BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar belakang

Mikroorganisme merupakan semua makhluk yang berukuran beberapa
mikron atau lebih kecil lagi. Yang termasuk golongan ini adalah bakteri,
cendawan atau jamur tingkat rendah, ragi yang menurut sistematik masuk
golongan jamur, ganggang, hewan bersel satu atau protozoa, dan virus yang hanya
nampak dengan mikroskop elektron. Mikroorganisme umumnya terdapat di mana-
mana, seperti di dalam tanah, di lingkungan akuatik, berkisar dari aliran air
sampai lautan, dan atmosfer. Mikroorganisme sangat erat kaitannya dengan alam
dan kehidupan manusia, beberapa diantaranya bermanfaat dan yang lain
merugikan.
Mikroorganisme adalah organisme hidup yang sangat kecil, yang tidak
dapat dilihat tanpa menggunakan mikroskop. Mikroorganisme dapat merasakan
dan beradaptasi dengan perubahan dalam lingkungan mereka. Ketika nutrisi yang
dibutuhkan tersebut mulai habis, beberapa mikroorganisme tersebut dapat menjadi
motil untuk mencari nutrisi, atau mereka dapat menghasilkan enzim untuk
mengeksploitasi sumber daya alternatif. Bahkan untuk beberapa mikroorganisme,
dapat bertahan dengan kondisi lingkungan yang ekstrim dengan cara adaptasi
yang berbeda-beda pada setiap mikroorganisme. Interaksi antara mikroorganisme,
baik dari penyebarannya dan kemampuan beradaptasinya dengan lingkungan yang
ekstrim disebut mikrobiologi lingkungan ekstrim.
1.2 Rumusan masalah
Berdasarkan latar belakang diatas, maka yang menjadi rumusan masalah
adalah :
1. Apa yang dimaksud dengan Mikroorganisme Lingkungan Ekstrim ?
2. Apasaja jenis-jenis Mikroorganisme pada Lingkungan Ekstrim ?
3. Bagaimana pertahanan Mikroorganisme pada Lingkungan Ekstrim ?
4. Apasaja peran Mikroorganisme pada Lingkungan Ekstrim ?

1.3 Tujuan
Dari rumusan masalah tersebut, maka tujuan dari pembuatan makalah ini
adalah :
1. Untuk mengetahui pengertian dari Mikroorganisme Lingkungan Ekstrim.
2. Untuk mengetahui jenis-jenis Mikroorganisme pada Lingkungan Ekstrim.
3. Untuk mengetahui pertahanan Mikroorganisme pada Lingkungan Ekstrim.
4. Untuk mengetahui peran Mikroorganisme pada Lingkungan Ekstrim.
 BAB II
PEMBAHASAN

2.1 Mikroorganisme lingkungan ekstrim

Mikrobiologi lingkungan ekstrim merupakan interaksi antara
mikroorganisme, baik dari penyebarannya dan kemampuan beradaptasinya
dengan lingkungan yang ekstrim. Kemampuan mikroorganisme dalam beradaptasi
dalam lingkungan ekstrim tersebut sangat bervariasi dan faktor-faktor yang
mempengaruhi dari lingkungan tersebut adalah temperatur (tinggi mendekati titik
didih air dan rendah mendekati titik beku air), pH (Sangat asam dan sangat
basa), konsentrasi garam, nilai ketersediaan air, tekanan, konsentrasi nutrient, dan
kadar senyawa toksik. Lingkungan dengan temperatur yang ekstrim antara lain
adalah hot springs, salt lake, dan desert soil. Mikroorganisme yang dapat hidup
pada lingkungan ekstrim disebut dengan mikroorganisme termofilik. Kelompok
mikroorganisme tersebut adalah algae, fungi, protozoa, cyanobacteria,
eubacteria, dan archaebacteria.
Tabel 1. Karakteristik Pertumbuhan Mikroorganisme pada Lingkungan Ekstrim

Perbandingan Kondisi Lingkungan Contoh Mikroorganisme

Temperature 110-1150C, palung laut Methanopyrus kandleri
yang dalam Pyrodictium abyssi
850C, mata air panas Thermus
Sulfolobus
750C, air panas bersulfur Thermothrix thiopara
Tekanan osmotik 13-15% NaCl Chlamydomonas
25% NaCl Halobacterium
Halococcus
pH Asam pH 3.0 atau lebih rendah Saccharomyces
Thiobacillus
pH Basa pH 10.0 atas Bacillus
Rendahnya Aw = 0.6-0.65 Torulopsis
ketersediaan air
Candida
0
Temperature dan pH 85 C, pH 1.0 Cyanidium
rendah
Sulfolobus acidocaldarum
 Tekanan 500-1,035 atm Colwellia hadaliensis
(Presscot, 1993)

2.2 Jenis-jenis Mikroorganisme pada Lingkungan Ekstrim

Pada mikroorganisme, ada beberapa jenis mikroba yang dapat bertahan
hidup pada situasi atau lingkungan yang ekstrim, yaitu termofilik, barofilik,
xerofilik, dan halofilik.

1. Mikroorganisme Termofilik
Mikroorganisme termofilik adalah organisme, terutama mikroorganisme y
ang mampu beradaptasi tumbuh optimal pada suhu tinggi. Mikroorganisme
termofil telah berhasil diisolasidari habitat terestrial maupun perairan dengan suhu
tinggi misalnya daerah gunung berapi dansumber air panas.
Berdasarkan temperatur optimum pertumbuhannya, maka termofilik dapat
dijadikan dalam 3 kategori yaitu (Kathleen, 2008):
a. Moderate thermophiles dengan temperatur pertumbuhan optimum berkisar
antara 35-70C
b. Extreme thermophiles,temperatur pertumbuhan optimum berkisar 55-85C
c. Hyperthermophiles, temperatur pertumbuhan optimum berkisar 75-113C

Sedangkan pengelompokan termofil menurut Prescott (2008) adalah:

a. Obligate thermophiles, temperatur pertumbuhan optimum 65-75C, dan tidak
mampu tumbuh dibawah 40C
b. Facultative thermophiles, dapat tumbuh optimal pada temperature 50-60C,dan
mampu tumbuh pada 37C
c. Thermotolerant thermophiles, pertumbuhan maksimum pada temperatur 45-
50C, mampu tumbuh pada 30C

Studi ekologis menunjukkan berbagai spesies mikroorganisme yang

terdapat dalam lingkungan termofil adalah: Extreme thermophiles pada umumnya
termasuk Bacillus, Clostridium, Thermoanaerobacter, Thermus, Thermotoga, dan
Aquifex. Hyper thermophiles termasuk dalam domain Archaea, kingdom
Crenarchacota (Sulfolobus, Pyrodictium, Pyrolobus.), dan kingdom
Euryarchaeaota (Thermococcus, Pyrococcus), Methanogenes (Methanococcus,
Methanobacterium), pereduksi sulfat dan halophiles.
Salah satu karakter paling menarik dari termofil adalah kemampuannya
dalam memproduksi enzim yang mampu mengkatalis reaksi pada suhu lebih
tinggi dibandingkan organisme mesofilik. Properti stabilitas suhu yang lebih
tinggi dan toleransi terhadap bahan kimiawi penyebab denaturasi seperti pelarut
organik. Kenaikan temperatur dalam proses bioteknologi mempengaruhi
ketersediaan dan solubitas senyawa organik seperti poliaromatik, hidrokarbon
alifatik, dan substansi polimer. Kenaikan temperatur juga berhubungan dengan
penurunan viskositas dan kenaikan koefisien difusi senyawa organik. Hal ini
berakibat kecepatan reaksi akan lebih tinggi. Enzim termofil memiliki tingkat
kontaminasi yang rendah, kecepatan reaksi lebih baik, dan stabil pada temperatur
tinggi. Proses-proses biologis ketika dioperasikan dengan suhu diatas 60C akan
mengurangi resiko kontaminan oleh organisme lain. Mikroba termofil mampu
menghasilkan enzim termofil sehingga reaksi enzimatis dapat berjalan lebih cepat,
mempercepat difusi, daya larut bahan semakin besar, memperkecil viskositas dan
tegangan permukaan media. Kebanyakan mikroba mengalami penurunan
efektivitas kerja setelah fermentasinya menghasilkan panas, tapi hal ini tidak
terjadi pada mikroba termofil.
Kemampuan mikroba termofilik untuk tumbuh pada temperatur tinggi,
disebabkan oleh berbagai faktor, ialah sebagai berikut :
1) Memiliki kemampuan mensintesa makromolekul yang stabil terhadap panas.
Perbedaan intrinsik struktur makromolekul dan kofaktor stabilisasi termal.
Perbedaan struktural pada molekul protein, asam nukleat, lipid, dan enzim.
Enzim bakteri termofil ikatannya mempunyai tingkatan asam amino hidrofobik
yang lebih tinggi daripada mikroba mesofilik dan memiliki ion Mg2+ dengan
stabilitas tinggi sehingga struktur ikatannya lebih erat dan lebih refraktif
terhadap panas, tetap aktif, dan tidak alami denaturasi sampai temperatur lebih
dari 60C. juga kemampuan mensintesa ribosom yang lebih stabil terhadap
panas. Hal ini karena titik cair RNA-nya cukup tinggi, serta keteraturan dari
pembungkusnya. Pembungkusnya terdiri atas komposisi dasar G-C dengan
 jumlah yang lebih banyak dan A-U lebih sedikit. DNA termofil juga
mempunyai reverse DNA gyrase yang mampu memproduksi superkoil positif.
Perbedaan kenaikan melting point pada DNA mempengaruhi stabilitas pada
temperatur tinggi.
2) Kemampuan termostabilitas pada membran sel, karena banyak mengandung
lemak jenuh sehingga mikroba tahan terhadap temperatur tinggi. Termofil
memproduksi protein yang dinamakan chaperonin yang membantu menyusun
kembali bentuk awalnya seteleh denaturasi. Komposisi membran sel termofil
asam lemak jenuh yang menyediakan linngkungan hidrofob bagi sel. Archaea
yang mayoritas hipertermofil mempunyai ikatan ether pada lipid di dinding sel.
3) Mensintesa senyawa poliamin unik, seperti thermion dan thermospermin yang
menstabilkan perangkat sintesa protein dan melindungi makromolekul terhadap
temperatur tinggi. Termofil memproduksi protein dinamakan chaperonin yang
membantu menyusun kembali bentuk awalnya seteleh denaturasi.
4) Perubahan komposisi asam amino pada protein menyebabkan peningkatan
interaksi elektrostatik, pembentukan ikatan hidrogen dan disulfida, peningkatan
interaksi hidrofobik atau kekompakan struktur. Residunya lebih sedikit dan
hampir tidak ditemukan pada enzim termofil. Inaktivasi sering disebabkan
oleh oksidasi grup SH, kandungan sistein yang lebih sedikit dapat memproteksi
proses inaktivasi. Lokalisasi residu sistein juga menentukan stabilitas protein.
Contoh enzim alkohol dehidrogenase pada Bacillus stearothermophilus
mempunyai residu sistein yang sama dengan mesofilik tetapi grup SH terletak
di dalam globula protein sehingga lebih tahan terhadap suhu tinggi.
5) Substitusi asam amino juga dapat menyebabkan kenaikan hidrofobisitas
internal sehingga lebih tahan suhu tinggi. Substitusi dalam enzim termofillik
seperti Lys menjadi Arg, Ser menjadi Ala, dan Ser menjadi Thr.
Suhu lingkungan sangat mempengaruhi mikroorganisme, seperti halnya
untuk semua organisme yang lain. Mikroorganisme biasanya rentan karena suhu
mereka bervariasi pada lingkungan eksternal. Faktor paling penting yang
mempengaruhi adalah pengaruh suhu pada pertumbuhan, dimana sensitivitas
temperatur pada reaksi enzim-katalis. Setiap enzim memiliki suhu dalam fungsi
optimal. Pada beberapa suhu di bawah optimal, menjadikan proses katalik
berhenti. Kenaikan suhu dari suhu rendah, tingkat kenaikan katalisis yang teramati
sama untuk suhu yang optimal. Kecepatan reaksi kira-kira akan berlipat ganda
untuk setiap kenaikan 10 C suhu.
Sel-sel mikroba tidak dapat mengontrol suhu mereka dan karena itu
menganggap suhu lingkungan sebagai habitat alami mereka. Kelangsungan hidup
mikroba tergantung pada kemampuan beradaptasi pada berbagai variasi suhu yang
ditemui di habitanya. Suhu kisaran untuk pertumbuhan mikroba dapat dinyatakan
sebagai tiga suhu kardinal. Suhu minimum adalah suhu terendah yang
memungkinkan metabolisme mikroba dan di bawah suhu tersebut aktivitasnya
terhambat. Suhu maksimum adalah suhu tertinggi dimana pertumbuhan dan
metabolisme dapat dilanjutkan. Jika suhu naik atas maksimum, pertumbuhan akan
berhenti, tapi jika terus naik melampaui titik itu, enzim dan asam nukleat akhirnya
akan menjadi permanen tidak aktif atau dikenal sebagai denaturasi, dan sel akan
mati. Berdasarkan hal tersebut diketahui mengapa panas bekerja dengan baik
sebagai agen untuk mengendalikan mikroba. Suhu optimum mencakup rentang
kecil, menengah antara minimum dan maksimum, yang menunjukkan tingkat
tercepat pertumbuhan dan metabolism.
Pada sebagian besar mikroorganisme pertumbuhan mencapai optimal pada
suhu sekitar 20-45 C yang disebut mesofilik. Lain halnya untuk termofilik yang
telah menyesuaikan tidak hanya kemampuannya untuk bertahan, tetapi
berkembang pada temperatur yang lebih tinggi. Termofilik akan mampu tumbuh
dalam rentangan suhu sekitar 40-80 C, dengan pertumbuhan optimal pada
kisaran suhu 50-65 C. Termofilik ekstrim memiliki suhu optimal lebih dari
termofil, dan dapat bertoleransi pada suhu lebih dari 100 C. Pada tahun 2003,
anggota dari kelompok bakteri primitif yang disebut Archaea, diketahui dapat
tumbuh pada suhu 121 C, hal tersebut merupakan sebuah rekor dunia baru.
Psichrofil menempati rentangan suhu ekstrim yang lain, mereka dapat tumbuh
pada suhu 0 C, dengan pertumbuhan optimal yang terjadi pada suhu 15 C atau
dibawahnya. Organisme tersebut tidak dapat tumbuh pada suhu di atas 25 C atau
lebih.
 Bakteri termofilik dikelompokkan ke dalam beberapa genus yang
merupakan bekteri aerob dan yang lainnya merupakan bakteri anaerob. Beberapa
kelompok yang termasuk ke dalam bakteri termofilik diantaranya (Perry, J.J.,
dkk., 2005: 510) yaitu :
a) Aquificae (Aquifx, Hidrogenobakter, dan Desulfobakterium)
Aquificae, bakteri yang termasuk di dalamnya kebanyakan merupakan
bakteri termofilik moderat. Suhu maksimum untuk beberapa spesies mendekati
95C, yang dikelompokkan dalam hipertermofilik. Semua kultur yang telah
dibiakkan tidak tumbuh pada bahan organik, karena merupakan bakteri autotrof
obligat.
Aquificae merupakan genus yang paling banyak dipelajari, merupakan
bakteri hipertermofilik sejati yang dapat hidup pada suhu maksimum 95 C,
mengikat karbondioksida lewat siklus asam sitrat reduktif. Selain menggunakan
H2 sebagai sumber energi, bakteri ini juga dapat menggunakan tiosulfat dan sulfur,
yang kemudian dioksidasi menjadi asam sulfat, juga menggunakan nitrat sebagai
aseptor elektron dan menghasilkan nitrit dan gas N2.
Hidrogenobakter, mempunyai metabolisme yang serupa dengan Aquifex,
yaitu dengan siklus tricarboxylic acid (TCA) reduktif. Desulfobakterium, tumbuh
dengan cara kemoautotrof dengan mengoksidasi hidrogen sebagai sumber energi
dan mereduksi tiosulfat, S, atau sulfit menjadi H 2S, merupakan bakteri anaerob
obligat.

b) Thermodesulfo bakteria
Bakteri lonjong pereduksi sulfat, merupakan bakteri heterotrof,
menggunakan laktat dan piruvat sebagai sumber energi dan sulfat atau tiosulfat
sebagai aseptor elektron. Molekul H2S dibentuk dari metabolisme reduksi sulfat.
Asam-asam organik tidak sepenuhnya dioksidasi menjadi asam asetat dan CO2
Bakteri ini banyak terdapat pada sumber air panas dan ladang minyak.

c) Thermotogae (Thermotogae dan Thermosipho)

Merupakan organisme anaerob yang diisolasi dari lingkungan bersuhu
tinggi dasar laut. Thermotogae memfermentasi gula seperti glukosa menjadi
laktat, asetat, CO2 dan H2, Thermoshipo tumbuh pada media yang lebih kaya
seperti yeast ekstrak.

d) Nitrospirae
Kelompok bakteri ini mencakup berbagai jenis bakteri, kebanyakan
diantaranya mesofilik, satu-satunya genus yang merupakan termofilik adalah
Thermodesulfovibrio.

e) Thermodesulfovibrio
Thermodesulfovibrio, seperti namanya kelompok bakteri ini merupakan
bakteri pereduksi sulfat, yang menggunakan sumber karbon organik sebagai
sumber energi dan mereduksi sulfat, tiosulfat, dan sulfit, menjadi H2S. laktat dan
piruvat digunakan sebagai sumber energi. Suhu optimal untuk pertumbuhan
adalah 65C.

f) Defferibakter (Defferibakter dan Geovibrio)

Kelompok bakteri yang dikenali mempunyai respirasi aerob dengan
aseptor elektron ion logam atau nitrat. Genus termofilik moderat mempunyai suhu
optimal pertumbuhan 50-65C. Geovibrio, merupakan bakteri vibrioid anaerob
yang mempunyai metabolisme serupa dengan Defferibakter. Mengoksidasi asetat
dengan ion logam sebagai aseptor electron.

g) Thermomicrobium (Thermomicrobium)
Thermomicrobium merupakan bakteri aerob yang tumbuh pada suhu 74C.
Thermomicrobium tumbuh pada media komplek dengan konsentrasi nutrien.
Genus Diktioglomus merupakan bakteri anaerob, dengan sel berbentuk lonjong,
tumbuh pada sumber air panas dengan rentang suhu pertumbuhannya antara 50-
80C. Merupakan bakteri fermentatif yang menggunakan berbagai gula sebagai
sumber energi.
h) Deinococcus dan Thermus
Deinococci merupakan bakteri mesofilik, tidak termasuk dalam termofilik
karena suhu optimal pertumbuhannya 25-35C. Mempunyai permukaan berwarna
merah muda sampai merah yang merupakan karotenoid. Deinococci merupakan
bakteri yang resistan terhadap radiasi sinar gamma.
Thermus berbeda dengan Deinococci, merupakan bakteri non-motil aerob,
koloninya biasa berwarna merah muda, jingga, atau merah, yang merupakan
karotenoid. Thermus tersebar luas dan telah diisolasi dari semua kondisi
lingkungan panas dari seluruh dunia. Kondisi optimal untuk pertumbuhan Termus
adalah 70-75C.

Habitat Mikroorganisme Termofilik

Termofilik adalah mikroba yang tumbuh optimal pada suhu lebih tinggi
dari 45 C. Habitat bakteri termofilik adalah pada tempat-tempat yang mempunyai
kondisi lingkungan panas, dapat hidup dan berkembang biak pada lingkungan
yang ekstrem. Beberapa habitat ekstrem bagi bakteri termofilik diantaranya adalah
sumber air panas, kawah gunung berapi, dan di celah hidrotermal kedalaman air
laut. Celah tersebut merupakan rekahan permukaan bumi di bawah laut tempat
magma merembes dan memanaskan air. Bakteri termofilik pertama kali
ditemukan pada tahun 1960 oleh Thomas Brock di sumber air panas Yellow
Stone. Termofilik bervariasi dalam persyaratan panas, dengan kisaran umum
pertumbuhan 45-80 C. Pada sebagian besar eukariotik tidak dapat bertahan di
atas suhu 60 C, tetapi beberapa bakteri termofilik disebut hipertermofil, tumbuh
antara kisaran suhu 80 C dan 110 C (saat ini suhu dianggap membatasi enzim
dan struktur sel).
Pada mata air panas, karena air mendidih sehingga meluap dan tepi mata
air mengalir jauh dari sumbernya, secara bertahap mendingin, menyiapkan
gradien termal. Seiring gradien ini, berbagai mikroorganisme tumbuh, dengan
rentang suhu yang berbeda. Dengan mempelajari distribusi spesies di sepanjang
gradien termal tersebut dan dengan memeriksa sumber air panas dan habitat
termal lainnya di temperatur berbeda di seluruh dunia, memungkinkan untuk
menentukan batas suhu atas untuk setiap jenis organism.

2. Mikroorganisme Barofilik
 Mikroorganisme barofilik merupakan mikroorganisme yang hidup di
ligkungan dengan tekanan yang tinggi. Lingkungan yang memiliki tekanan
hidrostatik tinggi pada umumnya ditemukan di perairan dalam dan di pengeboran
sumur dalam. Pada lingkungan akuatik, tekanan nya akan meningkat +1 atm
untuk setiap kedalaman 10 meter.
Pembagian mikroorganisme barofilik bedasarkan tekanan adalah (Setter,
1996):
a) Tekanan 400-500 atm: Barofilik
b) Tekanan 1- < 400 atm: Eurybaric/Baroduric (Barotolerant)

Pada lingkungan laut dalam, biomassa yang dihasilkan rendah dan

keperluan O2 juga rendah yaitu sekitar 3-4 ml/lt (Kushner, 1993). Kebanyakan
mikroorganisme baroduric dicirikan oleh sifat-sifat psikrofiliknya. Pada habitat
nya tidak hanya terbatas pada laut dalam. Bakteri baroduric yang tumbuh pada
tekanan 850 atm dapat diisolasi dari tanah biasa. Contohnya adalah bakteri
Pseudomonas bathycetes yang mampu mentoleransi tekanan hingga 1000 atm.
Di lingkungan laut dalam terdapat korelasi antara tekanan dan temperatur
yaitu apabila tekanan meningkat, pertumbuhan kisaran pada temperatur cenderung
menghentikan keduanya atau pengaruh kenaikan temperatur cenderung
dihilangkan oleh kenaikan tekanan. Jadi dapat dilihat bahwa tekanan dan
temperatur masing-masing saling berkompetisi dalam pengaruhnya bagi mikroba.
Contohnya adalah bakteri Desulfovibrio yang dapat tumbuh pada suhu 104 oC di
bawah tekanan 100 atm.
Mikroba laut dalam mentoleransi tekanan tinggi pada kisaran temperatur
jauh lebih rendah daripada temperatur pertumbuhan minimum aslinya. Aktivitas
metabolisme dalam kisaran temperatur pertumbuhan asli suatu mikroba dihambat
pada tekanan tinggi, tetapi jika temperatur di bawah temperatur pertumbuhan
minimum nya, aktivitas tersebut akan dibebaskan dari penghambatan.

3. Mikroorganisme Xerofilik
 Mikroorgannisme xerofilik adalah kelompok mikroorganisme yang
menyukai lingkungan yang memiliki kondisi yang kering. Jenis-jenis mikroba
yang termasuk dalam mikroorganisme xerofilik adalah bakteri, yeast, fungi, alga
yang selain mikroba halofilik ekstrim. Laju pertumbuhan mikroba xerofilik
biasanya lebih lambat dan waktu germinasi spora lebih pendek daripada mikroba
non-xerofilik. Contohnya adalah Torulopsis halonitratophila yang diisolasi dari
fermentasi kecap merupakan yeast halofilik yang bersifat obligat pada suhu 30 oC
tetapi dia juga ditemukan halotolerant pada suhu 20o C.
Dalam lingkungan dengan konsentrasi larutan yang sangat tinggi (aw
rendah), kebanyakan mikroba non-xerotolerant kehilangan air dari sitoplasma
yang mengakibatkan kehancuran aktivitas sel nya. Pada mikroba halotolerant,
mereka mengakumulasi larutan spesifik dalam selnya agar menaikkan konsentrasi
garam di lingkungannya, dengan cara ini menjaga aw intraseluler sama dengan aw
ekstraseluler.
Menurut Ray (2001), pertumbuhan mikroba secara umum akan terhambat
pada Aw kurang dari 0.6 dan sebagian besar bakteri patogen kecuali S. aureus,
pertumbuhan akan terhambat pada Aw kurang dari 0.86.
Perlakuan Aw rendah menyebabkan sel mikroba menjadi 'sakit' (bersifat
reversible) atau mati. Jika Aw produk diturunkan, maka sel bakteri akan
melepaskan air bebasnya untuk mempertahankan kondisi kesetimbangan.
Kehilangan air menyebabkan kejutan osmotik dan plasmolisis sehingga
pertumbuhan sel terhambat dan sel menjadi 'sakit' atau mati. Tetapi, walaupun
kondisi Aw yang rendah dapat menghambat pertumbuhan bakteri, ternyata kondisi
didalam produk dan kemampuan bakteri untuk menyesuaikan diri terhadap
kondisi stress yang terjadi masih memungkinkan sel-sel bakteri tersebut bertahan
selama periode waktu tertentu.
Beberapa penjelasan mengenai dugaan mekanisme yang menyebabkan
peningkatan ketahanan Salmonella terhadap kondisi kering dapat didekati dari
beberapa dugaan berikut:
a. Beberapa mikroba mentranspor padatan terlarut ke dalam sel atau
memetabolisme padatan terlarut untuk mengatasi plasmolisis dan
 mempertahankan turgor sel. Menurut Ray (2001), mekanisme ini dimiliki
oleh mikroba yang bisa tumbuh pada Aw rendah seperti kapang xerofilik dan
kamir osmofilik.
b. Hiramatsu (2005) yang mensitasi dari beberapa sumber menyimpulkan bahwa
sukrosa dan trehalosa dapat menghambat kerusakan struktur protein termasuk
membran dengan cara menggantikan air membran bakteri, pada kondisi
kering. Peningkatan resistensi setelah pengeringan pada lingkungan yang
mengandung sukrosa diduga terkait dengan kemampuan bakteri untuk
mengakumulasi sukrosa dan/atau trehalosa.
c. Nilai Aw sel bakteri diduga memberikan efek peningkatan resistensi bakteri
kering terhadap panas. Kondisi Aw yang sangat rendah menyebabkan
pergerakan molekul air menjadi sangat terbatas dan menghambat terjadinya
denaturasi protein pada suhu tinggi (Hiramatsu, et al (2005) dari beberapa
sumber).

4. Mikroorganisme Halofilik
Mikroorganisme halofilik adalah mikroorganisme yang hidup di
lingkungan yang sangat asin. Semua mikroorganisme halofilik, kebanyakan dari
mereka adalah bakteri, sementara beberapanya merupakan eukariota primitif.
Eukariota adalah organisme yang lebih kompleks dengan inti dan organel yang
terikat membrane.
Halofilik dapat ditemukan terutama di domain Archaea, tetapi ada
beberapa di bakteri dan domain Eukarya. Domain Archaea mengandung sel
tunggal mikroorganisme prokariotik yang primitif. Ini berarti mereka semua
terdiri dari satu sel dan tidak memiliki inti atau organel membran-terikat dalam
sel. Domain bakteri mengandung organisme yang lebih baru dalam sejarah bumi
dan mereka bisa dalam berbagai bentuk dan prokariotik juga. Sedangkan domain
Eukarya mengandung organisme yang paling berkembang yang memiliki nukleus
dan organel yang terikat membran. Halofilik biasanya masuk kategori sedikit,
sedang, atau ekstrim berdasarkan jumlah garam yang dapat mereka tolerir di
lingkungan mereka.
 Lingkungan berkadar garam tinggi antara lain danau air asin (Great Salt,
Lakes,Utah), kolam penguapan di ladang pemanenan garam dari air laut, tanah
atau gurun berkadar garam tinggi, bahkan makanan yang diawetkan dengan
penggaraman, contohnya ikan asin, keju, ikan sarden, hering dan ikan cod. Kadar
garam dilingkungan bakteri halofilik tersebut berkisar antara 2% hingga 30%
sedangkan pertumbuhan optimalnya di kadar garam 3%hingga 15%.
Bakteri halofilik merupakan salah satu mikroorganisme yang
pertumbuhannya tergantung pada kadar NaCl, oleh karena itu bakteri halofilik
dengan mudah dapat ditemukan di lingkungan yang berkadar garam. Kadar NaCl
habitat bakteri halofilik berkisar antara 2% (setara dengan 0,3 M) hingga 30%
(setara dengan 5 M) (Ventosa dan Nieto, 1995). Tempat-tempat yang memiliki
kadar NaCl dengan kisaran 2% hingga 30% antara lain, permukaan tanah yang
terletak di dekat Laut Merah memiliki kadar NaCl sebesar 2% (Ventosa et al.,
1998), Bledug Kuwu memiliki air asin (air untuk pembuatan garam) dengan kadar
NaCl 5%-6% dan lumpurnya mengandung kadar NaCl 8% (Pangastuti et al.,
2002). Kadar NaCl 9% dapat ditemui misalnya di Danau Mono (California)
sedangkan kadar NaCl 19% misalnya di ikan bachalao yang diawetkan dengan
penggaraman. Kadar NaCl jenuh (lebih dari 20%) dapat ditemui di kedalaman
danau air asin di daerah Vestfold Hills, Antartika dan Great Salt Lakes, Utah.
Faktor-Faktor yang mempengaruhi keberadaan Bakteri halofilik salah
satunya yaitu konsentrasi NaCl. Bakteri halofilik membutuhkan konsentrasi NaCl
minimal tertentu untuk per- tumbuhannya. Kebutuhan garam untuk pertumbuhan
optimum bervariasi, yaitu 5-20 % untuk bakteri halofilik sedang, dan 20-30 %
untuk bakteri halofilik ekstrem. Spesies yang tumbuh baik pada medium yang
mengandung 2-5% garam disebut halofilik ringan. Beberapa bakteri halotoleran
(tahan garam), yaitu bakteri yang dapat tumbuh dengan atau tanpa garam.
Bakteri halofilik dan halotoleran sering ditemukan pada makanan berkadar garam
tinggi atau didalam larutan garam. Bakteri-bakteri tersebut diantaranya tergolong
dalam jenis Halo- bacterium, Halococcus, Sarcina, Micrococcus, Pseudomonas,
Vibrio, Pedio- coccus dan Alcaligenes. Bakteri laut 95% adalah gram negatif,
sebagian aktif bergerak, 70% mengandung pigmen dan mempunyai toleransi yang
besar terhadap suhu tetapi sensitif pada suhu tinggi
Meskipun tidak banyak spesies yang dikenal sebagai halofilik, mereka
yang telah ditemukan cukup beragam. Salah satu contoh umum dari halofilik
adalah halobakterium, yang merupakan anggota dari domain Archaea dan
ditemukan di badan air dengan konsentrasi garam yang tinggi. Bakteri ini
berbentuk bulat atau berbentuk batang dan dapat diwarnai merah atau ungu.
Halobacterium telah ditemukan di Great Salt Lake serta Laut Mati. Astrobiologis
juga mempelajari kemungkinan organisme yang ditemukan di Mars. Mereka
percaya bahwa mereka bisa bertahan hidup di sana karena banyaknya garam yang
telah ditemukan. Mereka percaya bakteri bisa bertahan jika mengelupasi dirinya
dalam garam untuk menghindari paparan ultraviolet hidup. Hal ini membuat
bakteri yang primitif memberikan peran yang signifikan dalam dunia modern.
Contoh lain dari Halofili dapat ditemukan di danau asin Botswana. Di
danau tersebut terdapat bakteri dengan genus Nitzschia dan Diatom eukariotik.
Diatom adalah jenis Protista yang mengambang bebas, sering disebut sebagai
ganggang. Studi Nitzschia telah menunjukkan bahwa mereka tidak dapat
mereproduksi dalam lingkungan yang tidak mengandung jumlah garam yang
sedang.

Peranan
Peranan Bakteri halofilik dapat bersifat merugikan tetapi dapat juga
dikembangkan potensi enzim dan compatible solute-nya. Bakteri halofilik dapat
merusak makanan yang diawetkan dengan penggaraman, misalnya ikan asin, keju
atau medium untuk menumbuhkan mikroorganisme (cultur media) (Ford, 1993).
Bakteri halofilik juga menyebabkan penurunan kualitas pada bisnis kulit (Meral
dan Cenk, 2003). Potensi enzim dan compatible solute bakteri halofilik juga
banyak diteliti dan dimanfaatkan dalam bidang bioteknologi.
Untuk kepentingan industri, enzim ekstraseluler yang dihasilkan oleh
bakteri halofilik merupakan produk yang bernilai komersial, terlebih lagi enzim
tersebut mampu beraktivitas optimal pada kondisi kadar garam tinggi. Enzim
ekstraseluler adalah enzim yang dikeluarkan dari dalam sel yang kemudian
berdifusi ke lingkungan atau diangkut ke organ lain pada makhluk hidup bersel
banyak (Suhartono, 1989). Enzim-enzim tersebut merupakan enzim hidrolase,
yaitu amilase, nuklease fosfatase, protease dan polisakaridase. Enzim-enzim
tersebut berperan sebagai biokatalis dalam proses industri yang berlangsung pada
kondisi ekstrem, kondisi yang melibatkan salinitas tinggi, misalnya industri
pembuatan detergen atau kondisi dengansumber karbon yang sedikit, misalnya
industri oli, industri kosmetik, dan industri obat-obatan. Enzim lain,
organophosphorus acid anhydrase, dapat digunakan untuk mendegradasi ikatan
toksik organo-phosphorus. Bakteri halofilik juga menghasilkan enzim yang dapat
mendegradasi selulosa. Dalam industri makanan, Tetragenococcus halophilus
digunakan sebagai starter dalam pembuatan kecap dengan kadar NaCl 3 M.
Adanya mikroorganisme tersebut dapat menaikkan kekentalan kecap dengan
kandungan sel bakteri hingga 10 8 CFU/ml.
Compatible solute yang diakumulasi oleh bakteri halofilik juga
dimanfaatkan dalam bioteknologi sebagai stabilisator dalam teknologi enzim
(teknologi biosensor, PCR, dll.) dan untuk industri kosmetik (Ventosa dan Nieto,
1995). Ventosa et al (1998) menyebutkan bahwa glycine betain dan
ectoindigunakan sebagai stabilisator pada industri obat-obatan. Mekanisme
akumulasi compatible solute pada bakteri halofilik juga menjadi model untuk
mempelajari adaptasi osmotik prokariota secara molekuler.
Rekayasa genetika memanfaatkan gen bakteri halofilik (gen yang
mengkode sifat dapat beradaptasipada salinitas tinggi) untuk ditransfer ke
tanaman yang akan ditumbuhkan ditanah berkadar garam atau air payau, seperti
gandum, padi, atau barley. Selain sifat tersebut, gen bakteri halofilik dimanfaatkan
untuk rekayasa genetika karena bakteri halofilik mudah tumbuh dalam lingkungan
laboratorium yang memiliki kondisi aseptik minimum.

2.3 Pertahanan Mikroorganisme pada Lingkungan Ekstrim

Mikroorganisme dapat merasakan dan beradaptasi dengan perubahan
dalam lingkungan mereka. Ketika nutrisi yang disukai habis, beberapa bakteri
dapat menjadi motil untuk mencari nutrisi, atau mereka dapat menghasilkan enzim
untuk mengeksploitasi sumber daya alternatif. Salah satu contoh dari strategi
kelangsungan hidup ekstrim yang digunakan oleh bakteri Gram-positif tertentu
adalah dengan pembentukan endospora. Proses perkembangan yang kompleks ini
sering dimulai sebagai tanggapan terhadap kekurangan gizi. Hal ini
memungkinkan bakteri untuk menghasilkan sel aktif dan sangat tahan untuk
melestarikan materi genetik sel pada saat mengalami tekanan yang ekstrim.
Beberapa jenis bakteri dapat bertahan hidup meskipun kondisi lingkungan
kurang menguntungkan, yaitu dengan membentuk endospora di dalam sel.
Endospora merupakan bentuk bakteri yang tidak aktif (istirahat). Bentuk
endospora ada yang bulat dan ada yang bulat-panjang. Ukuran endospora ada
yang lebih kecil atau lebih besar dan diameter selnya. Endospora bersifat sedikit
impermeabel, sehingga lebih tahan terhadap disinfektan, kekeringan, sinar, suhu
panas, dan suhu dingin. Namun, bila kondisi lingkungan membaik, maka
endospora akan berkecambah menjadi sel vegetatif baru. Endospora juga dapat
terbentuk bila terjadi penumpukan zat-zat sisa metabolisme hasil ekskresi bakteri
yang mengganggu di sekitar sel. Bakteri yang dapat membentuk endospora
sebagian besar adalah golongan bakteri Gram positif. Contoh bakteri yang dapat
membentuk endospora, antara lain Bacillus mycoides, Bacillus anthracis, Bacillus
cereus, Bacillus thuringiensis(patogen pada serangga), Clostridium
perfringens(menyebabkan keracunan makanan), Clostridium
botulinum, dan Clostridium tetani.
Ketahanan suatu endospora dapat dijelaskan sebagian oleh struktur selular
yang unik. Lapisan protein luar sekitar spora menyediakan banyak bahan kimia
dan ketahanan enzimatik. Di bawah mantel ini berada lapisan yang sangat tebal
peptidoglikan khusus yang disebut korteks. Pembentukan korteks yang tepat
diperlukan untuk dehidrasi dari inti spora, yang membantu dalam ketahanan
terhadap suhu tinggi. Sebuah dinding sel germinal berada di bawah korteks.
Lapisan peptidoglikan akan menjadi dinding sel bakteri setelah endospora
berkecambah.
 Membran bagian dalam, di bawah dinding sel germinal, merupakan
penghalang dengan permeabilitas besar terhadap beberapa bahan kimia yang
berpotensi merusak. Pusat endospora itu, inti, ada dalam keadaan yang sangat
dehidrasi dan rumah DNA sel, ribosom dan sejumlah besar asam dipicolinic.
Kimiawi-endospora khusus ini dapat terdiri dari hingga 10% dari berat kering
spora dan tampaknya memainkan peran dalam mempertahankan dormansi spora.
Protein kecil (SASPs) juga hanya ditemukan di endospora. Protein ini mengikat
erat dan memadatkan DNA, dan sebagian bertanggung jawab untuk ketahanan
terhadap sinar UV dan bahan kimia yang merusak DNA. Struktur dan bahan kimia
yang terkait dengan endospora yang spesifik tiap spesies lainnya termasuk batang,
kristal toksin, atau lapisan glikoprotein luar tambahan yang disebut dengan
exosporium.

2.4 Peran Mikroorganisme Lingkungan Ekstrim

Mikroba dari lingkungan ekstrem memiliki prospek dalam bidang
teknologi. Beberapa bidang seperti produksi enzim, pertambangan, serta
pengolahan limbah telah memanfaatkan peran mikroba dari lingkungan ekstrim,
sebagai berikut :

a) Siklus Karbon, Nitrogen, dan Sulfur

Nitrogen umumnya digunakan dalam bentuk garam mineral dan
mengalami siklus secara oksidoreduksi. Nitrogen yang muncul dapat berbentuk
amonium maupun nitrat. Beberapa proses yang berlangsung pada siklus nitrogen,
antara lain amonifikasi, nitrifikasi, asimilasi, dan disimilasi reduksi nitrat. Sulfur
relatif lebih banyak terdapat di alam, dalam bentuk sulfur oksida dan nitrogen
sulfida.

b) Siklus Fosfor, Besi, dan Biogeokimia

Organisme, sehingga disebut sebagai siklus biogeokimia. Siklus unsur
dapat memberi manfaat bagi organisme karena menjamin tersedianya nutrien,
akan tetapi di sisi lain proses yang terjadi dapat pula sangat merugikan, antara lain
karena menyebabkan kerusakan bahan bangunan. Aktivitas manusia telah
menyebabkan beberapa reservoir unsur yang semula dalam keadaan imobilisasi
menjadi imobil dan masuk ke siklus unsur. Akibat mobilisasi tersebut, antara lain
menipisnya cadangan bahan bakar fosil, peningkatan senyawa NOx dan SOX
yang berperan dalam terjadinya hujan asam dan timbulnya efek rumah kaca.
 BAB III
PENUTUP

3.1 Kesimpulan
Berdasarkan tujuan dari pembuatan makalah ini maka dapat disimpulkan
yaitu sebagai berikut :
1. Mikrobiologi lingkungan ekstrim merupakan interaksi antara mikroorganisme,
baik dari penyebarannya dan kemampuan beradaptasinya dengan lingkungan
yang ekstrim.
2. Pada mikroorganisme, ada beberapa jenis mikroba yang dapat bertahan hidup
pada situasi atau lingkungan yang ekstrim, yaitu mikroorganisme termofilik,
mikroorganisme barofilik, mikroorganisme xerofilik, dan mikroorganisme
halofilik.
3. Mikroorganisme dapat merasakan dan beradaptasi dengan perubahan dalam
lingkungan mereka. Beberapa jenis bakteri dapat bertahan hidup meskipun
kondisi lingkungan kurang menguntungkan, yaitu dengan membentuk
endospora di dalam sel.
4. Peran Mikroorganisme Lingkungan Ekstrim, yaitu :
a. Siklus Karbon, Nitrogen, dan Sulfur
b. Siklus Fosfor, Besi, dan Biogeokimia