Fosfat ini menghubungkan gula pada satu nukleotida ke fosfat pada nukleotida

berikutnya untuk membentuk polinukleotida. Nukleotida terbentuk melalui proses

kondensasi. Molekul air dihilangkan dan ikatan terbentuk antara dua nukleotida.
Proses ini berulang hingga membentuk rantai polinukleotida. Urutan dan tipe
nukleotida pada untai polinukleotida membentuk struktur primer. Urutan dalam
basa nitrogen dalam rantai polinukleotida disebut sekuens. Semua rantai
polinukleotida memliki karaterisitik kunci tertentu. Struktur primernya memiliki
sifat polaritas 5 ke 3 yang mana setiap akhiran dari tiap rantai sangat berbeda
satu dengan yang lain. Pada salah satu akhiran dari rantai adalah gugus fosfat,
berlekatan dengan karbon nomor 5 pada bagian atas gula. Akhiranini disebut
akhiran 5 dari untainya. Pada akhiran rantai lain merupakan grup hidroxil (-OH)
berlekatan dengan karbon nomor 3 dari bagian paling bawah gulanya. Akhiran ini
disebut akhiran 3.
Rantai nukleotida berinteraksi antara satu dengan lainnya memberikan bentuk
asam nukleat 3-dimensi yang disebut struktur kedua. Struktur kedua dari DNA
disebut double helix. Dua rantai polinukleotida berikatan menjadi satu, membentuk
tangga berputar. Sisi tangganya dibuat dari tulang punggung fosfat pada dua untai.
Basa-basa nitrogen pada tulang punggung gula-fosfat berikatan membentuk anak
tangga dari setiap tangga. Kedua untai tersusun terbalik atau berlawanan satu
dengan yang lainnya. Struktu ini yang membuat keduanya cocok satu sama lain.