DYNAMIQUE ET FONCTIONNEMENT DES INTERRACTIONS SOL-

MICROORGANISMES-PLANTES ET APPLICATIONS EN
AGRICULTURE

I Les micro-organismes :

Le terme micro-organismes dfinit un ensemble de structures vivantes de taille

microscopique, et donc visibles seulement au microscope mais invisibles lil nu. Il y
a parmi les membres de ce groupe, les bactries (ex. : bacilles), les champignons (ex. :
levures, mycorhizes), les algues et les protozoaires. Ce sont des formes de vie
extrmement anciennes dont certaines constituent les premiers tres vivants connus
ayant peupl la Terre.

Ceux-ci sont pratiquement prsents dans tous les milieux terrestres, ariens et
aquatiques. Ils jouent un rle de premier plan car sans eux, les cosystmes ne
pourraient purement et simplement pas se former ni se maintenir. Dans une approche
agronomique, il est donc essentiel de les prendre en considration afin doptimiser les
techniques de fertilisation et de culture et ainsi obtenir la fois une bonne productivit
et une qualit nutritive leve.

En dehors des algues et de certaines bactries qui sont capables de raliser la

photosynthse, les micro-organismes vivent surtout en consommant des oligolments
ainsi que du carbone et de lazote sous forme simple (ions) ou sous forme de molcules
organiques plus complexes. Cest un aspect quil est important de retenir lorsquil sera
question de la fertilisation des sols.

Lvolution de la vie sur Terre sest faite par complexification progressive des structures
vivantes. Celles-ci sont passes dun stade unicellulaire (organismes microscopiques
forms dune seule cellule) au stade pluricellulaire (organismes forms dune association
de plusieurs cellules). Par exemple, le corps humain est form dapproximativement
cent mille milliards de cellules. La relation qui a permis cette complexification est la
symbiose. La symbiose constitue donc lun des mcanismes fondamentaux qui ont
permis aux formes de vie dvoluer sur Terre et denrichir toujours plus en biodiversit
les principaux cosystmes.
II - Dfinition et importance des phnomnes de symbiose :

Voici la dfinition du Larousse du mot symbiose :

Association constante, obligatoire et spcifique entre deux organismes ne pouvant vivre

l'un sans l'autre, chacun d'eux tirant un bnfice de cette association. (La symbiose est
frquente entre les micro-organismes [symbiotes] et des plantes ou des animaux.)

Ou encore :

Relation marque par une union trs troite et trs harmonieuse.

Nous voyons donc quil existe en quelque sorte des niveaux au sein de la relation
symbiotique : elle peut tre soit obligatoire (les organismes ne peuvent pas vivre lun
sans lautre) soit facultative, c'est--dire que les deux organismes peuvent vivre lun
sans lautre mais que leur collaboration leur apporte un bnfice mutuel
supplmentaire.

Lorsque le bnfice nest pas mutuel mais concerne seulement une des parties, on parle
de commensalisme (dans le cas o il y a un seul gagnant mais o lautre organisme
nest pas perdant) ou de parasitisme (cas o il y a un gagnant et un perdant dans la
relation).

Voici quelques exemples de symbioses :

- tous les organismes pluricellulaires illustrent parfaitement bien la relation symbiotique.

En effet, pour reprendre lexemple du corps humain, celui-ci est constitu de groupes
de cellules qui collaborent afin dassurer le bon droulement de toutes les fonctions
mtaboliques qui nous permettent de vivre.

- notre flore digestive est une flore symbiotique constitue de myriades de bactries
symbiotiques qui assurent le maintien des fonctions digestives.

- les lichens rsultent de lassociation entre un champignon (qui apporte une protection
contre la dessiccation, ainsi que de leau et des sels minraux) et une algue
chlorophyllienne (qui fournit des sucres issus de la photosynthse).

- les fourmis traient les pucerons et leur apportent leur protection en change.
- les abeilles et les fleurs ont une relation symbiotique dans laquelle labeille assure la
pollinisation tandis que la fleur offre son nectar sucr.

- ltre humain cultive une relation symbiotique avec les animaux dits domestiques.

Le cas des microzymas :

Le terme microzyma a t invent, au XIXe sicle (contemporain de Louis Pasteur)

par le Professeur Antoine Bchamp pour nommer des corpuscules vivants que celui-ci a
observs et tudis pendant de longues annes de recherches rigoureuses.

Son ouvrage Les microzymas contient les descriptions prcises des recherches, des
expriences et des observations quil a menes ainsi que les conclusions affrentes.
Pour celui qui le lit, cet ouvrage apparait comme extrmement rigoureux et
irrprochable du point de vue scientifique. Il nous permet davoir une vision et une
comprhension encore plus large sur les phnomnes biologiques en gnral, et
surtout, et cest ce qui nous intresse, sur le fonctionnement des sols.

Ces microzymas sont des formes de vie beaucoup plus petites que les bactries dont la
taille se rapproche plus de celle des virus. Dailleurs, selon les observations de
Bchamp, les virus sont des microzymas pathognes. Ce dernier observait que les
cellules qui meurent (quelles soient vgtales ou animales) librent systmatiquement
des microzymas en grand nombre et que ceux-ci, dans un environnement favorable, se
rorganisent et reforment des bactries (les bactries sont caractrises par labsence
dun noyau visible dans la cellule) ou mme des cellules avec un noyau dans une
succession dtapes dont il donne le dtail dans son ouvrage.

Lclairage de la science moderne nous laisse penser que ces microzymas sont en
ralit des fragments de matriel gntique (ADN et/ou ARN) associs certaines
molcules dont des protines fonctionnelles.

Exemple dune roche constitue en majeure partie de microzymas : le calcaire.

En ralisant des expriences bases sur des processus de fermentation, Bchamp a

dmontr que la plupart des roches calcaires sont constitues de microzymas. Ceux-ci
proviennent du nombre incalculable dorganismes marins (coraux, coquillages, etc)
dont les squelettes et les coquilles ont, en saccumulant, permis la formation des
gisements de calcaire. Le calcaire est donc une roche vivante qui est capable des
fermenter des sucres. Il faut prciser ici que le problme de lasepsie (strilisation) des
milieux tait central lpoque de Bchamp, et que toutes ses expriences ont t
ralises en tenant compte du risque de pollution par des microorganismes prsents
dans lair ou sur le matriel utilis.

Le thme des microzymas nous permet dintroduire la notion de fonction dans le sens
biologique du terme :

Dans la suite de lexpos, le terme fonction sera souvent utilis. Les organismes
vivants font jouer un trs grand nombre de fonctions au cours de leur existence afin de
pouvoir se nourrir (digestion, assimilation, ou encore photosynthse chez les vgtaux),
se reproduire, se dfendre contre dventuelles agressions (maladies, parasites,
prdateurs), ou encore pour percevoir et se protger des changements dans leur
environnement (par exemple, variations de temprature, dhumidit dans lair ou dans
le sol, ou encore de lintensit lumineuse). Ces fonctions sont assures essentiellement
par des molcules appeles protines que les organismes synthtisent (construisent)
partir des gnes contenus dans leur matriel gntique, lADN.

III Le fonctionnement du sol :

Le sol est un milieu extrmement important car il assure le recyclage de tous les
matriaux, organiques ou non, qui tombent sa surface. Il constitue le lieu au sein
duquel se ferme la boucle des cycles biologiques : ce qui meurt sy rorganise et sy
rgnre, permettant la naissance dun nouveau cycle biologique complet.

Ce rle essentiel du sol repose sur les interactions entre les minraux, la microfaune
(petits invertbrs comme les vers de terre, des acariens, des insectes, etc.) et les
microorganismes qui, ensemble, assurent littralement la digestion de tous les
matriaux qui tombent en surface.

Le sol est donc un vritable organe de digestion qui permet aux plantes de se nourrir. Il
est exactement analogue au systme digestif des animaux :

- en surface, les petits invertbrs et les microorganismes arobies (c'est--dire quils

ont besoin doxygne pour vivre) permettent de morceler, de dcouper la matire
organique et les molcules les plus grosses. Cette tape correspond la mastication
des animaux. Les plantes ne dveloppent pas leur systme racinaire dans cette zone, et
au contraire, les substances produites dans tous les processus de dgradation qui sy
droulent ont tendance inhiber la germination des graines.

- sous les 5 10 cm de profondeur (parfois 2 ou 3 cm seulement) se trouve une zone

alimente en matire organique prdigre ( mastique en quelque sorte) qui est
beaucoup plus pauvre en oxygne. L se dploie le systme racinaire des plantes dans
un milieu peupl de microorganismes anarobies (ils nont pas besoin doxygne pour
vivre) qui assurent la transformation finale de la matire organique et assurent le lien
qui permet aux plantes de se nourrir par leur racines.

- il est trs intressant de noter que dans le sol se retrouvent des microorganismes
analogues, voire identiques ceux qui composent la flore intestinale des animaux et
des humains.

Ainsi, comme le souligne le mdecin Hans Peter Rusch (collaborateur de Hans Mller
qui fut lun des pres de lagriculture biologique au XXe sicle) dans son ouvrage La
fcondit du sol , dans son tat naturel, le sol prsente la structure suivante :

- les premiers centimtres en surface, quil appelle la zone cellulaire , et dans

laquelle loxygne de lair permet aux processus de dgradation les plus gourmands en
nergie de se drouler. Il est possible de lidentifier visuellement par la prsence de
nombreux dbris vgtaux en morceaux plus ou moins gros.

- la zone situe en-dessous, quil appelle la zone plasmatique , qui se caractrise par
une structure grumeleuse et souple au toucher et qui, lorsque des racines sy
dveloppent, est particulirement riche en bactries du type lactique (si il ny a pas de
racines, ces bactries sont absentes).

Cette structure naturelle permet le dveloppement de vritables rseaux extrmement

complexes de microorganismes et de radicelles imbriques les uns dans les autres. A
travers ceux-ci, des forces collodales considrables apparaissent qui assurent la
rtention et le stockage dune grande quantit de nutriments et deau (jusqu' 50 fois
plus que dans un sol mort).
Respecter la structure du sol lors des travaux agricoles :

Comme dans tous les processus biologique, cest la structure qui permet la fonction, si
bien que lorsque la structure naturelle dun sol nest pas respecte, ce dernier perd sa
capacit digrer la matire organique et stocker eau et nutriment.

Par exemple, les oprations de labour ont une action fortement dstructurante car elles
retournent littralement la strate superficielle et la strate profonde. La matire
organique de surface qui est insuffisamment prdigre se retrouve en profondeur o
labsence doxygne provoque la mise en place de phnomnes de pourriture et mme
lapparition de microorganismes pathognes qui pourront perturber, voire agresser les
racines des plantes et provoquer des maladies. Ensuite, cest le cercle vicieux car il faut
encore labourer un sol qui ressuie mal et qui se compacte et il faut apporter une
fertilisation chimique afin dassurer la nutrition des vgtaux. Le problme dans ce cas
cest quil faut souvent plusieurs annes au cours desquelles il y aura une baisse des
rendements pour que se reforme la structure naturelle du sol avec toutes ses qualits.

Il est donc important de travailler le sol de manire seulement superficielle en vitant

tous les outils qui provoquent un retournement en privilgiant plutt les griffages et les
sarclages.

IV La nutrition des plantes :

Les principes de la nutrition NPK des plantes sont gnralement bien connus des
agronomes parce quils constituent la base de lagriculture moderne. Dans ce cas, la
nutrition est vue comme tant purement minrale. De manire schmatique, il sagit
dun mode de nutrition direct, c'est--dire que lexploitant ralise des apports de sels
minraux simples (principalement lazote (N), le phosphore (P), le potassium (K) ainsi
que de nombreux autres lments). Ceux-ci pntrent dans le sol sous la forme dions
dissous dans leau et ils sont directement absorbs par les racines.

La minralisation de la matire organique : mythe ou ralit ?

Les recherches de Hans Peter Rusch (30 ans de recherches agronomiques dans plus de
700 fermes en Suisse et en Allemagne et des milliers dheures dobservations au
microscope) et dAntoine Bchamp nous dmontrent que dans la nature, en parallle
des cycles minraux qui reposent sur le phnomne de minralisation de la matire
organique (cycle du carbone, de lazote, du soufre, etc.), il existe un cycle des
fonctions, que lon pourrait appeler aussi le cycle des microzymas ou encore le cycle des
macromolcules organiques (macromolcules=grosses molcules par opposition aux
ions qui sont de trs petite taille). C'est--dire que ces microzymas et ces
macromolcules ne sont pas dgrades totalement, elles conservent leur structure et
donc leur fonction :

- dans un sol naturel, les lments minraux simples libres sont rares car ils sont
rapidement mtaboliss par les microorganismes. Dans ce contexte, la plante absorbe
principalement des microzymas et/ou des macromolcules au niveau des racines et elle
les recycle en quelque sorte pour utiliser leurs fonctions associes dans son propre
mtabolisme.

- la plante est capable de choisir les macromolcules quelle absorbe selon ses besoins
qui dpendent des fluctuations de lensoleillement, de la temprature et de lhumidit
au cours de lalternance jour/nuit et des saisons.

En conclusion, il faut retenir que lactivit des microorganismes du sol gnre des
fonctions qui circulent ensuite verticalement dans toute la chaine alimentaire : du sol
la plante, de la plante lanimal ou lhumain et enfin de lanimal au sol. En
consquence, la richesse et la diversit des microorganismes dans un sol dtermine la
richesse et la diversit des fonctions disponibles et donc la qualit de la production
agricole. La bonne sant de toute la chaine alimentaire, y compris celle de ltre humain
trouve donc naissance dans le sol.

Influence de la plante sur la composition microbiologique du sol :

Dans un sol naturel, les plantes et les microorganismes ont une relation de type
symbiose plus ou moins obligatoire. Nous avons vu par exemple que sans racines
vivantes, les bactries lactiques sont absentes.

Des enregistrements vido raliss au microscope (voir sur le site internet de Michel
Roesch : www.sol-vivant.fr) ainsi que des analyses ont permis de dcouvrir que ds sa
germination, la plante transforme une partie de ses rserves damidon en exsudats
racinaires sucrs dans le but de nourrir et de stimuler le dveloppement et la
multiplication de nombreux microorganismes symbiotiques. Cela dmontre que la plante
agit activement sur la composition microbiologique dans lequel elle pousse, ici aussi en
fonction de ses besoins, et que les microorganismes symbiotiques jouent un rle trs
important dans le dveloppement du vgtal.
Quelques exemples de microorganismes symbiotiques :

- les bactries lactiques : ce sont des bactries symbiotiques universelles qui sont
prsentes aussi bien autour des racines des plantes ou encore sur leurs feuilles et leurs
fruits que dans le tube digestif des animaux et des tres humains sains. Celles-ci
scrtent des substances qui nourrissent, stimulent et protgent les racines. En
acidifiant leur milieu, elles inhibent la grande majorit des germes pathognes. Et
dailleurs, lindustrie pharmaceutique sy intresse car elles produisent aussi des
antibiotiques naturels. Malheureusement, ces bactries sont extrmement sensibles aux
pollutions et aux molcules biocides.

- les mycorhizes : ces champignons font eux-aussi partie des symbiotes racinaires. Ils
facilitent lextraction de leau et des minraux du sol pour la plante tandis que celle-ci
fournit des exsudats racinaires riches en nutriments dont ils se nourrissent.

- les champignons endophytes : certains champignons du sol sont capables de coloniser

les vaisseaux conducteurs de sve des plantes herbaces. Ils y forment un rseau qui
bloque physiquement lentre des microorganismes pathognes.

- les bactries fixatrices dazote : elles sont bien connues en agronomie car elles sont
ncessaires au bon dveloppement des lgumineuses dintrt conomique telles que la
luzerne. Ces bactries captent lazote prsent dans latmosphre et le rendent
disponible pour la plante tandis que celle-ci les abrite dans les tissus racinaires et leur
fournit une source de nourriture.

Il existe de nombreux autres microorganismes symbiotiques et il en reste certainement

normment encore dcouvrir. Il faut surtout retenir que les relations symbiotiques
sont multiples et elles existent entre des communauts bactriennes symbiotiques
diversifies et les racines des diffrents vgtaux. Du point de vue agronomique, il est
donc important de maintenir la plus grande diversit possible de microorganismes dans
les sols cultivs plutt que de favoriser seulement un type de bactries symbiotiques.

Origine des pathologies vgtales :

Dans le modle biologique, lapparition des maladies chez les plantes est toujours lie
un problme de nutrition. Il peut tre provoqu par lapparition dune bactrie
pathogne qui gnera les fonctions de nutrition de la plante au niveau cellulaire, ou
bien simplement par un dsquilibre ou un manque de diversit au sein des populations
de microorganismes symbiotiques du sol. Lorsquil ny a pas de pollution dans le sol ou
dans lair, les plantes qui poussent dans un sol naturel normalement structure rsistent
merveilleusement bien aux maladies.

V Fertiliser son sol :

Nous avons vu que la notion de fertilit du sol dpend beaucoup de la composition et

de la richesse des populations microbiennes du sol.

Ainsi, contrairement la fertilisation NPK , la fertilisation organique doit tre vue

comme tant le moyen de nourrir directement la flore microbienne du sol, et
indirectement la plante. Donc pour fertiliser mon sol, je fais comme la plante avec les
exsudats racinaires : je nourris rgulirement les microorganismes qui y sont prsents.
Le sol peut donc tre vu comme un vritable racteur biologique dans lequel la matire
organique apporte comme fertilisant est digre, fermente en quelque sorte comme
dans les processus de vinification ou de panification, par les populations microbiennes.
Et cest dans ce processus de digestion que la plante trouve les substances nutritives
produites par les microorganismes symbiotiques.

Les diffrents types de sol :

Voici une classification trs simple et facile retenir qui nous est donne par H.P.
Rusch :

- sols dominante sableuse : ce sont des sols dits chauds et rapides. En effet, au sortir
de lhiver, ces sols se rchauffent rapidement et les microorganismes qui le peuplent
entrent tt dans la saison en activit. Sur de tels sols, il est prfrable de raliser la
fertilisation en apportant rgulirement de petites quantits de matires organiques car
en cas dexcs, ils ont tendance schauffer microbiologiquement parlant, ce qui peut
rapidement conduire des phnomnes de faim dazote. Il faut donc aussi veiller ce
que les apports aient un rapport C/N quilibr (compris entre 15 et 20).

- sols dominante argileuse : ce sont des sols froids et lents. Ils se rchauffent
lentement au printemps et donc les microorganismes qui y vivent entrent plus tard en
activit. Les apports peuvent tre raliss en plus grande quantit et plus rarement au
cours de la saison.
Les diffrents types dapports :

- les amendements : ceux-ci visent avant tout corriger les paramtres physiques et/ou
chimiques du sol (exemple : chaulage, soufrage, apports de sable ou dargile, etc.). Les
apports de composts mrs entrent aussi dans cette catgorie car les composts rsultent
dune digestion microbienne et donc, une fois que celle-ci est termine, les substances
nutritives rsiduelles disparaissent rapidement laissant derrire elles les membranes
cellulaires ainsi que les composs organiques les plus stables qui nont pas de relle
valeur nutritive. En revanche, les composts sont excellents pour amliorer les proprits
de rtention de leau et des nutriments.

- les engrais : il sagit de matire organique brute (dbris vgtaux, tontes, feuilles,
etc.) ou dj digre telle que les fumiers et les lisiers. Plus les apports seront
diversifies dans leur composition, plus grande sera la diversit des microorganismes
qui peupleront le sol et meilleure sera la croissance et la rsistance des plantes
cultives.

- le Bois Ramal Fragment (BRF) : dans ce cas, la fertilisation est ralise en broyant
et en apportant au sol des rameaux darbres vieux de trois ans au maximum. Cette
mthode est traditionnellement utilise en viticulture lorsque le vigneron broie les
sarments sur le sol. Cest un trs bon engrais qui est la fois trs nutritif et qui
contribue aussi fortement amliorer la structure du sol (effet amendement).

Comment raliser techniquement les apports dengrais ?

Cest la nature elle-mme qui nous montre comment il convient de fertiliser les sols : sil
sagit de dbris vgtaux, il faut quils soient broys au pralable (ou broys
directement sur sol) afin de favoriser la digestion par les microorganismes.

Par ailleurs, la meilleure technique est celle dite du compostage de surface qui
reproduit exactement la chute de la matire organique sur la surface du sol dans les
conditions naturelles. C'est--dire que les apports sont effectus en laissant la matire
organique sur la surface du sol sans labourer. Pour les sols en pente, il est possible de
raliser un griffage afin dempcher que les apports soient emports par les pluies.
Cette mthode est la seule qui permet de respecter la structure du sol et cest aussi la
seule qui permet de faire du forage en agriculture biologique condition que la
structure du sol ait t respecte depuis plusieurs annes.
La prsence de matire organique sur la surface du sol le protge en plus des
intempries et de la scheresse.

Au bout de quelques annes de cette pratique, le sol devient grumeleux et souple, et il

est beaucoup moins sujet aux inondations, la battance ou encore la scheresse.

Lintention comme lment de fertilisation :

Voici le seul engrais gratuit ! Donc mme si cette mthode de fertilisation paraitra
plutt exotique pour certains, il est intressant den parler, dautant plus que des
donnes scientifiques tout fait srieuses existent sur le sujet.

Cest dans louvrage La vie secrte des plantes , crit par Peter Tomkins et
Christopher Bird, que jai trouv ces informations.

Cet ouvrage relate, entre autres les expriences de deux scientifiques tout fait
srieux :

- Cleve Backster : il tait examinateur au dtecteur de mensonge et il sest aperu que

lutilisation dun galvanomtre, en mesurant lintensit du courant lectrique dans les
feuilles des plantes, permettait dtablir des graphiques reproductibles. Il sest
rapidement aperu que toutes les plantes quil a testes ragissaient ses intentions, et
ce, mme distance.

- Marcel Vogel : il tait lun des ingnieurs qui ont contribu significativement au succs
de la socit dinformatique IBM. Ctait un scientifique trs rigoureux et il sest
intress aux dcouvertes de Backster. Cela la amen confirmer les rsultats de celui-
ci.

Pour plus dinformations sur ce sujet, je vous conseille vivement de lire La vie secrte
des plantes . Linformation quil faut retenir cest lorsque vous raliser vos travaux
dans les cultures, vous favoriserez la croissance et la productivit de vos plantes en
cultivant mentalement une intention positive daider vos plantes se sentir bien et
grandir harmonieusement.