Mekanisme penghambatan antimikroba dari akar ilalang antara lain, terjadinya

gangguan pada senyawa penyusun dinding sel, Adanya peningkatan permeabilitas

membran sel yang dapat menyebabkan kehilangan komponen penyusun sel,
Terjadinya inaktivasi enzim, sehingga terjadi kerusakan fungsi material genetik.

Gangguan pesenyawa penyusun dinding sel terjadi karena adanya komponen

lipofilat senyawa antimikroba pada dinding atau membran sel sehingga terjadi
perubahan komposisi penyusun dinding sel. Senyawa antimikroba lebih efektif
terhadap bakteri gram positif dari pada bakteri gram negatif. Hal ini disebabkan
pada bakteri gram positif 90% dinding selnya terdiri dari lapisan peptidoglikan yang
rentan terhadap senyawa antimikroba selebihnya adalah asam teikoat. Bakteri
gram negatif dinding selnya terdiri atas 5-20% peptidoglikan, selebihnya terdiri dari
protein, lipoprotein dan lipopolisakarida.

2.
Senyawa antimikroba dapat mengganggu dan mempengaruhi integritas membran
sitoplasma yang dapat menyebabkan kebocoran materi intraseluler seperti senyawa
penol yang dapat mengakibatkan lisis sel dan menyebabkan denaturasi protein,
menghambat pembentukan protein sitoplasma dan asam nukleat dan menghambat
ikatan ATP-ase pada membran sel.

3. Terjadinya inaktivasi enzim

Senyawa antimikroba akan mengganggu kerja enzim yang digunakan mikroba
untuk beraktivitas sehingga enzim akan memerlukan jumlah besar untuk
melangsungkan aktivitasnya. Akibatnya energi yang dibutuhkan untuk
pertumbuhan mikroba berkurang sehingga aktivitas mikroba menjadi terhambat
atau jika kondisi ini berlangsung lama dan mengakibatkan pertumbuhan mikroba
terhenti.

4. Terjadinya kerusakan fungsi material genetik

Senyawa antimikroba mengganggu pembentukan asam nukleat (RNA dan DNA)
yang menyebabkan terganggunya transfer informasi genetik yang selanjutnya akan
menginaktivasi atau merusak materi genetik sehingga terganggunya proses
pembelahan sel untuk pembiakan.