Anda di halaman 1dari 7

1.

a Coupled Transcription and Translation in Prokaryotes

Dalam organisme prokaryotik, translasi dari mRNA dimulai sebelum sintesis


(transkripsi) komplit terselesaikan. Hal ini mungkin terjadi karena molekul mRNA telah
tersintesis dan translasi dari arah 5 ke 3, dan karena tidak ada membran nuleus yang
memisahkan transkripsi dari translasi seperti pada organisme eukariotik. Pasangan antara
transkripsi dan translasi terfasilitasi secara cepat dan efisien, karena gen tersebut diatur
dengan cara turn on dan turn off. O.L Miller, B. A. Hamkalo memiliki teknik transkripsi
dan translasi melalui visualisai dari mikroskop elektron.

Sumber : Snustad dan Simons (2012)

b. Transcriptiom, RNA Proccessing and Transport, Translation in Eukaryotic

Dalam organisme eukariotik transkripsi dan translasi tidak terjadi secara berpasangan,
selama transkripsi terjadi di nukleus dan translasi akan terjadi disitoplasma. mRNA dari
organisme eukariotik berasal dari transkripsi gen primer oleh beberapa tipe proses codon
dan non codon squence (intron) yang lokasinya antara squence coding. Gen transkripsi
secara individu memungkinkan melakukan proses menggunakan 4 tipe proses. Tidak
semua mRNA mengandung 5 cap begitu pula tak semuanya memiliki ekor poli-A (poly-A
tails). Hal tersebut menyulitkan determinasi dari fungsi modifikasi post-transkripsi.

Sebagian RNAs sintesis non ribosomal didalam nukleus dari sel eukariotik terdiri atas
molekul yang sangat besar (10S-200S atau 1000-50.000 panjang nukleotida). RNA ini
dikatakan sebagai RNA nuclear heterogen (hnRNA). hnRNA merupakan molekul pre-
mRNA. Kecepatan proses dari hnRNA raksasa atau pre-mRNA didalam nukleus
mengakibatkan (1) Sintesis non ribosomal RNA menjadi terdegradasi (rata-rata setengah
dari hidupnya atau 30 menit) dan (2) formasi dari molekul RNA yang lebih kecil
ditransport ke sitoplasma. Pre- mRNA disintesis didalam nukleus.
Bukti definitif bahwa pre-mRNA
berproses didalam formasi
mRNAs telah ditemukan bukti
dari -globin merupakan
transkrip gen didalam tikus.
Didalam bukti tersebut 15s
hnRNA (pre-mRNA; 1200-1500
panjang nukleotida) diproses
menjadi 9s (600 panjang
nukleotida) -globin mRNA.
hnRNA atau pre-mRNA
berproses didalam molekul
mRNA yang matang sekarang
dapat digunakan untuk transkripsi
gen eukariotik lain.

Proses tersebut sering


melibatkan eksisi non coding
intervensi squence atau intron
yang lokasinya diantara coding
squence (ekson). mRNAs dari
virus eukariotik terdiri atas leader
squence yang ditranskripsikan
dari DNA squence yang tidak
Inisiasi Translasi dari E.coli berdekatan dengan struktur gen.
Beberapa mRNA mungkin
Sumber : Snustad dan Simons (2012) berbeda dalam squence leader.
Translasi didalam eukariotik
analog dengan translasi yang
berada pada prokariotik kecuali
dalam hal (1) kelompok asam
amino dari tRNA metionil tidak
terbentuk dan (2) beberapa
mRNAs dipelajari untuk melihat
sifat monogenic seperti hanya
satu polipeptida yang ditranslasi
dari mRNA. Dalam prokariotik
mRNAs merupakan poligenik
dimana terdapat dua atau lebih
polipeptida yang berbeda dan
disintesis dari non overlapping
segmen dari mRNA single.

2. Penghapusan urutan intron oleh RNA splicing

Kebanyakan namun tidak semua, genes dari eukariota tingkat tinggi berisi urutan
noncoding intervensi dari intron yang memisahkan urutan coding atau ekson. Sedikit, namun
masih banyak, gen pada eukariota tingkat bawah seperti ragi dan neuspora mengandung
intron noncoding. gen langka dari beberapa virus prokariota, misalnya, T4 pada bakteriofag
E.coli dan bakteriofag SP01 pada Bacillus subtilis, dan dari archebacterium (bakteri primitif)
juga telah ditemukan mengandung intron. Dalam rangkaian ini gen "split" atau "mosaik"
(pengkodean urutan dipisahkan oleh urutan noncoding), transkrip primer mengandung
seluruh urutan gen dan urutan noncoding yang "bersambung" dan keluar selama pemrosesan.
Fag T4 intron tampaknya menjadi pengecualian: bukti menunjukkan bahwa intron ini belum
diketahui bagaimana "lewat" selama proses transkripsi).

mekanisme penyambungan harus sangat tepat, itu harus bergabung urutan ekson
dengan akurasi ke nukleotida tunggal untuk memastikan bahwa kodon di ekson distal ke
intron dibaca dalam kerangka bacaan yang benar. Akurasi untuk tingkat ini membutuhkan
sinyal splicing sangat tepat, mungkin urutan nukleotida dalam intron dan pada persimpangan
ekson-intron. Namun, dalam transkrip primer gen nuklir hewan yang lebih tinggi, urutan
hanya dikembangkan oleh intron yang berbeda adalah urutan dinukleotida pada ujung intron.
Sequneces yang ditampilkan untuk untai DNA yang setara dengan transkrip RNA (T di
tempat U). di samping itu, terdapat sequen konsensus singkat di persimpangan ekson-intron.

Subskrip numerik menunjukkan frekuensi persentase dasar konsensus pada setiap


posisi; dengan demikian 100 subscript menunjukkan bahwa basis selalu hadir pada posisi. N
mengindikasi bahwa salah satu dari empat nukleotida standar dapat hadir pada posisi yang
ditunjukkan. Persimpangan ekson-intron berbeda dalam kasus gen tRNA dan gen struktural
dalam mitokondria dan kloroplas, yang memanfaatkan mekanisme RNA splicing yang
berbeda. Hanya ada satu urutan yang dikembangkan secara singkat dalam intron gen nuklir,
yang disebut "TACTAAC" dan itu sedikit buruk untuk dikembangkan. "TACTAAAC" tidak
menunjukkan preferensi yang kuat baik untuk purin atau pirimidin di setiap lokasi.

Residu adenin terjadi pada posisi enam di kotak TACTAAC b. dikembangkan dan
dikenal untuk memainkan peran kunci dalam reaksi splicing.Sequen sisa intron gen nuklir
yang berbeda sangat tinggi dan memperlihatkan urutan yang sepenhnya acak . Intron gen dari
mitokondria dan kloroplas berisi sequencs pengembang yang berbeda dari gen nuklir

Tiga tipe Perbedaan dari RNA splicing

Penemuan intron noncoding dalam gen stimulat, yang kuat dalam mekanisme (s) dimana
urutan intron dikeluarkan selama ekspresi gen. Demonstrasi awal bahwa urutan intron dalam
gen eukariotik yang ditranskrip bersama dengan urutan ekson, fokus meneliti pada
pengolahan transkrip gen primer. Sama seperti transkripsi in vitro sistem transkripsi yang
instrumental dalam menjelaskan proses-proses tersebut, kunci untuk memecahkan RNA
adalah dengan pengembangan sistem splicing in vitro. Ternyata, ada tiga jenis yang sama
sekali berbeda dari intron pemotong dari transkrip RNA. 3 intron adalah yang paling umum
dan paling penting dalam hal ekspresi gen eukariotik secara keseluruhan.

1. Intron prekursor tRNA yang dipotong oleh belahan endonukleolitik dan reaksi ligasi
yang dikatalisis oleh endonuklease splicing khusus dan proses ligase.
2. Intron dari Tetrahymena rRNA prekursor dikeluarkan secara autocatalitik dalam
reaksi yang unik dimediasi oleh molekul RNA itu sendiri (tidak ada aktivitas protein
enzimatik terlibat)
3. Intron dari pra-mRNA (hnRNA) transkrip nuklir disambung dalam dua langkah reaksi
yang dilakukan oleh partikel ribonukleoprotein kompleks yang disebut "spliceosome"

Mekanisme RNA splicing menjadi fokus penelitian pada saat ini, dan kemungkinan
mekanisme variasi baru dalam penyambungan ini akan ditemukan di masa depan. Banyak
gen mengandung sejumlah besar intron (misalnya, gen 2, kolagen ayam mengandung lebih
dari 50 intron), intron lainnya telah ditemukan untuk menjalani jalur alternatif splicing
mengarah ke mRNA yang menghasilkan protein yang berbeda (yaitu, dengan beberapa yang
umum dan beberapa urutan asam amino yang berbeda). Akhirnya salah satu intron pada gen
sitokrom b mitokondria ragi termasuk bagian dari urutan coding untuk protein, sebuah "RNA
maturase" yang bertanggung jawab untuk pemotongan intron kedua dari transkrip gen . inilah
yang menunjukkan mekanisme yang menarik untuk mengatur ekspresi gen pada tingkat
pengolahan intron. Variasi menarik dalam penggunaan, struktur dan pemotongan urutan
intron di alam, dan struktur intron baru hampir pasti akan ditemukan di masa depan.

3. Prekusor sambungan tRNA : nuclease khas dan ligase

Reaksi penyambungan prekusor tRNA telah diteliti dengan detail pada ragi
saccharomyces cerevisiae. Antara sistem sambungan secara invitro dan penyambungan mutan
yang sensitive terhadap suhu telah digunakan pada pembedahan dalam mekanisme
penyambungan tRNA pada saccharomyces cerevisiae. Pemotongan intron dari prekusor
tRNA yeast tampak pada dua fase.Pertama ikatan membrane inti sambungan endonuclease
membuatdua potongan tepatnya diujungintron. Kemudian set yang cukup kompleks dari
reaksinya, sebuah sambungan ligase bergabung dengan dua katup tRNA membentuk
bentukan matang dari molekul DNA. Keshususan dari reaksi ini beradadifitur strukturaltiga
dimensitetap dariprekursortRNA, bukan pada sekuen nukleotid.

Pembelahan pada prekusor tRNA menghasilkan ujung terminal 5OH dan 2-3
kelompok siklik fosfat pada ujung terminal 3. Fase 2 proses ligase sebenarnya melibatkan 4
reaksi terpisah 1) reaksi pertama adalah penambahan anggota gugus fosfat pada terminus
5OH, reaksi ini memperlukan aktivitas kinase dan donor fosfat (ATP) (2) kemudian , 5
anggota fosfat diaktifasi oleh transfer anggota AMP pada ujung terminaldari intermediet
AMP ligase (3) 2 dan 3 fosfat siklik dibuka oleh aktivitas fosfatdieterase siklik yang
memproduksi 2 fosfat dan 3hidroksil bebas (4) reaksi ligase akhir tampak melalui gangguan
nukleofilikdari3'OHBebaspada bagian dalam5'fosfat dengan keluarnyaAMP. Keseluruhan
dari keempat reaksi tersebut dikatalis oleh sambungan ligase.Akhirnya, anggota 2fosfat
dihapus oleh aktivitas fosfatase menghasilkan molekul tRNA yang matang.

Keseluruhan dari dua tahapan model dari potongan intron tRNA tampaknya terjadi
pada organisme lain juga. Faktanya mekanismenya mungkin terlibat dalam reaksi yang sama
pada tumbuhan. Bagaimanapun pada mamalia reaksi tersebut tidak sama. Penyambungan
masih tampak pada dua tahap tetapi reaksi ligase tampak secara langsung bergabung dengan
siklik fosfat terminus 2-3 ke terminus 5OH. Proses detail dari penyambungan prekusor
tRNA pada sel amamlia belum secara jelas diteliti pada yeast.

Splicing autokatalitik dari Tetrahymena rRNA prekursor

Metabolisme terjadi melalui urutan enzim umumnya protein, meskipun


heteromultimeric yang kadang-kadang kompleks, yang kadang-kadang memerlukan kofaktor
non protein untuk menjalankan fungsi nya. Selain itu, splicing diri seperti autokatalitik telah
terbukti terjadi pada prekursor RNA dari beberapa eukariota lebih rendah dan dalam jumlah
besar rRNA, tRNA, dan mRNA percusor di mitchocondria dan kloroplas banyak spesises
berbeda.
autokatalitik dari intron dalam rRNA prekursor di tidak memerlukan sumber energi
eksternal dan tidak ada protein. sebaliknya, melibatkan serangkaian transfer ikatan
fosfodiester, tanpa ikatan hilang atau diperoleh inthe proses. Reaksi membutuhkan nukleosida
guanin atau nukleotida dengan 3OH.sebagai kofaktor ditambah kation monovalen dan kation
divalen. struktur intron itu sendiri. sirkulasi autokatalitik dari intron yang dipotong
menunjukkan bahwa splicing diri dari molekul RNA prekursor ini. struktur sekunder te RNA
splicing diri ini harus membawa grup reaktif dalam penjajaran dekat untuk memungkinkan
transfer obligasi photosfer berpotensi reaksi reversibel, degradasi cepat dari intron dipotong
kemudian RNA disambung ke sitoplasma yang dapat mendorong splicing dalam arah maju.

Jadi prekursor RNA mampu membentuk pusat aktif di mana guanosin 3-OH kofaktor
mengikat, sehingga situs katalitik tidak dibatasi untuk protein, tetapi juga mencatat bahwa
tidak ada aktivitas katalitik trans enzim, hanya aktivitas katalitik cis.

Pre Mrna splicing: snRNPs, snRNPS, dan spliceosome.

Perkusor mRNA nuklir dipotong dalam dua langkah seperti intron dalam ragi pra-
tRNA dan Tetrahymena pra-rRNA dibahas dalam dua bagian sebelumnya. namun intron tidak
dipotong oleh nucleases splicing sederhana dan ligases atau autocatality. sebaliknya, nuklir
pre-mRNA splicing dilakukan oleh molekul RNA kompleks yang disebut snRNPs dan
mengatur protein yang masih tidak didefinisikan sepenuhnya. dua langkah dalam mRNA
splicing pra nuklir namun diketahui beberapa rincian dari proses penyambungan masih belum
pasti.

Sumber : Snustad dan Simons (2012)


Karakterisasi snRNPS telah difasilitasi
oleh penemuan bahwa beberapa pasien
dengan penyakit yang disebut systemic
lupus erythematosus menghasilkan
antibodi yang bereaksi dengan protein
snRNP. Antibodi ini karena mereka
bereaksi dengan protein pasien
sendiri.biasanya antibodi hanya dapat
digunakan untuk snRNPS berpartisipasi
untuk studi struktural dan fungsional.

snRNPs U1, U2, dan U5, yang


hadir ada partikel snRNP ada yang
berbeda, masing-masing yang berisi satu
snRNA partikel yang masing-masing
berisi satu snRNA. snRNPs U4 dan U6
berisi dua wilayah yang saling
melengkapi antarmolekul yang mungkin
adalah pasangan basa di U6 / U4 snRNP
Masing-masing dari empat jenis snRNP
partikel berisi subset dari tujuh protein
snRNP baik ditandai ditambah satu atau
protein lebih unik dengan jenis tertentu
dari snRNP partikel.