Anda di halaman 1dari 84

MODUL PRAKTIKUM KIMIA KOMPUTASI

Disusun oleh:

Soni Setiadji, MT., M.Si

JURUSAN KIMIA

FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI

UIN SUNAN GUNUNG DJATI

BANDUNG
1
Kata Pengantar

Alhamdulillah, Puji dan syukur penulis panjatkan kehadirat Allah SWT, yang telah
memberikan rahmat dan hidayah -Nya, sehingga penulisan modul praktikum kimia
komputasi yang sederhana ini dapat terselesaikan. Mata ajaran kimia komputasi
dengan bobot dua sks ini mengulas bahasan teori dan praktikum "bisa diistilahkan
pelatihan". Pelatihan dalam modul praktikum ini dapat memberikan pengalaman
awal bagi mahasiswa. Melihat begitu luas nya penerapan dan software yang
digunakan untuk pembelajaran kimia komputasi, sehingga kajian dibatasi sesuai
dengan keperluan dan sarana komputer yang dimiliki.

Eksperimen kimia komputasi dapat dikelompokan menjadi mekanika molekul (MM),


semiempiris, mekanika kuantum (QM), dan campuran QM/MM. Kajian yang dibahas
dalam modul praktikum ini, dibatasi hanya dengan mekanika kuantum (QM) atau
istilah lain metoda struktur elektron saja. Praktek sederhana hanya membahas
molekul kecil, berdasarkan pengalaman eksperimen yang sudah berhasil dilakukan
oleh mahasiswa jurusan kimia FST UIN bandung, dengan menggunakan komputer PC
atau laptop yang sederhana. Namun kesempatan untuk berlatih mekanika molekul
dan semiempiris nantinya akan dilakukan pada kesempatan berikutnya, sesuai
dengan kebutuhan dan alokasi waktu yang tersedia.

Penulis menyadari bahwa di dalam penulisan modul praktikum ini banyak terdapat
kekurangan, bahkan jauh dari yang diharapkan karena keterbatasan waktu,
kemampuan dan pengetahuan yang penulis miliki, baik dari segi ilmu ataupun
pengalaman. Oleh karena itu penulis mengharapkan kritik dan saran yang sifatnya
membangun demi perbaikan di masa yang akan datang. Penulis mengucapkan
terimakasih bagi rekan-rekan yang sudah membantu dalam pembelajaran kimia
komputasi di jurusan kimia FST UIN bandung. Semoga semua ini dapat bermanfaat
bagi mahasiswa yang membutuhkan.

2
Daftar Isi

1 Menggambar struktur molekul dua dimensi

1.1. Tujuan

1.2. Alat dan bahan

1.3. Tampilan ChemDraw

1.4. Fasilitas utama untuk menggambar molekul

1.5. Membuat file, menyimpan file, membuka file

1.6. Pelatihan 1: "skema reaksi"

1.7. Pelatihan 2: "molekul intermediet"

1.8. Pelatihan 3: "menggunakan skema bentuk cincin"

1.9. Pelatihan 4: "menggambar proyeksi Fischer"

1.10. Pelatihan 5: "menggambar proyeksi Haworth"

1.11. Pelatihan 6: "menggambar proyeksi Newman"

1.12. Pelatihan 7: "menggambar skema stereokimia"

1.13. Tugas terstruktur

1.14. Referensi

2 Menggambar struktur molekul tiga dimensi

2.1. Tujuan

2.2. Alat dan bahan

2.3. Tampilan Avogadro

2.4. Pelatihan 1: "menggambar struktur molekul"

2.5. Pelatihan 2: "menggambar struktur molekul"

2.6. Pelatihan 3: "menggambar struktur molekul"

2.7. Pelatihan 4: "menggambar struktur senyawa kompleks HCo(CO)4"

2.8. Pelatihan 5: "Menggambar struktur senyawa kompleks HCo(CO)4"

2.9. Pelatihan 6: "menggambar struktur senyawa kompleks HCo(CO)3"

3
2.10. Pelatihan 7: "menggambar struktur senyawa kompleks HCo(CO)3"

2.11. Pelatihan 8: "menggambar struktur senyawa zat warna"

2.12. Tugas Terstruktur

2.13. Referensi

3 Parameter struktur

3.1. Tujuan

3.2. Alat dan bahan

3.3. Deskripsi

3.4. Pelatihan 1: koordinat struktur molekul katekol

3.5. Tugas Terstruktur

3.6. Referensi

4 Himpunan basis

4.1. Tujuan

4.2. Alat dan bahan

4.3. Deskripsi

4.4. Beberapa fasilitas himpunan basis dari Avogadro

4.5. Beberapa informasi himpunan basis dari Gaussian

4.6. Informasi dan database himpunan basis

4.7. Tugas Mandiri

4.8. Referensi

5 Metode perhitungan

5.1. Tujuan

5.2. Alat dan bahan

5.3. Deskripsi

5.4. Beberapa fasilitas metode perhitungan dari Avogadro

4
5.5. Beberapa informasi metode perhitungan dari Gaussian

5.6. Tugas mandiri

5.7. Referensi

6 Optimasi geometri

6.1. Tujuan

6.2. Alat dan bahan

6.3. Deskripsi

6.4. Beberapa Fasilitas Perhitungan Dari Avogadro

6.5. Contoh Algoritma Perhitungan Optimasi Geometri Menggunakan SCF / HF

6.6. Pelatihan 1: Perhitungan optimasi geometri molekul

6.7. Pelatihan 2: Perhitungan optimasi geometri molekul

6.8. Pelatihan 3: Perhitungan optimasi geometri molekul

6.9. Hasil perhitungan

6.10. Tugas Terstruktur

6.11. Referensi

5
1 Menggambar Struktur Molekul Dua Dimensi
1.1.Tujuan
- Mahasiswa dapat menggambar struktur molekul dua dimensi.
- Mahasiswa terampil menggunakan perangkat lunak ChemDraw dan dapat
berlatih secara mandiri.
1.2. Alat dan Bahan
Komputer, Perangkat lunak ChemDraw Ultra 8 (Paket ChemOffice for Windows)
1.3. Tampilan ChemDraw

6
1.4.Fasilitas Utama untuk Menggambar Molekul (Main tool palette)

7
1.5.Membuat File, Menyimpan File, Membuka File

8
1.6.Pelatihan 1: Skema Reaksi

Menggambar skema reaksi berikut:

Gunakan fasilitas main tool palette

Ikuti petunjuk tahap-tahap menggambar.

A) Menggambar molekul reaktan, label atom dan penamaan molekul

1) Catatan:

(sudut 30o terhadap garis datar)

9
2) Catatan:

3) Catatan:

(sudut ikatan 120o)

4) Catatan:

5) Catatan:

6) Catatan:

7) Catatan:

8) Catatan:

10
9) Catatan:

10) Catatan:

11) Catatan:

12) Catatan:

B) Menggambar molekul produk, label atom dan penamaan molekul

1) Catatan:

2) Catatan:

11
3) Catatan:

4) Catatan:

5) Catatan:

6) Catatan:

7) Catatan:

8) Catatan:

*)
buat pelabelan nama produk

C) Menggambar panah reaksi dan pelabelan

1) Catatan:

12
2) Catatan:

3) Catatan:

4) Catatan:

5) Catatan:

6) Catatan:

7) Catatan:

8) Catatan:

9) Catatan:

13
10) Catatan:

1.7.Pelatihan 2: Molekul intermediet

Menggambar skema intermediet berikut:

Gunakan fasilitas main tool palette

Ikuti petunjuk tahap-tahap menggambar.

1) Catatan:

2) Catatan:

3) Catatan:

14
4) Catatan:

5) Catatan:

6) Catatan:

7) Catatan:

8) Catatan:

9) Catatan:

10) Catatan:

11) Catatan:

15
12) Catatan:

13) Catatan:

14) Catatan:

15) Catatan:

16) Catatan:

17) Catatan:

18) Catatan:

16
19) Catatan:

20) Catatan:

21) Catatan:

22) Catatan:

23) Catatan:

24) Catatan:

17
1.8.Pelatihan 3: Menggunakan skema bentuk cincin

Menggambar skema molekul berikut:

Gunakan fasilitas main tool palette

Ikuti petunjuk tahap-tahap menggambar.

1) Catatan:

2) Catatan:

3) Catatan:

4) Catatan:

18
5) Catatan:

6) Catatan:

7) Catatan:

8) Catatan:

19
9) Catatan:

10) Catatan:

11) Catatan:

12) Catatan:

20
13) Catatan:

14) Catatan:

15) Catatan:

16) Catatan:

17) Catatan:

21
18) Catatan:

1.9.Pelatihan 4: Menggambar proyeksi Fischer

Menggambar skema molekul berikut:

Gunakan fasilitas main tool palette

Ikuti petunjuk tahap-tahap menggambar.

1) Catatan:

2) Catatan:

22
3) Catatan:

4) Catatan:

5) Catatan:

6) Catatan:

23
7) Catatan:

8) Catatan:

9) Catatan:

10) Catatan:

24
11) Catatan:

12) Catatan:

13) Catatan:

14) Catatan:

25
15) Catatan:

16) Catatan:

17) Catatan:

1.10. Pelatihan 5: Menggambar proyeksi Haworth

Menggambar skema molekul berikut:

26
Gunakan fasilitas main tool palette

Ikuti petunjuk tahap-tahap menggambar.

1) Catatan:

2) Catatan:

3) Catatan:

4) Catatan:

5) Catatan:

6) Catatan:

7) Catatan:

27
8) Catatan:

9) Catatan:

10) Catatan:

11) Catatan:

12) Catatan:

13) Catatan:

14) Catatan:

28
15) Catatan:

16) Catatan:

17) Catatan:

18) Catatan:

19) Catatan:

20) Catatan:

21) Catatan:

29
22) Catatan:

23) Catatan:

24) Catatan:

25) Catatan:

26) Catatan:

1.11. Pelatihan 6: Menggambar proyeksi Newman

Menggambar skema molekul berikut:

Gunakan fasilitas main tool palette

Ikuti petunjuk tahap-tahap menggambar.

30
1) Catatan:

2) Catatan:

3) Catatan:

4) Catatan:

5) Catatan:

6) Catatan:

7) Catatan:

8) Catatan:

31
9) Catatan:

10) Catatan:

11) Catatan:

12) Catatan:

13) Catatan:

14) Catatan:

32
1.12. Pelatihan 7: Menggambar skema stereokimia

Menggambar skema molekul berikut:

Gunakan fasilitas main tool palette

Ikuti petunjuk tahap-tahap menggambar.

1) Catatan:

2) Catatan:

3) Catatan:

4) Catatan:

5) Catatan:

6) Catatan:

7) Catatan:

33
8) Catatan:

9) Catatan:

10) Catatan:

11) Catatan:

12) Catatan:

13) Catatan:

34
1.13. Tugas Terstruktur

Senyawa berbasis Imidazo[1,2-]piridin merupakan senyawa organik yang telah


banyak difungsikan dalam suatu aplikasi, salah satunya sebagai senyawa inhibitor
korosi. Sintesis senyawa 2-fenil imidazo[1,2-]piridin dari acetofenon, [Bmim]Br3 dan
2-aminopiridin ditunjukkan melalui skema reaksi berikut:

Tabel dibawah ini memberikan keterangan dan data yang berhubungan dengan
skema sintesis di atas, yaitu sintesis 2-fenilimidazo[1,2-]piridin dari acetofenon,
[Bmim]Br3 dan 2-aminopiridin dalam kondisi bebas pelarut.

Tugas saudara adalah menggambar skema reaksi seperti di atas dengan


menyesuaikan gugus R1, R2, dan R3 yang tertera pada tabel di atas. Pada tabel
tersebut terdapat 16 produk reaksi yang dilabelkan sebagai 3a, 3b, 3c, . 3p.

Penamaan senyawa produk:

3a : 2-Phenylimidazo[1,2-]pyridine

35
3b : 2-(4-Methylphenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3c : 2-(4-Methoxyphenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3d : 2-(4-Fluorophenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3e : 2-(4-Chlorophenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3f : 2-(2,4-Dichlorophenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3g : 2-(4-Bromophenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3h : 3-Methyl-2-phenylimidazo[1,2-]pyridine
3i : 6-Chloro-2-phenylimidazo[1,2-]pyridine
3j : 6-Chloro-2-(4-methylphenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3k : 6-Chloro-2-(4-methoxyphenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3l : 6-Chloro-2-(4-Fluorophenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3m : 6-Chloro-2-(4-chlorophenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3n : 6-Methyl-2-phenylimidazo[1,2-]pyridine
3o : 6-Methyl-2-(4-methoxyphenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3p : 6-Methyl-2-(4-chlorophenyl)imidazo[1,2-]pyridine

1.14. Referensi
1. ChemDraw: Chemical Structure Drawing Standard, CambridgeSoft.
2. https://en.wikipedia.org/wiki/ChemDraw.
3. Zhang-Gao Le et al (2012): One-Pot Synthesis of 2-Phenylimidazo[1,2-]pyridines
from Acetophenone, [Bmim]Br3 and 2-Aminopyridine under Solvent-Free
Conditions, Molecules, 17, 13368-13375, doi:10.3390/molecules171113368.

36
2 Menggambar Struktur Molekul Tiga Dimensi
2.1.Tujuan
- Mahasiswa dapat menggambar struktur molekul tiga dimensi.
- Mahasiswa terampil menggunakan perangkat lunak Avogadro dan dapat
berlatih secara mandiri.
2.2.Alat dan Bahan
Komputer, Perangkat lunak Avogadro for Windows
2.3.Tampilan Avogadro

37
1) Fasilitas Draw Setting: memilih atom (element), jenis ikatan (bond order),
dan kotak check list adjust hydrogen.

38
2) Fasilitas yang sering digunakan.

2.4.Pelatihan 1: Menggambar struktur molekul

Gunakan fasilitas draw setting (1) dan (2) untuk menggambar molekul.

Ikuti petunjuk tahap-tahap menggambar.

39
1. Catatan:

2. Catatan:

40
3. Catatan:

4. Catatan:

41
5. Catatan:

6. Catatan:

42
7. Catatan:

8. Catatan:

2.5.Pelatihan 2: Menggambar struktur molekul

43
2.6.Pelatihan 3: Menggambar struktur molekul

2.7.Pelatihan 4: Menggambar struktur senyawa kompleks HCo(CO)4

1. Catatan:

44
2. Catatan:

3. Catatan:

45
4. Catatan:

2.8.Pelatihan 5: Menggambar struktur senyawa kompleks HCo(CO)4

2.9.Pelatihan 6: Menggambar struktur senyawa kompleks HCo(CO)3

46
1. Catatan:

2. Catatan:

2.10. Pelatihan 7: Menggambar struktur senyawa kompleks HCo(CO)3

47
2.11. Pelatihan 8: Menggambar struktur senyawa zat warna

2.12. Tugas Terstruktur

Senyawa berbasis Imidazo[1,2-]piridin merupakan senyawa organik yang telah


banyak difungsikan dalam suatu aplikasi, salah satunya sebagai senyawa inhibitor
korosi. Sintesis senyawa 2-fenil imidazo[1,2-]piridin dari acetofenon, [Bmim]Br3 dan
2-aminopiridin ditunjukkan melalui skema reaksi berikut:

Tabel dibawah ini memberikan keterangan dan data yang berhubungan dengan
skema sintesis di atas, yaitu sintesis 2-fenilimidazo[1,2-]piridin dari acetofenon,
[Bmim]Br3 dan 2-aminopiridin dalam kondisi bebas pelarut.

48
Tugas saudara adalah menggambar struktur senyawa produk (3) seperti di atas
dengan menyesuaikan gugus R1, R2, dan R3 yang tertera pada tabel di atas. Pada
tabel tersebut terdapat 16 produk reaksi yang dilabelkan sebagai 3a, 3b, 3c, . 3p.

Penamaan senyawa produk:

3a : 2-Phenylimidazo[1,2-]pyridine
3b : 2-(4-Methylphenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3c : 2-(4-Methoxyphenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3d : 2-(4-Fluorophenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3e : 2-(4-Chlorophenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3f : 2-(2,4-Dichlorophenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3g : 2-(4-Bromophenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3h : 3-Methyl-2-phenylimidazo[1,2-]pyridine
3i : 6-Chloro-2-phenylimidazo[1,2-]pyridine
3j : 6-Chloro-2-(4-methylphenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3k : 6-Chloro-2-(4-methoxyphenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3l : 6-Chloro-2-(4-Fluorophenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3m : 6-Chloro-2-(4-chlorophenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3n : 6-Methyl-2-phenylimidazo[1,2-]pyridine
3o : 6-Methyl-2-(4-methoxyphenyl)imidazo[1,2-]pyridine

49
3p : 6-Methyl-2-(4-chlorophenyl)imidazo[1,2-]pyridine

2.13. Referensi
1. https://en.wikipedia.org/wiki/Avogadro_(software)
2. C. Creutz., M.H. Chou, (2008): Binding of Catechols to Mononuclear Titanium(IV)
and to 1- and 5-nm TiO2 Nanoparticles, Inorg. Chem., 47, 3509-3514.
3. N. Santhanamoorthi. et al, (2013): Molecular Design of Porphyrins for Dye-
Sensitized Solar Cells: A DFT/TDDFT Study, The Journal of Physical Chemistry
Letters, 4, 524-530.
4. M. Torrent. et al, (2000): Theoritical Studies of Some Transition-Metal-Mediated
Reactions of Industrial and Synthetic Importance, Chem. Rev., 100, 439-493.
5. Zhang-Gao Le et al (2012): One-Pot Synthesis of 2-Phenylimidazo[1,2-]pyridines
from Acetophenone, [Bmim]Br3 and 2-Aminopyridine under Solvent-Free
Conditions, Molecules, 17, 13368-13375, doi:10.3390/molecules171113368.

50
3 Parameter Struktur
3.1.Tujuan
- Mahasiswa dapat memahami parameter struktur molekul untuk mendisain
molekul hipotesis.
- Mahasiswa dapat memahami koordinat struktur sebagai bagian input perintah
untuk mendapatkan struktur molekul teroptimasi dari hasil perhitungan.
3.2.Alat dan Bahan
Komputer, Perangkat lunak Avogadro for Windows
3.3.Deskripsi

Ada dua cara yang dapat digunakan untuk menggambarkan struktur pada input file
gaussian, yaitu dengan menggunakan koordinat kartesius dan koordinat internal (z-
matriks). Dalam koordinat z-matriks dengan parameter: jarak, sudut angular, dan
sudut dihedral. Parameter jarak digunakan untuk menunjukkan seberapa jauh jarak
suatu titik ke titik yang lain. (gambar tertera di bawah).

qb u '

Keterangan gambar: Dua titik yang dihubungkan oleh komponen jarak qb.

Parameter sudut angular digunakan untuk menunjukkan sudut yang dibentuk oleh
dua garis yang saling berpotongan pada satu titik tertentu (gambar tertera di
bawah).

qa

51
Keterangan gambar: Tiga titik yang dihubungkan dua komponen jarak (u dan v) serta
satu sudut angular qa.

Parameter sudut dihedral dibentuk oleh empat titik yang saling berhubungan
melalui komponen sudut angular (gambar tertera di bawah).

qd
u v

Keterangan gambar: Empat titik yang dihubungkan oleh tiga komponen jarak
(u',v',w'), dua sudut angular ( u dan w ) serta satu sudut dihedral qd.

Dalam perhitungan komputasi, koordinat z-matriks lebih disukai dibandingkan


dengan koordinat kartesius. Hal ini disebabkan koordinat z-matriks akan selalu
menghasilkan maksimal enam variabel lebih sedikit dibandingkan dengan koordinat
kartesius. Selain itu, penggunaan koordinat z-matriks juga membantu fokus
perhitungan misalnya pada saat memodelkan pemutusan ikatan parameter yang
berperan dominan yaitu jarak ikatan.

52
3.4.Pelatihan 1: Koordinat struktur molekul katekol
1) Koordinat kartesius:

Koordinat kartesius molekul katekol:

C -4.42398 -0.49851 0.00000


C -4.44045 -1.89640 0.00000

53
C -3.20525 0.18659 0.00000
C -2.00083 -0.52470 0.00000
C -2.01762 -1.92717 0.00000
C -3.23803 -2.60999 0.00000
O -0.83349 0.14103 0.00000
O -0.86585 -2.62021 0.00000
H -5.31166 0.02785 0.00000
H -5.34026 -2.40174 0.00000
H -3.19424 1.21853 0.00000
H -3.25118 -3.64191 0.00000
H -0.02452 -0.33177 0.00000
H -0.88279 -3.55706 0.00000

2) Koordinat z-matriks:

Koordinat z-matriks molekul katekol:

C
C 1 1.39799
C 1 1.39809 2 120.01722
C 3 1.39877 1 120.09313 2 0.02562
C 4 1.40257 3 119.87877 1 0.02562
C 2 1.39822 1 120.01247 3 0.02562
O 4 1.34383 3 119.73936 1 179.97438
O 5 1.34420 4 120.35016 3 179.97438
H 1 1.03200 2 119.99128 3 179.97438
H 2 1.03200 1 119.99392 3 179.97438
H 3 1.03200 1 119.95347 2 179.97438

54
H 6 1.03200 2 119.95741 1 179.97438
H 7 0.93700 4 120.00002 3 179.97438
H 8 0.93700 5 120.00015 4 179.97438

Keterangan: kolom 3 menyatakan parameter panjang/jarak ikatan, kolom 5


menyatakan parameter sudut angular, dan kolom 7 menyatakan parameter sudut
dihedral.

3.5.Tugas Terstruktur

Senyawa berbasis Imidazo[1,2-]piridin merupakan senyawa organik yang telah


banyak difungsikan dalam suatu aplikasi, salah satunya sebagai senyawa inhibitor
korosi. Sintesis senyawa 2-fenil imidazo[1,2-]piridin dari acetofenon, [Bmim]Br3 dan
2-aminopiridin ditunjukkan melalui skema reaksi berikut:

Tabel dibawah ini memberikan keterangan dan data yang berhubungan dengan
skema sintesis di atas, yaitu sintesis 2-fenilimidazo[1,2-]piridin dari acetofenon,
[Bmim]Br3 dan 2-aminopiridin dalam kondisi bebas pelarut.

55
Tugas saudara adalah membuat koordinat struktur kartesian dan z-matriks senyawa
produk (3) seperti di atas dengan menyesuaikan gugus R1, R2, dan R3 yang tertera
pada tabel di atas. Pada tabel tersebut terdapat 16 produk reaksi yang dilabelkan
sebagai 3a, 3b, 3c, . 3p.

Penamaan senyawa produk:

3a : 2-Phenylimidazo[1,2-]pyridine
3b : 2-(4-Methylphenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3c : 2-(4-Methoxyphenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3d : 2-(4-Fluorophenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3e : 2-(4-Chlorophenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3f : 2-(2,4-Dichlorophenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3g : 2-(4-Bromophenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3h : 3-Methyl-2-phenylimidazo[1,2-]pyridine
3i : 6-Chloro-2-phenylimidazo[1,2-]pyridine
3j : 6-Chloro-2-(4-methylphenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3k : 6-Chloro-2-(4-methoxyphenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3l : 6-Chloro-2-(4-Fluorophenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3m : 6-Chloro-2-(4-chlorophenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3n : 6-Methyl-2-phenylimidazo[1,2-]pyridine
3o : 6-Methyl-2-(4-methoxyphenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3p : 6-Methyl-2-(4-chlorophenyl)imidazo[1,2-]pyridine

3.6.Referensi
1. Bakken, V., (2002), The Efficient Optimization of Molecular Geometries Using
Redundant Internal Coordinates, J. Chem. Phys., 117 (20), 9160-9174.
2. Cramer, C.J., (2004): Essentials of Computational Chemistry, WILEY.
3. Catatan kuliah kimia komputasi, Jurusan Kimia ITB, Unpublish.
4. Zhang-Gao Le et al (2012): One-Pot Synthesis of 2-Phenylimidazo[1,2-]pyridines
from Acetophenone, [Bmim]Br3 and 2-Aminopyridine under Solvent-Free
Conditions, Molecules, 17, 13368-13375, doi:10.3390/molecules171113368.

56
4 Himpunan Basis
4.1.Tujuan
- Mahasiswa dapat memahami fungsi basis dan himpunan basis sebagian bagian
input perintah untuk perhitungan kimia komputasi.
- Mahasiswa dapat memilih himpunan basis untuk perhitungan struktur molekul
hipotesis.
4.2.Alat dan Bahan
Komputer, Perangkat lunak Avogadro for Windows
4.3.Deskripsi
1) Fungsi Basis

Untuk atom-atom lain selain atom hidrogen, sebagai pendekatan fungsi gelombang
atomnya digunakan fungsi gelombang atom hidrogen. Pada tahun 1930, J.C. Slater
mengusulkan persamaan matematika baru yang berdasarkan fungsi orbital atom
hidrogen yang dapat digunakan untuk atom berelektron banyak. Fungsi gelombang
yang diusulkan Slater ini selanjutnya dikenal sebagai Slater type orbital (STO).

STO ( r , , ; , n, l , m)
2 n 2 r r 1e r Yl m ,
l
2n !2
Keunggulan STO yaitu terdapat pada kemiripan fungsi gelombangnya dengan orbital
hidrogen. Meski demikian, pendekatan ini mengandung kesalahan yang cukup besar,
karena usaha untuk membuat aturan yang bisa digeneralisasi untuk sejumlah besar
atom.

Untuk mengatasi hal tersebut, pada tahun 1950, Boys mengusulkan untuk
menggunakan fungsi Gaussian. Fungsi gelombang yang diusulkan ini selanjutnya
lebih dikenal sebagai orbital bertipe Gaussian (Gaussian type orbital, GTO).

3 1

2 4 8 i!j!k! 2 i j k x 2 y 2 z 2
i jk
GTO (x,y , z; , i, j , k) x y z e
2i !2 j !2k !

Kelebihan GTO yaitu GTO sangat unggul secara komputasi dibandingkan dengan
STO. Tetapi GTO belum dapat menandingi STO dalam hal kemiripannya dengan
orbital hidrogen.

57
Keterangan gambar: perbandingan antara orbital tipe Slater dan tipe Gaussian.

Untuk mengatasi hal tersebut, Reeves mengusulkan untuk menggunakan kombinasi


beberapa fungsi Gaussian untuk mendekati bentuk fungsi Slater, yang selanjutnya
dikenal sebagai Gaussian-terkontraksi (STO-MG).

M
STO-MG (x,y,z; ,i,j,k) C a x,y,z; a ,i,j,k
a 1

Nilai M di ruas kanan menunjukkan jumlah fungsi Gaussian yang dipakai untuk
menyusun orbital tersebut. Fungsi-fungsi Gaussian tersebut dikenal sebagai fungsi
Gaussian primitif. Kinerja yang optimal diperoleh dengan menggunakan tiga primitif
Gaussian (M = 3).22 Dengan demikian, suatu orbital bukan hanya diwakili oleh satu
fungsi, melainkan merupakan kombinasi dari beberapa fungsi yang lebih sederhana.
Selanjutnya, dari hal inilah muncul konsep himpunan basis.

Keterangan gambar: Kombinasi linear dari tiga fungsi Gaussian membentuk satu
fungsi basis Slater.

58
2) Minimal Basis Set

Jumlah orbital yang terdapat pada kulit atom menentukan jumlah minimal fungsi
basis yang dibutuhkan untuk menggambarkan semua elektron dalam atom.
Misalnya untuk atom H dan He yang mempunyai satu kulit, diperlukan minimal
fungsi basisnya yaitu orbital 1s. Sedangkan atom Li sampai atom Ne diperlukan
minimal lima fungsi basis, yaitu 1s, 2s, 2px, 2py, dan 2pz. Tabel di bawah menyajikan
jumlah fungsi basis minimal untuk beberapa atom.

Keterangan tabel: jumlah minimal basis set untuk berbagai atom

Atom Jenis orbital atom Jumlah


H, He 1s 1
Li sampai Ne 1s 5
2s, 2px, 2py, 2pz
Na sampai Ar 1s 9
2s, 2px, 2py, 2pz
3s, 3px, 3py, 3pz
K sampai Ca 1s 13
2s, 2px, 2py, 2pz
3s, 3px, 3py, 3pz
4s, 4px, 4py, 4pz
Sc sampai Kr 1s 18
2s, 2px, 2py, 2pz
3s, 3px, 3py, 3pz
3d2z2-x2-y2, 3dx2-y2, 3dxy, 3dyz, 3dxz
4s, 4px, 4py, 4pz

3) Himpunan Basis

Peningkatan kualitas himpunan basis dilakukan dengan cara yang mirip dengan
pembentukan himpunan terkontraksi. Terdapat sebuah keteraturan bahwa semakin
besar ukuran basis set maka akan semakin dekat dengan orbital STO. Namun,
semakin tinggi kualitas himpunan basis harus "dibayar" dengan biaya yang lebih
tinggi (waktu, kapasitas komputer, dsb).

59
Himpunan basis merupakan deskripsi matematika dari sekumpulan orbital sistem
yang telah diketahui, yang dikombinasikan untuk mendekati fungsi gelombang total
dari sistem yang dikaji. Untuk mendekati orbital-orbital yang lebih akurat, dilakukan
tiga cara perbaikan himpunan basis, yaitu:

Himpunan basis valensi terpisah

Pada himpunan basis valensi terpisah ditambahkan sejumlah fungsi basis per atom
untuk elektron kulit valensi dan elektron kulit dalam. Himpunan basis yang diperluas
di antaranya zeta ganda (Double Zeta, DZ) yang mengandung dua kali fungsi basis
dari basis minimal. Zeta rangkap tiga (Triplet Zeta, TZ) yang mengandung tiga kali
fungsi dari minimal basis (Tabel II.4). Himpunan basis valensi terpisah zeta ganda
dilambangkan dengan X-YZG. Dimana X menunjukkan jumlah primitif Gaussian yang
digunakan setiap orbital fungsi basis atom. Y dan Z menunjukkan jumlah primitif
untuk perluasan di kulit valensi. Untuk himpunan basis valensi terpisah zeta rangkap
tiga dilambangkan dengan X-YZWG. YZW menunjukkan jumlah primitif untuk
perluasan di kulit valensi. Contoh himpunan basis valensi yaitu 3-21G dan 6-31,
memiliki dua atau lebih ukuran fungsi basis untuk tiap orbital valensi. Sebagai
contoh untuk atom hidrogen dan karbon:

H : 1s, 1s'
C : 1s, 2s, 2s', 2px, 2py, 2pz, 2px, 2py, 2pz

setiap orbital yang diberi tanda kutip berbeda ukurannya dengan orbital tanpa tanda
kutip. Sedangkan notasi 3-21G menandakan bahwa di dalam himpunan basis
terdapat tiga fungsi Gaussian yang mewakili orbital elektron kulit dalam, dua fungsi
Gaussian untuk orbital elektron bagian terkontraksi, dan satu fungsi Gaussian yang
mewakili orbital elektron yang berdifusi.

Keterangan gambar: gambar himpunan basis terpisah.

60
Keterangan tabel: Menunjukkan single- untuk elektron pada kulit dalam dan
double- (zeta ganda) untuk kulit valensi

Atom Jenis orbital atom Jumlah


H, He 1s, 1s 2
Li sampai Ne 1s 9
2s, 2px, 2py, 2pz, 2s, 2px, 2py, 2pz
Na sampai Ar 1s 13
2s, 2px, 2py, 2pz
3s, 3px, 3py, 3pz, 3s, 3px, 3py, 3pz
K sampai Ca 1s 17
2s, 2px, 2py, 2pz
3s, 3px, 3py, 3pz
4s, 4px, 4py, 4pz, 4s, 4px, 4py, 4pz
Sc sampai Kr 1s 27
2s, 2px, 2py, 2pz
3s, 3px, 3py, 3pz
3d2z2-x2-y2, 3dx2-y2, 3dxy, 3dyz, 3dxz, 3d2z2-
2 2
x -y , 3dx2-y2, 3dxy, 3dyz, 3dxz
4s, 4px, 4py, 4pz

Himpunan basis terpolarisasi

Pada himpunan basis valensi terpisah diperbolehkan mengubah ukuran orbital tanpa
mengubah bentuk orbital. Sedangkan pada himpunan basis terpolarisasi kesulitan
penanganan bentuk orbital yang berubah dapat diatasi dengan menambah orbital-
orbital yang momentum sudutnya lebih tinggi daripada yang dibutuhkan. Sebagai
contoh dengan menambah fungsi orbital p untuk atom hidrogen dan menambah
fungsi orbital d pada atom nonhidrogen.

Penggunaan tanda asterik (*) digunakan untuk menunjukkan penggunaan himpunan


basis terpolarisasi. Misalnya, 6-31G* mengacu pada himpunan basis 6-31G dengan
fungsi polarisasi pada atom nonhidrogen dengan menambahkan satu orbital kosong
p atau d kosong di atasnya. Sedangkan himpunan basis 6-311G** mengacu pada

61
himpunan basis 6-311G dengan menambahkan dua orbital kosong di atasnya
misalnya orbital 3p dan 3d pada atom karbon.

Keterangan gambar: gambar himpunan basis terpolarisasi.

Himpunan basis difusi

Himpunan basis terpolarisasi kurang mampu menggambarkan kerapatan elektron


yang jauh dari inti seperti anion atau molekul yang memiliki pasangan elektron
bebas. Hal ini disebabkan amplitudo fungsi Gaussian bernilai rendah pada daerah
yang jauh dari inti. Untuk mengatasinya digunakan himpunan basis difusi. Himpunan
basis difusi ditandai oleh tanda "+". Misalnya himpunan basis 6-311+G** merupakan
himpunan basis yang mengacu pada himpunan basis 6-311G** dengan penambahan
fungsi difusi pada atom nonhidrogennya. Sedangkan himpunan basis 6-311++G**
menambahkan fungsi difusi juga pada atom hidrogennya.

Keterangan gambar: gambar himpunan basis difusi.

62
4.4.Beberapa Fasilitas Himpunan Basis Dari Avogadro

4.5.Beberapa Informasi Himpunan Basis Dari Gaussian

STO-MG dengan M = 2,3,6. STO-MG adalah sejumlah M fungsi GTO untuk


membentuk sebuah fungsi STO, yang menggambarkan orbital atom (single zeta).
Minimal basis set adalah STO-3G (dengan M = 3).

Himpunan basis valensi terpisah merupakan sejumlah fungsi GTO, dibagi untuk
elektron dalam dan elektron valensi secara terpisah (ukuran disesuaikan). Himpunan
ini memuat double zeta (2 fungsi per orbital atom) atau triple zeta (3 fungsi per
orbital atom). Notasi penulisan himpunan adalah K-LMG.

Keterangan:

63
Himpunan basis terpolarisasi memberikan akurasi pada basis set valensi terpisah,
menambahkan unsur polarisasi pada fungsi gelombang orbital atom yang terdistorsi.
Himpunan basis ini dicirikan dengan tanda (*)/asterisk atau (d).

Himpunan basis difusi merupakan himpunan basis yang dimodifikasi dengan


mengasumsikan elektron berpindah sejauh dari inti atom, sehingga menciptakan
orbital atom terdifusi. Himpunan basis ini berguna untuk menggambarakan sistem
anion, keadaan tereksitasi dan molekul yang memiliki sepasang elektron bebas.
Himpunan ini dicirikan dengan tanda (+) atau (++) dan dituliskan didepan G.
Contohnya, 6-31+G(d) atau 6-31++G(d).

Himpunan basis CORRELATION-CONSISTENT (CC) merupakan himpunan basis yang


mengasumsikan sejumlah fungsi gelombang yang saling berkorelasi, dinotasikan
sebagai cc-pVXZ.

64
Beberapa informasi mengenai himpunan basis dari Gaussian.

Beberapa perbandingan antara himpunan basis pople dan CC yang ekivalen.

65
4.6.Informasi dan database himpunan basis

4.7.Tugas Mandiri
1. Dibawah ini didapat informasi seputar himpunan basis sebagai berikut:

Berikan alasan saudara untuk menjawab informasi tersebut.

2. Diberikan beberapa perbandingan himpunan basis sebagai berikut:

Berikan penjelasan saudara terhadap makna penulisan himpunan basis di atas.

66
3. Diberikan skema reaksi sebagai berikut:

Berikan usulan saudara himpunan basis yang sesuai untuk menghitung struktur
molekul pada skema reaksi di atas dan berikan alasannya.

4.8.Referensi
1. Cramer, C.J., (2004): Essentials of Computational Chemistry, WILEY.
2. Catatan kuliah kimia komputasi, Jurusan Kimia ITB, Unpublish.
3. Zhang-Gao Le et al (2012): One-Pot Synthesis of 2-Phenylimidazo[1,2-]pyridines
from Acetophenone, [Bmim]Br3 and 2-Aminopyridine under Solvent-Free
Conditions, Molecules, 17, 13368-13375, doi:10.3390/molecules171113368.
4. Anna Tomberg, GAUSSIAN 09W TUTORIAL AN INTRODUCTION TO
COMPUTATIONAL CHEMISTRY USING G09W AND AVOGADRO SOFTWARE

67
5 Metode Perhitungan
5.1.Tujuan
- Mahasiswa dapat memahami metode perhitungan kimia komputasi untuk
mekanika kuantum molekul.
- Mahasiswa dapat memahami metode perhitungan hartree fock (HF) dan teori
fungsi rapatan (DFT).
5.2.Alat dan Bahan
Komputer, Perangkat lunak Avogadro for Windows
5.3.Deskripsi
1) Metode Ab Initio

Ab initio berasal dari bahasa Latin yang berarti prinsip pertama (first principle). Pada
metode ini, perhitungan diturunkan secara langsung dari prinsip-prinsip teoretis
yang mendasar, tanpa memerlukan data eksperimen. Metode ini menggunakan
pendekatan kuantum dalam penyelesaiannya.

Beberapa pendekatan dalam dilakukan untuk menyelesaikan perhitungan dengan


metode ab initio. Pendekatan pertama yaitu pendekatan Born-Oppenheimer yang
memisahkan gerakan elektron dengan inti. Setelah itu, digunakan pendekatan
dengan metode variasi atau metode perturbasi. Pada prinsip variasi, digunakan
fungsi gelombang coba-coba untuk pendekatan terhadap fungsi gelombang
sebenarnya. Selanjutnya, penyelesaian persamaan Schrdinger dilakukan
berdasarkan pencarian nilai parameter dalam fungsi gelombang coba-coba yang
memberikan energi seminimum mungkin.

Salah satu metode penyelesaian persamaan Schrdinger dengan metode ab initio


yaitu perhitungan Hartree-Fock (HF) dengan pendekatan medan pusat (central field
approximation). Tolakan Coulomb antar elektron tidak secara spesifik dimasukkan ke
dalam perhitungan, tetapi efek tolakan tersebut diperhitungkan sebagai tolakan
antara suatu elektron tertentu dengan suatu fungsi kerapatan yang mewakili
elektron-elektron lainnya yang bersifat statis (tetap).

Penyelesaian persamaan Hartree-Fock dilakukan melalui metode berulang atau


iteratif. Dalam penyelesaiannya, dibuat suatu operator Fock yang menghasilkan

68
pembentukan orbital baru. Orbital baru yang dihasilkan digunakan untuk
menentukan operator Fock baru. Prosedur tersebut diulang-ulang hingga mencapai
harga konvergensi dimana orbital baru yang dihasilkan sama dengan orbital
sebelumnya. Dengan alasan inilah, metode Hartree-Fock sering disebut juga dengan
medan konsisten diri (Self-Consistent Field, SCF).

Metode HF memiliki kelebihan dan kekurangan. Kelebihan metode HF yaitu akurat


dalam meramalkan geometri molekul. Akan tetapi karena metode HF tidak
memperhitungkan korelasi elekton maka metode ini kurang baik dalam meramalkan
energi molekul.

Untuk memperbaiki peramalan energi, dikembangkanlah metode-metode yang


memperhitungkan korelasi elektron yang dikenal dengan istilah Post-SCF. Beberapa
contoh metode ini yaitu metode Moller-Plesset (Mooller-Plesset Perturbation
Theory, MPn), dimana n menunjukkan tingkat korelasi; metode konsisten diri
multikonfigurasi (Multi Configurational Self-Consistent Field, MC-SCF), interaksi
konfigurasi (Configuration Interaction, CI), dan Coupled Cluster Theory, CC.

2) Hartree Fock (HF)

Pada teori Hartree, Hamiltonian untuk sistem berelektron banyak dapat


diungkapkan:

N
H hi
i 1

1 M
Zk
dimana hi i2
2
r
k 1 ik

Dari persamaan Schrodinger untuk pendekatan ini, dengan mengabaikan interaksi


elektron-elektron, diperoleh hi i i i untuk per elektron. Sedangkan untuk

elektron keseluruhan:

H E
N N
hi i
i 1 i 1

69
Dari ungkapan terakhir dapat dibuktikan bahwa fungsi gelombang untuk sistem
keseluruhan (sistem berelektron banyak), merupakan perkalian dari fungsi
gelombang untuk masing-masing elektron.

1 2 3 4 ...
Ungkapan ini selanjutnya disebut sebagai Hartree-product.
Selanjutnya, Hartree mengusulkan untuk merumuskan tolakan antar elektron,
sebagai tolakan antara satu elektron tertentu dengan keadaan rata-rata elektron
yang lain. Dengan memperhitungkan tolakan antar elektron, maka hi disempurnakan
menjadi:

1 M
Z
hi i2 k Vi j
2 k 1 rik

j
Vi j dr
j i rij

Dari persamaan Schrdinger hi i i i , maka nilai {j} ditentukan oleh nilai fungsi

gelombangnya, yaitu j . Pada tahun 1928, Hartree mengusulkan suatu metode

iterasi dengan membuat parameter untuk fungsi gelombang molekul yang


merupakan kombinasi linear dari orbital-orbital atom (LCAO).

Metode HF dapat dibedakan menjadi dua yaitu RHF (restricted Hartree-Fock) dan
UHF (unrestricted Hartree-Fock). Metode RHF hanya dapat digunakan untuk molekul
yang semua elektronnya berpasangan, sedangkan UHF bisa untuk sembarang
molekul. Teori HF sudah sangat baik untuk meramalkan geometri molekul, tetapi
kurang baik untuk meramalkan energi molekul dan energi orbital.

3) Teori Fungsi Rapatan (DFT)

Teori fungsi rapatan seperti teori Hartree-Fock menggunakan persamaan


Schrdinger untuk menentukan energi dan fungsi gelombang sistem. Dalam DFT
tidak digunakan fungsi gelombang perpartikel tetapi digunakan kerapatan elektron
yang nilainya berbeda-beda sesuai posisinya relatif dalam sistem. Teori Hartree-Fock
mengabaikan korelasi elektron, sedangkan teori DFT telah memasukkan korelasi
elektron melalui teori fungsinya. Dengan demikian perhitungan DFT dengan

70
himpunan basis yang sama dengan HF lebih akurat. Dibandingkan dengan teori MPn
maka teori DFT lebih cepat perhitungan komputasinya. Selain cepat dan lebih akurat
teori DFT cocok digunakan untuk molekul yang mengandung lebih banyak atom dan
dapat juga diterapkan pada sistem padat.

Ide dasar teori DFT adalah berdasarkan teorema Hohenberg-Kohn yang menyatakan
bahwa dalam keadaan dasar energi elektronik dapat dinyatakan dalam rapat
kebolehjadian elektron (). Untuk sistem n-elektron, (r) mewakili rapat elektron
total pada titik tertentu dalam ruang r. Energi elektronik E dikatakan fungsi dari
rapat elektron, ditulis E(), artinya untuk suatu fungsi (r) ada energi yang
berhubungan dengan fungsi itu.

Kohn dan Sham menyatakan orbital ke dalam DFT. Fungsi gelombang digambarkan
oleh satu determinan Slater. Energi total DFT dinyatakan dengan:
E DFT TS E en J E XC

dengan,

N
1
TS i 2 i
i 1 2

M
Z I r
Een dr
I 1 RI r

1 r1 r2
J dr1dr2
2 r1 r2

E XC T TS Eee J

dimana Ts menyatakan energi kinetik yang diperoleh dari suatu determinan Slater.
Een menyatakan energi potensial dari interaksi antara elektron-elektron dengan inti. J
adalah energi potensial antara elektron-elektron. Sedangkan EXC adalah energi
koreksi-pertukaran yang timbul akibat anti simetri elektron serta koreksi dinamik
dalam gerakan masing-masing elektron.

Kohn dan Sham menyatakan bahwa orbital digambarkan dengan energi kinetik.
Mereka menunjukkan bahwa energi eksak elektronik keadaan dasar (E) untuk sistem
banyak elektron diturunkan dari persamaan berikut ini:

71
1 n N
ZI 1 1
E *
i ri 2
i ri dri ri dr r1 r2 dr1dr2 E XC
2 i 1 i 1 ri 2 r12

dengan orbital satu elektron i (i=1,2,...,n) adalah orbital Kohn-Sham. Rapat elektron
keadaan dasar pada lokasi r diberikan berikut ini:

n
r i r
2

i 1

Orbital Kohn-Sham diperoleh dengan menyelesaikan persamaan Kohn-Sham yang


diturunkan dari prinsip variasi kepada persamaan energi E(). Dimana persamaan
Kohn-Sham untuk orbital satu elektron ditulis sebagai:

1 2 N ZI r
i 2 dr2 VXC i r1 i i r1
2 I 1 rIi r12

dimana i adalah orbital KS dan VXC adalah potensial korelasi-pertukaran.

Persamaan KS diperoleh seperti dalam model self-consistent. Mula-mula rapat


muatan diperkirakan dari EXC sebagai fungsi rapatan, VXC dapat dihitung sebagai r.
Lalu persamaan KS diselesaikan untuk mendapatkan orbital KS pada masing-masing
iterasi, juga dapat dihitung secara numerik atau dapat dinyatakan dalam himpunan
basis yang diselesaikan untuk menghitung dan proses tersebut diulang hingga
diperoleh konvergensi dan EXC dengan toleransi yang sama. Setelah itu energi
elektronik dihitung.

Pendekatan rapatan lokal (Local-Density Approximation, LDA) mengasumsikan


bahwa kerapatan dapat diperoleh secara lokal sebagai gas elektron yang homogen.

13
3 3
E XLDA r dr
43

2 4

Pendekatan gradien umum (Generalized Gradient Approximation, GGA) yang


dinyatakan oleh Beckee sebagai berikut:

4 3X 2
E Beckee
X E LDA
X dr
1 6sinh 1 x

72
Salah satu perkembangan penting untuk aplikasi DFT untuk menghitung gradient
analitik energi dengan memperhitungkan koordinat inti. Hal ini memungkinkan
geometri molekul dapat dioptimasi. Satu hal dari beberapa perbedaan di antara
metode DFT dibandingkan Gaussian yang berdasarkan metode Hartree-Fock.

5.4.Beberapa Fasilitas Metode Perhitungan Dari Avogadro

5.5.Beberapa Informasi Metode Perhitungan Dari Gaussian

HF (Hartree Fock) merupakan metode perhitungan ab initio paling dasar. HF dibagi


menjadi UHF (Unrestricted Hartree Fock) dan RHF (Restricted Hartree Fock).

MPn singkatan dari Moller-Plesset perturbation theory, dengan n = 2,3.,6. Contoh


yang sering digunakan adalah MP2 dan MP4.

CI singkatan dari Configuration Interaction. Metode ini lebih sering digunakan untuk
sistem keadaan tereksitasi.

B3LYP merupakan metode DFT, singkatan dari Beckes three-parameter exchange


functional yang dikombinasikan dengan Lee, Yang, Parr correlation functional).
Metode ini sangat popular dan sering digunakan, dikenal juga sebagai metode

73
hybrid, karena menghitung dua parameter sekaligus, yaitu gradient dan exchange
correlation.

PW91 merupakan metode DFT, singkatan dari Perdew-Wang 1991, kombinasi dari
PW91 exchange + PW91 correlation.

VWN merupakan metode DFT, singkatan dari Vosko-Wilke-Nusair correlation.


Konsep perhitungan berbasis Local density Approximation (LDA).

5.6.Tugas mandiri
1. Saudara jelaskan:
a. Apa yang dimaksud dengan metode medan konsisten-diri (SCF) pada
perhitungan ab initio.
b. Mengapa perhitungan ab initio selalu diselesaikan dengan proses iterasi.
c. Kondisi apa yang harus dicapai untuk dapat mengatakan bahwa perhitungan
ab initio sudah selesai.
2. Jelaskan pengertian UHF dan RHF dalam penentuan energi suatu molekul.
Jelaskan perbedaan ini dalam rumusan matematika.
3. Salah satu kelemahan dari DFT adalah kekurangtelitiannya dalam memprediksi
sistem kimia dalam fase larutan. Berikan contoh permasalahannya dan berikan
penjelasannya.

5.7.Referensi
1. Cramer, C.J., (2004): Essentials of Computational Chemistry, WILEY.
2. Catatan kuliah kimia komputasi, Jurusan Kimia ITB, Unpublish.
3. Anna Tomberg, GAUSSIAN 09W TUTORIAL AN INTRODUCTION TO
COMPUTATIONAL CHEMISTRY USING G09W AND AVOGADRO SOFTWARE.
4. H.D. Pranowo dan M.A. Martoprawiro (2011): Pengantar Kimia Komputasi,
Lubuk Agung Bandung, Buku Referensi Mahasiswa dan Umum.

74
6 Optimasi Geometri
6.1.Tujuan
- Mahasiswa dapat memahami prinsip perhitungan kimia komputasi untuk
mekanika kuantum molekul.
- Mahasiswa dapat memahami prinsip optimasi geometri untuk memperoleh
struktur dan energi molekul.
6.2.Alat dan Bahan
Komputer, Perangkat lunak Avogadro for Windows
6.3.Deskripsi

Dalam menentukan hubungan struktur suatu sistem dengan energi digunakan


pendekatan dengan mendefinisikan vektor g yang menunjukkan arah gradien energi
E pada setiap parameter struktur q.

E
q
1
E
g q q2
......
E

q N

Parameter q merupakan suatu vektor yang dibentuk oleh koordinat setiap


komponen penyusun sistem. Ukuran vektor ini bergantung pada jumlah komponen
penyusun sistem dan jenis koordinat yang digunakan. Untuk koordinat kartesius,
parameter struktur q memiliki ukuran 3N, dengan N merupakan jumlah komponen
penyusun sistem. Sedangkan pada koordinat z-matriks, ukuran vektornya adalah 3N-
6.

Tujuan optimasi geometri yaitu menentukan suatu bentuk struktur q yang memiliki
energi paling rendah. Secara matematis, syarat ini diungkapkan sebagai:

g q 0 dan
2E
0
qi2

Pada pencarian titik stasioner dilakukan pemilihan struktur awal dan penentuan
vektor gradien q struktur tersebut. Selanjutnya struktur akan diubah-ubah hingga

75
diperoleh vektor gradien sebesar nol. Salah satu metode pengulangan yang umum
digunakan adalah metode Newton-Rhapson. Dalam metode ini, didefinisikan
hubungan umum energi dengan struktur q sebagai deret Taylor tingkat dua
multidimensi.

E 1 3 N 6 3 N 6
qi qi,eq q j q j,eq E
3 N 6
E q E qeq q q i i,eq q qeq q qeq
i 1 qi 2! i 1 j 1 qi q j

yang dapat dituliskan dalam bentuk matriks seperti:


1 (k 1 )

E q (k 1 ) E q (k) q (k 1 ) q (k) g (k) 2
q
q (k) H (k) q (k 1 ) q (k)
dengan q merupakan suatu konfigurasi struktur tertentu (k), g mewakili vektor
gradien, dan H dikenal sebagai matriks Hessian. Dengan demikian elemen matriks
Hessian dapat dituliskan sebagai:

2E
H ij(k) q q (k)
q i q j

Pada titik stasioner berlaku ungkapan:


0 q (k) H (k) q (k 1 ) q (k) atau
q (k 1 ) q (k) H (k)
1
g (k)

Optimasi geometri struktur ke-k ( q (k) ) dilakukan dengan menghitung vektor gradien

g dan matriks Hessian untuk struktur tersebut. Prosedur tersebut akan dilakukan
berulang-ulang hingga diperoleh struktur baru yang memiliki nilai vektor gradien
sebesar nol.

Kemudian Schlegel mengembangkan metode kuasi-Newton. Istilah kuasi muncul


dikarenakan pada setiap tahap iterasi, nilai Hessiannya tidak diperoleh secara
analitis, namum digunakan berbagai cara lain. Perbedaan metode kuasi-Newton
yang satu dengan yang lainnya umumnya terletak pada persamaan untuk
menentukan nilai pendekatan Hessian tersebut.

Untuk optimasi struktur keadaan transisi digunakan metode yang sama. Namun
harus dipenuhi: g(q) = 0 dengan nilai turunan kedua energi terhadap bernilai positif
untuk seluruh parameter kecuali satu parameter struktur (qj) bernilai negatif.

76
2E
0 untuk satu parameter saja
q 2j

6.4.Beberapa Fasilitas Perhitungan Dari Avogadro

77
6.5.Contoh Algoritma Perhitungan Optimasi Geometri Menggunakan SCF / HF

78
6.6.Pelatihan 1: Perhitungan optimasi geometri molekul

Hasil visualisasi optimasi geometri dengan Avogadro:

Hasil visualisasi optimasi geometri hasil perhitungan Firefly:

79
6.7.Pelatihan 2: Perhitungan optimasi geometri molekul

Hasil visualisasi optimasi geometri dengan Avogadro:

Hasil visualisasi optimasi geometri hasil perhitungan Firefly:

80
6.8.Pelatihan 3: Perhitungan optimasi geometri molekul

Hasil visualisasi optimasi geometri dengan Avogadro:

Hasil visualisasi optimasi geometri hasil perhitungan Firefly:

81
6.9.Hasil perhitungan

Informasi yang diperoleh dari hasil perhitungan optimasi geometri:

- Energi molekul teroptimasi


- Koordinat molekul teroptimasi
- Paramater molekul teroptimasi: jarak ikatan dan sudut ikatan
- Nilai eigen HOMO/LUMO
- Muatan atom Muliken
- Momen dipole

6.10. Tugas Terstruktur

Senyawa berbasis Imidazo[1,2-]piridin merupakan senyawa organik yang telah


banyak difungsikan dalam suatu aplikasi, salah satunya sebagai senyawa inhibitor
korosi. Sintesis senyawa 2-fenil imidazo[1,2-]piridin dari acetofenon, [Bmim]Br3 dan
2-aminopiridin ditunjukkan melalui skema reaksi berikut:

Tabel dibawah ini memberikan keterangan dan data yang berhubungan dengan
skema sintesis di atas, yaitu sintesis 2-fenilimidazo[1,2-]piridin dari acetofenon,
[Bmim]Br3 dan 2-aminopiridin dalam kondisi bebas pelarut.

82
Tugas saudara adalah menghitung senyawa produk (3) seperti di atas dengan
menyesuaikan gugus R1, R2, dan R3 yang tertera pada tabel di atas, menggunakan
Firefly dan Gaussian. Pada tabel tersebut terdapat 16 produk reaksi yang dilabelkan
sebagai 3a, 3b, 3c, . 3p.

Penamaan senyawa produk:

3a : 2-Phenylimidazo[1,2-]pyridine
3b : 2-(4-Methylphenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3c : 2-(4-Methoxyphenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3d : 2-(4-Fluorophenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3e : 2-(4-Chlorophenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3f : 2-(2,4-Dichlorophenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3g : 2-(4-Bromophenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3h : 3-Methyl-2-phenylimidazo[1,2-]pyridine
3i : 6-Chloro-2-phenylimidazo[1,2-]pyridine
3j : 6-Chloro-2-(4-methylphenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3k : 6-Chloro-2-(4-methoxyphenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3l : 6-Chloro-2-(4-Fluorophenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3m : 6-Chloro-2-(4-chlorophenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3n : 6-Methyl-2-phenylimidazo[1,2-]pyridine

83
3o : 6-Methyl-2-(4-methoxyphenyl)imidazo[1,2-]pyridine
3p : 6-Methyl-2-(4-chlorophenyl)imidazo[1,2-]pyridine

6.11. Referensi
1. Cramer, C.J., (2004): Essentials of Computational Chemistry, WILEY.
2. Catatan kuliah kimia komputasi, Jurusan Kimia ITB, Unpublish.
3. Zhang-Gao Le et al (2012): One-Pot Synthesis of 2-Phenylimidazo[1,2-]pyridines
from Acetophenone, [Bmim]Br3 and 2-Aminopyridine under Solvent-Free
Conditions, Molecules, 17, 13368-13375, doi:10.3390/molecules171113368.
4. Anna Tomberg, GAUSSIAN 09W TUTORIAL AN INTRODUCTION TO
COMPUTATIONAL CHEMISTRY USING G09W AND AVOGADRO SOFTWARE

84