Anda di halaman 1dari 12

4/18/2014

Austrian Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry Jurusan Kimia - FMIPA Universitas Gadjah Mada (UGM)

Austrian Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Jurusan Kimia - FMIPA Universitas Gadjah Mada (UGM)

Jurusan Kimia - FMIPA Universitas Gadjah Mada (UGM) KIMIA KOMPUTASI Proses Optimisasi G eome tri Drs.

KIMIA KOMPUTASI Proses Optimisasi Geometri

Drs. Iqmal Tahir, M.Si.

Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry, Jurusan Kimia Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Gadjah Mada, Sekip Utara, Yogyakarta, 55281

Tel : 0857 868 77886; Fax : 0274-545188

atau

Email : iqmal@ugm.ac.id

iqmal.tahir@yahoo.com

Website :

http://iqmal.staff.ugm.ac.id

http://iqmaltahir.wordpress.com

Alur/flowchart perhitungan kimia komputasi

Alur/flowchart perhitungan kimia komputasi Input • GUI Koordinat • manual Input human : • Pemilihan! Program
Input • GUI Koordinat • manual Input human : • Pemilihan! Program • Kesukaran
Input
• GUI
Koordinat
• manual
Input human :
• Pemilihan!
Program
• Kesukaran
Input human : • Pemilihan! Program • Kesukaran • Koordinat Cartesian • Matriks Z • Kode

• Koordinat Cartesian

• Matriks Z

• Kode SMILES

Perangkat lunak:

• AMBER, CHARMM,

• GROMOS, Sybyl…

• AMPAC, MOPAC,

VAMP…

• Gaussian, Gamess,

MOLPRO…

• AMPAC, MOPAC, VAMP… • Gaussian, Gamess, MOLPRO… • struktur • energi • Orbital molekul •

• struktur

• energi

• energi

• Orbital molekul

• IR, NMR, UV

struktur • energi • Orbital molekul • IR, NMR, UV Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry
struktur • energi • Orbital molekul • IR, NMR, UV Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Jurusan Kimia – FMIPA, UGM

4/18/2014

Proses Perhitungan Kimia Komputasi

Input struktur molekul

Tiga jenis perhitungan dasar :

Energi Single-point

Optimisasi Geometry

Perhitungan frekuensi (Frequency calculation)

Interpretasi data

frekuensi ( Frequency calculation )  Interpretasi data Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Jurusan Kimia – FMIPA, UGM

Perhitungan Energi “Single-Point”  Merupakan bentuk perhitungan paling sederhana, hanya dengan melakukan

Perhitungan Energi “Single-Point”

Merupakan bentuk perhitungan paling sederhana, hanya dengan melakukan perhitungan pada struktur intrinsik yang diberikan.

Berguna untuk mengetahui kestabilan suatu senyawa.

Struktur yang berada pada keadaan tereksitasi dapat dimodelkan.

Menjabarkan suatu energi potensial permukaan (Potential Energy Surface, PES)

energi potensial permukaan ( Potential Energy Surface , PES) Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Jurusan Kimia – FMIPA, UGM

4/18/2014

Profil Energi HO *

Ground State 1st Excited State -74.5 -74.55 -74.6 -74.65 -74.7 0.1 0.6 1.1 1.6 r,
Ground State
1st Excited State
-74.5
-74.55
-74.6
-74.65
-74.7
0.1
0.6
1.1
1.6
r, Angstroms
E, Hartrees

Energi HO* pada keadaan dasar selalu lebih rendah daripada keadaan tereksitasi.

dasar selalu lebih rendah daripada keadaan tereksitasi. Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Jurusan Kimia – FMIPA, UGM

PROFIL ENERGI n-BUTANA

PROFIL ENERGI n-BUTANA Terangkan : • Titik maksimum lokal dan titik maksimum global • Titik minimum

Terangkan :

Titik maksimum lokal dan titik maksimum global

Titik minimum lokal dan titik minimum global

Struktur yang relatif stabil

Struktur yang paling stabil

Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Jurusan Kimia – FMIPA, UGM

• Struktur yang paling stabil Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry Jurusan Kimia – FMIPA, UGM

4/18/2014

ENERGI POTENSIAL PERMUKAAN

ENERGI POTENSIAL PERMUKAAN  Gambaran profil isoenergi pada keseluruhan ruang. Austrian-Indonesian Centre (AIC) for

Gambaran profil isoenergi pada keseluruhan ruang.

 Gambaran profil isoenergi pada keseluruhan ruang. Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Jurusan Kimia – FMIPA, UGM

Perhitungan Optimasi Geometri  Secara umum merupakan langkah penentuan geometri keseimbangan  Secara umum adalah

Perhitungan Optimasi Geometri

Secara umum merupakan langkah penentuan geometri keseimbangan

Secara umum adalah mencari bentuk geometri yang terkait dengan energi single-point yang paling rendah.

Dapat digunakan untuk mencari geometri keadaan transisi dengan jalan minimisasi energi pada seluruh ruang koordinat pada PES.

Pada mekanika kuantum berupa Teori medan keajegan diri (SCF) yang akan mencari titik tetap di mana gradien energi mendekati nol.

Pada beberapa kasus dapat merujuk pada titik minimum atau suatu titik saddlepoint

merujuk pada titik minimum atau suatu titik saddlepoint Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Jurusan Kimia – FMIPA, UGM

4/18/2014

Energi sebagai fungsi geometri

Untuk sistem molekul poliatomik yang terdiri dari N buah atom harus didefinisikan dengan 3N koordinat cartesian atau 3N-6 koordinat internal. Gambaran energi sebagai fungsi geometri harus didefinisikan dengan 3N koordinat cartesian atau 3N-6 koordinat internal. Gambaran energi sebagai fungsi geometri ini menjabarkan suatu profil permukaan energi potensial / Potential

Energy Surfaceu

(PES) multidimensiu

.

PES dicirikan dengan beberapa titik diam (stationary points): diam (stationary points):

Minima

Maksima

Saddle points

gener y
gener
y

coordinate

  s
 

s

Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Jurusan Kimia – FMIPA, UGM

Energi sebagai fungsi geometri

Energi sebagai fungsi geometri Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry Jurusan Kimia – FMIPA, UGM
Energi sebagai fungsi geometri Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry Jurusan Kimia – FMIPA, UGM

Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Jurusan Kimia – FMIPA, UGM

4/18/2014

Klasifikasi Titik Diam

Tipe

Derivatif pertama

Derivatif pertama

Derivatif kedua

Minimum

0

positif

Maksimum

0

negatif

Saddle point

0

1 negatif

20.0 16.0 12.0 8.0 4.0 0.0 0 90 180 270 360 energi
20.0
16.0
12.0
8.0
4.0
0.0
0
90
180
270
360
energi

koordinat

transition state

local minimum

global minimum

ENERGI POTENSIAL PERMUKAAN

ENERGI POTENSIAL PERMUKAAN Titik maksimum >< minim u m Energi tinggi >< rendah Struktur tidak stabil

Titik maksimum >< minimum Energi tinggi >< rendah Struktur tidak stabil >< stabil Konformasi struktur tereksitasi >< struktur eksis (reaktan/produk)

tereksitasi >< struktur eksis (reaktan/produk) Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Jurusan Kimia – FMIPA, UGM

4/18/2014

Local mimina Global minimum
Local mimina
Global minimum
Local mimina Global minimum Contoh Contoh PES PES kompleks kompleks pada pada Protein Protein Folding Folding

ContohContoh PESPES komplekskompleks padapada ProteinProtein FoldingFolding FunnelFunnel

pada pada Protein Protein Folding Folding FunnelFunnel Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Jurusan Kimia – FMIPA, UGM

Populasi Titik Minima

Populasi Titik Minima Most populated minimum Active Structure Global minimum Kebanyakan metoda minimiasi hanya dapat
Populasi Titik Minima Most populated minimum Active Structure Global minimum Kebanyakan metoda minimiasi hanya dapat
Populasi Titik Minima Most populated minimum Active Structure Global minimum Kebanyakan metoda minimiasi hanya dapat

Most populated

minimum

Active

Structure

Global

minimum

Kebanyakan metoda minimiasi hanya dapat menuju arah penurunan energi sehingga dapat menentukan titik minimum terdekat (sesuai arah penurunan). penurunan energi sehingga dapat menentukan titik minimum terdekat (sesuai arah penurunan).

Tidak ada metoda minimisasi ada metoda minimisasi

an

y menentukan energi minimum global.

g

di amin da at lan sun

p

g

g

Tidak ada metoda yang terbukti paling baik untuk seluruh kasus. kasus.

ada metoda yang terbukti paling baik untuk seluruh kasus. Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Jurusan Kimia – FMIPA, UGM

4/18/2014

Skema Umum Minimasi Energi

Titik awal x 0

Minimum? Tidak Hitung x k+1 = f(x k )
Minimum?
Tidak
Hitung
x k+1 = f(x k )
ya
ya

Stop

Untuk suatu energi potential pada koordinat Cartesian r i , maka titik optimum haruslah minimum pada kondisi :

i , maka titik optimum haruslah minimum pada kondisi : Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry
i , maka titik optimum haruslah minimum pada kondisi : Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Jurusan Kimia – FMIPA, UGM

Batas konvergensi

Batas konvergensi Untuk suatu energi potential pada koordinat Cartesian r i , maka titik optimum haruslah

Untuk suatu energi potential pada koordinat Cartesian r i , maka titik optimum haruslah optimum pada kondisi gradien energi :

optimum haruslah optimum pada kondisi gradien energi : Secara umum proses iterasi diatur oleh pengguna. Batas

Secara umum proses iterasi diatur oleh pengguna.

Batas konvergensi ditentukan :

1. Gradien energi seminimal mungkin Gradien mendekati nolmendekati optimum. Gradien 0,1-0,001 kkal/Å.mol.

2. Jumlah iterasi. N siklus Iterasi bertambah mendekati optimum.

N siklus Iterasi bertambah  mendekati o p timum. Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Jurusan Kimia – FMIPA, UGM

4/18/2014

Metoda Optimasi Geometri

Metode Simplex.Metoda Optimasi Geometri Metoda Deret Satu Variabel ( Sequential Univariate ) Metoda Penurunan tercuram ( Steepest

Metoda Deret Satu Variabel (Sequential Univariate ) Sequential Univariate)

Metoda Penurunan tercuram (Steepest Descent ) Steepest Descent)

Metoda Gradien Kesekawanan (Conjugate gradient , Quasi NR ) Conjugate gradient, Quasi NR )

Metoda Newton-Raphson (Block Diagonal ) Block Diagonal)

, Quasi NR ) Metoda Newton-Raphson ( Block Diagonal ) Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Jurusan Kimia – FMIPA, UGM

Metoda Simplex, Satu variabel Sequential

Menggunakan skala persyaratan memori sebanyak N.Metoda Simplex, Satu variabel Sequential Metoda cukup kuat karena dapat dimulai dari geometri awal yang buruk.

Metoda cukup kuat karena dapat dimulai dari geometri awal yang buruk. buruk.

Relatif lambat untuk mencapai konvergensi pada permukaan kuadratiku . kuadratiku .

Membutuhkan banyak evaluasi fungsi (terutama Simplex).untuk mencapai konvergensi pada permukaan kuadratiku . Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

. Membutuhkan banyak evaluasi fungsi (terutama Simplex). Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Jurusan Kimia – FMIPA, UGM

4/18/2014

Untuk setiap koordinat: Metoda Deret Satu Variabel (Sequential Univariate Method) • Ditentukan dua titik baru

Untuk setiap koordinat:Metoda Deret Satu Variabel (Sequential Univariate Method) • Ditentukan dua titik baru (x i +

Metoda Deret Satu Variabel (Sequential Univariate Method)

• Ditentukan dua titik baru (x i +x i , x i +2x i ) dan dihitung masing-masing energinya.

• Difitkan suatu parabola pada x i (1), x i +x i (2), x i +2x i (3) dan ditentukan titik minimumnya (4).

• Dihimpun sekelompok koordinat x i pada parabola dengan titik minimum tersebut.

• Proses akan berulang dan jika perubahan seluruh koordinat sudah relatif kecil (proses dianggap konvergen) maka proses berhenti.

kecil (proses dianggap konvergen) maka proses berhenti. Metoda ini memerlukan evaluasi fungsi yang lebih sedikit

Metoda ini memerlukan evaluasi fungsi yang lebih sedikit dibandingkan metoda Simplex tetapi relatif lambat mencapai batas konvergensi.

Simplex tetapi relatif lambat mencapai batas konvergensi. Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry
Simplex tetapi relatif lambat mencapai batas konvergensi. Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Jurusan Kimia – FMIPA, UGM

Metoda Penurunan Tercuram

Nama metoda Steepest DescentMetoda Penurunan Tercuram Termasuk minimisasi derivatif pertama yaitu menggunakan turunan pertama dari energi potensial

Termasuk minimisasi derivatif pertama yaitu menggunakan turunan pertama dari energi potensial sehubungan dengan koordinat CartesianMetoda Penurunan Tercuram Nama metoda Steepest Descent Menggunakan skala persyaratan memori sebanyak 3N. Metoda cukup kuat

Menggunakan skala persyaratan memori sebanyak 3N.dari energi potensial sehubungan dengan koordinat Cartesian Metoda cukup kuat Pencapaian konvergensi dapat digaransi

Metoda cukup kuatCartesian Menggunakan skala persyaratan memori sebanyak 3N. Pencapaian konvergensi dapat digaransi pada permukaan

Pencapaian konvergensi dapat digaransi pada permukaan kuadratikskala persyaratan memori sebanyak 3N. Metoda cukup kuat Lambat untuk mencapai batas konvergensi khususnya saat

Lambat untuk mencapai batas konvergensi khususnya saat mendekati titik minimumkonvergensi dapat digaransi pada permukaan kuadratik Metode ini bergerak menuruni lereng curam pasukan

batas konvergensi khususnya saat mendekati titik minimum Metode ini bergerak menuruni lereng curam pasukan

Metode ini bergerak menuruni lereng curam pasukan interatomik pada PES. Penurunan ini dicapai dengan menambahkan kenaikan ke koordinat dengan arah gradien negatif dari energi potensial, atau gaya. Permukaan energi potensial memiliki minimum pada M. Jika minimalisasi dimulai pada titik A dan hasil dengan langkah-langkah sangat kecil, struktur mengikuti jalan keseluruhan A-M selama optimasi steepest descent. Jika langkah pertama adalah lebih besar :sepanjang A-B, maka langkah selanjutnya di sepanjang B-C. Jika langkah awal yang lebih besar lagi : sistem pada D, langkah kedua bisa dilanjutkan sepanjang jalur D-E.

pada D, langkah kedua bisa dilanjutkan sepanjang jalur D-E. Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Jurusan Kimia – FMIPA, UGM

4/18/2014

Metoda Gradien Kesekawanan

Nama metoda Conjugate gradient, Quasi NRMetoda Gradien Kesekawanan Termasuk minimisasi derivatif pertama, namun metode ini berbeda dari teknik steepest descent

Termasuk minimisasi derivatif pertama, namun metode ini berbeda dari teknik steepest descent yakni dengan menggunakan kedua besaran gradien saat ini dan arah pencarian dari teknik steepest descent yakni dengan menggunakan kedua besaran gradien saat ini dan arah pencarian sebelumnya untuk mendorong minimalisasi.

Menggunakan skala persyaratan memori sebanyak (3N) 2 . 2.

Mencapai konvergensi dalam N langkah untuk N derajat kebebasan. kebebasan.

Pencapaian konvergensi dapat digaransi pada permukaan kuadratik kuadratik

Arah tidak stabil saat mendekati titik minimumkonvergensi dapat digaransi pada permukaan kuadratik Metoda ini dapat dipilih untuk sistem yang cukup besar.

Metoda ini dapat dipilih untuk sistem yang cukup besar.kuadratik Arah tidak stabil saat mendekati titik minimum Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Metoda ini dapat dipilih untuk sistem yang cukup besar. Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Jurusan Kimia – FMIPA, UGM

Metoda Gradien Kesekawanan

Keuntungan dari minimisasi metode ini adalah bahwa menggunakan riwayat minimisasi sebelumnya untuk ikut menghitung arah pencarian, dan menyatu lebih cepat daripada teknik steepest descent. Metoda ini juga memiliki faktor skala, b, untuk menentukan ukuran langkah. Hal ini membuat langkah ukuran optimal bila dibandingkan dengan teknik steepest descent.

optimal bila dibandingkan dengan teknik steepest descent. Sebuah sistem molekuler dapat mencapai minimum potensial

Sebuah sistem molekuler dapat mencapai minimum potensial setelah langkah kedua jika langkah hasil pertama dari A ke B. Jika langkah pertama adalah terlalu besar, menempatkan sistem pada D, langkah kedua masih menempatkan sistem dekat minimum (E) karena optimizer mengingat langkah kedua dari belakang.

(E) karena optimizer mengingat langkah kedua dari belakang. Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Jurusan Kimia – FMIPA, UGM

4/18/2014

Metoda Newton-Raphson

Menggunakan skala persyaratan memori sebanyak (3N) 2 . 2 .

Metoda ini sering disebut metoda block diagonal dan termasuk kategori optimisasi turunan kedua. Jadi metoda akan menghitung turunan baik pertama dan kedua energi potensial berkaitan dengan koordinat Cartesian . Derivatif ini memberikan informasi tentang kedua kemiringan dan kelengkungan permukaan energi koordinat Cartesian. Derivatif ini memberikan informasi tentang kedua kemiringan dan kelengkungan permukaan energi potensial.

Mencapai konvergensi dalam satu langkah pada permukaan kuadratik. kuadratik.

Arah tidak stabil saat mendekati titik minimumkonvergensi dalam satu langkah pada permukaan kuadratik. Metoda ini relatif memerlukan unjuk kerja komputasi tinggi.

Metoda ini relatif memerlukan unjuk kerja komputasi tinggi.kuadratik. Arah tidak stabil saat mendekati titik minimum Teknik ini hanya tersedia untuk medan gaya MM+.

Teknik ini hanya tersedia untuk medan gaya MM+.Metoda ini relatif memerlukan unjuk kerja komputasi tinggi. Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

tinggi. Teknik ini hanya tersedia untuk medan gaya MM+. Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Jurusan Kimia – FMIPA, UGM

Di manakah titik minimum global air ? Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry Jurusan Kimia

Di manakah titik minimum global air ?

Di manakah titik minimum global air ? Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry Jurusan Kimia –

Austrian-Indonesian Centre (AIC) for Computational Chemistry

Jurusan Kimia – FMIPA, UGM