1

A. PENDAHULUAN
Bioteknologi adalah teknologi pemanfaatan organisme (mikroba) atau
produk organisme yang bertujuan untuk menghasilkan bahan atau jasa. Teknologi
seperti pembuatan tape, tempe, kecap dan tuak menunjukkan pemanfaatan
mikroba untuk mengubah bahan dasar menjadi bahan yang bernilai ekonomi
lebih tinggi. Bioteknologi dibagi menjadi 2 yaitu tradisional dan modern.
Bioteknologi tradisional adalah bioteknologi yang bersifat sederhana dengan
menggunakan jasad renik (mikroba) alami yang pada mulanya penggunaannya
bersifat untung-untungan belum berdasarkan ilmiah. Bioteknologi modern adalah
bioteknologi yang menggunakan organisme hasil rekayasa genetik melalui
perlakuan yang mengubah landasan penentu kemampuan hidup, dengan
mengubah tatanan gen yang menentukan sifat spesifik suatu organisme, sehingga
dalam proses pengubahan dapat berlangsung secara lebih efisien dan efektif
(Wariyono dan Muharomah 2013).
Bioteknologi adalah pemanfaatan makhluk hidup atau bahan yang
diperoleh dari makhluk hidup untuk menghasilkan suatu produk atau jasa yang
bermanfaat bagi manusia. Prinsipnya dalam bioteknologi terdapat tiga hal pokok
yaitu agen biotek (enzim, mikroba, sel tumbuhan dan sel hewan), pendayagunaan
secara teknologis dan industrial dan produk serta jasa yang diperoleh. Bidang
bioteknologi menerapkan prinsip dari ilmu teknologi untuk memproses materi
melalui agen biologi (Sulistyono 2013).
Bioteknologi memiliki peran yang penting dalam bidang pertanian,
bioteknologi memberikan alternative pilihan untuk (1) memanfaatkan,
melestarikan dan memperkaya keanekaragaman hayati. (2) mempercepat
perakitan tanaman, hewan, atau mikroba unggul melalui teknologi rekayasa
genetik, pemanfaatan marka molekuler dan kultur in vitro. (3) memanfaatkan
mikroba: (a) dalam pengolahan hasil panen, (b) sebagai bahan utama dalam
formulasi pestisida hayati, pupuk hayati, biodekomposer dan probiotik yang
ramah lingkungan, (c) Sebagai penghasil senyawa bioaktif, serta (d) Sumber gen-
gen penting untuk keperluan rekayasa genetika. Peran bioteknologi yaitu (1)
 2

perbaikan genetic benih/bibit (2) kesuburan tanah (3) pengendalian OPT

(Sutrisno 2006).
DNA (deoxyribonucleic acid) atau asam deoksiribosa nukleat (ADN)
merupakan tempat penyimpanan informasi genetik. DNA adalah asam nukleat
yang mengandung materi genetik dan berfungsi untuk mengatur perkembangan
biologis seluruh bentuk kehidupan. DNA terdapat di nukleus, mitokondria, dan
kloroplas. Ada perbedaan di antara ketiga lokasi DNA ini, yaitu: DNA nukleus
berbentuk linear dan berhubungan sangat erat dengan protein histon, sedangkan
DNA mitokondria dan kloroplas berbentuk sirkular dan tidak berhubungan
dengan protein histon. DNA memiliki struktur helix utas ganda, yang
mengandung komponen-komponen gula pentosa (deoksiribosa), gugus fosfat,
dan pasangan basa. Satu sel memiliki DNA yang merupakan materi genetik dan
akan diturunkan pada keturunannya. DNA dapat diisolasi, baik pada manusia
maupun tumbuhan (Juwita 2012).
Isolasi DNA memiliki beberapa tahapan, yaitu: (1) isolasi sel; (2) lisis
dinding dan membran sel; (3) ekstraksi dalam larutan; (4) purifikasi; dan
(5)presipitasi. Isolasi DNA merupakan langkah tepat untuk mempelajari DNA.
Prinsipnya ada dua, yaitu : (1) sentrifugasi merupakan teknik untuk memisahkan
campuran berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul yang mempunyai
berat molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan
akan berada pada bagian atas tabung. Tehnik sentrifugasi dilakukan oleh mesin
yaitu mesin sentrifugasi dengan kecepatan yang bervariasi. Hasil sentrifugasi
akan menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah, yaitu supernatan di bagian
atas dan pelet di bagian bawah. (2) Presipitasi Merupakan langkah yang
dilakukan untuk mengendapkan suatu komponen dari campuran (Faatih 2009).

B. WAKTU DAN TEMPAT PRAKTIKUM

 3

Praktikum Bioteknologi dilaksanakan setiap hari Selasa, 20 Maret 2017-

April 2017 pukul 13.00-15.00 WIB, bertempat di Laboratorium Fisiologi
Tumbuhan dan Bioteknologi Fakultas Pertanian Universitas Sebelas Maret
Surakarta.

C. HASIL PENGAMATAN DAN PEMBAHASAN ACARA 1

1. HASIL PENGAMATAN
Tabel 1.1 Fungsi alat-alat praktikum bioteknologi
No Jenis Alat Spesifikasi fungsi Gambar alat
1. Gel Sinar UV, Terdapat sinar
documentation power on/off UV untuk
melihat pita
elektroforesis
DNA

2. Water bath Power on/off, Untuk

setting, menginkubasika
wadah air, n bahan
batas atas dan
batas bawah
air
3. spektofotomet Kuvet, sinar, Mengukur
er power, absorbansi suatu
setting, contoh yang
tempat kuvet dinyatakan
dalam fungsi
panjang
gelombang
 4

4. centrifuge Power, Untuk

tempat tube, memisahkan
timer, satuan bahan
putaran, tube berdasarkan
berat jenis

5. PCR thermal Start, pause, Untuk

cycler menu, stop, menggandakan
enter, papan DNA
angka

6. Timbangan Power on/off, Untuk

analitik tombol zero, menimbang
tempat bahan yang
angka, berhubungan
tempat objek, dengan
gelombang bioteknologi
udara
7. autoklaf Power on/off, Untuk
tombol suhu, mensterilkan
untuk bahan, media
membuka dan alat yang
keranjang, digunakan
keranjang praktikum
sterilisasi bioteknologi
 5

8. Erlenmeyer Tempat untuk

menyimpan
larutan, sebagai
tempat untuk
mengukur
9. Gelas ukur Sebagai
pengukur
larutan

10. Beaker glass Tempat

pengukur
larutan yang
tidak terlalu
berbahaya
11. Mortar and Untuk
pestle menghaluskan
bahan

12. Mikropipet Mikropipet

dan tip untuk
mengambil
larutan sesuai
tip
yang kita
inginkan.
Tip untuk
tempat larutan

Mikropipet
 6

13. Tabung reaksi Untuk wadah

larutan, untuk
menghomogenk
an

14. Vortex Power on/off, Untuk

setting speed, menghomogenk
tempat objek an larutan

15 spatula Untuk
mengambil
bahan dalam
skala sedikit

16 Bunsen burner Tinggi 13 cm, Untuk

terdapat sumbu menciptakan
untuk kondisi steril saat
membakar, praktikum
bentuk labu
berisi spirtus
17 Hot plate Pelat (alas) pada Untuk memansakan
hot plate dapat dan
dipanaskan hingga menghomogenkan
125oC larutan
18 Inkubator Dimensi Untuk menginkubasi
500x600x471 atau menyimpan
3 o
cm , suhu 37 C- media pada suhu yang
141oC terkontrol
 7

19 Pipet ukur + Rubber Ukuran 50 ml Untuk mengambil

cairan dengan jumlah
tertentu maupun
takaran bebas
20 Oven Pengatur suhu 0 - Untuk mensterilkan
>100oC alat-alat gelas yang
tahan terhadap panas

Sumber: Laporan Sementara

Tabel 1.2 fungsi bahan-bahan
No bahan fungsi
1. Tris-EDTA (TE) Sebagai pelarut DNA atau RNA

2. CTAB (Cetyl Untuk melisiskan membrane sel dan fosfolipid

trimethyllammonium bilayer pada isolasi DNA tumbuhan
bromide)
3. Mercapto etanol untuk mendegradasi polisakarida yang ada dalam
larutan sel dari jaringan tanaman yang digerus,
sehingga memudahkan dalam pencucian DNA
4. CIAA untuk mengekstrak dan mengendapkan komponen
polisakarida didalam buffer yang
mengkontaminasi larutan DNA
5. Isopropanol untuk mempresipitasi DNA pada fase aquoeus
sehingga DNA menggumpal membentuk struktur
fiber dan terbentuk pellet setelah dilakukan
sentrifugasi
6. Sodium asetat sebagai senyawa berbentuk larutan untuk
presipitasi yakni mengendapkan DNA.
7. Loading dye sebagai larutan pewarna untuk memudahkan
peletakan contoh DNA, sebagai pemberat
8. Floresafe/Etidium sebagai proses pewarnaan pada DNA dan RNA
 8

/bromide
9. TAE/TBE sebagai larutan penyangga dalam gel agarose
elektroforesis
10.Etanol untuk memurnikan DNA.

Sumber: Laporan sementara

2. PEMBAHASAN
Praktikum acara 1 yaitu prinsip alat dasar dan pengenalan alat serta
bahan bioteknologi. Praktikum ini memiliki tujuan untuk memahami prinsip
dasar bioteknologi, memahami arti bioteknologi bagi perkembangan
pertanian, mengerti perbedaan bioteknologi modern dan konvensional dan
memperkenalkan alat-alat dan bahan yang ada dilaboratorium bioteknologi
serta fungsi, satuan dan cara penggunaannya kepada mahasiswa sehingga
tidak salah dalam penggunaan alat pada praktikum bioteknologi selanjutnya.
Praktikum acara 1 dilaksanakan senin, 21Maret 2016 pukul 09.20-11.50
WIB.
Peralatan yang digunakan dalam praktikum bioteknologi meliputi
peralatan besar dan kecil. Peralatan besar yang harus dipahami yaitu gel
documentation, water bath, spektofotometer, centrifuge dan PCR thermal
cycler. Alat-alat tersebut merupakan peralatan inti dalam praktikum
bioteknologi, sedangkan peralatan kecil yang membantu meliputi timbangan
analitik, erlemenyer, gelas ukur, beaker glass, mortar and pestle,mikropipet
dan tube, tabung reaksi dan peralatan deglass laboratorium lainnya.
Menurut Setyawati (2012) fungsi water bath yaitu untuk pemanas air
yang diperlukan untuk organ bath, biasanya digunakan untuk
menginkubasikan bahan-bahan. Spesifikasi dari alat water bath yaitu
terdapat Power on/off, setting, wadah air, batas atas dan batas bawah air.
Cara kerjanya yaitu pertama pasang kabel listrik, kemudian putar tombol
pengatur panas sesuai dengan kebutuhan bahan yang akan diinkubasikan.
 9

Langkah selanjutnya yaitu dibiarkan hidup sampai selesai setelah itu

dimatikan.
Menurut Habiba (2013) fungsi centrifuge yaitu untuk memisahkan
substansi dengan substratnya. Sedangkan fungsi dari spektrofotometer yaitu
untuk menganalisa kualitatif atas dasar spectrum dan untuk menganalisa
kuantitatif atas dasar serapan. Spektrofotometer berfungsi untuk mengukur
absorbansi suatu contoh yang dinyatakan dalam fungsi panjang gelombang.
Langkah awal cara kerja kedua alat ini yaitu menghubungkan dengan aliran
listrik kemudian menyeting sesuai dengan kebutuhan.
Menurut Adji (2007) fungsi dari autoklaf yaitu untuk mensterilkan alat
dan bahan laboratorium yang merupakan bejana dapat ditutup, diisi dengan
uap panas dengan tekanan tinggi. Autoklaf dapat di setting sesuai keinginan
kita sesuai, pengaturan berdasarkan alat dan bahan yang digunakan. Kondisi
yang baik untuk sterilisasi yaitu suhu 210C selama 15 menit dengan tekanan
15 psi. Cara kerja dari autoklaf yaitu uap air mampu menembus peralatan
dan bahan-bahan yang disterilkan, sehingga apabila autoklaf dalam keadaan
penuh. Hal tersebut kurang optimal.
Menurut Nugroho (2008) gel documentation berfungsi terdapat sinar
UV untuk melihat pita elektroforesis DNA. Spesifikasinya yaitu terdapat
power on/off dan sinar UV. Panjang gelombang yang digunakan yaitu 260
dan 280. PCR thermal cycler berfungsi untuk Untuk menggandakan DNA.
Spesifikasinya yaitu start, pause, menu, stop, enter dan papan angka.
Kegiatan pokok dalam alat ini yaitu denaturasi, anneling dan extention. DNA
dengan nilai minimal 18 yang dapat digandakan.
Menurut Widhy (2009) gelas piala berfungsi untuk penyimpanan zat
cair, tempat ini juga bisa digunakan untuk mengukur larutan yang tidak
berbahaya. Tabung reaksi berfungsi untuk tempat mereaksikan zat, untuk
wadah larutan dan untuk menghomogenkan larutan. Mortar and pestle
berfungsi untuk menghaluskan bahan/padatan. Spatula berfungsi untuk
 10

mengambil bahan dalam skala kecil, untuk mengambil zat padat dari botol.
Erlenmenyer untuk menyimpan larutan, sebagai tempat untuk mengukur.
Bahan-bahan yang digunakan dalam praktikum bioteknologi yaitu tris
EDTA (TE), CTAB, mercapto etanol, CIAA, isopropanol, aquades, sodium
asetat, loading dye, floresafe/etidium bromide, TAE/TBE dan etanol.
Sebagian dari bahan-bahan tersebut juga digunakan dalam praktikum bidang
lainnya, namun dalam praktikum bioteknologi bahan-bahan tersebut
memiliki fungsi yang berbeda. Bahan-bahan tersebut memiliki fungsi
masing-masing dalam isolasi DNA.
Menurut Madhad dan Sentheil (2014) fungsi bahan sodium asetat yaitu
untuk mengendapkan DNA, sehingga kondisi menjadi netral. Ion Na + untuk
menetralkan muatan negatif pada DNA, sedangkan Coo- untuk menetralkan
muatan positif pada protein. Protein dan DNA tidak lagi membentuk ikatan
ion yang kuat satu sama lain dan karena itu dapat dengan mudah dipisahkan.
Adanya garam dengan kadar yang tinggi serta pH yang rendah, maka DNA
akan mengendap sebagai pellet setelah di sentrifuge.
Menurut Yulianti (2006) fungsi dari CTAB yaitu untuk melisikan
membrane sel dan fosfolipid bilayer pada isolasi DNA tumbuhan. Metode
CTAB, yaitu terdapat detergen, dalam hal ini adalah ammonium lauryl
sulfate atau sodium laureth sulfate yang menggantikan CTAB, disodium
EDTA yang menggantikan EDTA dan sodium chloride atau NaCl seperti
yang terdapat pada Metode CTAB. Detergen dapat melarutkan lemak dalam
membran sel, sehingga sel bisa lisis. Selain itu, detergen ini dapat
menghambat DNase yang dapat merusak DNA dan dapat mendenaturasi
protein, sehingga protein dapat dihilangkan dari larutan. Biasanya sel
tumbuhan tidak dapat dirusak hanya dengan menggunakan detergen. Bahan
CTAB dapat digantikan dengan shampoo ataupun sabun.
Menurut Safitri dan Agustin (2015) fungsi penambahan etanol yaitu
untuk memurnikan DNA. Presipitasi DNA dilakukan dengan menambahkan
reagen berupa alkohol (etanol) 96%-100%. Penambahan etanol absolut dapat
 11

menurunkan konstanta dielektrik pada larutan atau memperbanyak ikatan DNA

engan Na+ sehingga DNA akan menggumpal sedangkan senyawa yang lain akan
larut dalam etanol. CIAA berfungsi untuk mengekstrak dan mengendapkan
komponen polisakaridadidalam buffer yang mengkontaminan larutan DNA.
Menurut Baker (2008) floresafe/etidium bromide berfungsi sebagai proses
pewarnaan pada DNA dan RNA. Penggunaan Etidium bromide akan
mempermudahkan dalam menganalisa, karena akan terdapat warna merah atau
orange apabila terkena sinar UV. Etidium bromide dapat berupa Kristal ataupun
bubuk berwarna merah gelap, yang bersifat toksik dianggap dapat mengakibatkan
dapat mengakibatkan iritasi pada saluran pernapasan atas, mata dan kulit.
Menurut Nugroho dan Dwi (2016) fungsi dari aquadest yaitu sebagai
pelarut dan penyeimbang reaksi. Loading dye berfungsi untuk pemberat
DNA sebagai marker visual untuk mengetahui seberapa jauh pergerakan
DNA dalam gel. TAE/TBE sebagai larutan penyangga dalam gel agarose
elektroforesis. Tris-EDTA berfungsi sebagai pelarut DNA atau RNA.
Mercapto etanol berfungsi untuk mendegradasi polisakarida yang ada dalam
larutan sel dari jaringan tanaman yang digerus, sehingga memudahkan dalam
pencucian DNA.
Menurut Utami et al (2012) fungsi isopropanol yaitu untuk
mempresipitasi DNA. Perbedaan bahan pada metode. Metode CTAB
menggunakan isopropanol dingin sedangkan metode SDS menggunakan etanol
absolut. Isopropanol merupakan alternatif dari etanol absolut. Isopropanol lebih
efisien dalam persipitasi DNA dibandingkan etanol. Namun, isopropanol kurang
volatil sehingga membutuhkan waktu yang lebih lama untuk mengeringkan
pellet. Kedua larutan tersebut tetap dapat memberikan hasil yang baik dalam
mengendapkan DNA. Selain itu, jumlah volume, suhu, dan lama inkubasi
berpengaruh terhadap hasil persipitasi DNA.
DAFTAR PUSTAKA

Adji. 2007. Perbandingan efektivitas sterilisasi alcohol 70% inframerah, otoklaf dan
Ozon terhadap pertumbuhan bakteri Bacillus subtilis. J. sains 25(1):17-24
 12

Baker. 2008.Tufts University Standard Operating Procedure (Sop) For: Ethidium

Bromide. Tufts University
Faatih M. 2009. Isolasi dan digesti DNA kromosom. J. Penelitian Sains &
Teknologi.10(1):6167
Habiba. 2013. Manual prosedurr instruksi kerja alat laboratorium ilmu FAAL.
Malang: Universitas Brawrijaya fakultas Kedokteran
Juwita. 2012. Isolasi DNA dan teknik PCR.
http://web.unair.ac.id/admin/file/f_35969_DNA-2012.Pdf. Diakses Tanggal 26
Maret 2017
Madhad, Sentheil. 2014. The rapid & non-enzymatic isolation of DNA from the
human peripheral whole blood suitable for genotyping. European Journal Of
Biotechnology And Bioscience 2014; 1(3):01-16. ISSN 2321-9122. EJBB
2014; 1(3):01-16
Nugroho. 2008. Peralatan laboratorium. http://www.undip.ac.id./. diakses tanggal 9
April 2017
Nugroho, Dwi. 2006. Penuntun praktikum bioteknologi. Jakarta (ID): Deepublish.
ISBN: 6024011822, 9786024011826
Safitri, Agustin. 2015. Deteksi cemaran babi pada produk sosis sapi di kota Malang
dengan metode polymerase chain reaction. J. Pangan Dan Agroindustri
3(3):1006-1014
Setyawati. 2012. Instruksi kerja penggunaan water bath. Malang: Universitas
Brawijaya
Sulistyono LB. 2013. Sukses belajar bioteknologi. Jakarta (ID): Grasindo
Sutrisno. 2006. Peran bioteknologi dalam pembangunan pertanian di Indonesia.
Risalah Seminar Ilimiah Aplikasi Isotop Dan Radiasi 17-26
Utami, Reni, Nur et al. 2012. Variasi metode isolasi DNA daun temulawak (Curcuma
xanthorrhiza Roxb). Prosiding Seminar Nasional Kimia Unesa-ISBN 978-979-
028-550-7
Wariyono, Muharomah. 2013. Mari belajar ilmu alam sekitar. Jakarta (ID): Grasindo
Widhy. 2009. Alat dan bahan kimia dalam laboratorium IPA. Pelatihan Penggunaan
Alat Laboratorium IPA. Yogyakarta: SMP N 3 Gamping Sleman Yogyakarta
Yulianti E. 2006. Pengembangan teknik isolasi DNA tumbuhan menggunakan
detergen komersial. Seminar Nasional. Yogyakarta: Jurusan Pendidikan Biologi
Fmipa UNY
13