PROSES METABOLISME

Proses Secara Umum

Metabolisme adalah seluruh transformasi yang terjadi dalam sel termasuk di dalamnya
sel bakteri , atau protozoa untuk membuat sel baru dan membentuk populasi bakteri.
Proses metabolisme pada umumnya terdiri dari konservasi energi, biosintesis, asimilasi,
dan pemeliharaan sel.

Konservasi Energi

Kemampuan untuk mentransformasikan dan menkonsumsi energi merupakan harta

fundamental yang dimiliki oleh seluruh makhluk hidup. Sel membutuhkan energi untuk
melaksanakan berbagai fungsi kerja mekanik seperti daya pergerakan dan kerja elektris
seperti pergerakan ion dan molekul. Energi kimia juga dibutuhkan dan dikonsumsi
selama reaksi yang mensintesis berbagai senyawa kimia penyususn sel. Konsumsi energi
menjadi sesuatu yang penting dalam kehidupan sel. Energi didulang dari sebuah struktur
kimia yang disebut substrata atau dari radiasi sinar matahari.

Gambar Metabolisme Mikroba Secara Umum

Energi Carriers (Pembawa Energi)

Pada umumnya, bentuk manifestasi dari konservasi energi yaitu pembentukan senyawa
fosfat bernergi tinggi, sebagai energi kimia. Pada umumnya, senyawa kimia yang
menjadi pembawa energi ini adalah adenosine trifosfat (ATP), yang jika satu ikatan P-nya
terlepas akan menjadi ADP kemudian menjadi AMP.

Anabolisme adalah metabolisme pembentukan yang menggunaka energi (ATP) untuk

mensintesis komponen sel kompleks (makromolekul) dari senyawa yang lebih sederhana
dalam sel (central intermediate). Komponen sel baru yang dimaksud adalah
phosphorylates, yang mendapat molekul fosfat dari ATP dalam proses.

Ada berbagai jenis mekanisme dalam konservasi energi untuk memproduksi ATP. Akan
tetapi, pada prinsipnya semua mekanisme berlangsung melalui proses oksidasi reduksi
yang melibatkan transfer elektron dari molekul pendonor (teroksidasi) ke akseptor
elektron (terreduksi).

Elektron Carriers

Oleh karena cara makhluk hidup mengkonversi energi adalah dengan reaksi oksidasi dan
reduksi, fungsi sumber energi utama adalah memulai proses donor elektron. Sinar
matahari pun tidak melakukan inisiasi secara langsung melainkan melalui molekul
fotoreseptor yang dikenal dengan nama klorofil-a untuk mendonorkan elektron. Elektron
yang ditransfer diterima oleh molekul organik pembawa elektron, yang disebut koenzim,
biasanya dalam bentuk nicotinamide adenine dinucleotide (NAD) dan turunan
terfosforilasinya (NADP). Saat menerima ion hidrida, koenzim ini akan terreduksi
menjadi NADH/NADPH. Senyawa tereduksi tersebut kemudian mendonor elektron
untuk menghasilkan ATP atau untuk reaksi metabolisme lain seperti biosintesis, asimilasi
dan pemeliharaan sel. Sekali molekul NAD mendonorkan ion hidrida, maka NAD dapat
menerima elektron lagi. NAD dapat dianalogikan dengan ATP dalam fungsinya sebagai
pembawa elektron universal (daya reduksi) dengan cara yang sama dengan yang
dilakukan oleh ATP sebagai pembawa ikatan fosfat universal (energi metabolic).

Biosintesis

Pada umumnya, materi organik dalam organisme terdiri dari empat kelas makromolekul
kompleks yaitu asam nukleat, protein, polisakarida dan lemak. Molekul-molekul besar ini
disintesis dari kelompok senyawa organik sederhana yang disebut central intermediate,
yang diturunkan dari sumber karbon melalui anabolisme atau biosintesis yang terdiri dari
dua tahap utama yaitu sintesis monomer prekursor dan polimerisasi. Kedua tahap ini
adalah net consumer dalam biosintesis dan akan menggunakan ATP selama konservasi
energi. Biosintesis akan berlangsung selama jumlah ATP cukup.

Asimilasi & Ingesti

Asimilasi adalah transport komponen metabolik terlarut dari luar ke dalam lingkungan
sel, baik secara pasif (difusi) maupun transport aktif. Sel yang mendapatkan semua
komponen metabolic melalui asimilasi disebut osmotrof, contohnya jamur, algae, dan
bakteri. Asimilasi dipenuhi dengan mekanisme transportasi dengan energi pasif (energi
netral) dan energi aktif (energi konsumsi). Transport pasif dilakukan berdasarkan driving
force yang berupa gradient konsentrasi, dengan mekanisme difusi. Proses ini bersifat
spontan, tidak membutuhkan energi dari luar dan akan berlangsung sampai konsentrasi di
area perbatasan sel dengan daerah luar menjadi homogen . Transport pasif akan terjadi
hanya ketika molekul mampu berdifusi melalui membran sel.

Ingesti adalah proses transpor materi organik tak larut melalui membran sel. Sel yang
mampu melakukan Ingesti disebut fagotrof, contohnya protozoa, siliata dan amoeba.
Protozoa fagotrof dapat mengkonsumsi alga, jamur, virus, dan protozoa lainnya, serta
senyawa organik partikulat abiotik (nonselular). Organisme fagotrop ini pertamanya
harus melarutkan partikel yang dingesti secara intraseluler sebelum melepaskan senyawa
organik yang dapat diserap sebagai nutrisi oleh sel. Pelarutan intraseluler ini dibantu oleh
enzim spesifik. Mekanisme pelarutan melibatkan keterpaduan antara proses disimilasi
(penguraian), biosintesis, konservasi energi.

Pemeliharaan Sel

Pemeliharaan sel adalah aktivitas sel yang tidak berhubungan langsung dengan
pertumbuhan. Fungsi utama dalam pemeliharaan sel adalah bergerak dan
mempertahankan kesatuan struktur sel. Sel yang bergerak membutuhkan energi untuk
operasi pergerakan mereka. Maksudnya, pergerakan sel yang diwujudkan dengan bagian
berupa flagella atau silia, serta aliran sitoplasmik.
Klasifikasi Metabolik

Berdasarkan sumber karbon dan energi yang digunakan, organisme dibedakan atas:

Kemoheterotrof: Organisme ini menggunakan senyawa organik sebagai sumber karbon

dan energinya. Kemoheterotrof terdiri dari fungi (mold dan yeast), protozoa dan bakteri.

Kemoautotrof: Organisme ini menggunakan senyawa anorganik sebagai sumber energi

dan CO2 sebagai sumber karbon. Organisme yang termasuk kemoautotrof adalah bakteri
nitrifikasi, hidrogen, sulfur dan besi.

Fotoheterotrof: Organisme ini menggunakan cahaya sebagai sumber energi dan senyawa
organik sebagai sumber karbon. Organisme yang termasuk fotoheterotrof adalah
beberapa jenis alga dan cyanobacteria yang bersifat anaerobik-fotosintetik.

Fotoautotrof: Organisme ini menggunakan cahaya sebagai sumber energi dan CO2
sebagai sumber karbon. Sebagian besar alga dan cyanobacteria termasuk dalam
klasifikasi fotoautotrof.

Kebutuhan Nutrisi

Bioelement Mayor

Terdapat 10 bioelemen yang dibutuhkan oleh sel dengan konsentrasi yang cukup tinggi.
Bioelement ini adalah sebagai berikut:

Karbon: Sel memperoleh karbon melalui oksidasi heterotrof senyawa organik atau
melalui reduksi autotrof CO2. Pada organisme autotrof, CO2 yang diperoleh dari fiksasi
CO2 digunakan untuk menghasilkan sel baru (biosintesis). Sedangkan, pada organisme
heterotrof, sumber karbon tidak hanya dimanfaatkan untuk produksi sel baru
(biosintesis/anabolisme) tetapi juga untuk menghasilkan energi (katabolisme).

Sejumlah kecil organisme baik autotrof maupun heterotrof tidak dapat mensintesis semua
molekul organic spesifik yang dibutuhkan untuk pertumbuhan sehingga senyawa tersebut
harus hadir atau diasimilasi dari lingkungan ekstraseluler jika reaksi biosintesis akan
diberlangsungkan.

Nitrogen: Nitrogen diperlukan oleh semua mikroba untuk mensintesis protein dan asam
nukleat (DNA dan RNA). Nitrogen diperoleh dari lingkungan dalam bentuk anorganik,
biasanya dalam bentuk NH3 yang dibutuhkan untuk asimilasi dan transformasi sel.
Namun, ada juga organisme yang dapat menggunakan NO3 sebagai sumber nitrogennya,
yang kemudian direduksi menjadi ammonia melalui assimilatory nitrate reduction
sebelum digunakan dalam biosintesis.

Energi ekstra untuk metabolism dibutuhkan untuk mentransfer elektron dari sumber
internal menjadi ion nitrat untuk membuat sumber nitrogen yang lebih disukai daripada
ammonia. Gas nitrogen juga dapat secara terbatas digunakan oleh organisme khusus
melalui mekanisme konsumsi energy yang disebut dengan fiksasi nitrogen.

Oksigen & Hidrogen: O2 dan H2 terdapat dalam sel dalam bentuk air, sebagai komponen
utama dalam senyawa organik. Pada organisme heterotrof, oksigen dan hydrogen
diperoleh dari molekul substrat. Sedangkan, pada organisme autotrof, molekul oksigen
diperoleh dari fiksasi CO2.

Sulfur: Sulfur adalah komponen asam amino yang dibutuhkan untuk sintesis protein.
Beberapa organisme dapat memperoleh sulfur melalui asimilasi reduksi sulfat, sebagian
lagi memperoleh sulfur melalui reduksi senyawa sulfur seperti H2S.

Fosfor: Fosfor terdapat dalam bentuk ion fosfat dalam materi organik sel seperti asam
nukleat (DNA dan RNA), nukleotida (ATP), nukleosida (ADP dan AMP), dan fosfoipid.
Di bawah kondisi normal, beberapa sel dapat menyimpan fosfor dalam bentuk
polifosfida. Fosfor juga dapat diperoleh dalam bentuk senyawa organik yang kemudian
diuraikan terlebih dahulu oleh enzim fosfatase sebelum masuk reaksi biosintesis.

Senyawa lain: Senyawa lain yang termasuk mayor bioelement adalah K, Ca, dan Mg
yang dibutuhkan untuk enzim serta Fe yang dibutuhkan sebagai komponen struktur
protein.

Bioelemen Minor

Elemen-elemen yang dibutuhkan sel dalam jumlah mikro diantaranya: Zn, Mn, Co, Cu,
dan Mo (yang dibutuhkan dalam aktivasi dan integritas struktur enzim), serta vitamin
untuk pertumbuhan. Ada juga organisme yang membutuhkan nikel dan tungsten sebagai
bioelemen. Selain itu, alga diatom membutuhkan bioelemen silicon sebagai komponen
struktur dinding sel.

Kebutuhan Energetik

Konservasi energi membutuhkan transfer elektron antara molekul pendonor dan akseptor.
Kemampuan molekul pendonor untuk mendonorkan elektronnya tergantung pada
kemampuan menyuplai NAD dalam sel. NAD hanya dihasilkan dalam jumlah yang
sedikit dalam sel sehingga perlu di-cycled (reduksi dan oksidasi). Molekul atau ion yang
menerima elektron dalam reaksi konservasi energi disebut electron penerima terakhir,
seperti O2 pada organisme aerobik, nitrat dan sulfat pada organisme anaerobik, dan
senyawa organik pada organism sel fermentatif.

Jumlah ATP yang bisa dihasilkan melalui oksidasi dan reduksi tergantung pada jumlah
elektron yang ditransfer. Oleh karena itu, jumlah ATP yang dapat dihasilkan dapat
dihitung secara teoritis dengan menghitung jumlah elektron yang ditransfer ke terminal
acceptor.

Pengolahan Air Limbah

Sasaran utama dari sistem biologis yang bervariasi untuk pengolahan air limbah adalah
oksidasi karbon, nitrifikasi, dan denitrifikasi. Sasaran dan dasar rasional ini berhubungan
dengan keutamaan metabolisme microbial yang telah dideskripsikan sebelumnya.

Oksidasi Karbon

Salah satu cara yang paling umum untuk menyelenggarakan oksidasi karbon adalah
dengan sistem pengolahan aerobik seperti, lumpur aktif, menara percik, lagun aerasi, dan
kolam oksidasi. Sistem ini berbeda dengan oksigenasi, tetapi semua bergantung pada
metabolisme respirasi aerobik kemoheterotrof untuk memineralisasi senyawa organik.

Oksidasi karbon juga dapat dicapai dengan sistem anerobik. Dalam sistem anaerobik,
karbon dioksida dibentuk melalui aktifitas bakteri fermentasi, bakteri respirasi sulfat, dan
beberapa bakteri metanogenik. Pada sistem ini pula, karbon organik direduksi dan terjadi
metabolisme bakteri fermentasi.

Penghilangan Nitrogen

Proses penghilangan nitrogen secara biologis dapat dilaksanakan oleh 2 tahap yaitu,
nitrifikasi dan denitrifikasi. Pada proses nitrifikasi, ammonia dioksidasi menjadi nitrit,
kemudian nitrit dioksidasi menjadi nitrat. Pada tiap tahap nitrifikasi tersebut dikatalisis
oleh bakteri yang berbeda. Pada proses denitrifikasi, nitrat direduksi menjadi gas nitrogen
(N2) yang berlangsung secara anaerobik.

Biosintesis

Salah satu konsekuensi dari seluruh proses biologis untuk pengolahan air limbah adalah
sintesis sel baru (dalam hal ini sebagai lumpur). Untuk menunjang pertumbuhan sel
secara aktif, maka diperlukan kondisi lingkungan yang cocok untuk bakteri tersebut, serta
penambahan nutrien (untuk mencegah defisiensi nutrient), seperti nitrogen, fosfor, dan
elemen minor. Hal ini bertujuan supaya oksidasi karbon tetap berjalan sebagaimana
mestinya.