ROLLING CIRCLE REPLICATION

dan
EXTRACHROMOSOMAL INHERITANCE

MATAKULIAH GENETIKA 1
Disusun untuk memenuhi tugas matakuliah Genetika I yang dibina oleh
Prof. Dr. Drs. Duran Corebima Aloysius, M.Pd dan Dr. Hj. Siti Zubaidah, M.Pd

Disusun Oleh :

RIFKI LUTHFIDYANTO (100341404608)/Offering B

ASMAUL HUSNA (100341404617)/Offering C

The Learning University

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
FEBRUARI 2012
 ROLLING CIRCLE REPLICATION

Pengertian

Replikasi yang terjadi pada DNA sirkuler berupa untai tunggal (+) strand
yang akan membentuk untai pasangannya (-) strand kemudian akan melakukan
replikasi silang menghasilkan anakan untai tunggal (+) strand disebut Rolling
Circle Replication (Gardner, 1991).

Contoh Percobaan
Bakteriofag X174 yang menginfeksi E. coli, DNA virus ini berupa untai
tunggal sirkuler ((+) strand) yang akan diubah menjadi untai ganda dengan
membentuk pasangan yang berada dalamnya ((-) strand), hasil bentukan ini
disebut replicative form yang disingkat RF. RF akan bereplikasi secara
asimetris untuk menghasilkan anakan untai tunggal yang (+) strand, yang
kemudian melakukan proses sebagaimana induknya dengan membentuk (-) strand
sebagai pasangannya sehingga terbentuk double-strand. Untuk melengkapi siklus
reproduksi sel virus, anakan untai tunggal (+) strand yang terakhir akan menyatu
dengan protein untuk membentuk kapsul (cangkang) virus.

Tahap Replikasi Rolling Circle

A. Pertama: Induk (+) strand Induk RF/doule strand (Gambar 1)

Gambar 1. Konversi Dari Kromosom Beruntai Tunggal.

Bentuk induk double-stranded replikatif (RF).
Sintesis dari pelengkap untai negatif (-) diinisiasi oleh sintesis dari sebuah
RNA primer pendek. Reaksi ini dikatalisis oleh Primase dan
membutuhkan aktivitas kompleks setidaknya enam protein priming
berbeda; kompleks ini kadang-kadang disebut primosom.
 DNA polimerase III mengkatalisis berikutnya penambahan kovalen dari
deoksiribonukleotida ke akhir 3-dari RNA primer. Sintesis untai
komplementer negatif terjadi terputus-putus sampai template untai positif
habis. Primosom muncul untuk perjalanan sekitar untai template yang
melingkar.
Eksisi RNA primer dikatalisis oleh DNA polimerase I. Polynucleotide
ligase (DNA ligase) mengkatalisis pembentukan ikatan kovalen antara 3-
OH dan 5-PO4 kelompok berdekatan, untuk menghasilkan RF orangtua
double stranded tertutup.

B. Kedua : Induk RF Anakan RFs (Gambar 2)

Gambar 2. Replikasi Lingkaran RF Induk.

(e) untuk menghasilkan populasi RFs keturunan (1).

(f) untai positif dari orangtua RF dipotong pada asal oleh
endonuklease lokasi spesifik aktivitas gen protein A x174. Gen
protein A RF orangtua tidak akan memotong molekul DNA yang lain
sama sekali.
(f-h) selama proses ini, gen protein A menjadi kovalen terikat pada
gugus 5-fosforil dari untai positif. tetap terkait dengan 5-terminus
sampai seuntai positif lengkap progeni telah disintesis.
 (g) 5-akhir untai positif adalah dari untai negatif dan
deoksiribonukleotida ditambahkan ke 3-OH bebas sebagai lingkaran
(dikelola oleh untai negatif utuh) berputar pada porosnya.
(g-h) gen protein A tetap terikat pada garpu replikasi karena perjalanan
sekitar untai negatif melingkar.
(h-i) sekali asal untai baru positif telah disintesis, gen protein A
memotong yang baru lahir dan sekaligus ligates 3 - dan 5-Termini
untuk menghasilkan untai kovalen tertutup positif melingkar.
(i-l) sintesis untai komplementer negatif terjadi terputus-putus seperti
dalam tahap I menggunakan untai positif baru lahir sebagai template.
Yang diprakarsai oleh primer RNA dalam tahap ini juga, namun RNA
primer ini tidak ditampilkan dalam diagram.
(i-f-l) RF orangtua terus meniru dengan modus lingkaran bergulir
sampai populasi sekitar 60 RFs keturunan yang dihasilkan.

C. Ketiga: Anakan RFs anakan (+) strand (Gambar 3)

Gambar 3. Sintesis Kromosom Progeni Beruntai Tunggal.
(l-p) replikasi lingkaran RFs progeni terjadi sama seperti untuk RFs
orangtua dalam tahap II, kecuali bahwa alur negatif tidak disintesis.
sebaliknya, alur positif yang dikemas dalam virion progeni.
(n-p) beralih dari sintesis RF (tahap II) untuk keturunan sintesis untai
positif (tahap III) hasil dari pengikatan protein yang baru disintesis
mantel virus ke untai positif baru lahir, mencegah dari yang berfungsi
sebagai template untuk untai negatif.
(q) pematangan virion progeni melengkapi fag X174 perputaran
hidup. sekitar 500 virion progeni diproduksi per sel yang terinfeksi.

Hasil Rolling Circle Replication

Bakteriofage X174 gen A protein adalah protein kunci dalam replikasi
X174, yang memiliki satu rangkaian kegiatan yang terdiri dari (Retzs, 2009):
1. Gen A Protein memiliki aktifitas endonuklease pada tempat yang specific
yang memotong pada untai positif yang asli atau tertentu.
2. Gen A protein kemudian mempertahankan energy pada saat memotong
untaian phospodiester melalui suatu ikatan kovalen dari ujung 5
terminalnya.
3. Gen A protein tetap berikatan pada ujung 5 terminal untai positif dan
replikasinya bercabang sementara cabangnya melintasi strand lingkar (-)
yang komplit.
4. Ketika untai positif lengkap setelah disintesis, gen A protein memotong
daerah asal yang baru. Ikatan dari 3- hydroxyl dan 5 phosporil dan
 kembali lagi menjadi ikatan kovalen dengan termin 5positif untai yang
baru dihasilkan. Siklus dari aktivitas protein gen A diulang kembali sampai
jumlah populasi dari keturunan RFs ( Stage II)
Atau menghasilkan keturunan strand positif Pada stage III.

Pertanyaan

1. Apakah terdapat enzim yang membantu dalam menjalankan fungsi

replikasi tersebut? Beri penjelaskan!
DNA polymerase III berperan mengkatalisis Deoksiribonukleat
membentuk ikatan kovalen dengan ujung 3 RNA primer untuk
 membentuk primosome yang masih berupa potongan-potongan
pendek yang saling terpisah (hasil dari beberapa RNA)
DNA polymerase I berperan menyatukan (gap filling) hasil sintesis
beberapa RNA pendek namun ada satu bagian yang belum
tersambung.
DNA Ligase berperan menutup ujung (-) strand 3OH dengan 5P
yang tidak dapat dilakukan oleh DNA Polimerase I, setelah
terbentuk (-) strand maka DNA menjadi beruntai ganda disebut
Replication Form (RF).
2. Dalam memahami bacaan haruslah dapat memahami bacaan tersebut.
Kemudian apakah hasil yang didapatkan ketika membaca tahap 2 pada
rolling circle replication?
Proses di mulai oleh aktivitas enzim endonuklease yang
memotong kromosom pada site-spesifik (+) strand dengan ujung 5P dan
3OH sebagai titik awal replikasi. Menurut W.Gilbert dan D. Deslerr,
enzim transferase juga berperan dalam rolling circle replication sebagai
pengait antara ujung 5 P site-spesifik dengan membrane sel.
Selama proses replikasi induk RF menjadi anakan RFs, pada (+)
strand tidak selalu melanjutkan sintesis (-) strand komplementer, adapun
yang menjaga agar (-) strand komplementer tetap disintesis oleh (+)
strand adalah protein selubung.

DAFTAR PUSTAKA

Retzs, 2009. Rangkuman Artikel Rolling Circle Replication. (Online).

http://retzs.wordpress.com/2009/02/22/rangkuman-artikel-percobaan
rolling circle replication.
Garner, 1991. Rolling Circle Replication.. new york: