Kajian Pustaka Deteksi Pola Mutasi pada Mycobacterium tuberculosis terhadap Streptomysin

Nesya Tiara Putri 21121231; Soni Muhsinin, M.Si.

ABSTRAK

Mycobacterium tuberculosis adalah penyebab penyakit menular yang menginfeksi paru-paru dan
menjadi masalah kesehatan global yang utama karena penyebarannya sangat mudah, dan semakin
menjadi rumit dengan adanya kasus drug resistant TB (DR-TB) yang disebabkan oleh adanya mutasi
pada M. tuberculosis. Saat ini, mutasi pada gen rrs, rpsl, gidB dan Rv1258c secara berturut-turut
yang mengkode 16S rRNA, ribosomal protein S12, 7-metylguanosin methyltransferase (m7G), dan
pompa efflux obat diduga sebagai penyebab resistensi M.tuberculosis terhadap streptomysin. Tujuan
dari kajian pustaka ini adalah mengetahui pola mutasi dari gen gen tersebut terhadap mekanisme
resistensi M. tuberculosis terhadap streptomysin dari isolate berbagai negara dengan menggunakan
metode fenotip dan genotip. Gen gidB dan Rv1258c dari hasil beberapa penelitian dapat dinyatakan
sebagai phylogenetik marker. Beberapa hasil penelitian menyatakan hasil yang berbeda beda dalam
hal level resistensi dari setiap gen-gen tersebut sehingga belum dapat dihubungkan dengan high,
intermediate atau low resistance. Hal itu disebabkan karena penyebaran dari strain M. tuberculosis
yang berbeda di setiap negara. Namun penyebaran dari M. tuberculosis dapat diidentifikasi dengan
melihat strain yang ada dengan metode molekular.

ABSTRACT

Mycobacterium tuberculosis is the cause of infectious diseases that infect the lungs and become a
major global health problem because of its spread is very easy, and more complicated by existence of
cases of drug resistant TB (DR-TB) is caused by mutations in gene rrs, rpsL, gidB and Rv1258c
encoding 16S rRNA, ribosomal protein S12, and 7-methylguanosine methyltransferase (m7G), and
pumps efflux drug, respectively, are considered as the cause of M. tuberculosis resistance to
streptomysin. The aim of this review was to determine the pattern of mutation of genes are involved
to resistance mechanism in M. tuberculosis isolates from various countries, using phenotypic and
genotypic methods. gidB and Rv1258c gene in several studies can be use as phylogenetic marker.
Several studies show the different result in level resistance in each genes so it couldnt link to high,
intermediate or low level resistance. It cause by the transmission of strain M. tuberculosis in every
country is different. But the transmission of M. tuberculosis can be identified by observing the
existing strains by molecular methods.

1 Sekolah Tinggi Farmasi Bandung

I. PENDAHULUAN
Tuberkulosis (TB) masih menjadi masalah
kesehatan global yang utama, yang
menyebabkan masalah kesehatan jutaan orang
setiap tahunnya. TB menempati peringkat
kedua penyakit yang paling infeksius setelah
HIV. Diperkirakan bahwa terdapat 9 juta kasus
TB baru di tahun 2013 dan 1,5 juta kematian
akibat TB (1,1 juta kematian dengan HIV-
negatif dan 0,4 juta kematian dengan HIV-
positif). (WHO, 2014)
Indonesia berada pada ranking kelima negara
dengan kasus TB tertinggi di dunia. Prevalensi
TB semua kasus adalah sebesar 680.000 dan
estimasi kasus baru berjumlah 470.000 per
tahun. Jumlah kematian akibat TB
diperkirakan 68.000 kematian per tahunnya.
(WHO, 2014)
Tuberkulosis (TB) adalah penyakit menular
yang disebabkan oleh M. tuberculosis. TB
biasanya menginfeksi paru-paru tetapi dapat
menginfeksi organ lain. Penyakit ini mudah
menyebar hanya dengan melalui udara saja.
(Kemenkes, 2011)
Salah satu upaya yang efisien untuk mencegah
penyebaran kuman TB lebih lanjut adalah
dengan pengobatan TB. Pengobatan TB
dilakukan dengan pemberian Obat Anti
Tuberkulosis (OAT) yang terdiri dari obat lini
pertama dan obat lini kedua. Obat lini pertama
yaitu Isoniazid (H), Etambutol (E),
Pirazinamida (Z), Rifampisin (R), dan
Streptomysin (S). Obat lini kedua yaitu
Kanamisin, Amikasin, dan Capreomisin.
Tujuan dari pengobatan TB selain untuk
menyembuhkan pasien, mencegah kematian,
kekambuhan dan menurunkan penularan TB
adalah untuk mencegah terjadinya resistensi
kuman terhadap Obat Anti Tuberkulosis
(OAT). (Kemenkes, 2014)
2 Sekolah Tinggi Farmasi Bandung
Menurut WHO 2014 drug-resistant TB (DR-
TB) merupakan ancaman utama dalam
pengendalian TB didunia. Penyebab utama
timbulnya resistensi terhadap OAT adalah
pengobatan yang tidak adekuat dimana
pemakaian OAT yang tidak sesuai dengan
aturannya baik dari segi dosis, cara
pemakaian, maupun lamanya pemakaian obat
yang akan menyebabkan berkembangnya
kuman yang resisten. Namun, resistensi
terhadap kuman M. tuberculosis juga dapat
terjadi secara langsung yaitu jika penderita
tertular oleh kuman M. tuberculosis yang
telah resisten dari penderita TB yang lain.
(Nofriyanda, 2010). Menurut WHO 2014
salah satu upaya untuk mecegah terjadinya
DR-TB adalah deteksi awal dan pemberian
obat yang berkualitas tinggi. Jumlah DR-TB
pada kasus baru lebih rendah dibandingkan
pada kasus pengobatan ulang, sementara
deteksi awal biasanya dilakukan pada kasus
pengobatan ulang, sehingga memungkinkan
masih terdapat DR-TB yang belum terdeteksi.
(WHO, 2014)
Streptomysin digunakan untuk pengobatan
drug-resistant TB (DR-TB) disebagian besar
negara namun masih rentan terhadap
aminoglikosida sementara di Indonesia
streptomosin merupakan obat lini pertama
yang digunakan untuk terapi pasien yang
pernah mendapatkan pengobatan sebelumnya
yaitu termasuk pengobatan kategori 2. Akan
tetapi, karena tingginya tingkat resistensi
streptomisin yang disebabkan oleh aplikasi
monoterapy, resiko toksisitas yang meliputi
reaksi neurotoksik yang serius dan
penggunaan rute parenteral dapat
menyebabkan penggunaan streptomysin
menurun. (Kemenkes, 2014 ; WHO, 2010).
Resistensi M. tuberculosis terhadap
streptomysin terjadi karena mutasi pada
 M.tuberculosis. Mutasi ini terjadi pada tingkat
gen yaitu gen rpsL yang mengkode ribosomal
protein S12, dan rrs yang mengkode 16S
rRNA, untuk itu perlu diketahui pola mutasi
dan mekanisme resistensi M. tuberculosis
secara molekuler, dan juga deteksi resistensi
M. tuberculosis secara fenotip dan genotip di
berbagai negara.
Berdasarkan latar belakang diatas maka
dilakukan kajian pustaka yang bertujuan untuk
mengetahui pola mutasi dari gen gen yang
diduga berperan dalam mekanisme resistensi
M. tuberculosis terhadap streptomysin dan
pengaruhnya terhadap pola resistensi dari
isolat M. tuberculosis di berbagai negara.
II. TINJAUAN PUSTAKA
Definisi Tuberkulosis (TB)
TB adalah suatu penyakit menular yang
disebabkan oleh kuman Mycobacterium
tuberculosis. (Kemenkes, 2014)
Morfologi M. tuberculosis
M. tuberculosis berbentuk batang dengan
panjang 1-10 mikron, lebar 0,2-0,6 mikron.
Bersifat tahan asam dalam pewarnaan dengan
metode Ziehl Neelsen, memerlukan media
khusus untuk biakan, antara lain Lowenstein
Jensen dan Ogawa.Kuman tahan terhadap
suhu rendah sehingga dapat bertahan hidup
dalam jangka waktu lama pada suhu antara
4oC-70oC. Kuman sangat peka terhadap panas,
sinar matahari dan sinar ultraviolet, sebagian
kuman akan mati dalam waktu beberapa
menit, dalam dahak pada suhu antara 30 -
37oC akan mati dalam waktu lebih kurang 1
minggu. Kuman dapat bersifat dormant
(tidur/ tidak berkembang). (Kemenkes,
2014)
Cara Penularan
Pada batuk atau bersin, pasien menyebarkan
kuman ke udara dalam bentuk percikan dahak
3 Sekolah Tinggi Farmasi Bandung
(droplet nuclei). Sekali batuk dapat
menghasilkan 3000 percikan dahak.
Tiga faktor yang menentukan kemungkinan
penularan M. tuberculosis :
Jumlah basil yang dikeluarkan ke udara
Konsentrasi basil di udara, yang ditentukan
oleh volume ruang dan ventilasi yang ada.
Lamanya waktu orang menghirup udara
yang telah terkontaminasi percikan dahak
tersebut.
Penyebaran pada umumnya terjadi di dalam
ruangan, dalam keadaan gelap dan ventilasi
yang tidak memadai, dimana percikan dahak
(droplet nuclei) terdapat di udara dalam waktu
yang lama. Sinar matahari langsung dengan
cepat dapat membunuh M. tuberculosis.
(NTCP, 2014)
Patogenesis Tuberkulosis
TB primer
Kuman tuberkulosis yang masuk melalui
saluran napas akan bersarang di jaringan paru
sehingga akan terbentuk suatu sarang
pneumoni, yang disebut sarang primer atau
afek primer. Sarang primer ini mungkin timbul
di bagian mana saja dalam paru, dari sarang
primer akan kelihatan peradangan saluran
getah bening menuju hilus (limfangitis lokal).
Peradangan tersebut diikuti oleh pembesaran
kelenjar getah bening di hilus (limfadenitis
regional). Afek primer bersama-sama dengan
limfangitis regional dikenal sebagai kompleks
primer. (PDPI, 2006)
Infeksi primer biasanya tanpa gejala dan tes
kulit tuberkulin positif 4-5 minggu setelah
infeksi adalah satu satunya cara untuk
membuktikan infeksi atau tidak. Beberapa
kasus menunjukan respon imun tidak cukup
kuat untuk mencegah penggandaan kuman dan
kuman dapat menyebar dari limfatik ke dalam
aliran darah. TB primer di paru paru dapat
menyebabkan penyebaran lebih meningkat
dengan melalui udara atau sistem limfatik.
(NTCP, 2014)
TB sekunder
TB post primer akan muncul bertahun-tahun
kemudian setelah TB primer, biasanya terjadi
pada usia 15-40 tahun. TB post primer
mempunyai nama yang bermacam-macam
yaitu TB bentuk dewasa, localized
tuberculosis, TB menahun, dan sebagainya.
Bentuk TB inilah yang terutama menjadi
masalah kesehatan masyarakat, karena dapat
menjadi sumber penularan. TB post primer
dimulai dengan sarang dini, yang umumnya
terletak di segmen apikal lobus superior
maupun lobus inferior. Sarang dini ini awalnya
berbentuk suatu sarang pneumoni kecil.
(PDPI, 2006)
Pengobatan Tuberkulosis
Obat-obat yang termasuk kedalam lini pertama
dan dosisnya dapat dilihat pada table 1 dan
table 2.
Tabel 1. OAT Lini Pertama
Tabel 2. Kisaran dosis OAT lini pertama bagi
pasien dewasa
Catatan :
4 Sekolah Tinggi Farmasi Bandung
Pemberian streptomysin untuk pasien yang
berumur > 60 tahun atau pasien dengan
berat badan < 50 kg mungkin dapat
mentoleransi dosis > 500 mg/hari.
Dianjurkan untuk menurunkan dosis
menjadi 10 mg / kg / BB / hari.
Paduan OAT yang digunakan di
Indonesia
Paduan OAT yang digunakan oleh Program
Nasional Pengendalian Tuberkulosis di
Indonesia :
a. Kategori 1: 2(HRZE) / 4(HR)3
Paduan OAT ini diberikan untuk pasien baru :
Pasien TB paru terkonfirmasi secara
bakteriologis
Pasien TB paru terdiagnosis klinis
Pasien TB ekstra paru. (Kemenkes, 2014)
Tabel 3. Dosis Paduan OAT Kategori 1
b. Kategori 2 (2HRZES/HRZE/5H3R3E3)
Paduan OAT ini diberikan untuk pasien BTA
positif yang telah diobati sebelumnya:
Pasien kambuh
Pasien gagal pada pengobatan dengan
paduan OAT kategori 1 sebelumnya
Pasien yang diobati kembali setelah putus
berobat (lost to follow-up). (Kemenkes,
2014)
Tabel 4. Dosis Paduan OAT Kategori 2
Catatan:
 Cara melarutkan streptomysin vial 1 gram
yaitu dengan menambahkan aqua bidest
sebanyak 3,7 ml sehingga menjadi 4 ml. (1
ml = 250 mg)
Berat badan pasien ditimbang setiap bulan
dan dosis pengobatan harus disesuaikan
apabila terjadi perubahan berat badan.
Penggunaan OAT lini kedua misalnya
golongan aminoglikosida (misalnya
kanamicin) dan golongan kuinolon tidak
dianjurkan diberikan kepada pasien baru
tanpa indikasi yang jelas karena potensi
obat tersebut jauh lebih rendah daripada
OAT lini pertama. Disamping itu dapat juga
meningkatkan risiko terjadinya resistensi
pada OAT lini kedua.
OAT lini kedua disediakan di Fasyankes
yang telah ditunjukan guna memberikan
pelayanan pengobatan bagi pasien TB yang
reisten obat. (Kemenkes, 2014)
Resistensi obat tuberkulosis
secara umum timbulnya resistensi terhadap
obat anti tuberkulosis dibagi menjadi :
a. Resistensi primer
Resistensi primer yaitu terdapatnya strain M.
tuberculosis yang resisten pada penderita TB
yang belum pernah diobati dengan OAT atau
telah minum OAT kurang dari 1 bulan.
Penderita ini terinfeksi dari penderita TB lain
yang sebelumnya telah mengalami resistensi
terhadap obat anti tuberkulosis.
b. Resistensi sekunder
Resistensi sekunder yaitu terdapatnya strain
M. tuberculosis yang resisten pada penderita
TB yang telah minum obat anti tuberkulosis
minimal 1 bulan. Pada awalnya kuman masih
sensitif namun karena pengobatan yang tidak
adekuat maka terjadi mutasi pada sel kuman
M. tuberculosis sehingga terjadi resistensi
terhadap OAT. (Nofriyanda, 2010)
Mutasi adalah perubahan materi genetik dari
suatu sel (atau virus). Biasanya terjadi mutasi
titik (point mutation), yang berupa perubahan
5 Sekolah Tinggi Farmasi Bandung
kimiawi pada satu atau beberapa pasangan
basa dalam satu gen tunggal. Tipe tipe
mutasi titik terdiri dari:
Substitusi: adalah penggantian satu
nukleotida dan pasangannya di dalam untai
DNA komplementer dengan pasangan
nukleotida lain.
Insersi dan delesi: merupakan penambahan
atau pengurangan satu atau lebih pasangan
nukleotida pada suatu gen. Mutasi ini
mempunyai efek yang sering kali lebih
berbahaya terhadap protein yang
dihasilkan daripada efek yang ditimbulkan
substitusi. (Campbell, 2000)
Jenis jenis resistensi obat anti tuberkulosis
(NTCP, 2014) :
a. Rifampisin resisten TB (RR-TB) : resistensi
terhadap rifampisin, dengan atau tidak
resitensi terhadap obat anti tuberkulosis yang
lain. Resisten ini dapat berupa mono, poly,
multi atau extensively drug resisten.
b. Multi drug resisten TB (MDR-TB) : resisten
terhadap 2 obat yaitu rifampisin dan isoniazid
c. Extensive drug resisten TB : resisten terhadap
fluoroquinolone dan setidaknya 1 dari 3 obat
lini kedua yang di injeksikan (capreomisin,
kanamycin, dan amikacin), dan merupakan
tambahan dari multi drug resisten.
d. Mono resisten : resisten terhadap 1 dari obat
lini pertama obat anti tuberkulosis (rifampisin,
isoniazid, pyrazinamide dan ethambutol)
e. Poly drug resisten TB : resisten terhadap lebih
dari satu obat lini pertama obat anti
tuberkulosis. Tidak termasuk resisten terhadap
rifampisin dan isoniazid.
Drug Susceptible Test ( DST)
Drug susceptible test adalah penentu terhadap
bakteri penyebab penyakit yang kemungkinan
menunjukan resistensi terhadap obat untuk
menghambat pertumbuhan bakteri yang
tumbuh secara in vitro, sehingga dapat dipilih
 sebagai obat yang berpotensi untuk
pengobatan. (Tri, 2015)
DST diharuskan memahami hal hal berikut
ini (Central TB Division, 2009) :
Asal dari resistensi obat
Variasi stabilitas obat saat kondisi filtrasi,
pemanasan dan saat penyimpanan.
Perubahan aktivitas obat obat tertentu saat
dimasukan kedalam berbagai jenis media
Tipe uji kepekaan yang dilakukan
Pembacaan dan pelaporan hasil pengujian
Kriteria resistensi
DST dilakukan pada saat keadaan (Central TB
Division, 2009) :
Untuk kasus relapse atau kambuh dan
untuk kasus pengobatan ulang
Untuk mengubah regimen obat ketika
diduga terdapat resistensi obat.
Untuk study surveilansi resistensi obat yang
dilakukan di suatu wilayah atau negara.
Terdapat 3 metode umum yang digunakan
untuk menentukan drug susceptible testing
pada obat M. tuberculosis, yaitu (NTCP,
2014):
Metode proprorsi
Menggunakan inokulasi pada media padat
yang mengandung obat dan tidak mengandung
obat dengan jumlah suspensi sel yang sama.
Rasio terbentuknya kolonidikedua media dapat
menentukan apakah isolat susceptible atau
resisten terhadap obat yang diuji. Metode ini
merupakan metode yang paling sederhana
untuk DST.
BACTEC 460 atau system MGIT960
Merupakan metode dengan menggunakan
media cair untuk DST, Tabung berisi media
yang mengandung obat dan tidak mengandung
obat diinokulasikan dengan suspensi sel
kemudian diinkubasi. Fluoresensi dari tabung
yang mengandung obat dibandingkan dengan
6 Sekolah Tinggi Farmasi Bandung
kontrol dimana kontrol tersebut tidak
mengandung obat. (NTCP, 2014)
Metode fenotipik DST menggunakan beberapa
konsentrasi dari setiap obat TB. Isolat
dikatakan resisten terhadap obat ketika
pertumbuhan pada media yang mengandung
obat melebihi pada pertumbuhan isolat yang
diencerkan 1 : 100 pada media yang bebas
obat. Fenotipik DST memerlukan kultur
positif (4-6 minggu) sebelum pengujian DST
dapat dilakukan. DST fenotipik memerlukan
waktu tambahan 2-3 minggu.
Polymerase Chain Reaction (PCR)
Polymerase chain reaction (PCR) adalah
teknik biology molekular yang baru dan
popular untuk replikasi DNA secara enzimatik
tanpa menggunakan organisme hidup.PCR
membutuhkan beberapa komponen dasar,
yaitu :
DNA templat atau cetakan DNA yang
mengandung daerah dari fragmen DNA
yang akan digandakan.
Sepasang primer, yang menentukan awal
dan akhirnya dari daerah yang akan
digandakan.
Taq polymerase, yang berperan dalam
mengkopi daerah yang akan digandakan.
Nukleotida, sumber basa nitrogen untuk
DNA yang baru.
Buffer, disediakan untuk menciptakan
lingkungan kimia yang sesuai untuk DNA
polymerase. (Rahman, 2013)
Proses PCR melibatkan beberapa tahap, yaitu :
Denaturasi
DNA didenaturasi pada suhu yang tinggi yaitu
dari 90 97o C. Pada proses ini untai ganda
DNA templat dipisahkan.
Annealing
Terjadi pada suhu yang lebih rendah yaitu 50-
60o C. Primer akan menempel pada daerah
tertentu dari target DNA, untuk membuat
salinan yang identik dari aslinya.
 Ekstensi
Perpanjangan atau ekstensi dari primer oleh
enzim polymerase terjadi pada suhu 72o C
untuk 2-5 menit.
Gambar 1. Grafik siklus pada PCR
Proses PCR sangat cepat dibandingkan teknik
lainnya dan melibatkan beberapa tahap yang
berulang (siklus) dan pada setiap siklus terjadi
duplikasi jumlah target DNA untai ganda,
umumnya terjadi dalam 20-40 siklus sampai
mencapai DNA target. (Joshi, 2010)
Fungsi PCR dalam kajian pustaka ini adalah
untuk mendeteksi pola mutasi dari M.
tuberculosis.
Teknik Genotyping
Teknik genotyping strain M. tuberculosis pada
kajian pustaka ini berguna untuk mengetahui
dinamika transmisi M. tuberculosis pada studi
epidemiologi. (Spies, 2011)
Spoligotyping
Teknik spoligotyping ini berdasarkan
polimorfisme DNA yang terdapat pada suatu
lokus kromosom, setiap M. tuberculosis
memiliki dareah direct repeat dimana diantara
dua direct repat (daerah DR) tersebut terdapat
suatu daerah yang disebut spacer. Namun
delesi dan insersi di setiap spacer dan DR
berbeda. Spoligotyping dapat mendeteksi
insersi dan delesi tersebut dengan hibridisasi
produk PCR dari DNA spacer, sehingga dapat
menampilkan masing masing spacer yang
unik pada DNA squence. (Spoligotyping
Users Manual, 2010)
7 Sekolah Tinggi Farmasi Bandung
MIRU-VNTR (Mycobacterial
Interspersed Repetitive Unit Variable
Number of Tandem Repeats)
Genotyping berdasarkan variasi jumlah
tandem repeat pada masing-masing lokus pada
alel sebagai penanda individu. Deteksinya
dengan melihat panjang fragmen dari tandem
repeat tersebut dengan PCR dan elektroforesis
(Gauthier, 2014)
Metode ini berfungsi untuk menguji distribusi
dari mutasi dan dalam upaya untuk
mengaitkan mutasi tertentu dengan genetic
cluster, dan famili dari strain M.tuberculosis.
(perdiago, 2014)
SNP (single nucleotida polymorphism)
Merupakan satu basa yang berubah pada
sequence DNA, perubahan tersebut terjadi
pada posisi tertentu. Misalnya adenin menjadi
cytosin ( A T ). (Vignal,2002). SNP dapat
juga digunakan sebagai penanda phylogenetic
yang paling tepat. (Spies, 2011)
Streptomysin (SM)
Struktur kimia streptomysin
Mekanisme kerja streptomysin
Streptomysin merupakan antibiotik
aminoglikosida yang terlibat pada sintesis
protein tetapi mempunyai efek lain seperti
menghancurkan sel membran, dan
menghambat respirasi dan juga dapat
mengakibatkan kesalahan pada saat mengkode
sebuah kode genetic. Sisi aktif dari SM adalah
ribosom subunit 30S, spesifiknya pada protein
ribosom S12 dan 16S rRNA. Dimana protein
 tersebut terlibat dalam proses translasi
sehingga menghambat sintesis protein. III. PEMBAHASAN
Mekanisme Resistensi Streptomysin : M.
Mutasi gen yang menyebabkan resistensi pada
tuberculosis menjadi resisten dengan
streptomysin adalah mutasi pada gen rpsL dan
bermutasi pada target streptomysin di ribosom.
gen rrs dimana gen tersebut secara berturut
Yaitu mutasi pada gen rpsL, yang mengkode
turut berfungsi sebagai pengkode protein
protein ribosomal S12 dan pada gen rrs yang
ribosomal S12 dan 16 rRNA. Tetapi menurut
mengkode 16 rRNA. Mutasi ini menyebabkan
Spies et al. (2011) mutasi pada gen gidB pada
terjadinya proses substitusi asam amino
M. tuberculosis juga berhubungan dengan
tunggal yang akan mempengaruhi struktur 16S
resistensi streptomysin sebagaimana telah
rRNA sehingga tidak terjadi gangguan pada
dijelaskan pada beberapa penelitian
mRNA yang mengakibatkan proses sintesis
sebelumnya. Fungsi dari gen gidB tersebut
protein tidak terganggu. Dengan tidak
adalah sebagai pengkode 7-methylguanosine
terganggunya proses sintesis protein maka
methyltransferase (m7G) yang berperan untuk
terjadi resistensi terhadap streptomysin.
metilasi dari 16S rRNA . (Wong , 2011 dan
(Stewart, 2005)
Perdiago, 2013)

Gambar 2. Gambaran skematik dari distribusi mutasi gen rrs, rpsL dan gidB

Mutasi pada rpsL dan rrs telah diketahui
menyebabkan resistensi sebesar 50% dan 20%
secara berturut turut sementara gidB sebesar
27 %. (Zhang, 2005) Dimana menurut Nhu et
al. (2012) resistensi pada gen rpsL dapat
dihubungkan dengan high level resistance,
rrs dapat dihubungkan dengan intermediate
level resistance, sementara gidB dengan low
level resistance. Namun berbeda dengan Tudo
et al. (2010) yang menggunakan isolat dari
8 Sekolah Tinggi Farmasi Bandung
Barcelona menyatakan mutasi pada gen rrs
dan rpsL terdeteksi sebesar 37,7 % yaitu
24,6% untuk gen rpsL dan 13,0% untuk gen
rrs.
Menurut Jagielski et al. (2014) dengan
menggunakan isolat dari Polandia, dapat
dilihat pada gambar 2 didapatkan hasil pada
gen rrs terjadi 4 type mutasi dan terjadi pada
isolat yang resisten sebesar 25 %. Sementara
pada gen rpsL terjadi single mutasi yang
terjadi pada 50 % isolat yang resisten dan
11,1% pada isolat yang susceptible.
Pada mutasi gen rpsL terjadi mutasi pada K43R
dan K88R seperti yang tercantum pada gambar
2, kedua mutasi tersebut menyebabkan
perubahan asam amino yang dihasilkan. K34R
biasanya memberikan peran yang lebih banyak
dalam menjadi penyebab resistensi terhadap
streptomysin dibandingkan dengan K88R.
Sementara pada mutasi gen gidB terjadi 16 type
mutasi yang terjadi pada 37,5 % isolat yang
resisten, 61,1 % isolat yang susceptible dan
14,3 % pan susceptible. Pan susceptible adalah
isolat yang resisten terhadap empat obat lini
pertama (INH, Rifampisin, etambutol,
pyrazinamid). Sementara menurut
Brammachary et al. (2014) yang menggunakan
isolat dari India, Level resistensi yang
disebabkan oleh mutasi gen rpsL berhubungan
dengan MIC (minimum inhibitory
concentration). Jika MIC-nya sekitar 1024 mg/l
sampai 2018 dapat dihubungkan dengan high
level resistance, MIC pada 128 mg/l
dihubungkan dengan intermediate level
resistance dan MIC pada 32-64 mg/l
dihubungkan dengan low level resistance.
Hasil spoligotyping menunjukan polimorfisme
gen gidB dapat dijadikan sebagai phylogenetic
marker terutama untuk strain LAM dan
Beijing dimana mutasi gen gidB banyak
terdeteksi.Menurut spies et al. (2011) yang
telah menggunakan isolat dari brazil, telah
ditemukan SNP (single nukleotida
polimorfisme) pada kodon 16 (G alel) dan
codon 92 (A alel) yang mengindikasikan strain
LAM, dan SNP pada kodon 16 (T alel) dan
kodon 92 (C alel) mengindikasikan strain
Beijing. Seperti jagielski et al. (2014) Speis et
al. (2011) juga menemukan bahwa mutasi
gidB banyak terjadi pada isolat yang
susceptible. Begitu juga menurut Wong et al.
(2011) yang menggunakan isolat dari korea
9 Sekolah Tinggi Farmasi Bandung
selatan dimana isolat yang mengandung gidB
ditemukan sebagai streptomysin susceptible
dan yang lainnya adalah resisten streptomysin.
Maka masih harus dilakukan penelitian lebih
lanjut untuk mengetahui apakah gidB dapat
dihubungkan dengan low level resistance
terhadap streptomysin karena dari berbagai
penelitian, mutasi gidB menunjukan terdapat
pada isolat yang susceptible dan isolat yang
resisten.
Berbeda dengan yang lain, menurut Perdiago
et al. (2013) yang menggunakan isolat dari
portugal dan menggunakan metode MIRU
VNTR untuk mengetahui cluster yang spesifik
untuk polimorfisme gidB yaitu A80P
polimorfisme gidB telah menemukan bahwa
gen gidB berperan untuk intermediate level
resistance bukan low level resistance.
Pada penelitian Villellas et al. (2013)
ditemukan gen lain yang terlibat pada
resistensi terhadap streptomysin yaitu insersi
pada gen Rv1258c (tap580) yang mengkode
Tap, yaitu sebuah pompa efflux obat. Insersi
pada gen ini hanya terdapat pada strain beijing
saja. Sehingga polymorfisme gen ini dapat
digunakan untuk mengidentifikasi isolate M.
tuberculosis strain Beijing seperti halnya gen
gidB. Strain Beijing ini memberikan tingkat
penyebaran yang lebih yang dapat
memudahkan terjadinya resistensi obat karena
penyebaran dari strain Beijing ini.
IV. KESIMPULAN
Mutasi pada gen rpsL, rrs, gidB dan gen baru
yaitu Rv1258c adalah mutasi gen yang
berperan dalam menyebabkan resistensi M.
tuberculosis terhadap streptomysin. Selain
sebagai penyebab resistensi mutasai gen gidB
dan Rv1258c juga dapat dijadikan sebagai
phylogenetik marker dari strain LAM dan
Beijing. Dapat disimpulkan juga bahwa pola
mutasi yang menyebabkan resistensi dari
penelitian di beberapa Negara menunjukan
hasil / presentase yang berbeda beda.
Sehingga belum ada mutasi yang dapat
dihubungkan dengan level resistensi. apakah
termasuk high, intermediate, atau low level
resistance. Hal tersebut dapat terjadi karena
penyebaran dari strain M. tuberculosis yang
berbeda di setiap negara. Namun penyebaran
dari M. tuberculosis dapat diidentifikasi
dengan melihat strain yang ada dengan metode
molekular.

V. DAFTAR PUSTAKA Kemenkes RI (2011) Pedoman Nasional

Pengendalian Tuberkulosis. Kementrian
Brammacharry Usharani, and Muthaiah Kesehatan Republik Indonesia Direktorat
Muthuraj, Characterization of rpsL Gene Jenderal Pengendalian Penyakit dan
Mutations in Streptomysin-Resistant Penyehatan Lingkungan 2011.
Mycobacterium tuberculosis Isolates. http://www.scribd.com/doc/161273999/DEPK
ES-RI-NEW-Pedoman-Nasional-
American Journal of Microbiological
Penanggulangan-TBC-2011#scribd
Research, vol. 2, no. 3 (2014): 80-85. doi:
10.12691/ajmr-2-3-1. Kemenkes RI (2014) Pedoman Nasional
Pengendalian Tuberkulosis. Kementrian
Campbell Neil A, Jane B reece, Lawrence Kesehatan Republik Indonesia Direktorat
G.Mitchell; alih bahasa, Rahayu Lestari et al Jenderal Pengendalian Penyakit dan
(2002) BIOLOGI hal 333-334. Jakarta: Penyehatan Lingkungan 2014
Erlangga
Nhu et al (2012) Association of streptomysin
Central TB Division (2009) Training Manual resistance mutations with level of drug
for Mycobacterium tuberculosis Culture and resistance and Mycobacterium tuberculosis
Drug susceptibility testing. Directorate genotypes. The International Journal of
General of Health Services. New Delhi Tuberculosis and Lung Disease 16(4):527-531
Departement of Health. National Tuberculosis Nofriyanda (2010) Analisis Molekuler Pada
Management Guideline 2014: Republic of Proses Resistensimikobakterium Tuberkulosis
south Africa 2014 Terhadap Terhadap Obat Obat
Antituberkulosis. Bagian Pulmonologi dan
Gauthier M., Bidault F., Berland J-L. (2014) Ilmu Kedokteran Respirasi Fakultas
Emerging Pathogens Laboratory, Fondation Kedokteran UNAND / RS.DR.M.Djamil.
Merieux, Lyon, France Padang

Jagielski T, Ignatowska H, Bakua Z, Dziewit PDPI (2006) Tuberkulosis: Pedoman

, Napio rkowska A, et al. (2014) Screening
for Streptomysin Resistance-Conferring
Mutations in Mycobacterium tuberculosis
Clinical Isolates from Poland. PLoS ONE
9(6): e100078.
doi:10.1371/journal.pone.0100078
Joshi Mohini, J.D Deshpande (2010)
Polymerase Chain Reaction: Method,
Principle and Application. International
Journal of Biomedical Research
Diagnosis dan Penatalaksanaan di Indonesia.
Perhimpunan Dokter Paru Indonesia.
http://www.klikpdpi.com/konsensus/tb/tb.html
. Diakses pada tanggal 28 Juli 2015
Perdiago J, Macedo R, Machado D, Silva C,
Jordao L, Couto I, Viveiros M and Portugal .
(2013). GidB mutation as a phylogenetic
marker for QI clusterMycobacterium
tuberculosis isolates and intermediate-level
streptomysin resistance determinant Lisbon,
Portugal. Clinical Microbiology and infection.

10 Sekolah Tinggi Farmasi Bandung


Rahman MT, Uddin MS, Sultana R, Mone A,
Setu M (2013) Polymerase Chain Reaction
(PCR): A Short Review. AKMMC J 2013: 4(1):
30-36
Soleha Umiana Tri (2015) Uji kepekaan
terhadap Antibiotik. Bagian Mikrobiologi,
Fakultas Kedokteran, Universitas Lampung
Spies Fernanda S, RibeiroAndrezza W, Ramos
Daniela F, Ribeiro Marta O, Martin Anandi,
Palomino Juan Carlos, Rossetti Maria Lucia R,
da Silva Pedro Eduardo A, Zaha Arnaldo
(2011) Streptomysin Resistance and Lineage-
Specific Polymorphisms in Mycobacterium
tuberculosis gidB Gene. Journal Of Clinical
Microbiology.
th
Spolygotyping users manual (2010) 6 Floor,
Reliance Classis. Road No.1, Banjara Hills.
Hyderabad, India, 500 032
Stewart T. Cole. Kathleen Davis Eisenach,
David N.McMurray and William R.Jacobs.Jr.
(2005) Tuberculosis and Tubercle Bacillus.
ASM Press, Washington, D.C.
Tudo Griselda et al. (2010) Characterization
of mutations in streptomysin-resistant
11 Sekolah Tinggi Farmasi Bandung
Mycobacterium tuberculosis clinical isolates
in the area of barcelona. Journal of
Antimicrobial Chemotherapy. 65: 2341-2346
Vignal Alain, Milan Denis, San Cristobal
Magali, Eggen Andre (2002) A review on SNP
and other types of molecular markers and
their use in animal genetics. Genet. Sel. Evol.
34 (2002) 275-305
Villellas Cristina et al. (2013) Analysis of
Mutations in Streptomysin-Resistant Strains
Reveals a Simple and Reliable Genetic
Marker for Identification of the
Mycobacterium tuberculosis Beijing
Genotype. Journal of Clinical Microbiology
p.2124-2130 volume 51
WHO (2011) Guidelines for the programmatic
management of drug-resistant tuberculosis,
update 2011. World Health Organization
Wong Sharon Y et al. (2011) Mutation in gidB
Confer Low-Level Streptomysin Resistance in
Mycobacterium tuberculosis. Antimicrobial
Agents and Chemotherapyvol 55, No.6
World Health Organization. Global
Tuberculosis Report 2014: World Health
Organization