QBQ230 2011 Cintica Enzimtica Aulas 6 e 7

Parte A. Estudo dirigido

Responda as questes abaixo. Para as questes 1 a 3, considere uma reao no enzimtica.
1. Fazer o grfico [Produto] x Tempo para a reao A B. Definir velocidade de reao.
2. Escrever a equao de velocidade da reao A B, em funo da concentrao de A. Como proceder para medir
esta velocidade? Que tempos (iniciais ou finais) devem ser escolhidos para que as medidas de velocidade sejam
de fato relacionadas concentrao inicial de A?
3. Como seriam obtidos os dados experimentais para fazer o grfico da velocidade da reao A B em funo da
concentrao de A?
4. Podem pertencer ao stio ativo de uma enzima as cadeias laterais de aminocidos distantes uns dos outros pela
estrutura primria?
5. A ligao de uma enzima ao seu substrato uma reao irreversvel?
6. possvel estabelecer uma ligao covalente entre o grupo fosfato e a hidroxila da serina ou da treonina? Se isto
fosse possvel, quais seriam as conseqncias para a atividade da enzima?
7. H enzimas que s so ativas na presena de ons inorgnicos. Explique.
8. As necessidades nutricionais de vitaminas so quantitativamente muito menores do que as dos macronutrientes
(protenas, carboidratos e lipdios). Explicar a razo, verificando a estrutura qumica da nicotinamida adenina
dinucleotdio (NAD+) e da flavina adenina dinucleotdio (FAD) nas suas formas oxidada e reduzida.
9. Livro Bayardo (Marzocco e Torres): exerccio 2, pgina 353 (3 edio) ou exerccio 1, pgina 336 (2 edio).
10. Escrever a equao de velocidade da formao do complexo ES. Escrever a equao da velocidade da formao
de P a partir de ES.
11. Verificar as concentraes relativas de enzima e substrato em uma reao enzimtica e estabelecer a relao
entre as ordens de grandeza das constantes de velocidade k1, k-1 e k2. Qual a etapa limitante da velocidade de
transformao de S em P?
12. Fazer o grfico da velocidade da reao S P, catalisada enzimaticamente, em funo da concentrao de S.
Descrever os procedimentos experimentais que levariam obteno dos dados para a construo do grfico.
13. Analisando o grfico do item 9, verificar, em cada trecho da curva, as concentraes de enzima livre, substrato e
complexo ES.
14. A constante de Michaelis-Menten (KM) deve ser expressa em unidades de velocidade ou de concentrao? Como
feita sua determinao experimental?
15. Discuta a afirmao: se o valor de KM para o substrato A maior do que para o substrato B, a enzima tem maior
afinidade por A.
16. Fazer o grfico da velocidade de uma reao enzimtica em funo: a) da concentrao de enzima; b) da
temperatura; c) do pH. Descrever os procedimentos experimentais que levariam obteno destes grficos.
Justificar a forma dos grficos.
17. Fazer o grfico vo x [S] para concentraes E e 2E de enzima.
18. Como se faz para determinar com preciso o KM de uma enzima?
19. Por que a cintica de algumas enzimas alostricas tem aspecto sigmoidal enquanto as enzimas michaelianas tm
cinticas hiperblicas? possvel a formao de um complexo ternrio [enzima-substrato-outro composto] com
as enzimas alostricas? Qual a constante de velocidade da transformao deste complexo em produto, quando
comparado com o complexo [enzima-substrato]? Qual a Vmx da reao?
20. Fazer o grfico vo x [S] para uma reao catalisada por uma enzima alostrica com curva sigmoidal e que tem
seu Km afetado, na ausncia de efetuadores e na presena de efetuador positivo e negativo.

21. Fazer o grfico vo x [S] na ausncia de inibidor, na presena de duas concentraes de inibidor competitivo e na
presena de duas concentraes de inibidor no-competitivo. Indique o KM em cada caso.
22. Compare um inibidor acompetitivo de um no-competitivo (ou misto).
23. O que o Ki de um inibidor mede?
24. Quais seriam os valores de KM e VMax se fosse adicionado inibidor competitivo na concentrao de 1 Ki na reao?
E se fosse adicionado de inibidor no competitivo, tambm na concentrao equivalente a 1 K i? Considere duas
reaes separadas para cada inibidor.
25. Faa o grfico de grfico na ausncia de inibidor, na presena de duas concentraes de inibidor competitivo e
na presena de duas concentraes de inibidor no-competitivo.
Parte B. Software Enzyme
http://www.bdc.ib.unicamp.br/bdc_uploads/materiais/versaoOnline/versaoOnline528_pt/index.html
Entre em Enzimas: estrutura e funo)
1. Selecionar animaes, efeitos do pH (clicar em > para iniciar).
2. Selecionar simulaes, experimento I.
Compare as condies timas de pH, temperatura e concentrao de substrato para as trs enzimas. Escolha um
valor de pH, temperatura e concentrao de substrato e compare o percentual de produto para cada uma delas.
Explique como o pH e a temperatura alteram a atividade de uma enzima.

Parte C. Software Cintica Enzimtica (no o mesmo acima!)

Este software est instalado nos computadores da sala multimdia entre em Programas/Bioqumica/Cintica
Enzimtica.
Tambm disponvel para download em http://www.bdc.ib.unicamp.br/.
Navegue pelo software (no o mesmo do exerccio acima!) e responda s questes abaixo:
1. Classifique as afirmaes abaixo como verdadeiras ou falsas:
1. Sempre que o nmero de molculas de substrato for maior que o nmero de molculas de enzimas, todas as
molculas de enzimas estaro ligadas a uma molcula de substrato. ( )
2. A velocidade da reao proporcional ao tempo da reao. ( )
3. A velocidade da reao proporcional concentrao de substrato.( )
4. A velocidade da reao proporcional concentrao de enzima, desde que a concentrao de substrato no
seja limitante. ( )
5. A velocidade da reao proporcional concentrao do complexo enzima-substrato. ( )
6. A quantidade de produto formado depende do tempo da reao. ( )
7. Ao final de cada experimento (do software) todo substrato foi convertido em produto. ( )

2. Resolva os testes abaixo:

1. Em um experimento com concentrao constante de enzima e substrato obteve-se 0,001 mmols de produto para
um tempo de reao de 20 minutos. Que massa de produto ser formada em 10 minutos de incubao?
(A) 0,0005 mmols
(B) 0,0010 mmols
(C) 0,0020 mmols

2. Em um experimento com concentrao constante de enzima e substrato obteve-se 0,001 mmols de produto,
formados a cada minuto para um tempo de reao de 20 minutos. Qual a velocidade da reao se o tempo de
incubao fosse 10 minutos?
(A) 0,0005 mmols/minuto
(B) 0,0010 mmols/minuto
(C) 0,0020 mmols/minuto

Parte D. Animao do mecanismo de reao da quimiotripsina.

No site do Lehninger Principles of Biochemistry: http://bcs.whfreeman.com/lehninger5e/default.asp
Entre em students resources, Animated Enzyme Mechanisms e escolha a quimiotripsina (chymotrypsin) do captulo
6. Nessa animao, a enzima mostrada em azul, com o stio ativo em branco e o substrato
1. Qual o substrato dessa enzima?
2. Descreva resumidamente os passos 1 a 6 mostrados na animao.
3. O que significam os nmeros prximos aos resduos de aminocidos mostrados na enzima? Qual a relao com
a estrutura da enzima?
4. Por que a enzima muda a energia de ativao da reao?