Laporan Praktikum Biokimia Percobaan Ke
Laporan Praktikum Biokimia Percobaan Ke
PERCOBAAN KE V
PEMURNIAN PROTEIN
Disusun Oleh:
2015
I. Tujuan
Tujuan dilakukannya praktikum ini adalah agar mahasiswa dapat memahami
metode pemurnian protein.
Struktur protein yang terdiri dari polipeptida mempunyai rantai yang amat
panjang, tersusun atas banyak unit asam amino. (Lehninger, 1982)
Protein yang akan dimurnikan pada praktikum ini adalah LDH (Laktat
dehidrogenase). Dimana LDH ini merupakan enzim.
Laktat dehidrogenase (LDH atau LD) adalah sebuah enzim yang ditemukan di
binatang, tumbuhan dan prokariot. (Anonim1, 2015)
(Anonim1, 2015)
(Anonim1, 2015)
Pemurnian Protein
Untuk memproduksi enzim dalam jumlah besar dan mempunyai aktivitas
yang tinggi, perlu diperhatikan faktor-faktor penting seperti kondisi
pertumbuhan, cara isolasi, serta jenis substrat yang digunakan. (Wang, 1979)
2. Kromatografi Gel
Teknik kromatografi permeasi gel (GPC) berkembang sebagai cara
penentuan bobot molekul polimer yang digunakan sejak tahun 1960-
an. Kromatografi gel merupakan metode kromatografi baru, meliputi
kromatografi eksklusi, kromatogeafi penyaring gel, dan kromatografi
permeasi gel. Kromatografi ini paling mudah dimengerti dan paling
mudah dikerjakan dan sederhana. Diantara aplikasinya dapat
digunakan untuk menentukan bobot molekul polimer. (Anonim, 2012)
Metode ini dapat digunakan terhadap suatu cuplikan yang larut dan
penggunaan utama kromatografi gel biasanya dalam salah satu dari
tiga hal ini. Pertama, kromatografi gel sangat berguna untuk untk
pemisahan spesies dengan berat molekul tinggi (BM >2000), terutama
yang tak terionkan. Selain dariresolusi dari setiap makromolekuler
seperti protein dan asam nukleat, kromatografi gel dapat digunakan
untuk mendapatkan distribusi berat molekul dari polimer sintetis.
Kedua, campuran sederhana dapat dipisahkan secara mudah dengan
kromatografi gel, terutama jika penyusun campuran itu memiliki berat
molekul yang sangat berbeda. Untuk hal ini dapat dilakukan dalam
jumlah besar. Ketiga, kromatografi gel sangat cocok untuk kerja awal,
pemisahan eksplorasi dari cuplikan yang tak diketahui. Pemisahan ini
memberikan gambaran isi cuplikan, sehingga dapat diketahui dengan
cepat apakah cuplikan itu memiliki berat molekul rendah atau berat
molekul tinggi. (Anonim, 2012)
Metode ini didasarkan pada teknik fraksinasi yang tergantung dari
ukuran molekul polimer yang diinjeksikan ke dalam suatu kolom yang
terdiri atas gel berpori berjari jari sekitar 50 1060 A.
Kolom dapat melewatkan molekul pelarut yang merupakan fasa
bergerak, sedangkan molekul polimer yang lebih kecil dapat
memasuki pori pori gel, karena itu bergerak lebih lambat
disepanjang kolom dibanding molekul besar. (Anonim, 2012)
3. Kromatografi Afinitas
Kromatografi afinitas memisahkan protein-protein berdasarkan
interaksi reversibel antara satu protein (atau grup protein-protein) dan
pasangan ligan spesifik ke matriks kromatografi. Teknik ini ideal
untuk menangkap tahap intermediet dalam protocol pemurnian dan
dapat digunakan kapanpun ligan yang cocok sesuai untuk ketertarikan
dari protein atau protein-protein tersebut. (Anonim2, 2015)
Alat Bahan
- Kain penyaring - 10 mM Tris-HCL (pH
- Tabung sentrifugasi 50 Ml
7,4)
- Blender
- 1 mM 2-Mercaptoethanol
- Tabung mikrosentrifugasi
- 1 mm
- Pipet tip
- Tabung falcon 50 mL Phenylmethylsulfonyl
- Batang pengaduk
flouide (PMSF)
- Beaker glass
- 1 Mm ethylenediamine
- Alat sentrifuga
- Kolom desalting tetraacetic acid (EDTA)
- Rak tabung - Ammonium sulfate
(solid)
- Daging ayam
Kromatografi
Tidak perlu dilakukan resuspensi bagi kelompok yang menggunakan
supernatantnya.
Resuspensi pellet ammonium sulfat
Ditambahkan 1 ml dapat Tris-PMSF ke pellet ammonium sulfat perlahan
(jangan sampai terjadi gelebung). Diaduk campuran tersebut hingga pellet
larut pencampuran dilakukan diatas es. Diperiksa volume larutan (tidak lebih
dari 3 ml, jika kurang ditambah lagi hingga 3 ml)
Memasukan larutan suspense ke dalam kolom desalting
Ketika mendapatkan kolom, bagian atas frit akan ada larutan dapar, dibuang
larutan tersebut. Dimasukin sampel ke dalam kolom, dibuang cairan yang
keluar dari kolom
Elusi protein dari kolom desalting
Dimasukan 4 ml dapar Tris-PMSF kedalam kolom dan ditampung cairan yang
keluar dari kolom (cairan ini mengandung protein LDH, simpan diatas es)
Catat volume cairan yang keluar dari kolom (jika digunakan lebih dari satu
kolom, gabung cairan yang keluar dari tiap kolom ke dalam satu tabung dan
ukur volume total)
V. Data Pengamatan
Kelompok 1 Kelompok 2
Pada tahap pengambilan ekstrak Pada tahap pengambilan ekstrak
kasar hasil yang didapatkan kasar hasil yang didapatkan
adalah ekstrak daging yang adalah ekstrak daging yang
berwarna merah muda. berwarna merah muda.
Pada tahap sentrifugasi dihasilkan Pada tahap sentrifugasi dihasilkan
supernatant dan pellet, di mana supernatant dan pellet, di mana
supernatantnya tidak berwarna supernatantnya tidak berwarna
atau bening dan pelletnya atau bening dan pelletnya
berwarna merah muda. berwarna merah muda.
Pada tahap filtrasi dihasilkan 11 Pada tahap filtrasi dihasilkan 5
mL cairan supernatant, sehingga mL cairan supernatant, sehingga
untuk tahap penambahan untuk tahap penambahan
ammonium dibutuhkan ammonium dibutuhkan
ammonium sebanyak 11 0.39 = ammonium sebanyak 5 0.39 =
4,29 g 1,95 g
Pada tahap penambahan Pada tahap penambahan
ammonium ini dan pada saat ammonium ini dan pada saat
pengadukan warna pada cairan pengadukan warna pada cairan
supernatant tidak berubah. supernatant berubah menjadi
berwarna putih.
Pada tahap sentrifugasi yang Pada tahap sentrifugasi yang
kedua dihasilkan warna kedua dihasilkan warna
supenatant yang tetap sama, yaitu supenatant yang berwarna kuning.
bening. Dan pellet tetap berwarna Dan pellet yang berwarna merah
merah muda. muda kekuningan.
Diambil supernatantnya. Diambil pelletnya.
Tidak dilakukan tahap resuspensi. Dilakukan tahap resuspensi
dengan penambahan larutan Tris-
PMSF.
Hasil yang didapatkan setelah Hasil yang didapatkan setelah
supernatant dimasukkan dalam campuran pellet dan Tris-PMSF
kolom desalting adalah sebanyak (resuspensi) dimasukkan dalam
4 mL. kolom desalting adalah sebanyak
4,9 mL.
VI. Pembahasan
Pada praktikum kali ini dilakukan pengujian pemurnian protein
dimana digunakan daging ayam pada bagian dadanya untuk
mengetahui kandungan LDH. LDH adalah enzim yang mengubah
piruvat menjadi laktat dan termasuk dalam golongan oksireduktase.
Banyak jaringan mengandung LDH yang berfungsi mengkatalisis
perubahan reversible laktat ke piruvat, asam amino diperlukan oleh
makhluk hidup sebagai penyusun protein atau sebagai kerangka
molekul-molekul penting. Ia disebut esensial bagi suatu spesies
organisme apabila spesies tersebut memerlukannya tetapi tidak
mampu memproduksi sendiri atau selalu kekurangan asam amino yang
bersangkutan. Untuk memenuhi kebutuhan ini, spesies itu harus
memasoknya dari luar (lewat makanan).
Awalnya daging ayam ditimbang sesuai dengan jumlah yang
dibutuhkan, kemudian daging ayam tesebut dihancurkan atau dipotong
kecil-kecil dengan homogenasi agar jaringan yang berada dalam dada
ayam hancur dan enzim yang ada dalam dada ayam yaitu enzim LDH
terlepas. Setelah daging ayam dihaluskan dengan blender lalu
ditambahkan buffer Tris-PMSF yang sudah dalam bentuk es dan
diblender. Pada saat proses penghaluskan sesekali harus berhenti agar
tidak terjadi kenaikan suhu dimana akan membuat protein yang ada
dalam daging ayam rusak. Digunakan buffer Tris-PMSF agar berada
pada pH optimumnya dan dalam bentuk es agar berada pada suhu
rendah, yaitu agar enzim tidak bereaksi dengan substrat apapun yang
dikenalinya. Penghalusan daging ayam ini bertujuan untuk
mengeluarkan protein atau ekstraksi protein termasuk LDH yang
berada dalam daging ayam tersebut.
Kemudian setelah melalui proses penghancuran lalu sampel
dimasukan ke tabung sentrifuga untuk dilakukan proses sentrifugasi.
Saat dilakukan proses sentrifugasi harus dipastikan takaran dari tiap-
tiap tabung seimbang agar saat proses sentrifugasi tidak ada tabung
yang pecah atau pun retak karena adanya perbedaan tekanan dalam
alat sentrifugasi. Sentrifugasi ini bertujuan untuk memisahkan antara
pellet dan supernatant yang berkaitan dengan prinsip perbedaan BJ.
Dimana hasil yang akan di dapat pellet pada bagian bawah tabung dan
supernatant berada pada bagian atas. Karena supernatan adalah
substansi hasil sentrifugasi yang memiliki bobot jenis yang lebih
rendah. Posisi dari substansi ini berada pada lapisan atas dan warnanya
lebih jernih. Sementara pelet adalah substansi hasil sentrifugasi yang
memiliki bobot jenis yang lebih tinggi. Posisisnya berada pada bagian
bawah (berupa endapan) dan warnanya lebih keruh.
Lalu setelah disentrifugasi hasilnya difiltrasi dengan kain
penyaring agar kita dapat mengambil supernatantnya, lalu
supernatannya diukur menggunakan gelas ukur dan didapatkan
supernatant sebanyak 11 mL. Filtrasi adalah proses pemisahan dari
campuran berdasarkan ukuran partikelnya. Dimana yang memiliki
ukuran partikel paling besar akan melewati lubang berpori, dan yang
ukuran partikelnya kecil akan tertahan di pori-pori tersebut.
Kemudian supernatant tersebut ditambahan ammonium sulfat
yang sebelumnya sudah dilakukan perhitungan dari supernatant yang
dihasilkan, agar ammonium dapat mempresipitasi supernatant.
Dilakukan didalam gelas kimia yang berisi es agar menjaga enzim
untuk tidak bereaksi. Pengadukan supernatant dan ammonium sulfat
dilakukan perlahan agar tidak terjadi denaturasi LDH pada supernatant
tersebut. Penambahan ammonium sulfat bertujuan untuk mengurangi
jumlah molekul air yang berinteraksi dengan protein karena
ammonium sulfat adalah garam organik yang sangat larut dalam air.
Ketika ammonium sulfat ditambahkan dalam larutan protein akan
mencapai konsentrasi dimana tidak ada lagi molekul air dalam jumlah
cukup untuk mempertahankan protein jenis tertentu dalam keadaan
terlarut, hal ini didukung dengan teori yang disampaikan Mayes, dkk
(1990) yang menyatakan bahwa Kelarutan protein akan berkurang
bila kedalam larutan protein ditambahkan garam- garam anorganik.
Pengendapan terus terjadi karena kemampuan ion garam untuk
menghidrasi, sehingga terjadi kompetisi antara garam anorganik
dengan molekul protein untuk mengikat air. Karena garam anorganik
lebih menarik air maka jumlah air yang tersedia untuk molekul protein
akan berkurang. Setelah itu, protein akan mengendap atau yang biasa
disebut salting out dari larutan.
Supernatant yang telah ditambahkan ammonium sulfat lalu
dimasukan lagi ke tabung sentrifuga untuk disentrifugasi lagi. Dari
hasil sentrifugasi yang kedua, untuk kelompok 1, yang diambil adalah
supernatantnya, sedangkan untuk kelompok 2 yang diambil adalah
pelletnya.
Pertama uji terhadap supertatant, supertatant tidak perlu
diresuspensi karena sudah dalam bentuk cairan. Kemudian digunakan
kolom desalting untuk pemisahan garam dan protein yang ada. Pada
kolom desalting ini garam akan berada pada fasa diam sedangkan
protein akan turun bersama fasa gerak. Protein memiliki molekul yang
besar sehingga tidak terjerap pada fasa diam. Supernatant dimasukkan
ke dalam kolom desalting setelah membuang larutan Tris-PMSF yang
sudah ada sebelumnya pada kolom tersebut. Tris-PMSF ini berguna
untuk menyamakan pH dari supernatant dengan keadaan di dalam
kolom. Setelah itu hasil uji ditampung di dalam beaker glass yang
kemudian hasilnya di ujur jumlahnya dalam mL. Dan didapatkanlah
jumlah protein sebanyak 4 mL.
Uji kedua adalah uji terhadap pellet. Pellet diambil lalu
diresuspensi dengancara ditambahakan Tris-PMSF untuk menjaga pH
dari pellet dan diaduk perlahan-lahan agar bercampur. Hal ini juga
dilakukan agar pellet berada dalam keadaan cair atau terlarut sehingga
lebih memudahkan pada saat melakukan proses pemisahan pada
kolom desalting. Pada tahap pemisahan di kolom desalting, proses
yang dilakukan sama seperti pada uji terhadap supernatant dan
didapatkan perubahan warna pada pada cairan yang awalnya agak
bening menjadi bening keruh kekuningan dan cairan tersebut didapat
sebanyak 4,9 mL.
Kemudian seharusnya dilakukan isolasi LDH dari beberapa
protein yang ada di dalam cairan tersebut dengan cara kromatografi
afinitas. Dimana kromatografi ini memiliki prinsip memisahkan
protein-protein berdasarkan interaksi reversibel antara satu protein
(atau grup protein-protein) dan pasangan ligan spesifik ke matriks
kromatografi. Teknik ini ideal untuk menangkap tahap intermediet
dalam protocol pemurnian dan dapat digunakan kapanpun ligan yang
cocok sesuai untuk ketertarikan dari protein atau protein-protein
tersebut. (Anonim2, 2015)
Kolom yang digunakan untuk isolasi LDH ini adalah kolom
cibacron blue, dimana kolom ini memiliki grup ligan yang menarik
perhatian LDH untuk secara alamiah mengikat ligan-ligan tersebut,
seperti laktat, piruvat, NAD+ , atau NADH. Campuran protein yang
lainnya akan melewati kolom dan LDH yang memiliki afinitas yang
tinggi akan terikat pada kolom cibacron blue. Lalu untuk
mengeluarkan LDH dilakukan dengan cara elusi, yaitu membilas
kolom dengan kelarutan garam dalam konsentrasi yang tinggi yang
akan membiarkan LDH terlepas dari ligannya. Sehingga didapatkan
LDH dari proses yang dinamakan elusi ini.
VII. Kesimpulan
1. Kelompok 1 tidak mengalami perubahan warna pada tahap
apapun, warna yang dihasilkan tetap bening.
2. Kelompok 2 mengalami perubahan warna pada saat penambahan
ammmonium sulfat dan pengadukan dari warna bening menjadi
warna putih, dan pada tahap sentrifugasi kedua menghasilkan
warna supernatant yang berubah menjadi kuning sedangkan
pelletnya menjadi warna merah muda kekuningan.
3. Pada tahap penambahan ammonium sulfat, supernatant yang
dihasilkan kelompok 1 sebanyak 11 mL. Jumlah ammonium sulfat
yang perlu ditambahkan sebanyak 4,29 g.
4. Pada tahap penambahan ammonium sulfat, supernatant yang
dihasilkan kelompok 2 sebanyak 5 mL. Jumlah ammonium sulfat
yang perlu ditambahkan sebanyak 1,95 g.
5. Pada tahap kromatografi menggunakan kolom desalting, kelompok
1 menghasilkan protein sebanyak 4 mL.
6. Pada tahap kromatografi menggunakan kolom desalting, kelompok
1 menghasilkan protein sebanyak 4,9 mL.
DAFTAR PUSTAKA
Mayes, P.A., Granner, D.K., Rodwell, V.W., dan Martin, D.W..1990.Biokimia Harper
Edisi 20.Jakarta: Penerbit Buku Kedokteran EGC
http://pelatihanguru.net/tag/teknik-kromatografi-permeasi-gel-gpc
Pukul 14:32
Anonim1.2015.Lactate Dehidrogenase
http://en.wikipedia.org/wiki/Lactate_dehydrogenase
Pukul 14:17
http://www.med.unc.edu/pharm/sondeklab/Lab
%20Resources/protein_purification_handbooks/Affinity%20chromatography.pdf
Pukul 14:00
http://artikel-teknologi.com/macam-macam-kromatografi/2/
Pukul 13:59