Anda di halaman 1dari 13

ISOLASI DNA PADA BERBAGAI MACAM BUAH

LAPORAN
Disusun untuk Memenuhi Tugas Matakuliah Genetika I
yang dibimbing oleh Prof. Dr. Siti Zubaidah, S.Pd, M.Pd dan Andik Wijayanto, S.Si ,M.Si.

Disusun oleh:
Offering C/Kelompok 10

Della Putri Irma S (150341607226)


Gandhes Cintya Dewi (150341607848)

The Learning University

UNIVERSITAS NEGERI MALANG


FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
Februari 2017
A. Judul : Isolasi DNA Pada Berbagai Macam Buah
B. Tujuan
1. Mengetahui pengaruh jenis detergen terhadap hasil isolasi DNA pada buah.
2. Mengetahui pengaruh jenis detergen terhadap kecepatan waktu pembentukan DNA
pada proses isolasi DNA.
3. Mengetahui pengaruh jenis buah terhadap hasil isolasi DNA
C. Rumusan Masalah
1. Bagaimanakah pengaruh jenis detergen terhadap hasil isolasi DNA pada buah?
2. Bagaimanakah pengaruh jenis detergen terhadap kecepatan waktu pembentukan DNA
pada proses isolasi DNA?
3. Apakah jenis buah berpengaruh terhadap hasil isolasi DNA?
D. Dasar Teori
Pada umumnya, sel mengandung dua asam nukleat yaitu DNA dan RNA.
DNA terletak dalam kromosom, yang dijumpai dalam nukleus, mitokondria, dan
kloroplas. Sedangkan RNA dijumpai di dalam nukleus, sitoplasma dan ribosom. Di
dalam sel mahluk hidup terdapat DNA, dimana zat ini disebut sebagai cetak biru
kehidupan karena mempunyai peranan yang sangat penting, yaitu sebagai pembawa
hereditas yang menentukan struktur protein dan proses metabolisme lain (Hays, 2005
dalam Jamilah 2005).
DNA (Deoxyribose Nucleid Acid) merupakan struktur makromolekuler yang
disusun oleh sub unit yang disebut mitokondria (Gardner, 1991). Setiap nukleotida
tersusun atas gugus fosfat, gula karbon lima (pentosa) yang disebut gula dioksiribosa,
dan basa nitrogen misalnya adenine, guanine, timin, dan sitosin. Pada model witson dan
krick, molekul mempunyai dua rantai polinukleotida, tiap rantai terdiri atas gugus fosfat
dan gugus gula secara berselang seling. Gugus fosfat terikat pada atom 5 dan satu gula
terikat secara kovalen pada atom karbon 3 dari gula berikutnya. Dua rantai tersebut yang
saling terpilin seperti tangga spiral ganda yang disebut heliks ganda.
DNA ditemukan pada semua makhluk hidup dari mikroorganisme sampai
organisme tingkat tinggi missal: manusia, hewan dan tanaman. DNA terdapat da dalam
sel dan inti sel. DNA dapat diekstrak dari segala macam organ yangterdapat pada bagian
tubuh mahluk hidup bersel, misalnya pada tumbuhan dapat diekstrak dari daun, buah
maupun dari batangnya (Muladno, 2002).
Untuk mendapatkan DNA murni dari suatu sel dalam jaringan tubuh makhluk hidup
dapat dilakukan suatu teknik isolasi DNA. Zubaidah (2004: 38) menyatakan bahwa
isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara, akan tetapi pada setiap jenis maupun
bagian tanaman dapat menimbulkan masalah berbeda, antara lain karena adanya senyawa
polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian
DNA dan juga mempengaruhi enzim-enzim seperti polimerase, ligase, endonuklease
restriksi, atau enzim untuk kegiatan molekuler lain yang dapat menyebabkan DNA tidak
dapat digunakan untuk aplikasi penelitian.
Ekstraksi atau isolasi DNA merupakan teknik dasar yang harus dikuasai dalam
teknologi DNA rekombinan (Abdul Hamid,2001). Isolasi DNA ini dimaksudkan untuk
mendapatkan DNA murni. Selain itu Muladno (2002) menjelaskan bahwa cara ekstraksi
DNA dari berbagai sumber pada prinsipnya adalah sama, akan tetapi ada beberapa
modifikasi tertentu yang biasanya dilakukan agar dapat menghancurkan inhibitor pada
masing-masing sumber tersebut.
Prinsip teknik isolasi DNA ada berbagai tahap reaksi dengan tujuan yang berbeda-
beda pada setiap tahapnya. Tahap pertama adalah penghancuran dinding sel, tahap ini
dapat dilakukan secara mekanis dan enzimatis. Tahap kedua adalah melisis sel, cara ini
tergantung dari jenis selnya. Tahap ketiga adalah pemurnian DNA dari sisa-sisa molekul
penyusun sel, seperti protein dan lain-lain.
Isolasi DNA dapat dilakukan dengan menggunakan perlakuan deterjen. Detergen
telah lama dikenal masyarakat sebagai bahan bantu dalam proses mencuci, karena
detergen memilki sifat sebagai bahan pengemulsi yang baik. Detergen memiliki ikatan
kimia dengan gugus hidrofil yang bersifat polar dan gugus hidrofob yang bersifat non
polar. Gugus hidrofob inilah yang bertanggung jawab dalam pengikatan kotoran dari
bahan cuci, karena mampu mengikat senyawa non polar (protein dan lipid) dari
lingkungan sekitar dan membentuk protein-lipid-detergen kompleks, hal inilah yang
menyebabkan detergen menjadi salah satu polutan bagi lingkungan perairan, karena
kemampuan membentuk protein-lipid-detergen kompleks dapat mengakibatkan
rusaknya membran sel orgaisme (Machmud, 2006).
E. ALAT DAN BAHAN
Alat dan bahan yang digunakan dalam praktikum ini sebagai berikut:

1. Alat a. Buah: semangka, jeruk dan


a. Blender melon
b. Corong b. Aqudes
c. Pengaduk c. Alkohol dingin 96%
d. Timbangan d. Deterjen: rinso, sunlight, dan
e. Pipet
wings
f. Saringan tahu (kain)
e. NaCl
g. Kertas saring
f. Kertas saring
h. Gelas ukur
i. Pisau
j.Gelas aqua
k. Tabung reaksi
l. Rak tabung
2. Bahan
F. PROSEDUR KERJA
BuahMBuahas i n g- m as i n g buah di t i m bang
BuahHasHas ii ll diss aa srr iiannr igangann g didi ss aa rr ii nn gg kemkem balbal ii
ssDiHass eee banyak
mmb eriangkaangkal is adetr i n200eganr g engryanga m m berenggunakan
b eda
MmDim enggunakan
asenggunakan
i n g- m as i n gs aBeaker r i n gan gl
t a a
hu s dengan car a
mt(,diiWmmenggunakan
el, m ielbangan
on og'unnskkancr e amke, Ri n s o ,
as ker t a s s a r i n g dengan car a
disadyanga trai nmgansbahkan
a m a gar a m dapur 1
yangSunldal a mi gs aht3m) a
sukp at u l a

DM i e tc a a m t a b t a w h a k k a t n u m e n g g u n a k a n
mls i t h o a ps i w n ga t- c m h a d s ai n g k 5 u a m n l t i t a s b a h a n
ay lta k n o g h to e l r db ie n n g t ui n k
G. DATA HASIL PENGAMATAN

No Waktu Terbentuk Kuantitas


Nama Buah Deterjen Keterangan
. DNA DNA
1. Jeruk Bubuk 80 detik + Benang
Cair 11 detik ++ Benang
Cream 5 detik +++ Benang
2. Semangka Bubuk 147 detik +++ Kabut
Cair 64 detik + Kapas
Cream 61 detik ++ Benang
3. Melon Bubuk 27 detik +++ Kabut
Cair 14 detik ++ Kabut
Cream 14 detik + Kabut

Keterangan :
+++ = banyak
++ = sedang
+ = sedikit
H. ANALISIS DATA

I. PEMBAHASAN

J. KESIMPULAN
K. SARAN

L. DISKUSI
1. Apa yang dimaksud dengan isolasi DNA?
Isolasi DNA merupakan salah satu teknik dasar yang harus dikuasai dalam
mempelajari teknik biologi sel. Teknik ini diawali dengan perusakan dinding sel
(tumbuhan) dan lisis membran sel yang merupakan upaya pemecahan sel, serta
presipitasi DNA yang akan dipisahkan (purifikasi DNA). Isolasi DNA juga disebut
proses pemisahan molekul DNA dari molekul-molekul lain di inti sel. Prosedur ini
memiliki beberapa tujuan analisis yaitu visualisasi DNA, peninjauan pola fragmentasi
DNA, pembuatan pustaka genomik, rekayasa gen, dan amplifikasi DNA. Terdapat
tiga tahapan dasar dan dua tahapan tambahan dalam prosedur isolasi DNA ini, yaitu
preparasi ekstrak DNA (perusakan dinding sel dan lisis membran sel), purifikasi
DNA, dan presipitasi DNA, serta pemisahan terhadap protein (dengan protease) dan
RNA (dengan RNAse). Setiap maksud penggunaan DNA yang beragam
membutuhkan persyarakan kualitas DNA yang berbeda. Kualitas DNA tersebut
ditentukan oleh hal-hal berikut yaitu kemurnian DNA, panjang DNA, kemampuan
dipotong oleh sembarang enzim, tidak mengalami modifikasi selama proses isolasi
berlangsung. Oleh sebab itu, terdapat sejumlah teknik isolasi DNA, yang disesuaikan
untuk berbagai maksud penggunaan dan kualitas minimum yang ingin dicapai.
2. Apa fungsi penambahan detergen?
Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat dilakukan karena deterjen dapat
menyebabkan
rusaknya
membran sel,
melalui ikatan
yang dibentuk
melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak pada membran membentuk
senyawa lipid protein-deterjen kompleks. Deterjen dapat melisiskan barier
(penghalang) sel secara kimia sebagai pengganti senyawa kimia yang mampu
merusak dinding dan membran sel antara lain lisozim yang dapat mendegesti senyawa
polimerik yang menyebabkan kekakuan sel dan etil endiamintetra asetat (EDTA) yang
berfungsi untuk menghilangkan ion Mg2+ yang penting untuk mempertahankan
keseluruhan struktur selubung sel, serta menghambat enzim-enzim seluler ynag dapat
merusak DNA (ion Mg2+ merupakan kofaktor penting bagi DNAse yang biasa
"memakan" DNA). Detergen bisa menyebabkan kerusakan membran sel dengan
mengemulsi lipid dan protein sel serta menyela interaksi polar yang menyatukan
membran sel karena detergen mengandung disodium EDTA dan lauryl sulfat yang
memiliki fungsi yang sama dengan dodesil sulfat.
3. Apakah fungsi penambahan garam?
Garam (NaCl) memegang peranan penting yaitu untuk menghilangkan protein dan
karbohidrat karena garam dapat mnyebabkan keduanya terpresipitasi, dan bersama-
sama dengan detergen, keduanya berfungsi sepertihalnya lysing buffer. Garam juga
digunakan untuk melarutkan DNA, karena ion Na+ yang dikandung oleh garam
mampu memblokir (membentuk ikatan) dengan kutub negatif fosfat DNA, yaitu
kutub yang bisa menyebabkan molekul-molekul saling tolak mnolak satu sama lain
sehinggga pada saat ion Na+ membentuk ikatan denagn kutub negatif fosfat DNA,
DNA akan terkumpul. Jadi, garam berfungsi untuk membantu proses pemekatan
DNA.
4. Apakah fungsi alkohol? Mengapa alkohol yang ditambahkan harus dalam kondisi
dingin?
Alkohol berfungsi untuk pengikatan strand DNA yang telah terkumpul kerena
pemekatan oleh garam, karena kerapatan alkohol lebih kecil dibandingkan kerapatan
air maka alkohol akan berada di bagian atas larutan pada tabung reaksi. Strand-strand
DNA yang terikat oleh alkohol akan nampak sebagi benang-benang putih yang
terapung di atas filtrate.
Alkohol yang ditambahkan harus dingin, karena semakin dingin alkohol, maka
konsentrasi DNA yang akan terikat oleh alkohol tersebut akan semakin pekat atau
tinggi. Konsentrasi DNA yang terpresipitasi tergantung dari beberapa hal, antara lain:
keenceran sumber DNA yang digunakan dan suhu ethanol. Semakin encer filtrat,
maka DNA yang terpresipitasi akan semakin sedikit. Sementara semakin dingin
ethanol, DNA yang terpresipitasi semakin pekat.
5. Mengapa pengadukan campuran setelah ditambah deterjen tidak boleh berbusa?
Tujuan pengadukan disini adalah untuk merusak dinding dan membran sel agar sel
mengalami lisis, bila sel lisis maka DNA akan keluar dari sel dengan warna putih, jika
pengadukan dilakukan dengan keras maka DNA akan rusak dan dengan adanya busa
DNA akan sulit teramati karena warnanya sama dengan warna busa (buih) dari
detergen.

6. Apakah kecepatan penggabungan DNA pada masing-masing buah dan masing-


masing detergen berbeda? Mengapa?
Kecepatan penggabungan DNA pada masing-masing buah dan masing-masing
detergen berbeda. deterjen cair memiliki daya rusak paling tinggi dalam memecah
atau melisiskan membran sel. Ini dikarenakan di dalam deterjen cair mengandung
konsentrasi yang lebih tinggi (misalnya lauryl sulfat) yang memiliki fungsi sama
seperti Sodium Dodesil Fosfat (SDS) dan disodium EDTA. Peristiwa tersebut dapat
dilihat saat pembentukan DNA pada semangka yang ditambah sunlight. Ketika
semangka ditambahkan sunligt kuantitas DNA menjadi lebih banyak dibandingkan
ketika semangka ditambahkan rinso dan wings cream. Jadi dapat diketahui apabila
kandungan zat tersebut memiliki konsentrasi tinggi di dalam deterjen maka peristiwa
lisis yang terjadi akan semakin cepat dan kuantitas DNA yang dihasilkan akan
semakin banyak. Pada parktikum pada penggabungan deterjen cream pada isolasi
DNA buah jeruk lebih cepat hal tersebut merupakan kesalahan dalam penentuan
kuantitas DNA yang terjadi dikarenakan ketidaktelitian dan ketidakcermatan
praktikan saat melihat dan menentukan kuantitas DNA yang terbentuk.
7. Apa kesimpulan dari praktikum isolasi DNA?
Salah satu metode yang digunakan untuk isolasi DNA secara sederhana yaitu
dengan cara penghancuran (lisis) sel tumbuhan (buah) melalui proses mekanik dan
kimia. Proses mekanik dilakukan dengan cara memblender buah tersebut kemudian
menyaringnya, sedangkan proses kimiawi dilakukan dengan menambahkan deterjen
pada hasil filtrat. Selanjutnya dilakukan ekstraksi dan pemurnian DNA.

Jenis deterjen maupun buah yang digunakan dalam praktikum isolasi DNA
berpengaruh terhadap kuantitas DNA yang dihasilkan. Seperti yang telah diketahui
bahwa pada buah yang ditambah deterjen cair akan menghasilkan kuantitas DNA
yang lebih banyak jika dibandingkan dengan buah yang ditambah deterjen bubuk atau
cream. Ini dikarenakan pada deterjen yang berbentuk cream mengandung SDS yang
berguna untuk melisiskan membran sel lebih banyak dibandingkan dengan deterjen
yang berbentuk bubuk atau cream. Sedangkan pada buah semangka dan jeruk yang
memiliki kadar air tinggi kuantitas DNA yang dihasilkan lebih sedikit dibandingkan
dengan melon yang memiliki kadar air lebih sedikit. Hal ini dikarenakan pada jeruk
dan semangka yang kadar airnya tinggi DNA akan bercampur dengan air sehingga
proses presipitasi yang terjadi menjadi lamban dan kuantitas DNA menjadi sedikit.

DAFTAR PUSTAKA

Gardener, EJ dkk. 1991. Principle of Genetic. New York: Jhon Wiley and Sons. INC.
Jamilah. 2005. Pengaruh Berbagai Macam Detergen, Penambahan Garam Dan Ekstrak
Nanas (ananas comulus (L) mers) Terhadap Hasil Isolasi DNA Berbagai Macam
Buah Sebagai Topik Praktikum Matakuliah Genetika. Skripsi. Malang: Program
Serjana Pendidikan Biologi
Machmud, wildan. 2006. Penentuan LC 50 48 Jam Detergen dan Pengaruhnya Terhadap
Mortalitas Larva Ikan Mas (Cyprus Corpio) Ras Punten dengan tipe Ploidi Yang
Berbeda. Skripsi tidak diterbitkan. Malang: Program Sarjana Biologi
Muladno. 2002. Seputar Teknologi Rekayasa Genetika. Bogor: Pustaka Wirausaha Muda.
Toha, Abdul Hamid. 2001. Deoxiribosa Nuclear Acid. Bandung: Alfabeta
LAMPIRAN

1. Buah Jeruk

Sari Buah Jeruk + Sari Buah Jeruk + deterjen Sari Buah Jeruk + deterjen
deterjen berbentuk cream berbentuk bubuk berbentuk cair
(bentuk benang) (bentuk benang) (bentuk benang)