Ecologa microbiana: Los microorganismos en su ambiente

Los microorganismos no viven solos en la naturaleza, sino que interaccionan con otros
organismos y con su ambiente. La ecologa es el estudio de los microorganismos en sus
ambientes naturales, las relaciones de estos con otros microorganismos y con el ambiente. No
se estudian los microorganismos como seres individuales, sino relacionados con el entorno:
como el hbitat condiciona al microorganismo y como el microorganismo modifica el entorno.

El objetivo principal de la ecologa microbiana consiste en comprender la riqueza y

abundancia de especies en un ecosistema, junto con las actividades microbianas principales
que se llevan a cabo.

Las actividades microbianas posibles en un ecosistema dependen de la composicin de las

especies, el tamao de las poblaciones y el estado fisiolgico de los microorganismos. Las
actividades microbianas, a su vez, pueden afectar profundamente un ecosistema, lo que
disminuye o impulsa las actividades de otros microorganismos que viven en el. Los
microorganismos controlan y regulan en gran medida la actividad de la biosfera

Objetivos de estudio de la ecologa microbiana

Parmetros fisicoqumicos
Qu microorganismos hay? Permite saber que potencial tiene en cuanto a reciclaje de
elementos.
Actividad de estos microorganismos
Como se relacionan entre ellos
Relaciones con el entorno

Ecosistema: unidad ecolgica autosuficiente.

Un ecosistema es la suma total de todos los microorganismos y factores abiticos en un

ambiente determinado. Un ecosistema tiene muchos hbitats diferentes, que son porciones
del ecosistema mejor adaptadas a uno o un nmero pequeo de poblaciones microbianas.

Flujo abierto de energa y reciclaje de la materia.

Los lmites de un ecosistema son muy variables, los podemos decidir nosotros.
La energa entra en forma de luz, carbono orgnico o sustancias inorgnicas reducidas que
son transformadas en materia orgnica.
Prdidas energticas en forma de calor.
Los elementos pasan por diferentes estados de oxidoreduccin (ciclos de los elementos)

Individuo poblacin gremio comunidad ecosistema

En cualquier ecosistema habitable, las clulas microbianas
individuales crecen para formar poblaciones. Las poblaciones
microbianas relacionadas metablicamente se denominan
gremios y los conjuntos de gremios forman comunidades
microbianas. Las comunidades microbianas interaccionan con
macroorganismos y factores abiticos en el ecosistema de tal
modo que definen el funcionamiento de dicho ecosistema.

Gremios: conjunto de individuos de diferentes especies

pero relacionados metablicamente.
Comunidad: conjunto de gremios que interaccionan. Nivel
biolgico ms alto dentro de un ecosistema.
Ecosistema = comunidad + entorno abitico

Los hbitats pueden ser extremadamente diversos y los

microorganismos que se encuentran en ellos sustentan la
vida. Adems de los hbitats comunes terrestres y los acuticos, los microorganismos
proliferan en ambientes extremos y tambin residen en la superficie de los macroorganismos
y en su interior.

Nicho ecolgico

El crecimiento de los microorganismos depende de las fuentes (nutrientes) y de las

condiciones de crecimiento de su hbitat. Las diferencias entre el tipo y la cantidad de los
recursos y las condiciones fsico-qumicas de un hbitat definen el nicho de cada
microorganismo en particular. La teora ecolgica afirma que por cada microorganismo existe
al menos un nicho principal, donde los recursos y las condiciones fisicoqumicas del hbitat
son ideales para su crecimiento. El organismo domina en el nicho principal, pero tambin
puede habitar en otros nichos, si bien tiene menos xito desde el punto de vista ecolgico que
en su nicho principal, aunque sea capaz de sobrevivir.

Microambiente

El trmino microambiente se utiliza para describir el nicho en el que un microorganismo

realmente vive y lleva a cabo su metabolismo. Cada microambiente ofrece posibilidades
de proliferacin para distintos tipos fisiolgicos de microorganismos.
Las condiciones fsico-qumicas de un microambiente estn sujetas a cambios rpidos en
cuanto al tiempo y el espacio.Los microambientes son muy cambiantes (pocos mm). Las
condiciones fisicoqumicas varan muy rpidamente.
Los microambientes contribuyen al aumento de la diversidad microbiana (metablica).
Ubicuidad de los microorganismos: ambientes extremos (no aptos para organismos
superiores) como temperaturas de 100C, salinidad de 5 M de NaCl, pH 11, pH 1.

Nutrientes (recursos)

Es el principal factor determinante del crecimiento. Disponibilidad de nutrientes baja e

intermitente. Los recursos entran en un ecosistema normalmente de forma intermitente. Un
gran aporte de nutrientes puede ir seguido de un periodo de gran escasez. Adems, la
distribucin de nutrientes no uniforme en un mismo hbitat. Debido a esto los
microorganismos en la naturaleza se enfrentan a menudo a una existencia que alterna entre
abundancia y escasez. Por lo tanto, es frecuente que sinteticen polmeros de reserva en
pocas de abundancia como poli-beta hidroxibutirato, polisacridos, polifosfatos

Baja velocidad de crecimiento y fase exponencial corta en el tiempo. Los periodos de

crecimiento microbiano exponencial largos son probablemente raros en la naturaleza. El
crecimiento se produce normalmente en brotes estrechamente ligados a la disponibilidad y la
naturaleza de los recursos. Como es difcil que en la naturaleza todas las condiciones fsico-
qumicas ptimas para el crecimiento microbiano se produzcan al mismo tiempo, la velocidad
de crecimiento de los microorganismos en su ambiente normalmente est por debajo de lo
registrados en el laboratorio. Las estimaciones han demostrado que las bacterias del suelo
tpicas crecen en la naturaleza a menos del 1% de la velocidad de crecimiento mxima que
alcanzan en el laboratorio.

Competencia con otros microorganismos por los mismos nutrientes. No son cultivos axnicos.
Salvo raras excepciones, los microorganismos en la naturaleza crecen en poblaciones mixtas
y no en cultivos axnicos. Un microorganismo que crece rpidamente en un cultivo axnico
puede crecer mucho ms lento en un ambiente natural donde debe competir con otros
organismos que estn igual o mejor adaptados a los recursos y las condiciones de crecimiento
disponibles. La competencia entre los microorganismos por los recursos de un hbitat puede
ser intensa. Un hbitat tpico alberga una mezcla de especies diferentes y la densidad de cada
poblacin depender de lo que se parezca el nicho a su nicho principal.

Sintrofia: colaboracin de diferentes especies para transformar diferentes sustratos. Algunos

microorganismos trabajan juntos para llevar a cabo transformaciones que no podran realizar
por separado. Estos tipos de colaboracin microbiana se denominan sintrofia y son simbiosis
cruciales para el ciclo anxico del carbono.

Tambin se aprecia la cooperacin metablica entre los organismos que llevan a cabo
metabolismos complementarios. Por ejemplo, las transformaciones metablicas en las que
participan dos grupos distintos de organismos, como son las bacterias nitrificantes. Juntas, las
bacterias nitrificantes oxidan NH3 a NO 3-, aunque ningn grupo es capaz de hacer esto por s
solo. Como el producto es el sustrato de las bacterias oxidadoras de nitrito, tales organismos
viven en la naturaleza por lo general en estrecha asociacin dentro de sus hbitats.

Crecimiento bacteriano sobre superficies

Las superficies son hbitats microbianos importantes por al menos dos razones. Primera, los
nutrientes se adsorben a las superficies y, por lo tanto, a menudo contienen mayor
concentracin de recursos que los que estn disponibles para las clulas que llevan una
existencia flotante. Y segunda, las superficies son zonas a las que se adhieren las clulas
microbianas.

Mayor concentracin de nutrientes mayor concentracin de celular mayor tasa de

crecimiento y a mayor velocidad.

Biopelculas

A medida que las clulas bacterianas crecen sobre una superficie,

tienden a formar biopelculas: agrupamientos de clulas
bacterianas adheridas a una superficie y encerradas en una
matriz adhesiva excretada por las clulas. Tpicamente, la matriz
consiste en una mezcla de polisacridos. Las biopelculas atrapan
nutrientes para el crecimiento microbiano y ayudan a evitar que
se desprendan las clulas superficiales. Numerosas capas de
microorganismos. Microcolonias de clulas revestidas de material
polisacrido adhesivo. Captan nutrientes y evitan el desprendimiento de las clulas.

El estilo de vida en biopelcula confiere muchas ventajas respecto a las poblaciones

microbianas y, una vez formadas, pueden ser muy difciles de controlar. Son un medio de
autodefensa microbiana, pues resisten fuerzas fsicas y qumicas.
 Importancia mdica: los biofilms escapan del sistema inmunitario y los antibiticos. Por
ejemplo: caries dental, fibrosis qustica, prtesis, catteres y sondas.
Importancia industrial: formacin de biofilms en tuberas de agua y oleoductos. Reducen el
flujo y provocan problemas de corrosin.

Cmo se forman las biopelculas? La adhesin de una

clula a una superficie es una seal que desencadena la
expresin de los genes especficos para la biopelcula.
Estos genes codifican protenas que sintetizan las
molculas de sealizacin intercelulares e inician la
formacin de la matriz. Una vez comprometida con la
formacin de una biopelcula, una clula que antes
nadaba pierde su flagelo y se inmoviliza. De algn modo
las bacterias sienten una superficie que es adecuada. La
comunicacin intercelular es decisiva para el desarrollo
y mantenimiento de una biopelcula.

Mtodos de estudio

Para conocer un ecosistema es necesario saber:

Nmero de organismos y diversidad
Biomasa de las diferentes poblaciones
Actividad
Tasa de crecimiento y muerte
Tasa de reciclaje de nutrientes
Caractersticas fsico-qumicas: temperatura, conductividad, radiacin lumnica, pH, O2,
redox, nutrientes, C, N, P, S.

Ambiente terrestre

Hbitat favorable
Papel subordinado a las plantas
Esenciales para el reciclaje de nutrientes
Crecimiento microbiano ms importante se desarrolla en las
superficies de las partculas del suelo. La mayor parte de la
actividad microbiana se encuentra en las capas de la
superficie ricas en materia orgnica, especialmente en la
rizosfera y sus alrededores.
Microambientes muy cambiantes en el espacio, pero
relativamente estables en el tiempo.
El agua como factor limitante de crecimiento. Uno de los
factores principales que alteran la actividad microbiana en el
suelo es la disponibilidad del agua. El agua es un
componente muy variable en el suelo y su presencia
depende de la composicin del suelo, de la lluvia, del
drenaje y de la cubierta vegetal.
Mayor concentracin: rizosfera (races). Las races son una
importante zona e actividad microbiana. Aqu, la humedad
es menos variable, la concentracin de los nutrientes y la
actividad microbiana son generalmente elevadas y la comunidad microbiana es ms
diversa y abundante.
Cuanta ms profundidad, disminuye la densidad de bacterias. La subsuperficie profunda
del suelo no es un yermo biolgico. Aunque el nmero de microorganismos es mucho
 menor que en el suelo del horizonte A, en los suelos de la subsuperficie profunda habitan
muy diversos microorganismos.
Alta diversidad. Alta densidad: 106 109 clulas/g

Ambiente areo

Atmosfera: 79% nitrgeno, 21% oxgeno, 0032% CO2

A medida que aumenta la altura; aumenta la radiacin UV, disminuye la temperatura, la
presin y el oxgeno
Zona de vida: troposfera (10km)
Medio de dispersin
Fototrficos y heterotrficos
Formas de resistencia y esporas
Alta diversidad
Baja densidad: 10 104 m3

Ambiente acutico

Se trata de un ambiente que puede ser muy diferente (ocanos, mares, lagos, ros,
lagunas, salinas) de toda el agua terrestre el 97 % es de origen marino. La mayor parte
de esta agua marina tiene una temperatura de 2-3C y carece de luz; el 62 % est
sometido a una presin atmosfrica elevada (> 100 atm). Se encuentran en la zona ftica,
es decir, como mximo a 200m de profundidad. Las aguas dulces, aunque constituyen una
pequea parte de toda e l agua del planeta, son muy importantes como fuente de agua
potable.
Los ambientes acuticos son muy variados, tanto en superficie como en volumen. Se
encuentran en localizaciones tan diversas como en el cuerpo humano; bebidas; y en los
lugares usuales como ros, lagos y ocanos. Tambin se encuentran en zonas saturadas
con agua que normalmente consideraramos como suelos. Esos ambientes pueden variar
desde alcalinos hasta extremadamente cidos. Las temperaturas tambin son muy
variadas.
Los productores primarios en este ambiente son microorganismos: algas, cianobacterias,
bacterias anaerobias fotosintticas verdes y prpuras.
El oxgeno y los elementos limitantes son los factores que controlan las comunidades
microbianas. La mezcla y el flujo de los nutrientes, oxgeno, y productos residuales que se
producen en los medios de agua dulce y marino son los factores dominantes que controlan
la comunidad microbiana.

Relaciones con el oxgeno en los lagos

El estado de los nutrientes es variable en los lagos. Algunos
presentan ambientes oligotrficos o pobres en nutrientes,
otros tienen ambientes eutrficos o ricos en nutrientes. Los
lagos pobres en nutrientes son poco profundos, con aguas
mezcladas y permanecen aerobios a lo largo del ao, y los
cambios estacionales de temperatura no producen
estratificacin clara (no tienen reas atemperadas). Por el
contrario, los lagos ricos en nutrientes tienen normalmente
sedimentos en el fondo que contienen materia orgnica.
Estos lagos de climas templados presentan las aguas
mezcladas en otoo e invierno pero, estratificadas durante la primavera y, especialmente, en
verano. La capa superior es caliente, recibe luz, contiene oxgeno (aerbica) pero no presenta
nutrientes, se denomina epilimnion mientras que la capa ms profunda y fra, sin luz ni
oxgeno (anaerbica) pero con nutrientes se denomina hipolimnion. La termoclina es la zona
de transicin de una capa a otra.

A finales del otoo y principios del invierno, las aguas de la superficie se vuelven ms fras, y
por lo tanto ms densas, que las capas del fondo. Esto hace que el agua fra se hunda y que
el lago se recambie, lo que vuelve a airear las aguas del fondo. Este ciclo anual permite que
las aguas del fondo pasen de xica a anxicas y de nuevo a xicas. Despus de que se
produzca esta mezcla, las bacterias mviles y las algas migran en la columna de agua para
encontrar de nuevo su ambiente ms adecuado.

Distribucin vertical de las bacterias: la columna de Winogradsky

La distribucin vertical de las bacterias es dependiente del gradiente de potencial de

oxidacin-reduccin de la luz.

En el caso ms general: saprfitos aerobios en la

superfiecie, una capa definida de fotosintticas y por
debajo una flora variada en la que, hacia el fondo (en
condiciones anaerbicas), pueden predominar bacterias
relacionadas con el ciclo del azufre.

Cianobacterias: fotosntesis oxignica

Verdes y rojas del azufre: anaerobios estrictos,
fototrficos obligados, toleran altas temperaturas de
compuestos sulfricos
Verdes y rojas no sulfricas: anaerbias facultativas,
fototrficas o quimiohetertrofas, no toleran altas
concentraciones de componentes sulfricos.

Estos biofilms gruesos, denominados tapetes microbianos o

columnas de Winogradsky, se observan en muchos medios de agua dulce y marinos. Son
comunidades microbianas complejas en capas que se pueden formar en la superficie de rocas
o sedimentos, en lagos hipersalinos y de agua dulce, lagunas, aguas termales y reas de
bao. Una caracterstica principal es la formacin de gradientes internos.

En una columna de Winogradsky tpica se desarrolla una comunidad diversa de

microorganismos. Las algas y cianobacterias aparecen rpidamente en las capas superiores
de la columna de agua y, al producir O2, ayudan a mantener esta zona de la columna xica.
Los procesos de descomposicin en el lodo conducen a al a produccin de cidos orgnicos,
alcoholes y H2, sustratos adecuados para bacterias reductoras de sulfato. El sulfuro generado
provoca el desarrollo de bacterias prpuras y verdes del azufre que utilizan el sulfuro como
donador de electrones para la fotosntesis. Estos organismos normalmente crecen en parches
en el lodo a los lados de la columna, pero pueden crecer profusamente en el agua si escasean
los fottrofos oxignicos.

Columna de Willogradsky: esta columna forma un microcosmos donde los microorganismos y

los nutrientes interaccionan a lo largo de un gradiente vertical. Los productos de fermentacin
y los sulfuros migran hacia arriba desde la zona inferior reductora: el oxgeno penetra desde
la superficie. Esto crea unas condiciones similares las que existen en un lago
con sedimentos ricos en nutrientes. Se suministra luz para estimular el
desarrollo de los microorganismos fotosintticos incluso en la regin inferior
anaerbica.

El medio acutico

El factor determinante del crecimiento de los microorganismos es la baja

solubilidad del oxgeno.
El O2 est disuelto a bajas concentraciones. En estos ambientes, la distancia a la que se
encuentre el microorganismo respecto de una burbuja o superficie de agua limita
significativamente la disponibilidad de oxgeno. Esto es as porque estos ambientes se
reconocen como ambientes con baja difusin de oxgeno. El oxgeno difunde lentamente el
travs del agua, y adems su solubilidad tambin se reduce a bajas temperaturas y bajas
presiones. Debido a esta limitada solubilidad y baja difusin del oxgeno en el agua, el
oxgeno puede ser utilizado por los microorganismos aerobios tan rpidamente que se
consume completamente. Este hecho derivar en la formacin de zonas hipxicas o
anxicas en dichos ambientes. Estas zonas permiten que microorganismos anaerobios,
tanto quimitrofos como fottrofos, crezcan en las zonas inferiores de los lagos donde la
luz an puede penetrar.
Si la cantidad de materia orgnica no es excesiva, el crecimiento de las algas utilizando los
minerales liberados por la degradacin de materia orgnica, produce O2 favoreciendo la
respiracin de hetertrofos.
Finalmente el O2 se acerca a la saturacin completndose el proceso de autodepuracin
de las aguas.

Lagos contaminados

En la mayora de condiciones la cantidad de materia orgnica que

llega al medio acutico no supera la capacidad oxidativa del
sistema. Pero, en ocasiones, sobre todo en zonas urbanas en las
que se vierten residuos al medio, puede ocurrir que aumente de
forma excesiva la materia orgnica. Esto conduce a un notable
dficit de O2 debido a la respiracin bacteriana, se utiliza a una
velocidad superior a la de su recuperacin. Al final, el O2 disuelto
se agota y el agua se vuelve anaerbica.

Estas condiciones anaerbicas del agua provocan un aumento de patgenos anaerbicos y de

otros anaerobios que producen olores desagradables (metangenos, fermentadores,
reductores de sulfatos). Se favorecen brotes masivos de cianobacterias, algas y plantas
acuticas. Adems, muchos animales acuticos mueren incluso en intervalos breves de
anoxia y se produce una degradacin de la calidad del agua.

Eutrofizacin (enriquecimiento en nutrientes)

Se produce cuando se aaden cantidades en exceso de nutrientes inorgnicos al agua que

estimula el crecimiento de plantas, algas y cianobacterias que compiten entre ellas. Como el
nitrgeno y el fosforo limitan frecuentemente el crecimiento microbiano en los hbitats de
agua dulce, su adicin tiene efectos especialmente importantes en los sistemas acuticos.

Al final, esta competencia es perjudicial para los otros microorganismos. Cuando la actividad
fotosinttica es muy elevada, se produce mucha materia orgnica que lleva al agotamiento
del oxgeno por parte de los hetertrofos. Al igual que ocurra antes, se consume oxgeno ms
rpidamente de lo que se produce y no hay autodepuracin.

Ciclos biogeoqumicos

Los diferentes nutrientes (elementos) pasan por diferentes estados de oxidoreduccin

provocados por reacciones fsico-qumicas y biolgicas.
Es el resultado del conjunto de los procesos biolgicos y qumicos a lo largo del reciclaje de
estos elementos en los sistemas vivos.
Papel fundamental de las comunidades microbianas en los ciclos (C, N). Muchas veces son
los nicos con capacidad de regenerarlos.

Ciclo del carbono

Circulacin por todos los ambientes: atmsfera,

agua, sedimentos, rocas y en la biomasa.
El ciclo del carbono y el oxgeno estn muy
relacionados, ya que la fijacin de CO2 por los
fottrofos aerbicos libera O2 y mucha de la
materia orgnica es oxidada a CO2 por
respiracin aerbica.
Una gran cantidad de carbono orgnico est en
las plantas terrestres (fotosntesis)
El CO2 vuelve a la atmsfera por respiracin
aerbica de los animales y microorganismos
quimioorganotrficos, principalmente por
descomposicin de la materia orgnica muerta.
Agua: microorganismos
o Cianobacterias y algas verdes
o Fotosintticos anaerbicos (Chromatium y Chlorobium)
o Quimiolitoauttrofos aerbicos
En la degradacin del carbono fijado se
observan dos estados principales de
oxidacin: metano y CO2.
Los metangenos se encuentran en zonas
anaerbicas.
El metano es muy insoluble por lo que es
muy fcilmente transportado a ambientes
aerbicos donde es oxidado a CO2 por los
metantrofos.
En consecuencia todo el carbono orgnico
revierte a CO2.
El balance entre la oxidacin y la reduccin
es crtico. Los productos del metabolismo de
algunos microorganismos son sustratos de otros.
Ciclo del nitrgeno

Ciclo de ambientes principalmente terrestres

Papel muy importante de los microorganismos
Aproximadamente el 79% del N2 es qumicamente
inerte y no aprovechable para la mayora de los
microorganismos. Reservorio: atmsfera
El resto de formas: Nitrato (NO3-) y amonaco (NH3), son
ms fcilmente reutilizables.
Fijacin N2 es un paso limitante (nicamente lo realizan
microorganismos).
Nitrificacin: bacterias quimioautotrficas aerbicas
estrictas. Fundamental en agricultura. En los cultivos no
interesa la nitrificacin porque el amoniaco se pierde en
forma de nitrato que es limpiado por las lluvias o bien pasa a N2 en condiciones
anaerbicas. Se emplean abonos con productos qumicos para inhibir la nitrificacin:
nitrapirina (anlogo de la pirimidina) que inhibe el primer paso de
la nitrificacin
Desnitrificacin: prdida de nitrato a N2 gas en condiciones
anaerbicas.

Compuestos xenobiticos

Compuestos de sntesis, artificiales, diferentes de las estructuras

habituales en la naturaleza.
Plsticos, disolventes clorados, lubricantes, aislantes, detergentes,
pesticidas, colorantes, herbicidas y otros.
Biodegradacin fortuita. Enzimas catablicas de otros sustratos con
estructura o grupos similares.

Biodegradacin

Mineralizacin: degradacin completa hasta formas inorgnicas. Crecimiento con el

compuesto como nica fuente de carbono.
Biotransformacin: degradacin parcial. Pocos genes crecimiento celular.
Recalcitrancia: poca (> 10 a.) o nula degradacin. Muy difcil o genes degradables.

Cometabolismo

La sustancia recalcitrante es modificada o degradada solo en presencia de un

sustrato promotor del crecimiento que se metaboliza al mismo tiempo.
Oxigeno y biodegradacin
o Muchos de los microorganismos son hetertrofos aerbicos.
o Oxgeno como reactivo oxidante: oxigenasas.