Anda di halaman 1dari 21

ASAM NUKLEAT

Dosen Pengampuh :

SITI

Oleh Kelompok XII

NAMA : 1. Sukina gafar

2. Suarni Umagapi

3. Milasari waisaley

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN KIMIA

FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN

UNIVERSITAS KHAIRUN

TERNATE

2016
KATA PENGANTAR

Assalamu alaikum wr.wb

Puji dan syukur kita panjatkan atas kehadirat Allah SWT, karena atas berkat dan
rahmatnya makalah Asam Nukleat dapat kami selesaikan sebaimana yang telah di
amanahkan oleh dosen pembimbing.
Shalawat dan salam tak lupa pula kita kirimkan kepada Nabi Muhammad SAW,
Nabi yang telah memperjuangkan kebenaran dari Allah SWT, berupa kebenaran duniwi
dan akhirat.
Makalah ini kami susun berdasarkan dengan amanah dari dosen pembimbing yaitu
mengenai Asam Nukleat, yang mencangkup pengertian, macam-macam dan sifat-sifat
kimia asam nukleat serta beberapa poin lainnya.
Kami ucapkan banyak terimah kasih pada semua pihak yang membantu proses
penyelesaian makalah kami, mohon maaf jiks ada kesalahan karena sesungguhnya kami
hanyalah manusia biasa.

Wassalamu alaikum wr. Wb.

Ternate, 2 Maret Penulis

Kelopmpok XII
DAFTAR ISI
KATA PENGANTAR. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . i
DAFTAR I. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ii

BAB I PENDAHULUAN
A. Latar Belakang. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .1
B. Rumusan Masalah . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...2
C. Tujuan. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
D. Manfaat. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .2

BAB II PEMBAHASAN
A. Pengertian Asam Nukleat. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .3
B. Maccam-Maccam Asam Nukleat. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3
C. Nukleosida dan nukleotida. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
D. Ikatan fosfodiester. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
E. Sekuens asam nukleat. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
F. Sifat-sifat Fisika-Kimia Asam Nukleat. . . . . . . . . . . . . . . . . . 13

G. Sifat-sifat Spektroskopik-Termal Asam Nukleat. . . . . . . . . 15

BAB II PENUTUP

A. KESIMPULAN. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19

B. SARAN. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1

DAFTAR PUSTAKAN. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
BAB I
PENDAHULUAN

A. Latar Belakang
Asam nukleat merupakan pengemban kode genetik dalam sistem kehidupan.
Karena informasi yang terkandung dalam asam-asam nukleat itu, suatu organisme
mampu membiosintesis tipe protein yang berlainan (rambut, kulit, otot, enzim dan
sebagainya) dan memproduksi lebih banyak organisme dari jenisnya sendiri. Asam nukleat
merupakan suatu polimer yang terdiri dari banyak molekul nukleotida. Ada dua macam
asam nukleat, yaitu DNA dan RNA. DNA terutama dijumpai dalam inti sel, asam ini
merupakan pengemban kode genetik dan dapat mereproduksi atau mereplikasi dirinya
dengan tujuan membentuk sel-sel baru untuk reproduksi organisme itu, dalam sebagian
besar organisme, DNA suatu sel mengarahkan sintesis molekul RNA. Satu tipe RNA yakni
RNA pesuruh (mRNA) meninggalkan inti sel dan mengarahkan biosintesis dari berbagai
tipe protein dalam organisme itu sesuai dengan kode DNAnya

B. Rumusan Masalah

1. Apa yang dimaksud dengan asam nukleat ?


2. Berapa macam asam nukleat pada tubuh manusia?
3. apa yang dimaksud Nukleosida dan nukleotida ?
4. apakah Ikatan fosfodiester itu ?
5. apakah Sekuens asam nukleat ?
6. Sifat-sifat Fisika-Kimia Asam Nukleat
7. Sifat-sifat Spektroskopik-Termal Asam Nukleat ?

C. Tujuan

1. Mengetahui apa yang dimaksud dengan asam nukleat


2. Memehanmi macam-macam asam nukleat dalam tubuh, baik dari DNA dan RNA.
3. Mengetahui apa yang dimaksud Nukleosida dan nukleotida.
4. Memahami ikatan fosfodiester.
5. Memahami Sekuens asam nukleat.
6. Memahami Sifat-sifat Fisika-Kimia dan Spektroskopik-Termal Asam Nukleat.

C. Manfaat
Berdasarkan dengan tujuan di atas, di berharapkan makalah ini dapat manambah
pengetahuan mahasiswa seputar asam nukleat serta pembagiannya baik dari DNA
maupun RNA.

BAB II
PEMBAHASAN

A. Pengertian Asam Nukleat


Asam nukleat ( nucleic acid) adalah makromolekul biokimia yang kompleks,
berbobot molekul tinggi, dan tersusun atas rantai nukleotida yang mengandung informasi
genetik. Asam nukleat yang paling umum adalah Asam deoksiribonukleat (DNA) and
Asam ribonukleat (RNA). Asam nukleat ditemukan pada semua sel hidup serta pada virus.
Asam nukleat dinamai demikian karena keberadaan umumnya di dalam inti
(nukleus) sel. Asam nukleat merupakan biopolimer, dan monomer penyusunnya adalah
nukleotida. Setiap nukleotida terdiri dari tiga komponen, yaitu sebuah basa nitrogen
heterosiklik (purin atau pirimidin), sebuah gula pentosa, dan sebuah gugus fosfat. Jenis
asam nukleat dibedakan oleh jenis gula yang terdapat pada rantai asam nukleat tersebut
(misalnya, DNA atau asam deoksiribonukleat mengandung 2-deoksiribosa). Selain itu, basa
nitrogen yang ditemukan pada kedua jenis asam nukleat tersebut memiliki perbedaan:
adenin, sitosin, dan guanin dapat ditemukan pada RNA maupun DNA, sedangkan timin
dapat ditemukan hanya pada DNA dan urasil dapat ditemukan hanya pada RNA.

B. macam-macam Asam Nukleat


Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranan
sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan informasi
genetik. Asam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena tersusun dari
sejumlah molekul nukleotida sebagai monomernya. Tiap nukleotida mempunyai struktur
yang terdiri atas gugus fosfat, gula pentosa, dan basa nitrogen atau basa nukleotida (basa
N).
Ada dua macam asam nukleat, yaitu asam deoksiribonukleat atau
deoxyribonucleic acid (DNA) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid (RNA). Dilihat
dari strukturnya, perbedaan di antara kedua macam asam nukleat ini terutama terletak
pada komponen gula pentosanya. Pada RNA gula pentosanya adalah ribosa, sedangkan
pada DNA gula pentosanya mengalami kehilangan satu atom O pada posisi C nomor 2
sehingga dinamakan gula 2-deoksiribosa.
Perbedaan struktur lainnya antara DNA dan RNA adalah pada basa N-nya. Basa
N, baik pada DNA maupun pada RNA, mempunyai struktur berupa cincin aromatik
heterosiklik (mengandung C dan N) dan dapat dikelompokkan menjadi dua golongan,
yaitu purin dan pirimidin. Basa purin mempunyai dua buah cincin (bisiklik), sedangkan
basa pirimidin hanya mempunyai satu cincin (monosiklik). Pada DNA, dan juga RNA,
purin terdiri atas adenin (A) dan guanin (G). Akan tetapi, untuk pirimidin ada perbedaan
antara DNA dan RNA. Kalau pada DNA basa pirimidin terdiri atas sitosin (C) dan timin
(T), pada RNA tidak ada timin dan sebagai gantinya terdapat urasil (U). Timin berbeda
dengan urasil hanya karena adanya gugus metil pada posisi nomor 5 sehingga timin dapat
juga dikatakan sebagai 5-metilurasil. Adapun komponen dari asam nukleat adalah Gugus
Fosfat, Gula Pentosa dan Basa N. Di antara ketiga komponen monomer asam nukleat
tersebut di atas, hanya basa N-lah yang memungkinkan terjadinya variasi. Pada
kenyataannya memang urutan (sekuens) basa N pada suatu molekul asam nukleat
merupakan penentu bagi spesifisitasnya. Dengan perkataan lain, identifikasi asam nukleat
dilakukan berdasarkan atas urutan basa N-nya sehingga secara skema kita bisa
menggambarkan suatu molekul asam nukleat hanya dengan menuliskan urutan basanya
saja.
Asam nukleat dinamai demikian karena keberadaan umumnya di dalam inti
(nukleus) sel. Asam nukleat merupakan biopolimer, dan monomer penyusunnya adalah
nukleotida. Setiap nukleotida terdiri dari tiga komponen, yaitu sebuah basa nitrogen
heterosiklik (purin atau pirimidin), sebuah gula pentosa, dan sebuah gugus fosfat. Jenis
asam nukleat dibedakan oleh jenis gula yang terdapat pada rantai asam nukleat tersebut
(misalnya, DNA atau asam deoksiribonukleat mengandung 2-deoksiribosa). Selain itu, basa
nitrogen yang ditemukan pada kedua jenis asam nukleat tersebut memiliki perbedaan:
adenin, sitosin, dan guanin dapat ditemukan pada RNA maupun DNA, sedangkan timin
dapat ditemukan hanya pada DNA dan urasil dapat ditemukan hanya pada RNA.
Pemahaman dari asam nukleat sangat bermanfaat dalam mendasari pemahaman
biokimia terutama dalam hal genetika. Asam nukleat tersusun dari lebih dari satu
nukleotida. Nukleotida merupakan ikatan ester antara nekleosida dengan fosfat.
Sedangkan nukleosida sendiri merupakan ikatan beta-N-glikosidik, dimana purin
dan pirimidin memiliki ikatan gula dengan nitrogen. Dengan kata lain nukleosida
merupakan nukleotida yang tidak terphosporilasi (tidak berikatan dengan phosphat).
Secara awam, nukleosida merupakan ikatan antara gula dan basa nitrogen.
Pada ADP maupun ATP phospat saling berikatan dengan ikatan anhidrid asam.
Gula terbagi menjadi dua tipe yaitu ribonukloesida dan dioksi ribonukleosida. Pada
ribonukleosida, ikatan nitrogen terjadi di D-ribosa, sedangkan pada dioksiribonukleosida,
ikatan N terjadi di 2-deoksi-D-ribosa.
Basa nitrogen dalam asam nukleat terdiri dari macam yaitu basa purin dan basa
pirimidin. Basa purin memiliki adenin dan guanin. Sedangkan basa pirimidin memiliki
sitosin, timin (pada DNA), dan Urasil (pada RNA).
DNA
DNA merupakan polimer yang terdiri dari tiga komponen utama, yaitu gugus
fosfat, gula deoksiribosa, dan basa nitrogen. Sebuah unit monomer DNA yang terdiri dari
ketiga komponen tersebut dinamakan nukleotida, sehingga DNA tergolong sebagai
polinukleotida.
Rantai DNA memiliki lebar 22-24 , sementara panjang satu unit nukleotida 3,3
[1]. Walaupun unit monomer ini sangatlah kecil, DNA dapat memiliki jutaan nukleotida
yang terangkai seperti rantai. Misalnya, kromosom terbesar pada manusia terdiri atas 220
juta nukleotida.
Rangka utama untai DNA terdiri dari gugus fosfat dan gula yang berselang-seling.
Gula pada DNA adalah gula pentosa (berkarbon lima), yaitu 2-deoksiribosa. Dua gugus
gula terhubung dengan fosfat melalui ikatan fosfodiester antara atom karbon ketiga pada
cincin satu gula dan atom karbon kelima pada gula lainnya. Salah satu perbedaan utama
DNA dan RNA adalah gula penyusunnya; gula RNA adalah ribosa.
DNA terdiri atas dua untai yang berpilin membentuk struktur heliks ganda. Pada
struktur heliks ganda, orientasi rantai nukleotida pada satu untai berlawanan dengan
orientasi nukleotida untai lainnya. Hal ini disebut sebagai antiparalel. Masing-masing untai
terdiri dari rangka utama, sebagai struktur utama, dan basa nitrogen, yang berinteraksi
dengan untai DNA satunya pada heliks. Kedua untai pada heliks ganda DNA disatukan
oleh ikatan hidrogen antara basa-basa yang terdapat pada kedua untai tersebut. Empat
basa yang ditemukan pada DNA adalah adenin (dilambangkan A), sitosin (C, dari
cytosine), guanin (G), dan timin (T). Adenin berikatan hidrogen dengan timin, sedangkan
guanin berikatan dengan sitosin.

a). Struktur tangga berpilin (double helix) DNA


Dua orang ilmuwan, J.D.Watson dan F.H.C.Crick, mengajukan model struktur
molekul DNA yang hingga kini sangat diyakini kebenarannya dan dijadikan dasar dalam
berbagai teknik yang berkaitan dengan manipulasi DNA. Model tersebut dikenal sebagai
tangga berplilin (double helix). Secara alami DNA pada umumnya mempunyai struktur
molekul tangga berpilin ini.
Model tangga berpilin menggambarkan struktur molekul DNA sebagai dua rantai
polinukleotida yang saling memilin membentuk spiral dengan arah pilinan ke kanan.
Fosfat dan gula pada masing-masing rantai menghadap ke arah luar sumbu pilinan,
sedangkan basa N menghadap ke arah dalam sumbu pilinan dengan susunan yang sangat
khas sebagai pasangan pasangan basa antara kedua rantai. Dalam hal ini, basa A pada
satu rantai akan berpasangan dengan basa T pada rantai lainnya, sedangkan basa G
berpasangan dengan basa C. Pasangan-pasangan basa ini dihubungkan oleh ikatan
hidrogen yang lemah (nonkovalen). Basa A dan T dihubungkan oleh ikatan hidrogen
rangkap dua, sedangkan basa G dan C dihubungkan oleh ikatan hidrogen rangkap tiga.
Adanya ikatan hidrogen tersebut menjadikan kedua rantai polinukleotida terikat satu
sama lain dan saling komplementer. Artinya, begitu sekuens basa pada salah satu rantai
diketahui, maka sekuens pada rantai yang lainnya dapat ditentukan.
Oleh karena basa bisiklik selalu berpasangan dengan basa monosiklik, maka jarak
antara kedua rantai polinukleotida di sepanjang molekul DNA akan selalu tetap. Dengan
perkataan lain, kedua rantai tersebut sejajar. Akan tetapi, jika rantai yang satu dibaca
dari arah 5 ke 3, maka rantai pasangannya dibaca dari arah 3 ke 5. Jadi, kedua rantai
tersebut sejajar tetapi berlawanan arah (antiparalel).

b). Fungsi DNA sebagai Materi Genetik


DNA sebagai materi genetik pada sebagian besar organisme harus dapat
menjalankan tiga macam fungsi pokok berikut ini.
DNA harus mampu menyimpan informasi genetik dan dengan tepat dapat
meneruskan informasi tersebut dari tetua kepada keturunannya, dari generasi ke generasi.
Fungsi ini merupakan fungsi genotipik, yang dilaksanakan melalui replikasi. Inilah materi
yang akan dibahas di dalam bab ini.
DNA harus mengatur perkembangan fenotipe organisme. Artinya, materi genetik
harus mengarahkan pertumbuhan dan diferensiasi organisme mulai dari zigot hingga
individu dewasa. Fungsi ini merupakan fungsi fenotipik, yang dilaksanakan melalui
ekspresi gen (Bab V hingga Bab VII).
DNA sewaktu-waktu harus dapat mengalami perubahan sehingga organisme yang
bersangkutan akan mampu beradaptasi dengan kondisi lingkungan yang berubah. Tanpa
perubahan semacam ini, evolusi tidak akan pernah berlangsung. Fungsi ini merupakan
fungsi evolusioner, yang dilaksanakan melalui peristiwa mutasi (Bab VIII).
c). Prinsip Dasar Transkripsi
Telah dijelaskan sebelumnya fungsi dasar kedua yang harus dijalankan oleh DNA
sebagai materi genetik adalah fungsi fenotipik. Artinya, DNA harus mampu mengatur
pertumbuhan dan diferensiasi individu organisme sehingga dihasilkan suatu fenotipe
tertentu. Fungsi ini dilaksanakan melalui ekspresi gen, yang tahap pertamanya adalah
proses transkripsi, yaitu perubahan urutan basa molekul DNA menjadi urutan basa
molekul RNA. Dengan perkataan lain, transkripsi merupakan proses sintesis RNA
menggunakan salah satu untai molekul DNA sebagai cetakan (templat)nya.
Transkripsi mempunyai ciri-ciri kimiawi yang serupa dengan sintesis/replikasi
DNA, yaitu
Adanya sumber basa nitrogen berupa nukleosida trifosfat. Bedanya dengan
sumber basa untuk sintesis DNA hanyalah pada molekul gula pentosanya yang tidak
berupa deoksiribosa tetapi ribosa dan tidak adanya basa timin tetapi digantikan oleh
urasil. Jadi, keempat nukleosida trifosfat yang diperlukan adalah adenosin trifosfat (ATP),
guanosin trifosfat (GTP), sitidin trifosfat (CTP), dan uridin trifosfat (UTP).
Adanya untai molekul DNA sebagai cetakan. Dalam hal ini hanya salah satu di
antara kedua untai DNA yang akan berfungsi sebagai cetakan bagi sintesis molekul RNA.
Untai DNA ini mempunyai urutan basa yang komplementer dengan urutan basa RNA hasil
transkripsinya, dan disebut sebagai pita antisens. Sementara itu, untai DNA pasangannya,
yang mempunyai urutan basa sama dengan urutan basa RNA, disebut sebagai pita sens.
Meskipun demikian, sebenarnya transkripsi pada umumnya tidak terjadi pada urutan
basa di sepanjang salah satu untai DNA. Jadi, bisa saja urutan basa yang ditranskripsi
terdapat berselang-seling di antara kedua untai DNA.
Sintesis berlangsung dengan arah 5 3 seperti halnya arah sintesis DNA.
Gugus 3- OH pada suatu nukleotida bereaksi dengan gugus 5- trifosfat pada
nukleotida berikutnya menghasilkan ikatan fosofodiester dengan membebaskan dua atom
pirofosfat anorganik (PPi). Reaksi ini jelas sama dengan reaksi polimerisasi DNA. Hanya
saja enzim yang bekerja bukannya DNA polimerase, melainkan RNA polimerase.
Perbedaan yang sangat nyata di antara kedua enzim ini terletak pada kemampuan enzim
RNA polimerase untuk melakukan inisiasi sintesis RNA tanpa adanya molekul primer.
Secara garis besar transkripsi berlangsung dalam empat tahap, yaitu pengenalan
promoter, inisiasi, elongasi, dan teminasi. Masing-masing tahap akan dijelaskan secara
singkat sebagai berikut.

RNA
Asam ribonukleat (bahasa Inggris:ribonucleic acid, RNA) senyawa yang merupakan
bahan genetik dan memainkan peran utama dalam ekspresi genetik. Dalam dogma pokok
(central dogma) genetika molekular, RNA menjadi perantara antara informasi yang
dibawa DNA dan ekspresi fenotipik yang diwujudkan dalam bentuk protein.
Struktur dasar RNA mirip dengan DNA. RNA merupakan polimer yang tersusun
dari sejumlah nukleotida. Setiap nukleotida memiliki satu gugus fosfat, satu gugus gula
ribosa, dan satu gugus basa nitrogen (basa N). Polimer tersusun dari ikatan berselang-
seling antara gugus fosfat dari satu nukleotida dengan gugus gula ribosa dari nukleotida
yang lain.
Perbedaan RNA dengan DNA terletak pada satu gugus hidroksil tambahan pada
cincin gula ribosa (sehingga dinamakan ribosa). Basa nitrogen pada RNA sama dengan
DNA, kecuali basa timin pada DNA diganti dengan urasil pada RNA. Jadi tetap ada empat
pilihan: adenin, guanin, sitosin, atau urasil untuk suatu nukleotida.
Selain itu, bentuk konformasi RNA tidak berupa pilin ganda sebagaimana DNA,
tetapi bervariasi sesuai dengan tipe dan fungsinya.

a). Tipe RNA


RNA hadir di alam dalam berbagai macam/tipe. Sebagai bahan genetik, RNA
berwujud sepasang pita (Inggris double-stranded RNA, dsRNA). Genetika molekular klasik
mengajarkan adanya tiga tipe RNA yang terlibat dalam proses sintesis protein:
RNA-kurir (bahasa Inggris: messenger-RNA, mRNA),
RNA-ribosom (bahasa Inggris: ribosomal-RNA, rRNA),
RNA-transfer (bahasa Inggris: transfer-RNA, tRNA).
Struktur mRNA dikatakan sebagai struktur primer, sedangkan struktur tRNA dan
rRNA dikatakan sebagai struktur sekunder. Perbedaan di antara ketiga struktur molekul
RNA tersebut berkaitan dengan perbedaan fungsinya masing-masing
Pada akhir abad ke-20 dan awal abad ke-21 diketahui bahwa RNA hadir dalam
berbagai macam bentuk dan terlibat dalam proses pascatranslasi. Dalam pengaturan
ekspresi genetik orang sekarang mengenal RNA-mikro (miRNA) yang terlibat dalam
"peredaman gen" atau gene silencing dan small-interfering RNA (siRNA) yang terlibat
dalam proses pertahanan terhadap serangan virus

b). Fungsi RNA


Pada sekelompok virus (misalnya bakteriofag), RNA merupakan bahan genetik. Ia
berfungsi sebagai penyimpan informasi genetik, sebagaimana DNA pada organisme hidup
lain. Ketika virus ini menyerang sel hidup, RNA yang dibawanya masuk ke sitoplasma sel
korban, yang kemudian ditranslasi oleh sel inang untuk menghasilkan virus-virus baru.
Namun demikian, peran penting RNA terletak pada fungsinya sebagai perantara
antara DNA dan protein dalam proses ekspresi genetik karena ini berlaku untuk semua
organisme hidup. Dalam peran ini, RNA diproduksi sebagai salinan kode urutan basa
nitrogen DNA dalam proses transkripsi. Kode urutan basa ini tersusun dalam bentuk
'triplet', tiga urutan basa N, yang dikenal dengan nama kodon. Setiap kodon berelasi
dengan satu asam amino (atau kode untuk berhenti), monomer yang menyusun protein.
Lihat ekspresi genetik untuk keterangan lebih lanjut.
Penelitian mutakhir atas fungsi RNA menunjukkan bukti yang mendukung atas
teori 'dunia RNA', yang menyatakan bahwa pada awal proses evolusi, RNA merupakan
bahan genetik universal sebelum organisme hidup memakai DNA.
Tidak seperti DNA, molekul RNA pada umumnya berupa untai tunggal sehingga
tidak memiliki struktur tangga berpilin. Namun, modifikasi struktur juga terjadi akibat
terbentuknya ikatan hidrogen di dalam untai tunggal itu sendiri (intramolekuler).
Dengan adanya modifikasi struktur molekul RNA, kita mengenal tiga macam RNA,
yaitu RNA duta atau messenger RNA (mRNA), RNA pemindah atau transfer RNA (tRNA),
dan RNA ribosomal (rRNA). Struktur mRNA dikatakan sebagai struktur primer,
sedangkan struktur tRNA dan rRNA dikatakan sebagai struktur sekunder. Perbedaan di
antara ketiga struktur molekul RNA tersebut berkaitan dengan perbedaan fungsinya
masing-masing.

C. Nukleosida dan nukleotida


Penomoran posisi atom C pada cincin gula dilakukan menggunakan tanda aksen
(1, 2, dan seterusnya), sekedar untuk membedakannya dengan penomoran posisi pada
cincin basa. Posisi 1 pada gula akan berikatan dengan posisi 9 (N-9) pada basa purin atau
posisi 1 (N-1) pada basa pirimidin melalui ikatan glikosidik atau glikosilik . Kompleks
gula-basa ini dinamakan nukleosida.
Di atas telah disinggung bahwa asam nukleat tersusun dari monomer-monomer
berupa nukleotida, yang masing-masing terdiri atas sebuah gugus fosfat, sebuah gula
pentosa, dan sebuah basa N. Dengan demikian, setiap nukleotida pada asam nukleat dapat
dilihat sebagai nukleosida monofosfat. Namun, pengertian nukleotida secara umum
sebenarnya adalah nukleosida dengan sebuah atau lebih gugus fosfat. Sebagai contoh,
molekul ATP (adenosin trifosfat) adalah nukleotida yang merupakan nukleosida dengan
tiga gugus fosfat.
Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA, maka nukleosidanya
dapat berupa adenosin, guanosin, sitidin, dan uridin. Begitu pula, nukleotidanya akan ada
empat macam, yaitu adenosin monofosfat, guanosin monofosfat, sitidin monofosfat, dan
uridin monofosfat. Sementara itu, jika gula pentosanya adalah deoksiribosa seperti halnya
pada DNA, maka (2-deoksiribo) nukleosidanya terdiri atas deoksiadenosin,
deoksiguanosin, deoksisitidin, dan deoksitimidin.

D. Ikatan fosfodiester
Selain ikatan glikosidik yang menghubungkan gula pentosa dengan basa N, pada
asam nukleat terdapat pula ikatan kovalen melalui gugus fosfat yang menghubungkan
antara gugus hidroksil (OH) pada posisi 5 gula pentosa dan gugus hidroksil pada posisi 3
gula pentosa nukleotida berikutnya. Ikatan ini dinamakan ikatan fosfodiester karena
secara kimia gugus fosfat berada dalam bentuk diester.
Oleh karena ikatan fosfodiester menghubungkan gula pada suatu nukleotida
dengan gula pada nukleotida berikutnya, maka ikatan ini sekaligus menghubungkan
kedua nukleotida yang berurutan tersebut. Dengan demikian, akan terbentuk suatu rantai
polinukleotida yang masing-masing nukleotidanya satu sama lain dihubungkan oleh ikatan
fosfodiester.
Kecuali yang berbentuk sirkuler, seperti halnya pada kromosom dan plasmid
bakteri, rantai polinukleotida memiliki dua ujung. Salah satu ujungnya berupa gugus
fosfat yang terikat pada posisi 5 gula pentosa. Oleh karena itu, ujung ini dinamakan ujung
P atau ujung 5. Ujung yang lainnya berupa gugus hidroksil yang terikat pada posisi 3
gula pentosa sehingga ujung ini dinamakan ujung OH atau ujung 3. Adanya ujung-ujung
tersebut menjadikan rantai polinukleotida linier mempunyai arah tertentu.
Pada pH netral adanya gugus fosfat akan menyebabkan asam nukleat bermuatan
negatif. Inilah alasan pemberian nama asam kepada molekul polinukleotida meskipun di
dalamnya juga terdapat banyak basa N. Kenyataannya, asam nukleat memang merupakan
anion asam kuat atau merupakan polimer yang sangat bermuatan negatif.
E. Sekuens asam nukleat
Telah dikatakan di atas bahwa urutan basa N akan menentukan spesifisitas suatu
molekul asam nukleat sehingga biasanya kita menggambarkan suatu molekul asam
nukleat cukup dengan menuliskan urutan basa (sekuens)-nya saja. Selanjutnya, dalam
penulisan sekuens asam nukleat ada kebiasaan untuk menempatkan ujung 5 di sebelah
kiri atau ujung 3 di sebelah kanan. Sebagai contoh, suatu sekuens DNA dapat dituliskan
5-ATGACCTGAAAC-3 atau suatu sekuens RNA dituliskan 5-GGUCUGAAUG-3.
Jadi, spesifisitas suatu asam nukleat selain ditentukan oleh sekuens basanya, juga
harus dilihat dari arah pembacaannya. Dua asam nukleat yang memiliki sekuens sama
tidak berarti keduanya sama jika pembacaan sekuens tersebut dilakukan dari arah yang
berlawanan (yang satu 5 3, sedangkan yang lain 3 5).

F. Sifat-sifat Fisika-Kimia Asam Nukleat


Di bawah ini akan dibicarakan sekilas beberapa sifat fisika-kimia asam nukleat.
Sifat-sifat tersebut adalah stabilitas asam nukleat, pengaruh asam, pengaruh alkali,
denaturasi kimia, viskositas, dan kerapatan apung.
1. Stabilitas asam nukleat
Ketika kita melihat struktur tangga berpilin molekul DNA atau pun struktur
sekunder RNA, sepintas akan nampak bahwa struktur tersebut menjadi stabil akibat
adanya ikatan hidrogen di antara basa-basa yang berpasangan. Padahal, sebenarnya
tidaklah demikian. Ikatan hidrogen di antara pasangan-pasangan basa hanya akan sama
kuatnya dengan ikatan hidrogen antara basa dan molekul air apabila DNA berada dalam
bentuk rantai tunggal. Jadi, ikatan hidrogen jelas tidak berpengaruh terhadap stabilitas
struktur asam nukleat, tetapi sekedar menentukan spesifitas perpasangan basa.
Penentu stabilitas struktur asam nukleat terletak pada interaksi penempatan
(stacking interactions) antara pasangan-pasangan basa. Permukaan basa yang bersifat
hidrofobik menyebabkan molekul-molekul air dikeluarkan dari sela-sela perpasangan basa
sehingga perpasangan tersebut menjadi kuat.
2. Pengaruh asam
Di dalam asam pekat dan suhu tinggi, misalnya HClO 4 dengan suhu lebih dari
100C, asam nukleat akan mengalami hidrolisis sempurna menjadi komponen-
komponennya. Namun, di dalam asam mineral yang lebih encer, hanya ikatan glikosidik
antara gula dan basa purin saja yang putus sehingga asam nukleat dikatakan bersifat
apurinik.
3. Pengaruh alkali
Pengaruh alkali terhadap asam nukleat mengakibatkan terjadinya perubahan
status tautomerik basa. Sebagai contoh, peningkatan pH akan menyebabkan perubahan
struktur guanin dari bentuk keto menjadi bentuk enolat karena molekul tersebut
kehilangan sebuah proton. Selanjutnya, perubahan ini akan menyebabkan terputusnya
sejumlah ikatan hidrogen sehingga pada akhirnya rantai ganda DNA mengalami
denaturasi. Hal yang sama terjadi pula pada RNA. Bahkan pada pH netral sekalipun,
RNA jauh lebih rentan terhadap hidrolisis bila dibadingkan dengan DNA karena adanya
gugus OH pada atom C nomor 2 di dalam gula ribosanya.
4. Denaturasi kimia
Sejumlah bahan kimia diketahui dapat menyebabkan denaturasi asam nukleat
pada pH netral. Contoh yang paling dikenal adalah urea (CO(NH 2)2) dan formamid
(COHNH2). Pada konsentrasi yang relatif tinggi, senyawa-senyawa tersebut dapat merusak
ikatan hidrogen. Artinya, stabilitas struktur sekunder asam nukleat menjadi berkurang
dan rantai ganda mengalami denaturasi.
5. Viskositas
DNA kromosom dikatakan mempunyai nisbah aksial yang sangat tinggi karena
diameternya hanya sekitar 2 nm, tetapi panjangnya dapat mencapai beberapa sentimeter.
Dengan demikian, DNA tersebut berbentuk tipis memanjang. Selain itu, DNA merupakan
molekul yang relatif kaku sehingga larutan DNA akan mempunyai viskositas yang tinggi.
Karena sifatnya itulah molekul DNA menjadi sangat rentan terhadap fragmentasi fisik.
Hal ini menimbulkan masalah tersendiri ketika kita hendak melakukan isolasi DNA yang
utuh.
6. Kerapatan apung
Analisis dan pemurnian DNA dapat dilakukan sesuai dengan kerapatan apung
(bouyant density)-nya. Di dalam larutan yang mengandung garam pekat dengan berat
molekul tinggi, misalnya sesium klorid (CsCl) 8M, DNA mempunyai kerapatan yang sama
dengan larutan tersebut, yakni sekitar 1,7 g/cm 3. Jika larutan ini disentrifugasi dengan
kecepatan yang sangat tinggi, maka garam CsCl yang pekat akan bermigrasi ke dasar
tabung dengan membentuk gradien kerapatan. Begitu juga, sampel DNA akan bermigrasi
menuju posisi gradien yang sesuai dengan kerapatannya. Teknik ini dikenal sebagai
sentrifugasi seimbang dalam tingkat kerapatan (equilibrium density gradient centrifugation)
atau sentrifugasi isopiknik.
Oleh karena dengan teknik sentrifugasi tersebut pelet RNA akan berada di
dasar tabung dan protein akan mengapung, maka DNA dapat dimurnikan baik dari RNA
maupun dari protein. Selain itu, teknik tersebut juga berguna untuk keperluan analisis
DNA karena kerapatan apung DNA () merupakan fungsi linier bagi kandungan GC-nya.
Dalam hal ini, = 1,66 + 0,098% (G + C).
G. Sifat-sifat Spektroskopik-Termal Asam Nukleat
Sifat spektroskopik-termal asam nukleat meliputi kemampuan absorpsi sinar UV,
hipokromisitas, penghitungan konsentrasi asam nukleat, penentuan kemurnian DNA, serta
denaturasi termal dan renaturasi asam nukleat. Masing-masing akan dibicarakan sekilas
berikut ini.
1. Absorpsi UV
Asam nukleat dapat mengabsorpsi sinar UV karena adanya basa nitrogen yang
bersifat aromatik; fosfat dan gula tidak memberikan kontribusi dalam absorpsi UV.
Panjang gelombang untuk absorpsi maksimum baik oleh DNA maupun RNA adalah 260
nm atau dikatakan maks = 260 nm. Nilai ini jelas sangat berbeda dengan nilai untuk protein
yang mempunyai maks = 280 nm. Sifat-sifat absorpsi asam nukleat dapat digunakan untuk
deteksi, kuantifikasi, dan perkiraan kemurniannya.
2. Hipokromisitas
Meskipun maks untuk DNA dan RNA konstan, ternyata ada perbedaan nilai yang
bergantung kepada lingkungan di sekitar basa berada. Dalam hal ini, absorbansi pada
260 nm (A260) memperlihatkan variasi di antara basa-basa pada kondisi yang berbeda.
Nilai tertinggi terlihat pada nukleotida yang diisolasi, nilai sedang diperoleh pada molekul
DNA rantai tunggal (ssDNA) atau RNA, dan nilai terendah dijumpai pada DNA rantai
ganda (dsDNA). Efek ini disebabkan oleh pengikatan basa di dalam lingkungan
hidrofobik. Istilah klasik untuk menyatakan perbedaan nilai absorbansi tersebut adalah
hipokromisitas. Molekul dsDNA dikatakan relatif hipokromik (kurang berwarna) bila
dibandingkan dengan ssDNA. Sebaliknya, ssDNA dikatakan hiperkromik terhadap
dsDNA.
3. Penghitungan konsentrasi asam nukleat
Konsentrasi DNA dihitung atas dasar nilai A260-nya. Molekul dsDNA dengan
konsentrasi 1mg/ml mempunyai A260 sebesar 20, sedangkan konsentrasi yang sama untuk
molekul ssDNA atau RNA mempunyai A260 lebih kurang sebesar 25. Nilai A260 untuk ssDNA
dan RNA hanya merupakan perkiraan karena kandungan basa purin dan pirimidin pada
kedua molekul tersebut tidak selalu sama, dan nilai A260 purin tidak sama dengan nilai A260
pirimidin. Pada dsDNA, yang selalu mempunyai kandungan purin dan pirimidin sama,
nilai A260 -nya sudah pasti.
4. Kemurnian asam nukleat
Tingkat kemurnian asam nukleat dapat diestimasi melalui penentuan nisbah A260
terhadap A280. Molekul dsDNA murni mempunyai nisbah A260 /A280 sebesar 1,8. Sementara
itu, RNA murni mempunyai nisbah A260 /A280 sekitar 2,0. Protein, dengan maks = 280 nm,
tentu saja mempunyai nisbah A260 /A280 kurang dari 1,0. Oleh karena itu, suatu sampel DNA
yang memperlihatkan nilai A260 /A280 lebih dari 1,8 dikatakan terkontaminasi oleh RNA.
Sebaliknya, suatu sampel DNA yang memperlihatkan nilai A260 /A280 kurang dari 1,8
dikatakan terkontaminasi oleh protein.
5. Denaturasi termal dan renaturasi
Di atas telah disinggung bahwa beberapa senyawa kimia tertentu dapat
menyebabkan terjadinya denaturasi asam nukleat. Ternyata, panas juga dapat
menyebabkan denaturasi asam nukleat. Proses denaturasi ini dapat diikuti melalui
pengamatan nilai absorbansi yang meningkat karena molekul rantai ganda (pada dsDNA
dan sebagian daerah pada RNA) akan berubah menjadi molekul rantai tunggal.
Denaturasi termal pada DNA dan RNA ternyata sangat berbeda. Pada RNA
denaturasi berlangsung perlahan dan bersifat acak karena bagian rantai ganda yang
pendek akan terdenaturasi lebih dahulu daripada bagian rantai ganda yang panjang.
Tidaklah demikian halnya pada DNA. Denaturasi terjadi sangat cepat dan bersifat
koperatif karena denaturasi pada kedua ujung molekul dan pada daerah kaya AT akan
mendestabilisasi daerah-daerah di sekitarnya.
Suhu ketika molekul asam nukleat mulai mengalami denaturasi dinamakan titik
leleh atau melting temperature (Tm). Nilai Tm merupakan fungsi kandungan GC sampel
DNA, dan berkisar dari 80 C hingga 100C untuk molekul-molekul DNA yang panjang.
DNA yang mengalami denaturasi termal dapat dipulihkan (direnaturasi) dengan
cara didinginkan. Laju pendinginan berpengaruh terhadap hasil renaturasi yang
diperoleh. Pendinginan yang berlangsung cepat hanya memungkinkan renaturasi pada
beberapa bagian/daerah tertentu. Sebaliknya, pendinginan yang dilakukan perlahan-lahan
dapat mengembalikan seluruh molekul DNA ke bentuk rantai ganda seperti semula.
Renaturasi yang terjadi antara daerah komplementer dari dua rantai asam nukleat yang
berbeda dinamakan hibridisasi.
6. Superkoiling DNA
Banyak molekul dsDNA berada dalam bentuk sirkuler tertutup atau closed-
circular (CC), misalnya DNA plasmid dan kromosom bakteri serta DNA berbagai virus.
Artinya, kedua rantai membentuk lingkaran dan satu sama lain dihubungkan sesuai
dengan banyaknya putaran heliks (Lk) di dalam molekul DNA tersebut.
Sejumlah sifat muncul dari kondisi sirkuler DNA. Cara yang baik untuk
membayangkannya adalah menganggap struktur tangga berpilin DNA seperti gelang karet
dengan suatu garis yang ditarik di sepanjang gelang tersebut. Jika kita membayangkan
suatu pilinan pada gelang, maka deformasi yang terbentuk akan terkunci ke dalam sistem
pilinan tersebut. Deformasi inilah yang disebut sebagai superkoiling.
7. Interkalator
Geometri suatu molekul yang mengalami superkoiling dapat berubah akibat
beberapa faktor yang mempengaruhi pilinan internalnya. Sebagai contoh, peningkatan
suhu dapat menurunkan jumlah pilinan, atau sebaliknya, peningkatan kekuatan ionik
dapat menambah jumlah pilinan. Salah satu faktor yang penting adalah keberadaan
interkalator seperti etidium bromid (EtBr). Molekul ini merupakan senyawa aromatik
polisiklik bermuatan positif yang menyisip di antara pasangan-pasangan basa. Dengan
adanya EtBr molekul DNA dapat divisualisasikan menggunakan paparan sinar UV.
BAB II
PENUTUP
A . KESIMPULAN
Asam nukleat ( nucleic acid) adalah makromolekul biokimia yang kompleks,
berbobot molekul tinggi, dan tersusun atas rantai nukleotida yang mengandung informasi
genetik yang terdiri dari DNA dan RNA yang mengandung komonem-komponem yang
mempunyai fungsi yang berbeda-beda dan merupakan unsur utama penyususun mahluk
hidup.

B. SARAN
Asaam nukleat merupakan unsure penting dalam tubuh mahluk hiidiup, oleh
karena itu hal ini perlu kita ketahui dan pahami, sehingga kita mampu mengatasi hal-hal
yang dapat mehgontroll keberadaan asam nukleat dalam tubuh, jadi akan lebih bauk jika
kita mempelajari dan memahaminya.
DAFTAR PUSTAKA

Harry. 2008. Sedikit Tentang Asam Nukleat. (On-Line). http://Harry-


Neurologist.Blog.Friendster.Com/ . [7 Juli 2009]
Pustekom. 2005. Dari Berbagai Tingkat Organisasi Kehidupan. (On-Line) http://www.e-
dukasi.net/mol/mo_full.php?moid=75&fname=molekul.htm. .[7 Juli 2009]
Timothy Paustian. 2001. Nucleic Acid. (On-Line).
http://lecturer.ukdw.ac.id/dhira/BacterialStructure/NucleicAcids.html. [8 Juli 2009]

Wahidin. 2008. Asam nukleat. (On-Line)


http://makalahkumakalahmu.wordpress.com/2008/11/07/asam-nukleat/. [7 Juli 2009]

_____. ___. Asam Nukleat. (On-Line).http://biomol.wordpress.com/bahan-ajar/asam-


nukleat/. [8 Juli 2009].
____. ____. Nukleotida. (On-Line). http://www.wyethindonesia.com/Nukleotida.html. [7
Juli 2009]
_____. 2007. Asam Ribonukleat. (On-Line). http://id.wikipedia.org/wiki/Asam_ribonukleat.
[8 Juli 2009]

_____. 2007. Asam Nukleat. (On-Line). http://id.wikipedia.org/wiki/Asam_nukleat. [8 Juli


2009]

_____. 2007. Nukleosida. (On-Line). http://id.wikipedia.org/wiki/Asam_ribonukleat. [8


Juli2009].

_______. 2007. Nukleotida. (On-Line). http://id.wikipedia.org/wiki/Asam_ribonukleat. [8


Juli 2009]