Tugas Pemodelan Docking Struktur Protein-Ligan

Docking merupakan metode simulasi untuk mengetahui orientasi antara ligan dengan
reseptor. Proses docking terbagi atas dua jenis, yaitu blind docking dan oriented docking. Blind
docking merupakan proses docking yang dilakukan tanpa mengetahui letak sisi aktif dari reseptor
dengan tepat, sedangkan oriented docking merupakan proses docking yang dilakukan dengan
telah mengetahui letak sisi aktif dari reseptor dengan tepat. Penelitian ini dilakukan dengan
proses blind docking, karena belum mengetahui parameter grid box dari suatu struktur protein
degan ligan 7-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-2(1H)-one. Proses docking yang
dilakukan bersifat semi fleksibel, karena reseptor yang digunakan bersifat rigid sedangkan ligan
besifat fleksibel.
Digunakan AutoDock yang akan membantu proses docking dari ligand ke sekumpulan
grids yang mendiskripsikan protein yang dituju, AutoGrid yang membantu perhitungan grids
tersebut. Hal ini dapat digunakan sebagai pedoman dalam perancangan struktur kimia agar
diperoleh ikatan yang lebih baik lagi. Bahan yang telah siap dipreparasi dengan parameter
AutoGrid, kemudian dilakukan validasi menggunakan kontrol agonis dan antagonis. Dalam
percobaan ini digunakan nilai gridbox sebesar X : 42, Y : 42, Z : 42 dan spacing 0,375 . Setelah
itu, dilakukan docking.
Proses docking pada AutoDock menggunakan algoritma Lamarckian Genetic Algorithm
(LGA). Algoritma tersebut merupakan penggabungan antara algoritma Local Search dan Genetic
Algorithm. Nilai energi hasil docking dipengaruhi oleh search run, yang merupakan pengulangan
yang dilakukan dalam proses docking. Penelitan ini dilakukan pengulangan sebanyak 50 kali
dalam sekali docking, sehingga akan dihasilan 50 pose pada ligan untuk mendapatkan energi
bebas Gibbs (G) terbaik.

Hasil Docking Ligan terhadap Makromolekul

Berdasarkan peletakan awal ligan terhadap makromolekul, maka didapatkan hasil proses
docking dengan posisi penempelan dimungkinkan pada residu Phenil 714, Glutamat 661, dan
valin 662. Pada ligan terdapat atom O yang punya lonepair electron yang menyebabkan adanya
interaksi dengan makromolekul, interaksi yang terjadi seperti interaksi van der wall. Berikut
gambar protein dengan ligan awal :
Estimated free energy of binding -4,86 kcal/mol
Estimated intibition constant 271,82 m
Final intermolecular energy -5,16 kcal/mol
Final total internal energy -0,10 kcal/mol
Torsional free energy +0,30 kcal/mol
Unbound systems energy -0,10 kcal/mol

Berdasarkan hasil docking antara ligan dengan reseptor diperoleh konformasi ligan
dengan energi terkecil. Binding affinity merupakan ukuran kemampuan obat untuk berikatan
pada reseptor. Ikatan kovalen menghasilkan afinitas kuat, interaksi stabil dan ireversibel. Ikatan
elektrostatik bisa menghasilkan afinitas kuat atau lemah, biasanya bersifat reversibel.. Semakin
kecil nilai binding Affinity maka afinitas antara reseptor dengan ligan semakin tinggi begitu pula
sebaliknya semakin besar nilai binding Affinity maka afinitas antara reseptor.