Planta (2014) 239:531-541

DOI 10.1007/s00425-013-2015-9

REVIEW

Metabolisme Nitrogen pada Tanaman dalam Keadaan Cekaman

Kadar Oksigen Rendah

Anis M. Limami, Housein Diab dan Jrmy Lothier

Abstrak
Perubahan iklim menyebabkan lebih sering terjadi banjir dan genangan air akibat
hujan lebat. Oleh sebab itu, perlu dilakukan penelitian secara mendalam tentang
adaptasi tanaman baik pada tingkat sel dan seluruh bagian tanaman yang akan
memberikan pengetahuan tambahan dan berguna bagi bidang pemuliaan tanaman
dan praktek budidaya untuk menjaga kebugaran, pertanaman dan perkembangan
tanaman ketika kadar oksigen rendah. Pada review ini, kami membahas aspek-
aspek penting yang menyebabkan perubahan metabolism nitrogen disebabkan
oleh cekaman kadar oksigen rendah. Dua jalur yang mungkin terlibat dalam
produksi NO baik melalui reaksi yang dikatalisis nitrat reductase atau melalui
rantai transport electron pada komplek III atau IV dalam mitokondria, sehingga
memberikan konstribusi untuk sitesis ATP melalui apa yang disebut respirasi
nitrit-NO. NO akan berikatan dengan non-simbiotik hemoglobin (Hb) dalam
siklus Hb/NO, dimana NAD(P)H dioksidasi untuk merubah NO menjadi NO 3-.
Penelitian tentang adaptasi tambahan pada ketersediaan kadar oksigen yang
diturunkan melalui regulasi transkripsi dan pasca-translasi dari jalur sintesis asam
amino, menggunakan data trascriptoma dan translatoma yang tersedia untuk
Arabidopsis thaliana dan padi.

Pendahuluan
Perubahan iklim menyebabkan banjir dan genangan air akibat hujan lebat
lebih sering terjadi (The Intergovernmental panel on climate change
http/:www.ipcc.ch/). Dalam konteks ini, tanaman tercekam karena berkurangnya
kadar oksigen selama periode tertentu, karena difusi oksigen melalui air yang
lambat dan kompetisi terus menerus dengan mikroorganisme yang menggunakan
oksigen untuk respirasi (Jackson, 1985; Drew, 1997). Dalam keadaan hipoksia,
kadar oksigen untuk mendukung respirasi aerob menjadi sangat rendah,
menyebabkan kekurangan energi yang akhirnya kematian sel dan jaringan,
khususnya pada tanaman yang tidak dapat beradaptasi dengan banjir dan
genangan air (Jackson dan Armstrong, 1999; Gout et al., 2001; Bailei-Serres dan
Voesenek, 2008; Bailey-Serres et al., 2012; Licausi, 2013). Pengaruh utama
cekaman kadar oksigen rendah menyebabkan krisis energy karena terhambatnya
proses fosforilasi oksidatif mitokondria yang kemudian menurunkan produksi
ATP, sehingga energy yang tersedia tidak mencukupi untuk memenuhi kebutuhan
proses biologis (Greenway dan Gibbs, 2003). Konsekuensi utama dari kekurangan
ATP adalah gangguan fungsi dari plasma membrane H+ yang memompa ATPase
yang menyebabkan terjadinya hipoksia yang disebabkan karena peng-asam-an
sitoplasma (Felle, 2006).
Adaptasi dari metabolisme tanaman terhadap cekaman kadar oksigen
rendah umumnya dijelaskan sebagai proses metabolism karbon anaerobic dalam
kaitannya dengan glikolisis, fermentasi dan energy homeostasis yang dijelaskan
dalam sejumlah artikel yang dikutip dalam pendahuluan review ini. Namun, hanya
alanine aminotransferase (AlaAT) yang ditemukan di antara gen-gen inti yang
merespon hipoksia pada Arabidopsis (Mustroph et al., 2009), metabolism nitrogen
berkonstribusi terhadap aklimatisasi seluler terhadap cekaman kadar oksigen
rendah pada tanaman (Bailey-Serres et al., 2012; Bailey-Serres dan Voesenek,
2008). Dalam review kali ini akan dibahas mengenai pengaruh cekaman kadar
oksigen rendah terhadap proses-proses yang berhubungan dengan metabolism N
antara lain absorpsi nitrat, reduksi nitrat dan nitrit, produksi nitrit oksida (NO),
asimilasi ammonium dan metabolism asam amino dan pengaruhnya terhadap
toleransi pada cekaman kadar oksigen rendah.
Perbandingan antara kingdom pada adaptasi transcriptoma terhadap
cekaman kadar oksigen rendah menunjukkan perubahan yang berhubungan
dengan proses glikolisis, fermentasi dan respirasi alternative yang mungkin
bertujuan untuk membatasi kerusakan akibat dari krisis energy adalah salah satu
renpon yang ditunjukkan oleh 21 organisme dari empat kingdom, Plantae,
Animalia, Fungi dan Bakteri (Mustroph et al., 2010). Survey terhadap 19
translatoma dan tiga transcriptoma spesifik dari berbagai populasi sel dan organ
Arabidopsis yang terkena hipoksia dalam waktu singkat menunjukkan 49 gen
yang menjadi prioritas untuk ditranslasi dalam seluruh tipe sel pada bagian tunas
dan akar. Sebagian gen dari 49 gen inti yang merespon hipoksia ini menyandi
protein yang berhubungan dengan pengaturan ulang terhadap metabolisme untuk
meningkatkan jumlah substrat produksi ATP dan fermentasi untuk regenerasi
NAD+ diantaranya sucrose synthase (SUS4), diduga pyrophosphate-fructose-6-
phosphate, 1-phosphotransferase (PFP), pyruvate decarboxylase (PDC1 dan
PDC2), alcohol dehydrogenase (ADH1) dan mungkin lactate transporter
(Mustroph et al., 2009). Aktivasi bersama dari glikolisis dan fermentasi alcohol
memungkinkan untuk memproduksi ATP dan regenerasi NAD + untuk
mempertahankan glikolisis (Albrecht et al., 2004; Ismond et al., 2003; Kursteiner
et al., 2003; Drew, 1997). Sebagai sebuah strategi dalam menghemat energy SUS
digunakan sebagai pengganti invertase untuk menyalurkan heksosa untuk
glikolisis dan enzim-enzim yang tergantung PPi lebih disukai daripada enzim-
enzim yang tergantung ATP, PFP digunakan sebagai pengganti
phosphofructokinase (PFK) untuk sintesis fructose-1-6-bis-P dan pyruvate
phosphate dikinase (PPDK) digunakan sebagai pengganti pyruvate kinase (PK)
dalam sintesis pyruvate (Liu et al., 2005b; Narsai et al., 2009).
Tidak seperti pada hewan dan mikroorganisme, sensor oksigen langsung
tidak ditemukan pada tanaman. Sebagai gantinya, ketersediaan oksigen diketahui
melalui perubahan status redoks (rasio NADH/NAD), spesies oksigen reaktif
(ROS), NO, dan status energy sel (kandungan ATP). Hal tersebut baru-baru ini
diketahui sebagai bagian terakhir dari jalur N (NERP) untuk destabilisasi protein
yang pertama kali diketahui ada pada hewan (Hu et al., 2005) yang diterangkan
sebagai mekanisme tidak langsung untuk mengetahui keberadaan oksigen pada
tanaman (Gibbs et al., 2011; Licausi et al., 2011). Factor transkirpsi seperti
RAP2.2, RAP2.12, HRE1, dan HRE2 dari factor respon ethylene (ERF) group VII
dijelaskan sebagai bagian utama dari gen yang mengatur respon terhadap cekaman
kadar oksigen rendah, berdasarkan penelitian diketahui hubungan yang
komprehensif antara respon transcripoma/translatoma Arabidopsis dengan
hipoksia dan anoksia dibuktikan dengan adanya modifikasi pasca-translasi melalui
NERP untuk degradasi protein tergantung pada kadar oksigen (Licausi et al.,
2010, 2011; Gibbs et al., 2011). Berdasarkan fakta bahwa RAP2.2 dan RAP2.12
diekspresikan ketika HRE1 dan HRE2 disebabkan oleh hipoksia, hal tersebut
dijelaskan sebagai penurunan kadar oksigen di dalam sel, sehingga RAP2.2 dan
RAP2.12 diekspresi untuk menghindari modifikasi pasca-translasi dan proteolysis
sebagai produk sementara dari jalur akhir N. RAP2.2 dan RAP2.12 tersebut
diangkut ke nucleus ketika terjadi hipoksia sebagai bentuk respon melalui
rangsangan terhadap ekspresi ERF sekunder seperti HRE1 dan HRE2 yang
merangsang gen-gen yang merespon hipoksia (Sasidharan dan Mustroph, 2011;
Licausi et al., 2013). Setelah terjadi re-oksigenasi, terjadi ekspresi dan stabilisasi
ERF group VII yang disebabkan hipoksia.
RAP2.12 diekspresi pada seluruh bagian tanaman yang disebabkan oleh
hipoksia tetapi tidak disebabkan precursor ethylene 1-aminocyclopropane 1-
carbocylic acid (ACC) (Licausi et al., 2011). RAP2.2 juga diekspresi dalam
jumlah besar pada bagian akar dan sedikit pada bagian tunas ketika diinduksi
dalam keadaan gelap (Hinz et al., 2010). Baik perlakuan dengan menggunakan
ACC dan ethephon ataupun percobaan tentang sinyal transduksi ethylene
menunjukkan bahwa RAP2.2 dipengaruhi oleh ethylene dan fungsi dari jalur
sinyal transduksi yang dikontrol ethylene (Hinz et al., 2010). HRE1 dan HRE2
terbukti merupakan gen yang dipengaruhi hipoksia (Licausi et al., 2010), akan
tetapi saat HRE2 tidak sensitive terhadap ethylene, HRE1 dipengaruhi oleh
ethylene (Hess et al., 2011) atau ACC (Yang et al., 2011) pada keadaan aerobik
dan menunjukkan hyper-induksi ketika diberikan perlakukan ACC dikobinasikan
dengan hipoksia (Yang et al., 2011).
Gen-gen yang mengatur proses metabolism karbon secara anaerobic dan
energy homeostasis terbukti berpengaruh penting terhadap kemampuan bertahan
pada cekaman kadar oksigen rendah yang diatur oleh ERF group VII. Mutan
Arabidopsis ate1/ate2 dan prt6 dipengaruhi oleh terhambatnya ekspresi lebih dari
separuh dari 49 gen inti yang dipengaruhi hipoksia pada NERP yang beberapa
diantaranya merupakan bagian penting pada proses metabolism karbon secara
anaerobic seperti ADH1, PDC1, SUS1, SUS4. Hal ini menjadi catatan penting
bahwa ekspresi dari gen tersebut pada keadaan aerobic lebih tinggi dari pada
tanaman liar pada kondisi anaerobic (Gibbs et al., 2011). pada saat
perkecambahan Arabidopsis, ekspresi berlebih dari gen metabolism karbon
anaerobic RAP2.2 (Hinz et al., 2010) atau homolog terdekatnya RAP2.12 (Licausi
et al., 2011) sangat dipengaruhi oleh cekaman kadar oksigen rendah; perubahan
ekspresi gen akan meningkatkan daya tahan dari kecambah terhadap cekaman
kadar oksigen rendah akibat banjir. Analisis microarray yang dilanjutkan dengan
RT-PCR kualitatif untuk membandingkan gen yang dipengaruhi oleh hipoksia
pada tanaman liar dan Arabidopsis dengan RAP2.2 dan RAAP2.12 yang
diinaktivasi menunjukkan penurunan kemampuan gen metabolism karbon
anaerobic pada miRNA dan dibuktikan dengan factor transkripsi yang dibutuhkan
dalam regulasi gen yang dipengaruhi hipoksia (Licausi et al., 2011; Hinz et al.,
2010). Menariknya, ekspresi berlebih dari RAP2.2 dan 2.12 tidak berpengaruh
terhadap gen yang dipengaruhi hipoksia pada saat perkecambahan yang
ditumbuhkan pada kondisi aerobic, hal ini menunjukkan bahwa terjadi mekanisme
tambahan pada jalur sinyal yang dikontrol oleh factor transkripsi ini.
Kenyataanya, hal tersebut menunjukkan bahwa RAP2.12 dan RAP2.2 masuk ke
dalam proses modifikasi pasca-translasi yang kemudian didegradasi melalui
NERP pada kondisi aerobic (Licausi et al., 2011).
Analisis transkriptoma membandingkan ekspresi berlebih HRE1 dan
HRE2 pada Arabidopsis dan tanaman liar pada kondisi aerobic dan hipoksia
menunjukkan bawah ekspresi berlebih dari HRE1, tetapi tidak HRE2 dapat
meningkatkan induksi pada sebagian besar gen anaerobic pada kondisi hipoksia
(Licausi et a., 2010). Berdasarkan analisis PCR kuantitatif, penulis menunjukkan
bahwa ekspresis berlebih dari HRE1 meningkatkan pengaruh hipoksia terhadap
ekspresi dari bagian gen metabolism karbon anaerobic yang penting seperti
ADH1, SUS1, dan SUS4. Hanya ekspresi dari ADH1 yang lebih banyak pada
ekspresi berlebih HRE1 daripada tanaman liar pada kondisi aerobic. Pengaruh
HRE1 pada cekaman kadar oksigen rendah dibuktikan pada mutan Arabidopsis
RNAi knockdown (hre1) yang menunjukkan penurunan pengaruh hipoksia
terhadap gen glikolisis dan fermentasi (Yang et al., 2011). Namun, pada penelitian
Licausi et al. (2010) tidak satupun dari mutan HRE1(hre1) atau HRE2 (hre2) yang
proses ekspresi gen penanda hipoksia-nya terganggu sedangkan mutan ganda
(hre1/hre2) menunjukkan penurunan ekspresis gen penanda secara drastic setelah
terjadi hipoksia. Oleh karena itu disimpulkan bahwa HRE1 dan HRE2 memiliki
peran yang berlebihan dalam merespon kadar oksigen rendah pada Arabidopsis,
meningkatkan toleransi tanaman terhadap cekaman dengan cara memperbanyak
ekspresi gen anaerobic dan fermentasi etanol (Hess et al., 2011; Licausi et al.,
2010).
Factor transkripsi yang termasuk sub-group IIV dari kelompok ERF
menunjukkan menunjukkan peran strategis untuk dapat bertahan terhadap kondisi
banjir pada padi. Dua strategi yang berbeda quiscene dan escape dapat diketahui
lebih dalam pada tanaman padi dataran rendah dan air dalam. Strategi pertama
juga terlihat pada tanaman Rumex pulustris yang beradaptasi secara alami ketika
tanaman tersebut seketika tenggelam dan surut dalam beberapa minggu,
disebabkan oleh ERF dari sub-group VII, SUB1A (toleran tenggelam) (Xu et al.
2006). Hanya beberapa kultivar yang sangat toleran dan bertahan lebih dari 2
minggu dalam keadaan tenggelam yang mengekspresikan SUB1A. SUB1A
menyebabkan akumulasi dua regulator yang memberikan respon negative pada
GA beras ramping (SLR1) dan beras agak ramping (SLRL1), meningkatkan
sensitivitas terhadap ABA dan menghambat pertanaman dengan cara menghambat
pemanjangan sel sehingga menurunkan metabolism dan konsumsi energy. Strategi
escape lainnya ditunjukkan oleh spesies mirip Rumex acetosa yang beradaptasi
terhadap keadaan sebagian tenggelam dalam waktu yang lama dengan cara
SUB1A bebas meningkatkan pemanjangan ruas batang atau tangkai daun agar
tunas tetap berada di permukaan air. Pemanjangan tunas pada kondisi tenggelam
disebabkan oleh jalur penangkapan sinyal ethylene dan dua ERF dari sub-group
VII, SNORKEL1 dan SNORKEL2 (SK1 dan SK2) (Hattori et al., 2009).
Peningkatan aktivitas gibberellin (GA1) pada bagian ruas karena tenggelam
disarankan bahwa biosintesis GA sebagai target dari sinyal SK pada proses
pemanjangan ruas. Meningkatnya Degradasi gula, glikolisis dan fermentasi
sebagai akibat dari pembentukan tunas dan pertanaman pada kondisi kadar
oksigen rendah (Hattori et al. 2009). Koleoptil padi yang tumbuh dalam keadaan
kadar oksigen rendah jumlah dari SUS4, enzim yang terlibat dalam beberapa
proses glikolisis seperti pyrophosphate (PPi)-Fru-6-P 1-phosphotransferase,
Fructose-bisP aldolase, triosephosphate isomerase, glyceraldehyde-3-phosphate
dehydrogenase dan enzim fermentasi etanolik, ADH1 dan PDC1 meningkat secara
signifikan dibandingkan dengan kondisi aerobic condition (Shingaki-Wells et al.
2011). Berdasarkan regulasi dari gen yang diinduksi hipoksia dari metabolism
gula dimediasi oleh protein kinase CIPK15 (Calcineurin B-like protein kinase
yang mengganggu protein kinase) yang diaktivasi oleh sensor cekaman SnRK1A
(gula non-fermentasi yang berhubungan dengan protein kinase) sehingga terjadi
hubungan antara penginderaan terhadap sinyal defisiensi O2 dengan respon
pertunasan padi yang tergenang (Lee et al. 2009).
 Reduksi dan Penyerapan Nitrat
Beberapa penelitian menunjukkan penggunaan pupuk nitrat dapat
meningkatkan toleransi terhadap hipoksia dan umumnya membatasi pegaruh
cekaman tersebut yang disebabkan oleh kekurangan oksigen pada bagian akar
(Allgre et al., 2004; Morard et al., 2004; Horchani et al., 2010). Terdapat
kekurangan data proses penyerapan nitrat pada kondisi kadar oksigen rendah dan
hasil penelitian-penelitian pada topik tersebut sering bertentangan. Hal tersebut
ditunjukkan pada penyerapan nitrat pada gandum dari larutan unsur hara baik
yang hanya mengandung nitrat atau nitrat dan ammonium menurun ketika terjadi
kekurangan oksigen pada rizosfer (Budalwa dan Greeway, 19889). Penyerapan
nitrat pada kedelai diketahui lebih rendah pada kondisi hipoksia daripada keadaan
aerobic (Oliveira dan Sodek, 2013; Oliveira et al., 2013). Bertentangan dengan
beberapa hasil penelitian lainnya yang menunjukkan penyerapan nitrat pada
tanaman tomat meneingkat pada periode yang lama ketika terjadi hipoksia di akar
(Morard et al., 2004; Horchani et al., 2010).
Pengaruh yang menguntungkan dari proses supply nitrat mungkin
disebabkan oleh nitrat reductase (NR), enzim sitosolik yang mengkatalisis
terjadinya reaksi reduksi nitrat menjadi nitrit disebabkan oleh NADH. Reduksi
nitrat mungkin berpengaruh pada aklimatisasi selular pada kadar oksigen rendah
melalui proses pembentukan NAD+ dari NADH. Oleh karena itu, spesies yang
toleran terhadap penurunan kadar oksigen memperlihatkan aktivitas NR yang
tinggi daripada proses lainnya (Bailey-Serred dan Voesenek, 2008). Pengasaman
yang disebabkan hipoksia pada pH sitosolik mungkin meningkatkan aktivitas NR
disebabkan oleh pH yang dibawah kondisi optimum (Botrel dan Kaiser, 1997;
Stoimenova et al., 2007). Pada tembakau dan tomat menunjukkan tidak ada atau
terjadi penurunan aktivitas NR pada tanaman yang dimodifikasi genetik atau yang
ditambahkan tungstate (penghambat aktivitas NR) meningkatkan gejala terjadinya
hipoksia. Gejala tersebut dicirikan dengan meningkatnya produksi etanol dan
laktat melalui penimbunan gula terlarut, pengasaman sitosol, menguningnya daun
dan penurunan pertanaman tanaman (Horchani et al., 2010; Stoimenova et al.,
2003). Sebaliknya, pengamatan pada perkecambahan jagung yang diberikan nitrat
selama anoxia akan menyebabkan pH sitosolik sedikit lebih tinggi (Libourel et al.,
2006).
Peningkatan aktivitas NR pada tanaman yang terjadi hipoksia akar
disebabkan oleh regulasi transkripsi dan pasca-translasi. Ekspresi gen NR
menunjukkan peningkatan respon terhadap beberapa tanaman yang terjadi
hipoksia akar, antara lain Arabidopsis (Loreti et al., 2005), padi (Lsanthi-
Kudahettge et al., 2007), tembakau (Botrel dan Kaiser, 1997; Stoimenova et al.,
2007) dan tomat (Allgre et al., 2004). Pada Cucumis sativus, cekaman hipoksia
disebabkan peningkatan ekspresi dari PP2A, gen yang mengkode phosphor-NR
phosphatase yang bertanggung jawab mengaktivas NR melalui dephosphorilasi
(Chi et al., 2008). Oleh sebab itu, NR yang sangat terphosphorilasi pada akar yang
diaerasi dengan baik dari barley yang ditumbuhkan dengan hidroponik dan
sebagian besar tidak aktif, sedangkan sebagian terdephosphorilaasi dan tidak aktif
pada akar hipoksia dan anoksia. Botrel dan Kaiser (1997) mengamati aktivitas
anaerobic dari enzim NR yang diikuti dengan modifikasi proses phosphorilasinya
tidak disebabkan oleh perubahan pada ATP dan AMP, melaikan disebabkan oleh
perubahan pH sitosolik.

Reduksi Nitrit dan Produksi Nitrit Oksida

Meningkatnya kandungan nitrit pada jaringan hipoksia dan kandungan
kadar nirit yang besar menunjukkan akan dilepaskan pada bagian eksternal akar
hipoksia atau diangkut melalui xylem ke akar yang teraerasi (Allgre et al., 2004;
Morard et al., 2004; Shi et al., 2008; Horchani et al., 2010). Akumulasi nitrit pada
akar hipoksia adalah hasil dari hubungan terbalik antara aktivitas NR dan nitrit
reductase (NiR); pada saat NR disimulasi, pada beberapa kasus sebagian aktivitas
NiR dihambat yang menyebabkan turunnya laju reduksi nitrit (Shi et al., 2008;
Oliveira dan Sodek, 2013). Namun, nitrit bukan hanya produk dari metabolism N
pada akar saat kondisi hipoksia.
Gambar. 1 Skema sederhana yang menggambarkan dua jalur yang mungkin untuk produksi NO pada sel hipoksia.
Oksida nitrat (NO) dihasilkan di dalam sitosol sebagai reaksi samping dari nitrat reductase ketika aktivitas NiR
lebih sedikit pada kondisi hipoksia dan akumulasi NO 2- (jalur ditunjukkan warna merah) atau di dalam matrix
mitokondria pada kadar oksigen pada saturasi sitokrom c oksidase (COX). NO 2- diangkut ke dalam matrix
mitokondria melalui system transport yang masih belum diketahui yang berfungsi sebagai akseptor electron
alternative pada komplek III dan COX. Electron dihasilkan dari reaksi NADH dehydrogenase mitokondria yang
tergantung dengan Ca2+ menyebabkan oksidasi NADH di dalam sitosol melalui proses fermentasi glikolisis dan
diangkut ke dalam komplek III melalui ubiquinone (Q) (jalur ditunjukkan warna biru). Dari proses tersebut, NO
diasumsikan diikat oleh oxyhemoglobin [Hb(Fe 2+)O2] melalui siklus Hb/NO untuk menghasilkan NO 3 dan metHb
[Hb(Fe3+)]. Oxyhemoglobin dihasilkan dari reaksi oksigenasi spontan [Hb(Fe 2+)] karena afinitasnya yang tinggi
terhadap oksigen. Scheme tersebut digambarkan berdasarkan hubungan data dari penelitian Horchani et al. (2011),
Igamberdiev et al. (2004, 2010) dan Stoimenova et al. (2007)

Produksi NO pada tanaman menjadi reaksi samping yang mengarah pada

produk sampingan dari metabolism N atau reaksi fisiologis yang relevan. Setelah
beberapa tahun penelitian, diyakini bahwa NO dirasakan oleh tanaman sebagai
sinyal umum yang terlibat dalam proses fisiologis yang beragam termasuk respon
adaptasi terhadap cekaman abiotik (Besson- Bard et al. 2008a, b). Sebagai contoh,
pada mutan A. thaliana double knock out nia1-nia2 yang kekurangan NR tidak
dapat memproduksi NO ketika diberikan cekaman kekeringan. Pada mutan ini,
produksi NO yang dimediasi ABA disebabkan oleh H2O2 yang diinduksi ABA
yang mengarah pada hubungan yang kuat dengan penangkapan sinyal ABA,
produksi H2O2 endogen dan menutupnya stomata yang diinduksi (Bright et al.
2006). Pada suspensi sel Nicotiana plumbaginifolia, donor NO menyebabkan
peningkatan konsentrasi Ca2+ bebas, yang sensitive terhadap channel inhibitor
Ca2+ intraseluler (Lamotte et al. 2004). Hal tersebut juga ditunjukkan pada sel
pelindung Vicia faba, NO secara selektif mengatur sensitivitas channel ion Ca2+
dengan cara melepaskan Ca2+ dari dalam sel, yang menyebabkan meningkatnya
kadar Ca2+ selular bebas di dalam sitosol (Garcia- Mata et al. 2003). Dari beberapa
contoh tersebut memberikan hubungan yang kuat antara NO yang diinduksi
berperan dalam proses pemberian sinyal yang mengatur respon adaptasi tanaman
terhadap ketersedian oksigen yang rendah. Namun, dibutuhkan penelitian lebih
lanjut untuk mengidentifikasi berbagai komponen yang terlibat pada jalur
penangkapan sinyal yang dimediasi NO dan perangruhnya terhadap NERP (Hu et
al. 2005).
Selain itu, pengaruh NO terhadap respon tanaman pada kondisi hipoksia
adalah kemampuannya untuk berinteraksi dengan protein yang mengadung logam
(Igamberdiev and Hill 2009). Interaksi NO dengan hemoglobin (Hb) tidak hanya
pada LegHb. Gen yang mengkode non-symbiotic Hb (class-1 Hb) diinduksi oleh
kadar oksigen rendah pada akar yang tergenang (Mustroph et al. 2009) dan laju
emisi NO lebih rendah daripada laju produksi NO (Planchet et al. 2005;
Stoimenova et al. 2007). Oleh Karena itu, dapat disimpulkan bahwa Hb mungkin
menangkap NO di dalam jaringan hipoksia yang dikatalisis membentuk nitrat,
sehingga memberikan perlindungan terhadap cekaman nirosative yang dapat
merusak (Dordas et al. 2003a, b; Igamberdiev et al. 2004; Igamberdiev and Hill
2004) (Fig. 1). Interaksi antara NO dan Hb pada spesies tanaman yang berbeda di
dalam siklus Hb/NO, NO was shown to interact with Hb from different plant
species in a Hb/NO cycle, dimana kelebihan NAD(P)H dioksidasi untuk
mengkonversi NO menjadi nitrat (Hebelstrup et al. 2012; Besson-Bard et al.
2008b). Ketika tanaman alfalfa yang mengekspresikan Hb berlebih dibandingkan
dengan tanaman liar atau tanaman Hb-antisense, meningkatkan gejala hipoksia,
yang mengarah pada kemampuan bertahan hidup yang lebih lama pada tanaman
Hb overexpressors (Dordas et al. 2003a). emisi NO 2,5 kali lebih tinggi pada Hb-
silenced dibandingkan dengan tanaman Hb overexpressors, hal tersebut
menunjukkan bahwa pada tanaman, Hb mempengaruhi respon terhadap hipoksia
melalui modulaasi emisi NO dan pelepasan N ke atmosphere (Dordas et al.
2003a). sehinggal, pengaruh positif lainnya dari siklus Hb/NO adalah mampu
membatasi kehilangan N pada saat emisi NO ketika kadar oksigen pada media
mendekati anoxia (dibawah 0.1 % O2) (Hebelstrup et al. 2012).

Metabolisme Asam Amino

Metabolism asam amino disebabkan oleh kekurangan energy dan oksigen,
namun, peran dari akumulasi asam amino pada keadaan cekaman kadar oksigen
rendah masih sulit dipahami (Bailey-Serres and Voesenek 2008; Bailey-Serres et
al. 2012). Perbandingan yang menarik dari gambaran proses metabolism dan
protein pada cekaman kadar oksigen rendah antara koleoptil padi dan gandum.
Peningkatan jumlah enzim yang terlibat dalam biosintesis alanine, serine dan
blycine ditunjukkan pada koleoptil padi, tetapi tidak pada koleoptil gandum yang
ditunjukkan dengan akumulasi asam amino tersebut pada koleoptil padi
(Shingaki-Wells et al. 2011). Untuk menguji apakah akumulasi tersebut
berhubungan dengan toleransi terhadap kekurangan oksigen pada padi, penulis
menyarankan bahwa pemanfaatn media untuk penumbuhan padi dan gandum
yang ditambahkan campuran seexogenous dari tiga (Ser/Ala/Gly) atau dua
(Ser/Ala) asam amino pada akar gandum yang toleran terhadap kehilangan
oksigen kemudian menunjukkan bahwa proses sitesis tersebut berhubungan
dengan toleransi padi terhadap anoksia/hipoksia (Shingaki-Wells et al. 2011).
Respon metabolism dan transkriptomik terhadap ketersediaan oksigen pada
embrio dan tunas muda padi sesuai dengan temuan ini yang menunjukkan bahwa
perubahan kandungan enzim dan asam amino disebabkkan oleh perubahan
ekspresi gen yang sesuai (Narsai et al. 2009).
Untuk mendapatkan wawasan yang lebih baik tentang metabolism asam
amino pada kondisi cekaman kadar oksigen rendah, kami menggunakan data
microarray A. thaliana yang tersedia berhubungan dengan kehilangan oksigen.
Data diperoleh dari berbagai kelompok peneliti dengan kondisi yang berbeda
berdasarkan faktor utama dari cekaman oksigen contohnya kadar O2 yang
bervariasi dari 0-8%, kondisi pencahayaan yang berhubungan dengan
pencahayaan kontinyu, kondisi gelap atau panjang pendeknya photoperiod.
Aplikasi kondisi cekaman oksigen termasuk perendaman di dalam media nutrisi
cair yang diperkaya dengan gas N2 atau plantlet yang ditumbuhkan pada media
nutrisi padat di dalam tangki yang dikunci dan diberikan gas yang komposisinya
telah diatur. Semua media nutrisi tersebut dilengkapi dengan sukrosa, kadar gula
bervariasi dari 0,5-3%. Hal terpenting, RNA untuk analisis microarray diekstrak
dari seluruh bagian akar dan tunas bibit. Meskipun kondisi percobaan yang sangat
beragam, ekspresi AlaAT (At1g17290) umumnya disimulasi oleh cekaman kadar
oksigen rendah. Induksi AlaAT pada berbagai cekaman kadar oksigen dan oleh
karena itu mungkin mengapa hanya AlaAT gen metabolism nitrogen diantara 49
gen inti yang responsive terhadap hipoksia diekspresikan pada berbagai jaringan
plantlet Arabidopsis umur 7 hari yang ditumbuhkan pada media padat dan dialiri
gas argon (99,99%) selama 2 jam (Mustroph et al. 2009). Ekspresi AlaAT tersebut
sama dengan yang diinduksi pada Agrobacterium akar berambut yang diinduksi
rhizogenes dan direndam media larutan hipoksia (0.5 % O2) (Klok et al. 2002),
pada bibit muda yang diredam dalam larutan hipoksia (3 % O2) (Liu et al. 2005a)
atau media larutan anoksia (90 % N2 10 % H2) (Loreti et al. 2005) dan plantlet
yang ditumbuhan pada media padat dengan kondisi atmosfer anoxia (99.99 %
argon), atau hipoksia (1 or 1.5 % O2) (van Dongen et al. 2009; Hinz et al. 2010).
Gen metabolism nitrogen lainnya, dengan tidak diekspresikan bersamaan pada
cekaman kadar oksigen rendah, yang dijelaskan dalam studi yang lebih dalam
lagi, antara lain glutamate dehydrogenase (GDH2; At5g07440), glutamate
decarboxylase (GDC1; At5g17330) dan glutamate synthase (NADH-GOGAT;
At5g53460). Gen tersebut terbukti diinduksi pada tahap awal cekaman (0.56
jam) (Klok et al. 2002; Loreti et al. 2005) dan dihambat ketika cekaman lebih dari
20 jam (Klok et al. 2002; Yang et al. 2011). Aspartate aminotransferase (ASP2;
At5g19550) begitu juga sejumlah gen yang diinduksi dalam beberapa studi (Loreti
et al. 2005; Van Dongen et al. 2009; Yang et al. 2011).
Sebagai factor transkripsi dari ERF group VII dan NERP untuk degradasi
protein terbukti terlibat dalam induksi gen anaerobic (lihat Pendahuluan), hal
tersbut menarik untuk dilakukan penelusuran data dari mutan Arabidopsis untuk
mendapatkan wawasan lebih jauh mengenai pengaturan ekspresi AlaAT pada
cekaman kadar oksigen rendah. Perbandingan 49 gen inti yang responsive
terhadap hipoksia pada perkecambahan tanaman liar dari Columbia dan mutan
NERP, ate1/ate2 dan prt6, di bawah udara atau hipoksia dalam waktu singkat (2
jam) mengungkapkan bahwa tidak seperti gen penanda hypoxia, antara lain ADH1
(At1g77120), SUS4 (At3g43190) dan PDC1 (At4g33070), AlaAT (At1g17290
dan At1g72330) yang tidak disebabkan kondisi non cekaman dan tidak nampak
ekspresi yang lebih besar pada cekaman kadar kosigen rendah daripada tipe liar.
(Gibbs et al. 2011). Dapat disimpulkan bahwa regulasi dari AlaAT terhadap
cekaman kadar oksigen adalah proses penginderaan oksigen pada tanaman oleh
NERP. Tidak seperti beberapa gen yang responsive terhadap hipoksia, AlaAT
tidak diinduksi pada kondisi banjir pada galur Arabidopsis yang mengekspresis
RAP2.12 (Licausi et al. 2011). Analisis transkriptoma antara Arabidopsis yang
mengekspresi HRE1 dan HRE2 atau yang dihilangkan kedua gen tersebut
(hre1/hre2) menunjukkan bahwa induksi AlaAT oleh kondisi hipoksia tidak
dimediasi oleh jalur penangkapan sinyal yang dikontrol oleh factor transkripsi
tersebut (Licausi et al. 2010), namun sebaliknya pada RAP2.2-overexpressing
(ox3) dan mutan Knockout (rap2.2-2) (Hinz et al. 2010). AlaAT menunjukkan
profil ekspresi yang sama pada mutan sebagai gen penanda hipoksia ADH1
(At1g77120) dan PDC1 (At4g33070); gen tersebut diekspresi lebih banyak pada
bagian tunas dari ox3 hanya pada perlakuan hipoksia-keadaan gelap tapi tidak
pada perlakuan keadaan hipoksia-cahaya atau normosik-keadaan gelap (lihat
Gambar 3 di dalam Hinz et al. 2010). Hal tersebut menarik untuk diobservasi pada
percobaan yang sama dengan RAP2.3 yang juga melibatkan ERF group VII yang
diinduksi dengan cara yang sama menunjukkan keterlibatan AlaAT pada proses
akhir RAP2.2. Dapat disimpulkan, hasil ini mengindikasikan bahwa jalur
ethylene-dependent yang diinduksi hipoksia yang melibatkan RAP2.2 (dengan
atau tanpa RAP2.3) tidak hanya diinduksi AlaAT dan sinyal lain yang
berhubungan dengan keadaan gelap yang juga penting. Pertanyaan yang dapat
kami jawab adalah apakah mungkin sinyal ini atau sinyal lainnya. Duriasi
perlakuan hipoksia-keadaan gelap selama 5 jam, waktu tersebut terlalu pendek
untuk dapat menginduksi sindrom kekurangan gula terutama pada media kultur
yang mengandung 1.5 % sucrose. Dua atau tiga hari dala kondisi gelap
menyebabkan kondisi kurang gula dan ekspresi gen sensitive gula GDH1 pada
Arabidopsis yang diadaptasi kondisi gelap (Melo-Oliveira et al. 1996). Namun,
sinyal lain yang berhubungan dengan gangguan fotosintesis yang berkepanjangan,
contohnya gangguan pada energy homeostatis yang dirasakan melalui rasio
ATP/AMP cukup dapat dihipotesiskan. Pada Arabidopsis, gen penanada yang
diiduksi keadaan gelap (DIN), DIN1 (At4g35770) dan DIN6 (At3g47340) yang
juga diinduksi oleh cekaman banjir/tenggelam yang diisolasi dari sel mesofil pada
seluruh bagian tanaman. Diduga reaksi yang menyebabkan Arabidopsis DIN6
menjadi gen luciferase (LUC) ditunjukkan oleh protoplansma yang ditransfeksi
oleh DIN6-LUC yang aktif karena kondisi gelap dan hipoksia/tenggelam selama
3-6 jam memiliki jalur yang sama dengan gen DI6 endogenous. Aktiviasi
dihambat oleh inhibitor protein kinase K252a menunjukkan kebutuhan protein
kinase dalam merespon cekaman tersebut. Fungsi dasar sel menunjukkan ekspresi
yang bersamaan dari anggota group SnRK1 (Snf1-related protein kinase 1) group,
KIN10 (At3g01090) dan KIN11 (At3g29160) tetapi tidak dengan dua wakil
lainnya pada group ini SnRK2 dan SnRK3, meskipun terjadi aktivitas protein
kinasenya pada kondisi (Baena-Gonzlez et al. 2007). Perubahan ekspresi gen
yang diinduksi selama 6 jam oleh ekspresi sementara dari KIN10 atau perlakuan
hipoksia pada protoplas Arabidopsis menunjukkan profil yang sama. Namun,
ekspresi AlaAT yang diinduksi kondisi gelap dan perlakuan hipoksia di protoplas
hanya memberikan sedikit perubahan pada ekspresi berlebih KIN10
overexpressing protoplast dibawah kondisi normoxia. Hal ini mengdukung
pendapat bahwa AlaAT diatur oleh jalur penangkapan sinyal yang konvergen
(Baena-Gonzlez et al. 2007). Pada Gambar 2 kami berhipotesis bahwa hubungan
antara jalur penangkapan sinyal hipoksia dan keadaan gelap untuk induksi
ekspresi AlaAT. Hipotesis ini sesuai dengan hasil pengamatan pada padi dalam
kondisi banjir, CIPK15 [calcineurin B-like (CBL)-interacting protein kinase]
mengatur ekspresi ADH sebagai bentuk respon terhadap cekaman kadar oksigen
rendah melalui SnRK1A (Lee et al. 2009).
Gambar. 2 Rangkuman bebererapa jalur dari metabolism nitrogen pada cekaman kadar oksigen rendah. Skema
hepotesis hubungan antara jalur penangkapan sinyal yang diinduksi hipoksia dan keadaan gelap untuk regulasi
traskripsi dari AlaAT. Jalur yang tergantung ethylene yang diinduksi hipoksia terlibat sebagai factor transkripsi
RAP2.2 yang terbukti efektif menginduksi ekspresi AlaAT tunas Arabidopsis ketika terjadi cekaman oksigen yang
berhubungan dengan keadaan gelap (Hinz et al. 2010). Keterlibatan RAP2.3 sebagai awal dari RAP2.2
dipertanyakan ketikan gen yang mengkode terbukti memiliki regulasi yang sama dengan AlaAT pada perlakuan
hipoksia karena gelap pada ox3 (galur ekspresi berlebih RAP2.2) (Hinz et al. 2010). KIN10/KIN11 dua anggota dari
keluarga Snrk terbukti memediasi penangkapan sinyal cekaman oksigen dan keadaan gelap pada Arabidopsis yang
diisolasi dari sel mesofil pada seluruh bagian tanaman (Baena-Gonzlez et al. 2007). CIPK15 terbukti bertindak
melalui Snrk1A untuk meregulasi fermentasi gula pada padi anoxia (Lee et al. 2009). Regulasi pasca-translasi dari
GDC disebabkan oleh peningkatan konsentrasi ion H + dan Ca2+ sitoplasma diinduksi hipoksi. NO yang diinduksi
hipoksia menyebabkan pelepasan Ca2+ dari sel yang menyebabkan meningkatnya kadar cellular Ca 2+ bebas di dalam
sel (Garcia-Mata et al. 2003). GDC diaktivasi oleh pengasaman pH dan dikembalikan melalui auto-inhibition oleh
komplek Ca2+/CAM (Bouch et al. 2004, 2005). Aktivitas NR meningkat ketika pH berada di bawah optimum
(Stoimenova et al. 2007). Fosforilasi GDH untuk menurunkan aktivitasya pada kondisi hipoksia dihipotesiskan
berdasarkan regulaasi pasca-translasi dari enzim udang karang Orconectes virilis (Dawson dan Storey 2012)
 Walaupun hanya perubahan ekspresi AlaAT yang tampak dari studi
transkriptomik sebagai bagian adaptasi umum dan konsisten dari metabolism
primer terhadap cekaman oksigen, studi metabolomik terhadap beberapa spesies
menunjukkan sedikit pengaruh dari cekaman kadar oksigen rendah terhadap
metabolism asam amino melalui akumulasi alanin (Bailey-Serres and Voesenek
2008; Bailey-Serres et al. 2012). Hal tersebut disarankan sebagai bentuk respon
adaptasi dari cekaman hipoksia berupa modulasi dari N organic membentuk
glutamate dan alanine (Limami et al. 2008). Akibatnya, ATP digunakan pada
proses biosintesis akan turun untuk mendukung akumulasi alanine dan BAGA
yang menggambarkan akumulasi utama dari N organic (Ricoult et al. 2005; Rocha
et al. 2010; Bailey-Serres and Voesenek 2008; Narsai et al. 2009). Oleh karena itu,
sangat mungkin bahwa modulasi jalur asam amino adalah hasil dari regulasi
pasca-translasi hal tersebut ditunjukan oleh aktivitas GDC yang reponsif terhadap
variasi konsentrasi H+ dan Ca2+ di dalam sitoplasma yang meningkat pada kondisi
hipoksia (Gambar 2). Aktivitas GDC meningkat ketika pH sitoplasma menurun
dan akan menurun ketika pH meningkat mencapai tingat normalnya lagi (Carroll
et al. 1994). Kemudian, aktivitas GDC diturunkan dari proses auto-inhibisi oleh
komplek Ca2+/Calmodulin (Bouch et al. 2004, 2005). Dekarboksilasi glutamate
oleh GDC adalah bagian dari pelepasan GABA yang melibatkan reaksi yang
dikatalisis oleh enzim GABA-transminase (GABA-T) dan succinic semialdehyde
dehydrogenase (SSADH). Pelepasan GABA mempengaruhi keadaan pH sel
karena reaksi dekarboksilasi glutamate merupakan reaksi yang mengikat proton
yang dapat meningkatkan pH (Drew 1997; Greenway dan Gibbs 2003). Pada
udang karang air tawar Orconectes virilis, GDH terbukti terfosforilasi pada
kondisi kadar oksigen terbatas yang menyewebabkan penurunan aktivitas enzim
yang memotong jalur yang menghubungan antara assimilatory C dan N hingga
ikan tersebut kembali pada keadaan normoxia (Dawson and Storey 2012). jika
mekanisme regulasi pasca-translasi dapat efektif pada tanaman (Gambar 2), hal
tersebut akan menjelaskan perbedaan antara peningkatan ekspresi gen GDH1 dan
penurunan aktivitas enzim in vivo pada perkecambahan M. truncatula di bawah
kondisi hipoksia (Limami et al. 2008). Induksi GDH1 diinterpretasikan sebagai
bentuk antisipasi ketika kondisi kembali earobik selama enzim dapat membentuk
2-oxoglutarate melalui reaksi deaminasi glutamate selama proses periode
pemulihan pasca-cekaman (Limami et al. 2008). Dapat disimpulkan bahwa
kembali ke kondisi aerobic sudah diantisipasi oleh tanaman yang mengalami
cekaman hipoksia dengan cara ekspresi gen yang produk translasinya memiliki
fungsi biologis penting pada saat proses pemulihan (Drew 1997). Aktivitas AlaAT
ditentukan secara in vivo dengan cara menanbahkan 15N-glutamate atau 15N-ala-
nine pada perkecambahan M. truncatula. Pada kondisi aerobic AlaAT
mengkatalisis reaksi reversible, namun, pada kondisi hipoksia aktivitas AlaAT
secara eksklusif diarahkan untuk proses biosintesis alanine menggunakan
glutamate sebagai donor amino-N dan reaksi balik dari sintesis glutamate,
menggunakan alanine sebagai donor amino-N terhambat hingga adanya regulasi
pasca-translasi (Ricoult et al. 2006).

Kesimpulan dan Saran

Review kali ini bertujuan untuk menunjukkan bagaimana metabolism
nitrogen mempengaruhi kemampuan tanaman untuk mengurangi pengaruh buruk
dari cekaman kadar oksigen rendah pada tingkal sel yang difokuskan pada
penelitian yang saat ini sedang berlangsung seperti produksi NO dan metabolise
asam amino. Pada bidang ini banyak terdapat pertanyaan yang menarik untuk
diteliti lebih lanjut.
Untuk reduksi nitrat/nitrit dan produksi NO, hal tersebut sama pentingnya
untuk menjelaskan bagaimana transport nitrit ke dalam mitokondria untuk
mengetahui pengaruh dari respirasi nitrit-NO untuk perbaikan pada saat krisis
energy dan mengungkap kontroversi pengaruh dari ETC mitokondria dan NR
sitosolik terhadap produksi NO.
Berkenaan dengan modulasi dari sintesis asam amino sebagai bentuk
adaptasi terhadap penurunan ketersediaan oksigen, perlu dilakukan penelitian
yang lebih mendalam mengenai regulasi enzim kunci dari proses transkripsi
dan/atau pascatranslasi sangat menantang untuk dilakukan berhubungan dengan
terobosan baru pada proses penginderaan dan penangkapan sinyal oksigen melalui
NERP untuk degradasi protein dan keterlibatan factor transkripsi ERF dari group
IIV sebagai yang memiliki peran penting pada organisasi respon metabolism.
Berdasarkan hasil penelitian Baena-Gonzlez et al. (2007) dan Hinz et al. (2010),
dapat dihipotesiskan bahwa AlaAT diatur oleh dua jalur penangkapan sinyal
konvergen (Gambar 2). Hal tersebut secara konsisten dapat menjelaskan AlaAT
diatur oleh RAP2.2, substrat NERP, tidak terekspresi pada mutan Arabidopsis
knock out ate1, ate2 dan pr6, tidak seperti gen penanda anaerobic ADH1, PDC1
dan SUS1/4. Mekanisme lainnya yaitu melalui atau bersama dengan NERP
sebagai respon toleransi pada tanaman terhadap variasi kadar oksigen telah
menjadi aspek paling menantang dalam bidang ini (Licausi et al. 2013). Oleh
karena itu, membedah lebih dalam jalur penangkapan sinyal hipoksia dan keadaan
gelap pada tunas Arabidopsis dapat menjelaskan bagaimana NERP melalui
RAP2.2 berinteraksi dengan jalur penangkapan sinyal lainnya, yaitu jalur keadaan
gelap KIN10/KIN11, untung mengatur aspek dari respon metabolism terhadap
kehilangan oksigen (Gambar 2).
Akhirnya, hipotesis dari regulasi pasca-translasi GDH melalui fosforilasi
memiliki tantangan, sangat mungkin bahwa aktivitas enzim tersebut
membutuhkan regulasi yang lebih baik untuk dapat secara cepat berubah dari
keadaan terhambat menjadi aktif selama masa transisi pada saat cekaman kadar
oksigen rendah ke periode pemulihan pasca-cekaman. hipotesis kami adalah
karbon disimpan dalam bentuk alanine selama cekaman kadar oksigen rendah dan
diangkut melalui siklus AlaAT/GDH; pyruvate dan glutamate dibentuk oleh
AlaAT dari alanine dan 2-oxoglutarate, pyruvate diangkut ke dalam siklus Krebs,
sementara deaminasi oksidatif dari glutamate oleh GDH membentuk 2-
oxoglutarate untuk mengatur siklus dan membentuk NADH yang ketika terjadi
oksidasi akan menghasilkan energy.
 Daftar Pustaka

Albrecht G, Mustroph A, Theodore C (2004) Sugar and fructan accumulation

during metabolic adjustment between respiration and fermentation under
low oxygen conditions in wheat roots. Physiol Plant 120:93104

Allgre A, Silvestre J, Morard P, Kallerhoff J, Pinelli E (2004) Nitrate reductase

regulation in tomato roots by exogenous nitrate: a possible role in
tolerance to long-term root anoxia. J Exp Bot 55:26252634

Baena-Gonzlez E, Rolland F, Thevelein JM, Sheen J (2007) A central integrator

of transcription networks in plant stress and energy signalling. Nature
448:938942

Bailey-Serres J, Voesenek LA (2008) Flooding stress: acclimations and genetic

diversity. Annu Rev Plant Biol 59:313339

Bailey-Serres J, Fukao T, Gibbs DJ, Holdsworth MJ, Lee SC, Licausi F, Perata P,
Voesenek LA, van Dongen JT (2012) Making sense of low oxygen
sensing. Trends Plant Sci 17:129138

Benamar A, Rolletschek H, Borisjuk L, Avelange-Macherel MH, Curien G,

Mostefai HA, Andriantsitohaina R, Macherel D (2008) Nitrite-nitric oxide
control of mitochondrial respiration at the frontier of anoxia. Biochim
Biophys Acta 1777:12681275

Besson-Bard A, Courtois C, Gauthier A, Dahan J, Dobrowolska G, Jeandroz S,

Pugin A, Wendehenne D (2008a) Nitric oxide in plants: production and
cross-talk with Ca2+ signaling. Mol Plant 1:218228

Besson-Bard A, Pugin A, Wendehenne D (2008b) New insights into nitric oxide

signaling in plants. Annu Rev Plant Biol 59:2139

Botrel A, Kaiser WM (1997) Nitrate reductase activation state in barley roots in

relation to the energy and carbohydrate status. Planta 201:496501

Bouch N, Fait A, Zik M, Fromm H (2004) The root-specific glutamate

decarboxylase (GAD1) is essential for sustaining GABA levels in
Arabidopsis. Plant Mol Biol 55:315325

Bouch N, Yellin A, Snedden WA, Fromm H (2005) Plant-specific calmodulin-

binding proteins. Annu Rev Plant Biol 56:435466

Bright J, Desikan R, Hancock JT, Weir IS, Neill SJ (2006) ABA-induced NO

generation and stomatal closure in Arabidopsis are dependent on H2O2
synthesis. Plant J 45:113122
Buwalda W, Greeway H (1989) Nitrogen uptake and growth of wheat during O2
deficiency in root media containing NO3 only, or NO3 plus NH44+.
New Phytol 111:161166

Carroll AD, Fox GG, Laurie S, Phillips R, Ratcliffe RG, Stewart GR (1994)
Ammonium assimilation and the role of [gamma]-aminobutyric acid in pH
homeostasis in carrot cell suspensions. Plant Physiol 106:513520

Dawson NJ, Storey KB (2012) An enzymatic bridge between carbohydrate and

amino acid metabolism: regulation of glutamate dehydrogenase by
reversible phosphorylation in a severe hypoxia-tolerant crayfish. J Comp
Physiol B 182:331340

Dordas C, Hasinoff BB, Igamberdiev AU, Manach N, Rivoal J, Hill RD (2003a)

Expression of a stress-induced hemoglobin affects NO levels produced by
alfalfa root cultures under hypoxic stress. Plant J 35:763770

Dordas C, Rivoal J, Hill RD (2003b) Plant haemoglobins, nitric oxide and

hypoxic stress. Ann Bot 91:173178

Drew MC (1997) Oxygen deficiency and root metabolism: injury and acclimation
under hypoxia and anoxia. Ann Rev Plant Physiol Plant Mol Biol 48:223
250

Felle HH (2006) Apoplastic pH during low-oxygen stress in Barley. Ann Bot

98:10851093

Garcia-Mata C, Gay R, Sokolovski S, Hills A, Lamattina L, Blatt MR (2003)

Nitric oxide regulates K+ and Cl channels in guard cells through a subset
of abscisic acid-evoked signaling pathways. Proc Natl Acad Sci USA
100:1111611121

Gibbs DJ, Lee SC, Isa NM, Gramuglia S, Fukao T, Bassel GW, Correia CS,
Corbineau F, Theodoulou FL, Bailey-Serres J, Holdsworth MJ (2011)
Homeostatic response to hypoxia is regulated by the N-end rule pathway
in plants. Nature 479:415418

Gout E, Boisson A, Aubert S, Douce R, Bligny R (2001) Origin of the

cytoplasmic pH changes during anaerobic stress in higher plant cells.
Carbon-13 and phosphorous-31 nuclear magnetic resonance studies. Plant
Physiol 125:912925

Greenway H, Gibbs J (2003) Mechanisms of anoxia tolerance in plants. II. Energy

requirements for maintenance and energy distribution to essential
processes. Funct Plant Biol 30:9991036

Gupta KJ, Igamberdiev AU (2011) The anoxic plant mitochondrion as a nitrite:

NO reductase. Mitochondrion 11:537543
Hattori Y, Nagai K, Furukawa S, Song XJ, Kawano R, Sakakibara H, Wu J,
Matsumoto T, Yoshimura A, Kitano H, Matsuoka M, Mori H, Ashikari M
(2009) The ethylene response factors SNORKEL1 and SNORKEL2 allow
rice to adapt to deep water. Nature 460:10261030

Hebelstrup KH, van Zanten M, Mandon J, Voesenek LA, Harren FJ, Cristescu
SM, Mller IM, Mur LA (2012) Haemoglobin modulates NO emission and
hyponasty under hypoxia-related stress in Arabidopsis thaliana. J Exp Bot
63:55815591

Hess N, Klode M, Anders M, Sauter M (2011) The hypoxia responsive

transcription factor genes ERF71/HRE2 and ERF73/HRE1 of Arabidopsis
are differentially regulated by ethylene. Physiol Plant 143:4149

Hinz M, Wilson IW, Yang J, Buerstenbinder K, Llewellyn D, Dennis ES, Sauter

M, Dolferus R (2010) Arabidopsis RAP2.2: an ethylene response
transcription factor that is important for hypoxia survival. Plant Physiol
153:757772

Horchani F, Aschi-Smiti S, Brouquisse R (2010) Involvement of nitrate reduction

in the tolerance of tomato (Solanum lycopersicum L.) plants to prolonged
root hypoxia. Acta Physiol Plant 32:11131123

Horchani F, Prvot M, Boscari A, Evangelisti E, Meilhoc E, Bruand C, Raymond

P, Boncompagni E, Aschi-Smiti S, Puppo A, Brouquisse R (2011) Both
plant and bacterial nitrate reductases contribute to nitric oxide production
in Medicago truncatula nitrogen-fixing nodules. Plant Physiol 155:1023
1036

Hu RG, Sheng J, Qi X, Xu Z, Takahashi TT, Varshavsky A (2005) The N-end rule

pathway as a nitric oxide sensor controlling the levels of multiple
regulators. Nature 437:981986

Igamberdiev AU, Hill RD (2004) Nitrate, NO and haemoglobin in plant

adaptation to hypoxia: an alternative to classic fermentation pathways. J
Exp Bot 55:24732482

Igamberdiev AU, Hill RD (2009) Plant mitochondrial function during

anaerobiosis. Ann Bot 103:259268

Igamberdiev AU, Sereglyes C, Manach N, Hill RD (2004) NADH-dependent

metabolism of nitric oxide in alfalfa root cultures expressing barley
hemoglobin. Planta 219(1):95102

Igamberdiev AU, Bykova NV, Shah JK, Hill RD (2010) Anoxic nitric oxide
cycling in plants: participating reactions and possible mechanisms. Physiol
Plant 138:393404
Ismond KP, Dolferus R, De Pauw M, Dennis ES, Good AG (2003) Enhanced low
oxygen survival in Arabidopsis through increased metabolic flux in the
fermentative pathway. Plant Physiol 132:12921302

Jackson M (1985) Ethylene and responses of plants to soil waterlogging and

submergence. Ann Rev Plant Physiol Plant Mol Biol 36:145174

Jackson M, Armstrong W (1999) Formation of aerenchyma and the processes of

plant ventilation in relation to soil flooding and submergence. Plant Biol
1:274287

Jacoby RP, Li L, Huang S, Pong Lee C, Millar AH, Taylor NL (2012)

Mitochondrial composition, function and stress response in plants. J Integr
Plant Biol 54:887906

Kaiser WM, Weiner H, Kandlbinder A, Tsai CB, Rockel P, Sonoda M, Planchet E

(2002) Modulation of nitrate reductase: some new insights, an unusual
case and a potentially important side reaction. J Exp Bot 53:875882

Klok EJ, Wilson IW, Wilson D, Chapman SC, Ewing RM, Somerville SC,
Peacock WJ, Dolferus R, Dennis ES (2002) Expression profile analysis of
the low-oxygen response in Arabidopsis root cultures. Plant Cell 14:2481
2494

Kursteiner O, Dupuis I, Kuhlemeier C (2003) The pyruvate decarboxylase1 gene

of Arabidopsis is required during Anoxia but not other environmental
stresses. Plant Physiol 132:968978

Lamotte O, Gould K, Lecourieux D, Sequeira-Legrand A, Lebrun- Garcia A,

Durner J, Pugin A, Wendehenne D (2004) Analysis of nitric oxide
signaling functions in tobacco cells challenged by the elicitor cryptogein.
Plant Physiol 135:516529

Lasanthi-Kudahettige R, Magneschi L, Loreti E, Gonzali S, Licausi F, Novi G,

Beretta O, Vitulli F, Alpi A, Perata P (2007) Transcript profiling of the
anoxic rice coleoptile. Plant Physiol 144:218231

Lee KW, Chen PW, Lu CA, Chen S, Ho TH, Yu SM (2009) Coordinated responses
to oxygen and sugar deficiency allow rice seedlings to tolerate flooding.
Sci Signal 2:ra61

Libourel IG, van Bodegom PM, Fricker MD, Ratcliffe RG (2006) Nitrite reduces
cytoplasmic acidosis under anoxia. Plant Physiol 142:17101717

Licausi F (2013) Molecular elements of low-oxygen signaling in plants. Physiol

Plant 148:18

Licausi F, van Dongen JT, Giuntoli B, Novi G, Santaniello A, Geigenberger P,

Perata P (2010) HRE1 and HRE2, two hypoxia-inducible ethylene
 response factors, affect anaerobic responses in Arabidopsis thaliana. Plant
J 62:302315

Licausi F, Kosmacz M, Weits DA, Giuntoli B, Giorgi FM, Voesenek LA, Perata P,
van Dongen JT (2011) Oxygen sensing in plants is mediated by an N-end
rule pathway for protein destabilization. Nature 479:419422

Licausi F, Pucciariello C, Perata P (2013) New role for an old rule: N-end rule-
mediated degradation of ethylene responsive factor proteins governs low
oxygen response in plants (F). J Integr Plant Biol 55:3139

Limami AM, Glevarec G, Ricoult C, Cliquet J-B, Planchet E (2008) Concerted

modulation of alanine and glutamate metabolism in young Medicago
truncatula seedlings under hypoxic stress. J Exp Bot 59:23252335

Liu F, Vantoai T, Moy LP, Bock G, Linford LD, Quackenbush J (2005a) Global
transcription profiling reveals comprehensive insights into hypoxic
response in Arabidopsis. Plant Physiol 137:11151129

Liu F, VanToai T, Moy LP, Bock G, Linford LD, Quackenbush J (2005b) Global
transcription profiling reveals comprehensive insights into hypoxic
response in Arabidopsis. Plant Physiol 137:11151129.
doi:10.1104/pp.104.055475

Loreti E, Poggi A, Novi G, Alpi A, Perata P (2005) A genome-wide analysis of the

effects of sucrose on gene expression in Arabidopsis seedlings under
anoxia. Plant Physiol 137:11301138

Ma F, Lu R, Liu H, Shi B, Zhang J, Tan M, Zhang A, Jiang M (2012) Nitric oxide-

activated calcium/calmodulin-dependent protein kinase regulates the
abscisic acid-induced antioxidant defence in maize. J Exp Bot 63:4835
4847

Melo-Oliveira R, Oliveira IC, Coruzzi GM (1996) Arabidopsis mutant analysis

and gene regulation define a nonredundant role for glutamate
dehydrogenase in nitrogen assimilation. Proc Natl Acad Sci USA 93:4718
4723

Morard P, Silvestre J, Lacoste L, Caumes E, Lamaze T (2004) Nitrate uptake and

nitrite release by tomato roots in response to anoxia. J Plant Physiol
161:855865

Mustroph A, Zanetti ME, Jang CJ, Holtan HE, Repetti PP, Galbraith DW, Girke T,
Bailey-Serres J (2009) Profiling translatomes of discrete cell populations
resolves altered cellular priorities during hypoxia in Arabidopsis. Proc Natl
Acad Sci USA 106:1884318848

Mustroph A, Lee SC, Oosumi T, Zanetti ME, Yang H, Ma K, Yaghoubi-Masihi A,

Fukao T, Bailey-Serres J (2010) Cross-kingdom comparison of
 transcriptomic adjustments to low-oxygen stress highlights conserved and
plant-specific responses. Plant Physiol 152:14841500

Narsai R, Howell KA, Carroll A, Ivanova A, Millar AH, Whelan J (2009)

Defining core metabolic and transcriptomic responses to oxygen
availability in rice embryos and young seedlings. Plant Physiol 151:306
322

Oliveira HC, Sodek L (2013) Effect of oxygen deficiency on nitrogen assimilation

and amino acid metabolism of soybean root segments. Amino Acids
44:743755

Oliveira HC, Freschi L, Sodek L (2013) Nitrogen metabolism and translocation in

soybean plants subjected to root oxygen deficiency. Plant Physiol Biochem
66:141149

Planchet E, Jagadis Gupta K, Sonoda M, Kaiser WM (2005) Nitric oxide emission

from tobacco leaves and cell suspensions: rate limiting factors and
evidence for the involvement of mitochondrial electron transport. Plant J
41:732743

Ricoult C, Cliquet J-B, Limami AM (2005) Stimulation of alanine amino

transferase (AlaAT) gene expression and alanine accumulation in embryo
axis of the model legume Medicago truncatula contribute to anoxia stress
tolerance. Physiol Plant 123:3039

Ricoult C, Echeverria LO, Cliquet JB, Limami AM (2006) Characterization of

alanine aminotransferase (AlaAT) multigene family and hypoxic response
in young seedlings of the model legume Medicago truncatula. J Exp Bot
57:30793089

Rocha M, Licausi F, Araujo WL, Nunes-Nesi A, Sodek L, Fernie AR, van Dongen
JT (2010) Glycolysis and the tricarboxylic acid cycle are linked by Alanine
Aminotransferase during hypoxia induced by waterlogging of Lotus
japonicus. Plant Physiol 152:15011513

Rockel P, Strube F, Rockel A, Wildt J, Kaiser WM (2002) Regulation of nitric

oxide (NO) production by plant nitrate reductase in vivo and in vitro. J
Exp Bot 53:103110

Sakihama Y, Nakamura S, Yamasaki H (2002) Nitric oxide production mediated

by nitrate reductase in the green alga Chlamydomonas reinhardtii: an
alternative NO production pathway in photosynthetic organisms. Plant
Cell Physiol 43:290297

Sasidharan R, Mustroph A (2011) Plant oxygen sensing is mediated by the N-end

rule pathway: a milestone in plant anaerobiosis. Plant Cell 23:41734183
Shi K, Ding X-T, Don D-K, Zhou Y-H, JQ Y (2008) Putrescine enhancement of
tolerance to root-zone hypoxia in Cucumis sativus: a role in increased
nitrate reductase. Funct Plant Biol 35:337385

Shingaki-Wells RN, Huang S, Taylor NL, Carroll AJ, Zhou W, Millar AH (2011)
Differential molecular responses of rice and wheat coleoptiles to anoxia
reveal novel metabolic adaptations in amino acid metabolism for tissue
tolerance. Plant Physiol 156:17061724

Stoimenova M, Hansch R, Mendel R, Gimmler H, WM K (2003) The role of

nitrate reduction in the anoxic metabolism of roots. I. Characterization of
root morphology and normoxic metabolism of wild type tobacco and a
transformant lacking root nitrate reductase. Plant Soil 253:145153

Stoimenova M, Igamberdiev AU, Gupta KJ, Hill RD (2007) Nitrite-driven

anaerobic ATP synthesis in barley and rice root mitochondria. Planta
226:465474

Talwar PS, Gupta R, Maurya AK, Deswal R (2012) Brassica juncea nitric oxide
synthase like activity is stimulated by PKC activators and calcium
suggesting modulation by PKC-like kinase. Plant Physiol Biochem
60:157164

van Dongen JT, Frhlich A, Ramrez-Aguilar SJ, Schauer N, Fernie AR, Erban A,
Kopka J, Clark J, Langer A, Geigenberger P (2009) Transcript and
metabolite profiling of the adaptive response to mild decreases in oxygen
concentration in the roots of arabidopsis plants. Ann Bot 103:269280

Xu K, Xu X, Fukao T, Canlas P, Maghirang-Rodriguez R, Heuer S, Ismail AM,

Bailey-Serres J, Ronald PC, Mackill DJ (2006) Sub1A is an ethylene-
response-factor-like gene that confers submergence tolerance to rice.
Nature 442:705708

Yamasaki H, Sakihama Y, Takahashi S (1999) An alternative pathway for nitric

oxide production in plants: new features of an old enzyme. Trends Plant
Sci 4:128129

Yang CY, Hsu FC, Li JP, Wang NN, Shih MC (2011) The AP2/ERF transcription
factor AtERF73/HRE1 modulates ethylene responses during hypoxia in
Arabidopsis. Plant Physiol 156:202212

Zhang A, Jiang M, Zhang J, Ding H, Xu S, Hu X, Tan M (2007) Nitric oxide

induced by hydrogen peroxide mediates abscisic acid-induced activation
of the mitogen-activated protein kinase cascade involved in antioxidant
defense in maize leaves. New Phytol 175:3650