Anda di halaman 1dari 3

RESUME

REPLIKASI DNA

Kelompok 5 Offering C
Andy Heppi Risma Jaya (150341605349)
Farah Adibah Zuhri (150341603252)

Replikasi semikonservatif DNA


Menurut Watson dan Crick, replikasi semikonservatif adalah ketika untai double helix DNA
dipisahkan menjadi dua pita utama dengan cara melepaskan ikatan hydrogen antar pasangan basa, tiap pita
akan menyintesis pita baru yang sesuai dengan pasangannya. Sehingga tiap pita utama dapat bertindak
sebagai contoh/acuan untuk memprediksi pita baru yang dihasilkan. Selain replikasi semikonservatif,
terdapat hipotesis lain mengenai mekanisme yang terjadi pada replikasi DNA. Hipotesis tersebut adalah
replikasi konservatif dan dispersive.

Eksperimen Meselson-Stahl
Bukti nyata dari teori replikasi semikonservatif dapat dilihat dari hasil eksperimen Meselson-Stahl.
Mereka menumbuhkan bakteri E. coli dalam medium yang kaya akan isotop nitrogen 15N. Nitrogen adalah
kandungan utama dalam DNA. Bentuk nitrogen normal adalah dalam bentuk isotop 14N, tetapi DNA juga
akan tetap bertahan hidup dengan kandungan isotop 15N yang melimpah. Setelah bakteri E. coli
ditumbuhkan dalam medium yang kaya akan isotop 15N, dihasilkan keturunan bakteri dengan kandungan
DNA yang sangat padat. Kepadatan untai DNA dapat ditentukan dengan teknik sentrifugasi gradien
kepadatan. Dalam teknik ini cesium klorida (CsCl) akan disentrifugasi selama beberapa jam. Jika potongan
DNA di tambahkan kedalamnya, maka masing-masing potongan akan cenderung untuk berpindah dan
berkumpul pada suatu daerah dengan gradient kepadatan yang sama. Jadi apabila potongan-potongan
tersebut mempunyai gradien kepadatan yang sama maka akan terbentuk satu pita tunggal, dan apabila
gradient kepadatannya berbeda maka akan terbentuk dua pita atau lebih. Adanya pita yang terbentuk ini bisa
dideteksi dengan menggunakan sinar ultraviolet yang memiliki panjang gelombang sekitar 260 nm dimana
asam amino dapat menyerap sinar ini dengan kuat.
Setelah itu, sel bakteri yang mengandung isotop 15N dalam DNAnya akan ditaruh kembali di dalam
medium yang kaya akan isotop 14N untuk membelah sekali lagi. Kemudian DNA akan diekstrasi dari selnya
untuk diselidiki apakah DNA tersebut adalah DNA dengan isotop 14N atau DNA dengan isotop 15N. Hasil
dari eksperimen ini sangat mendukung teori semikonservatif replikasi DNA, dimana separuh dari generasi
sel yang kedua memiliki satu punting DNA asli dengan isotop 15N bersama-sama dengan isotop 14N.
Sedangkan DNA pada separuh sel yang lain mengandung isotop 14N, satu disintesis pada pembelahan
pertama dan yang lain disintesis pada pembelahan kedua.

Fag X174 dan Repliksi Rolling circle


Bakteriofag X174 adalah representative dari sekelompok virus kecil yaitu bakteri dan eukariotik
yang menyimpan materi genetiknya pada sebuah untai tunggal molekul DNA sirkuler. Ketika virus-virus ini
menginfeksi sebuah sel inang E. Coli yang dalam kasus ini adalah X174, untai tunggal DNA virus yang
disebut untai positif diubah ke dalam sebuah bentuk double heliks yang disebut replicative form (RF) oleh
sintesis untaian komplemen negative. Untaian ganda induk RF ini kemudian melakukan replikasi sebanyak
beberapa kali untuk memproduksi sebuah populasi anakan molekul RF (untai ganda), yang mana saat
replikasi asimestri memproduksi populasi untaian anakan (+) dalam jumlah besar.
Replikasi kromosom bakteriofage X174 terbagi dalam tiga tahapan yaitu: Untaian positif induk
RF induk, RF induk RFs anakan, dan RFs anakan untaian positif anakan. Pada dua tahap terakhir,
sintesis DNA terjadi dengan mekanisme yang berbeda yang disebut rolling circle. Bagian dari replikasi
rolling circle biasanya adalah , eye, dan struktur Y-shaped.
Replikasi rolling circle dimulai ketika aktifitas endonuclease membelah sequence-spesific gen
protein A menjadi untai (+) induk RF dari replikasi aslinya. Aktifitas endonulease hanya dibagian spesifik, ia

1
memotong kromosom X174 hanya pada satu sisi dari aslinya. Proses ini menghasilkan 3 OH dan 5 fosfat
terminal di sisi yang terpotong pada untai (+), dan untai (-) tetap utuh. Ujung 5 dari untai (+) dilepaskan dan
terkelupas ketika untai (-) berputar disekitar sumbunya (ini dinamakan Rolling Circle). Selama replikasi
RF induk hingga RF anakan, untai (+) yang baru digunakan sebagai tempat untuk sintesis dari untai (-)
komplemen yang terhenti. Perubahan untai double (double helix) menjadi untai tunggal pada sintesis DNA
terjadi ketika protein spesifik dari virus diproduksi di dalam sel. Replikasi rolling circle tetap berlanjut,
tetapi strain viralnya terabaikan, selubung protein kemudian mengikat ini untuk mencegah terjadinya
sintesis strain (-) yang lengkap.

Retrovirus
Retrovirus ditemukan dengan mempelajari penyebab beberapa jenis tumor di ayam, kucing, dan
tikus. Dalam setiap kasus, virus RNA terlibat dalam produksi tumor. Pada tahun 1970 David Baltimore,
Howard Temin, dan Satoshi Mizutani menemukan sebuah RNA-dependent DNA polimerase-yaitu, reverse
transcriptase, yang memungkinkan virus ini untuk menyalin RNA menjadi DNA. Kita sekarang tahu bahwa
transkripsi terbalik bertanggung jawab untuk mengisi genom dengan berbagai jenis urutan DNA, termasuk
pada retrovirus. Kemudian dilakukan penelitian pada human immunodeficiency virus (HIV), yang
menyebabkan AIDS. AIDS mengakibatkan seseorang kehilangan kemampuan untuk melawan infeksi oleh
bermacam-macam patogen, termasuk organisme yang biasanya jinak. Tanpa pengobatan, orang yang
terinfeksi menyerah pada infeksi ini, dan akhirnya mereka mati.
AIDS ditularkan dari satu orang ke orang lain melalui cairan tubuh seperti darah atau air mani yang
telah terkontaminasi dengan HIV. Gejala awal dari penyakit ini seperti flu. Individu yang terinfeksi
mengalami nyeri, demam, dan kelelahan. Setelah beberapa minggu, gejala ini mereda. Namun, virus terus
berkembang biak dan menyebar ke seluruh tubuh, menargetkan sel-sel khusus yang memainkan peran
penting dalam sistem kekebalan tubuh. Akhirnya, sel-sel penting ini habis oleh virus HIV.
Virus spherical memasuki host sel dengan berinteraksi dengan protein reseptor tertentu, yang disebut
reseptor CD4, yang terletak di permukaan sel. Interaksi ini dimediasi oleh glikoprotein (protein yang gula
telah terpasang) disebut gp120, yang tertanam dalam membran lipid yang mengelilingi partikel virus
kemudian gp120 akan merapat ke reseptor CD4. Di dalam sel, membran lipid dan mantel protein yang
mengelilingi partikel virus akan hilang, dan materi dalam inti virus dilepaskan ke dalam sitoplasma sel. Inti
ini mengandung dua molekul RNA untai tunggal identik. Virus genom dan sejumlah kecil protein akan
memfasilitasi replikasi genom, termasuk dua molekul transcriptase balik dari virus, salah satu terikat untuk
setiap virus RNA untai. Kemudian mengkonversi RNA untai tunggal dalam DNA untai ganda. molekul
DNA untai ganda kemudian dimasukkan dalam kromosom sel yang terinfeksi dan mengisi genom sel
dengan banyak salinan genom virus. Salinan ini kemudian dapat disalin oleh sel biasa RNA polimerase
untuk menghasilkan sejumlah besar RNA virus, yang berfungsi untuk mengarahkan sintesis protein virus
dan juga menyediakan RNA genomik untuk perakitan partikel virus baru. Sehingga dapat menginfeksi sel-
sel lain dengan berinteraksi dengan reseptor CD4 pada permukaannya. Dengan cara ini, materi genetik HIV
direplikasi dan disebarkan melalui populasi yang rentan dari sel-sel kekebalan. genom HIV, sedikit lebih dari
10 kilobases panjang, yang mengandung beberapa gen. ditemukan di semua retrovirus.
Pada replikasi genom HIV dikatalisasi oleh reverse transcriptase, dimulai dengan sintesis DNA untai
tunggal komplementer RNA untai tunggal dari genom virus. Hal ini dilakukan oleh tRNA yang melengkapi
urutan disebut PBS (primer situs pengikatan) dari pusat dalam RNA HIV. tRNA yang sudah terikat pada
PBS di inti dari HIV. Setelah transcriptase balik mengkatalisis sintesis 3 akhir dari DNA virus, ribonuklease
H (RNase H) mendegradasi RNA genomik di duplex RNA-DNA.. Hasil akhirnya adalah bahwa wilayah R
dari DNA untai baru lahir dari 5 akhir RNA HIV ke 3 akhir HIV RNA. Berikutnya transcriptase balik
memperluas DNA copy menggunakan 5 HIV RNA sebagai wilayah template. Pada langkah 5, RNaseH
menurunkan semua RNA di duplex RNA-DNA kecuali untuk pada saluran polypurine (PPT), yang sebagian
besar terdiri dari adenin purin dan guanin. channel polypurine digunakan untuk sintesis bagian DNA untai
utama kedua dari genom HIV. Setelah tRNA dan genom RNA hadir di kopel RNA-DNA yang dikeluarkan,
sebuah DNA kedua "melompat" terjadi selama PBS di 5 akhir untai DNA kedua hybridizes dengan PBS
pelengkap pada 5 akhir untai DNA pertama. 3 Termini -hydroxyl dari dua untai DNA kemudian digunakan
untuk sintesis DNA prima untuk menyelesaikan sintesis untai ganda DNA HIV.

2
retrovirus terdapat pada vertebrata, termasuk kita sendiri. Karena retrovirus ini direplikasi bersama
dengan sisa dari DNA, mereka ditransmisikan ke sel anak selama pembelahan, dan jika mereka terintegrasi
dalam sel germinal-line, mereka juga diteruskan ke generasi berikutnya melalui gamet. Para ahli genetika
menyebut urutan DNA diwariskan yang berasal dari transkripsi terbalik dan integrasi genom virus retrovirus
endogen.

PERTANYAAN

1. Apa sajakah bukti-bukti yang menunjukkan kebenaran dari rolling circle replication?
Jawab:
a. Untai tunggal DNA virus seperti X174.
b. Replikasi digabung dengan transfer kromosom selama konjugasi pada bakteri.
c. Replikasi dari molekul DNA extrakromosomal kecil membawa gugus dari gen rRNA
selama oogenesis pada amphibi.

2. Apa fungsi dari gen gag, gen pol, dan gen env?
Jawab:
Gen gag mengkode protein dari partikel virus; gen pol mengkodekan reverse transcriptase
dan enzim lain yang disebut integrase, yang mengkatalisis bentuk DNA penyisipan dari genom HIV
ke dalam kromosom sel inang; dan gen env mengkode glikoprotein yang tertanam dalam amplop
lipid virus.