Anda di halaman 1dari 56

BAB I

PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Keanekaragaman hayati merupakan aset dan kekayaan intelektual ciptaan
Tuhan yang perlu dipertahankan dan dieksplor potensinya. Selain itu Indonesia
yang merupakan negara biodiversitas kedua di dunia, menjadikan Indonesia negara
yang makmur serta memiliki potensi mendatangkan pendapatan nasional untuk
meningkatkan pertumbuhan ekonomi Indonesia. Kekayaan alam tersebut melimpah,
namun hanya sebagian kecil saja yang sudah dimanfaatkan. Kekayaan sumber daya
genetik dan keanekaragaman hayati melimpah tersebut tersebar di seluruh wilayah
Indonesia, salah satunya adalah di Taman Nasional Alas Purwo.
Taman Nasional Alas Purwo merupakan kawasan hutan lindung dan suaka
margasatwa yang terletak di ujung timur pulau jawa, lebih tepatnya di Kabupaten
Banyuwangi, Jawa Timur. Nama Alas Purwo sendiri berasal dari gabungan 2 suku
kata yaitu Alas yang berarti hutan dan Purwo yang berarti awal, sehingga Alas
Purwo ini memiliki arti hutan yang awal atau hutan pertama. Hal ini dikarenakan
menurut masyarakat lokal, hutan Alas Purwo ini dipercaya sebagai hutan tertua yang
ada di pulau jawa.Taman Nasional Alas Purwo secara resmi dijadikan kawasan hutan
lindung dan suaka margasatwa oleh Kementrian Kehutanan sejak tahun 1992 melalui
SK Menteri Kehutanan No. 283/Kpts-II/92 ini merupakan perwakilan tipe ekosistem
hutan hujan dataran rendah yang berada di Pulau Jawa.
Berada di ketinggian 322 meter di atas permukaan laut, Ketinggiannya berada
pada kisaran 0-322 meter di atas permukaan laut (dpl) dengan hutan seluas 43.420
hektar yang memiliki topografi datar, bergelombang ringan, dengan puncak tertinggi
di Gunung Lingga Manis (322 meter dpl) ini menjadi lokasi yang tepat sebagai
ekosistem hutan hujan yang ada di Pulau Jawa. Hutan yang ada pun beragam seperti
hutan bambu, hutan pantai, hutan bakau, hutan tanaman, hutan alam serta padang
penggembalaan.
Taman Nasional Alas Purwo merupakan kawasan hutan yang mempunyai
berbagai macam tipe ekosistem yang tergolong utuh di Pulau Jawa. Ekosistem yang
dimiliki mulai dari pantai (hutan pantai) sampai hutan hujan dataran rendah, hutan
mangrove, hutan bambu, savana dan hutan tanaman. Dari berbagai vegetasi hutan
tersebut, penelitian tentang mikrobiologi sudah banyak dilakukan namun terdapat
salah satu objek penelitian mikrobiologi yang masih jarang dieksplorasi yaitu
kelompok mikroba Actinomycetes. Sedangkan Actinomycetes sendiri memiliki
banyak aplikasi salah satunya adalah kelompok penghasil antibiotik terbanyak dan
merupakan indikator dari kesuburan tanah.
Indonesia merupakan salah satu negara tropis dengan biodiversitas tinggi di
dunia, termasuk mikroorganisme khusunya Actinomycetes ( Lisdiyanti et al. 2010 ;
Otoguro et al. 2010 ). Sebanyak 57 genus Actinomycetes diperoleh dari sampel tanah
33 genus Actinomycetes diperoleh dari sampel sersah.Eksplorasi Actinomycetes di
Indonesia menghasilkan rata-rata jenis baru sebesar 23% dari total isolat yang
dikoleksi (Widyastuti & Ando. 2009). Actinomycetes merupakan mikroorganisme
paling banyak menghasilkan senyawa antibiotik atau antimikroba dibandingkan
dengan mikroorganisme lain ataupun sumber alami lain termasuk hewan dan
tumbuhan. Sampai saat ini telah banyak penelitian dan penemuan antimikroba yang
berasal dari Actinomycetes diselutuh dunia ( Lechevalier 1992; Renu et al. 2009 ).

1.2 Perumusan Masalah


Berdasarkan latar belakang diatas , perumusan masalah yang dibahas adalah:
1. Jenis-jenis Actinomycetes apa saja yang dapat diisolasi dari sampel tanah
vegetasi Hutan Pantai , Hutan Mangrove , Hutan Bambu, dan Hutan
Tanaman Taman Nasional Alas Purwo ?
2. Bagaimana distribusi dan keanekaragaman Actinomycetes yang dapat
diisolasi dari sampel tanah vegetasi Hutan Pantai , Hutan Mangrove , Hutan
Bambu,dan Hutan Tanaman Taman Nasional Alas Purwo ?

1.3 Asumsi Penelitian


Asumsi dari penelitian ini adalah semakin luas distribusi dan keanekaragaman
Actinomycetes yang dapat diisolasi dari sampel tanah vegetasi Hutan Pantai ,
Hutan Mangrove , Hutan Bambu,dan Hutan Tanaman Taman Nasional Alas
Purwo dapat mengindikasi bahwa tanah yang berada pada vegetasi tersebut subur.
1.4 Hipotesis Penelitian
1.4.1.Hipotesis Kerja
Jika distribusi dan keanekaragaman Actinomycetes melimpah, maka
ekosistem tiap hutan dapat dikatakan memiliki tanah yang subur.

1.5 Tujuan Penelitian


Tujuan dari penelitian ini adalah :
1. Mengetahui jenis-jenis Actinomycetes apa saja yang dapat diisolasi dari sampel
tanah vegetasi Hutan Pantai , Hutan Mangrove , Hutan Bambu,dan Hutan Tanaman
Taman Nasional Alas Purwo.
2. Mengetahui distribusi dan keanekaragaman Actinomycetes yang dapat diisolasi
dari sampel tanah vegetasi Hutan Pantai , Hutan Mangrove , Hutan Bambu,dan Hutan
Tanaman Taman Nasional Alas Purwo.

1.4. Manfaat
Dari hasil penelitian ini, diharapkan dapat bermanfaat untuk :
1. Memberikan wawasan, pengetahuan, dan informasi tentang potensi Actinomycetes
yang melimpah di tanah.
2. Mendorong motivasi bagi pembaca maupun peneliti lain agar memanfaatkan
potensi kekayaan alam hayati Indonesia di bidang mikrobiologi terutama
tentang Actinomycetes.
3. Penelitian ini selanjutnya dapat digunakan sebagai bahan studi perbandingan untuk
penelitian berikutnya.

BAB II
TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Taman Nasional Alas Purwo


Taman Nasional Alas Purwo merupakan kawasan hutan lindung dan suaka
margasatwa yang terletak di ujung timur pulau jawa, lebih tepatnya di Kabupaten
Banyuwangi, Jawa Timur. Nama Alas Purwo sendiri berasal dari gabungan 2 suku
kata yaitu Alas yang berarti hutan dan Purwo yang berarti awal, sehingga Alas
Purwo ini memiliki arti hutan yang awal atau hutan pertama. Hal ini dikarenakan
menurut masyarakat lokal, hutan Alas Purwo ini dipercaya sebagai hutan tertua yang
ada di pulau jawa.Taman Nasional Alas Purwo secara resmi dijadikan kawasan hutan
lindung dan suaka margasatwa oleh Kementrian Kehutanan sejak tahun 1992 melalui
SK Menteri Kehutanan No. 283/Kpts-II/92 ini merupakan perwakilan tipe ekosistem
hutan hujan dataran rendah yang berada di Pulau Jawa.
Berada di ketinggian 322 meter di atas permukaan laut, Ketinggiannya berada
pada kisaran 0-322 meter di atas permukaan laut (dpl) dengan hutan seluas 43.420
hektar yang memiliki topografi datar, bergelombang ringan, dengan puncak tertinggi
di Gunung Lingga Manis (322 meter dpl) ini menjadi lokasi yang tepat sebagai
ekosistem hutan hujan yang ada di Pulau Jawa. Hutan yang ada pun beragam seperti
hutan bambu, hutan pantai, hutan bakau, hutan tanaman, hutan alam serta padang
penggembalaan.Taman Nasional Alas Purwo, sebagaimana diamanatkan dalam
Undang-Undang Nomor 5 tahun 1990 tentang Konservasi Sumberdaya Alam Hayati
dan Ekosistemnya mempunyai tiga fungsi pokok, yaitu
1. Perlindungan proses ekologis sistem penyangga kehidupan.

2. Pengawetan keanekaragaman tumbuhan dan satwa beserta ekosistemnya.

3. Pemanfaatan secara lestari sumberdaya alam hayati dan ekosistemnya dalam


bentuk penelitian, ilmu pengetahuan, pendidikan, penunjang budidaya, dan pariwisata
alam

Keanekaragaman jenis flora darat di kawasan Taman Nasional Alas Purwo


termasuk tinggi. Diketahui lebih dari 700 jenis tumbuhan mulai dari tingkat
tumbuhan bawah sampai tumbuhan tingkat pohon dari berbagai tipe/formasi vegetasi.
Tumbuhan khas dan endemik pada taman nasional ini yaitu sawo kecik (Manilkara
kauki). Selain itu tumbuhan yang sering dijumpai yaitu ketapang (Terminalia catapa),
nyamplung (Calophyllum inophyllum), kepuh (Sterculia foetida), keben
(Barringtonia asiatica), dan 10 jenis bambu.Disamping kaya akan jenis-jenis flora,
Taman Nasional Alas Purwo juga kaya akan jenis-jenis fauna daratan, baik kelas
mamalia, aves dan herpetofauna (reptil dan amfibi).

Ditemukan 50 jenis mamalia di Taman Nasional Alas Purwo. Beberapa jenis


mamalia yang dijumpai di kawasan TNAP yaitu banteng (Bos javanicus), rusa
(Cervus timorensis), ajag (Cuon alpinus), babi hutan (Sus scrofa), kijang (Muntiacus
muntjak), macan tutul (Panthera pardus), lutung (Tracypithecus auratus), monyet
ekor panjang (Macaca fascicularis) jelarang (Ratufa bicolor), rase (Vivericula
indica), linsang (Prionodon linsang), luwak (Paradoxurus hermaprhoditus),
garangan (Herpestes javanicus) dan kucing hutan (Felis bengalensis).

Untuk aves ditemukan 302 jenis burung. Beberapa jenis burung yang mudah
dilihat diantaranya Elang laut perut putih (Haliaeetus leucogaster), Elang ular bido
(Spilornis cheela), ayam hutan hijau (Galus varius), ayam hutan merah (Gallus
gallus), kuntul kecil (Egreta garzeta), mentok rimba (Cairina scutulata), rangkong
badak (Buceros rhinoceros), merak hijau (Pavo muticus), dara laut jambul (Sterna
bergii) dan cekakak jawa (Halcyon cyanoventris).

Herpetofauna terdiri dari kelas amfibi dan reptil. Sampai saat ini tercatat
ditemukan 63 jenis herpetofauna yang terdiri 15 jenis amfibi dan 48 jenis reptil.
Diantara jenis yang ditemukan terdapat 6 jenis reptil yang dilindungi yaitu penyu
lekang/ abu-abu (Lepidochelys olivacea), penyu hijau (Chelonia mydas), penyu sisik
(Eretmochelys imbricata), penyu belimbing (Dermochelys coriacea), biawak abu-abu
(Varanus nebulosus) dan ular sanca bodo (Python molurus).

Taman Nasional Alas Purwo merupakan kawasan hutan yang mempunyai


berbagai macam tipe ekosistem yang tergolong utuh di Pulau Jawa. Ekosistem yang
dimiliki mulai dari pantai (hutan pantai) sampai hutan hujan dataran rendah, hutan
mangrove, hutan bambu, savana dan hutan tanaman, dapat dijelaskan sebagai berikut:
1.Tipe Vegetasi Hutan Pantai
Formasi vegetasi pantai terdapat di bagian selatan dan bagian utara. Pada
bagian selatan membentang dari arah Grajagan (Segoro Anak) sampai Plengkung
dengan panjang bentangan sekitar 30 Km dan Plengkung Tanjung Slakah dengan
panjang bentang sekitar 50 Km. Sedangkan bagian utara membentang dari Tanjung
Sembulungan sampai Tanjung Slakah dengan panjang sekitar 40 Km dan lebar rata-
rata vegetasinya dari pantai ke daratan (ke arah atas) sekitar 250 300 m. Jenis
tanaman yang mendominasi formasi hutan pantai adalah ketapang (Terminalia
catapa), sawo kecik (Manilkara kauki), waru laut (Hisbiscus sp.), keben (Baringtonia
asiatica) dan nyamplung (Calophyllum inophyllum).
2.Tipe Vegetasi Hutan Mangrove
Formasi Mangrove di kawasan Taman Nasional Alas Purwo sebagian besar
terdapat di sepanjang Sungai Segoro Anak, terdapat di beberapa Blok Hutan seperti
Blok Pondok Welit, Teluk Pangpang dan Perpat. Dari hasil identifikasi yang
dilakukan oleh Taman Nasional Alas Purwo, di temukan tidak kurang dari 26 jenis
mangrove yang sebagian besar didominasi oleh beberapa jenis mangrove
seperti Rhizophora apiculata, Rhizophora mucronata, Bruguiera gymnorhyza,
Avicennia marina, Xylocarpus granatum, Sonneratia alba, danSonneratia caseolaris.
3.Tipe Vegetasi Hutan Dataran Rendah
Formasi vegetasi hutan alam yang ada di Taman Nasional Alas Purwo
sebagian besar terdapat pada zona inti, yaitu kawasan bagian timur dan sebagian kecil
pada zona rimba yang terletak di bagian selatan timur kawasan dan tengah kawasan
(sebelah timur zona penyangga).Jenis-jenis vegetasi pohon dominan di formasi
vegetasi ini antara lain: kepuh (Sterculia foetida), bendo (Artocarpus elastica),
kedawung (Parkia roxburghii), kemiri (Aleurites moluccana), beringin (Ficus
benjamina), kedondong hutan (Spondias pinnata).
4.Tipe Vegetasi Hutan Bambu
Hutan bambu di Taman Nasional Alas Purwo merupakan ekosistem yang
mendominasi kawasan. Dominansi bambu pada tipe ekosistem hutan hujan dataran
rendah ini tidaklah mengherankan karena bambu merupakan salah satu jenis
tumbuhan yang mencirikan kawasan karst. Perakaran bambu yang bersifat oksidatif
sangat cocok tumbuh di kawasan TN Alas Purwo yang sebagaian besar kawasannya
merupakan kawasan karst dengan topografi landai hingga terjal. Penyebaran hutan
bambu di kawasan hampir di seluruh kawasan terutama di sepanjang tepi kawasan
taman nasional dan mengelompok di bagian tengah kawasan yang merupakan zona
inti.
Ditemukan paling tidak 10 (sepuluh) jenis bambu, yaitu bambu ampel
(Bambusa vulgaris), bambu wuluh (Schizostrachyum iraten), bambu rampal
(Schizostrachyum zollingeri), bambu apus (Gigantochloa apus), bambu gesing
(Bambusa spinosa), bambu jajang (Gigantochloa hasskarliana), bambu jalar
(Dinochloa sp ), bambu jawa (Gigantochloa atter), bambu ori (Bambusa
arundinacea), pring manggong (Bambusa jacobsii). Diantara 10 jenis tersebut 2 jenis
diantaranya merupakan jenis endemik, yaitu Pring Manggong (Bambusa jacobsii)
endemik TN Alas Purwo dan Bambu Jalar (Dinochloa matmat) yang merupakan
endemik Pulau Jawa.
5. Tipe Vegetasi Hutan Tanaman
Formasi hutan tanaman yang ada di Taman Nasional Alas Purwo terdiri dari
hutan tanaman jati (Tectona grandis), kesambi (Schleichera oleosa), mahoni
(Swietenia macrophylla), johar (Casia siamea), legaran (Alstonia villosa), akasia
(Acacia auriculiformis) dan sonokeling (Dalbergia latifolia). Hutan tanaman yang
ada merupakan bekas hutan tanaman milik Perhutani yang sekarang menjadi bagian
dari kawasan. Hutan Tanaman tersebar di beberapa blok diantaranya Blok Buyukan
sampai Bedul dengan jenis tanaman mahoni, pada Blok Kucur dan Curah Jero.
6. Tipe Vegetasi Savana
Formasi savana terdapat di padang pengembalaan Sadengan. Walaupun
padang pengembalaan Sadengan dibuat oleh manusia (padang pengembalaan
sekunder), namun keberadaannya menjadi sangat penting karena merupakan habitat
bagi mamalia besar seperti banteng (Bos javanicus), kijang (Muntiacus muntjak) dan
rusa (Cervus timorensis). Sadengan dibuka sebagai feeding ground seluas 80 Ha
tahun 1978. Setelah dilakukan pembukaan hutan kemudian mulai ditanami jenis-jenis
rumput seperti rumput balung (Arudinella setosa), Dischantium caricosum, lamuran
(Polytrias amaura) dan merakan (Heteropgon contortus).

2.2 Klasifikasi dan Karakteristik Actinomycetes


Actinomycetes termasuk kelas Schizomycetes, ordo Actinomycetales yang
dikelompokkan menjadi empat familia, yaitu: Mycobacteriaceae, Actinomycetaeceae,
Streptomyceae, dan Actinoplanaceae. Genus yang paling banyak dijumpai adalah
Streptomyces (hampir 70%), Nocardia, dan Micronospora. Koloni Actinomycetes
muncul perlahan, menunjukkan konsistensi berbubuk dan melekat erat pada
permukaaan media. Pengamatan di bawah mikroskop menunjukkan adanya miselium
ramping bersel satu yang bercabang membentuk spora aseksual untuk perkembang
biakannya (Lechevalier dan Lechevalier dalam Nonomura dan Ohara, 1971).
Beberapa genus yang penting dari Actinomycetes adalah:
1. Streptomyces
Streptomyces adalah genus bakteri gram positif yang tumbuh di berbagai
lingkungan, dan bentuknya menyerupai jamur berfilamen. Diferensiasi morfologi
Streptomyces melibatkan pembentukan lapisan hifa yang dapat berdiferensiasi
menjadi rantai spora. Memiliki kemampuan untuk menghasilkan metabolit sekunder
bioaktif, seperti anti jamur, antivirus, anti tumor, anti hipertensi, imunosupresan, dan
terutama antibiotik. Pada tahap awal kehidupannya di medium padat, Streptomyces
tumbuh sebagai cabang, miselium substrat dengan banyak inti utamanya dengan
pemanjangan dinding sel pada ujung hifa. Saat bagian yang lebih tua dari miselium
memproduksi miselium aerial, kebanyakan sel miselium substrat mati karena lisis
apoptosis dari protein, lipid, dan karbohidrat untuk memasok untuk pertumbuhan hifa
aerial. Septa kemudian dibentuk pada interval tertentu sepanjang hifa untuk
memproduksi kompartemen uninukleoid, masing-masing berkembang menjadi spora,
sehingga mengakibatkan formasi spora yang berantai. Morfogenesis yang kompleks
dari Streptomyces membuat genus ini menjadi model organisme untuk mempelajari
mekanisme molekular dari differensiasi multiselular pada prokariota. Sebagai
tambahan dari karakteristik morfogenesis, Streptomyces juga dikarakterisasi dengan
kemampuannya untuk memproduksi bermacam-macam metabolit sekunder, seperti
antibiotik, immunosurpresan, dan substansi biologi aktif lain. Sebagai contoh, satu
spesies dari Streptomyces griseus diketahui tidak hanya memproduksi streptomisin
tetapi juga sekitar 180 hasil metabolit sekunder lain (Liu, 2010). Daur hidup
Streptomyces dapat dilihat pada Gambar 2.1.

Gambar 2.1. Daur Hidup Streptomyces (Liu, 2010)


2. Frankia
Frankia adalah genus dari kelompok bakteri actinomycetes disebut bakteri
berfilamen yang terkenal akan produksi mereka spora di bawa udara. Spesies Frankia
memiliki waktu generasi yang cukup lama, dan membutuhkan media khusus,
menunjukkan bahwa mereka adalah simbion khusus. Mereka bersimbiosis dengan
tanaman membentuk bintil akar pengikat nitrogen (disebut actinorhizae) dengan
beberapa tanaman berkayu dari famili yang berbeda, seperti Alder, Seabuckthorn
(Hippophaerhamnoides, yang umum dalam lingkungan pasir Dune) dan Casuarina
(genus pohon di Mediterania) (Ochei, 2000). Penampakan mikroskopis Frankia sp.
dapat dilihat pada Gambar 2.2.

Gambar 2.2. Penampakan mikroskopis Frankia sp. (Ochei, 2000)


3. Nocardia
Nocardia merupakan genus dari lemah pewarnaan gram positif, katalase positif,
dan berbentuk batang atau basil. Genus ini dapat menggunakan lilin, fenol dan kresol
sebagai sumber tenaga. Beberapa spesies non-patogen sementara yang lain
bertanggung jawab untuk nocardiosis. Nocardia ditemukan di seluruh dunia di tanah
yang kaya dengan bahan organik. Selain itu, Nocardia adalah mikroflora mulut
ditemukan pada gingiva sehat serta kantong - kantong periodontal. Infeksi Nocardia
kebanyakan diakuisisi oleh inhalasi dari bakteri atau melalui pengenalan traumatis.
Nocardia patogen, seperti banyak spesies Nocardia non-patogen, ditemukan di
seluruh dunia dalam tanah dan air (Ochei, 2000). Gambar penampakan makroskopis
koloni Nocardia sp. dapat dilihat pada Gambar 2.3.

Gambar 2.3. Penampakan makroskopis koloni Nocardia sp. (Ochei, 2000)


Terdapat beberapa spesies penting dari Nocardia diantaranya :
a. Nocardia asteroides
Nocardia asteroides mempunyai filamen yang tipis, gram positif, bercabang,
yang dapat terpecah menjadi bentuk batang atau kokus. Banyak isolat bersifat tahan
asam bila dicuci dengan asam sulfat 1%. Bentuk batang dan filamen dapat ditemukan
dalam eksudat jaringan atau dalam nanah. Granula - granula yang sama seperti pada
aktinomikosis atau misotematadiak pernah ditemukan, walaupun pengelompokan
filamen dan koloni dapat terjadi. Nocardia asteroides merupakan bakteri berbentuk
batang. Bakteri ini termasuk bakteri gram positif. Dinding selnya mengandung asam
mycolic. Sel bakteri ini memiliki satu kromosom sirkular dan dua buah plasmid.
Bakteri ini bereaksi positif dengan uji katalase, artinya bakteri ini menghasilkan
enzim katalase. Metabolisme bakteri ini berjalan secara aerob. Nocardia asteroides
iniadalah bakteri parasit yang tinggal dan berkembangbiak pada material organik.
Habitat utama mereka adalah bahan yang kaya sumber karbon seperti tanah, tanaman,
dan sel binatang. Mempunyai filamen yang tipis, gram positif, bercabang, yang dapat
terpecah menjadi bentuk kokus.
b. Nocardia brasiliensis
Diklasifikasikan sebagai actinomyceteaerobik, adalah non-motil bakteri Gram
positif. Paling umum hidup sebagai saprofit di tanah meskipun juga telah pulih dari
air segar dan garam serta peduli hewan. Pertumbuhan ditandai dengan salmon
berwarna, mengkilap koloni. Spesies Nocardia brasiliensis tumbuh secara aerobik
pada banyak perbenihan sederhana. Pertumbuhannya variabel dan lambat. Koloninya
mempunyai lilin, dengan pigmentasi berkisar dari kuning sampai jingga atau merah.
Hifa aerial yang putih dapat terbentuk di atas permukaan koloni. Sporulasi terjadi
melalui fragmentasi menjadi artrospora. Semua Nocardia brasiliensis adalah urease
positif (Ochei, 2000).
4. Actinomyces
Habitat dari genus Actinomyces normalnya ada di mulut atau saluran genital
perempuan. Actinomyces termasuk non-motil dan terkadang mikroaerofilik bahkan
anaerobik. Beberapa spesies yang penting adalah Actinomyces bovis, Actinomyces
israeli, Actinomyces naeslundi, Actinomyces odontolyticus, dan Actinomyces
viscosus. Actinomyces israeli menyebabkan penyakit actinomycosis yaitu penyakit
kronis pada manusia. Biasa menginfeksi bagian abdomen, toraks, paru-paru, dan otak.
Jaringan yang terinfeksi akan ditumbuhi miselium dengan penampakan granuler
berukuran 0,3 1 mm. Granula tersebut diketahui adalah sulphur yang menyebabkan
berubahnya warna dari putih menjadi kuning. Kebanyakan genus Actinomyces
sensitif terhadap penicillin, tetrasiklin, eritromisin, dan clindamisin (Ochei, 2000).
5. Actinomadura
Terkadang genus Actinomadura ini dimasukkan ke dalam genus Nocardia.
Namun perbedaannya adalah Nocardia dapat mendekomposisi urea sedangkan
Actinomadura tidak dapat melakukannya. Terdapat dua spesies penting dalam dunia
medis yaitu Actinomadura madurae dan Actinomadura pelletieri yaitu penyebab
penyakit mycetoma pada manusia. Genus Actinomadura ditemukan saprofit pada
tanah, namun patogen pada manusia. Karakteristiknya sangat mirip dengan
Actinomycetes lainnya. Actinomadura madurae memproduksi grabula berwarna
merah muda dan Actinomadura pelletieri granulanya berwarna merah gelap. Kedua
spesies tersebut tumbuh baik dalam Sabouraud agar dengan suhu inkubasi adalah 25
30oC dengan warna koloni adalah krem (Ochei, 2000).
Actinomycetes merupakan bakteri Gram positif yang berbentuk filamen
bercabang yang menyerupai jamur. Actinomycetes berkembang biak dengan
membentuk rantai spora di ujung filamen. Actinomycetes yang tidak membentuk
spora berkembang biak dengan cara memutuskan ujung filamen dengan bentuk bulat
atau batang. Selanjutnya, filamen tersebut membelah diri. Actinomycetes adalah jenis
kelompok bakteri yang intensif dipelajari karena aktivitas antimikrobanya (Arif,
2012).
Walaupun memiliki morfologi seperti jamur, Actinomycetes merupakan
kelompok bakteri, yaitu merupakan sel prokariotik, dinding selnya mengandung asam
muramat, tidak mengandung mitokondria, tidak mempunyai pembungkus nukleus,
mengandung ribosom 70S, garis tengah selnya berkisar antara 1,5 2,0 m (Volk dan
Wheeler, 1988). Actinomycetes ditemukan di permukaan tanah, kompos, lumpur,
sungai, dan di dasar danau. Populasinya berada pada urutan kedua setelah bakteri
bahkan terkadang hampir sama. Spora aseksual sebagai alat perkembangbiakan
Actinomycetes dikenal sebagai konida. Bentuk atau susunan dari konida adalah
rantai, tunggal atau berpasangan. Actinomycetes hidup sebagai saprofit dan aktif
mendekomposisi bahan organik sehingga dapat meningkatkan kesuburan tanah
(Indriasari, 2000).
Koloni Actinomycetes memerlukan waktu yang lama untuk tumbuh (satu
minggu) dan tumbuh melekat pada permukaan media serta dapat memproduksi spora
seperti serbuk. Menurut Krieg dan Holt (1994) dalam Susilowati (2007) menyatakan
bahwa salah satu ciri khas Actinomycetes adalah mempunyai koloni yang diselimuti
oleh miselium udara dan memiliki hifa yang dikelilingi selubung hidrofobik dari
permukaan koloni ke udara bebas. Actinomycetes mempunyai warna koloni yang
berbeda-beda karena adanya perbedaan kandungan pigmen dari tiap sel penyusunnya.
Karakteristik koloninya kelompok Actinomycetes yaitu adanya pembentukan
miselum bercabang yang sporanya berbentuk rantai spiral. Spora tersebut tersusun
dalam bentuk kumparan yang menggulung atau berpilin. Kelompok Actinomycetes
membentuk miselium bercabang setelah 24 jam pada media agar dan koloni mulai
tampak setelah 3 4 hari sedangkan spora pada aerial miselium dapat terbentuk
setelah 7 14 hari. Cook and Baker (1974), menambahkan bahwa koloni
Actinomycetes tumbuh sangat lambat, meski tumbuh lambat Actinomycetes mampu
membentuk spora tahan didalam tanah dan juga memiliki kemampuan menghasilkan
antibiotik.
Jenis Actinomycetes tergantung pada tipe tanah (Davies dan Williams, 1970),
karakteristrik fisik, kadar bahan organik, dan pH lingkungan (Xu et al., 1996). Jumlah
Actinomycetes meningkat dengan adanya bahan organic yang mengalami
dekomposisi (Nonomura dan Ohara, 1971). Pada umumnya Actinomycetes tidak
toleran terhadap asam dan jumlahnya menurun pada keadaan lingkungan dengan pH
di bawah 5,0. Rentang pH yang paling cocok untuk perkembangbiakan
Actinomycetes adalah antara 6,5 8,0. Tanah yang tergenang air tidak cocok untuk
pertumbuhan Actinomycetes, sedangkan tanah gurun yang kering atau setengah
kering dapat mempertahankan populasi dalam jumlah cukup besar, karena adanya
spora). Temperatur yang cocok untuk pertumbuhan Actinomycetes adalah 25 30oC,
tetapi pada suhu 55 65oC Actinomycetes masih dapat tumbuh dalam jumlah cukup
besar, khususnya genus Thermoactinomyces dan Streptomyces (Rao, 1994).

Ciri - ciri dari karateristik makroskopis Actinomycetes menurut Nurkanto


(2008) adalah :
a. Tekstur : Bludru
b. Ukuran : Moderate (sedang)
c. Pigmentasi : Putih
d. Bentuk koloni : Rhizoid (menyebar seperti akar)
e. Tepi : Filamentus (seperti benang tepian menyebar)
f. Elevasi : Convex (elevasi berbentuk kubah).

2.3 Manfaat Actinomycetes


Secara khusus Actinomycetes merupakan bakteri gram positif yang banyak
memberikan manfaat untuk tanaman dan tanah. Bakteri tersebut dapat menyediakan
nutrisi hasil degradasi bahan organik tanah (Lo et al., 2002), menghasilkan metabolit
sekunder sebagai antibiotik terhadap patogen (Kumar et al., 2010).Peranan bakteri
actinomycetes dalam tanah sangatlah penting karena dapat menjaga kesuburan tanah
dan siklus kehidupan, terutama pada ekosistem tanah. Berikut ini merupakan
beberapa uraian mengenai peranan actinomycetes terhadap ekosistem tanah :
1. Mendekomposisi Bahan Organik
Actinomycetes oleh para peneliti mikrobiologi dikelompokan ke dalam bakteri.
Bakteri ini memiliki kemampuan yang penting bagi kelangsungan proses-proses
fisika, kimia dan biologi tanah. Actinomycetes biasanya hidup didalam tanah dan
berperan penting dalam proses pelapukan/ perombakan bahan organik kompleks
menjadi bahan organik yang lebih sederhana dan dapat langsung digunakan oleh
organisme lain. Keistimewaan bakteri ini adalah memiliki kecenderungan untuk
berasosiasi dengan suatu lapisan permukaan padat. Actinomycetes adalah bakteri
yang tidak tahan asam, memiliki filament diawal pertumbuhannya.
Di dalam ekosistem, organisme perombak bahan organik memegang peranan penting
karena sisa organik yang telah mati diurai menjadi unsur-unsur yang dikembalikan ke
dalam tanah (N, P, K, Ca, Mg, dan lain-lain) dan atmosfer (CH4atau CO2) sebagai
hara yang dapat digunakan kembali oleh tanaman, sehingga siklus hara berjalan
sebagaimana mestinya dan proses kehidupan di muka bumi dapat berlangsung,
Adanya aktivitas organisme perombak bahan organik seperti mikroba dan mesofauna
(hewan invertebrata) saling mendukung keberlangsungan proses siklus hara dalam
tanah. Belakangan ini, mikroorganisme perombak bahan organik digunakan sebagai
strategi untuk mempercepat proses dekomposisi sisa-sisa tanaman mengandung lignin
dan selulosa, selain untuk meningkatkan biomassa dan aktivitas mikroba tanah,
mengurangi penyakit, larva insek, biji gulma, volume bahan buangan, sehingga
pemanfaatannya dapat meningkatkan kesuburan dan kesehatan tanah yang pada
gilirannya merupakan kebutuhan pokok untuk meningkat-kan kandungan bahan
organik dalam tanah. Adanya aktivitas fauna tanah, memudahkan mikroorganisme
untuk memanfaatkan bahan organik, sehingga proses mineralisasi berjalan lebih cepat
dan penyediaan hara bagi tanaman lebih baik.
Aktivitas ini menambah cadangan hara di dalam tanah dan merupakan bagian penting
dari pembentukan humus. Kemampuan Actinomyetes untuk hidup di lingkungan
bernutrisi rendah dan untuk mengkonsumsi lognoselulosa (lignin dan selulosa, zat-zat
penyusun kayu, biasanya sukar dicerna kebanyakan bakteri tanah) menyebabkan
Actinomycetes mendominasi kawasan bebatuan karst. Pemberian pupuk kandang
yang kaya selulosa akan meningkatkan populasi Aktinomycetes di tanah. Pemupukan
amonium atau nitrat yang terus-menerus menekan populasi karena Aktinomycetes
tidak suka pH di bawah 6; sebaliknya, pengapuran untuk menaikkan pH juga
menaikkan populasinya. Anggota Actinomycetes kebanyakan aerob, tapi beberapa,
seperti Actinomyces israelii, dapat tumbuh dalam kondisi anaerob.
Proses dekomposisi bahan organik melalui 3 reaksi, yaitu:
1) reaksi enzimatik atau oksidasi enzimatik, yaitu: reaksi oksidasi senyawa
hidrokarbon yang terjadi melalui reaksi enzimatik menghasilkan produk akhir berupa
karbon dioksida (CO2), air (H2O), energi dan panas.
2) reaksi spesifik berupa mineralisasi dan atau immobilisasi unsur hara essensial
berupa hara nitrogen (N), fosfor (P), dan belerang (S).
3) pembentukan senyawa-senyawa baru atau turunan yang sangat resisten berupa
humus tanah.Berdasarkan kategori produk akhir yang dihasilkan, maka proses
dekomposisi bahan organik digolongkan menjadi 2, yaitu:
proses mineralisasi, dan
proses humifikasi. Proses mineralisasi terjadi terutama terhadap bahan organik
dari senyawa-senyawa yang tidak resisten, seperti: selulosa, gula, dan protein. Proses
akhir mineralisasi dihasilkan ion atau hara yang tersedia bagi tanaman.Proses
humifikasi terjadi terhadap bahan organik dari senyawa-senyawa yang resisten,
seperti: lignin, resin, minyak dan lemak. Proses akhir humifikasi dihasilkan humus
yang lebih resisten terhadap proses dekomposisi.

2. Menghasilkan Antibiotik Yang Dapat Mematikan Patogen


Actinomycetes, yang strukturnya merupakan bentuk antara dari jamur dan bakteri,
menghasilkan zat-zat anti mikroba dan asam amino yang dikeluarkan oleh bakteri
fotosintetik dan bahan organik. Actinomycetes dapat hidup bersama dengan bakteri
fotosintetik. Streptomyces merupakan salah satu genus dari kelas Actinomycetes yang
biasanya terdapat di tanah.
Streptomyces adalah prokariot yang menghasilkan substansi penting untuk kesehatan
seperti antibiotik, enzim, dan immunomodulator dan salah satu organisme tanah yang
memiliki sifat-sifat umum yang dimiliki oleh bakteri dan jamur tetapi juga memiliki
ciri khas yang cukup berbeda yang membatasinya menjadi satu kelompok yang jelas
berbeda. Banyak anggota dari Streptomyces menghasilkan antibiotik di mana lebih
dari setengahnya merupakan antibiotik yang efektif melawan bakteri, misalnya
streptomisin, tetrasiklin dan kloramfenikol. Isolasi Streptomyces menghasilkan
koloni-koloni kecil (berdiameter 1-10 mm), terpisah-pisah seperti liken, dan seperti
kulit atau butirus (mempunyai konsistensi seperti mentega), mula-mula
permukaannya relatif licin tetapi kemudian membentuk semacam tenunan miselium
udara yang dapat menampakkan granularnya, seperti bubuk, seperti beludru, atau
flokos, menghasilkan berbagai macam pigmen yang menimbulkan warna pada
miselium vegetatif, miselium udara, dan substrat.
Streptomyces mempunyai misel yang baunya sangat kuat, berkembang dan
mengandung hifa udara (sporofor), dari bentuk ini terjadi konstruksi lurus,
bergelombang, mirip spiral, dapat mengurai selulosa, khitin dan zat-zat lain sukar
dipecah. Streptomycesumumnya memproduksi antibiotik yang dipakai manusia
dalam bidang kedokteran dan pertanian, juga sebagai agen antiparasit, herbisida,
metabolisme aktif, farmakologi, dan beberapa enzim penting dalam makanan dan
industri lain.

3. Mengikat Struktur Tanah Liat Sehingga Dapat Memperbaiki Sifat Fisik Tanah
Struktur tanah adalah susunan atau agregasi partikel-parikel primer tanah (pasir, debu,
liat) secara alami menjadi berbagai kelompok partikel yang satu sama lain berbeda
dalam ukuran dan bentuknya, dan dibatasi oleh bidang-bidang. perkembangan
struktur didalam tanah perlu dipahami benar, karena struktur tanah sangat
mempengaruhi pertumbuhan tanaman dan dapat pula berubah karena pengaruh-
pengaruh mekanis dari luar misalnya pengolahan tanah. Anda bisa membayangkan
tanah sawah yang massif dank eras dapat berubah menjadi Lumpur (struktur butir)
karena anda melaksanakan pembajakan dan penggaruan. Atau dapat pula tanah pasir
yang berbuti-butir menjadi kompak tetapi lunak, struktur bisa berubah kearah yang
lebih sesuai bagi pertumbuhan tanaman atau sebaliknya Struktur dapat berkembang
dari butir-butir tunggal ataupun kondisi massif (pejal). Untuk butir-butir tunggal atau
kondisi masif menjadi agregat-agregat, partikel-partikel tanah harus mengelompok.
Di dalam pengelompokan partikel-partikel mehjadi agregat dan kemudian
membentuk struktur yang mantap diperlukan bahan perekat berupa bahn-bahan
yang bersifat koloid. Tiga kelompok bahan koloid tanah yang berperan sebagai bahan
perekat dalam pembentukan agregat-agregat tanah adalah
1) mineral-mineral liat.
2) bahan organik koloidal termasuk gum yang dihasilkan oleh aktivitas jasad-jasad
renik tanah.
3) oksida-oksida besi dan mangan yang bersifat koloid.
Agregasi amat dipengaruhi oleh kegiatan jasad-jasad renik dalam tanah dan akan
dipergiat bila didalam tanah tersedia cukupa bhan organik. Organisme seperti benang-
benang jamur dan humus dan mengikat satu partikel tanah dengan lainnyasampai
membentuk agregat dan struktur tanah. Organisme juga memproduksi sejumlah
bahan kimia seperti asam-asam organik yang dapat merekat partikel-partikel tanah.
Lemak-lemak dan lilin sebagai hasil perombakan bahan organik juga berperan
penting dalam memantapkan agregat-agregat tanah. Itulah sebabnya, Anda boleh
menganjurkan kepada petani agar bahan-bahan organik sisa panennya lebih baik
dibenam kedalam tanah atau dibuat kompos terlebih dahulu baru dibenamkan
kedalam tanah. Pembakaran bahan organik sisa panen sebaiknya tidak selalu
dilaksanakan.

4. Menghilangkan Bau Pada Tanah


Ada banyak orang yang merasakan pada saat turun hujan serasa menghirup aroma
khas yang membuat tenang. Bebauan itu muncul karena peran bakteri Actinomycetes.
Bakteri ini hidup di tanah dan dapat memunculkan aroma tertentu yang memengaruhi
mood. Biasanya aroma didapati pada tanah yang hangat dan lembab, lalu terguyur
oleh air hujan. Bakteri Actinomycetes akan menghasilkan spora ketika tanah
mengering. Proses ini kerap terjadi saat kemarau datang atau cuaca sangat terik.
Sewaktu hujan turun, spora menjadi basah lalu menyebar ke udara. Inilah yang
kemudian menjadikan aroma khas saat hujan dan sifatnya menenangkan. Tidak perlu
khawatir dengan spora ini. Pasalnya, keberadaan spora tanah tersebut tidak
membahayakan tubuh dan bahkan berfungsi sebagai penyegar udara. Aroma akan
menyengat saat hujan datang pertama kali setelah musim kemarau berakhir. Dan,
spora tersebut menyebar ke seluruh dunia. Untuk ya tinggal di kota yang penuh polusi
mungkin aroma khas hujan jarang didapati. Justru sebaliknya, air hujan yang berpadu
dengan partikel polusi menjadi bau hujan tidak sedap. Air hujan juga lebih tercemar
dan tidak bisa langsung dikonsumsi. Tingkat keasaman air hujan menjadi lebih tinggi.
Air hujan yang cenderung asam dapat merusak berbagai peralatan. Beruntunglah buat
orang yang tinggal di tempat yang banyak kawasan hijaunya. Aroma hujan yang
menentramkan masih bisa dirasakan.
BAB III
METODE PENELITIAN
3.1 Tempat dan Waktu Penelitian
Penelitian akan dilakukan di Taman Nasional Alas Purwo Banyuwangi, Jawa
Timur, Indonesia (Gambar 3.1) pada tanggal 20 25 Februari 2017 dan di
Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Sains dan Teknologi Universitas Airlangga pada
tanggal 29 Februari 4 Maret 2017.
Gambar 3.1. Lokasi Taman Nasional Alas Purwo (Anonimus, 2015)
Pengambilan sampel dilakukan di lima lokasi, yaitu Hutan Pantai , Hutan

Mangrove , Hutan Bambu,dan Hutan Tanaman Taman Nasional Alas Purwo. Sampel
yang telah di dapat selanjutnya akan diisolasi dan diidentifikasi di Laboratorium
Mikrobiologi Fakultas Sains dan Teknologi Universitas Airlangga.

3.2 Alat dan Bahan


Alat-alat yang digunakan dalam penelitian ini adalah:
1. kantong plastik ukuran satu kg
2.kertas label

3. alat tulis

4.penggaris

5.sekop
6. lux meter (pengukur intensitas cahaya)

7. soil tester (pengukur pH dan kelembaban substrat)

8.Global Positioning System (GPS)

9. kamera

10.kardus atau sterofoam box

11.mikroskop cahaya

12.pH meter

13.turbidimetri

14.tabel pengamatan

15.laptop

16.inkubator

17.autoclave

18.erlenmeyer

19.jangka sorong

20. colony counter

21.shaker

22. gelas ukur

23. pengaduk dan beaker glass

24. cawan petri

25.tabung reaksi

Bahan-bahan yang digunakan adalah :


1.sampel tanah dari empat vegetasi hutan Taman Nasional Alas Purwo
2.media Starch Casein-Nitrate Agar (SCA)
3.media Nutrien Agar (NA)
4.garam-garam fisiologis
5.anti fungi dan anti bakteri
6.alkohol

3.3 Cara Kerja


1. Penentuan lokasi pengambilan sampel
Penentuan lokasi pengambilan sampel dengan menentukan empat titik dalam satu
vegetasi secara diagonal dan mencatat titik koordinat dengan menggunakan GPS.
Sebelum sampel diambil, dilakukan pengukuran terhadap parameter intensitas
cahaya serta kelembapan dan PH tanah.
2. Pengambilan sampel
Sampel tanah diambil dari kedalaman 20 cm menggunakan sekrup sekitar 200
gram kemudian dimasukkan dalam kantung plastik dan diberi label sesuai dengan
tempat pengambilan sampel.
3. Preparasi Sampel
Kelima sampel tanah dari lima titik sampling di satu vegetasi dihomogenkan dan
diambil sebanyak 100 gram. Kemudian dicampur akuades sebanyak 900 ml dan
dihomogenkan kembali. Langkah selanjutnya adalah disuspensikan kemudian
diambil 1 ml untuk diisolasikan pada cawan petri untuk masing masing media.
4. Pembuatan media
Media yang digunakan adalah SCA ( Starch Caseine Agar )
5. Tahap isolasi
Dengan metode pour plate, satu ml suspensi sampel dituang pada cawan petri
kemudian ditambah media sebanyak 15 ml serta anti fungi dan anti bakteri sebanyak
1% kemudian dihomogenkan dan dibiarkan medianya agar terhomogenisasi.

3.4 Cara Analisis Data


Data dari jumlah jenis Actinomycetes yang tumbuh dalam media Starch Casein-
Nitrate Agar ,akan diketahui bagaimana keanekaragaman Actinomycetes yang
tumbuh pada tiap media tersebut dari tiap sampel yang berasal dari empat vegetasi di
Taman Nasional Alas Purwo.Sedangkan untuk identifikasi, dilakukan dengan cara
mengamati karakter mikroskopis dan makroskopis dari koloni yang tumbuh setelah
diisolasi yang kemudian akan dicocokkan dengan buku Bergey's Manual of
Determinative Bacteriology serta beberapa jurnal terkait.

3.4.1 Tabel Hasil Pengukuran Parameter Lingkungan Pada Lokasi Sampling


Lokasi

pH Tanah

Kelembaban

o
Suhu ( C)

Tanah (%)
Sampel
I

II

III

IV

II

III

IV

II

III

IV
HutanPantai
Hutan Mangrove
Hutan

Tanaman
Hutan Bambu
3.4.2 Tabel Hasil Pengamatan karakter Makroskopis

Karakter Makroskopis

Kode

Jumlah

Isolat

koloni

Ukuran

Pigmentasi
Bentuk

Tepi

Elevasi

Tekstur

Top

Reverse
Hutan Pantai 1
Hutan Pantai 2
Hutan Pantai 3
Hutan Pantai 4
Hutan Mangrove 1

Hutan Mangrove 2
Hutan Mangrove 3
Hutan Mangrove 4
3.4.3 Tabel Hasil Pengamatan Karakter Mikroskopis
Kode

Hifa Aerial

Hifa
Rantai

Spora

Conidia

Bentuk

Isolat

Spora
Hutan Pantai 1

Hutan Pantai 2
Hutan Pantai 3
Hutan Pantai 4

Hutan Mangrove 1
Hutan Mangrove 2
Hutan Mangrove 3
DAFTAR PUSTAKA

Arif, Nurkanto. 2012. Screening Antimicrobial Activity of Actinomycetes Isolated


from Raja Ampat,West Papua, Indonesia. Makara Journal of Science. 16, 21-26.

Holt,J.G., N.R. Krieg, P.H.A. Sneath,J.T. Staley, S.T. Williams. 1994. Bergey's

Manual of Determinative Bacteriology. Ninth Edition. Baltimore : Lipincott

Williams & Wilkins.

Nurkanto, A., 2007. Identifikasi Aktinomisetes Tanah Hutan Pasca Kebakaran Bukit
Bangkirai Kalimantan Timur dan Potensinya Sebagai Pendegradasi Selulosa dan
Pelarut Fosfat. BIODIVERSITAS. 314-319.

Nurkanto, A., Rahmansyah M., dan Kanti A. 2008. Teknik Isolasi Aktinomisetes.
Jakarta : LIPI Press.