Anda di halaman 1dari 41

MAKALAH

EKSPRESI GENETIKA

Oleh:

Nama: PEMLI MATITAPUTI


NPM: 12113201140087

UNIVERSITAS KRISTEN INDONESIA MALUKU


PROGRAM STUDI ILMU KESEHATAN MASYRAKAT
2014
KATA PENGANTAR

Puji syukur penulis panjatkan kehadirat Tuhan Yang Maha Esa, karena berkat dan
rahmat-Nya sehingga makalah ini dapat diselesaikan dengan baik. Adapun makalah ini telah
dibuat sebagai salah satu persyaratan untuk menyelesaikan tugas pada mata kuliah Gizi dengan
judul Ekpresi Genetika.
Akhirnya penulis menyadari bahwa penulisan makalah ini masih jauh dari
kesempurnaan, sehingga penulis sangat membutuhkan kritikan dan saran yang bersifat
membangun dari semua pihak demi kesempurnaan makalah ini. Harapan penulis, semoga
makalah ini dapat diterima dan bermanfaat bagi para pembaca.

Ambon, 1 november 2015


BAB I

PENDAHULUAN

A. Latar belakang

B. Tujuan
1. Tujuan Umum
Untuk mengetahui ekpresi genetika pada manusia
2. Tujuan Khusus
a. Diketahuinya ekspresi genetika pada manusia

C. Manfaat
a. Manfaat Teoritis
Bermanfaat untuk pengembangan ilmu pengetahuan khususnya dalam mengidentifikasi
ekspresi genetika pada manusia
BAB II
PEMBAHASAN

A. EKSPRESI GEN
Ekspresi gen adalah proses dimana informasi dari gen yang digunakan dalam sintesis
produk gen fungsional. Produk-produk ini seringkali protein, tetapi dalam non-protein coding
gen seperti gen rRNA atau gen tRNA, produk adalah RNA fungsional. Proses ekspresi gen
digunakan oleh semua kehidupan yang dikenal - eukariota (termasuk organisme multisel),
prokariota (bakteri dan archaea) dan virus - untuk menghasilkan mesin makromolekul untuk
hidup.

B. Proses Ekspresi Gen dalam Organisme


Dalam tubuh manusia terdapat banyak gen (unit dasar hereditas dalam kehidupan
organisme) yang nantinya akan terekspresi menjadi fenotip (sifat yang tampak), misalnya rambut
hitam, kulit sawo matang, hidung mancung, dan sebagainya. Bagaimana suatu gen yang
ukurannya sangat kecil dapat menjadikan rambut kita berwarna hitam?
Dalam istilah biologi molekuler kita kenal dengan istilah Dogma Sentral Biologi
Molekuler. Apakah itu? Dogma di sini adalah suatu kerangka kerja untuk dapat memahami
urutan transfer informasi antara biopolymer (DNA, RNA, protein) dengan cara yang paling
umum dalam organisme hidup. Sehingga secara garis besar, dogma sentral maksudnya adalah
semua informasi terdapat pada DNA, kemudian akan digunakan untuk menghasilkan molekul
RNA melalui transkripsi, dan sebagian informasi pada RNA tersebut akan digunakan untuk
menghasilkan protein melalui proses yang disebut translasi.

a. Transkripsi
Transkripsi merupakan pengkopian daerah pengkode pada DNA menjadi RNA untai
tunggal (Lodish, 2005), pengertian ini diperjelas lagi dengan definisi transkripsi yang dijelaskan
dalam Wikipedia (2010) bahwa, transkripsi adalah pembuatan RNA dengan menyalin sebagian
berkas DNA, transkripsi merupakan bagian dari rangkaian ekspresi genetik. Pengertian asli
"transkripsi" adalah alih aksara atau penyalinan. Di sini, yang dimaksud adalah mengubah "teks"
DNA menjadi RNA. Sebenarnya, yang berubah hanyalah basa nitrogen timin di DNA yang pada
RNA digantikan oleh urasil.
Kata transkripsi berasal dari bahasa Inggris transcription atau bahasa latin transcriptio
yang berarti penyalinan atau perekaman. Secara fungsional, transkripsi diartikan sebagai transfer
informasi genetik yang terdapat dalam urut-urutan nukleotida DNA menuju ke urut-urutan
nukleotida RNA (Ayala, 1984 dalam Corebima, 2002); atau penyalinan atau perekaman
informasi genetik yang ada pada DNA (berupa urutan nukleotida) yang menghasilkan salinan
atau rekaman berupa urutan nukleotida RNA dan menggunakan DNA sebagai template
(cetakannya) (Corebima, 2002).
Ditambahkan lagi dengan penjelasan dari Wiguna, bahwa transkripsi berlangsung di
dalam inti sel (nukleus) atau di dalam matriks pada mitokondria dan plastida. Transkripsi dapat
dipicu oleh rangsangan dari luar maupun tanpa rangsangan. Pada proses tanpa rangsangan,
transkripsi berlangsung terus-menerus (gen-gennya disebut gen konstitutif atau "gen pengurus
rumah", house-keeping genes). Sementara itu, gen yang memerlukan rangsangan biasanya gen
yang hanya diproduksi sewaktu-waktu; gen-nya disebut gen regulatorik karena biasanya
mengatur mekanisme khusus. Rangsangan akan mengaktifkan bagian promoter. Promoter ini
terletak di sebelah hulu bagian yang akan disalin (disebut transcription unit)
Tinjauan Umum tentang Transkripsi
Menurut Gardner dkk (1991) dalam Corebima (2002), terdapat satu atau lebih gen yang
berperan dalam pembentukan tiap enzim. Dalam biologi molekuler terdapat dogma sentral yang
meringkas pola perjalanan ekspresi gen hingga membentuk enzim (protein). Dogma sentral yang
dikemukakan oleh Crick digambarkan sebagai berikut.
Dogma sentral tentang pembentukan protein tersebut menunjukkan bahwa urut-urutan
terbentuknya protein adalah dari DNA mengalami transkripsi menjadi RNA dan mengalami
translasi membentuk protein. Bagan tersebut memberikan gambaran yang jelas bagaimana gen
sangat berperan dalam menentukan fenotipe suatu organisme.
Akan tetapi, dengan berkembangnya ilmu genetika dan ditemukannya beberapa fakta
baru tentang aktifitas materi genetik, diantaranya tentang fenomena transkripsi balik maupun
replikasi RNA.
Sebagaimana dibahas sebelumnya, bahwa dalam transfer informasi genetik dari DNA
ditranskripsikan menjadi RNA, namun kita tahu bahwa DNA merupakan untai ganda sedangkan
RNA hanya memiliki untai tunggal. Untuk menjawab pertanyaan tersebut dijelaskan pada
Gardner dkk (1991) dalam Corebima (2002) bahwa transkripsi terjadi hanya pada satu untaian
DNA saja, yang disebut untai sense (sense strand), gen-gen yang berbeda mungkin memiliki
untai sense yang berbeda pula. Artinya rantai mana yang dibaca sebagai sense akan berbeda
untuk gen-gen yang berbeda.
Gen yang lengkap terdiri dari 3 bagian utama: (1) daerah pengendali (regulatory region)
yang disebut promoter yang terletak pada ujung 5, (2) bagian struktural gen yang berisi urutan
DNA yang akan ditranskripsikan, dan (3) bagian terminator yang terletak di hilir (downstream)
daerah struktural. Dalam proses transkripsi, DNA akan diterjemahkan menjadi kode-kode dalam
bentuk RNA. Ada 3 macam RNA hasil transkripsi DNA, yaitu mRNA, tRNA dan rRNA.
Molekul tRNA dan rRNA nantinya tidak memasuki tahap translasi, melainkan tetap dalam
bentuk RNA karena molekul yang digunakan adalah RNA itu sendiri (Yuwono, 2008).
Di dalam proses transkripsi, terdapat beberapa komponen yang terlibat yaitu (1) urutan
DNA yang akan ditranskripsi, (2) enzim RNA polimerase, (3) faktor-faktor transkripsi, (4)
prekursor untuk sintesis RNA (Yuwono, 2008).
Enzim RNA polimerase atau RNA transcriptase adalah enzim yang mengkatalisis reaksi
polimerisasi nukleotida pada RNA. Pada E. coli, (prokariotik) gennya ditranskripsi
menggunakan satu tipe RNA polimerase (Brown, 1989 dalam Corebima, 2002) sedangkan pada
eukariot, terdapat tiga tipe RNA polimerase, yaitu RNA polimerase I, RNA polimerase II dan
RNA polimerase III. Menurut Corebima (2002), terdapat perbedaan RNA polimerase berdasarkan
tipe gen yang ditranskripsikan dan proporsi seluruh aktivitas transkripsi, sebagaimana dijabarkan
dalam tabel berikut:

Proporsi
Sensitivitas
seluruh
RNA Tipe gen yang Terhadap
aktivitas Letak dalam sel
Polimerase ditanskripsikan Amanita
transkripsi
phalloides
(%)
Gen-gen RNA-r (28S,
I 60 Nukleolus Tidak sensitif
18S, dan 5S)
Terutama gen-gen yang
mengkode protein, atau
Sangat
secara rinci: hnRna, Nukleoplasma
II 10 sensitif
RNA-d dan beberapa
RNA-m
III Gen-gen RNA-t, gen- 10 Nukleoplasma Cukup
gen RNA-r 5S, dan
sensitif
beberapa snRNA*
Catatan : snRNA = small nuclear RNA (diadaptasi dari Brown, 1989 dan Russel, 1994 oleh
Corebima, 2002)
Tabel 2.1 Aktivitas tiga macam RNA polimerase pada sel-sel makhluk hidup eukariotik

Transkripsi pada Prokariot


Transkripsi berlangsung dalam tiga tahap, yaitu: tahap inisiasi, elongasi dan terminasi
(Campbell dkk., 2002; Brown dalam Corebima, 2002).
Yuwono (2008) menyebutkan bahwa pada umumnya, gen yang mengkode protein pada
prokariot adalah gen dengan kopi tunggal (single copy), sedangkan gen yang mengkode tRNA
dan rRNA berupa gen dengan jumlah kopi banyak (multiple copies). Organisasi gen dalam
organisme prokariot disebut operon. Suatu operon adalah organisasi beberapa gen struktural
yang ekspresinya dikendalikan oleh satu promoter yang sama.
Contoh dari operon adalah lac operon, operon yang mengendalikan kemampuan
metabolisme pada E. coli. Terdapat 3 macam gen dalam lac operon, yaitu gen Z (mengkode -
galaktosidase), gen Y (mengkode permease), dan gen A (mengkode trans-asetilase). Masing-
masing gen struktural memiliki kodon inisiasi awal dan kodon terminasi, tetapi ekspresinya
dikendalikan oleh satu promoter yang sama. Pada saat transkripsi, terbentuk 1 RNAd yang
membawa kodon untuk 3 macam polipeptida yang berbeda (polisistronik). Masing-masing
polipeptida akan ditranslasi secara independen dari satu untaian RNAd yang sama (Yuwono,
2008).
Beikut penjelasan lebih lanjut tentang tahapan-tahapan dalam proses transkripsi,
A. Inisiasi
Tahap inisiasi berupa pengenalan holoenzyme (RNA polimerase) pada tapak awal
inisiasi atau yang disebut sebagai promoter. Pengenalan promoter ini berlangsung melalui
pelekatan/pengikatan holoenzyme (RNA polimerase) pada posisi promoter. Bagian RNA
polimerase yang mengenali promoter adalah subunit (sigma) (Corebima, 2002).
Semua promoter mempunyai urut-urutan nukleotida yang sama atau sangat mirip. Pada
E. coli diketahui ada dua macam urut-urutan promoter yaitu 5'-TTGACA-3' (-35box) dan 5'-
TATAAT-3' (-10 box atau Pribnow box). -10 menunjuk pada lokasi box tersebut terdapat
berkaitan dengan posisi awal transkripsi. (Ayala, dkk., 1984; Freifelder, 1985; Brown, 1989;
Klug, dkk., 1994 dalam Corebima, 2002).
Pada awal proses pengikatan RNA polimerase (holoenzime) dengan promoter disebut
sebagai "kompleks promoter yang tertutup" atau Closed promoter complex (Brown, 1989 dalam
Corebima, 2002). Dalam bentuk closed promoter complex, enzim polimerase menutupi atau
"melindungi" sekitar 60 bp (base pairs) dari heliks ganda, bermula dari posisi di depan
(upstream) -35 box menuju ke arah -10 box. Diduga holoenzyme RNA polimerase secara khusus
mengenali -35 box sebagai tapak pengikatan DNA, meskipun kesimpulan ini masih
kontroversial. Akan tetapi dinyatakan lagi, bahwa -10 box adalah daerah yang jelas-jelas
merupakan tempat pemutusan ikatan hidrogen antara basa (yang disebut peleburan), maupun
tempat pertama terbukanya lilitan heliks ganda DNA (Corebima, 2002).
Setelah RNA polimerase berlekatan dengan bagian promoter, selanjutnya akan
membentuk formasi open promoter complex, yakni struktur yang terbentuk akibat pemutusan
ikatan hidrogen maupun terbukanya lilitan heliks. Dengan terbentuknya open promoter complex
tersebut memungkinkan terjadinya proses polimerisasi RNA, setelah terlebih dahulu berlangsung
polimerisasi pertama yang menghadirkan dua nukleotida yang pertama.
B. Elongasi
Setelah tahap inisiasi selesai, maka dilanjutkan dengan tahap elongasi. Selama tahap
elongasi, RNA polimerase (core enzyme) memutuskan ikatan hidrogen, serta membuka lilitan
heliks ganda. RNA polimerase bergerak sepanjang molekul DNA dan menghubungkan
ribonukleotida-ribonukleotida ke ujung 3 pada molekul RNA yang sedang tumbuh, sesuai
dengan macam basa pada DNA yang menjadi cetakannya (Brown 1989 dalam Corebima, 2002).
Proses ini berlangsung dengan arah polimerisasi dari ujung 5 ke ujung 3.
Selama berlangsungnya polimerisasi, bagian molekul RNA yang telah terbentuk, secara
bertahap terlepas ikatannya dari untaian DNA pengkode, sehingga memungkinkan segera
terbentuknya kembali heliks ganda seperti semula. Dalam hubungan ini bagian DNA yang
terbuka, atau yang disebut "gelembung transkripsi" hanya mengandung pasangan basa RNA-
DNA sejumlah antara 12 sampai 17 (Corebima, 2002).
C. Terminasi
Proses elongasi pada akhirnya harus dihentikan, penghentian ini dinamakan terminasi.
Menurut Yuwono (2008), proses terminasi transkripsi pada prokariot dapat dikelompokkan
menjadi 2 kelas, yaitu: (1) terminasi yang ditentukan oleh urutan nukleotida tertentu (rho-
independent) dan (2) terminasi yang diatur oleh suatu protein (faktor ) (rho-dependent). Kelas
pertama dicirikan oleh struktur jepit rambut dan lengkung. Dewasa ini diketahui adanya
perbedaan struktur antara terminasi yang tergantung pada faktor (dependent terminator), dan
yang tidak tergantung pada faktor atau -independent terminator (Brown, 1989). Dalam hal ini
struktur terminator yang tidak tergantung pada faktor memiliki suatu seri pasangan basa A-T
langsung mengikuti palindrom. Pasangan basa A-T ini menyebahkan terbentuknya suatu seri 5
sampai 10 U pada ujung 3' dari RNA hasil transkripsi.
Urut-urutan proses transkripsi yang telah dibicarakan di atas, secara lengkap dapat dilihat
pada gambar berikut ini.

Gambar 2.3 Proses transkripsi


Pada prokariot, translasi terjadi sebelum transkripsi sepenuhnya dirampungkan. Hal ini
dimungkinkan karena pada prokariot molekul mRNA di translasikan berdasarkan arah dari ujung
5` ke ujung 3`. Selain dari itu, pada prokariot tidak terdapat membran inti, sehingga tidak ada
yang memisahkan transkripsi dan translasi (sebagaimana yang terjadi pada eukariot) sehingga
translasi dapat segera dilakukan (Gardner, dkk. 1991).

Transkripsi pada Eukariot


Mekanisme transkripsi secara umum pada organisme eukariot sama dengan pada
prokariot, yaitu melalui tahapan inisiasi, elongasi dan terminasi. Perbedaan antara transkripsi
pada eukariot dengan prokariotik adalah RNA polimerase tidak melekat pada DNA selama proses
inisiasi.
Inisiasi transkripsi pada eukariot diperantarai oleh faktor-faktor transkripsi yang bersifat
spesifik untuk tiap macam RNA polimerase. Segera setelah inisiasi, RNA polimerase langsung
berikatan pada DNA. Ketiga macam RNA polimerase pada eukariot membutuhkan prakondisi
yang berbeda untuk terlibat dalam transkripsi (Russel, 1992 dalam Corebima, 2002). Tiga
macam RNA polimerase mengenali urutan promoter yang berbeda; dan membutuhkan perangkat
protein yang berbeda (disebut faktor transkripsi atau transcription factor). Berikut
penjelasan dari ketiga RNA polimerase yang bekerja pada eukariot.
A. RNA Polimerase I
Dalam Gardner (1991), dijelaskan bahwa RNA polimerase I terletak pada nukleolus dan
mengkatalis pembentukan rRNA
B. RNA Polimerase II
Masih dalam Gardner dkk (1991), dijelaskan bahwa RNA polimerasi II mentranskripsikan
sebagian besar gen-gen struktural inti. RNA polimerase II ini bertanggungjawab pada
pembentukan pra-mRNA.
C. RNA Polimerase III
RNA polmerase III, sebagaimana RNA polimerase II, tidak berada di nukleolus, melainkan di
nukleoplasma. RNA polimerase III ini mentranskripsikan gen-gen untuk inti kecil RNAs dan
tRNAs. Tempt pelekatannya berada di antara gen-gen tersebut (Gardner dkk, 1991).
Sedikit telah disinggung di atas bahwa pada eukariot transkripsi terjadi tidak bersamaan dengan
translasi. Dengan adanya membran inti, pada eukariot dapat dibedakan tempat terjadinya
transkripsi dan translasi, transkripsi terjadi di dalam inti sedang translasi terjadi di sitoplasma.
Waktunya pun tidak dapat terjadi secara bersamaan, sebab sebelum dapat melakukan translasi,
harus merampungkan terlebih dahulu proses transkripsi. Proses transkripsi dan translasi pada
eukariotpun lebih kompleks daripada prokariot (Gardner, dkk. 1991).

D. MODIFIKASI PASCA TRANSKRIPSI


Tiap unit transkripsi dapat berulang banyak kali. Karenanya, terbentuk susunan gen
RNAr yang berulang. Jumlah perulangan gen RNAr bervariasi antara berbagai spesies makhluk
hidup eukariotik, berkisar 100 sampai dengan 1000 kali. Misalnya pada khamir (140 unit
trnskripsi), Drosophila (260 unit transkripsi) dan pada sel hela (1250 unit transkripsi).
Molekul RNAr prekursor mengandung 3 urutan RNAr serta urutan penyelanya. Urutan
penyela ini disebut sebagai spacer sequences (Russel, 1992 dalam Corebima, 2002). Spacer
sequences terdiri dari 2 macam, yaitu ETS (External transcribed spacer) dan ITS (internal
transcribed spacer). Urutan penyela nantinya akan disingkarkan dari prekursor RNAr. Variasi
ukuran panjang penyela berkaitan dengan variasi panjang unit transkripsi DNAr. Antar unit-unit
transkripsi terdapat NTS (non transcribed spacer) yang terletak pada ujung 5 maupun 3 tiap
unit transkripsi. Urut-urutan penting yang mengontrol transkripsi DNAr berada di dalam daerah
NTS. Ukuran panjang NTS juga bervariasi antara spesies satu dan lainnya, misalnya katak (3-9
kb) sedangkan manusia (sekitar 90 kb).
Intron juga ditemukan pada gen RNAr organisme eukariotik tingkat rendah seperti
Physarium, Tetrahymena dan Drosophila. Hasil transkripsi intron akan dipotong dari prekursor
RNAr untuk menghasilkan RNAr yang siap pakai. RNA ploymerase I hanya mengkatalisis
transkripsi dari unit transkripsi prekursor RNAr, sedangkan RNA polymerase II dan III dapat
mengkatalisis transkripsi aneka ragam gen (Russel, 1992 dalam Corebima, 2002).
Urutan promoter RNA polymerase I terletak di huulu tapak inisiasi transkripsi. Terdapat 2
daerah, yaitu (1) elemen promoter inti (core promoter element) yang terlipat menutupi titik awal
transkripsi membentang dari posisi +7 hingga -45; dan (2) elemen kontrol hulu (upstream
control element) yang membentang dari posisi -107 hingga -186. Pembagian daerah promoter ini
terjadi pada promoter DNAr manusia sedangkan pada kodok, daerah promoternya tidak terbagi
dengan jelas, hanya membentang dari posisi +6 hingga -141. Urut-urutan promoter ini khas pada
tiap spesies. RNA polymerase hanya dapat mengkatalisis transkripsi gen RNAr yang berasal dari
spesies berkerabat dekat pada sistem transkripsi in vitro karena berkaitan dengan faktor
transkripsi yang dibutuhkan untuk transkripsi DNAr.
RNA polymerase I tidak melekat langsung pada promoter (seperti RNA polymerase III).
Yang berlekatan langsung pada promoter adalah faktor-faktor transkripsi (Russel, 1992 dalam
Corebima, 2002). Pelekatan faktor transkripsi pada promoter membentuk suatu kompleks dan
RNA polymerase I melekat pda kompleks tersebut. Pada manusia ditemukan 2 faktor transkripsi,
yaitu hUBF (human upstream binding factor atau faktor pengikatan/pelekatan hulu manusia)
melekat langsung pada kedua daerah promoter DNAr manusia dan mengaktifkan transkripsi.
Protein lain, SLI, dibutuhkan untuk pengenalan promoter serta inisiasi transkripsi yang
dikatalisis oleh RNA polymerase I. SLI tidak berlekatan langsung pada promoter, tetapi
berinteraksi dengan promoter melalui interaksinya dengan kompleks hUBF-DNA. Apabila hUBF
dan SLI sudah melekat pada promoter, maka RNA polymerase I ikut melekat dan proses
transkripsi mulai berlangsung (Russle, 1992 dalam Corebima, 2002).
Terminasi prekursor RNAr bervariasi pada makhluk hidup. Pada Xenopus tedapat 2 tapak
terminasi transkripsi yang penting, yaitu T2 dan T3. Tapak T2 berukuran 235 bp ke arah hilir dari
ujung 3 urutan DNAr 28S, sedangkan tapak T3 berukuran 200 bp ke arah hulu tapak inisiasi
transkripsi dari unit transkripsi DNAr berikutnya. Tapak T2 dan T3 sama-sama mengandung
urutan identik seukuran tujuh nukleotida yaitu 5-GACTTGC-3. T2 merupakan tapak primer
yang digunakan untuk mengakhiri transkripsi prekursor RNAr, sedangkan T3 merupakan tapak
terminasi yang aman dari kegagalan (fail-safe termination site). Unit-unit transkripsi DNAr
tersusun dalam suatu deretan berjejer, maka sistem terminasi yang aman dari kegagalan tersebut
memungkinkan molekul RNA polymerase secara potensial mulai beraktivitas pada satu unit
transkripsi dan diteruskan ke unit transkripsi berikutnya dalam deretan tersebut (Russel, 1992
dalam Corebima, 2002).

Pembentukan RNA Siap Pakai Pasca Transkripsi (Prosesing)


Pada dasarnya, hasil transkripsi dari gen pengkode protein (RNAd), RNAt maupun
RNAr dan RNAsn belum siap pakai, baik pada prokariotik maupun eukariotik. Kebanyakan
RNA non ribosomal yang disintesis dalam nukleus terdiri dari molekul yang sangat besar. RNA
ini merupakan bagian dari heterogenous nuclear RNA (hnRNA) dan disebut pre-mRNA.
Kebanyakan, namun tidak semua, gen pada eukariot memiliki intron (intervening
sequences yaitu sekuen DNA yang tidak ditemukan komplemennya pada produk RNAd di
sitoplasma) di antara ekson (expressed sequences). Gen yang tidak mengandung intron misalnya
gen untuk histon dan interferon (Klug & Cummings, 1996). Transkripsi awal, karenanya
mengandung semua sekuen gen. Sekuen intron dikeluarkan selama peristiwa yang disebut
prosesing. Menurut Gardner dkk (1991) terdapat sekuen yang tetap pada semua ujung intron
yaitu Ekson-GT.....(intron)....AG-ekson. Dan hal ini yang diperkirakan bertanggungjawab pada
proses splicing intron.
Splicing adalah peristiwa pengeluaran intron melalui proses pemotongan dan
penggabungan kembali ekson (Gardner dkk, 1991; Russel, 1992 dalam Corebima, 2002; Klug &
Cumming, 1996).
Terdapat 3 tipe berbeda pada pemotongan intron RNA:
1. Pemotongan intron pada prekursor RNAt menggunakan endonuclease yang diikuti reaksi
ligasi oleh aktivitas ligase
2. Pemotongan intron pada prekursor rRNA secara autokatalitik dengan reaksi unik yang
dimediasi oleh molekul RNA itu sendiri tanpa melibatkan aktivitas enzim
3. Pemotongan intron hasil transkripsi nuclear pre-RNAd (hnRNA) melalui 2 tahapan reaksi
yang dilakukan oleh kompleks partikel ribonucleoprotein yang dikenal sebagai spliceosome
(Gardner dkk, 1991)
Pemotongan intron dari prekursor RNAt
Produk awal hasil transkripsi RNAt pada makhluk hidup prokariotik dan eukariotik
disebut RNAt precursor atau pre-tRNA. RNAt ini lebih panjang daripada RNAt siap pakai,
memiliki urutan ujung kepala (leader) pada ujung 5 dan urutan ekor (trailer) pada ujung 3
(Russel, 1992 dalam Corebima, 2002). Urutan kepala dan ekor disingkirkan selama proses
pembentukan RNAt siap pakai, baik pada eukariotik maupun prokariotik. Proses ini berlangsung
di dalam inti pada eukariotik. RNAt siap pakai berukuran sekitar 4S dan terdiri dari rantai
tunggal berisi 75-90 nukleotida. Urutan nukleotida bervariasi bergantung pada macam RNAt.
Di kalangan makhluk hidup prokariotik, sejumlah urutan nukleotida RNAt. Pada
akhirnya urutan 5 kepala yang berada pada daerah spacer dan ujung 3 akan disingkirkan.
Gardner dkk (1991) menyatakan proses penyingkiran intron RNAt ini telah dipelajari
pada ragi. Proses pemotongan intron ini terjadi dalam 2 tahapan.
Tahap 1: enzim splicing endonuklease (tRNA endonuklease) yang terikat membran
nukleus memotong di dua tempat pada ujung intron prekursor RNAt menghasilkan ujung 5OH
dan 2-3 gugus pospat siklik pada ujung 3.
Tahap 2: enzim splicing ligase (RNA ligase) menghubungkan kedua ujung RNAt
melalui 4 tahapan yaitu: (1) penambahan gugus pospat ke ujung 5OH dengan bantuan kinase
dan ATP; (2) gugus pospat 5 diaktivasi melalui transfer gugus AMP ke ujung dari AMP-ligase
intermediet; (3) 2-3 pospat siklik dibuka oleh aktivitas cyclic phosphodiesterase yang
memproduksi 2 pospat dan 3 hidroksil bebas; (4) ligasi akhir terjadi melalui penyerangan
nukleofilik 3OH bebas ke 5 pospat dengan pelepasan AMP. Keempat reaksi ini dikatalisis oleh
splicing ligase. Proses ini terjadi pada hampir semua eukariot, kecuali pada mamalia. Perbedaan
proses terjadi pada langkah keempat yaitu menghubungkan 2-3 ujung pospat ke ujung 5OH.
Pemotongan intron dari prekursor rRNA
Pada proses splicing rRNA, aktivitas splicing yang memisahkan intron dari prekursor
rRNA adalah karena faktor intrinsik dalam molekul RNA itu sendiri. Proses ini disebut aktivitas
autokatalitik atau self excission process (Klug & Cummings, 1996). Proses ini juga ditemukan
pada sejumlah besar rRNA, RNAt, dan prekursor mRNA pada mitokondria dan kloroplas
(Gardner dkk, 1991). Pada proses autokatalitik ini tidak diperlukan sumber energi eksternal dan
sumber protein (enzim). Sebaliknya, melibatkan serial transfer ikatan phosphoester. Menurut
Yuwono (2008), mekanisme pemotongan intron secara autokatalitik dibedakan menjadi 2, yaitu
gen-gen yang mengandung intron grup I dan intron grup II.
Pada intron grup I, proses splicing melibatkan penambahan nukleotida guanin pada
ujung 5 intron (Yuwono, 2008). Atau oleh Gardner dkk (1991), reaksi ini membutuhkan
nukleosida guanin atau nukleotida dengan gugus 3OH bebas (GTP, GDP, GMP atau guanosin)
sebagai ko-faktor. Nukleotida guanin akan menyerang nukleotida adenin pada ujung 5 intron
dan melepaskan ekson 1. Gugus OH pada ekson 1 menyerang ekson 2 dan melepaskan intron
yang linier (Yuwono, 2008)
Pada intron grup II penyerangan dilakukan oleh adenin yang ada dalam intron sehingga
terbentuk struktur lariat. Mekanisme splicing intron grup II mempunyai kemiripan dengan
mekanisme splicing menggunakan spliceosome (pemrosesan RNAd) (Klug & Summings, 1996).
Hal ini memberikan gambaran adanya kemiripan fungsi antara snRNP (spliceosome) dengan
gugus katalitik pada intron grup II. Dugaan lanjutan adalah intron pada mRNAS gen inti secara
evolusioner berasal dari intron grup II yang ada pada bakteri.
Jadi, intron dipotong dengan transfer ikatan 2 phosphoester dan intron yang dipotong ini
dilingkarkan menggunakan transfer ikatan phosphoester lainnya. Proses autokatalitik splicing ini
terdapat intramolekuler secara alami, dan tidak bergantung pada konsentrasi. Lebih lanjut,
prekursor RNA mampu membentuk pusat aktif dimana kofaktor guanosin 3OH berikatan.
Proses pemotongan intron pada pre-mRNA
Pada prokariot, RNA hasil transkripsi langsung berfungsi sebagai molekul RNAd yang
akan ditranslasikan pada biosintesis protein (Brown, 1989; Russel, 1992 dalam Corebima, 2002).
Pada organisme prokariotik proses translasi berlangsung ketika transkripsi belum sepenuhnya
selesai. Hal ini disebut sebagai coupled transcription and translation (Gardner dkk, 1991) atau
transkripsi dan translasi berpasangan (Corebima, 2002). Menurut Gardner dkk (1991) hal ini
terjadi karena tidak ada membran inti yang meisahkan transkripsi dan translasi dan arah
transkripsi maupun arah translasi sama-sama 5 3. Hal ini berbeda dengan mekanisme yang
terjadi pada organisme eukariotik yang mengalami modifikasi terlebih dahul, berupa pemotongan
intron, penambahan cap 5 dan polyadenilasi 3.
Molekul RNAd pada prokariot maupun eukariot terdiri dari 3 bagian:
1. urutan kepala 5 (5 leader sequence) : berisi informasi yang akan dibaca ribosom untuk
mengarahkannya dengan tepat dalam memulai biosintesis protein
2. urutan pengkode protein (protein-coding sequence): berisi informasi yang akan
menentukan urutan asam amino pada biosintesis protein
3. urutan ekor 3 (3 trailer sequence): tidak ditranslasikan menjadi asam amino
(Corebima, 2002)
Pemotongan prekursor mRNA nuklear dilakukan dengan 2 tahap. Proses pemotongan
ini dilakukan oleh struktur kompleks RNA/protein disebut spliceosome. Spliceosome mirip
dengan ribosom kecil; mengandung set molekul RNA kecil yang disebut snRNA dan set protein
yang masih belum diketahui dengan jelas srukturnya. Ada 5 jenis snRNA yang terlibat, yaitu
U1,U2,U4, U5 dan U6 terlibat dalam splicing pre-mRNA sebagai komponen spliceosome
(snRNA U3 dilokalisasi dalam nukleolus dan kemungkinan terlibat dalam pembentukan
ribosom). snRNA tidak terdapat bagian molekul RNA bebas melainkan berada pada snRNP. Ada
4 bentuk snRNP. Masing-masing snRNP berisi masing-masing U1 U2 dan U5. Sedangkan
snRNA U4 dan U6 berada pada 1 jenis partikel snRNP.
RNAd siap pakai pada eukariotik merupakan hasil dari modifikasi pasca transkripsi
(Russel, 1992 dalam Corebima, 2002). Modifikasi pasca transkripsi pada RNAd eukariotik
meliputi:

1. penyingkiran hasil transkripsi intron (splicing)


2. modifikasi ujung RNAd hasil transkripsi (5 capping dan penambahan ekor poly A)
Sedangkan menurut Gardner dkk (1991) proses modifikasi pasca transkripsi terhadap RNAd
berlangsung meliputi tahapan:
1. pemotongan prekursor RNAd (pre RNAd) menjadi molekul RNAd yang lebih kecil
2. penambahan 7-methyl guanosine group (mRNA caps) pada ujung 5
3. penambahan 200 sekuen adenylate nucleotida (poly A) pada ujung 3
4. pembentukan kompleks dengan protein tertentu
Proses penyingkiran hasil transkripsi diikuti dengan penyambungan hasil transkripsi ekson.
Proses tersebut disebut sebagai RNAd splicing. Proses splicing meliputi tahapan:
a. pemutusan sambungan di ujung 5 intron:
Ujung 5 hasil transkripsi intron mempunyai urutan nukleotida berbasa GU, sedangkan
ujung 3 memiliki urutan nukleotida berbasa AG. Menurut Gardner dkk (1991) urutan nukleotida
tersebut merupakan nukleotida yang conserved (selalu sama letaknya): ekson-GU...intron...-AG-
ekson. Menurut Russel (1992) dalam Corebima (2002) urutan tersebut spesifik untuk intron hasil
transkripsi. Terjadi pemutusan sambungan di ujung 5 intron.
b. pelengkungan keluar urutan intron:
Ujung 5 yang bebas selanjutnya melengkung dan berhubungan dengan suatu nukleotida
berbasa A (yakni nukleotida yang merupakan bagian dari suatu urutan titik cabang atau branch
point sequence). Nukleotida ini terletak pada hulu ujung 3. Akibatnya terbentuk struktur
lengkungan keluar yang oleh Russel (1992) disebut sebagai struktur lariat (lariat structure).
Urutan konsensus titik cabang pada mamalia adalah YNCURAY (Y=pirimidin, R= purin, N=
basa apapun). Nukleotida berbasa A terletak pada posisi urutan nukleotida ke 18 hingga 38 ke
arah hulu ujung sambungan 3. Sedangkan pada ragi, urutan pada titik cabang ini lebih rigid
sekalipun posisinya lebih bervariasi, yaitu urutan UACUAAC. Posisi struktur lariat terjadi
karena ikatan ujung 5 dengan basa A (yang ditebalkan). Struktur lariat terjadi karena adanya
ikatan fosfodiester 2-5yang tak lazim antara ujung 5 dan basa A di titik cabang. Ikatan tersebut
tepatnya terjadi antara gugus OH di karbon no.2 nukleotida berbasa A dengan gugus fosfat di
atom karbon no. 5 dari nukleotida berbasa G (Russel, 1992 dalam Corebima, 2002).
c. pemutusan hubungan hasil transkripsi di ujung 3 intron dan penyambungan kedua
ekson:
Pemutusan hubungan hasil transkripsi ini dilakukan dengan bantuan enzim nuklease.
Setelah pemutusan ujung 3, urutan intron dikeluarkan dari hasil urutan nukleotida pada RNAd.
Hasil transkripsi intron yang tersingkir ini pada mulanya masih tetap bertahan dalam struktur
lariat. Dengan bantuan debranching enzyme, struktur lariat diubah menjadi struktur linier dan
didegradasi.
Gambar 6. Proses splicing pada sel ragi (sumber: http://8e.devbio.com/images/ch05/rna21p.GIF)

Proses penyingkiran hasil transkripsi intron berlangsung pada inti, yakni pada struktur
yang disebut spliceosome. Spliceosome adalah struktur/kompleks penyambungan atau splicing
complex. Spliceosome terdiri dari asosiasi beberapa RNPsn (small nuclear ribonucleoprotein
particle) yang terikat pada RNAd prekursor. RNPsn sendiri merupakan asosiasi antara RNAsn
(small nuclear RNA) dan protein. Terdapat 6 RNAsn dalam inti sel, yaitu U1-U6 yang
berasosiasi dengan 6-10 macam protein membentuk RNPsn. U4 dan U6 berada pada RNPsn
yang sama, sedangkan yang lainnya ditemukan pada RNPsn khusus sendiri-sendiri.
Model perakitan spliceosome dikemukakan oleh Russel (1992) dalam Corebima (2002)
sebagai berikut:
a. RNPsn U1 berikatan dengan tapak penyambungan di ujung 5 (terjadi akibat perpasangan
basa RNPsn U1 dengan urutan tapak penyambungan di ujung 5)

b. RNPsn U2 berikatan dengan daerah titik cabang

c. Partikel U4/U6/U5 yang belum dirakit bergabung dengan kompleks yang sedang terbentuk

d. RNPsn U4 berasosiasi dengan kompleks tadi, dan mengakibatkan terbentuknya spliceosome


yang aktif.

e. Salah satu kemungkinan peranan spliceosome dalam penyingkiran intron adalah RNPsn
membantu pelipatan RNAd prekursor menjadi struktur tertentu yang mengakibatkan RNAd
prekursor dapat mengkatalisasi penyambungan sendiri.
5 Capping
Proses ini sebenarnya adalah penambahan nukleotida berbasa guanin (umumnya 7-methyl
guanosine) pada nukleotida di ujung 5 (Brown, 1989; Russel, 1992 dalam Corebima , 2002).
Penambahan tersebut terjadi melalui ikatan tak lazim antara 5 dan 5. Terjadi pula proses
penambahan 2 gugus CH3 pada dua nukleotida pertama dari rantai RNA.
Tahapan proses 5 capping adalah sebagai berikut:
a. Enzim polimerase II memulai transkripsi pada nukleotida yang memiliki basa tempat
penambahan cap (tapak penutup atau cap site)

b. Bila hasil transkripsi mula-mula sepanjang 20-30 nukleotida, suatu struktur penutup (yang
telah mengalami metilasi) ditambahkan pada ujung 5 hasil transkripsi tersebut.

c. Penutup (cap) merupakan tempat ujung 5 RNAd tempat berikatan dengan ribosom

- Yuwono (2008) menerangkan proses metilasi yang terjadi sebagai berikut:


1. Enzim trifosfatase memotong gugus fosfat pada ujung pre RNAd
2. Enzim guanilil transferase menambahkan GMP (guanosin mono pospat).
3. Enzim metil transferase melakukan metilasi tudung guanosin pada N7 dan gugus 2-O-metil
pada nukleotida ujung tudung tersebut
- Tudung mRNA memiliki 4 fungsi yaitu:
1. melindungi mRNA dari degradasi

2. meningkatkan efisiensi translasi mRNA

3. meningkatkan pengangkutan mRNA dari nukleus ke sitoplasma

4. meningkatkan efisiensi proses splicing mRNA (Yuwono, 2008)

Penambahan Ekor Poly A


Pada ujung 3 RNAd eukariotik terjadi penambahan urutan nukleotida yang berjumlah
50-250 nukleotida berbasa adenin (Russel, 1992 dalam Corebima, 2002). Struktur ini dikenal
sebagai ekor poly A. Penambahan ekor poly A ini terjadi pada RNAd semua spesies, kecuali
pada RNAd protein kistron pada mamalia.
Penambahan ekor poly A merupakan mekanisme yang pemberian sinyal yang
menandakan ujung akhir dari RNAd eukariotik (Russel, 1992 dalam Corebima, 2002). Pada
eukariot, tidak ditemukan nukleotida terminasi transkripsi spesifik (seperti protein pada
prokariotik), sehingga proses transkripsi akan berlangsungn terus hingga mencapai ratusan
bahkan ribuan nukleotida melalui tapak penambahan poly A. Pada suatu saat tertentu terjadi
pemutusan pada tapak tersebut (dengan bantuan enzim endonuklease khas RNA) sehingga
dihasilkan ujung 3OH dan selanjutnya pada ujung itu ditambahkan ekor poly A.
Pada posisi 10-30 nukleotida di hulu tapak poly A terdapat urutan AAUAAA yang
bertanggungjawab menandai lokasi tapak poly A, selain urutan nukleotida lain di hilir tapak poly
A yang juga ikut berperan (Russel, 1992 dalam Corebima, 2002). Penambahan ekor poly A
dikatalisasi oleh enzim polymerase poly (A)
Peranan ekor poly (A) berhubungan dengan stabilitas RNAd (Russel, 1992 dlam
Corebima, 2002). Hal ini diketahui dari percobaan RNAd protein globin yang masih memiliki
ekor poly A normal, disuntikkan dalam oosit katak, akan tetap aktif ditranskripsikan selam
ajangka waktu yang cukup lama, sedangkan jika yang disuntikkan tanpa ekor poly (A), maka
RNAd tersebut akan didegradasi.

b. TRANSLASI

Proses translasi lebih kompleks daripada replikasi dan transkripsi. Translasi melibatkan
4 hal, yaitu mRNA, tRNA, ribosom, dan asam amino. mRNA adalah kode yang akan
diterjemahkan. tRNA adalah penterjemah mRNA. Ribosom adalah tempat terjadingan
penerjemahan. Asam amino adalah hasil terjemahan kode mRNA oleh tRNA. Ribosom terdiri
atas 2 subunit, yaitu subunit besar dan subunit kecil. Ke-2 subunit bergabung jika terjadi
translasi.
Translasi mRNA oleh ribosom dapat terjadi sebelum transkripsi selesai dan translasi
dapat dilakukan oleh banyak robosom (poliribosom). Mekanisme demikian memungkinkan
pertumbuhan dan respons bakteri yang luar biasa cepat. Translasi dimulai dari masuknya mRNA
ke dalam ribosom (subunit kecil). Urutan translasi adalah sebagai berikut. mRNA terikat pada
subunit kecil ribosom. Dengan terikatnya mRNA, maka subunit besar berasosiasi dengan subunit
kecil menghasilkan ribosom utuh. Proses penterjemahan berlangsung dengan terjadinya proses
penterjemahan mRNA oleh tRNA menjadi asam amino. Proses penterjemahan berhenti ketika
tRNA mengenali kode berhenti pada mRNA.
Kode awal mRNA adalah AUG. Proses terjemahan mRNA berlangsung per 3 kode
(triplet kodon). Terdapat 64 kode untuk 20 asam amino, sehingga terdapat lebih dari 1kode
untuk 1 asam amino (Tabel 8.1). Dengan demikian terdapat 64 tRNA berasosiasi dengan 20 asam
amino.
Tabel. Triplet kodon asam amino pada mRNA
Kode Kode kedua Kode
pertama ketiga
U C A G

Fenilalanin Serin Tirosin Sistein U


U Fenilalanin Serin Tirosin Sistein C
Leusin Serin Stop Stop A
Leusin Serin Stop Triptofan G

Leusin Prolin Histidin Arginin U


C Leusin Prolin Histidin Arginin C
Leusin Prolin Glutamin Arginin A
Leusin Prolin Glutamin Arginin G

Ileusin Treonin Asparagin Serin U


A Ileusin Treonin Asparagin Serin C
Ileusin Treonin Lisin Arginin A
Metionin Treonin Lisin Arginin G

Valin Alanin Aspartat Glisin U


G Valin Alanin Aspartat Glisin C
Valin Alanin Glutamat Glisin A
Valin Alanin Glutamat Glisin G

Tranlasi RNA menjadi protein atau polipeptida


Translasi adalah proses penerjemahan kode-kode genetic (kodon) yang ada pada molekul
mRNA urutan-urutan asam amino. Hanya molekul mRNA yang ditranslasi, sedangkan rRNA dan
tRNA tidak ditranslasi. Pembacaan dari sebuah molekul mRNA mulai dari sebuah titik
permulaan yang tepat. Codon pertama yang dibaca adalah AUG, yang memberi tanda asam
amino methionine. Dalam sel-sel bakterial, codon AUG memberi tanda methionine (Met) ketika
muncul di mana pun dalam molekul mRNA. Pada beberapa bakteria, codon AUG bertindak
sebagai inisiator codon yang mengkhususkan f-Met untuk memulai rantai polypeptide, meskipun
ketika GUC muncul pada posis internal dalam molekul mRNA, memberi kode untuk valine.
Baik itu Met atau f-Met merupakan bagian pertama dari asam amino dalam semua rantai
peptide ketika mereka disintesiskan secara inisial, terminal asam amino bisa dimodifikasi secara
enzimatis kemudian. Deformylase bisa memindahkan grup formyl dari formylmethionine, dan
methionine amino peptidase bisa memindahkan methionine dari amino terminus dari peptide.
Olehkarena itu, tidak semua polypeptides dalam mikroorganisme memiliki f-Met pada ujung
terminal amino mereka.
Bagian pangkal codon menentukan reading frame (rentetan tiga-nucleotide) untuk bagian
selebihnya dari molekul mRNA , sebab, landasan-landasan nucleotide dibaca tiga pada satu
waktu sepanjang rentai berkelanjutan dari nucleotides, mengubah posisi kerangka membaca
dengan memasukan atau menghapus landasan nucleotide tunggal dalam sebuah gen bisa
mempengaruhi secara dramatis rentetan asam amino dari protein yang bisa diproduksinya.
Karena terjemahan bisa dimulai secara teoritis dengan berbagai nucleotide melalui triplet
codons, terdapat tiga kerangka membaca potensial dalam berbagai kawasan di DNA. Sebuah
protein diterjemahkan dengan kerangka yang mulai dengan codon inisiasi AUG, memperluas
melalui satu seri codon-codon yang mengkhususkan asam amino, dan berakhir ketika terminasi
codon dicapai.
Sebuah kerangka membaca yang mengandung codon-codon yang secara eksklusif
mengkode asam amino disebut open reading frame (ORF). Kerangka membaca yang terkunci
tidak bisa dibaca menjadi protein karena kehadiran terminasi codon-codon. Deteksi dari sebuah
ORF, yang bisa dilakukan dengan menguji rentetan nucleotide diterjemahkan menjadi sebuah
protein. Melacak database dari rentetan nucleotide yang telah ditunjuk untuk memberi kode
protein-protein yang dikenali bisa membantu mengidentifikasi fungsi dari kerangka membaca
terbuka. Homologies tinggi ditemukan sepanjang spesies-spesies untuk rentetan nucleotides yang
telah melibatkan dan mengode protein-protein dengan fungsi-fungsi identik.
Beberapa protein dibutuhkan sebagai faktor-faktor inisiasi untuk memulai proses
terjemahan. Dalam sel-sel bakterial, tiga faktor inisiasi, IF1, IF2 dan IF3 dibutuhkan. Sedikit
informasi yang diketahui mengenai faktor-faktor inisiasi eukaryotik 4D (eIF4D). Dalam sel-sel
eukaryotik, paling tidak sembilan faktor-faktor inisiasi eukaryotik (eIF1 ke eIF6) dibutuhkan
untuk memulai sintesis protein.
Translasi berlansung di dalam ribosom. Pada organisme prokaryot, translasi sudah dimulai
sebelum transkripsi (sintesis mRNA) selesai dilakukan. Dengan demikian proses transkripsi dan
translasi pada prokaryot berlangsung secara hampir serentak. Sebaliknya pada eukaryot, proses
translasi baru dapat berlangsung jika proses transkripsi (sintesis mRNA yang matang) sudah
selesai dilakukan. Dalam proses translasi diperlukan molekul tRNA yang berfungsi membawa
asam amino spesifik. Terdapat 1 sampai 6 t-RNA untuk masing-masing asam amino dari 20 asam
amino yang dikenal pembentuk protein. Ribosom mengkatalisis pembentukan ikatan peptida di
antara dua asam amino yang berdekatan.Terdapat sekitar 20 macam tRNA yang masing-masing
membawa asam amino spesifik, karena di alam terdapat 20 asam amino yang menyusun protein
alami.
Sintesis protein terdiri atas 3 tahap, inisiasi, elongasi, dan terminasi. Pada tahap inisiasi,
dibentuklah kompleks inisiasi untuk kemudian memulai sintesis dan berikatan dengan start
kodon pada mRNA . Suatu bagian dari rantai mRNA yang menjadi tempat mulainya translasi
adalah Ribosome Binding Sites (RBS) atau sekuen Shine Dalgarno. Proses translasi dimulai dari
menempelnya ribosom pada RBS. Setelah subunit 30S dari ribosom menempel pada RBS.
Subunit itu bergerak sepanjang mRNA hingga mencapai kodon awal (kodon AUG). Selama
elongasi asam amino membentuk ikatan kovalen secara berurutan mengikuti gerakan ribosom
sepanjang mRNA. Terminasi sintesis potein terjadi jika ribosom sampai kepada kodon nonsens
(UAA, UGA, UAG). Peptida selanjutnya terlepas dari ikatan tRNA dan ribosom berdisosiasi
menjadi sub unitnya. Translasi adalah penerjemahan kodon pada mRNA menjadi suatu
polipetida.
Kode genetika adalah triplet, karena masing-masing kode terbentuk dari tiga nukleotida
yang disebut kodon. Kodon terdiri dari tiga dari empat kemungkinan nukleotida (A, U, C dan G).
Ini berarti akan terdapat 43 = 64 kodon. Keenam puluh empat kodon ini dikenal oleh t RNA
kecuali tiga yang disebut kodon nonsens.

TRANSLASI/ BIOSINTESIS PROTEIN


Protein merupakan produk dari aliran informasi genetik. Sel membutuhkan ribuan protein
yang berbeda setiap waktu. Protein-protein ini harus di sintesis, dibawa ke tempatnya berfungsi
dan didegradasi bila tidak diperlukan lagi. Sintesis protein eukariot melibatkan 70 jenis protein
ribosom, 20 jenis enzim untuk mengaktifkan prekursor asam amino, 20 atau lebih enzim dan
faktor protein lain untuk inisiasi, elongasi dan terminasi polipeptida; mungkin 100 enzim untuk
pemrosesan protein; dan 40 atau lebih transfer dan ribosomal RNA. Secara keseluruhan, hampir
sekitar 300 makromulekul yang berbeda terlibat pada sintesis polipeptida. Namun protein di
sintesis dengan kecepatan yang tinggi. Polipeptida dengan 100 residu asam amino dalam E. coli
(pada 37 oC), disintesis dalam waktu sekitar 5 detik. Sintesis ribuan protein yang berbeda di
dalam sel di regulasi dengan ketat, sehingga protein hanya di sintesis sesuai dengan kebutuhan
metabolik sel.
1. Kode Genetik
Ketika menemukan struktur DNA, Francis Crick sudah mempertimbangkan bagaimana
informasi genetik yang dikode dalam empat huruf pada DNA dapat di translasi menjadi 20 huruf
pada protein. Crick beralasan bahwa asam nukleat yang berukuran kecil (mungkin RNA) dapat
berperan sebagai adaptor. Salah satu bagian dari adaptor berikatan dengan asam amino tertentu
dan bagian lain mengenali urutan nukleotida yang dikode oleh asam amino pada mRNA. Ide ini
kemudian diverifikasi dengan ditemukannya tRNA. tRNA merupakan molekul adaptor yang
berfungsi menterjemahkan urutan nukleotida dalam mRNA menjadi urutan asam amino dalam
polipeptida. Keseluruhan proses sintesis protein yang dipandu oleh mRNA ini disebut proses
translasi.
Setiap deretan tiga basa pada mRNA, mengkode satu asam amino spesifik disebut kodon.
Terdapat empat basa pada nukleotida (A, G, C dan T) sehingga terdapat 43 = 64 kodon. Beberapa
kodon mempunyai fungsi khusus. AUG merupakan kodon inisiasi yang merupakan awal suatu
polipeptida, di samping AUG juga mengkode metionin dalam polipeptida. Kodon UAA, UAG
dan UGA tidak mengkode asam amino dan merupakan kodon terminasi atau disebut juga stop
kodon. Translasi terjadi dengan cara, setiap kodon dibaca berurutan dan tidak overlap (tumpang
tindih). Kodon pertama pada gen menyediakan reading frame (pola pembacaan). Reading frame
tanpa stop kodon sebelum 50 kodon disebut open reading frame dan biasanya merupakan suatu
gen.
2. Transfer RNA (tRNA)
Seperti sudah dijelaskan di atas, proses translasi memerlukan molekul tRNA. tRNA
merupakan molekul adaptor yang berfungsi menterjemahkan urutan nukleotida dalam mRNA
menjadi urutan asam amino dalam polipeptida. Pada tRNA terdapat urutan tiga basa yang
disebut antikodon. Antikodon ini komplemen dengan salah satu kodon. Sedangkan pada ujung 3
tRNA terikat asam amino spesifik. tRNA yang sudah mengikat asam amino disebut aminoasil
tRNA. Paling kurang terdapat 61 jenis tRNA di sitoplasma yang membawa asam amino yang
berbeda. tRNA akan membawa asam amino dari sitoplasma ke ribosom, tempat dimana sintesis
protein terjadi, dan antikodon akan mengenali kodon komplemennya.
3. Ribosom
Ribosom merupakan tempat sintesis protein. E. coli mengandung lebih dari 15.000
ribosom yang terdapat bebas di sitoplasma. Ribosom merupakan kompleks antara protein dan
rRNA dan terdiri dari dua subunit, yaitu subunit besar dan subunit kecil. Pada bakteri subunit
kecil mempunyai ukuran 30S dan subunit besar 50S, sementara pada eukariot subunit kecil 40S
dan subunti besar 60S. Ribosom bakteri mengandung sekitar 65% rRNA dan 35% protein. Pada
ribosom terdapat tiga situs untuk mengikat aminoasil tRNA yaitu: situs aminoasil (A), situs
peptidil (P) dan situs exit (E).
4. Mekanisme translasi
Proses translasi berlangsung pada ribosom dan merupakan proses sintesis protein
berdasarkan informasi yang berada pada mRNA. mRNA yang ditranslasi harus terikat pada
ribosom dan pada organisme prokariot pada ujung 5nya terdapat suatu urutan yang mengenali
ribosom. Urutan ini dikenal sebagai situs pengikatan ribosom atau ribosome binding site (RBS).
Proses translasi terdiri atas tiga sub proses, yaitu inisiasi, elongasi dan terminasi.
5. Translasi pada prokariot
Komponen pada tahap inisiasi organisme prokariot meliputi kodon insiasi (AUG), tiga
faktor insiasi (IF1, IF2 dan IF3), tRNA inisiator (fMet-tRNA), ribosom subunit 30S dan 50S, dan
GTP. Setelah diaktifasi oleh faktor inisiasi, tRNA inisiator yang membawa anti kodon CAU akan
menempati situs P pada ribosom. tRNA kedua yang membawa anti kodon untuk kodon kedua
memasuki situs A pada ribosom. Asam amino yang dibawa oleh tRNA kedua akan membentuk
ikatan peptida dengan asam amino pertama. Setelah ikatan peptida terbentuk, tRNA yang
membawa kedua asam amino akan bertranslokasi dari situs A ke situs P. Hal ini berlangsung
terus
Tidak ada antikodon yang mengenali kodon terminasi. Translasi berhenti dengan adanya
protein yang disebut Release Factor (RF) yang mengenali kodon terminasi. Pada prokariot
terdapat tiga faktor terminasi yaitu, RF1 yang mengenali kodon UAA dan UAG dan RF2 yang
mengenali kodon UGA dan UAA, sementara RF3 belum diketahui fungsinya. Pengikatan RF ini
memberikan sinyal bahwa proses translasi telah berhenti. Kedua subunit ribosom akan
berdisosiasi dari mRNA dan polipeptida dibebaskan dari tRNAnya.
6. Translasi pada eukariot
Inisiasi translasi pada organisme eukariot mirip dengan inisiasi pada organisme prokariot
tetapi urutannya berbeda dan melibatkan faktor inisiasi yang lebih banyak. Perbedaan tersebut
disebabkan oleh karena perbedaan struktur ribosom dan kedua organisme. Faktor inisiasi
translasi untuk organisme eukariot dinamai eIFs (eukaryote Initiation Factor). Komponen pada
tahap inisiasi organisme eukariot adalah kodon inisiasi (AUG), lima faktor inisiasi (eIFl, eIF2,
eIF3, eIF4, eIF5), tRNA inisiator (met-tRNA), ribosom subunit 40S dan 60S, GTP dan ATP. Pada
eukariot tRNA inisiator aminoasil-tRNA, GTP dan eIF2 membentuk kompleks terlebih dahulu
sebelum berikatan dengan subunit 40S. Setelah kompleks inisiasi terbentuk proses translasi
dilanjutkan dengan pemanjangan rantai polipeptida (tahap elongasi). Mekanisme elongasi pada
organisme eukariot mirip dengan mekanisme elongasi pada organisme prokariot. Tahap awal
elongasi adalah pengikatan aminoasil-tRNA pada situs A melalui penggabungan dengan kodon
kedua mRNA. Aminoasil-tRNA memasuki ribosom dengan bantuan faktor elongasi eEF-1
membentuk kompleks dengan GTP. Faktor elongasi merupakan protein yang berasosiasi terus
menerus dengan ribosom selama penambahan asam amino pada rantai polipeptida.
Pemanjangan rantai polipeptida berlangsung terus menerus sampai mencapai kodon yang
tidak dikenali oleh anti kodon yang dibawa oleh tRNA. Sel prokariot dan sel eukariot juga tidak
memiliki tRNA dengan antikodon yang komplemen dengan sinyal terminasi, tetapi memiliki
faktor terminasi (release factor, RF) yang mengenali sinyal terminasi sintesis protein. Pada
organisme eukariot hanya terdapat satu faktor terminasi yaitu RF yang mengenali ketiga kodon
stop UAG, UAA dan UGA. RF berikatan dengan kodon terminasi pada situs A ribosom dan
menstimulasi hidrolisis ikatan tRNA dan rantai polipeptida pads situs P yang menyebabkan
rantai polipeptida lepas dari ribosom, tRNA dilepaskan serta subunit ribosom dan templat
mRNA berdisosiasi.
Pada bakteri, proses transkripsi dan translasi bisa terjadi bersamaan, karena DNA berada di
sitoplasma dan semua proses replikasi, transkripsi dan translasi terjadi di sitoplasma. Bahkan
mRNA yang belum selesai di transkripsi sudah mulai di translasi. Tapi pada eukariot keadaannya
berbeda, karena replikasi dan transkripsi terjadi di dalam inti. mRNA kemudian di bawa ke
sitoplasma untuk di translasi.
Tahap akhir dari sintesis protein adalah pelipatan dan pemrosesan. Polipeptida hasil
translasi memerlukan struktur yang tepat untuk berfungsinya. Proses pelipatan protein meliputi
pembentukan ikatan hidrogen, interaksi van der Waals, ikatan ionik, interaksi hidrofobik dan
jembatan disulfida. Sehingga polipeptida hasil translasi yang awalnya satu dimensi membentuk
struktur tiga dimensi. Selain itu beberapa protein prokariot dan eukariot juga mengalami
modifikasi pasca translasi, seperti: pemotongan peptida sinyal, glikosilasi, fosforilasi, asetilasi
dan metilasi.

REGULASI GEN PADA PROKARIOTIK

A. Pengertian Operon
Di dalam sel prokaryot, terdapat beberapa gen struktural yang diekspresikan secara
bersama-sama dengan menggunakan suatu promotor yang sama. Kelompok gen semacam ini
disebut sebagai operon. Misalnya metabolisme laktosa, arabinosa, dan lain-lain. Pada
prokaryot, secara umum dikenal dua macam sistem pengendalian ekspresi genetik yaitu
pengendalian positif dan pengendalian negatif. Pengendalian (regulasi) pada suatu gen atau
operon melibatkan aktivitas suatu gen regulator (Yuwono,2005)
Gen pada sebuah operon diekspresikan secara terkoordinasi. Gen tersebut dapat
diaktifkan atau dinonaktifkan. Apabila terjadi ekspresi operon, semua gen yang terdapat di
dalamnya mengalami transkripsi. Dalam hal ini terbentuk mRNA polisistronik yang mengkode
semua protein operon. mRNA polisistronik ini mengandung banyak rangkaian kodon start dan
kodon stop yang memungkinkan pembentukan sejumlah protein dari sebuah transkrip pada
tingkat translasi.
Gen untuk protein yang dihasilkan oleh suatu operon disebut gen struktural. Transkripsi
gen struktural diatur oleh promotor yang terletak di ujung 5 operon ke arah hulu dari gen untuk
protein. Banyak mekanisme untuk pengaturan sintesis protein yang mempengaruhi pengikatan
RNA polimerase ke promotor dan dengan demikian bekerja pada tingkat inisiasi transkripsi.
Sebagian protein pengatur berikatan dengan promotor dan merangsang/menghambat pengikatan
RNA polimerase. Pada kontrol positif, protein pengatur merangsang transkripsi. Pada kontrol
negatif, protein pengatur menghambat transkripsi.
Transkripsi operon juga dikendalikan oleh faktor sigma () yang berikatan dengan RNA
polimerase yang menyebabkan faktor tersebut mengenali dan lebih mudah berikatan dengan
promotor tertentu. Mekanisme lain melemahkan transkripsi RNA yang sedang berlangsung.
Banyak mekanisme pengatur ini mungkin saling tumpang tindih, bekerja pada operon tunggal
untuk memungkinkan berespon dengan cepat terhadap perubahan kondisi.
Gambar 1 Regulasi Operon oleh Represor
B. Regulasi Pada prokariot
Regulasi ekspresi gen banyak dimengerti melalui mekanisme yang dipelajari pada bakteri.
Sistem regulasi yang pertama dimengerti ialah system regulasi operan laktosa pada bakteri E.
coli oleh Yacob Manot. Regulasi ini berperan dalam mengatur produk si enzim -galaktosidase,
ketika bakteri harus memilih menggunakan laktosa atau glukosa sebagai sumber karbonnya. Dua
sistem regulasi yang paling umum yang paling umum dilakukan pada bakteri, yaitu system
operan laktosa (operan lac) dan system operan triptopan (operan trp).
Pada operan lac ekspresi gen diatur pada tingkat promoter dengan enzim transkriptase
(pengendali transkripsi). Pada operan trp ekspresi diatur dengan cara menghentikan transkripsi
bila produk transkripsi, yaitu tryptophan sudah mencapai kuantitas yang dibutuhkan.

Gambar 3 Model Operon


C. Pengendalian negatif operon laktosa (lac)
System operon lac adalah system pengendalian ekspresi gen-gen yang bertanggung jawab
di dalam metabolisme laktosa.
Jika bakteri E.coli yang ditumbuhkan dalam medium yang mengandung sumber karbon
glukosa dan laktosa secara bersama-sama, maka E.coli akan menumbuhkan pola pertumbuhan
yang spesifik. Setelah melalui fase adaptasi, E.coli memasuki fase eksponensial yang ditandai
dengan laju pertumbuhan yang meningkat secara eksponensial kemudian akan mencapai fase
stasioner. Setelah mencapai fase stasioner beberapa saat kemudian bakteri akan tumbuh lagi
memasuki fase eksponensial kedua sampai akhirnya mencapai fase stasioner akhir. Dalam fase
pertumbuhan semacam ini ada dua fase eksponensial. Pada fase eksponensial pertama E.coli
menggunakan glukosa sebagai sumber karbon sampai akhirnya glukosa habis dan E.coli
mencapai fase stasioner pertama. Selanjutnya pada fase eksponensial kedua, E. coli
menggunakan laktosa setelah glukosa benar-benar habis, pada saat inilah sebenarnya mulai
terjadi proses induksi sistem operon laktosa yang akan digunakan untuk melakukan metabolisme
laktosa, ini disebut pola pertumbuhan diauksik (diauxic) artinya bantuan, karena kedua macam
gula tersebut membantu bakteri untuk tumbuh.
Pada fase stasioner pertama, operon lactisa terdiri atas beberapa gen mulai diaktifkan.
Operon laktosa terdiri atas 3 gen struktural utama yaitu gen lacZ (mengkode enzim
galactosidase), gen lacY (mengkode permease galactosida), dan gen lacA (transasetilase
thiogalaktosida). Ketiga gen structural yang berbeda tersebut dikendalikan ekspresinya oleh satu
promoter yang sama dan menghasilkan satu mRNA yang bersifat polisistronik (polycistronic)
karena dalam satu transkrip terdapat lebih dari satu cistron (sinonim dari kata gen). Masing-
masing cistron tersebut ditranslasi menjadi tiga polipeptida yang berbeda tetapi semuanya
terlibat di dalam metabolisme laktosa. Selain ketiga gen structural tersebut, juga terdapat gen
regulator lacl yang mengkode suatu protein repressor (tersusun atas 3.60 asam amino) dan
merupakan bagian system pengendalian operon lactose. Operon lactose dapat dikendalikan
secara negative maupun secara positif.
Enzim galactosidase adalah enzim utama yang digunakan untuk memotong ikatan
galactosidik yang ada pada molekul lactose sehingga dihasilkan dua monosakarida, yaitu glukosa
dan galaktosa. Enzim permease galaktosida adalah enzim yang berperanan dalam pengangkutan
lactose dari luar ke dalam sel. Enzim yang ketiga yaitu, transasetilase thiogalaktosida, sampai
sekarang belum diketahui secara jelas peranannya di dalam metabolisme lactose.
Pengendalian operon laktosa secara negatif dilakukan oleh protein represor yang dikode
oleh gen lacl. Repressor lacl adalah suatu protein tetramerik yang tersusun atas empat polipeptida
yang identik. Represor ini menempel pada daerah operator (lacO) yang terletak disebelah hilir
dari promotor. Operon lac berukuran sekitar 28 pasangan basa. Penempelan represor semacam
ini menyebabkan RNA polimerase tidak dapat melakukan transkripsi gen-gen struktural lacZ,
lacY, dan lacA sehingga operon laktosa dikatakan mengalami represi. Proses penekanan atau
represi semacam ini terjadi terus menerus selama tidak ada laktosa di dalam sel. Inilah yang
disebut mekanisme efisiensi seluler karena sel tidak perlu mengaktifkan operon lactose jika
memang tidak ada lactose sehingga energy seluler dapat dihemat. Sel akan cenderung untuk
menggunakan sumber karbon yang lebih sederhana terlebih dahulu, misalnya glukosa, untuk
memenuhi kebutuhan selularnya. Setelah tidak ada lagi glukosa di dalam sel, maka sel akan
mencari alternatife sumber karbon yang tersedia. Jika sel E.coli ditumbuhkan dalam medium
yang mengandung glukosa dan lactose, maka setelah glukosa benar-benar habis sel akan
melakukan metabolism lactose yang ada dengan cara mengaktifkan terlebih dahulu system
operon lactose. lactose Proses pengaktifan operon lactose semacam ini disebut sebagai proses
induksi.
Induksi operon lactosa dapat terjadi jika ada lactosa di dalam sel. Lactosa yang ada di
dalam medium pertumbuhan sel diangkut ke dalam sel dengan menggunakan enzim permease
galaktosida. Operon lactose sebenarnya tidak sepenuhnya ketat karena di dalam sel selalu ada
produk ekspresi operon ini meskipun pada aras paling dasar. Oleh karena itu, meskipun belum
ada induksi sepenuhnya di dalam sel sudah ada produk enzim permease galaktosida. Enzim
inilah yang akan mengangkut laktosa ke dalam sel. Demikian pula halnya dengan enzim
galactosidase di dalam sel yang selalu ada dalam jumlah terbatas, meskipun belum ada induksi
sepenuhnya, sehingga dapat mengubah lactose menjadi allolactosa. Laktosa adaalh disakarida
glukosa/galaktosa yang terikat melalui ikatan -1,4, sedangkan alloklactosa mempunyai ikatan -
1,6. Allolaktosa ini yang sesungguhnya menjadi inducer untuk mengaktifkan operon lactose
Yuwono , 2005).
Selama tidak ada proses induksi, molekul reseptor yang di kode oleh lacl akan selalu
menempel pada operon lac. Meskipun demikian, RNA polymerase tetap dapat menempel pada
promotor lac, hanya saja tidak dapat melakukan transkripsi karena terhambat oleh molekul
repressor yang menempel pada daerah operon. Repressor yang dikode oleh lacl merupakan
molekul protein allosterik yang mempunyai sisi pengikatan yang berbeda untuk DNA dan
molekul induser. Protein allosterik (allos [latin] artinya lain, sedangkan sterik berasal dari kata
stereo yang berarti bentuk) adalah protein yang mempunyai dua sisi pengikatan dengan molekul
lain. Jika protein terebut berikatan dengan suatu molekul, maka hal ini akan mengubah bentuk
protein pada sisi yang lain sehingga mengubah interaksinya dengan molekul kedua. Molekul
induser dapat terikat pada repressor yang berada dalam keadaan bebas di dalam sel maupun pada
saat repressor terikat pada DNA. Dengan adanya induser (laktosa yang diubah menjadi
alolaktosa) maka molekul induser akan menempel pada repressor. Penempelan tersebut akhirnya
mengubah secara allosterik konformasi molekul repressor sehingga repressor tidak dapat
menempel lagi pada operator. Oleh karena itu, daerah operator berada dalam keadaan bebas
sehingga dapat dilewati oleh RNA polymerase untuk melakukan transkripsi gen lacZ, lacY, dan
lacA. Setelah ditranskripsi, tarnskripsi yang membawa kodon-kodon untuk ketiga macam enzim
tersebut selanjutnya di translasi menghasilkan enzim -galaktosidase dan permase galaktosida
dan transasetilase thiogalaktosida. Enzim -galaktosidase dan permase galaktosida itulah yang
akhirnya digunakan untuk metabolisme laktosa.
D. Pengendalian positif operon laktosa (lac)
Selain dikendalikan secara negatif, operon lac juga dikendalikan secara positif. Dalam
sistem semacam ini operon lac diaktifkan kembali setelah sebelumnya ditekan sampai aras paling
dasar (basal level). Pengendalian positif memberikan keuntungan bagi sel karena operon laktosa
tetap dalam keadaan nonaktif selama masih tersedia glukosa dalam jumlah banyak. Dalam kasus
operon lac, penghilangan represor dari operator tidak cukup untuk mengaktifkan operon tersebut
sehingga diperlukan suatu sistem yang bekreja secara positif (mempercepat) proses pengaktifan
operon. Pada saat E. coli ditumbuhkan dalam medium yang mengandung dua macam sumber
karbon yang berbeda, yaitu glukosa dan laktosa, maka sel tidak perlu mengaktifkan operon
laktosa jika di dalam sel masih tersedia glukosa. Hal ini ditunjukkan dalam suatu eksperimen
menggunakan E. coli yang ditumbuhkan dalam medium yang mengandung suksinat dan IPTG
(isopropil thigaluktosida). IPTG mempunyai struktur yang mirip dengan laktosa sehingga dapat
berfungsi sebagai inducer operon laktosa. Pada saat awal ketika IPTG tersedia, -galaktosidase
dapat diekspresikan. Akan tetapi ketika ditambahkan glukosa maka sintesis enzim ini mengalami
penurunan yang tajam. Pada awalnya diduga bahwa suatu katabolic glukosa (produk pemecahan
glukosa) menjadi penyebab fenomena ini sehingga kemudian dikenal sebagai fenomena represi
katabolic atau efek glukosa. Akan tetapi, ketika molekul nukleotida cAMP (cyclic AMP)
ditambahkan bersama-sama dengan glukosa, proses represi sintesis -galaktosidase tidak terjadi.
Represi katabolic semacam ini juga terjadi operon yang lain.
Represi katabolik pada operon lac dilakukan melalui protein regulator yang dikenal
sebagai CAP (catabolic activator protein) dan suatu molekul efektor yaitu cAMP. Telah diketahui
bahwa E. coli konsentrasi cAMP yang disintesisi oleh enzim adenil siklase, berkebalikan dengan
konsentrasi glukosa dalam sel. Hal itu berarti bahwa jika konsentrasi glukosa rendah, maka
konsentrasi cAMP meningkat. Pada saat konsentrasi cAMP meningkat, yaitu pada saat
konsentrasi glukosa rendah, cAMP akan berikatan dengan CAP dun mengaktifkan operon lac.
Promotor lac mempunyai dua sisi pengikatan yang berbeda, yaitu sisi
pengikatan untuk RNA polimerase dan sisi pengikatan untuk kompleks CAP- cAMP. Kompleks
CAP-cAMP terikat pada promotor lac pada daerah diantara sekuens -72 dan -52 dihitung dari
nukleotida pertama operon lac. Sekuens konsensus sisi pengikatan CAP-cAMP adalah TGTGA.
Sisi pengikatan kompleks CAP-cAMF semacam ini bervariasi dari satu operon dengan operon
yang lain, misalnya pada operon gal sisi pengikatan tersebut terletak pada sekuens -50 dan -
23, sedangkan pada operon ara terletak pada daerah -170 dan -78. Meskipun mekanisme rinci
pengaktifan operon lac belum diketahui secara jelas, diduga protein CAP mampu melakukan
perubahan pada struktur DNA atau berinteraksi secara langsung dengan RNA polimerase. Bukti-
bukti menunjukkan bahwa pengikatan kompleks CAP-cAMP pada promotor membantu RNA
polymerase untuk terikat pada Promotor. Salah satu hipotesis mengatakan bahwa kompleks
CAP-cAMP dan RNA polimerase saling bersentuhan karena keduanya melekat
pada sisi yang berdekatan di promotor. Kedekatan ikatan CAP-cAMP dengan
RNA polimerase tersebut menyebabkan ikatan RNA polimerase dengan promotor
menjadi lebih kuat. Pada kasus operon lac, sisi pengikatan CAP-cAMP dengan RNA polimerase
tersebut menyebabkan ikatan RNA polimerase dengan promotor menjadi lebih kuat. Pada kasus
operon lac, sisi pengikatan CAP-cAMP dengan RNA polimerase memang secara fisik
berdekatan, tetapi pada operan ara sisi pengikatan activator teresbut berada cukup jauh dari
promotor. Hipotesis mengatakan bahwa CAP-cAMP mampu menyebabkan perubahan pada
struktur DNA yaitu dengan mendekatkan hubungan antara kompleks CAP-cAMP dengan RNA
polimerase.
Jadi secara umum dapat dijelaskan bahwa pengikatan CAP-cAMP pada promotor
menyebabkan RNA polimerase dapat tertarik pada promotor membentuk kompleks promotor
tertutup (close promotor complex) yang selanjutnya akan menjadi kompleks promotor terbuka
yang siap melakukan ripsi. Pengikatan RNA polimerase pada promotor tersebut difasilitasi oleh
CAP-cAMP melalui interaksi protein-protein, pembengkokkan DNA atau kedua-nya.
E. Pengendalian operon triptofan (trp)
Operon trp berperanan di dalam sintesis asam amino triptofan pada E. coli. Operon trp,
dikendalikan melalui dua macam mekanisme yaitu : (1) penekanan (represi) oleh produk akhir
ekspresi, dan (2) pelemahan (attenuation). Operon ini dikenal secara negatif oleh suatu represor
seperti pada operon lac. Meskipun demikian, ada perbedaan fundamental antara kedua operon
tersebut. Operon lac adalah operon yang mengkode enzim-enzim katabolik, yaitu enzim yang
digunakan untuk merombak suatu senyawa, sedangkan operon trp adalah operon yang mengkode
enzim-enzim anabolik yang digunakan untuk sintesis suatu senyawa. Operon untuk enzim
katabolik cenderung akan diaktifkan jika ada senyawa yang akan dirombak, misalnya laktosa.
Sebaliknya, operon untuk enzim anabolic pada umumnya akan dinonaktifkan jika tersedia
senyawa yang akan disintesis, misalnya triptofan, maka operon trp akan dinonaktifkan. Selain
dengan mekanisme pengendalian negatif semacam ini, operon trp juga mempunyai mekanisme
pengendalian lain, yaitu mekanisme pelemahan yang tidak ada pada operon lac.
Pengendalian negatif operon trp dilakukan dengan cara menekan ekspresi
gen-gen dalam operon itu pada saat tersedia triptofan dalam jumlah banyak. Operon trip terdiri
atas 5 gen struktural, yaitu tripE, D, C, B dan A. Promotor dan operator operon ini terletak pada
daerah yang sama. Hal ini berbeda dengan operator lac yang terletak tepat pada sisi sebelah hilir
promotor lac. Pada daerah hilir setelah promotor, tetapi sebelum daerah gen struktural, terdapat
suatu urutan nukleotida (trpL) yang mengkode suatu polipeptida awal berukuran pendek (leader
peptida) yang terdiri atas 14 asam amino dan tidak fungsional sebagai protein. Sekuens gen
peptida awal tersebut mempunyai kodon inisiasi translasi AUG diikuti oleh 13 kodon asam
amino dan kodon terminasi transalsi UGA. Gen struktural trpE mempunyai kodon inisiasi
translasi (AUG) tersendiri yang berbreda dari kodon inisiasi pada sekuens peptida awal. Setelah
sekuens trpL terdapat suatu sekuens yang mempunyai fungsi khusus dalam pengendalian dengan
mekanisme pelemahan (attenuation) yang disebut sebagai daerah attenuator. Selain itu, juga ada
gen regulator operon trp yaitu trpR yang mengkode sintesis aporepresor yang tidak aktif jika
tidak ada triptofan.
Pada saat triptofan tidak tersedia, atau hanya tersedia dalam jumlah sangat terbatas, gen
trpR hanya menghasilkan aporepresor yang tidak mampu menempel pada daerah operator
sehingga RNA polimerase dapat dengan mudah melakukan transkripsi gen-gen struktural trpE,
D, C, B dan A setelah melewati daerah attenuator. Sebaliknya, pada saat tersedia triptofan dalam
jumlah banyak, aporepresor yang dikode oleh trpR akan berikatan dengan molekul triptofan
(disebut sebagai ko-represor) sehingga terjadi perubahan struktural pada protein aporepresor
menjadi protein represor yang fungsional. Perubahan struktural tersebut mengakibatkan represor
dapat menempel pada daerah promotor operon trp sehingga RNA polimerase tidak dapat
melakukan transkripsi gen-gen struktural.
Selain dengan mekanisme pengendalian negatif semacam trp, operon trp juga
dikendalikan melalui mekanisme pelemahan. Perlu dipahami bahwa sistem represi operator trp
sebenarnya tidak cukup kuat, jauh lebih lemah dibandingkan represor operon lac, sehingga
transkripsi gen-gen struktural trp masih dapat terjadi meskipun ada protein represor. Oleh karena
itu, diperlukan mekanisme pengendalian yang lain untuk meningkatkan efisiensi selular karena
sintesis asam amino triptofan memerlukan banyak energi.
Jika triptofan dalam jumlah banyak, pada awalnya RNA polimerase akan melakukan
transkripsi sekuens trpL yang kemudian langsung diikuti dengan transalsi transkrip trpL. Perlu
diingat bahwa dalam sistem prokaryot, tarnskripsi akan langsung diikuti dengan translasi,
berbeda dengan eukaryot yang memiliki sistem terpisah. Meski trpL dapat ditranskripsi namun
proses transkripsi tersebut akan segera diakhiri karena daerah attenuator mempunyai sekuens
terminator transkripsi sehingga akhirnya RNA polimerase terlepas dari DNA sebelum mencapai
gen-gen struktural trpEDCBA. Sekuens terminator pada daerah attenuator berupa suatu sekuens
berulang-terbalik (inverted repeat) yang diikuti oleh delapan pasangan A-T. Dengan adanya
sekuens berulang-balik semacam ini, maka transkrip mRNA pada daerah ini akan cenderung
mengalami pasangan basa intramolekuler membentuk struktural sekunder jepit rambut (hair pin).
Pembentukan struktur jepit rambut yang diikuti dengan rangkaian basa U tersebut menyebabkan
ikatan antara transkripsi dengan DNA menjadi tidak stabil sehingga akhirnya transkrip terlepas
dan transkripsi tidak dapat dilanjutkan.
Ada 4 sekuens pada daerah peptida awal dan attenuator yang dapat membentuk, struktur
sekuens jepit rambut. Proses pelemahan transkripsi ditentukan oleh laju translasi peptida awal,
relatif terhadap laju transkripsinya. Sekuens 1 dapat membentuk struktur jepit rambut dengan
sekuens 2 (1:2), sedangkan sekuens 3 dengan sekuens 4 (3:4). Struktur jepit rambut 3:4 itulah
yang berfungsi sebagai terminator transkripsi sebelum RNA polimerase mencapai gen trpE.
Sebaliknya, jika terjadi struktur jepit rambut antara 2:3, maka pembentukan struktur 3:4 dapat
dicegah, sehingga tidak ada terminasi transkripsi dan RNA polimerase dapat berjalan mencapai
gen trdEDCBA.
Pengaturan pembentukan struktur sekunder 2:3 atau 3:4 dilakukan dengan mengatur laju
translasi peptida awal. Sekuens peptida awal mengandung dua kodon triptofan (UGG) yang
terletak berurutan pada sekuens 1. Sekuens 1 tersebut dapat membentuk struktur jepit rambut
pertama. Keberadaan dua kodon triptofan yang berurutan semacam ini termasuk jarang karena
asam amino triptofan sangat jarang ditemukan pada struktur protein; triptofan umumnya hanya
ada satu setiap 100 asam amino. Pada saat triptofan tersedia dalam jumlah sedikit maka jumlah
tRNAtrp (tRNA yang membawa asam amino triptofan) juga akan berkurang. Keadaan ini
menyebabkan ribosom yang melakukan translasi peptida awal akan berhenti pada daerah kodon
triptofan yang pertama sehingga terjadi penumpukan ribosom pada daerah ini. Ribosom yang
menumpuk pada sekuens kodon triptofan pertama menyebabkan penghambatan pembentukan
struktur jepit rambut 1:2, sehingga sekuens 2 dapat membentuk struktur jepit rambut dengan 3
sekuens (2:3). Akibatnya, struktur jepit rambut 3:4 tidak dapat terbentuk sehingga tidak ada
terminasi transkripsi oleh RNA polimerase.
Sejalan dengan proses transkripsi dan translasi gen struktur trpEDCBA, maka asam
amino triptofan, meningkat, dengan demikian pula dengan tRNAP. Pada keadaan ini ribosom
dapat mencapai daerah terminasi translasi (UGA), yang terletak antara sekuens 1 dan 2, karena
tidak ada lagi hambatan akibat keterbatasan triptofan sehingga akhirnya ribosom terlepas.
Dengan tidak adanya ribosom maka dapat terbentuk struktur jepit rambut 1:2 dan 3:4, sehingga
struktur 3:4 dapat berfungsi sebagai terminator transkripsi oleh RNA polimerase.
Pengendalian operon dengan mekanisme serupa (pelemahan) juga terjadi pada operon his
pada E.coli yang mempunyai daerah peptida awal dengan kodon histin berurutan sebanyak tujuh
buah. Selain itu, operon lain yang juga dikendalikan dengan mekanisme pelemahan adalah
operon thr, ilv, leu, dan phe. Pada bakteri Bacillus substilis, mekanisme pengendalian operon trp,
dengan mekanisme pelemahan dilakukan dengan cara yang berbeda. Pada saat triptofan tersedia
dalam jumlah banyak triptofan berikatan dengan suatu protein yang disebut sebagai TRAP dapat
melekat pada RNA-biding atteniator protein). Pengikatan ini menyebabkan TRAP dapat melekat
pada RNA hasil transkripsi gen peptida awal menyebabkan terbentuknya terminator sehingga
transkripsi gen-gen trp tidak terjadi. Sebaliknya, pada saat triptofan tidak, tersedia dalam jumlah
banyak, TRAP tidak dapat berikatan dengan transkrip gen peptida awal sehingga terbentuk
terminator.
F. Pengendalian Operan ara
Katabolisme L-arabinosa oleh E-coli melibatkan tiga enzim yang dikode oleh tiga gen
berurutan, yaitu araB, araA, dan araD. Aktivitas transkripsi ketiga gen tersebut diatur oleh gen
keempat yaitu araC. Lokus araC dan araBAD ditranskripsi dengan arah yang berlawanan oleh
suatu daerah promotor sentral. Aktivitas ipromotor araC (Pc) maupun promotor araBAD (PBAD)
distimulasi oleh CAP-cAMP. Operon ara mempunyai dua operator yaitu araO1 (mengendalikan
araC) dan araO2 (mengendalikan araBAD). Operator araO2 terletak cukup jauh dari promotor
PBAD (pada posisi-265 dan -294) tetapi masih mampu melakukan pengendalian transkripsi. Sisi
pengikatan CAP terletak sekitar 200 bp disebelah hulu dark promotor ara. Protein araC (dikode
oleh araC) mempunyai 3 daerah pengikatan yaitu pada araO2, araOl, dan pada aral yang dapat
dibedakan menjadi dua sub-bagian yaitu aral1 dan aral2.
Pada saat tidak tersedia arabinosa, sehingga tidak diperlukan enzim untuk katabolisme,
protein araC melakukan pengendalian negatif dengan cara menempel pada araO2 dan aral1.
Penempelan itu menyebabkan DNA membengkok sehingga menekan transkripsi operon
araBAD. Sebaliknya, jika arabinosa tersedia, terjadi perubahan konfirmasi protein araC sehingga
protein regulator tersebut tidak dapat menempel pada araO2 melainkan melekat pada aral1 dan
aral2. Hal ini menyebabkan penghilangan struktur bengkokkan DNA yang sebelumnya menekan
operon ara BAD sehingga operon ini dapat ditranskripsi dan translasi menghasilkan enzim-enzim
yang digunakan untuk metabolisms arabinosa.
Protein araC sendiri juga dapat diatur aras sintetisnya dengan mekanisme autoregulasi.
Gen araC ditranskripsi kearah kiri dari promotornya (PC) sementara disemailah kirinya
(disemailah hulu dari araC) terdapat operator araO1. Pada saat konsentrasi araC meningkat,
protein ini akan menempel pada araO1 sehingga akhirnya menghambat transkripsi araC kearah
kiri (kearah hulu dari lokus araC). Penghambatan transkripsi araC ini pada akhirnya akan
mengurangi jumlah protein represor sehingga tidak disintesisi dalam jumlah berlebihan.
G. Pengendalian Operon gal
Operon gal pada E. coli terdiri atas tiga gen struktural, yaitu galE, galT, dan galK yang
ditranskripsi dari dua promotor yang saling tumpang tindih pada sisi sebelah hulu dari galE.
Operon ini selain bertanggung jawab dalam metabolisme galaktosa sebagai sumber karbon, juga
berperan dalam mengubah UDP-glukosa menjadi UDP-galaktosa pada waktu tidak ada
galaktosa. Meskipun transkripsi kedua promotor gal dapat diinduksi oleh galaktosa, tetapi
produk galE dalam aras dasar selalu dibutuhkan pada saat tidak tersedia galaktosa. Operon gal
juga diatur oleh sistem represi katabolic. Pada saat konsentrasi cAMP tinggi, kompleks CAP-
cAMP akan menstimulasi transkripsi dari promotor pertama sekaligus menekan promotor kedua
sehingga terbentuk produk gen-gen struktural operon gal. Sebaliknya, jika bakteri ditumbuhkan
dalam medium yang mengandung glukosa, sehingga konsentrasi cAMP rendah, maka transkripsi
dimulai dari promotor kedua yang terletak disemailah hulu promotor pertama. Keadaan ini
menyebabkan disintesisinya enzim-enzim gal pada aras dasar (basal level). Kedua promotor gal
tersebut dikendalikan secara negatif oleh produk gen galR yang tidak terikat dengan operon gal.
BAB III
PENUTUP

A. Kesimpulan
Dari pembahasan di dalam makalah ini, dapat disimpulkan beberapa hal, antara lain:
i. Transkripsi merupakan pengkopian daerah pengkode pada DNA menjadi RNA untai tunggal
(Lodish, 2005). Kata transkripsi berasal dari bahasa Inggris transcription atau bahasa latin
transcriptio yang berarti penyalinan atau perekaman. Secara fungsional, transkripsi diartikan
sebagai transfer informasi genetik yang terdapat dalam urut-urutan nukleotida DNA menuju
ke urut-urutan nukleotida RNA.
ii. Dogma sentral tentang pembentukan protein menunjukkan bahwa urut-urutan terbentuknya
protein adalah dari DNA mengalami transkripsi menjadi RNA dan mengalami translasi
membentuk protein.
iii. Secara umum transkripsi berlangsung dalam tiga tahap, yaitu: tahap inisiasi, elongasi dan
terminasi.
iv. Pada prokariot, translasi terjadi sebelum transkripsi sepenuhnya dirampungkan. Hal ini
dimungkinkan karena pada prokariot molekul mRNA di translasikan berdasarkan arah dari
ujung 5` ke ujung 3`. Selain dari itu, pada prokariot tidak terdapat membran inti, sehingga
tidak ada yang memisahkan transkripsi dan translasi (sebagaimana yang terjadi pada
eukariot) sehingga translasi dapat segera dilakukan.
v. Dengan adanya membran inti, pada eukariot dapat dibedakan tempat terjadinya transkripsi
dan translasi, transkripsi terjadi di dalam inti sedang translasi terjadi di sitoplasma.
Waktunya pun tidak dapat terjadi secara bersamaan, sebab sebelum dapat melakukan
translasi, harus merampungkan terlebih dahulu proses transkripsi. Proses transkripsi dan
translasi pada eukariotpun lebih kompleks daripada prokariot (Gardner, dkk. 1991).
vi. Operon adalah kelompok gen pada prokariotik yang diekspresikan secara bersama-sama
dengan menggunakan suatu promotor yang sama
vii. Dua sistem regulasi yang paling umum dilakukan pada bakteri, yaitu system operan laktosa
(operan lac) dan system operan triptopan (operan trp).
viii. System operon lac adalah system pengendalian ekspresi gen-gen yang bertanggung jawab di
dalam metabolisme laktosa.
ix. Operon trp berperanan di dalam sintesis asam amino triptofan pada E. coli. Operon trp,
dikendalikan melalui dua macam mekanisme yaitu : (1) penekanan (represi) oleh produk
akhir ekspresi, dan (2) pelemahan (attenuation).
x. Katabolisme L-arabinosa oleh E-coli melibatkan tiga enzim yang dikode oleh tiga gen
berurutan, yaitu araB, araA, dan araD. Aktivitas transkripsi ketiga gen tersebut diatur oleh
gen keempat yaitu araC. Lokus araC dan araBAD ditranskripsi dengan arah yang
berlawanan oleh suatu daerah promotor sentral.
DAFTAR PUSTAKA

1. Pearson H (2006). "Genetics: what is a gene?". Nature 441 (7092): 398401.


doi:10.1038/441398a. PMID 16724031.
2. Elizabeth Pennisi (2007). "DNA Study Forces Rethink of What It Means to Be a Gene".
Science 316 (5831): 15561557. doi:10.1126/science.316.5831.1556. PMID 17569836.
3. Anthony JF Griffiths, Jeffrey H Miller, David T Suzuki, Richard C Lewontin, and William
M Gelbart (2000). An Introduction to Genetic Analysis (edisi ke-7).
4. W. H. Freeman. hlm. Genes as determinants of the inherent properties of species. ISBN 0-
7167-3520-2. Diakses pada 16 Agustus 2010.
5. Anthony JF Griffiths, Jeffrey H Miller, David T Suzuki, Richard C Lewontin, and William
M Gelbart (2000). An Introduction to Genetic Analysis (edisi ke-7). W. H. Freeman.
hlm. Figure 1-9. Generalized structure of a eukaryotic gene.. ISBN 0-7167-3520-2.
Diakses pada 16 Agustus 2010.
6. Anthony JF Griffiths, Jeffrey H Miller, David T Suzuki, Richard C Lewontin, and William
M Gelbart (2000). An Introduction to Genetic Analysis (edisi ke-7). W. H. Freeman.
hlm. Figure 11-25. The promoter region in higher eukaryotes.. ISBN 0-7167-3520-2.
Diakses pada 19 Agustus 2010.