menyimpan semua informasi genetika, yaitu seperangkat
cetak biru tentang karakteristik actual dan potensial yang diterima oleh suatu organisme dari generasi sebelumnya, untuk kemudian diwariskan ke generasi berikutnya. Setiap nukleotida tersusun oleh tiga komponen, molekul gulapentosa (doxyribose untuk DNA dan ribose untuk RNA), gugus phosphat,dan basa nitrogen. Dua komponen pertama terdapat pada semua nukleotida dengan susunan yang bentuk identik, sedangkan dengan komponen yang ketiga (basa nitrogen) mempunyai susunan dan bentuk yang berbeda didalam sutu nukleotida dengan nukleotida lainya.namun demikian,anya terdapat empat macam basa nitrogen penyusun setiap nukleat. Berdasarkan bentuk molekulnya, basa nitrogen dikelompokan mejadi dua yaitu puri dan pyramidin. Asam nukleat suatu polimer nukleotida yang berperan dalam penyimpanan serta pemindahan informasi genetika. Satu nukleotida terdiri atas tiga bagian.
Cincin purin atau pirimidin,
Yaitu basa nitrogen yang terikat pada atom C nomor 1
suatu molekul gula ( ribosa atau dioksiribosa ) melalui ikatan N-glukosidik. Ada dua macam basa nitrogen yang menyusun asam nukleat, yaitu basa purin yang terdiri atas adenin ( A ) dan guanine ( G ), serta basa pirimidin yang terdiri atas thymine ( T ), cytosine (C ), dan uracil ( U ) baik DNA (deoxyribonuceid) maupun RNA ribonucleic) tersusun atas A,G,C, tapi T hanya ada pada DNA sengang U hanya ada pada RNA. Akan tetapi Cuma ada pengkecualian, yaitu bahwa pada bebebrapa molekul tRNA terdapat basa T, sedangkan beberapa bakterofag DNA-nya tersusun atas U dan bukan basa T.
Molekul gula dengan atom C (pentosa).
Pada RNA gulanya adalah ribosa, sedangkan pada DNA
gulanya adalah deoksiribosa. Perbedaan dari kedua bentuk gula tersebut terletak pada atom C nomor 2. Pada RNA, Atom C nomor 2 berikatan dengan gugus hidroksil (OH) sedangkan pada DNA atom C Nomor 2 berikatan dengan atom H.
Gugus pospat
Terikat pada atom C nomor 5 melalui ikatan fosfoester.
Gugus pospat inilah yang menyebabkan asam nukleat berbuatan negative kuat. Asam nukleat ada dua macam : 1.Asam Deoksiribonukleat (DNA) 2. Asam Ribonukleat (RNA) DNA merupakan molekul raksasa yang tardapat didalam nukleus ( inti sel ), dengan massa molekul relatif (Mr) berkisar dari 6 juta sampai 16 juta. Setiap bagian fungsional DNA dikenal sebagai gen. Ribuan gen dari suatu organisme mengandung sandi genetic untuk urutan protein. Artinya, ia mengandung suatu informasi untuk sederetan rantai asam amino protein. Setiap asam amino dituliskan didalam urutan DNA yang sesuai dengan bantuan kodon yang terdiri atas tiga pasangan basa yang berurutan. Sebagai contoh adalah kodon untuk asam amino Fenilalanin (Phe) yaitu TTC.Molekul DNA terdiri dari dua rantai polimer yang melengkung heliks ganda. Heliks ganda tersebut dikukuhkan oleh ikatan hydrogen antara lain timin dari rantai yang satu dengan adenine dari rantai yang lain. Dan antara sitosin dari rantai yang satu dengan guanin dari rantai lainnya. Untuk ekspresi suatu gen, artinya sintasis dari protein- protein yang sesuai, informasi urutan DNA perlu diubah menjadi suatu urutan protein. Karena DNA sendiri tadak ikut ambil begian pada sintesis protein. Maka informasi perlu dipindahkan dari inti sel sempai ketempat dimana protein disintesis yaitu di ribosom. Untuk itu pertama melalui proses penyalinan ( transkripsi ). RNA merupakan polimer yang mempunyai massa molekul lebih kecil yaitu dari 20 ribu sampai 40 ribu. Bagian yang relevandari gen, disalin menjadi suatu RNA caraka (messenger RNA, mRNA). Urutan mRNA yang berbentuk sejodoh dengan rantai DNA yang mengandung sandi gen yang sesuai. Karena RNA mengandung urasil sebagai pengganti ti-min, maka dari triplet DNA AAG misalnya akan terbentuk kodon mRNA UUC. Baik DNA maupun RNA merupakan polimer atas unit-unit nukleotida. Suatu unit nukleutida terdiri atas tiga bagian: gula pentosa, basa organic ( senyawa heterosiklik yang mengandung nitrogen ), dan asam fosfat. Pentosa yang dikandung RNA adalah ribosa, sedangkan pentosa pada DNAadalah deoksiribosa, yang kekurangan suatu satu atim oksigen dari ribose. DNA dan RNA dapat dibedakan dari jenis gulanya. A. BASA. Basa asam nukleat adalah suatu heterosiklik aromatik yang berasal dari pirimidin atau purin. Lima dari basa- basa ini bersama-sama merupakan komponen utama dari asam nekleat dari selarah jaringan hidup. Basa purin adenine ( Ade ) dan guanin (Gua) seperti juga basa pirimidin sitosin (Cyt) di jumpai dalam RNA dan DNA. Sebaliknya urasil (Ura) hanya terdapat dalam RNA. Dalam DNA, urasil digantikan oleh timin (Thy), yaitu derivate 5- metil dari urasil. Sejumlah besar dari basa-basa lainnya yang dimodifikasi dijumpai pada tRNA dan pada jenis RNA lainnya. B. NUKLEOSIDA, NUKLEOTIDA. Monomer asam nukleat disebut nukleotida. Bila suatu basa dari asam nukleat dihubungkan dengan ribosa atau 2-deoksiribosa maka akan diperoleh suatu nukleosida. Nukleosida adalah nukeotida tampa gugus fosfat. Adapun basa organic yang terdapat pada RNA ada empat macam yaitu: 1. Adenin (6-Aminopurin) atau A, 2. Guanin (6-oksi-2-aminopurin) atau G 3. Sitosin (2-oksi-6-aminopurin) atau C 4. Urasil (2,6-dioksipirimidin) atau U Pada DNA tidak mengandung urasil, melainkan digantikan dengan timin (2,6-duoksi-5-metilpirimidin). Didalam sel, gugus 5-OH dari komponen gula pada nukleosida pada umumnya teresterisasi dengan asam fosfat. Dari adenosin akan terbentuk adenosain 5-OH monofosfat (AMP) dan dari dA yang sesuai dengannya dalam dAMP Kalau rantai 5-fosfat dihubungkan dengan rantai fosfat lainnya melalui ikatan asam anhidrida, maka diperoleh nukleosida difosfat dan trifosfat, misalnya ADP dan ATP. Kedua nuklesida ini merupakan koenzim penting pada metabolisme energi. C. Oligonukleotida, Polinukleotida. Rantai fosfat satu dengan yang lainnya dapat membentuk anhidrida asam. Hal ini memungkinkan adanya hubungan antara nukleotida satu dengan yang lainnya melalui rantai fosfat. Bila antai fosfat dari suatu nukleotida bereaksi dengan gugus 3-OH dari nukleotida lainnya, maka terbentuk suatu dinukleotida dengan struktur asamfosfat dister. Selanjutnya melalui hubungan dengan ikatan asam fosfat diester lainnya, dinukleotida ini dapat diperpanjang dengan satu tambahan mononukleotida. Dengan cara ini terbentuk oligonukleotida dan akhirnyapolinukleotida. Polinukleotida dengan komponen ribonukleotida disebut asam ribonukleat (RNA), dan yang terbentuk dari monomer deoksiribonukleat disebut asam deoksiribonukleat (DNA). Untuk menggambarkan struktur dari oligonukleat dan polinukleat digunakan singkatan- singkatan dari komponen nukleosida yang dituliskan dari kiri ke kanan dengan arah 5- 3. Kadang-kadang posisi rantai fosfat ditunjukan dengan p. dengan demikin struktur dari RNA. Pada nukleosida dan nukleotida, rantai pentosa terdapat dalam bentuk furanosa. Gula dan basa dihubungkan melalui suatu ikatan N-glikosidik antara C-1 gula dan N-9 cincin purin atau N-1 pirimidin. Ikatan ini selalu mempunyai konfigurasi. Jika basa organik berkaitan dengan pentosa, terbentuklah suatu nukleosida, dan jika nukleosida berkaitan dengan dengan asam fosfat, terbentuklah suatu nukleotida. Nukleosida pada RNA Adenin + Ribosa = Adenosin Guanin + Ribosa = Guanosin Sitosin + Ribosa = Sitodin Urasil + Ribosa = Uridin Nukleosida pada DNA Adenin + Deoksiribosa = Deoksiadenosin Guanin + Deoksiribosa = Deoksiguanosin Sitosin + Deoksiribosa = Deoksisitidin Timin + Deoksiribosa = Deoksitirimidin Persis seperti asam-asam amino yang berkondensasi untuk membentuk polimer protein maka nukleotida- nukleotida juga berkondensasi untuk membentuk polimer asam nukleat (DNA dan RNA). Gugus fosfat dari suatu nukleotida berkaitan dangan bagian pentosa dari nukleotida tetangganya sehingga terbentuklah rantai asam nukleat yang sangat panjang. Meskipun basa organik pada DNA dan RNA cuma empat macam, jumlah dan urutan basa-basa itu sangat bervariasi sehingga banyaknya! Bayangkan,untuk suatu rantai yang tersusun dari nukleotida, secara teoritis dapat terjadi 4x10E 87 jenis asam nukleat (DNA dan RNA) yang berbeda. Fungsi asam nukleat. DNA menyimpan informasi (kode) tentang jenis protein yang harus dibentukoleh suatu sel. Informasi genetic adalah relasi antara urut-urutan basa nitrogen dalam DNA menentukan urut-urutan asam amino dalam protein.struktur kode genetic itu disebut kodon. Kodon adalah rangkaian tiga nukleotida dalam urutan yang khas. Setiap kodon menentukan satu asam amino yang akan digunakan untuk sintesis protein.sel yang baru mempunyaiinformasi genetic yang identik dengan sel asal. Kadang suatu kekeliruan terjadi pada pembentukan kromosom baru.yang mengakibatkan perubahan sifat genetic. Hal seperti ini sering disebut mutasi. Friedrich Miescher (1844-1895) adalah orang yang mengawali pengetahuan mengenai kimia dan inti sel. Pada tahun 1868,dilaboratorium Hoppe-Syler di Tubingen, beliau memilih sel yang terdapat pada nanah bekas pembalut luka, kemudian sel-sel tersebut dilarutkan dalam asam encer dan dengan cara ini diperoleh inti sel yang masih terikat pada sejumlah protein. Dengan menambahkan enzim pemecah protein ia dapat memperoleh inti sel saja dan dengan cara ekstraksi terhadap inti sel diperoleh suatu zat yang larut dalam basa tetapi tidak larut dalam asam.kemudian zat ini dinamakannucleinsekarang dikenal dengan nama nucleoprotein. Selanjutnya dibuktikan bahwa asam nukleat merupakan salah satu senyawa pembentuk sel dan jaringan normal. Beberapa fungsi penting asam nukleat adalah menyimpan,menstransmisi, dan mentranslasi informasi genetik; metabolisme antara (intermediary metabolism) dan reaksi-reaksi informasi energi;koenzim pembawa energi; koenzim pemindah asam asetat, zat gula,senyawa amino dan biomolekul lainnya; koenzim reaksi oksidasireduksi.Asam nukleat dalam sel ada dua jenis yaitu DNA (deoxyribonucleicacid ) atau asam deoksiribonukleat dan RNA (ribonucleic acid )a ta uasam ribonukleat. Baik DNA maupun RNA berupa anion dan pada umumnya terikat oleh protein dan bersifat basa. Misalnya DNA dalam inti sel terikat pada histon.Senyawa gabungan antara protein dan asam nukleat disebut nucleoprotein. Molekul asam nukleat merupakan polimer seperti protein tetapi unit penyusunnya adalah nukleotida . ATP adalah salah satu contoh nukleotida asam nukleat bebas yang berperan sebagai pembawa energi. Asam nukleat merupakan polimer besar dengan ukuran yang bervariasi antara 25.000 /1.000.000 s/d1 milyar. Asam nukleat baikDNA maupun RNA tersusun dari monomer nukleotida . Nukleotidatersusun dari gugus fosfat, basa nitrogen dan gula pentosa. Basa nitrogen berasal dari kolompok purin dan pirimidin.Purin utamaasam nukleat adalah adenin dan guanin, sedangkan pirimidinnya adalah sitosin, timin dan urasil. Wastson dan Crick memperoleh nobel dalam bidang biologi modern pada tahun 1953 meneumukan struktur DNA adalah dOuble helix.penemuan ini merupakan tonggak sejarah yang pentig teradap munculnya rekayasa genetic yang lahir 20 tahun kemudian yaitu tahun 1973. Tanpa memahami struktur DNA yang merupakan unit yang paling kekil Proses transkripsi adalah pembentukan molekul RNA sesuaipesan yang diberikan oleh DNA. Pada tahapini informasi genetikdiberikan kepada molekul RNA yang terbentuk selaku perantaradalam sintesis protein. Proses transkripsi membutuhkan rantai DNA tunggal sebagaicetakan, RNA polimerase untuk pemanjanganrantai RNA, keempatribonukleosida 5- trifosfat ( ATP, GTP, UTP, dan CTP), serta berbagaienzim kompleks. Dalam proses ini terbentuk berbagai jenis RNA darigen DNA yang transkripsi. Gen adalah bagian tertentu dari DNAyang menyandi satu polipeptida (protein) tertentu. Proses ini menyerupai replikasi DNA namun ada perbedaanprinsip antara keduannya. Pada sintesis DNA seluruh urutannukleotida DNA digandakan sepertiDNA induk. Pada transkripsitidak semua DNA ditraksripsi menjadi RNA, hanya gen atau kolompok genyang ditranskripsi. Reaksi polimerisasi RNA berlangsung mengikuti arah ribonukleosida 5- trifosfatkeribonukleosida 3-fosfat. Produkyang terbentuk pada proses iniadalah RNA yang komplemen dengan salah satu rantai DNA dupleksyang menjadi cetakan.Semua produk RNA nya dalam berbagai jenis dan beruntai tunggal. Garis besar tahapan proses sintesis RNA.Tahap pertama : Enzim polimerase mengikat urutan basa spesifik atau urutan tanda permulaan DNA yaitu rangkaian 10 nukleotidayang kaya pirimidin. Pengikatan ini menyebabkan terbukanya heliksganda DNA dengan panjang tertentu (inisiasi). RNA polimerase padabakteri menghasilkan ketiga jenis RNA. Sementara pada selmamalia memerlukan RNA polimerase berbeda-beda untkmensintesis ketiga jenis RNA. AMP (elongasi)ikatan fosfodiester antara ribonukleosida trifosfat danujung 3- fosfat melalui cara seperti DNA polimerase I. Prosespemanjangan ini disertai dengan hidrolisis pirofoffat untukmembantu menyediakan gaya pendorong untuk reaksi tersebut.Substrat reaksi RNA polimerase adalah ATP, GTP, UTP, dan CTPsesuai dengan komplemennya pada urutan DNA. Tahap ketiga: Komplemen DNA-RNA (hibrid) yang dihasilkan membuka dengan melepaskan RNA yang terbentuk, diikutihibridisasi ulang rantai DNA membentuk untai DNA ganda. Padaujung gen, terdapat urutan penghenti (terminasi). yangmenyebabkan proses transkripsi berhenti. Keadaan ini diikutidengan pelepasan RNA polimerase dari DNA. Tahap keempat: Adalah tahap akhir dimana terjadi perubahan secara kimia RNA yang terbentuk. Biasanya setelah prosespembentukan RNA, terjadi proses lanjutan untuk membuat RNAmenjadi aktif. rRNA dan tRNA dibuat dalam bentuk prekusor yanglebih panjang, kemudian dimodifikasi dan dipecah untuk menghasilkan berbagai produk akhir. Demikian juga mRNA. Pada sel hewan yang terinfeksi virus dapat terjadi transkripsibalik yaitu polimerisasi DNA dari RNA. a.Tahap pertama asam amino dengan enzim dan AMPmembentuk kompleks aminoasil-AMP-enzim. b. Kedua, terjadi reaksi antara kompleks aminoasil-AMP- enzimdengan tRNA. Pada reaksi ini terbentuk kompleks tRNA-asamamino, sedangkan AMP dan enzim sintetase dilepaskankembali.Reaksinya: Enzim + Mg2+ asam amino + ATP Enzim-aminoasil-AMP + Ppi Enzim + Mg2+ Aminoasil-AMP + tRNA aminoasil- tRNA +
Pada kompleks amino asil tRNA , asam amino berikatan
dengannukleotida adenosin pada ujung RNA, yaitu pada gugus OH atomC nomor 3. 2. Di dalam ribosom terdapat sebagian dari rantai nukleotida mRNAyang telah siap menerima tRNA yang membawa asam amino.Tiap molekul aminoasil-tRNA masuk ke dalam ribosom secaraberurutan, membentuk pasangan kodon dan anti kodon yangsesuai. Untuk memulai biosintesis protein, tRNA yangmempunyai antikodon UAC mengikat formil-metionin dan masukke dalam ribosom menempati bagian dari mRNA yangBahan Ajar BiokimiaAsam Nukleat265 mempunyai kodon AUG. Formil metionin ini terbentuk setelahtRNA berikatan dengan metionin, kemudian berikutnya denganformil FH2 dengan bantuan enzim formilase 3. Selanjutnya tRNA kedua yang telah mengikat asam amino,misalnya tRNA-metionin, masuk kedlam ribosom dan menempatikodon AUG berikutnya. Dengan cara ini formil metionin yangmenjadi asam amino awal membentuk ikatan peptida denganmetionin. Setelah terjadi ikatan peptida, maka tRNA yangpertama dilepaskan dan keluar dari ribosom. Oleh karena dalamribosom hanya dapat ditempati oleh 2 tRNA, maka tRNA ketigamasuk setelah tRNA yang pertama keluar dari ribosom. MisalnyatRNA yang ketiga ialah tRNA yang mempunyai anti-kodon CACdan berpasangan dengan kodon ketiga pada mRNA yaitu GUG.tRNA ketiga ini mengikat valin dan dengan masuknya tRNA-valinke dalam ribosom, maka terjadi ikatan antara metionin valin.Proses pembentukan ikatan peptida ini berlangsung terus sesuaidengan kode genetika yang terdapat pada molekul mRNA. Reaksipembentukan ikatan peptida antara molekul asam-asam aminoini dapat berlangsung karena ikut sertanya guanosintrifosfat(GTP) yang berubah menjadi guanosindifosfat (GDP), denganmelepaskan satu gugus fosfat dan energi 4. Proses biosintesis protein akan berhenti apabila pada mRNAterdapat kodon UAA, UAG atau UGA, karena dalam sel normaltidak terdapat tRNA yang mempunyai antikodon komplementerterhadap ketiga kodon tersebut. Ketiga kodon ini merupakantanda berhenti (stop) pada proses pembentikan ikatan peptida.Sebagai ganti tRNA, ada 2 jenis protein yang dapat mengikatketiga jenis kodon tersebut. Protein ini berlaku sebagaisebagaifaktor- faktorpelepas (releasing factor = RF), ikatan asam aminoterakhir dengan tRNA. Kedua jenis protein ini diberi tanda RF1 danRF2. RF1 dapat mengadakan ikatan dengan kodon UAA dan UAG,sedangkan RF2 dengan UAA dan UGA. Terbentuknya ikatan keduaprotein tersebut dengan mRNA dapat mengaktifkan enzim Bahan Ajar Biokimia Asam Nukleat 266 transferase peptidil, sehingga enzim ini dapat bekerja sebagaikatalis dalam reaksi hidrolisis yang mengakibatkan terlepasnyaasam amino terakhir dari molekul tRNA. 5. Setelah tahap terminasi, dilanjutkan dengan tahap pelipatan danpengolahan yang bertujuan untuk memperoleh sifat aktif daripolipeptida (protein) yang terbentuk. Terbentuknya ikatan keduaprotein tersebut dengan mRNA dapat mengaktifkan enzimtransferase peptidil, sehingga enzim ini dapat bekerja sebagaikatalis dalam reaksi hidrolisis yang mengakibatkan terlepasnyaasam amino terakhir dari molekul tRNA. 2.2 PROTEIN Protein merupakan asam amino ( polipeptida ) yang mempunyai macam-macam fungsi, antara lain: Sebagai kalisator reaksi-reaksi biokimia dalam sel. Peranan ini diperankan oleh molekul protein khusus yaitu enzim. Reaksi-reaksi yang dikalis oleh enzimberkisar dari reaksi sederhana, misalnya hidrasi karbon dioksida, sampai reaksi kompeks, misalnya replikasi kremosom, ( reaksi yang dikatalis oleh enzim akan berjalan jauh lebih cepat dari pada reaksi tampa enzim ).enzim juga mempunyai peranan penting dalam studi biologi molekuler, contonyabenzim endonuklease restriksi ( restriction endonuclease ), enzim ligase, dan lainya. 1. Sebagai penggankut molekul-molekul kecil dan ion. Telah diketaui bahwa molekul-molekul berukuran kecil, misalnya oksigen, diangkut dalam jaringan tubuh jasad multiseluler oleh protein omoglobin atau oleh meoklobin. System pengangkutan nutrien kedalam sel jasad renik juja melibatkan protein pengangakut tertentu yang dikenal sebagai enzim permasae, baik melalui mekanisme difusi berbantuan ( facilitated diffusion ) atau transport aktif ( active transport ). Sebagai contoh, molekulkarbon lactose diangkut kedalam sel bakteri E. colimenggunakan protein penggangkut tertentu yaitu enzim permease loctosa ( lactase permease ), yakni suatu enzim yang sintesisnya dikode oleh gen lac. 2. Berperanan dalam system pergerangkan yang terkoordinasi, misalnya dalam kontraksi otot, pergerakan kromosom menuju kututp sel selama proses mitosis, maupun pegerakanflagela bakteri. 3. Sebagai komponen system kekebalan tubuh. System kekebalan tubuh ditentukan oleh adanya antibody yang merupakan protein dengan fungsi sangat spesifik . antibody akan disintesis jika adanya senyawa atau benda-benda asing masuk kedalam tubuh. Antibody berfungsi untuk mengendalikan benda-benda asing (anti gen). missal sel bakteri, virus, atau sel-sel jasad hidup lain. 4. Sebagai peromon.jasad eukaryote tngkat rendah,misalnya khamir saccharo-myses cerevisiae, menggasilkan molekul berukuran kecil yang disekrisikan kelluar sel. Khamir haploid S cerevisiae terdiri atas dua macam tipe mating yaitu tipe a dan tipe . Kedua macam tipe sel khamir tersebut mengasilkan feronom berbeda yang digunakan untuk menarik sel dengan tipe mating yang berbeda sehingga terjadi konjugasi. Feronomyang berfungsi didalam prosesperkawinanantara dua sel kamir yang berbeda tipenya tersebut tidak lain juga berbeda juga berupa molekul protein. 5. Sebagai pengatur ekspresi genetic . proses replikasi DNA, transkripsi, dan translasi yang berlangsung didalam sel merupakan proses seluleryang sangat kompleks dan dan diatur oleh bermacam-macam protein. 6. Sebagai kalisator reaksi (enzim) maupun protein regulator. Ekrepsi genetic , padadaasarnya menentukan semua aktifitas biologis jasad hidup. Pada jasad remik,misalnya,hal ini akan menentukan apakah suatu subrat dapat dibetamolisme. Pada jasad tingkat tinggi, ekreksi genetic juga menentukan proses diferensi. Oleh karena itu peranan protein dalam metabolism jasad hidup sangat besar dan vital. 7. Sebagai penerus impuls saraf.protein reseptor , misalnya rhodopsin,merupakan contoh protein yang berperan meneruskan stimulus tertentu ke sel saraf 8. Sebagai pendukung kekuatan-regang (tensile strength) pada kulit dan tulang,misalnya kolagen.
Protein tersusun atas satuan yang berupa asam
amino.jumlah asam amino yang umumterdapatjasad idupada 20macam. Gugus Satu asam amino terdidiriatas :
Satu gugus amino
Satu gugus karboksil
Satu gugus atomhidrogen
Satu rantai samping Yang terikat pada atom karbon.
Susunan tetrahedral keempat gugus tersebut
menentukan aktifitas optikasam amino sehingga ada dua bentuk isomer yaituL-isomer dan D-isomer. Hanya bentuk L-isomer yang menyusun protein. Perbedaan utama asam amino dengan yang satu dengan yang lain terletak pada bentuk gugus sampingnya.asam amino yang paling sederhana strukturnya adalah glisin yang mempunyai satu atom hidrogen pada gugus sampingnya.prolin adalah asam amino yang struktur dasarnya berbeda dengan asam aminoyang lain karena atom nitrogenya ada didalam struktur cicin,sehingga prolin lebih sesui dengan asam amino. Struktur prolin yang demikian menyebabkan terjadinya bengkokan pada struktur protein sehingga mempengaruhi arsitektur protein. Rantai samping asam amino dapat dibedakan :
serin, dan treonin) Nonpolar/hidrofobik (alanin, sistein,isoleusin,leusin, metonin, fenilalanin,prolin, tritofan,tirosin, dan valin).
Netral( glisin )
Struktur protein dapat dibedakan dalam empat
aras(level).
Struktur primer
Menyatakan susunan linier macam-macam asam amino
sepanjang rantai polipeptida.
Struktur sekunder
Mengambarkan pola pelipatan (folding ) bagian-bagian
polipeptida kedalam struktur yang diatur, misalnya hiliks dan lembaran terlipat- (-pleated sheet ). Struktur tesier.
Struktur tersier
Menggambarkan pelipatan bagian-bagian antara Heliks-
dan lembaran- serta semua interaksi nonkovalen yang menyebabkan terjadinya pelipatan yang sesuai pada suatu rantai polipeptida. Interaksi nonkovalen tersebut antara lain ikatan hydrogen, ikatan hydrofobik, dan interaksi van der waals
Struktur kuaterner
Menunjukan interaksi nonkovalen yang mengikat
beberapa rantai polipeptida kedalam satu molekul tunggal protein, misalnya hemoglobin. Dua puluh Macam asam amino yang terdapat di alam Asam amino Simbol satu- Simbol tiga huruf huruf Alanin A Ala Arginin R Arg Asparagin N Asn Asam D Asp aspartat C Cys Sistein Q Gln Glutamine E Glu Asam G Gly glutamate H His Glisin I Lle Histidin L Leu Isoleusin K Lys Leusin M Met Lisin F Phe Metionin P Pro Fenilalanin S Ser Prolin T Thr Serin W Trp Treonin Y Tyr Triptofan V Val Tirosin Valin