Anda di halaman 1dari 3

BioEdit

Aplikasi untuk membaca dan mengolah file sequence DNA


Assembly
Data proses sequencing dari mesin sequencer adalah satu sequence forward dan
satu sequence reverse, kedua file tersebut harus digabungkan dulu untuk
mendapatkan sequence utuh yang baik. Penggabungan dua sequence forward
dan reverse disebut assemby. Proses assembly tidak hanya dari satu pasang
primer tapi dari beberapa pasang primer untuk mendapatkan sequence yang
lebih panjang.
1. Sebagai latihan unduh dua file berikut untuk dilakukan assemby : Forward
sequence http://bio.unsoed.ac.id/tmp/Megabalanus%20rosa
%20I22%20bf.ab1 Reverse Sequence
http://bio.unsoed.ac.id/tmp/Megabalanus%20rosa%20I22%20br.ab1
2. Buka program BioEdit untuk melaksanakan perintah assemby
3. Klik File > Open :: pilih sequence forward, akan muncul dua jendela, satu
data chromatogram dan satu data teks sequence ::
4. Pilih dengan mengklik jendela data teks sequence untuk bekerja pada
jendela tersebut
5. Klik File > Import > Sequence alignment file :: pilih sequence reverse,
sehingga file forward dan reverse akan terlihat pada satu jendela aktif ::
6. Klik Accesory Application > CAP contig assemby program :: adalah
perintah assemby pada menu Bioedit, maka akan muncul interface kriteria
assemby yang bisa diatur, by default jumlah basa overlap adalah minimum 20
basa dan 85% minimum match dari jumlah basa overlap tersebut, bila program
berjalan maka akan muncul jendela DOS dan tekan tombol keyboard Enter untuk
menutup jendela tersebut bila sudah tidak aktivitas program ::
7. Pada jendela aktif akan muncul satu sequence utuh gabungan dari
sequence forward dan sequence reverse dengan nama Contig-0 pada jendela
BioEdit sebeleh kiri
8. Ctrl-klik pada nama file sequence forward dan sequence reverse pada
jendela BioEdit sebelah kiri dan klik pada menu :: Edit > Delete sequence(s) ::
9. Rename nama Contig-0 pada jendela BioEdit sebeleh kiri dengan nama
identitas sampel, dan save file hasil assembly dengan nama identitas sampel
dalam format FASTA dengan cara klik :: File > Save As, pilih file type FASTA ::
Tutorial :: http://bio.unsoed.ac.id/tmp/assembly.swf.html ::

Multiple Alligning
Multiple Alligning [ Penyelarasan beberapa urutan basa DNA ] Seluruh data
sequence obyek penelitian hasil assemby mempunyai panjang dan urutan basa
yang berbeda-beda. Untuk mengetahui homologi data sequence diperlukan
proses sequence alligning dengan bantuan program BioEdit atau MEGA.
BioEdit :
1. Klik File > New Alignment > Import :: pilih seluruh file sequence dengan
format FASTA yang akan direkonstruksi pohon filogenetiknya ::
2. Bila file alignmet menyertakan sequence reference samples ataupun
sequence outgroup, drag sequence dan tempatkan pada baris paling atas ::
sequence pada baris paling atas by system (otomatis) akan digunakan sebagai
root ::
3. Unduh sequence reference :: https://l.facebook.com/l.php?u=http... ::
4. Klik Accesory Application > ClustalW Multiple Aligment :: Untuk
mengurutkan basa homolog dari seluruh sequence yang dipelajari ::
5. Untuk mempermudah rekonstruksi dan pembacaan pohon filogenetik,
sequence disamakan panjang basanya dengan cara memotong awal dan akhir
block homolog ::
6. Klik File > Save As, beri nama yang sesuai dan pilih file type FASTA ::
Tutorial No.4 allignment http://bio.unsoed.ac.id/tmp/alignment.swf.html ::Tutorial No.
5membersihkan http://bio.unsoed.ac.id/tmp/membersihkan.swf.html ::
MEGA (disarankan versi 6.** or newest) :
1. Buka program MEGA 6.**
2. Klik icon Align > Edit/Build Alignment > Create a new alignment > DNA
3. Pada jendela baru yang terbuka [ M6 : Alignment Explorer ] klik Edit >
Insert Sequence From File :: pilih file-file sequence yang akan diikutkan pada
alignmnet ::
4. Bila file alignmet menyertakan sequence reference samples ataupun
sequence outgroup, drag sequence dan tempatkan pada baris paling atas ::
sequence pada baris paling atas by system (otomatis) akan digunakan sebagai
root ::
5. Pada menu bar klik Alignment > Align by ClustalW > OK
6. Simpan aligned sequence dalam bentuk file MEGA session (*.mas) dengan
nama file yang sesuai.
7. Tutup jendela [ M6 : Algnment Explorer ]