Meskipun penggunaan antimikroba profilaksis pada kasus nekrosis akibat pankreatitis berat
telah direkomendasikan pada sebelumnya, pada guidline terbaru didapatkan hasil agar
menghindari pemberian antimikroba tersebut, begitu juga pada kasus luka bakar dimana tidak
terdapat keuntungan pada metaanalisis.Namun pada kasus dimana jika kecurigaan kuat
mengarah kepada sepsis atau syok sepsis dimana pasien tersebut mengalami fase inflamasi
yang parah tanpa ditemukan sumber infeksi, kondisi tersebut merupakan indikasi pemberian
antimikroba.
Terapi kombinasi pada guidline ini tidak dapat menggunakan dua antibiotik yang berbeda
kelas (biasanya golongan beta-lactam dengan fluoroquinolon, aminoglikosida atau
markolide) untuk dugaan satu jenis patogen. Kombinasi lainnya ialah vankomisin dengan
ceftazidime, metronidazole dengan amoniglikosida, dan enchinocandin dengan beta laktam.
Meskipun data dari penelitian merekomendasikan keuntungan dari terapi kombinasi pada
kasus syok sepsis, hal tersebut belum menunjukkan efektivitas pada infeksi yang serius
termasuk bakterimia dan sepsis tanpa syok.
Durasi dari pemberian terapi antimikroba yang direkomendasikan yaitu sekitar 7-10 hari jika
adekuat pada kasus infeksi berat yang disertai syok sepsis. Pada pasien yang memiliki respon
klinis yang lebih lama, direkomendasikan agar waktu terapinya lebih lama. Pada pasien yang
memiliki perbaikan klinis dengan cepat, direkomendasikan agar waktu terapinya tidak lebih
dari 7 hari. Pemeriksaan rutin dilakukan untuk menilai efektivitas terapi antimikroba tersebut.
Pada kasus infeksi bakterimia S. Aureus tanpa komplikasi memerlukan waktu paling kurang
14 hari dalam terapinya, dimana jika terjadi komplikasi memerlukan waktu terapi hingga 6
minggu. Kategori bakterimia tanpa komplikasi didefinisikan sebagai ; (1) endokarditis, (2)
tidak ada sesuatu barang implant pada tubuh, (3) hasil negatif dari follow up kultur darah
pada 2-4 hari setelah onset, (4) penurunan suhu badan selama 72 jam setelah terapi antibiotik
efektif diberikan dan (5) tidak ada infeksi metastasis.
Prinsip untuk manajemen sepsis dan syok septik termasuk mendiagnosis cepat dari bagian
tertentu secara anatomis yang terinfeksi dan menentukan apakah tempat yang terinfeksi
tersebut dapat dikontrol sumber infeksinya (khususnya drainase abses, debridement jaringan
nekrotik yang terinfeksi). Infeksi yang dapat terkontrol misalnya abses intraabdominal,
perforasi gastrointestinal, volvulus, cholangitis, dan cholecystitis, pyelonefritis yang
berkaitan dengan obstruksi atau abses, jaringan lunak yang nekrosis dan infeksi pada rongga
yang lebih dalam misalnya (empiema atau sepsis artritis) dan benda implant yang terinfeksi.
Infeksi yang dapat menyebabkan syok sepsis harus dikontrol secepat ungkin berhubungan
dengan resusitasi awal yang ditargetkan dalam 6-12 jam pertama setelah muncul diagnosis.