Anda di halaman 1dari 13

Elemen Transposable pada Prokariotik dan Eukariotik

Plasmid and episomes


Materi genetik bakteria membawa kromosom+ utama, salah satu contohnya yaitu
molekul ekstra kromosom DNA atau mini kromosom yang disebut plasmid . pengertian
sebenarnya plasmid adalah tiruan ( unit dari materi genetik yang mampu melakukan
replikasi sendiri) pewaris yang stabil (merawat tanpa perlakuan yang spesifik). pada
bagian ekstrakromosom kebanyakan plasmid adalah tidak penting , hal itu karena
mereka tidak perlu mempertahankan diri ketika mereka hidup. bagaimanapun pada
beberapa contoh perlu kondisi lingkungan yang pasti seperti adanya antibiotik.
Plasmid telah diidentifikasi pada hampir semua strains of bacteria yan telah diuji.
Mereka diketahui diuji pada 1) pada antibiotik dan obat-obatan yang resisten pada
bakteri patogen 2) pada ketidakstabilan industri mikroorganisme penting. Pada
sterptoccocus lactis dan beberapa bakteri terkait yang digunakan dalam proses
pembuatan keju , multiple plasmid telah diidentifikasi dan di tunjukkan untuk mencari
kode gen untuk enzim yang penting pada proses fermentasi yang terbawa ketika
pembuatan keju.
Penelitian ini mengemukakan bagaimana keju starter culture dari bakteri
bersifat tidak stabil dan beberapa kali harus dibuang dan membutuhkan biaya yang
banyak dalam pembuatan industri keju. 3 tipe plasmid bakteri yang secar luas sudah
dipelajari :
1. F and F+ plasmid. Faktor penghubung kesuburan yang sebelumnya telahdidiskusikan
2. R plasmid (biasa disebut RTF or resistance pada antibiotik atau obat antibakteria
lainnya.
3. Col plasmid ( biasa disebut colicinogenic faktor ) plsmid yang mengkode colicin,
merupakan protein yang membunuh sel E. Coli yang sensitif.
Plasmid juga diketahui di bakteria yang mengkode bacteriocins selain colicins.
Contoh plasmid diketahui mengkode vibriocins yaitu protein yang yang membunuh sel
Vibrio cholerae. Mereka menghilang sebagai kesamaan pada col plasmid . Plasmid
dapat dibagi menjadi 2 grup berdasarkan ada atau tidaknya mediate konjugative transfer
sendiri
1. conjugative atau pengantran plasmid diantar oleh DNA dari konjugasi ( seperti pada
penggabungan F+ dan F- )
2. Semua plasmid F dan F , beberapa R plasmid dan beberapa col plasmid adalah
conjugative
Conjugasi secara alami dari beberapa R plasmid berada pada antibiotic dan obat
resisten gen meliputi populasi dari bakteri patogen . nonkonjugatif atau nontransmissible
plasmid transfer tidak dimediasi oleh DNA conjugation. Bberapa R dan Col plasmid
tidak konjugative. Beberapa plasmid seperti F factor juga memenuhi definisi dari
elemen genetik yang disebut episom , episom adalah elemen genetik yang dapat
bereplikasi dalam salah satu dari dua bagian alternatif 1) sebagai penyatu (penyatu
ikatan kovalen ) bagian dari bost kromosom 2) sebagai autonomous elemen genetik
bagian dai bost kromosom.
Plasmid dan episom tidak sama beberapa plasmid tidak hiup pda bagian yang
disatukan juga episom kromosom phage sama pada beberapa temperatur seperti phage ^
genome adalah episom bukan plasmid . sekarang banyak yang mempelajari tentang
rantao dari DNA pendek yang disebut IS elemen (insertion sequence) .elemen IS juga
hadir dalam host kromosom .rantai ini dari 800-1400 nukleotida merupakan
transposabele is elemen juga memediasi recombinasi antara nonhomolog elemen genetik
dengan tempat tinggalnya hal ini diperjelas oleh E coli K12 F plasmid (F factor) 4 yang
paling utama yang secara luas dicirikan dalam rantai adalah IS1, IS2, IS3, dan IS4, yaitu
768,1327, 1300 dan 1426 nukleotida
Ketidakstabilan genetik dan penemuan dari elemet pengubah urutan
Transpossable element ditemukan oleh B. Mc-Clintock yang meneliti analisis
kestabilan genetik pada jagung. Ketidakstabilan genetik terjadi karena kerusakan
kromosom yang ditemukan pada tempat terjadinya kerusakan . kerusakan ditandai
dengan hilangnya beberapa ciri genetik tertentu. Pada suatu eksperimenn mc-clintock
menggunakan tanda untuk mengatur posisi pigmentasi dari aleuron yaitu lapisan paling
luar dari biji jagung. Mengingat bahwa endosperm adalah triploid ketika diproduksi
dari nukleus bawang merah betina dan jantan. Mc-clintoc menandai alel dari tempat c
pada lengan yang pendek dari kromosom 9, Sejak alel ini disebut C mendominasi
menghambat pewarnaan aleuron tdak ada biji jagung yang terwarnai . mc-clinton
memfertilisasi cc ears dengan polen dari cc tassel . yang menghasilkan biji pada
endospermanya ccc. Yang mana beberapa dari mereka tidak terwarnai seperti yang
diharapkn . beberapa memperlihatkan pigmen ungu kecoklatan.
Mc-clinton membertitahu bahawa faktor penghambat C alel akan hilang ketika
perkembangan endosperm. Sehingga jaringan mampu memproduksi pigment. Sehingga
genotip menjadi CC yang diindikasi telah kehilangan alel C . kerusakan yang terjadi
pada sisi yang dilabeli oleh anak panah yang menyobek segmen dari kromosom dari
sentromernya (asentik fragment) seperti fragmen yang akan hilang ketika terjadinya
pembelahan sel. jadi seluruh keturunan dari sel kekurangan bagian dari pola yang
sesungguhnya, sejak kehilangan fragmen pembawa C alel tidk ada satupun dari sel
pada jaringan tersebut yang terhambat pembentuan pigmentnya. Dan jika ada yang
memproduksi aleuron potongan warna akan menghilang. ini merupak kesimpulan dari
kernel yangdiperlihatkan pada gambar 9.1

Transpossable element in bacteria


Ketidakstabilan genetik juga ditemukan pada bakteria, perubahan urutan bakteria
yang paling simpel rangkaian sisipan (IS elements insertion sequences) yang terdiri dari
1500 pasang nukleotida dan mengandung hanya gene yang menyelenggarakan dan
mengatur perubahan urutan. Is elemen berkombinasi dengan gen lainnya untuk
membentuk transposon campuran. Elemen ini mengandung gen gen yang tidak
diperlukan untuk transposisi . adanya bacteriophage ^ jugamenjadi salah satu
transposable elemen bisa memasukkan kedalam dirinya ke kromosom bakteri .
bagaimanapun phage ini mewakili batas atas dari ukuran transpososn dan nyatanya
mengandung gen yang diperlukan untuk kebiasaaan sisipan.
IS element : is element adalah organisasi yang lengkap. Berupa kode tunggal
dengan identik, pendek atau rangkaian yang dekat identik pada kedua akhirnya . akhir
dari rangkaian ini selalu terbalik satu sama lain. Panjangnya mencapai 9-40 passng
nukleotida. Ketika is elemen masuk ke kromosom atau plasmid mereka menciptakan
duplikasi dari rantai DNA pada salah satu sisi yang disisipi. 1 copi dari duplication
berlokasi pada setiap eleme sekitar 3-12 pasangan pengulangan rantai (target side
duplications ) bertujuan untuk meningkatkan perusakan double strain. Is elemen
memediasi penyisipan episom ke kromosom bakteri proses ini mengandung rekombinasi
yang homolog antara is elemen yang berlokasi di episom dan di kromosom.
Tn 3 Family : Elemen dalam kelompok transpososn ini memiliki akhir 38-40
pasang nuleotida dan memproduksi sisi target duplicasi 5 pasang nuleotida yang
disisipi. Merak lebih besar dari is elemen (5000 pasang nuleotida atau lebih) dan
biasanya mengandung gen pelengkap untuk melakukan trasnposisi. tn3
merupakancontoh sukses yang telah dipelajari. Organisasi genetic dari tn3 yaitu ada 3
gen, trip A , trip B, and bla, menyandi, berturut turut transposase, a resolvase/repressor
an enzim yang disebut beta lactamase (resisten terhadap antibiotic ampicilin)
Transposisi pad tn3 terjadi pad 2 tahap
1) pengubahan urutn dengan cara fusi dari 2 molekul , berbentuk struktur yang disebut
cointegrated . ketika proses ini transposson bereplikai dan 1 copi massuk ke setiap
junction penghubung.
2) TNRP-encode resolvase memediasi sisi spesifik recombinasi antara kedua tn3
elemen.

Medical significant of bacteria transposon


Bacteri transposon secara jelas sangat respons pada transposisi dari control gen
yang resisten terhadap antibiotic dan obat-obatn lainnya. Dari molekul satu ke molekul
yang lain. Mereka percaya memainkan peran evolusi yang cepat dari R plasmid
Seluruh konjugative R plasmid paling tidak punya 2 componen
1. segmen pembawa 1 set gen yanng mengandung conjugative DNA transfer
2. segmen yang kedua pembawa antibiotic gen resisten .
segmen yang membawa gen transfer diebut komponen RTF (resistanc transfer
factor). Segmen yang membawa gen resistence disebut dengan R-determnant . Rtf
componen pada beberapa conjugtive r plasmid yang berbeda menghilang untuk
mendapat jumlah homolog yang banyak bergantung pada DNA-DNA cross hibridization
experiment..
Sebagai contoh E.coli R plasmid dketahui akan ditransfer ke beberapa genus
meliputi proteus, salmonella, hemophilus, pasturella and shigella, semua mengandung
achogenic spesies. Peningkatan frekuensi bakteri pembawa plasmid dengan R-
determinants yang pada akirnyya resisten terhadap antibotik penicillin, tetracyclin,
streptomycin, kanamycin, pada populasi di rumah sakit.kesimpulannya sangat jelas
bahwa kita harus membatasi penggunaan kita terhadap antibiotic untuk infeksi bacteri
yang serius dan tidak digunakan dalam setiap infeksi baktei yang kecil . jika kita tidak
membatasinya antibiotic dan obat obatan akan effektif mungkin hanya sedikit memberi
manfaat di kehidupa kedepan.

Elemen Transposable pada Eukariotik


Dimulai dari percobaan yang dilakukan Mc Clintock dan beberapa penemuan baru
yang menunjukkan adanya elemen transposable pada sel eukariotik, antara lain pada
yeast, jagung dan Drosophila
Elemen TY pada Yeast
Saccharomyces cerevisae memiliki sekitar 35 salinan dari transposable elemen yang
disebut dengna Ty yang merupakan genom haploid. Transpososn tersebut memiliki

panjang sekitar 5900 pasang nukleotida dan tiap-tiap ujungnya diikat oleh sekuen
yang memiliki panjang 340 pasang nukleotida. Setiap sekuen membentuk Long

Terminal Repeats atau LTR. Terkadang LTR melepaskan diri dari elemen Ty menjadi

tunggal. Sehingga tunggal dihasilkan dari rekombinasi antara LTR dari elemen Ty

yang lengkap. Elemen Ty diapit oleh 5 pasang nukleotida yang dihasilkan oleh duplikasi
DNA pad tempat Ty menginsersi genom Yeast. Target Site Duplication ini tidak
memiliki sekuen tertentu, tetapi memiliki banyak pasangan bas A-T.
Organisasi genetik element Ty menyerupai retrovirus. Virus RNA rantai tunggal
mensintesis DNA dari RNA mereka setelah memasuki sel inang, kemudian DNA di
insersikan ke dalam genom membentuk tempat target duplikasi. Materi yang sudah di
insersikan memiliki struktur yang sama seperti elemen Ty pada yeast (DNA sekuen
diikat oleh LTR) yang disebut dengan provirus. Provirus paling sederhana memiliki 3
gen yaitu gag, pol dan env yang berfungsi mengkode struktur, katalis dan protein
membrane. Akan tetapi elemen Ty mengandung 2 gen yaitu A dan B yang analog dengan
gag dan pol pada retrovirus. Salah satu hipotesis menyebut bahwa elemen Ty yeast
merupakan retrovirus primitive, yang menyebabakan elemen ini mampu berpindah dari
satu tempat ke tempat yang lain dalam satu sel, tapi tidak mampu berpindah dari satu sel
ke satu sel yang lain. Setelah RNA disintesis dari Ty DNA, produk dari gen TyB
digunakan RNA untuk membuat DNA rantai ganda. Proses tersebut disebut dengan
traskripsi balik. Elemen Ty yeast disebut juga retrotransposon.
Transposon pada Jagung
Elemen Ac dan Ds
Famili Ac dan Ds pada jagung ditemukan oleh McClintock, terdiri dari berbagai
elemen yang tersebar di seluruh genom. Elemen Ac terdiri atas 4563 pasang nukleotida
yang diikat oleh 8 pasang nukleotida berulang yang terbentuk saat elemen tersebut
menyisip pada kromosom. Hal unik pada elemen ini adalah adanya 11 pasang nukleotida
yang sama di kedua ujung dengan arah yang berbeda. Keberadaan inverted terminal
repeat ini berperan penting dalam proses transposisi.
Semua elemen Ac pada genom jagung menunjukkan struktur yang sama tapi tidak
identic. Berbeda dengan Ds element yang memiliki struktur heterogen. Salah satu kelas
dari elemen Ds terbentuk dari turunan elemen Ac, akibat delesi sekuens internal Ac.
Pada kelas lain memiliki karakter sekuen inverted terminal repeat dari Ac. Bagian dari
Ac/Ds family yang tidak biasa ini disebut aberrant. Ds elemen ganda bertanggung
jawab pada kerusakan kromosom .
Elemen Ac memiliki gen yang mengkodekan transpose sehingga transposisi bisa
terjadi. Delesi atau mutasi dari gen yang mengkode protein tersebut akan
menghilangkan kemampuan transposisi, itulah sebabnya elemen Ds tidak dapat
mengaktifkan dirinya sendiri. Dengan demikian transpose yang dihasilkan oleh elemen
Ac dapat digunakan untuk mengatifkan kedua elemen tersebut, baik Ac maupun Ds
sehingga transpose pada Ac/Ds disebut dengn trans-acting.

Elemen Spm dan dSpm


Transposon lain pada jagung juga ditemukan oleh McClintock, yaitu Suppressor-mutato.
Spm merupakan elemen autonom sedangkan dSpm (d untuk deleted) adalah elemen
nonautonom. Elemen Spm memiliki 8287 pasang nukleotida, termasuk 13 pasang
nukleotida inverted terminal repeat. Ketika elemen ini menyisip pada kromosom, akan
dibentuk 3 pasang nukleotida target site duplication. Elemen dSpm berukuran lebih
kecil dari Spm karena sebagian sekuen DNA mengalami delesi. Delesi ini akan
mengganggu fungsi gen karena gen yang terdelesi pada dSpm adalah gen pengkode
transpose sehingga elemen dSpm ini tidak dapat mengatur pergerakannya sendiri.
Elemen Spm memiliki fungsi sebagai suppressor fungsi gen apabila berinteraksi dengan
dSpm pada salah satu posisi dalam genom. Sebagai contoh, ketika dSpm menyisip pada
salah satu gen yang mengontrol pigmentasi pada biji jagung, berakibat mengganggu
ekspresi gen pembentukan pigmen tetapi tidak sepenuhnya terhambat. Ketika elemen
Spm masuk ke dalam genom tersebut, maka ekspresi pigmentasi benar-benar terhambat.
Hal ini karena penyisipan Spm dapat menginduksi pelepasan elemen dSpm.

Transposon pada Drosophila


Retrotransposon
Sebagian besar transposon Drosophila terdiri dari elemen retrovirus atau
retrotransposons. Elemen ini tersusun atas 5000 sampai 15000 pasang nukleotida yang
pada masing-masing ujungnya terdapat long terminal repeat atau LTR yang
mengandung ratusan pasang nukleotida. Ketika retrotransposon menginsersi
kromososm, elemen ini akan membuat target site duplication dengan satu salinan pada
tiapsisi transposon. Ukuran dari duplikasi ini bervariasi bergantung jenis transposonnya.
Tidak diketahui secara pasti seberapa banyak retrotranspososn yang berbeda pada
Drosophila, tapi kemungkinan tidak lebih dari 30. Studi tentang strain yang berbeda
mengindikasikan bahwa ukuran dari setiap family itu berbeda. Contohnya beberpa strain
Drosophila hanya memiliki beberapa elemen gypsy sedangkan lainnya memiliki lebih
dari 100 elemen.
Retrotransposon berperan dalam mutasi pada Drosophila. Misalnya mutasi yang terjadi
pada lokus white pengkode warna mata Drosophila.Adanya insersi retrotransposon
menyebabkan mutasi pada gen tersebut dan mengubah fenotip sayap menjadi tipe wild.
Pembalikan fenotip dari sayap wild type ke sayap cut ini juga dapat terjadi ketika elemen
gypsy terlepas dari lokus tersebut.

Elemen P dan Hybrid Disgenesis


Ukuran elemen P sangat bervariasi, yang terkecil memiliki pajang inverted terminal
repeat 31 pasang nukleotida dengan 8 pasang nukleotida target site duplication.
Sedangkan yang terbasar memiliki 2907 pasang nukleotida, termasuk terminal
invertedrepeats tanpa, target site duplication. Elemen yang lengkap bersifat autonom
karena memiliki gen yang mengkode protein transpose. Bila protein transpose mengikat
pada elemen tersebut maka elemen dapat berpindah pada posisi yang lain dalam genom
tersebut. Sedangkan elemen P yang secara structural tidak lengkap maka elemen
tersebut tidak memiliki kemampuan untuk memproduksi transpose. Namun demikian,
elemen tersebut masih dapat bergerak/ berpindah ketika transpose diproduksi pada
tempat lain dalam genom tersebut.
Drosophila dipengaruhi oleh elemen P untuk mengatur pergerakannya. Pada
beberapa strain regulasi bergantung pada P-cytotype, Drosophila dengan kondisi elemen
P yang tertahan maka pergeraknnya akan kurang. Tidak adanya kemampuan untuk
regulasi disebut dengn M-cytotype.
Akibatnya, elemen P pada turunan ini bergerak bebas dan menimbulkan
abnormalitas genetik yang disebut dengan P-M hybrid disgenesis. Hal ini
mengakibatkan mutasi dalam dalam frekuensi yang tinggi, sekaligus terjadinya
pemutusan kromosom, segregasi kromosom, dan dampak yang lebih fatal adalah
kesalahan perkembangan goand. Kondisi ini dapat menyebabkan sterilitas. Seluruh
turunan yang dihasilkan dari persilangan jantan cytotype P dengan betina cytotype M
memiliki kelainan tersebutakan tetapi kondisi semua keturunan tersebut tampak sehat.
Hal ini terjadi karena pergerakan elemen P hanya pada sel-sel kelamin sedangkan pada
sel-sel tubuh elemn P tidak melakukan transposisi, karena gen transpose yang mengatur
pergerakan elemen P tidak dapat berekspresi pada sel-sel tubuh.

Genetik dan Signifikan Evolusionar pada Elemen Transposable


Mutasi dan Kerusakan Kromosom
Pada Drosophila banyak alel mutan yang terlibat pada innsertasi kromosom. Ketika
regulasi menurun , maka transposisi akan terus terjadi disebabkan karena banyak mutasi
yang terjadi secara simultan. Ternyata yang terjadi adalah elemen P mengarahkan
keturunan dysgenic Drosophila
Transposable elemen juga menyebabkan kerusakan kromosom yang dilakukan oleh
elemen Ds pada jagung dan elemen P pada Drosophila. Pada kasus ini keduanya
menyebabkan kehilangan susunan dari material kromosom. Terkadang elemen
transposable menengahi proses rekombinasi antara DNA molekul.
Digunakan pada Anlisis Genetik
Kemampuan alami dari elemen transposable yang menyebabkan mutasi telah
dilakukan di dalam laboratorium. Pada beberapa organisme, sekarang dimungkinkan
umtuk menstimulasi transposisi dari beberapa elemen familidengan meningkatkan
tingkat mutasi naturalnya.
Isu Evolusionar
Distribusi elemen transposable berperan penting pada evolusi. Salah satu hipotesis
menyebutkan bahwa elemen merupakan alat alami untuk mesin genetik.
Kemampuannya untuk menyalin, transpose, dan penyusunan kembali sekuen DNA,
seperti gen untuk resisten terhadap antibiotic dan membawa keutungan bagi inangnya.

Pertanyaan
1. Bagaimana jika elemen transposable terdapat pada genom manusia? Apakah itu
mungkin?
Jawab: Mungkin, karena manusia memiliki elemen transposable yang beragam
hingga 44% seluruh DNA manusia. Terdapat 4 jenis dasar elemen transposable
yaitu LINEs (long interspersed nuclear elements), SINEs (short interspersed
nuclear elements), retroviruslike elements, dan cut-and-paste transposon.
Perbedaannya terletak pada perbedaan prinsip kerja proses pemindahan atau
transposisinya. LINEs menggunakan prinsip transposisi malalui proses yang
melibatkan penyisipan salinan elemen yang disintesis dari elemen RNA. Terdapat
enzim reverse transcriptase yang menggunakan elemen RNA untuk sintesis molekul
DNA, kemudian molekul DNA ini disisipkan kedalam situs posisi yang baru.
Misalnya elemen L1, L2 dan L3. SINEs menggunakan prinsip transposisi melalui
proses tramskripsi bailk dari elemen RNA yang telah ditranskripsikan oleh
promotor internal. SINEs berhubungan dengan LINEs karena reverse transcriptase
yang diperlukan untuk sintesis molekul DNA dari RNA SINEs harus dilengkapi
elemen LINEs. Misalnya elemen Alu, MIR, dan Ther2/MIR3. Element
retroviruslike memiliki 400.000 an sekuens dalam genom manusia. Contoh elemen
retroviruslike adalah LTR yang terdapat dalam genom manusia. Cut and paste
transposon menggunakan prinsip transposisi yang dilakukan dengan mengeluarkan
sebuah elemen dari posisinya dikromosom dan memasukkannya ke posisi yang lain.
Proses pengeluaran dan penyisipan dikatalis oleh enzim transposase.
2. Bagaiman cara transposon dapat membawa gen yang resisten terhadap antibiotic?
Jawab: Bakteri menggunakan strategi untuk melawan suatu antibiotik dengan
membentuk jalur metabolik alternatif. Contohnya resistensi dapatan terhadap
kotrimoksazol disebabkan terbentuknya enzim dihydrofolate reductase yang
resisten terhadap antibiotik dari plasmid atau transposon (DNA yang mampu
berpindah dari satu tempat ke tempat lain, dalam kromosom yang sama atau
berbeda). Elemen genetik yang bisa bergerak atau mobile ini menyebabkan
penyebaran resistensi antibiotik antarbakteri menjadi cepat terjadi.