Curiosidades de la Microbiologa

Los seres vivos son a las leyes de la Termodinmica lo que los abogados son a
las leyes de la sociedad

En el principio... no haba fosfato

La portada de Cell nos recuerda que las cerillas inicialmente usaban azufre en lugar de fsforo. Algo similar
pudo haber sucedido con el origen de la vida.

En el campo de la evolucin prebitica una de las principales discusiones es

decidir qu fue primero: el metabolismo o la autorreplicacin. Es la tpica
situacin del huevo y la gallina: necesitamos un metabolismo para replicar la
informacin que codifica los componentes capaces de realizar ese
metabolismo. Por simplificar, a los del metabolismo se les conoce como los
defensores del Mundo Hierro/Azufre y a los de la autorreplicacin como los
defensores del Mundo RNA.

Qu fue primero? La autorreplicacin o el metabolismo? En la hiptesis del mundo RNA la capacidad de

autorreplicacin precede a la aparicin de las enzimas y la aparicin de las redes metablicas. En la hiptesis
 metablica, primero aparecen dichas redes y posteriormente las molculas con capacidad replicativa (origen
de la imagen: Phys.Org)

La hiptesis de "primero el mundo RNA" es muy atractiva porque en una misma

molcula tenemos ambas funciones: replicativa y cataltica. Pero lo cierto es
que cada vez se estn acumulando ms indicios que apuntan a que el
metabolismo fue previo a la autorreplicacin. El ltimo es un artculo publicado
en Cell por Joshua E. Goldford, Hyman Hartman, Temple F. Smith y Daniel
Segr y su ttulo lo dice todo: Remnants of an Ancient Metabolism without
Phosphate. Esta claro que si no hay fosfato no puede haber RNA, as que el
metabolismo precedi al mundo RNA.

Fosfato? No, gracias. En la figura tenemos a cuatro de los compuestos semilla utilizados en el algoritmo
para identificar las reacciones metablicas primordiales. Los otros cuatro usados fueron el agua, el dixido de
carbono, el carbonato y el nitrgeno (fuente: Goldford et al. 2017)

La verdad es que el concepto de que el fosfato no sea necesario para el origen

de la vida es muy atrevido. Desde pequeitos nos ensean que los
bioelementos principales son seis: C,H,O, N, P y S. Y si atendemos a sus
proporciones un mol de vida estara compuesto por C 1H1,8O0,5N0,2P0,03S0,02. Es
decir, en un ser vivo, por cada dos tomos de azufre hay tres de fsforo. Para
rematar, cuando estudiamos el metabolismo nos dicen que el ATP es la
moneda biolgica de energa gracias a sus enlaces fosfoester. Entonces por
qu han pensado estos investigadores que el fosfato no es necesario para el
metabolismo primigenio?
Por una cuestin de qumica geolgica bsica. La accesibilidad geoqumica al
fsforo es mucho menor que la del azufre. As que con ese dato en mente se
pusieron a mirar las rutas metablicas en las que el fsforo no hace falta. Pero
no se centraron en las rutas de un puado de organismos modelo. Lo que
hecho es mirar en todas las rutas metablicas conocidas en todos los seres
vivos, lo que denominan un metabolismo a nivel "biosfera". Tambin han tenido
en cuenta que las reacciones de hoy, tan especficas y eficientes, debieron de
evolucionar a partir de reacciones mucho menos especficas y con molculas
mucho ms simples que las presentes. Utilizando herramientas
computacionales de biologa sinttica usaron ocho molculas simples que
podran estar presentes en la Tierra primigenia y que podran reaccionar para
formar otros compuestos. Esas ocho molculas "semilla" eran el agua, el
sulfihdrico, el dixido de carbono, el cido carbnico, el amoniaco, el
nitrgeno, el formato y el acetato. La otra condicin es que no deba de
necesitarse fosfato. A continuacin aplicaron lo que ellos llaman un algoritmo
de expansin de red de interacciones (network expansion algorithm) para
simular la aparicin de una red de interacciones metablicas a partir de dichos
compuestos. Lo que hace el algoritmo es aadir metabolitos y reacciones
iterativamente y "preguntarse" en cada iteracin si con los productos obtenidos
y los sustratos presentes, puede darse una nueva reaccin que producir
nuevos productos. Al final se va estableciendo un grupo "nuclear" (core) de
rutas metablicas principales dentro de ese "metabolismo de la biosfera", entre
ellas las rutas en las que intervienen los cofactores Hierro/Azufre y algunas
rutas de biosntesis de aminocidos (en concreto G, A, D, N, E, Q, S, T, C, y H)
y de cidos carboxlicos. Para ellos, estas rutas representan un "fsil
metablico" basado en la bioqumica no-enzimtica de los enlaces tioester.
 El "ncleo metablico" que no necesita fosfato. El algoritmo hace reaccionar a los compuestos simples
(metabolitos "semilla", marcados en azul al fondo a la izquierda). Los metabolitos que aparecen van
interconectndose a travs de las reacciones en las cuales o bien son sustratos o bien productos. Los colores
indican el tiempo (iteracin) en el cual el metabolito aparece. Arriba a la izquierda vemos la escala temporal.
Los metabolitos principales (piruvato, glutamato, glicina) se alcanzan al cabo de unas pocas iteraciones a
partir de los metabolitos "semilla". (fuente: Goldford et al. 2017)

Pero no se han quedado ah. Utilizando el mapa del "metabolismo de la

biosfera" han eliminado todas las reacciones en las cuales interviene el fosfato
e incluso han considerado aquellas reacciones en las que el fosfato no es
esencial. Por ejemplo, la coenzima-A lleva fosfato en su composicin, pero ste
no interviene en su funcin, la parte importante de dicha molcula es el ster
de azufre. De hecho, la coenzima-A puede ser sustituida por la panteteina. Al
realizar estos cambios y aplicar el algoritmo la expansin de la red metablica
se incrementa hasta incluir tres veces ms metabolitos, entre ellos cinco
aminocidos (K, R, L, V, y P), el uracilo y la ribosa

Metabolismo global sin fosfato. Al eliminar todas la reacciones en las que la intervencin del fosfato es
esencial (lneas grises) todava queda una gran red de reacciones metablicas. Las lneas rojas son las
reacciones identificadas como "nucleares" (ver figura anterior). Las reacciones marrones son aquellas que
son accesibles desde el "ncleo metablico". Las azules y prpuras aquellas que estn acopladas a la
coenzima-A o a las coenzimas de flavina/nicotinamida respectivamente. (fuente: Goldford et al. 2017)

Los autores reconocen que no pueden descartar otra interpretaciones y que

quizs la rutas que usan fosfato pudieron evolucionar gradualmente y de
manera paralela o consecutiva. Pero lo que parece claro es que estos
resultados nos permiten intuir que el protometabolismo pudo estar basado en
reacciones con el enlace tioester como portador de energa y que la diversidad
de compuestos que se producen podran ser los precursores sobre los cuales
posteriormente aparecera toda la bioqumica de los cidos nucleicos como
portadores de informacin. Queda claro que todava hay muchos huecos que
rellenar en esta historia.
mircoles, 15 de marzo de 2017