BAB I

PENDAHULUAN

1.1. Latar Belakang

Bioinformatika adalah sebuah sains baru yang berkembang pesat, yang
merupakan penggabungan antara teknologi informasi dan biologi molekuler.
Bioinformatika merupakan aplikasi teknologi informasi untuk mengkoleksi,
mengelola, menyebarkan, menganalisis dan menggunakan sejumlah besar data yang
dihasilkan oleh riset biologi molekuler.
Kemampuan untuk memahami dan memanipulasi kode genetik DNA ini sangat
didukung oleh teknologi informasi melalui perkembangan hardware dan soffware. Baik
pihak pabrikan sofware dan harware maupun pihak ketiga dalam produksi perangkat
lunak. Salah satu contohnya dapat dilihat pada upaya Celera Genomics, perusahaan
bioteknologi Amerika Serikat yang melakukan pembacaan sekuen genom manusia yang
secara maksimal memanfaatkan teknologi informasi sehingga bisa melakukan
pekerjaannya dalam waktu yang singkat (hanya beberapa tahun).
Perkembangan teknologi DNA rekombinan memainkan peranan penting dalam
lahirnya bioinformatika. Teknologi DNA rekombinan memunculkan suatu pengetahuan
baru dalam rekayasa genetika organisme yang dikenala bioteknologi. Perkembangan
bioteknologi dari bioteknologi tradisional ke bioteknologi modren salah satunya
ditandainya dengan kemampuan manusia dalam melakukan analisis DNA organisme,
sekuensing DNA dan manipulasi DNA.

1.2. Rumusan Masalah

Dari uraian latar belakang tersebut, maka rumusan masalah dalam praktikum
Bioinformatika antara lain :
1.2.1 Apa yang dimaksud dengan protein transkripsi/gen ?
1.2.2 Apa yang dimaksud dengan TUBBY Transcription Factor?
1.2.3 Bagaimana cara mencari sekuen gen, sekuen protein, daerah Promotor, SRE
pada gen, motif protein, dan domain proteinnya ?
1.2.4 Apakah fungsi TUBBY Transcription Factor?
1.2.5 Bagaimanakah jalur signaling serta target gen yang ditranskripsi ?
1.2.6 Apakah penyakit yang terkait dengan TUBBY Transcription Factor?

1.3. Tujuan Percobaan

Dari rumusan masalah di atas diharapkan mahasiswa dapat mencapai tujuan sebagai
berikut:
1.3.1 Mengetahui pengertian protein transkripsi/gen
1.3.2 Mengetahui pengertian dari TUBBY Transcription Factor
1.3.3 Mengetahui cara mencari sekuen gen, sekuen protein, daerah Promotor, SRE
pada gen, motif protein, dan domain proteinnya
1.3.4 Memahami fungsi TUBBY Transcription Factor
1.3.5 Memahami jalur signaling serta target gen yang ditranskripsi
1.2.7 Mengetahui penyakit yag terkait dengan TUBBY Transcription Factor
 BAB II
TINJAUAN PUSTAKA

2.1. Pengertian dan Sejarah Bioinformatika

Bioinformatika adalah salah satu cabang baru ilmu biologi yang merupakan
perpaduan antara biologi dan teknologi informasi. Menurut Durso (1997) bioinformatika
adalah manajemen dan analisis informasi biologis yang disimpan dalam database. Ilmu
ini mengajarkan aplikasi, analisis, dan mengorganisir miliaran bit informasi genetik
dalam sel mahluk hidup. Studi bioinformatika terutama didukung uleh studi genomik,
biologi komputasi, dan teknologi komputer. Menurut Roderick (lihat Hieter & Boguski,
1997), genomik adalah studi yang berhubungan dengan pemetaan, sekuen, dan analisis
genom. Walaupun belum jelas, secara umum Genomik bisa diartikan sebagai penggunaan
informasi genom secara sistematis, dengan data eksperimental baru untuk menjawab
permasalahan biologis, medis, maupun industri (Jordan, 1999). Bioinformatika sendiri
mencakup kajian yang lebih mendalam dari genomik. Dalam studi bioinformatika
digunakan komputer yang mampu menyimpan data dalam jumlah yang sangat banyak
dan didukung berbagai macam software untuk menganalisis jutaan data yang berasal dari
mahluk hidup.

Studi Bioinformatika mulai tumbuh sebagai akibat dari perkembangan berbagai

metode sekuens baru yang menghasilka data yang sangat banyak. Hal tersebut, secara
kebetulan, didukung pula oleh teknologi penyimpanan, manajemen, dan pertukaran data
melalui komputer. Inovasi dalam pemetaan dan sekuensing memiliki peran penting dalam
proses pengambilan data biologis. Penggunaan Yeast Artificial Chromosome (YAC),
sangat membantu dalam konstruksi peta fisik genom kompleks secara lengkap
(Touchmann & Green, 1998). Untuk mengklon fragmen-fragmen DNA besar (sekitar
150.000 pasangan basa) digunakan bacterial Artificial Chromosome (BAC).

Kemungkinan, teknologi yang paling banyak kontribusinya adalah teknologi PCR.

Walaupun tergolong tua (PCR ditemukan tahun 1985), meode ini sangat efektif, dan telah
mengalami penyempurnaan selama bertahun-tahun.

Perkembangan teknologi sekuensing dimulai dan semi-automatic sequencer yang

pertama pada tahun 1987, dilanjutkan dengan Taq Cycle sequencing pada tahun 1990.
Pelabelan Flourescen fragmen DNA dengan Sanger dideoxy Chain Termination Method,
merupakan dasar bagi proyek sekuensing skala besar (Venter et. al., 199).
 Seluruh perkembangan tersebut sia-sia saja tanpa obyek yang diteliti, yang
memiliki nilai komersil tinggi dan data yang berlimpah. Gampang ditebak, pasti Manusia
melalui Human Genome Project.

Selain perkembangan dalam bidang Genomik, Bioinformatika sangat dipengaruhi

oleh perkembangan di bidang teknologi informasi dan komputer.

Pada fase awal (sekitar tahun 80-an) perkembangan yang paling signifikan adalah
kapasitas penyimpanan data. Dari hanya baeberapa puluh byte (1980), hingga mencapai
Terabyte (1 terabyte=1 trilyun byte),

Setelah pembuatan database, selanjutnya dimulai perkembangan pemuatan

perangkat lunak untuk mengolah data. Awalnya, metode yang digunakan hanya
pencariaan kata kunci, dan kalimat pendek. perkembangan selanjutnya berupa perangkat
lunak dengan algoritma yang lebih kompleks, seperti penyandian nukleotida, menjadi
asam-asam amino, kemudian membuat struktur proteinnya.

Saat ini, perangkat lunak yang tersedia meliputi pembacaan sekuens nukleotida dari
gel elektroforesis, prediksi kode protein, identifikasi primer, perbandingan sekuens,
analisis kekerabatan, pengenalan pola dan prediksi struktur. Dengan perkembangan
seperti diatas, ternyata masih belum cukup. Kurangnya pemahaman terhadap sistem
biologis dan organisasi molekular membua analisis sekuens masih mengalami kesulitan.
Perbandingan sekuens antar spesies masih sulit akibat variabilitas DNA.

Usaha yang dilakukan saat ini, baru mencoba mempelajari eori-teori tersebut
melalui proses inferensi, penyesuaian model, dan belajar dari contoh yang tersedia (Baldi
& Brunac, 1998).

Perkembangan perangkat keras komputer juga berperan sangat penting. Kecepatan

prosesor, kapasitas RAM, dan kartu grafik merupakan salah satu pendorong majunya
bioinformatika.

Terakhir perkembangan bioinformatika sangat dipengaruhi oleh pertumbuhan

jaringan Internet. Mulai dari e-mail, FTP, Telnet (1980-an), Gopher, WAIS, hingga
ditemukannya World Wide Web oleh Tim Berners-Lee pada tahun 1990, mendukung
 kemudahan transfer data yang cepat dan mudah. Saat ini, telah tersedia sekitar 400
database biologis yang dapat diakses melalui internet.

2.2. Aplikasi Bioinformatika

a. Basis data sekuens biologis

Sesuai dengan jenis informasi biologis yang disimpannya, basis data sekuens
biologis dapat berupa basis data primer untuk menyimpan sekuens primer asam
nukleat maupun protein, basis data sekunder untuk menyimpan motif sekuens
protein, dan basis data struktur untuk menyimpan data struktur protein maupun asam
nukleat.

Basis data utama untuk sekuens asam nukleat saat ini adalah GenBank
(Amerika Serikat), EMBL (Eropa), dan DDBJ (Inggris) (DNA Data Bank of Japan,
Jepang). Ketiga basis data tersebut bekerja sama dan bertukar data secara harian
untuk menjaga keluasan cakupan masing-masing basis data. Sumber utama data
sekuens asam nukleat adalah submisi langsung dari periset individual, proyek
sekuensing genom, dan pendaftaran paten. Selain berisi sekuens asam nukleat, entri
dalam basis data sekuens asam nukleat umumnya mengandung informasi tentang
jenis asam nukleat (DNA atau RNA), nama organisme sumber asam nukleat tersebut,
dan pustaka yang berkaitan dengan sekuens asam nukleat tersebut.

Sementara itu, contoh beberapa basis data penting yang menyimpan sekuens
primer protein adalah PIR (Protein Information Resource, Amerika Serikat), Swiss-
Prot (Eropa), dan EMBL (Eropa). Ketiga basis data tersebut telah digabungkan
dalam UniProt (yang didanai terutama oleh Amerika Serikat). Entri dalam UniProt
mengandung informasi tentang sekuens protein, nama organisme sumber protein,
pustaka yang berkaitan, dan komentar yang umumnya berisi penjelasan mengenai
fungsi protein tersebut.

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan perkakas

bioinformatika yang berkaitan erat dengan penggunaan basis data sekuens biologis.
Penelusuran BLAST (BLAST search) pada basis data sekuens memungkinkan
ilmuwan untuk mencari sekuens asam nukleat maupun protein yang mirip dengan
sekuens tertentu yang dimilikinya. Hal ini berguna misalnya untuk menemukan gen
 sejenis pada beberapa organisme atau untuk memeriksa keabsahan hasil sekuensing
maupun untuk memeriksa fungsi gen hasil sekuensing. Algoritma yang mendasari
kerja BLAST adalah penyejajaran sekuens.

PDB (Protein Data Bank, Bank Data Protein) adalah basis data tunggal yang
menyimpan model struktural tiga dimensi protein dan asam nukleat hasil penentuan
eksperimental (dengan kristalografi sinar-X, spektroskopi NMR dan mikroskopi
elektron). PDB menyimpan data struktur sebagai koordinat tiga dimensi yang
menggambarkan posisi atom-atom dalam protein ataupun asam nukleat.

b. Penyejajaran sekuens
Penyejajaran sekuens (sequence alignment) adalah proses
penyusunan/pengaturan dua atau lebih sekuens sehingga persamaan sekuens-sekuens
tersebut tampak nyata. Hasil dari proses tersebut juga disebut sebagai sequence
alignment atau alignment saja. Baris sekuens dalam suatu alignment diberi sisipan
(umumnya dengan tanda "") sedemikian rupa sehingga kolom-kolomnya memuat
karakter yang identik atau sama di antara sekuens-sekuens tersebut. Berikut adalah
contoh alignment DNA dari dua sekuens pendek DNA yang berbeda, "ccatcaac" dan
"caatgggcaac" (tanda "|" menunjukkan kecocokan atau match di antara kedua
sekuens).

ccat---caac
| || ||||
caatgggcaac
Sequence alignment merupakan metode dasar dalam analisis sekuens. Metode
ini digunakan untuk mempelajari evolusi sekuens-sekuens dari leluhur yang sama
(common ancestor). Ketidakcocokan (mismatch) dalam alignment diasosiasikan
dengan proses mutasi, sedangkan kesenjangan (gap, tanda "") diasosiasikan dengan
proses insersi atau delesi. Sequence alignment memberikan hipotesis atas proses
evolusi yang terjadi dalam sekuens-sekuens tersebut. Misalnya, kedua sekuens dalam
contoh alignment di atas bisa jadi berevolusi dari sekuens yang sama "ccatgggcaac".
Dalam kaitannya dengan hal ini, alignment juga dapat menunjukkan posisi-posisi
yang dipertahankan (conserved) selama evolusi dalam sekuens-sekuens protein, yang
menunjukkan bahwa posisi-posisi tersebut bisa jadi penting bagi struktur atau fungsi
protein tersebut.
 Selain itu, sequence alignment juga digunakan untuk mencari sekuens yang
mirip atau sama dalam basis data sekuens. BLAST adalah salah satu metode
alignment yang sering digunakan dalam penelusuran basis data sekuens. BLAST
menggunakan algoritma heuristik dalam penyusunan alignment.

Beberapa metode alignment lain yang merupakan pendahulu BLAST adalah

metode "Needleman-Wunsch" dan "Smith-Waterman". Metode Needleman-Wunsch
digunakan untuk menyusun alignment global di antara dua atau lebih sekuens, yaitu
alignment atas keseluruhan panjang sekuens tersebut. Metode Smith-Waterman
menghasilkan alignment lokal, yaitu alignment atas bagian-bagian dalam sekuens.
Kedua metode tersebut menerapkan pemrograman dinamik (dynamic programming)
dan hanya efektif untuk alignment dua sekuens (pairwise alignment)

Clustal adalah program bioinformatika untuk alignment multipel (multiple

alignment), yaitu alignment beberapa sekuens sekaligus. Dua varian utama Clustal
adalah ClustalW dan ClustalX.

Metode lain yang dapat diterapkan untuk alignment sekuens adalah metode
yang berhubungan dengan Hidden Markov Model ("Model Markov Tersembunyi",
HMM). HMM merupakan model statistika yang mulanya digunakan dalam ilmu
komputer untuk mengenali pembicaraan manusia (speech recognition). Selain
digunakan untuk alignment, HMM juga digunakan dalam metode-metode analisis
sekuens lainnya, seperti prediksi daerah pengkode protein dalam genom dan prediksi
struktur sekunder protein.

c. Prediksi struktur protein

Secara kimia/fisika, bentuk struktur protein diungkap dengan kristalografi
sinar-X ataupun spektroskopi NMR, namun kedua metode tersebut sangat memakan
waktu dan relatif mahal. Sementara itu, metode sekuensing protein relatif lebih
mudah mengungkapkan sekuens asam amino protein. Prediksi struktur protein
berusaha meramalkan struktur tiga dimensi protein berdasarkan sekuens asam
aminonya (dengan kata lain, meramalkan struktur tersier dan struktur sekunder
berdasarkan struktur primer protein). Secara umum, metode prediksi struktur protein
yang ada saat ini dapat dikategorikan ke dalam dua kelompok, yaitu metode
pemodelan protein komparatif dan metode pemodelan de novo.
 Pemodelan protein komparatif (comparative protein modelling) meramalkan
struktur suatu protein berdasarkan struktur protein lain yang sudah diketahui. Salah
satu penerapan metode ini adalah pemodelan homologi (homology modelling), yaitu
prediksi struktur tersier protein berdasarkan kesamaan struktur primer protein.
Pemodelan homologi didasarkan pada teori bahwa dua protein yang homolog
memiliki struktur yang sangat mirip satu sama lain. Pada metode ini, struktur suatu
protein (disebut protein target) ditentukan berdasarkan struktur protein lain (protein
templat) yang sudah diketahui dan memiliki kemiripan sekuens dengan protein target
tersebut. Selain itu, penerapan lain pemodelan komparatif adalah protein threading
yang didasarkan pada kemiripan struktur tanpa kemiripan sekuens primer. Latar
belakang protein threading adalah bahwa struktur protein lebih dikonservasi daripada
sekuens protein selama evolusi; daerah-daerah yang penting bagi fungsi protein
dipertahankan strukturnya. Pada pendekatan ini, struktur yang paling kompatibel
untuk suatu sekuens asam amino dipilih dari semua jenis struktur tiga dimensi
protein yang ada. Metode-metode yang tergolong dalam protein threading berusaha
menentukan tingkat kompatibilitas tersebut.

Dalam pendekatan de novo atau ab initio, struktur protein ditentukan dari

sekuens primernya tanpa membandingkan dengan struktur protein lain. Terdapat
banyak kemungkinan dalam pendekatan ini, misalnya dengan menirukan proses
pelipatan (folding) protein dari sekuens primernya menjadi struktur tersiernya
(misalnya dengan simulasi dinamika molekular), atau dengan optimisasi global
fungsi energi protein. Prosedur-prosedur ini cenderung membutuhkan proses
komputasi yang intens, sehingga saat ini hanya digunakan dalam menentukan
struktur protein-protein kecil. Beberapa usaha telah dilakukan untuk mengatasi
kekurangan sumber daya komputasi tersebut, misalnya dengan superkomputer
(misalnya superkomputer Blue Gene [1] dari IBM) atau komputasi terdistribusi
(distributed computing, misalnya proyek Folding@home) maupun komputasi grid.

d. Analisis ekspresi gen

Ekspresi gen dapat ditentukan dengan mengukur kadar mRNA dengan
berbagai macam teknik (misalnya dengan microarray ataupun Serial Analysis of
Gene Expression ["Analisis Serial Ekspresi Gen", SAGE]). Teknik-teknik tersebut
umumnya diterapkan pada analisis ekspresi gen skala besar yang mengukur ekspresi
banyak gen (bahkan genom) dan menghasilkan data skala besar. Metode-metode
penggalian data (data mining) diterapkan pada data tersebut untuk memperoleh pola-
pola informatif. Sebagai contoh, metode-metode komparasi digunakan untuk
membandingkan ekspresi di antara gen-gen, sementara metode-metode klastering
(clustering) digunakan untuk mempartisi data tersebut berdasarkan kesamaan
ekspresi gen.
 BAB III

METODE PENELITIAN

Waktu dan Tempat Pelaksanaan Praktikum

3.1. Waktu dan Tempat Pelaksanaan Praktikum

Tempat Praktikum : Ruang Kuliah SCL Fakultas Farmasi Universitas Jember
Waktu : Rabu, 24 Februari 2016 Pukul 10.30 WIB 13.20 WIB.

3.2. Alat dan bahan

Alat : Seperangkat lengkap komputer dengan assesorisnya dan koneksi internet
Bahan : gen tertentu dari manusia sebagai bahan pembelajaran
3.3. Cara kerja
3.3.1. Mencari sekuen DNA, sekuen asam amino, struktur protein, dan domain

__BMKulkksia Ebknesaittnursz apGmwelinpwkr,.ogtealniidk ylaianmmnkge.podrricogat,einkliunktbkagmi en pproetreoilneh inform asi l nk lebih lanjut m engenai
fungsional protein

K_ lik GlieknBpanthkw, aylisk upnrot einm IeDn,g klaih C Dpa hsweayrcsh result unt k m engetahui dom ain fungsional protein target,
b ag i n search
yseakantugedniscaptrreio teirns ebrutn u
l u k li p a d a n k p a n h
 BKPulikkhapsriottenpPdDcbuBhiiawsmltek.npcdabwimorpg,rem.olcasuks/thungprroltkee-iuvny/adngrsebuitd/mpcakrs ,n ecluhaprsotiknuy gartenidscuat.Pprloheisna tukodeas yngtelahdiprolehsb umnyapd PDB
3.3.2. Mencari struktur sekunder suatu protein

3.3.3. Mencari transduksi sinyal terkait dengan protein tertentu

BKlu ikk a pGolae tgh, ew nd ai dy as up snaet au rtkac mh emepr ,i l amaishipt ua st kh w eatney r n sgaem nrac hp erao .ht ewPi nal i yh, a nHugn (tahk ua mn meadn i)cl ahur ani tpu ak t h w a y -
hnmep ty tapl i:(wh/pacr goy atreyp ia. nndcgq iu.kbnesirhyks.)gia npo tyav d/nPl adkteihonmawlgo aamn u kps eri aoy twe ion r d
ys
 BAB IV

HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1. Protein Transkripsi/Gen

Dalam genetika, protein transkripsi atau faktor transkripsi adalah sekelompok
protein di dalam inti sel yang berperan serta dalam proses transkripsi kode genetik
menjadi mRNA. Faktor transkripsi merupakan mata rantai terakhir pada lintasan
transduksi sinyal yang mengkonversi sinyal ekstraselular menjadi modulasi ekspresi
genetik. Regulasi transkripsi dicapai dengan terikatnya protein pada deret dan motif
struktur DNA tertentu yang biasanya terletak pada hulu gen target. Pengertian lainnya
yaitu protein lain yang dapat berikatan dengan protein basal pada regio Promotor dan
enhancer DNA untuk bertindak bersama-sama dengan RNA polimerase untuk dapat
mengatur awal transkripsi.

4.2. TUBBY Trancription Factor

Tubby transcription factor adalah gen yang mengkode anggota dari faktor
transkripsi bipartite family Tubby. Protein pengkode mungkin memainkan peran dalam
hal obesitas dan degradasi sensorineural. Struktur Kristal protein yang sama telah
ditemukan pada tikus, dan berfungsi sebagai regulator transkripsi membrane terikat yang
memindahkan ke inti sel dalam menanggapi hidrolisis phosphoinositide. Pada gen ini
telah ditemukan dua varian transkripsi pengkode isoform yang berbeda.
Protein tubby dikodekan oleh gen TUB. Protein ini adalah hulu dari protein
signaling sel umum untuk eukariotik multiseluler. Gen tubby pertama diidentifikasi pada
mencit, dan protein yang homolog dengan tubby dikenal dengan protein serupa tubby
("tubby-like proteins" /TULPs). Mereka membagi sebuah struktur tersier yang umum dan
karakteristik sehingga terdiri dari kemasan beta barrel yang mengelilingi sebuah alfa
heliks di celah tengah. Nama gen ini diperoleh dari peran metabolismenya. Mecit yang
termutasi gen tubby mengalami berkembang menjadi obesitas dengan onset tertunda,
kehilangan pendengaran sensorineural, dan degradasi retinal.

4.3. Penentuan Sekuen Gen, Sekuen protein, Daerah Promotor, SRE pada gen, Motif
Protein, dan Domain Protein
a. Sekuen Gen
Sekuens DNA (kadang-kadang disebut sekuens genetika) adalah sebuah
sebuah seri huruf-huruf mewakilkan struktur primer dari molekul DNA atau
"strand" nyata atau hipotetis. Huruf yang digunakan adalah A, C, G, dan T,
mewakili empat nukleotida yang merupakan subunit dari untai DNA (adenin,
sitosin, guanin, timin), dan biasanya ditulis berjejer tanpa spasi, seperti dalam
sekuens berikut AAAGTCTGAC. Sekuens ini kadang disebut informasi genetik.
Sebuah deretan dari nukleotida yang lebih dari empat jumlahnya dapat disebut
sebuah sekuens. Berikut merupakan sekuen gen dari TUBBY Transcription
Factor

b. Sekuen Protein
Sekuensing protein atau sekuensing peptida adalah penentuan urutan
asam amino pada suatu protein atau peptida (oligopeptida maupun polipeptida).
 Metode untuk sekuensing protein umumnya melibatkan pemutusan ikatan yang
diikuti dengan identifikasi asam amino. Berikut merupakan sekuen/urutan
protein dari TUBBY Transcription Factor:

c. Daerah Promotor
Promotor adalah bagian DNA yang memulai awal transkripsi gen
tertentu. Promotor terletak dekat situs transkripsi awal gen, pada strand yang
sama dan ujung pada DNA (menuju daerah 5 '). Promotor panjangnya dapat
terdiri 100-1000 pasangan basa.
d. Motif Protein
Pada protein, motif protein menjelaskan ikatan antara elemen-elemen
struktur primer protein. Contohnya motif helix-turn-helix yang terdiri dari 3
struktur primer. Pada Transcription Factor E2F5 terdiri dari beberapa motif
yaitu beta turn, gamma turn, dan beta hairpin.

e. Domain Fungsional Protein

Domain merupakan suatu unit dari protein yang independent secara
struktural yang memiliki karakteristik berupa protein globular kecil. Domain
bertanggung jawab terhadap aktivitas protein dan biasanya memiliki fungsi
 yang spesifik. Pembagian domain menurut fungsinya: DNA binding domains,
RNA binding domains, ligand (regulatory) domains, oligomerization domains.

4.4. Fungsi TUBBY Transcription Factor

Protein Tubby telah terlibat sebagai faktor transkripsi dan sebagai faktor sinyal
potensial yang dihubungkan dengan aktivitas G-protein. Mereka berhubungan dengan
pengembangan dan diferensiasi neuron , dan pada mamalia terlibat dalam tiga proses
penyakit ketika bermutasi: obesitas, degenerasi retina, dan gangguan pendengaran. Pada
tikus, mutasi pada protein tubby gendut diketahui mempengaruhi rentang hidup dan
penyimpanan penyimpanan serta metabolism karbohidrat. Domain Tubby berasosiasi
dengan sisi sitoplasma dari membran sel melalui pengikatan fosfoinositida yang berbeda.
4.5. Jalur Signaling TUBBY Transcription Factor

Tubby terlibat sebagai regulator transkripsi. Tubby berfungsi dalam transduksi

sinyal dan heterotrimetric protein GTP-binding melalui GPCR (G-protein Coupled
Receptors). Tubby diangkut melalui membran plasma ke inti melalui aktivasi G-AlphaQ.
Tubby melokalisasi ke membrane plasma dengan mengikat PIP2 (phosphatidylinositol-
4,5-bifosfat), sebuah fosfolipid yang sangat kaya dalam membrane plasma, melalui
terminal karboksil tubby domain. Aktivasi reseptor termediasi G-AlphaQ
mengeluarkan Tubby dari membran plasma melalui aksi PLC-Beta, memicu translokasi
Tubby ke inti sel dan dengan merilis messenger ke dua IP 3 (inositol 1,4,5-trisphosphate).
Di dalam inti, dia mengikat DNAdanmengatur transkripsi. Lokalisasi TULP3
(Tubby-Like Protein-3) juga diatur. Dengan demikian protein Tubby ditemukan untuk
menyediakan link lagsung antara signaling G-protein dan regulasi ekspresi gen. Anggota
family G-AlphaQ yaitu G-Alpha II berfungsi untuk menginduksi translokasi Tubby
dengan cara yang identik dengan G-AlphaQ. G-Alpha II aktif menginduksi translokasi
inti total Tubby. Beberapa GPCRs seperti 5-HT2C, bombesin, MCH (Melanin
Contentrating Hormone), MC4 (Melanocortin-4) dan resseptor D1 (Dopamine-1)
 mungkin menandai sebagian melalui Tubby selain jalur kalsium termediasi dan jalur
signaling protein kinase.

4.6. Penyakit Terkait TUBBY Transcription Factor

Penyakit yang terkait dengan gen Tubby adalah obesitas, distrofi retina, dan
gangguan pendengaran. Obesitas dapat terjadi karena adanya mutasi pada paling sedikit 5
gen yang telah diidentifikasi yaitu Ob gene, Db gene, Agouti yellow gene, Tubby gene,
dan fat gene.
 BAB V
PENUTUP

5.1. Kesimpulan
1. Protein transkripsi atau faktor transkripsi adalah sekelompok protein di dalam inti
sel yang berperan serta dalam proses transkripsi kode genetik menjadi mRNA.
2. Protein tubby dikodekan oleh gen TUB dan merupakan hulu dari protein signaling
sel umum untuk eukariotik multiseluler.
3. Mencari sekuen DNA, sekuen asam amino, struktur protein, dan domain fungsional
protein dapat melalui www.genenames.org
4. Mencari struktur sekunder suatu protein dapat melalui www.pdb.org.

5. Mencari pathways protein dapat melalui http://cgap.nci.nih.gov/Pathways

6. Penyakit pada gen TUBBY adalah obesitas, distrofi retina, dan gangguan
pendengaran
5.2. Saran
1. Mempersiapkan perangkat komputer yang lengkap dan koneksi internet yang baik
sehingga tidak mengganggu jalannya praktikum
2. Memahami langkah-langkah kerja sehingga dapat mengikuti praktikum dengan
baik
 DAFTAR PUSTAKA

www.ncbi.nlm.nih.gov
www.genenames.org
www.pdb.org
www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/pdbsum
http://cgap.nci.nih.gov/Pathways
https://en.wikipedia.org/wiki/Tubby_protein
 LAMPIRAN

Tambilan hasil pencarian gen pada www.genename.org

Tampilan Entrez Gene.

Tampilan GeneBank
Tampilan Protein ID
Tampilan Domain Fungsional
Tampilan Super Family

Tampilan NCBI Squence Viewer

Tampilan OMIM

Tampilan hasil pencarian setelah mengetik hasil pencarian di PBD

Hasil tampilan find pada pdb sum
 Klik untuk
mengetahui
struktur
protein

Tampilan yang menunujukkan struktur sekunder dari suatu protein

Tampilan pathways protein