Anda di halaman 1dari 6

Rolling Circle

Fage X174 dan Replikasi Rolling Circle


Bakteriofage X174 adalah wakil dari sekelompok virus kecil (baik bakterial
maupun eukariotik) yang menyimpan informasi genetik dalam molekul DNA yang
bundar (circular) berstrand tunggal. Di saat virus ini menginfeksi sel induk E. coli pada
X174, DNA viral berstrand tunggal (disebut strand positif) akan dirubah ke dalam
bentuk double helix (diistilahkan format replikasi/RF) melalui sintesa strand negatif
tambahan (komplemen).
RF parental berstrand ganda ini kemudian akan bereplikasi beberapa kali hingga
menghasilkan sebuah populasi yang terdiri dari molekul RF progeny (strand double)
yang pada saatnya akan bereplikasi secara asimetris untuk menghasilkan strand (+) viral
progeny dalam jumlah besar. Strand viral progeny lalu akan bergabung dengan mantel
protein untuk menutup satu siklus reproduksi yang komplit. Replikasi dari kromosom
X174 lalu dipilah menjadi tiga bagian: (1) parental strand + parental RF, (2) parental
RF progeny RFs dan CS/progeny RFs progeny strand (+). Dalam dua tahapan
terakhir, akan terjadi sintesis DNA lewat mekanisme yang berbeda yang disebut
lingkaran berputar (selanjutnya diistilahkan dengan rolling circle).
Perangkat replikasi rolling circle kebanyakan sama dengan perangkat replikasi
seperti yang sudah dibicarakan sebelumnya, yaitu struktur , eye, dan Y umum dalam
jumlah yang lebih banyak. Dalam hal ini, struktur replikatifnya adalah molekul DNA
bulat dengan ekor strand tunggal.
Replikasi rolling circle diawali dengan aktivitas endonuklease dengan
rangkaian khusus (sequence specific) pada fage X174 di mana gen protein memecah
strand positif milik parental RF pada asal replikasi. Aktivitas endonuklease ini terjadi
pada lokasi tertentu (site specific); memotong kromosom X174 pada satu lokasi saja,
yaitu asal replikasinya. Proses ini menghasilkan termini 3 OH dan 5 fosfat di lokasi
pemotongan pada strand (+)nya; sedangkan strand (-) tetap tak terputus. Ujung 5 strand
(+) tak terluka dan terkelupas saat strand (-) memutari sumbunya (oleh sebab itu disebut
rolling cirle, mengakibatkan strand ini memiliki ekor. Seperti yang diutarakan sejak
awal oleh W.Gilbert dan D. Dressler, model rolling circle pada replikasi DNA
membutuhkan enzim khusus yang disebut transferase yang mengikat ujung tepian
strand (+) dengan lokasi khusus dalam membran selnya. Meskipun banyak jika tidak
semua, kromosom yang bereplikasi terikat ke membran, hanya sedikit info yang
diketahui mengenai sifat alami dari ikatan semacam ini. Banyak kasus yang menganggap
ikatan membran semacam ini bukanlah perangkat esensial dari replikasi rolling circle,
karena pada saat lingkaran berputar dan ujung tepi 5 berpindah, polymerase DNA
mengkatalisasi ekstensi kovalen pada ujung tepi (3-OH) yang lainnya.
Saat proses replikasi parental RF menjadi progeny RF berlangsung, strand
positiflah yang dipakai sebagai template untuk sistesis berulang tanpa putus (diskontinyu)
dari strand negatif tambahannya. Pada beberapa kasus, sintesa dari strand tambahan
terjadi secara diskontinyu pada ekor strand tunggal sebelum sintesa pada strand pertama
komplit. Dalam kasus semacam ini, akan dihasilkan ekor berstrand ganda. Pergantian
proses sintesis DNA RF dengan strand ganda menjadi sintesis DNA viral (+) dengan
strand tunggal terjadi saat ada protein tertentu di dalam mantel protein sedang diproduksi
di dalam sel. Replikasi rolling circle terus berlangsung, namun pada saat strand viral
berganti tempat, mantel protein akan mengikatnya dan mencegah terjadinya sintesis pada
strand (-) tambahannya.
Fage X174 dari gen protein A adalah protein kunci dalam proses replikasi
X174. Ia memiliki banyak perangkat aktivitas. (1) gen protein A mempunyai aktivitas
endonuklease pada lokasi khusus (site specific) yang bisa memecah strand (+) pada
daerah asalnya. (2) gen protein A kemudian mampu mempertahankan energi dari pecahan
ikatan fosfodiester dalam bentuk ikatan kovalen pada terminus 5 fosforil itu sendiri. (3)
gen protein A terus mengikat ujung terminus 5 pada strand (+)-nya dan juga pada
garpu replikasi yang melintasi perputaran template dari strand (-). (4) ketika strand (+)
mulai disintesiskan, gen protein A memecah dan membentuk asal baru, ligasi termini 3
hidroxil dan 5 fosforil, dan sekali lagi akan terikat secara kovalen kepada 5 terminus
strand positif yang baru dihasilkan. Daur aktivitas gen protein A ini akan terus berulang
sampai sebuah populasi progeny RFs (tahap II) atau progeny strand (+) (tahap III) akan
diproduksi.
Bukti terjadinya replikasi rolling circle ditemukan pada (1) DNA virus berstrand
tunggal seperti pada X174, (2) replikasi yang dikaitkan dengan transfer kromosom
selama proses perkawinan (konjugasi) dalam bakter, dan (3) replikasi molekul DNA
ekstrakromosomal berukuran kecil yang membawa kumpulan (cluster) gen rRNA saat
oogenesis pada amfibi.
Penjelasan Gambar 5.32
Tahapan replikasi DNA berstrand tunggal milik bakteriofage X174. (gambar
atas a-e). Tahap I adalah konversi dari kromosom berstrand tunggal (a) menjadi bentuk
replikatif parental (RF) berstrand dobel (e), (b) sintesis dari strand (-) tambahan
(komplemen) yang diawali dengan proses sintesis RNA primer yang berukuran pendek.
Reaksi ini dikatalisasi oleh primase dan memerlukan aktivitas setidaknya dari 6 macam
protein utama; kompleks protein semacam ini biasanya disebut primosome (c)
selanjutnya, DNA polimerase III akan mengkatalis tambahan kovalen dari
deosiribonukleus pada ujung tepi 3 milik RNA primer. Sintesis dari strand (-) tambahan

kemudian akan terjadi tanpa putus sampai template strand (+)-nya kehilangan energi.
Primosome akan terbentuk dan berkeliling memutari strand template, berhenti sebentar
untuk memulai proses sintesis pada setiap fragmen Okazaki yang baru terbentuk. (d)
eksisi dari RNA primer dan pengisian celah kosong akan dikatalisir oleh DNA
polimerase I. Polinukleotida (DNA ligasi) lalu mengkatalisasi formasi ikatan kovalen
antara 3-OH dan grup 3-PO4 untuk menghasilkan parental RF berstrand ganda (e) pusat
e-1.
Tahap II : replikasi rolling circle dari parental RF (e) memproduksi populasi
progeny RFs (1) (f) strand (+) dari parental RF terpotong di daerah asal lewat aktivitas
endonuklease di lokasi tertentu (site specific)/nikase pada gen protein A milik X174.
Gen tersebut akan memotong parental RF hanya pada daerah asal; tidak akan memotong
molekul DNA sama sekali. (f-h) sepanjang proses pemotongan ini, gen protein A akan
uterikat secara kovalen dengan kelompok 5 fosforil pada strand (+). Akan terus terikat
pada terminus 5 sampai progeny strand (+) yang komplit berhasil disintesiskan. Ujung 5
dari strand (+) akan dilepaskan dari strand (-) lalu ditambahkan deosiribonukleus pada
ujung bebas 3 OH saat lingkaran {dijaga lewat ikatan strand (-) memutari sumbunya (g-
h)}. Gen protein A terus terikat saat garpu replikasi berputar mengelilingi strand (-).
Sekali saja strand (+) asal berhasil disintesiskan, gen protein A akan memecah daerah asal
dan melakukan ligasi simultan pada termini 3 dan 5untuk menghasilkan strand (+)
melingkar tertutup yang kovalen. (i-i) sintesis dari strand negatif tambahan kemudian
berlangsung terus menerus seperti pada tahapan I memakai strand (+) sebagai template.
Fragmen Okazaki mulai terjadi, diawali oleh RNA primer pada tahapan ini juga, namun
RNA primer tak terlihat di dalam diagram (i-f-l) parental RF terus bereplikasi lewat
model rolling circle sampai terbentuk sebuah populasi berisi 60 progeny RFs (bawah, j-q)
Tahapan III : sintesis dari kromosom progeny ber-strand tunggal, (j-p) replikasi
rolling circle dari progeny RFs terjadi hanya untuk parental RFs dalam tahapan II, hanya
saja strand (-) tidak disintesiskan, sedangkan strand (+) akan dimasukkan ke dalam
progeny virion (n-p) Perpindahan dari sintesis RF (tahap II) menjadi sintesis progeny
strand (+) (tahap III) hasil dari pengikatan sintesa mantel protein viral baru dengan strand
(+), mencegah untuk dijadikan template untuk sintesa strand (-). (q) proses pematangan
(maturasi) dari progeny virion menjadi penutup daur hidup komplit fage X174. Kurang
lebih ada 500 progeny virion yang diproduksi untuk setiap sel yang terinfeksi.
Tahap sintesis untaian DNA

Gambar 5.33
Mikrograf elektron dari sebuah proses rolling circle saat terjadi replikasi DNA
bakteriofage X174. Sel berstrand tunggal terlihat berjalan melebar dari strand dobel,
dalam bentuk replikasi melingkar. (Diambil dari K.Kpths dan D.Dressler, Proc. Natl.
Acad. Sci. 75; 605, 1978).
Pertanyaan:
1. Kapan dimulainya rolling-circle replication?
Dimulainya rolling circle replication adalah saat enzim endonuclease memotong
untai parental positif pada sisi spesifik. Untai DNA ini kemudian menjadi
template untuk replikasi untai negative dibantu oleh untai RNA primer. Untai
negative akan menjadi untai anakan. Untai positif akan terlepas dari untai
negative dan akan melanjutkan proses rolling circle replication kembali untuk
membuat untai anakan.
2. Sebutkan tiga tahap utama proses rolling circle replication!
1. Tahap pembentukan molekul RF induk
2. Tahap pembentukan RF anakan
3. Tahap sintesis untaian DNA