Anda di halaman 1dari 13

LAPORAN PRAKTIKUM GENETIKA (BI-2105)

FILOGENETIK MOLEKULER

Tanggal Praktikum: 18 November 2016


Tanggal Pengumpulan: 2 Desember 2016

Disusun oleh :
Elisa Fitri
10615029
Kelompok 7

Asisten :
Nur Alif Laela
10613027

PROGRAM STUDI BIOLOGI

SEKOLAH ILMU DAN TEKNOLOGI HAYATI

INSTITUT TEKNOLOGI BANDUNG

BANDUNG

2016

BAB I

PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Salah satu suku tumbuhan dikotil yang terpenting dan terbesar adalah
Fabaceae. Tumbuhan ini adalah familki tumbuhan ketiga terbesar yang termasuk
dalam divisi Angiosperme atau tumbuhan bermarga. Metabolit skunder yang ada
dalam tanaman ini sangat beragam, dari molekul yang sederhana sampai molekul
yang rumit, keberagaman metabolit skunder yang terkandung dalam tumbuhan
menunjukkan adanya tingkat evolusi dari tumbuhan tersebut. Perlunya
menentukan hubungan kekerabatan tanaman yang termasuk ke dalam famili
Fabaceae menggunakan DNA berkode ITS 2( Internal Transcribed Spacer 2.
Filogenetik adalah studi tentang sejarah evolusi dari organisme hidup
menggunakan diagram pohon (tree-like) untuk mewakili silsilah organisme.
Perlunya melakukan sekuen DNA dalam penentuan analisis filogeni adalah karena
DNA adalah pusat informasi yang mengkode organisme, relatif mudah untuk
mengekstrak dan menggabungkan informasi tentang proses evolusi suatu
kelompok oeganisme, sehingga bisa untuk analisis, peristiwa evolusinya secara
komparatif mudah untuk dibuat model dan bisa menghasilkan informasi yang
banyak dan beragam ( Weis and Faith, 1990 ).

Pemilihan sekuen DNA untuk dijadikan karakter dalam penelitian


filogenetik dilatarbelakangi oleh beberapa fakta yaitu sekuen DNA menawarkan
data yang akurat melalui pengujian homologi yang lebih baik terhadap karakter-
karakter yang ada. Sekuen DNA menyediakan banyak character states karena
perbedaan laju perubahan basa-basa nukleotida di dalam lokus besar dan juga
sikuen DNA terbukri menghasilkan sebuah hubungan kekerabatan yang lebih
alami (natural). Untuk menentukan dan membuat pohon filogenetik bisa
menggunakan aplikasi seperti Bioedit dan MEGA 7 (Baldwin et al, 1995 ).

1.2 Tujuan
Berdasarkan latar belakang yang telah dipaparkan diatas, maka tujuan dari
praktikum ini adalah :
1. Menganalisis hasil pohon filogenetik dari ITS 2
2. Membandingkan hasil pohon filogenetik dari ITS 2 dengan kladogram dari
morfologi
BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

2.1 ITS 2
Penelitian ini melakukan studi filogenetik terhadap Fabaceae berdasarkan
karakter morfologi dan karakter molekuler yang berdasarkan gen Internal
Transcribed Spacer ( ITS). Variasi sekuen pada daerah ITS memungknkan daerah
ini untuk analisis filogenetik dari banyak organisme yang berbeda (Henry et al
200). ITS berasal dari DNA ribosom (rDNA). Penggunaan ITS didasarkan pada
rDNA yang secara alamiah teratur letaknya, semakin berbeda spesies secara
filogentik, semakin berbeda sekuen sebagian dari rDNA. Pemilihan memakai
daerah ITS karena daerah ini lebih baik dibandingkan dengan molekul target
lainnya karena sensitivitasnya yaitu ukuran kecil (kurang lebih 700 padang basa)
dan memilki salinan yang banyak di dalam genom. Selain itu daerah ITS sering
digunakan oleh berbagai ahli untuk analisis filogenetik molekuler pada tumbuhan
untuk memahami keanekaragaman dan menjawab masalah filogenetik. ITS2
memiliki variasi sekuens primer yang lebih tingggi, susunan ITS2 digunakan
untuk membedakan kelompok-kelompok organisme utama yang sebelumnya
tampak tidak terlalu berguna dalam studi filogenetik di atas tingkat spesies atau
genus. Namun kalau dibandingakan dengan ITS1 , cakupan ITS2 pada tumbuhan
lebih banyak dan luas. ITS2 memberikan informasi yang berpotensi membuat
perbandingan tingkat famili, ordo, bahkan level yang lebih tinggi lagi (Baldwin et
al, 1995). Unit rDNA pada bagian antara daerah 18S dan daerah 5,8S terdapat
beberapa ratus pasang basa DNA yang disebut ITS1 dan diantara daerah 5,8S
dengan 28S yang terdapat didaerah ITS2 (Baldwin et al, 1995).

2.2 Pohon Filogenetik


Makhluk hidup yang ada di dunia ini sangat banyak dan beranekaragam.
Setiap makhluk hidup ada yang memilki kemiripan antara satu dengan yang
lainnya. Untuk menunujukkan hubungan evolusi antara berbagai spesies makhluk
hidup yang berdasarkan kemiripan dan perbedaan karakteristik fisik dan genetik
mereka dinamakan dengan Pohon Filogenetika. Filogenetik dapat ditentukan
dengan berbagai cara, salah satunya menggunakan sekuen DNA dan protein yang
mampu menyediakan perspektif evolusioner lain pada organisme yang ada
sekarang, karena selama organisme berveolusi, materi genetik mengakumulasi
berbagai macam mutasi yang menyebabkan perubahan fenotip (Jin Xiong, 2006).
Molekular filogenetik didasarkan pada konsep bahwa karakter tidak hanya
menunjukkan tingkat kesamaan atau ketidaksamaan (kekerabatan, phenetic)
antara organisme yang dianalisis, tapi juga menunjukkan hubungan evolusioner
( evolutionary relationship) antara organisme. Keunggulan penggunaan sekuens
DNA dalam filogenetik molekuler adalah jumlah karakter yang banyak sekali
dalam sekali analisis yang memilki 4 character state yang diskrit yaitu Adenin,
Guanin, Sitosin, dan Timin. Pemikiran dasar penggunaan sikuen DNA dalam studi
filogenetika adalah terjadi perubahan basa nukleotida berdasarkan waktu,
sehingga akan diperkirakan kecepatan evolusi yang terjadi dan akan bisa
direkontruksi hubungan evolusi antara satu kelompok dengan kelompok
organisme lain. Ada 3 tahap penting dalam analisis pohon filogenetik molekular,
yaitu sequence alignment , rekontruksi pohon filogenetika, dan evaluasi pohon
filogenetik dengan menggunakan uji statistik ( Cameron, 2005).

Dalam pemahaman tentang filogenetik, sebuah kelompok organisme yang


memilki banyak kesamaan kaianggap memilki nenek moyang yang sama, dalam
analisis ini kelompok outgroup sangat dibutuhkan dan menyebabkan polarisasi
karakter atau ciri, yaitu adanya karakter apomorfik dan plesiomorfik. Utuk
karakter apomorfik adalah karakter yang berubah dan diturunkan dan terdapat
pada ingroup, sedangkan karakter pleisimorfik adalah karakter primitive yang
terdapat pada outgroup. Lalu karakter sinapomorfik adalah karakter yang
ditrunkan dan terdapat pada kelompok monofiletik. (Cameroon, 2005)

2.3 Aplikasi Analisis Filogenik

Aplikasi filgenetik dalam kehidupan contohnya adalah DNA barcoding.


Dengan memanfaatkan kemajuan teknologi dalam bidang genetika dan
elektronika bioinformatik, barcode DNA bisa membantu banyak orang untuk
mengidentifikasi spsesies secara cepat, murah dan memberikan inforamsi detail
tentang spesies-spesies yang ada, dan juga bisa membantu penamaan jutaan
spesies yang belum teridentifikasi (West and Faith, 1990). DNA barcoding
memberikan keuntungan dari standarisasi metode dan bank identifikasi spesies
melalui urutan sekuen DNA yang dimilikinya. Prinsip ini sama dengan barcode
yang ada di pusat pertokoan yang dipindai dengan mesin untuk mengetahui
identitas suatu produk. Dalam analisis DNA barcode, barcode tersebut analog
dengan terdapat penanda seperti marker, sekurns DNA spesifik dalam genom
untuk mengidentifikasi suatu spesies. Pemindai yang digunakan adalah metode
molekuler yang diawali dari PCR (isolasi segmen spesifik) yang kemudian
dilanjutkan sekuensing DNA (West and Faith, 1990).
BAB III

METODOLOGI

3.1 Alat dan Bahan


Berdasarkan latar belakang yang telah dipaparkan dan tujuan yang ingin
diperoleh, maka alat dan bahan yang diperlukan dalam praktikum kali ini tertera
dalam tabel 3.1 di bawah ini :

Alat Tabel 3.1 Alat dan Bahan


Laptop
Internet
Aplikasi Mega 7 dan Bioedit

3.2 Cara Kerja


Mula-mula membuka file Sample.txt yang diberikan oleh asisten. Lalu
membuka browser https://blast.ncbi.nlm.nih.gov dan mengklik Nucleotide
Blast. Setelah itu tulisan dari sequence.txt dicopy ke dalam box Enter
Ascension Number pada browser https://blast.ncbi.nlm.nih.gov lalu klik
BLAST. Setelah itu klik spoiler algnment lalu melihat spesies paling
pertama muncul dan mencatat panjang query yang muncul. Setelah itu
membuka software bioedit dan akan muncul layar berwarna hitam, lalau
membuka file sequence dari folder, memilih extension dan diubah ke mode
Edit. Lalu memblock query yang diinginkan, lalu mengklik Delete. Setelah
itu simpan di folder dengan nama sampel+edit , lalu pilih extension
FASTA.fst. Mengulang dari langkah pertama untuk semua sampel
sequence yang ada. Jika semua sampel sudah diedit, satukan sequence
sampel dengan sequence Biosis rabu kemarin. Setelah itu, melakukan
pengecekan pohon filogeni dengan MEGA 7. Analisis filogeni molekuler
berhasil dianalisis.

BAB IV
HASIL PENGAMATAN DAN PEMBAHASAN

4.1 Hasil Pengamatan

Berdasarkan percobaan yang telah dilakukan, maka diperoleh hasil


pengamatan :

Gambar 4.1 POHON FILOGENI

Untuk hasil kladogram dapat dilihat dari gambar dibawah ini :

Gambar 4.2 HASIL KLADOGRAM


4.2 Pembahasan
Berdasarkan hasil pohon filogeni yang diperoleh pada praktikum kali ini,
dapat dilihat bahwa terdapat satu outgroup yaitu Aspergillus niger yang berbeda
nenek moyang dari spesies lainnya. Dapat dilihat letak dari Aspergillus niger di
luar dari spesies lainnya. Dalam pemahaman pohon filogenetik sebuah kelompok
organisme, kelompok outgroup sangat dibutuhkan karena dapat menyebabkan
perbedaan karakter. Outgroup menandakan karakter yang lebih maju ( apomorf)
atau bisa menandakan karakter yang jauh tertinggal dari spesies lainnya
(pleisimorf) (Fitch, 1971).

Dalam pohon filogenetik, terdapat 2 model angka pada scale bar dan di
nodus( titik percabangan). Angka pada scae bar menunjukkan skala divegensi
yang mana bisa berupa laju mutasi, keragaman genetik dll sesuai jenis data dan
metode dalam menganalisisnya. Angka yang ditunjukkan pada percabangan
menunjukkan nilai bootstrap. Dalam membangun pohon filogeni sering
menggunakan metode bootstrap untuk melihat kestabilitasan hasil atau untuk
menduga kesalahan baku dan selang kepercayaan. Dalam menganalisis pohon
filogeni ini, setiap unit (sampel) disampling berulang kali dan dihitung berulang,
sehingga dari setiap perhitungan setelah resampling kemudian akan menghasilkan
nilai konsistensi. Seperti pada hasil pohon filogeni antara Fordia cauliflora dan
Derris trifoliata memiliki nilai 99 di percabangannya, artinya spesies ini sangat
kuat dalam 1 kelompok yang sama dan didukung nilai kepercayaan boostrap yaitu
99%. Kekerabatan terdekat dimiliki oleh Fordia cauliflora dan Derris trifoliata,
Crotalaria trichotoma dan Crotalaria micans, Erythrina velutina dan Erythrina
crista-galli yang sama-sama memilki nilai bootstrap 99. Artinya kekerabatan
mereka didukung tingkat kepercayaan sebesar 99 %. Gueldenstaedtia stenophylla
dan Caragana rosea memilki nilai kedekatan sebesar 87%. Kummerowia striata
dan Amphicarpaea trisperma memiliki kekerabatan sebesar 60%. Lasiobema
championii dan Cercis glabra berkerabatan sebesar 65%. Sedangkan kekerabatan
yang kurang dekat dalam satu spesies adalah Cassia Fistula dan Caesalpinia
decapetala yang memilki nilai bootstrap sebesar 47. Artinya tingkat kepercayaan
terhadap kekerabatan mereka cuma sebesar 47 %. Intinya semakin kecil angka
yang muncul di percabangan tumbuhan tersebut, membuktikan kalau kekerabatan
antar spesies tersebut semakin jauh. Sedangkan bisa kita lihat pada Caesalpinia
sp, memiliki kekerabatan yang jauh dengan yang lainnya karena belum
teridentifikasi secara sempurna ( Hidayat dan Pancoro , 2001).

Sedangkan untuk perbandingan antara pohon filogeni dan kladogram bisa


dilihat bahwa dalam family fabaceae yaitu Calliandra sp, Caesalpinia sp,
Erythrina sp dan Crotalaria sp. Pada klodogram Calliandra sp dan Caesalpinia
sp berdekatan sedangkan Erythrina sp dan Crotalaria sp berkerabatan dekat. Jika
dilihat berdasarkan analisis dengan pohon filogeni Caesalpinia decapetala
berkerabatan dekat dengan Cassia Fistula, setelah itu baru berdekatan dengan
Caesalpinia sp dengan tingkat kepercayaan kedekatan sebesar 28 % saja,
sedangkan untuk Eryhtrina sp dan Crotalaria sp pada analisis pohon filogeni
mempunyai hubungan yang jauh dengan tingkat kepercayaan sekitar 9% saja.
Menurut saya pohon filogeni yang dibuat oleh kelompok 7 ini tidak terlalu bagus
karena mengalami kesusahan untuk membaca datanya, namun kelebihannya
ditmeukan bahwa Aspergillus niger merupakan outgrup dari pohon filogeni ini
(Weist dan Faith, 1990)

BAB V
KESIMPULAN DAN SARAN
1. Kedekatan paling terdekat pada pohon filogeni adalah Fordia cauliflora
dan Derris trifoliata, Crotalaria trichotoma dan Crotalaria micans,
Erythrina velutina dan Erythrina crista-galli yang sama-sama memilki
nilai bootstrap 99. Sedangkan yang kurang dekat adalah Cassia Fistula
dan Caesalpinia decapetala yang memilki nilai bootstrap sebesar 47.
2. Menurut perbandingan analisis antara morfologi dan pohon filogenik
diperoleh bahwa hasil nya berbeda jauh.

SARAN

Untuk kedepannya, diharapkan lebih teliti dalam menganalisis dan membuat


pohon filogeninya karena ditakutkan banyak kesalahan yang terjadi selama proses
pembuatan pohon filogeni tersebut dan sebaiknya selalu mendengarkan penjelasan
asisten.
DAFTAR PUSTAKA

Khan, Akbar S., et al. (1996). DNA isolation and sequencing. New
York : John Wiley & Sons.
Sudarmadji, S., 1996. Teknik Analisa Biokimiawi Edisi Pertama.
Liberty : Yogyakarta.
Surzycki, Stevan. (2000). Basic techniques in molecular biology. New
York : Springer
West, J.G and D.P.Faith, 1990, Data, Methods, and Assumption in
Phylogenetic Inference.Australian Syst, Bot.,3, 9-20.
Baldwin, B. G., M. J. Sanderson, J. M. Porter, M. F. Wojciechowski,
C. S.Campbell, and M. J. Donoghue, 1995, The ITS Region of
Nuclear Ribosomal DNA: a Valuable Sources of Evidence on
Angiospermae Phylogeny. Ann.Missouri Bot. Gard., 82, 247-
277.
Cameron, K. M., 2005, Leave it to the Leaves: a Phylogenetic Study
of Malaxideae (Epidendroideae, Orchidaceae), Am. J. Bot.
Fitch, W. M., 1971, Toward Defining the Course of Evolution:
Minimum Change for a Specific Tree Topology, Syst. Zool.
Hidayat, T. dan A. Pancoro, 2001, Studi Filogenetik Molekuler
Anacardiaceae Berdasarkan pada Variasi Urutan Daerah
Internal Transcribed Spacer (ITS), Hayati.