A.

KODE GENETIK
Kode genetik merupakan kode nonoverlapping, dengan masing-masing asam
amino ditambah inisiasi polipeptida dan penghentian (terminasi) yang ditentukan
oleh kodon RNA yang terdiri dari tiga nukleotida.
1. Gambaran Sifat-sifat dari Kode Genetik
Pada pertengahan 1960-an, sebagian besar kode genetik ditemukan. Sifat atau
ciri dari kode genetika adalah:
a. Kode genetik terdiri dari tiga nukleotida yang sama. Tiga nukleotida mRNA di
tentukan satu asam amino dalam produk polipeptida; dengan demikian, masing-
masing berisi tiga kodon nukleotida.
b. Kode genetik adalah nonoverlapping. Setiap nukleotida di mRNA milik hanya
satu kodon kecuali dalam kasus yang jarang terjadi di mana gen tumpang tindih
dan urutan nukleotida dibaca di dua frame yang berbeda.
c. Kode genetika bersifat bebas koma. Tidak ada koma atau bentuk lain dari
tanda baca dalam daerah pengkodean molekul mRNA. Selama penerjemahan,
kodon dibaca berturut-turut.
d. Kode genetik bersifat degenerasi. Semua kecuali dua dari asam amino yang
spesifik lebih dari satu kodon.
e. Kode genetik bersifat ordered. Beberapa kodon untuk asam amino tertentu dan
kodon untuk asam amino dengan sifat kimia yang mirip berhubungan erat,
biasanya berbeda oleh nukleotida tunggal.
f. Kode genetik bersifat dapat memulai dan menghentikan kodon. Kodon spesifik
yang digunakan untuk memulai dan untuk mengakhiri rantai polipeptida.
g. Kode genetik bersifat universal. Dengan pengecualian kecil, kodon memiliki
makna sama dalam semua organisme hidup, dari virus ke manusia.

2. Tiga Nukleotida untuk Tiap Kodon

Dua puluh asam amino yang berbeda dimasukkan ke dalam polipeptida
selama fase translasi. Dengan demikian, setidaknya 20 kodon yang berbeda harus
dibentuk dengan empat basa yang tersedia di mRNA. Dua basis per kodon akan menghasilkan
hanya 42 atau 16, kemungkinan kodon-jelas tidak cukup. Tiga basis per kodon menghasilkan 43
atau 64 kemungkinan kelebihan-kodon. Pada tahun 1961, Francis Crick dan rekannya,
menemukan bukti kuat pertama untuk mendukung

dari kode triplet (tiga nukleotida per kodon). Crick dan rekan kerjanya melakukan
analisis genetik mutasi induksi di lokus rII bakteriofag T4 oleh proflavin kimia.
Proflavin adalah agen mutagenik yang menyebabkan penambahan pasangan basa
tunggal dan penghapusan.
Crick dan rekannya berpendapat bahwa mutasi asli adalah pasangan basa
tunggal yang mengalami penambahan atau penghapusan, mutasi supresor harus
tunggal penghapusan pasangan basa atau penambahan, masing-masing, yang terjadi
di sebuah situs atau situs dekat mutasi asli. Jika triplet nukleotida berurutan dalam
mRNA menentukan asam amino, maka setiap sekuen nukleotida dapat dikenali atau
dibaca selama translasi dalam tiga cara yang berbeda. Sebagai contoh,
AAAGGGCCCTTT urutan dapat dibaca (1) AAA, GGG, CCC, TTT, (2) A, AAG,
GGC, CCT, TT, atau (3) AA, AGG, GCC, CTT, T. Frame mRNA adalah triplet
nukleotida yang dibaca (diposisikan di ribosom) selama translasi. Tambahan
pasangan basa tunggal atau penghapusan akan mengubah kerangka pembacaan gen
dan mRNA untuk bagian distal gen mutasi tersebut yang diilustrasikan pada Gambar
1 di bawah ini
Gambar 1. Bukti awal bahwa kode genetik adalah kode triplet. 3. Mengartikan Kode Genetik Para
ilmuwan perlu mengartikan kode genetik untuk mendapatkan jawaban atas beberapa pertanyaan: (1)
kodon yang menentukan masing-masing dari 20 asam amino? (2) Berapa banyak dari 64 mungkin kodon
triplet yang digunakan? (3) Bagaimana kode diselingi? (4) Apakah kodon memiliki arti yang sama dalam
virus, bakteri, tumbuhan, dan hewan? Jawaban atas ini pertanyaan tersebut terutama diperoleh dari hasil
dua jenis percobaan, baik yang dilakukan dengan sistem sel-bebas. Jenis pertama dari percobaan yang
terlibat menerjemahkan artifi dari molekul mRNA in vitro dan menentukan mana dari 20 amino asam
dimasukkan ke dalam protein. Pada jenis percobaan kedua, ribosom yang diaktifkan dengan mini-mRNA
hanya tiga nukleotida panjang. Kemudian, penelitian di lakukan pada aminoasil tRNA-dirangsang untuk
mengikat ribosom diaktifkan dengan masing-masing messager trinucleotide (Gambar 2). Gambar 2.
Stimulasi aminoasil-tRNA mengikat ribosom oleh sintesis trinukleotida mini-mRNA 4. Inisiasi dan
Terminasi Kodon Kode genetik dapat memberikan tanda baca informasi genetik pada tingkat translasi.
Pada prokariota dan eukariota, kodon AUG digunakan untuk memulai rantai polipeptida (Tabel 1). Pada
kasus yang jarang, GUG digunakan sebagai kodon inisiasi. Dalam kedua kasus, kodon inisiasi diakui
oleh inisiator tRNA, tRNAf ditemui di prokariota dan tRNAi Ditemui di eukariota. Dalam prokariota, sebuah
kodon AUG harus mengikuti urutan nukleotida yang tepat, urutan Shine-Delgarno, pada 5 nontranslated
segmen molekul mRNA yang berfungsi sebagai inisiasi translasi kodon. Pada eukariota, kodon harus
dimulai dari AUG yang dihadapi oleh ribosom karena scan dari rantai ke 5 akhir molekul mRNA.
Pada posisi internal AUG dikenali oleh tRNAMet, dan GUG dikenali oleh valin tRNA. Tabel 1. Kode
Genetik 5. Degenerasi dan Kode Pengiriman (Ordered Code) Semua asam amino kecuali metionin dan
triptofan ditentukan lebih dari satu kodon (Tabel 1). Tiga asam amino leusin, serin, dan arginin, masing-
masing spesifik oleh enam kodon yang berbeda. Isoleusin memiliki tiga kodon. Asam amino lainnya
masing-masing memiliki dua atau empat kodon. Terjadinya lebih dari satu kodon per Asam amino ini
disebut degenerasi (meskipun konotasi biasa istilah ini hampir tidak yang sesuai). Degenerasi dalam
kode genetik tidak secara acak; sebaliknya, sangat spesifik. Degenerasi ada 2 jenis yaitu: a. Degenerasi
parsial, terjadi ketika basa ketiga mungkin salah satu dari dua pirimidin (U atau C) atau sebaliknya, salah
satu dari dua purin (A atau G). dengan parsial degenerasi, mengubah basa ketiga dari purin ke pirimidin,
atau sebaliknya, akan mengubah spesifik asam amino oleh kodon. b. Degenerasi lengkap, dari empat
basa dapat hadir pada posisi ketiga dalam kodon, dan kodon masih akan menentukan asam amino yang
sama. Sebagai contoh, valin dikodekan oleh GUU, GUC, GUA, dan GUG 6. Sebuah Kode Genetik
Hampir Bersifat Universal Kode genetik hampir bersifat universal, yaitu kodon memiliki arti yang sama
(dengan sedikit pengecualian) di semua spesies. Pengecualian yang paling penting untuk universalitas
kode genetik terjadi pada mitokondria mamalia, yeast, dan beberapa spesies lainnya. Dalam mitokondria
manusia dan mamalia lainnya, (1) UGA menentukan triptofan bukan pemutusan rantai, (2) AUA adalah
kodon metionin, bukan kodon isoleusin, dan (3) AGA dan AGG adalah kodon terminasi rantai, bukan
kodon arginin. Namun, karena pengecualian ini jarang terjadi, kode genetik harus dipertimbangkan
hampir bersifat secara universal. B. INTERAKSI CODON-tRNA Translasi dari sekuen nukleotida di dalam
mRNA ke dalam sekuen asam amino yang benar dalam produk polipeptida mensyaratkan pengenalan
akurat kodon oleh aminoasil - tRNA. Karena degenerasi kode genetik, baik beberapa tRNA yang berbeda
harus mengenali kodon yang berbeda menentukan asam amino tertentu atau antikodon tRNA yang
diberikan harus dapat pasangan basa dengan beberapa kodon yang berbeda. Kedua fenomena tersebut
sebenarnya memang terjadi. Beberapa tRNA ada untuk asam amino tertentu, dan beberapa tRNA
mengenali lebih dari satu kodon. 1. Pengenalan Kodon oleh tRNA: Hipotesis Wobble Ikatan hidrogen
antar basa dalam antikodon tRNA dan kodon mRNA mengikuti aturan ketat pasangan basa hanya pada
dua basa awal dari kodon. Pasangan basa yang melibatkan basa ketiga dari kodon bersifat kurang ketat,
memungkinkan peristiwa apa yang disebut wobble oleh Crick terjadi pada tempat ini. Tabel 2 di bawah ini
menunjukkan pasangan basa yang diprediksi oleh Crick menggunakan hipotesis Wobble. Tabel 2.
Prediksi pasangan basa dengan hipotesis Wobble. Hipotesis Wobble memprediksi keberadaan
setidaknya dua tRNA untuk setiap asam amino dengan kodon yang menunjukkan degenerasi lengkap,
dan ini telah terbukti benar. Hipotesis Wobble juga memprediksi terjadinya tiga tRNA untuk enam kodon
serin. Beberapa tRNA mengandung basa inosin, yang terbuat dari hipoksantin purin. Inosin diproduksi
oleh kation modifi posttranscriptional adenosin. Hipotesis Wobble Crick memprediksikan bahwa ketika
inosin hadir pada ujung 5 antikodon (posisi wobble), itu akan memungkinkan pasangan basa dengan
urasil, sitosin, atau adenin di dalam kodon. Namun pada kenyataannya, alanyl-tRNA yang dimurnikan
mengandung inosine (I) pada posisi 5 dari ikatan antikodon mengikat ribosom yang diaktifkan
dengan GCU, GCC, atau trinukleotida GCA (Gambar ). Dengan demikian, hipotesis wobble Crick tepat
dalam menjelaskan hubungan antara tRNA dan degenerasi kodon, tapi diperintahkan, kode genetik.
Gambar 3. Pasangan basa antara antikodon alanyl-tRNA dan kodon mRNA GCU, GCC dan GCA
menurut hipotesis wobble Crick. 2. Mutasi Supresor Memproduksi tRNA dengan Pengenal Kodon yang
diubah Mutasi supresor telah terbukti dapat terjadi pada gen tRNA. Kebanyakan dari mutasi supresor ini
mengubah antikodon dari tRNA. Contoh yang paling umum dari mutasi supresor yang mengubah
kespesifikan tRNA adalah yang menekan mutasi rantai terminasi UAG dengan pengkodean sekuen gen.
Mutasi ini disebut amber mutations, yang mengakibatkan sintesis polipeptida terpotong. Mutasi yang
memproduksi triplet rantai terminasi dalam gen disebut mutasi nonsense, sedangkan mutasi yang
mengubah triplet sehingga menentukan asam amino yang berbeda disebut mutasi missense. Mutasi
nonsense seringkali merupakan hasil dari substitusi pasangan basa tunggal, ilustrasinya dapat dilihat
pada gambar di bawah ini (Gambar 4a). Fragmen polipeptida yang dihasilkan dari gen yang mengandung
mutasi nonsense (Gambar 4b) sering benar-benar nonfungsional. Penekanan mutasi nonsense telah
menunjukkan hasil dari mutasi pada gen tRNA yang menyebabkan tRNA mutan mampu mengenali
terminasi atau penghentian kodon (UAG, UAA, atau UGA), meskipun dengan efisiensi yang berbeda-
beda. Mutan tRNA ini disebut sebagai suppressor tRNA. Dengan demikian, suppressor tRNA
memungkinkan polipeptida lengkap untuk disintesis dari mRNA yang mengandung kodon terminasi dalam
gen (Gambar 4c). Polipeptida tersebut akan berfungsi jika asam amino dimasukkan oleh suppressor
tRNA tidak secara signifikan mengubah sifat kimia protein. Gambar 4. (a) Pembentukan sebuah amber
(UAG) mutasi rantai-terminasi. (b) Efeknya pada produk gen polipeptida tanpa adanya suppressor tRNA.
(c) Adanya suppressor tRNA. Dapat disimpulkan bahwa hipotesis wobble menjelaskan bagaimana
sebuah tRNA tunggal dapat merespon dua atau lebih kodon. Beberapa mutasi supresor mengubah
antikodon tRNA sehingga tRNA mutan mengenali kodon rantai terminasi dan memasukkan asam amino
dalam menanggapi kehadirannya dalam molekul mRNA. C. PERTANYAAN 1. Jelaskan jenis degenerasi
kodon! Jawaban: Degradasi kodon ada dua macam, yaitu: a. Degenerasi parsial, terjadi ketika basa
ketiga mungkin salah satu dari dua pirimidin (U atau C) atau sebaliknya, salah satu dari dua purin (A atau
G). dengan parsial degenerasi, mengubah basa ketiga dari purin ke pirimidin, atau sebaliknya, akan
mengubah spesifik asam amino oleh kodon. b. Degenerasi lengkap, dari empat basa dapat hadir pada
posisi ketiga dalam kodon, dan kodon masih akan menentukan asam amino yang sama. Sebagai contoh,
valin dikodekan oleh GUU, GUC, GUA, dan GUG 2. Jelaskan perbedaan antara mutasi nonsense dan
mutasi missense! Jawaban: Mutasi nonsense adalah mutasi yang memproduksi triplet rantai terminasi
dalam gen. Mutasi nonsense menghasilkan polipeptida yang terpotong, dengan panjang rantai
bergantung pada posisi mutasi yang terjadi di dalam gen. Sedangkan mutasi missense adalah mutasi
yang mengubah triplet sehingga menentukan asam amino yang berbeda. Sebuah gen yang berisi mutasi
missense mengkode polipeptida lengkap, namun dengan substitusi asam amino dalam produk gen
polipeptida. Mutasi nonsense seringkali merupakan hasil dari substitusi pasangan basa tunggal. D.
DAFTAR RUJUKAN Snustad and Simmons. 2012. Principles of Genetics, Sixth Edition. United States:
John Wiley and Sons, Inc. 4