Anda di halaman 1dari 26

MAKALAH BIOLOGI MOLEKULER

PROTEIN TARGETTING

Disusun oleh : Kelompok 8


1. Elvina Rosalina Samosir
2. Franciska Gledy Ambarita
3. Kurnia Febrina
4. Rika Damaiyanti

Dosen Pembimbing : Victoria Ire Tominik, M. Kes

DIV ANALIS KESEHATAN

FAKULTAS ILMU KESEHATAN

UNIVERSITAS KATOLIK MUSI CHARITAS PALEMBANG

TAHUN AJARAN 2016-2017

DAFTAR ISI
Pengantar...................................................................................................................i
BAB 1 PENDAHULUAN.......................................................................................1
A.Latar Belakang..................................................................................................1
B.Rumusan Masalah.............................................................................................1
C. Tujuan..............................................................................................................2
BAB II PEMBAHASAN.........................................................................................3
II.1. Pengertian Protein Targetting.......................................................................3
II.2. Sinyal Target Polipeptida..............................................................................3
II.3. Transport Protein Menuju Retikulum Endoplasma......................................5
II.4. Transport Protein Menuju Mitokondria........................................................6
II.5. Transport Protein Menuju Nukleus...............................................................9
II.6. Transport Protein Menuju Peroksisom.......................................................12
II.7. Transport Protein Menuju Badan Golgi......................................................13
II.8. Transport Protein Menuju Lisosom............................................................17
BAB III PENUTUP...............................................................................................21
III.1. Kesimpulan................................................................................................21
III.2. Saran..........................................................................................................21

KATA PENGANTAR
Segala puji dan syukur kami panjatkan kepada Tuhan Yang Maha Esa.
Sehingga oleh karenanya kami dapat menyelesaikan makalah PROTEIN
TARGETTING ini dengan baik dan tepat waktu. Makalah ini penulis susun untuk
menambah ilmu serta untuk memenuhi salah satu tugas dalam mata kuliah
BIOLOGI MOLEKULER. Penulis menyadari bahwa dalam penyusunan
makalah ini masih jauh dari kesempurnaan. Oleh karena itu, penulis
mengharapkan saran dan kritik yang bersifat membangun dari pembaca.

Dengan tersusunnya makalah ini semoga dapat bermanfaat, khususnya


bagi penulis dan pembaca pada umumnya. Untuk itu kami sampaikan terima kasih
apabila ada yang kurang dan lebihnya penulis mohon maaf.

Palembang, 16 November 2016

Hormat Kami,

Penyusun

BAB I
PROTEIN TARGETTING

I.1. PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
Dengan materi pelajaran ini, kita akan mengetahui bagaimana proses dan
tahapan dari target protein. Protein adalah makromolekul yang disusun oleh
berbagai asam amino, danenzim adalah protein yang berfungsi sebagai katalisator
reaksi biokimia dalam prosesmetabolisme seluler. Sifat enzim (protein)
sebagai pengendali dan penumbuh karakter makhluk hidupditentukan oleh
jumlah jenis dan urutan asam amino yang diterjemahkan gen selamasistesis
protein.
Sintesis protein / sintesa protein adalah proses pembentukan protein didalam
sel, yang mana proses ini tidak terlepas dari peran serta dan cara kerja DNA
yangmembentuk RNA melalui proses transkripsi yang kemudian RNA ini akan
mengendalikansintesis protein tersebut dalam sitoplasma sel. Tahap-tahap sintesis
Protein. Sintesis protein merupakan reaksi yang menghubungkanfungsi DNA
dengan penyusunan molekul tubuh, yaitu protein. Protein yang dibentukmelalui
sintesis protein akan mengalami banyak modifikasi, ada yang menjadi
proteinstruktur, proteksi, dan enzim (biokatalisator).Retikulum endoplasma adalah
suatu kumpulan kantung seperti membran berbentuk pipa,gelembung dan kantung
pipih yang meluas dalam sitoplasma sel eukariot. Jaring-jaringendoplasma adalah
jaringan keping kecil-kecil yang tersebar bebas di antara selaputselaput di
seluruh sitoplasma dan membentuk saluran pengangkut bahan. Jaring-jaring
inibiasanya berhubungan dengan ribosom (titik-titik merah) yang terdiri dari
protein danasam nukleat, atau RNA.

B. Rumusan Masalah
1. Pengertian Protein Tergetting.
2. Sinyal target polipeptida.
3. Transport protein menuju retikulum endoplasma.
4. Transport protein menuju mitokondria.
5. Transport protein menuju nukleus.
6. Transport protein menuju peroksisom.
7. Transport protein menuju badan golgi.
8. Transport protein menuju lisosom.

C.Tujuan
1. Mengetahui dan memahami tentang protein targetting.
2. Mengetahui dan memahami mengapa adanya protein targetting.
3. Mengetahui dan memahami mekanisme transport protein menuju target
nya.
BAB II
PEMBAHASAN

II.1. Pengertian Protein Tragetting


Protein Target adalah biomolekul fungsional yang ditangani dan dikendalikan
oleh senyawa biologis aktif. Mereka digunakan dalam proses transduksi,
transformasi dan konjugasi. Identifikasi protein target, penyelidikan proses
transduksi sinyal dan pemahaman interaksi mereka dengan ligan.

II.2. Sinyal Target Polipeptida


Setelah terjadi sintesis polipeptida, maka polipeptida akan dikirim ke
daerah target. Namun terkadang ukuran polipeptida yang terlalu besar, maka ada
mekanisme tersendiri yakni polipeptida yang akan dikirim menuju daerah target
belum mengalami pelipatan. Pada daerah polipeptida yang belum mengalami
pelipatan tersebut memiliki signal sequence yang terletak di bagian N-terminal
yang terdiri dari 13-36 residu yang pertama kali dipostulatkan oleh Blobel and
Sabatini (Metzler, 2001).
Signal sequence banyak ditemukan asam amino hidrofobik yang berfungsi
untuk memudahkan polipeptida yang akan dibawa masuk menuju daerah target
yang memiliki membran hidrofobik. Kemudian satu atau lebih dari signal
sequence tersebut memiliki residu asam amino yang bermuatan positif sebelum
urutan residu hidrofobik serta memiliki residu asam amino polar pada C-terminal
yang berdekatan dengan daerah cleavege site atau tempat pemutusan antara signal
sequence dengan polipeptida (Voet & Judith, 2009; Weaver&Hedrick, 1997).
Signal sequence bukan dari protein fungsional, melainkan sebuah urutan
asam amino yang jika setelah selesai mengenali reseptor target, maka signal
sequence akan di putus ikatannya dengan enzim signal peptidase (De Robertis,
1988; Lehninger et al., 2000). Pada gambar 2 disajikan macam-macam
polipeptida beserta signal sequence-nya pada polipeptida yang akan menuju ke
Retikulm Endoplasma. Sementara pada tabel 1 dikelompokkan sinyal yang tidak
hanya berupa signal sequence, namun ada juga yang berupa molekul non-peptida.
Tabel 1. Beberapa sekuens dan molekul yang membawa langsung suatu protein ke
organel target.

Sumber: Lehninger et al., 2000.

Gambar 2. Macam-macam signal sequence yang terdapat pada beberapa protein


yang akan menuju ke retikulum endoplasma. (warna kuning) merupakan residu
asam amino hidrofobik yang sebelumnya ada residu yang bermuatan positif
(warna biru). Dan dekat dengan cleavage site (garis warna merah) terdapat residu
asam amino polar terutama alanin dan glisin (Lehninger et al., 2000).
II.3. Transpor Protein Menuju Retikum Endoplasma

Translokasi protein ke retikulum endoplasma (RE) dengan menggunakan signal


sequence pertama kali didemonstrasikan oleh George Palade yang diilustrasikan
pada gambar berikut.

Mekanisme kerja translokasi protein menuju ke retikulum endoplasma (Lehninger


et al., 2000).
Adapun tahapan mekanisme pada gambar tersebut adalah :
1. Ribosom memulai mentranslasi mRNA.
2. Urutan polipeptida yang pertama disintesis adalah signal sequence.
3. Selanjutnya signal recognition particle (SRP) mendekati dan mengikat signal
sequence beserta ribosom.
4. Kemudian SRP berikatan dengan GTP dan menuju ke reseptor SRP.
5. Tahap selanjutnya ribosom akan menempel pada transkolon (pori-pori pada
RE) yang diikuti dengan lepasnya SRP melalui hidrolisis GTP menjadi
GDP+Pi.
6. Ribosom masih melakukan elongasi ke arah lumen RE.
7. Pada saat itu signal sequence akan dilepaskan dari polipeptida oleh signal
peptidase.
8. Usai melakukan translasi, ribosom akan memisahkan diri dari RE dan didaur
ulang untuk proses tranlasi berikutnya (Lehninger et al., 2000; Murray et al.,
2009).

II.4. Transport Protein Menuju Mitokondria

Seperti halnya retikulum endoplasma yang membutuhkan sinyal untuk masuk ke


dalam lumen, maka organel mitokondria juga mengalami proses yang sama.
Protein melewati membran mitokondria dalam bentuk belum terlipat yang mana
strukturnya distabilkan oleh suatu protein sinyal yang dinamakan chaperon (Tabel
2). Protein ini memfasilitasi rantai polipeptida menuju ke dalam mitokondria.
Tabel 2. Macam-macam chaperon.

Sumber: Cooper, 1997.


Protein chaperon banyak diidentifikasi sebagai heat-shock protein (Hsp) karena
mampu meningkatkan temperatur atau berubah bentuk ketika terjadi perubahan
pada lingkungannya serta mampu mengikat protein yang belum terlipat. Pada
jenis tertentu seperti famili dari Hsp60 akan membentuk seperti dobel donat
yang tersusun dari 14 subunit protein yang disebut chaperonin (Cooper, 1997;
Voet & Judith, 2009).
Sementara dalam rangkaian polipeptida yang belum terlipat yang akan
ditransfer ke mitokondria juga memiliki sinyal yang dinamakan matrix-targeting
sequence (MTS) atau presequence dengan ciri berupa N-terminal amphipathic
helix (N- Met- Leu- Arg- Tre- Ser- Ser- Leu- Phe-Tre- Arg- Arg- Val- Glut- Pro-
Ser- Leu-Phe- Arg- Asp- Iso- Leu- Arg- Leu- Glut- Ser- Treo). MTS tersebut
digunakan untuk mengenali dua reseptor yakni translocase of the outer
membrane (TOM) dan translocase-of-the-inner membrane (TIM) yang berada di
membran luar dan dalam di mitokondria (Berg et al., 2006; Lehninger et al., 2000;
Murray et al., 2009).
Adapun mekanisme translokasi polipeptida menuju mitokondria dapat
diilustrasikan pada gambar berikut.
Mekanisme kerja translokasi protein menuju ke mitokondria (Murray et al., 2009).

Tahapan-tahapan pada gambar tersebut dimulai dari


1. Sintesis polipeptida oleh ribosom di sitosol yang sudah mengandung MTS dan
berinteraksi dengan protein chaperon (Hsp70).
2. Selanjutnya MTS berinteraksi dengan reseptor TOM 20/22 yang berada di
membran luar (OMM/outer membrane mitocondria) dan selanjutnya ditransfer
ke reseptor sebelahnya, yakni TOM 40.
3. Kemudian polipeptida ditranslokasi menuju ruang antar membran melalui
kanal TOM 40 dan berinteraksi dengan reseptor TIM 23/17 yang berada di
membran dalam (IMM/ inner membrane mitocondria). Sementara protein
chaperon Hsp70 berinteraksi dengan TIM44.
4. Kemudian hidrolisis ATP oleh Hsp70 (Gambar 5) akan membantu translokasi
polipeptida menuju ke matriks mitokondria. MTS atau targetting sequence
yang berada di polipeptida akan diputus ikatannya oleh enzim matriks protease
(Murray et al., 2009).

Hidrolisis Hsp70 menyebabkan lepasnya polipeptida ke dalam matriks


mitokondria (Clark, 2010).

II.5. Transport Protein Menuju Nukleus


Salah satu ciri dari organisme eukariotik adalah adanya membran inti. Membran
tersebut memiliki dua lapis membran yang kompleks. Jalur keluar masuknya
material antara di dalam nukleus dan di sitosol melalui suatu pori yang dinamakan
nuclear pore complexes NPCs

Bentuk dari nuclear pore complexes (NPCs) yang berada di selubung nukleus
suatu sel eukariotik (Albert et al., 2008).
Melalui membran inilah protein ditransfer dari sitoplasma. Untuk bisa masuk
melalui NPCs, maka dibutuhkan signal sequence yang disebut dengan nuclear
localization signals (NLS) yang kaya akan asam amino lisin dan arginin, yakni
Lys-Lys-Lys-Arg-Lys (Allison, 2007; Berg et al., 2006).
Mekanisme translokasi polipeptida menuju nukleoplasma melibatkan berbagai
macam protein. Mekanisme tersebut disajikan pada gambar berikut ini.
Mekanisme kerja translokasi protein menuju ke nukleus melalui NPCs (Murray et
al., 2009).
Pada tahap tersebut, molekul cargo (polipeptida yang akan ditransfer ke
nukleoplasma) bersamaan dengan NLS akan berinteraksi dengan importin
(karyopherin) yang merupakan molekul protein yang terlibat dalam
transpor polipeptida dan RNP (ribonukleoprotein) menuju ke nukleo-
plasma.
Molekul cargo yang bersamaan dengan NLS setelah berinteraksi akan
membentuk suatu kompleks.
Kompleks dari cargo, NLS, dan importin akan berinteraksi dengan
RanGDP (Ras-related nuclear GDP).
RanGDP membantu kompleks cargo, NLS, dan importin menuju ke
nukloplasma.
Setelah menuju ke nukleoplasma, maka RanGDP dikonversi menjadi
RanGTP oleh GAP. Pengkonversian tersebut menyebabkan perubahan
konformasi yang mengakibatkan importin dan RanGTP membentuk
sebuah kompleks. Sementara cargo dan NLS masih bersamaan di dalam
nukleoplasma yang selanjutnya NLS akan dipecah dengan enzim.
Kompleks importin-RanGTP akan meninggalkan nukleoplasma menuju
sitosol melalui NPCs.
Ketika kompleks importin-RanGTP sudah berada di sitosol, maka
kompleks tersebut dipecah menjadi importin dan RanGDP oleh GAP yang
akan digunakan untuk mekanisme seperti sebelumnya (Albert et al., 2008;
Allison, 2007; Murray et al., 2009).

II.6. Transpor Protein Menuju Peroksisom

Organel ini hampir dijumpai di sel eukariotik karena memiliki enzim oksidatif
seperti katalase dan juga terlibat dalam berbagai metabolisme seperti asam lemak.
Organel ini memiliki membran tunggal yang mampu menampung lebih dari 50
enzim yang mana katalase dan urat oksidase sebagai marker untuk organel ini
(Albert et al., 2008; Murray et al., 2009).
Polipeptida yang disintesis di poliribosom sitosolik akan ditransfer ke dalam
peroksisom. Polipeptida yang akan ditransfer memiliki signal sequence tersendiri
dan ditemukan ada dua macam, yakni peroxisomal matrix targeting sequences
(PTS), yang terdiri PTS1 dan PTS2. Kebanyakan signal sequence-nya berupa Ser-
Lys-Leu-COO-. Selain itu juga melibatkan reseptor sitosolik, yakni Pex5 dan
reseptor kompleks yang ada di membran peroksisom, yakni Pex2/10/12 dan
Pex14 yang keseluruhannya terlibat dalam mekanisme translokasi polipeptida dari
sitosol menuju ke peroksisom. Mekanisme transpor polipeptida menuju ke
peroksisom diilustrasikan di gambar berikut.

Mekanisme kerja translokasi protein menuju ke peroksisom (Murray et al., 2009).


Di sini dicontohkan adalah enzim katalase yang akan ditranslokasi menuju
peroksisom. Katalase yang akan ditransfer memiliki signal sequence berupa PTS
akan berinteraksi dengan Pex5 dan selanjutnya akan berinteraksi dengan Pex14.
Selanjutnya kompleks katalase-Pex14 akan ditransfer menuju membran kompleks
Pex2/10/12 dan katalase masuk ke dalam peroksisom. Sementara itu Pex5 akan
dikembalikan ke sitosol (Berg et al., 2006; Lodish et al., 2003; Murray et al.,
2009).

II.7. Transpor Protein Menuju Badan Golgi


Untuk mentransfer protein yang sudah terlipat dari retikulum endoplasma menuju
badan golgi, maka diperlukan perantara berupa vesikel yang akan menjembatani
antar orgenel tersebut. Adapun RE akan menghasilkan vesikel yang berbeda-beda
sesuai dengan target yang diharapkan. Sehingga diperlukan suatu sinyal yang akan
direspon oleh organel target tertentu. Sinyal-sinyal tersebut dapat dilihat di tabel
berikut.

Macam-macam sinyal yang membawa protein dari RE melalui vesikel (Sumber:


Lodish et al., 2003.)
Di dalam tabel tersebut tidak hanya vesikel yang menuju ke RE, melainkan ke
beberapa daaerah target yang lain seperti lisosom (Albert et al., 2008).
Sebelum RE mentranslokasi protein menuju ke badan golgi, maka RE akan
mengemas protein dalam vesikel. Adapun proses terbentuknya vesikel
diilustrasikan pada gambar berikut.

Pengeluaran protein dari RE melalui vesikel (Albert et al., 2008).


Pada gambar tersebut, cargo (protein) akan berikatan baik secara langsung
maupun secara tidak langsung dengan mantel (coat) dari COPII, membran, dan
adanya exit signal. Setelah terkonsentrasi dalam suatu membran RE, maka
terbentuklah kuncup (budding) dan selanjutnya terbentuklah vesikel (Albert et al.,
2008).
Setelah terbentuk vesikel yang di dalamnya berisi protein, maka vesikel tersebut
akan ditransfer menuju badan golgi. Seperti halnya translokasi protein yang lain,
di dalam protein tersebut juga terdapat signal sequence yang secara umum
tersusun dari urutan asam amino dengan ciri khas berupa adanya dua asam amino
asidisik (Asp-X-Glu) Mekanisme sekresi protein dari RE menuju badan golgi
dapat dijelaskan melalui gambar berikut.
Pada gambar sebelah kanan menjelaskan vesikel dari badan golgi yang
akan dikembalikan lagi menuju RE dengan membawa resident protein (warna
merah) yang mana vesikelnya akan dibungkus dengan sinyal pembawa vesikel
berupa COPI (warna biru). Agar resident protein tersebut dapat di terima oleh RE,
maka resident protein memiliki signal sequence berupa Lys-Asp-Glu-Le (KDEL).
Sementara pada gambar sebelah kiri menjelaskan dua jalur, yakni sekresi dari RE
ke badan golgi dan pengembalian resident protein dari badan golgi ke RE. Pada
saat secretory protein yang memiliki sinyal Asp-X-Glu (warna kuning) akan
disekresikan, RE akan membentuk vesikel dengan dibungkus oleh COPII.
Selanjutnya vesikel tersebut ditransfer menuju badan golgi. Disisi lain resident
protein dari badan golgi akan ditransfer menuju ke RE dengan dibungkus oleh
COPI (Albert et al., 2008; Berg et al., 2006).
Gambar 10. Mekanisme kerja translokasi protein dari RE menuju ke badan golgi
(Alberts et al., 2008).

II.8. Transpor Protein Menuju Lisosom

Lisosom merupakan organel yang memiliki enzim hidrolitik yang hanya


ditemukan pada hewan dengan fungsi sebagai pencerna makromolekul, baik
material intraselular maupun ekstraselular (Campbel et al., 2009; Saftig & Judith;
2009). Di dalam lisosom banyak mengandung ditemukan enzim protease yang
sering disebut cathepsin yang mana jika protease yang aktivasinya membutuhkan
ion Ca2+ disebut calpain dan protease yang aktivasinya membutuhkan ATP
disebut proteasom (Metzler, 2001).
Protein-protein yang berasal dari badan golgi tersebut yang akan di
transpor menuju lisosom tidak memiliki signal sequence seperti yang ada pada
protein-protein yang lain. Sinyal yang digunakan pada mekanisme transpor
protein dari badan golgi ke lisosom berupa mannose-6 -phosphate (Alberts et al.,
2008). mannose-6-phosphate (M6P) merupakan karbohidrat yang digunakan
sebagai marker protein dari badan golgi menuju ke lisosom (Berg et al., 2006).
Proses pembentukan M6P dijelaskan melalui gambar 11 dengan cara penambahan
gugus phospho N acetylglucosamine pada residu manosa dengan bantuan
enzim phosphotransferase, selanjutnya phospho-diesterase membentuk manosa-6-
fosfat yang akan digunakan sebagai sinyal (Berg et al., 2006).

Gambar 11. Formasi pembentukan manosa-6-fosfat (Berg et al., 2006).


Gambar 12. Struktur M6P yang berikatan dengan enzim hidrolitik pada lisosom
(Albert et al., 2008).
Selanjutnya di dalam badan golgi bagian TGN (Trans Golgi Network)
M6P akan berikatan dengan protein untuk lisosom, misalnya enzim hidrolitik.
Ikatan antara M6P dengan enzim hidrolitik dihubungkan oleh senyawa
oligosakarida (Gambar 12). Kompleks M6P-enzim hidrolitik akan berikatan
dengan reseptor yang ada di TGN. Selanjutnya mekanisme translokasi enzim
hidrolitik menuju ke endosom sebelum menjadi lisosom dijelaskan melalui
gambar 13. Setelah enzim hidrolitik membentuk kompleks dengan M6P, maka
terbentuklah vesikel yang dibungkus dengan reseptor clathrin. Kemudian vesikel
tersebut ditransfer menuju ke endosom. Setelah itu enzim hidrolitik akan
dilepaskan ke dalam endosom. Rendahnya pH dalam endosom menyebabkan
disosiasi atau lepasnya reseptor M6P dari enzim hidrolitik. Dan di dalam endosom
tersebut reseptor akan dikembalikan ke TGN melalui vesikel yang dibungkus
dengan retromer dalam keadaan tanpa protein. Sementara itu di dalam endosom,
gugus fosfat dari M6P akan dilepaskan (Alberts et al., 2008).

Gambar 13. Mekanisme kerja translokasi protein dari TGN menuju ke endosom
(Alberts et al., 2008).
BAB III
PENUTUP

III.1. KESIMPULAN
Dari makalah di atas, maka penyusun dapat menyimpulkan bahwa target
protein sangatlah penting dalam tubuh seseorang. Karena, protein merupakan zat
utama dalam membantu tumbuh kembang. Dimana target protein berfungsi
sebagai biomolekul yang ditangani dan dikendalikan oleh senyawa biologis aktif.
Mereka digunakan dalam proses transduksi, transformasi dan konjugasi serta
identifikasi protein target, penyelidikan proses transduksi sinyal dan pemahaman
interaksi mereka dengan ligan.
Selain itu, protein merupakan penghasil energi terbesar. Dengan adanya
protein dalam tubuh, maka tubuh akan merasa tetap segar. Tetapi yang harus
diperhatikan asupan protein untuk tubuh haruslah seimbang, tidak boleh
kekurangan dan tidak boleh pula kelebihan. Karena kelebihan atau kekurangan
asupan protein dapat menimbulkan penyakit.

III.2. SARAN
Semoga makalah ini dapat menjadikan tambahan ilmu bagi pembaca pada
umumnya dan penulis pada khususnya . Namun, penulis juga membutuhkan kritik
yang membangun untuk menjadikan tambahan ilmu bagi penulisnya.
DAFTAR PUSTAKA

Yuwono, Triwibowo. 2005. Biologi Molekuler. Yogyakarta : Erlangga


Fatchiyah. 2011. Biologi Molekuler Prinsip Dasar Analisis. Malang : Erlangga
Campbell, Neil A. 2010. Biologi Edisi Kedelapan Jilid 1. Jakarta: Erlangga