat hara antara kedua pihak,
dimana interaksi ini disebut sintrofisme.
c. Komensalisme, yaitu interaksi yang menggambarkan dimana salah satu
pihak mandapat keuntungan sedangkan pihak yang lain tidak dirugikan
maupun diuntungkan.
d. Antagonisme yaitu interaksi dimana salah satu pihak merugikan pihak
lainnya. Organisme semacam ini mungkin sangat berguna karena seringkali
menghasilkan antibiotic ataupun substansi penghambat lainnya yang mapu
menghambat pertumbuhan mikroorganisme lainnya.
e. Kompetisi yaitu apabila dua mikroorganisme saling mempredominasi
ataupun mengenyahkan satu sama lain. Interaksi ini disebabkan kompetisi
untuk suatu zat hara tertentu.
f. Parasitisme, yaitu interaksi dimana satu spesies hidup di dalam spesies
lainnya. Parasite menggunakan sel, jaringan, atau cairan tubuh inang untuk
kelangsungan hidupnya.

4. Peranan mikroorganisme dalam tanah

Mikroorganisme tanah berfungsi sebagai agens biokemik dalam pengubahan
senyawa organik yang kompleks menjadi senyawa anorganik. Proses ini disebut
mineralisasi.
a. Siklus Nitrogen
Reaksi biokimia dalam siklus nitrogen meliputi proteolisis, amonifikasi,
nitrifikasi, reduksi nitrat menjadi ammonia, denitrifikasi, dan fiksasi nitrogen.
a) Proteolisis
Untuk dapat membebaskan nitrogen yang terperangkap dalam protein
terlebih dahulu harus ada enzim proteinase (paling potensial dihasilkan dari
kelompok Clostridia), sehingga protein dapat diuraikan menjadi peptida.
 Peptide diuraikan oleh enzim peptidase sehingga pada akhirnya
menghasilkan asam amino.

Protein Peptida Asam Amino

Proteinase Peptidase

b) Amonifikasi
Amonifikasi merupakan pembentukan amoniak. Untuk membebaskan
nitrogen dari senyawa asam amino dilakukan deaminasi yaitu pembuangan
kelompok amino. Hasil akhir yang didapatkan yaitu amonia (NH 3). Amonia
akan menguap dalam bentuk terlarut dalam bentuk NH 4. Reaksi deaminasi
dapat dilihat sebagai berikut:

CH3CHNH2COOH + O2 CH3COCOOH + NH3

Alanin deaminasi As. Piruvat Amonia

c) Nitrifikasi
Nitrifikasi merupakan pengubahan amonia menjadi nitrat dengan bantuan
mikroorganisme. Tahapan proses nitrifikasi adalah sebagai berikut:
1. Oksidasi ammonia menjadi nitrit oleh bakteri pengoksida ammonia
2 NH3 + 3 O2 2 HNO2 + 2 H2O
2. Oksidasi nitrit menjadi nitrat oleh bakteri pengoksida nitrat
HNO2 + O2 HNO
Kedua kelompok bakteri tersebut termasuk dalam kelompok gram negative,
kemoorganotrof, sumber utama karbon dihasilkan melalui fiksasi CO, energy
diperoleh dari NH3 dan NO2.

d) Reduksi nitrat menjadi ammonia

Beberapa bakteri heterotrofik dapat mengubah nitrat menjadi nitrit dan
amonia. Hal ini biasanya terjadi secara anaerobik, seperti misalnya terjadi
pada tanah terendam air (waterlogged). Oksigen dari nitrat berfungsi sebagai
akseptor elektron dan hidrogen berfungsi sebagai donor elektron. Reaksinya
dapat dilihat sebagai berikut:

HNO3 + 4 H2O NH3 + 3 H2O

e) Denitrifikasi
Denitrifikasi adalah perubahan nitrat menjadi N2 yang dilakukan oleh
mikroorganisme dalam beberapa tahan reaksi. Proses ini sangat merugikan
apabila ditinjau dari segi pertanian dikarenakan akan menyebabkan hilangnya
 nitrogen dari tanah sehingga menyebabkan penurunan zat hara untuk
tanaman. Bakteri yang mampu mengubah NO3 menjadi N2 yaitu
Achromobacter, Agrobacterium, Alcaligenes, Bacillus, Chromobacterium,
Flavobacterium, Hyphomicrobium, Pseudomonas, Thiobacillus, dan Vibrio.
Resksi denitrifikasi adalah sebagai berikut :

2 NO3 2 NO2 2 NO N2O N2

Produksi nitrifikasi akan meningkat dalam tanah apabila jumlah bahan

organik tanah tinggi, peningkatan suhu (25-600C), pH netral atau basa, dan
konsentrasi oksigen sedikit.

f) Fiksasi nitrogen
Fiksasi nitrogen merupakan perubahan nitrogen menjadi ammonia dengan
bantuan sejumlah mikroorganisme. Dua kelompok mikroorganisme yang
terlibat dalam proses fiksasi nitrogen yaitu mikroorganisme non simbiotik
dan mikroorganisme simbiotik.
Fiksasi nitrogen non simbiotik
Fiksasi nitrogen non simbiotik dilakukan oleh Clostridium pasteurianum dan
Azotobacter. Clostridrium bersifat anaerobik sedangkan Azotobacter bersifat
aerobik. Kemampuan fiksasi nitrogen Clostridium lebih kuat jika
dibandingkan dengan kemampuan fiksasi nitrogen Azotobacter.
Fiksasi nitrogen simbiotik
Fiksasi nitrogen simbiotik dilakukan oleh Rhizobium dengan leguminosae.
Sebelum memfiksasi nitrogen, bakteri ini harus tumbuh terlebih dahulu
dalam jaringan akar. Adanya bakteri ini dalam jaringan akar menyebabkan
terjadi pembengkakan dan peningkatan pembelahan sel sehingga terjadilah
pembentukan nodula.
Interaksi antara Rhizobium dengan tanaman bersifat spesifik. Hal ini berarti
bahwa Rhizobium yang efektif untuk satu tanaman leguminosa tertentu
belum tentu efektif untuk tanaman leguminosa lainnya.

b. Siklus Karbon
Bakteri juga mempunyai kemapuan mensintesa karbon anorganik menjadi
karbon organik. Contohnya yaitu :
 a. Penggunaan CO2 oleh bakteri autotrof. CO2 digunakan sebagai satu-satunya
sumber karbon dan direduksikan menjadi karbohidrat.
CO2 + 4 H (CH2O)x + H2O
b. Fiksasi CO2 oleh bakteri heterotrofik.
CH3COOH + CO2 HOOCCH2COCOOH
Degradasi senyawa karbon organik
Selulosa meupakan senyawa organik yang paling banyak ditemukan pada
tumbuhan. Sasaran pertama enzim selulase pada polimer glukosa ini adalh
menguraikannya menjadi selobiosa yang mengandung 2 unit glukosa. Selobiosa
diuraikan oleh b-glukosidase menjadi glukosa. Glukosa ini kemudian dapat
digunakan oleh banyak bakteri. Oksidasi sempurna menghasilkan CO 2 DAN H2O.
proses yang serupa juga terjadi pada jaringan tanaman seperti pada jaringan
tanaman yang mengandung hemiselulosa, lignin, dan pectin yang merupakan
komponen serat dalam tanaman.

c. Siklus Sulfur
Perubahan kimiawi dalam siklus sulfur meliputi:
1) Oksidasi sulfur menjadi sulfat oleh Thiobacillus thiooxidans suatu bakteri
autotrof.
2 S + 2 H2O + 3 O2 2[H2SO4]
2) Sulfat diasimilasikan oleh tanaman dan terlihat sebagai asam amino yang
mengandung S dan protein. Degradasi protein (proteolisis) akan
membebaskan asam amino termasuk yang mengandung sulfur oleh bakteri
heterotrof.
3) Sulfur direduksikan menjadi asam sulfide oleh Desulfotomaculum.
4) Hidrogen sulfide yang dihasilkan oleh reduksi sulfat dan dekomposisi asam
amino dioksidasikan kembali menjadi unsur S. Reaksi ini dilaksanakan oleh
bakteri sulfur (fotosintetrik).

Dalam laboratorium, bakteri yang berperan dalam siklus sulfur ini diisolasi
melalui kolum Winogradsky. Tabung ini mengandung lumpur, CaSO4, dan
jaringan tanaman sebagai sumber selulosa dan air. Reaksi yang terjadi dalam
kolum ini adalah sebagai berikut :

1) Oksidasi terhadap senyawa organik oleh bakteri heterotrofik sehingga oksigen

dihabiskan dan terjadilah suasana anaerobik dalam kolum.
Senyawa organik + O2 Asam organik + CO2
2) Asam organik berfungsi sebgai donor elektron bagi reduksi sulfat dan dan
sulfit menjadi hidrogen sulfida oleh bakteri pereduksi sulfat yaitu
Desulfotomaculum.
3) Mikroorganisme fotosintetik, seperti bakteri hijau sulfur dan bakteri unggu
(Cromatium dan Chlorobium) menggunakan hidrogen sulfida sebagai
elektron donor untuk mereduksi CO2.
CO2 + H2S (CH2O)X + S
4) Thiobacillus terlihat pada bagian atas dan mengoksidasikan senyawa sulfur (S,
sulfida, dan sulfit). Hasil akhir oksidasi tersebut adalah sulfat dan akumulasi
unsur S.
5) Bakteri unggu nonsulfur (Rhodospirillum, Rhodopseudomone, dan
Rhodomicrobium) adalah fakutatif fototrop yang dapat menggunakan gas
hidrogen sebagai donor elektron dalam fotosintesis.
Ciri khas suatu kehidupan / makhluk hidup yaitu sebagai berikut:
1. Melakukan asimilasi (metabolisis) dengan melepaskan energi.
2. Mengeluarkan produk sisa metabolisme.
3. Tumbuh.
4. Berkembang biak.
5. Memperlihatkan beberapa bentuk kepekaan/tanggap terhadap lingkungan.
6. Virus dan subviral patogen.
- Viroid
Patogen ukuran kecil yang terdiri dari RNA dengan berat molekul
rendah. Dalam sel yang diinfeksi, viroid gampang melakukan replikasi
dari metabolit inang dengan menggunakan sistem biosintetik dari sel dan
enzim tanaman.
Contoh :
1. Penyakit cadang-cadang pada kelapa.
2. Penyakit kerdil tanaman hop (hop stunt viroid)
- Virusoid
Seperti RNA viroid yang terdapat/terselubung dalam virus yang juga
memiliki viral RNA. Viroid RNA berbentuk sirkular dan double
stranded RNA.
- Satelite virus
Virus dengan RNA berukuran kecil yang mengkode selubung
proteinnya sendiri tetapi replikasinya bergantung ppada RNA yang lain
yang tidak punya korelasi.
Contoh : Tobacco Mosaic Virus (TMV)
- Satelite RNA
RNA berukuran kecil yang berada dalam selubung protein yang dibuat
oleh RNA lain dan tidak punya korelasi. Satelit RNA bergantung pada
replikasinya sendiri.
Contoh : Cucumber Mosaic Virus (CMV) yang menginfeksi mentimun.
- Prion

Definisi virus :
Virus terdiri dari satu paket molekul asam nukleat atau lebih yang terselubung
oleh protein atau lipoprotein dan menerjemahkannya ke sel-sel inang untuk
replikasi.
Dalam sel, replikasi virus:
1. Tergantung pada sistem sintesis inang.
2. Terbentuk dari material yang dibutuhkan.
 3. Lokasi replikasi tidak terpisah dari sel-sel inang.
Contoh :
- Cacao swollen shoot virus (CSSV)
- Rice tungro virus (RTV)

Fungsi-fungsi inang yang dimanfaatkan oleh virus:

Virus tanaman:
1. Parasit obligat.
2. Replikasi bergantung pada aktivitas sel tanaman.
Tanaman > Virus
1. Komponen-komponen untuk sintesis valid
Metabolisme sel tanaman > asam-asam amino nukleotida-nukleotida
2. Energi
Metabolisme sel tanaman > nukleotida trifosfat dimanfaatkan oleh virus
untuk polimerisasi pada sintesis RNA.
3. Sintesis protein
Tanaman (Ribosom, tRNA, enzim-enzim, sitem sintesis protein sel
tanaman) > viral mRNA + 80 sistem ribosom sitoplasma > protein virus.
4. Sintesis asam nukleat
Kode untuk sintesis asam nukleat virus dimiliki oleh hampir semua virus.
Fase I Caulimoviruses, viral DNA masuk ke nukleus dan diterjemahkan
menjadi RNA.