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Terminale S Chapitre 11

Chimie Organique

Nomenclature et reprsentation spatiale des molcules

Les odeurs de la menthe et du muguet sont trs diffrentes et pourtant elles peuvent tre produites par
deux molcules ayant la mme formule semi-dveloppe.
Pour comprendre les proprits des espces chimiques, comme celles des principes actifs des mdicaments,
il faut sintresser larrangement spatial des atomes composant les molcules.

1 Nomenclature des molcules organiques


Les molcules organiques comportent deux parties : un squelette carbon et des groupes
caractristiques. Les molcules qui possdent le mme groupe caractristique ont des proprits
chimiques communes : ces proprits dfinissent une fonction chimique.

Rgles de nomenclature
Gnralits
Voir annexe.

Les alcnes
Un alcne est un hydrocarbure acyclique de formule brute CnH2n prsentant une seule double
liaison C=C.
Le nom de lalcne vient de celui de lalcane de mme chane carbone, en remplaant le suffixe
ane par la terminaison ne prcde de la position de la double liaison dans la chane
principale (cet indice est le plus petit possible).
Le nom et la position des ramifications sont prciss ; le cas chant, lisomrie Z/E lest aussi.

Les esters

Un ester est un compos de formule gnrale


Le nom dun ester comporte deux termes,
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- le premier, avec la terminaison oate, dsigne la chane carbone R C, numrote
partir de C
- le second, avec la terminaison yle, est le nom du groupe alkyle R, numrot partir de
latome de carbone li latome doxygne O.

Les amines

Une amine est un compos de formule gnrale o R et R peuvent tre des


atomes dhydrogne, des groupes alkyles, etc.
Le nom dune amine de formule R NH2 drive de celui de lalcane de mme chane carbone
en remplaant la terminaison ane par la terminaison amine, prcde de lindice de position
(le plus petit possible) du groupe amine dans le squelette (chane carbone la plus longue).
Lorsque latome dazote est li dautres groupes alkyles, le nom de lamine est prcd de la
mention Nalkyle.

En vieillissant, les poissons dgagent des odeurs nausabondes dues la N,N-


dimthylmthanamine et la putrescine ou butane-1,4-diamine,
H2NCH2CH2CH2CH2NH2

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Les amides

Un amide est un compos de formule gnrale o R et R peuvent tre des


atomes dhydrogne, des groupes alkyles, etc.
Le nom dun amide de formule RCONH2 drive de celui de lalcane de mme chane
carbone, en remplaant la terminaison ane par la terminaison amide. La chane carbone est
numrote partir de latome de carbone C. Lorsque latome dazote est li des groupes
alkyles, le nom de lamide est prcd de la mention Nalkyle.

La molcule du piractam, principe actif de mdicaments psychotoniques, prsente deux


fonctions amide.

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1 Reprsentations des molcules


La formule brute renseigne sur le type et le nombre datomes au sein de la molcule ; la formule
semi-dveloppe permet de visualiser larrangement des atomes entre eux. Pour gagner du
temps, les molcules organiques sont gnralement reprsentes par leur formule topologique.

1.1 La formule topologique


La chane carbone est reprsente par des lignes brises
dont les extrmits et les sommets symbolisent chacun un
atome de carbone. Selon que la liaison est simple ou
multiple, la ligne est simple, double ou triple.
Les symboles des atomes sont reprsents, sauf ceux des
atomes de carbone et dhydrogne qui leur sont lis.

1.2 Rprsentation de Cram


En 1874, les chimistes J. vant Hoff et J. A. Le Bel ont t les premiers mettre lhypothse que
le carbone est, dans de nombreuses molcules, au centre dun ttradre. La reprsentation de
Cram, ne en 1953, permet de visualiser cette proprit en faisant appel aux rgles de
perspective.
Les liaisons dans le plan de la feuille sont
symbolises par un trait simple.

Les liaisons pointant vers lavant du plan sont


symbolises par un trait gras en forme de triangle.

Les liaisons pointant vers larrire du plan sont


symbolises par un trait pointill, parfois en forme
de triangle.

Exemple : reprsentation de Cram de lalanine.

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2 Conformations
2.1 Dfinition

Au sein dune molcule, des mouvements de rotation


ont lieu en permanence autour de chaque liaison simple
et conduisent des dispositions diffrentes des atomes
les uns par rapport aux autres. Ces dispositions sont
appeles conformations de la molcule.
Plus une molcule comporte de liaisons simples, plus le
nombre de conformations de cette molcule est lev.
Nous nous intresserons ici uniquement aux rotations
autour des liaisons simples carbone-carbone.

2.2 Stabilit dune conformation


Toutes les conformations dune molcule nont pas la mme stabilit. La molcule adopte plus
frquemment une conformation dans laquelle les groupes datomes les plus volumineux sont le
plus loigns les uns des autres.
Chaque conformation possde une nergie potentielle ; cette nergie est au plus bas quand la
molcule est dans sa conformation la plus stable, et au plus haut quand la molcule adopte la
conformation la moins stable, cest--dire quand les groupes datomes les plus volumineux sont
en vis--vis.

Exemple : le propan-1-ol.

Exemple : conformations du butane


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Projection de Newman

Exemple : conformres cycliques

3 Carbone asymtrique et chiralit


3.1 Atome de carbone symtrique
Un atome de carbone li quatre atomes ou groupes datomes diffrents est dit asymtrique. Il
est gnralement repr par une toile ou un astrisque.
Une molcule peut avoir plusieurs carbones asymtriques.

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Cette molcule comporte donc 4 carbones asymtriques.

3.2 Chiralit
Un objet qui nest pas superposable son image dans un miroir est chiral.
Le mot vient du grec cheir signifiant main : la main gauche est en effet limage dans un
miroir de la main droite, mais les deux mains ne sont pas superposables.
Un objet qui ne prsente pas cette proprit est dit achiral.
Une molcule possdant un unique atome de carbone asymtrique est chirale.
Une molcule prsentant un plan de symtrie est ncessairement achirale.

Ces coquillages sont chiraux. Ces chaises sont achirales.

La chiralit dans la nature : enroulement des


coquilles descargot dans le sens des aiguilles
dune montre (b) ou sens inverse (a).
Lenroulement (a) se rencontre une fois sur 57 000
animaux

Exemple : le butan-2-ol

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Le bromochloriodothane est chiral.

Exercice : parmi ces 4 acides -amins, lesquels sont chiraux ?

(a) : glycine (b) : alanine (c) : serine (d) : cystine


Rponse
Les acides -amins sont les constituants des protines. Tous les acides -amins naturels prsentent, sur le
mme atome de carbone appel carbone , le groupe caractristique carboxyle COOH et le groupe
caractristique amino NH2.
A lexception de la glycine, tous les acide -amins naturels prsentent un carbone asymtrique et sont donc
chiraux.
La plupart des acides -amins naturels existent sous la forme de deux nantiomres, traditionnellement
appels D et L (pour Dextrogyre et Lvogyre), selon lagencement des groupes datomes autour de latome de

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carbone asymtrique ; les acides L reprsentent la quasi-totalit des acides -amins prsents dans les
protines. Ceci sexplique par le fait que des enzymes dgradent systmatiquement les acides -amins D.

Remarque : Louis Pasteur (1822-1895)


Associ la dcouverte du vaccin antirabique, le chimiste franais Louis Pasteur a galement
dcouvert la chiralit molculaire.
Vers 1840, il savait que certaines espces dissoutes existent sous deux formes ayant des
caractristiques optiques diffrentes. En les observant nouveau lchelle macroscopique
aprs cristallisation, il mit en vidence deux structures cristallines diffrentes, lune tant
limage de lautre dans un miroir plan.
Aprs avoir tri manuellement les cristaux en fonction de leur forme puis dissous chaque type
de cristaux, Pasteur vrifia que les proprits optiques des deux solutions obtenues taient
diffrentes : il tablit ainsi un lien entre la dissymtrie dun cristal et celle des molcules qui le
constituent.
Dans les champs de lobservation, le hasard ne favorise que les esprits prpars.

4 Stroisomres
Des isomres qui ont la mme formule semi-dveloppe et ne diffrent que par larrangement
spatial de leurs atomes sont des stroisomres ; il en existe deux sortes : les nantiomres et les
diastroisomres.

4.1 Enantiomres
Une molcule chirale et son image par un miroir plan sont lies par une relation disomrie
appele nantiomrie.
Une molcule chirale ne possde quun seul nantiomre.
Un mlange quimolaire de deux nantiomres est appel mlange racmique.

Exercice : ces deux reprsentations de la phnylalanine sont-elles nantiomres ?

Rponse : oui.

4.2 Diastroisomres
Les stroisomres qui ne sont pas nantiomres sont appels diastroisomres.

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4.2.1 Diastroisomrie Z/E
Contrairement la simple liaison, la double liaison carbone-carbone ne permet pas de libre
rotation autour de son axe.
Les positions relatives des groupes autour dune double liaison carbone-carbone sont dcrites
par la lettre E lorsque les groupes sont de part et dautre ( entgegen ) de laxe de la liaison, et
par la lettre Z lorsquils sont du mme ct ( zusammen ) de laxe de la liaison.
Les isomres Z et E dune molcule qui possde une double liaison carbone-carbone sont des
diastroisomres.

Exercice : reprsenter les diastroisomres Z et E de lacide pent-2-ne-1,5-dioque.

4.2.2 Diastroisomrie plusieurs carbones asymtriques


Un compos comportant deux atomes de carbone asymtrique peut avoir trois ou quatre
diastroisomres.
Cest le cas, par exemple, pour lacide 2,3-dihydroxy-3-oxopropanoque.

Comment procder ?
1. Reprsenter la molcule a. selon Cram.
2. Aprs stre assur que a. est bien chirale, dterminer la structure de son nantiomre b.
3. A partir de a., changer 2 groupes sur le premier C* : on obtient le diastroisomre c. de
a. et b.
4. Aprs stre assur que c. est chirale, reprsenter son nantiomre d., diastroisomre de
a. et b.
Il arrive que a. ou c. soient achirales : dans ce cas, seuls trois diastroisomres existent.

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Conclusion : liens disomrie aliphatique


(Newman)
alicyclique
(chaise, bateau, croise)

isomrie
isomrie
de fonction
ISOMERIE de conformation

isomrie plane stroisomrie


de constitution

tautomrie
isomrie isomrie
msomrie
de position de configuration

diastroisomrie nantiomrie

plusieurs C* C=C
Z/E ou cis/trans

5 Proprits compares des stroisomres


5.1 Proprits physiques et chimiques

Tempratures de changement Proprits chimiques


dtat (ractivit, interactions)
Diastroisomres Diffrentes Diffrentes
Identiques Identiques, sauf avec une
Enantiomres
autre molcule chirale

5.2 Proprits biologiques


On sintresse ici plus particulirement aux interactions avec les molcules biologiques telles
que les protines, dont bon nombre sont des rcepteurs ; les proprits biologiques sexpliquent
partir des proprits chimiques des molcules chirales.
Par exemple, lasparagine est une molcule que lon trouve sous forme dun nantiomre I dans
les jeunes pousses dasperges : elle est responsable de leur amertume. Lnantiomre II, quant
lui, a un got sucr. Cette diffrence de got sexplique par des interactions distinctes de chacun
des nantiomres avec les molcules chirales que sont les rcepteurs du got.
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Le schma ci-dessous figure la reconnaissance de lnantiomre I par un rcepteur de la langue
situ dans la zone de dtection de lamertume. A linverse, lnantiomre II ne possde pas le
bon agencement spatial pour tre reconnu par le mme rcepteur. Cest le caractre chiral des
rcepteurs qui permet de diffrencier le got des deux nantiomres. Puisquils sont reconnus
par des rcepteurs diffrents, des informations distinctes sont envoyes au cerveau selon
lnantiomre en prsence : dans un cas, linformation est amer , dans lautre cest sucr .

La configuration des molcules chirales, qui arrivent au contact dun organisme, joue
gnralement un rle important dans leurs interactions avec celui-ci.
Une fonction apparemment aussi triviale que lodorat, qui dpend de rcepteur chiraux, est
influence par la configuration dune molcule odorante, proprit qui rsulte dune
complmentarit de forme avec lun des types de rcepteurs olfactifs. [] La diffrence entre
nantiomres ne se limite pas la qualit de leurs odeurs : leurs pouvoirs odorants peuvent
aussi diffrer trs fortement [].

Les rcepteurs du got ne sont pas moins sensibles la chiralit de leurs htes que ceux de
lodorat, [] ainsi les trois stroisomres de laspartame, dulcorant au pouvoir sucrant 200
fois suprieur celui du saccharose, sont amers.

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La diffrence entre nantiomres revt une importance encore plus grande en pharmacologie,
lun deux pouvant prsenter une action dsirable, et lautre nfaste. [] Le lvalbutrol [] est
commercialis depuis 40 ans sous forme dun mlange [quimolaire des deux nantiomres] et
prescrit pour lutter contre les bronchites et lasthme. [] [Il a t] montr que lun des deux
nantiomres qui rside plus longtemps dans lorganisme, car il est mtabolis dix fois plus
lentement que lautre, accrot la frquence cardiaque et lintensit des crises dasthme ; il a donc
un effet nfaste sur le malade.
J. Drouin, Introduction la chimie organique, Librairie du Cdre, 2005.

A retenir
Les systmes biologiques sont constitus de molcules chirales : protines, glucides,
acides nucliques, etc.
Lors des processus de reconnaissance entre une molcule et des sites rcepteurs (dune
enzyme par exemple), la rponse physiologique peut tre diffrente selon lnantiomre
impliqu.
Le pouvoir tratogne, toxique ou thrapeutique, ou encore lodeur sont ainsi diffrents
selon lnantiomre qui interagit avec le site rcepteur.

Exemples
L-dopa : lun des nantiomres traite la maladie de Parkinson, lautre est toxique.
Maxiton : un nantiomre est psychostimulant, lautre inactif.
Citronellol : un nantiomre sent la citronnelle, lautre le granium.
Carvone

O O

H H

odeur de cumin odeur de menthe frache

5.3 Conformations de molcules biologiques


Une protine est une molcule biologique constitue dun enchanement dacides amins. Par
exemple, lalbumine humaine en contient 610.

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Une protine existe principalement dans une conformation qui lui donne sa structure
tridimensionnelle, et ses proprits sont lies cette structure. Ainsi, lalbumine confre au
blanc duf son aspect gluant. Un chauffage 71C suffit pour lui faire perdre dfinitivement
sa conformation de rfrence : elle coagule et le blanc duf devient dur.
La consquence de la perte de la conformation de rfrence dune protine peut avoir des
consquences aussi graves que lapparition de la maladie dAlzheimer ou de Parkinson.

LADN, qui stocke linformation gntique dun


organisme, est compos de deux brins se faisant face
face et formant une double hlice. Cette conformation
des chanes carbones en vis--vis est impose par les
interactions dorigine lectrostatique entre atomes.

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