Anda di halaman 1dari 8

TUGAS STRUKTUR DAN FUNGSI PROTEIN

HAL 110

Soal Nomor 1
Konfigurasi penuh sitrulina. Sitrulina yang diisolasi dari semangka memiliki struktur di
bawah ini. Struktur tersebut apakah D atau L-asam amino? Jelaskan.

Jawaban:

L-sitrulina

Cara sederhana untuk mengidentifikasi isomeri dari gambaran dua dimensi adalah dengan
"mendorong" atom H ke belakang pembaca (menjauhi pembaca). Jika searah putaran jarum
jam (putaran ke kanan) terjadi urutan karboksil-residu-amina maka ini adalah tipe D. Jika
urutan ini terjadi dengan arah putaran berlawanan jarum jam, maka itu adalah tipe L. (Aturan
ini dikenal dalam bahasa Inggris dengan nama CORN dari singkatan COOH - R - NH2).
Dengan catatan: gugus R berada di sisi bawah dan gugus karboksil di sisi atas. Selain itu,
seperti yang sudah dicontohkan pada gambar 3-4 halaman 78 (L-alanin) menunjukkan posisi

COOH - R - NH2 yang sama. Sebagai perbandingan, dapat dilihat pada gambar berikut ini.

Soal nomor 7

Perbandingan nilai PKa Alanin dan Polialanin. Kurva titrasi menunjukkan ionisasi dua
gugus fungsional dengan nilai Pka 2.34 dan 9.69, sesuai dengan ionisasi gugus karboksil dan
amino proton berturut-turut. Titrasi di-, tri-, dan oligopeptida alanin yang lebih besar juga
menunjukkan ionisasi hanya pada dua gugus fungsional meskipun percobaan menunjukkan
nilai PKa yang berbeda. Nilai Pka ditunjukkan pada tabel berikut.

Asam amino atau peptida pK1 pK2


Ala 2.34 9.69
Ala-Ala 3.12 8.30
Ala-Ala-Ala 3.39 8.03
Ala-(Ala)n-Ala, n4 3.42 7.94
(a) Gambar struktur Ala-Ala-Ala. Identifikasi gugus fungsional terkait pK1 dan pK2
(b) Mengapa nilai pK1 meningkat setiap penambahan residu alanin pada oligopeptida?
(c) Mengapa nilai pK2 menurun setiap penambahan residu alanin pada oligopeptida?
Jawaban:
(a) Pada pH 7 struktur ala-ala-ala adalah:

Asam amino memiliki nilai pKa dari gugus COOH dengan kisaran 1.8 hingga 2.4 dan
pKa dari gugus NH3+ dengan kisaran 8.8 hingga 11.0. Perbedaan nilai pKa bergantung
gugus alkil pada tiap-tiap asam amino.
(b) Semakin banyak residu alanin (poli alanin), gugus amina dan karboksil di kedua terminal
peptida semakin jauh. Gugus karboksil menjadi asam lemah karena semakin sulit
memberikan proton ke gugus amina yang mencerminkan nilai pKa semakin tinggi.
Elektrostatik antara proton karboksil dan proton pada gugus amina semakin lemah
karena jaraknya semakin jauh. Apabila Ka menurun (jumlah proton yang dilepaskan
sedikit) menyebabkan semakin besar nilai pKa maka semakin lemah asamnya.
(c) Seperti yang diketahui, muatan negatif gugus terminal karboksil memiliki efek stabilisasi
pada muatan positif gugus terminal amina. Penambahan jumlah residu alanin
menyebabkan berkurangnya efek stabilisasi gugus amina. Akibatnya, gugus NH3+ lebih
mudah kehilangan proton. Nilai pKa yang menurun mengindikasikan gugus amina
terminal menjadi basa lemah (asam kuat).

Soal no 15
Purifikasi enzim. Seorang ahli biokimia menemukan dan memurnikan enzim baru hasil
purifikasi ditunjukkan pada tabel berikut ini:
Prosedur Total protein (mg) Aktivitas (unit)
Ekstrak kasar 20000 4000000
Pengendapan (garam) 5000 3000000
Pengendapan (pH) 4000 1000000
Kromatografi pertukaran ion 200 800000
Kromatografi afinitas 50 750000
Kromatografi eksklusi ukuran 45 675000
(a) Berdasarkan informasi pada tabel, kalkulasikan aktivitas spesifik enzim di setiap proseur
pemurnian.
(b) Manakah prosedur pemurnian yang digunakan untuk enzim yang paling efektif?
(Memberikan peningkatan pemurnian relatif terbesar).
(c) Manakah prosedur penelitian yang paling rendah efektivitasnya?
(d) Apakah ada indikasi lain berdasarkan hasil yang ditunjukkan di tabel bahwa enzim
setelah prosedur ke 6 murni? Apa lagi yang dapat dilakukan untuk memperkirakan
kemurnian enzim?
Jawaban:
(a) Tabel pemurnian untuk hipotesis enzim
Prosedur Total protein Aktivitas Aktivitas spesifik Perolehan Pemurnian
(mg) (unit) (unit/mg) (%) (fold)
Ekstrak kasar 20000 4000000 200 100 1.0
Pengendapan (garam) 5000 3000000 600 75 3.0
Pengendapan (pH) 4000 1000000 250 25 1.25
Kromatografi pertukaran ion 200 800000 4000 20 20
Kromatografi afinitas 50 750000 15000 19 75
Kromatografi eksklusi ukuran 45 675000 15000 17 75
(b) Prosedur kromatografi pertukaran ion yang menunjukkan peningkatan terbesar di
aktivitas spesifiknya. Seperti yang telah diketahui, aktivitas spesifik adalah jumlah unit
enzim per miligram total protein. Aktivitas spesifik mengukur kemurnian suatu enzim.
Aktivitas spesifik akan meningkat selama proses pemurnian enzim dan menjadi
maksimal serta konstan ketika enzim murni. Hasil menunjukkan setelah kromatografi
pertukaran ion, aktivitas spesifik di prosedur selanjutnya menunjukkan nilai yang
maksimal dan konstan (tidak berubah kembali).
(c) Prosedur pengendapan pH adalah yang terendah karena 350 unit/mg atau 58% total
aktivitas hilang dari prosedur sebelumnya. Aktivitas spesifik enzim menunjukkan tingkat
kemurnian suatu enzim, semakin tinggi aktivitas spesifik suatu enzim maka semakin
tinggi kemurnian enzim tersebut.
(d) Nilai aktivitas spesifik enzim dari langkah 5 tidak berubah lagi. Hal ini mengindikasikan
enzim telah murni karena aktivitas spesifik akan meningkat selama proses pemurnian
enzim dan menjadi maksimal serta konstan ketika enzim murni. Elektroforesis SDS-page
gel dapat dilakukan untuk mengecek kemurnian enzim. Metode elektroforesis digunakan
untuk menentukan sifat penting protein, seperti titik isoelektrik dan berat molekul.

Hal 152

Soal nomor 2

Hubungan struktural dan fungsional protein serat (fibrous). William Astbury


menemukan bahwa pola difraksi sinar-x wol menunjukkan unit struktural berulang dengan
jarak sekitar 5.2 sepanjang serat wol. Ketika ia menguapkan dan membentangkan wol, pola
x-ray menunjukkan unit struktural berulang baru pada jarak 7,0 . Penguapan dan
peregangan wol kemudian membiarkannya menyusut memberikan pola x-ray konsisten
dengan jarak asli dari sekitar 5,2 . Meskipun pengamatan memberikan petunjuk penting
untuk struktur molekul dari wol, Astbury tidak mampu untuk menafsirkan penemuannya pada
saat itu.

(a) Mengingat pemahaman tentang struktur wol, interpretasikan pengamatan Astbury ini.

(b) Ketika sweater wol atau kaus kaki dicuci dalam air panas atau diuapkan dalam mesin
pengering, keduanya menyusut. Sutra, di sisi lain, tidak menyusut di bawah kondisi yang
sama. Jelaskan.
Jawaban:

(a) Wol merupakan protein -keratin heliks. Hal ini sesuai dengan penemuan Pauling dan
Corey, keratin pada rambut merupakan struktur berulang antara 5.15 hingga 5.2
diamati dalam difraksi sinar-x. Sebuah -helix adalah struktur melingkar erat yang
memiliki rata-rata 3,6 asam amino per putarannya. Stabilitas intrinsik -heliks, demikian
juga serat merupakan akibat adanya ikatan hidrogen antar residu asam amino berdekatan.
Adanya tekanan mekanik dan panas menyebabkan wol dapat meregang lebih panjang
menjadi bentuk sheet yang mana jarak antara grup R yang berdekatan sekitar 7.0 dan
mengindikasikan daya regang wol. Setelah didinginkan kembali, rantai polipeptida
kembali ke -heliks yang berkurang panjangnya dan kain menyusut.

(b) Wol adalah serat yang diperoleh dari rambut hewan dari keluarga Caprinae terutama
domba dan kambing, tetapi bisa juga berasal dari rambut mamalia lainnya seperti alpaca.
Wol atau wool memiliki sifat elastis, mampu meregang sekitar 50% ketika basah dan
30% saat kering. Wol merupakan protein -keratin heliks. Ketika diuapkan dan
diregangkan, wol menjadi sheet yang apabila didinginkan kembali akan membuat
seratnya menyusut. Sementara itu, fibroin, protein sutra, diproduksi oleh serangga dan
laba-laba. Rantai polipeptida didominasi konformasi yang stabil. Keseluruhan struktur
sutra distabilkan dengan ikatan hidrogen panjang antara semua ikatan peptida pada
polipeptida setiap sheet dan dengan optimisasi interaksi van der Walls antara sheet.
Sutra tidak dapat diregangkan karena konformasi sheet sangat panjang. Namun,
struktur sutra fleksibel karena sheet berikatan satu sama lain dengan interaksi yang lemah
bukan ikatan kovalen seperti ikatan disulfida pada -keratin.
Soal no 10

Interpretasi plot Ramachandran. Periksa dua protein berlabel (a) dan (b) di bawah ini.
Manakah dari dua Ramachandran plot, berlabel (c) dan (d), yang lebih cenderung diturunkan
dari protein? Mengapa?
Jawaban:

Plot Ramachandran dikenal diagram Ramachandran atau plot [,]. Plot Ramachandran
memvisualisasi sudut dihedral terhadap residu asam amino dalam struktur protein. Plot
Ramachandran membantu penentuan struktur sekunder protein. Setiap residu dapat
digambarkan sebagai satu plot.

Kuadran I (most favored region) menunjukkan daerah di mana beberapa konformasi berada.
Daerah yang terkadang terdapat -heliks tangan kiri.

Kuadran II (additional allows region) menunjukkan daerah yang paling besar dalam grafik.
Daerah ini memiliki konformasi atom yang paling baik. Daerah ini menunjukkan
konformasi sheet yang dapat terbentuk secara sterik.

Kuadran III (generously allowed region) menunjukkan daerah terbesar kedua pada grafik.
Pada daerah ini terdapat heliks tangan kanan.

Kuadran IV (dissallow region) daerah yang hampir tidak ada garis/plot. Konfirmasi ini
(sekitar -180 hingga 0 derajat, sekitar 0-180 derajat) tidak disukai karena
adanya bentrokan sterik.

Berdasarkan informasi yang telah dijelaskan, protein (a) sheet (dengan sedikit heliks)
digambarkan oleh Ramachandran plot (c), yang menunjukkan sebagian besar konformasi
pada kuadran II di mana karakteristik ikatan sudut dari konformasi terkonsentrasi, ciri khas
kuadran II juga menunjukkan konformasi sheet yang dapat terbentuk secara sterik ; protein
(b) serangkaian -heliks dijelaskan oleh plot (d), di mana sebagian besar konformasi berada
di kuadran III. Pada daerah ini terdapat heliks tangan kanan yang terkonsentrasi. Kualitas
struktur berdasarkan geometrinya dapat dilihat dari persentase residu asam amino yang
berada pada most favored region (daerah yang disukai) dan disallowed region. Struktur yang
bagus memiliki persentase most favored region lebih besar dari 50%. Semakin besar
persentase residu asam amino yang berada pada most favored region dan semakin rendah
persentase residu pada disallowed region maka kualitas struktur akan semakin bagus.

Hal 184

Soal no 3

Afinitas hemoglobin terhadap oksigen. Apa efek yang terjadi pada perubahan afinitas
hemoglobin terhadap oksigen? (a) Penurunan pH plasma dari dari 7.4 menjadi 7.2. (b)
Penurunan tekanan parsial CO2 pada paru-paru dari 6 kPa (sekali bernapas) menjadi 2 kPa
(normal). (c) Peningkatan level BPG dari 5 mM (normal) ke 8 mM (tinggi). (d) Peningkatan
CO dari 1.0 ppm dalam atmosfer ruangan normal menjadi 30 ppm di rumah dengan tungku
rusak atau bocor.

Jawaban:

Afinitas hemoglobin terhadap oksigen dipengaruhi oleh pH, suhu dan konsentrasi 2,3-
bisfosfogliserat (2,3-BPG) dalam sel darah merah. Pengikatan setiap ligan mengubah kurva
O2 jenuh ke sebelah kanan, afinitas hemoglobin terhadap O2 diturunkan karena adanya ligan.
(a) Penurunan afinitas. pH semakin turun/kadar ion H+ meningkat akan melemahkan ikatan
antara oksigen akibat H+ berkompetisi dengan oksigen untuk berikatan dengan
hemoglobin deoksigenasi sehingga kurva disosiasi oksigen-hemoglobin bergerak ke
kanan (afinitas Hb terhadap O2 berkurang);

(b) Peningkatan afinitas. PCO2 darah menurun di kapiler paru sehingga CO 2 berdifusi dari
darah ke alveoli menyebabkan peningkatan afinitas Hb terhadap O2 (Hb lebih banyak
mengikat O2) kurva disosiasi oksigen hemoglobin bergeser ke kiri

(c) Penurunan afinitas. BPG akan menurunkan afinitas oksigen dengan hemoglobin
sehingga mempermudah pelepasannya. BPG dibentuk dari proses glikolisis untuk
menghasilkan ATP. Ketika BPG berikatan dengan Hb di gugus amina terminal dari 2
rantai beta hemoglobin akan membuat ikatan Hb dan O2 lebih longgar sehingga O2
mudah terlepas. Semakin tinggi kadar BPG semakin banyak O 2 yang dilepas dari Hb.
Hormon tertentu dapat meningkatkan pembentukan BPG misalnya tiroksin, hormon
pertumbuhan, epinephrine, norepinephrine dan testosteron. Kadar BPG juga bertambah
pada seseorang yang tinggal di daerah yang tinggi.

(d) Penurunan afinitas. Afinitas hemoglobin untuk mengikat karbon monoksida 200-250 kali
besarnya daripada afinitas hemoglobin untuk mengikat oksigen. Karbon monoksida (CO)
mudah bereaksi dengan hemoglobin membentuk karboksihemoglobin (COHb).

Soal no 11

Penggunaan antibodi sebagai penanda hubungan struktur-fungsi pada protein. Antibodi


monoklonal berikatan dengan G-aktin tetapi tidak dengan F-aktin. Apa yang bisa Anda
jelaskan tentang pengenalan epitop oleh antibodi?

Jawaban:
Aktin adalah bagian dari sitoskeleton. Aktin dalam wujud monomer-monomer bilobal
globular disebut G-aktin yang secara normal mengikat satu molekul ATP untuk tiap-tiap
monomer. G-aktin nantinya akan berpolimerisasi untuk membentuk fiber yang disebut F-
aktin. Polimerisasi ini merupakan suatu proses hidrolisis ATP menjadi ADP dengan ADP
yang nantinya terikat pada unit monomer F-aktin. G-aktin dan F-aktin berperan penting
dalam pembentukan sitoskeleton, pergerakan selular, dan kontraksi selama pembelahan sel.
Epitop adalah bagian spesifik molekul yang akan mengikat antibodi. Antibodi monoklonal
hanya akan berikatan dengan satu bagian spesifik suatu molekul. Jika F-aktin adalah hanya
sekelompok G aktin yang berkumpul bersama hal ini berarti F aktin memiliki epitop yang
sama dengan G aktin. Namun, ternyata antibodi monoklonal hanya berikatan dengan G aktin
saja tidak dengan F aktin. Hal ini terjadi karena satu bagian tertentu epitop G aktin tidak
dapat diakses untuk mengikat antibodi. Dengan demikian, semua epitop menghadap ke dalam
atau terkubur. Akibatnya, antibodi tidak dapat berikatan dengan epitop apabila epitop
terkubur di dalam F aktin.