Anda di halaman 1dari 7

SISTEM TRANSKRIPSI PADA PROKARYOT

Hasil-hasil penelitian menunjukkan bahwa ada perbedaan fundamental dalam hal struktur
gen, faktor-faktor pengendali, mekanisme, serta sistem regulasi trankripsi antara jasad prokaryot
dengan eukaryot. Perbedaan tersebut sangat erat kaitannya dengan perbedaan struktural sel
prokaryot dengan sel eukaryot. Seperti diketahui, sel jasad prokaryot mempunyai struktur yang lebih
sederhana dibandingkan dengan sel eukaryot. Pada jasad prokaryot tidak ada struktur seluler dengan
fungsi spesifik seperti yang dapat diamati pada sel eukaryot. Sebagai contoh, pada jasad prokaryot
tidak ada struktur inti sel (nukleus) sehingga tidak ada pemisahan ruang antara molekul bahan
genetik dengan organel lainnya. Hal ini mempunyai implikasi yang sangat penting dalam hal
mekanisme transkripsi pada prokariot. Pada jasad prokaryot, sebelum transkripsi selesai dilakukan,
proses translasi juga sudah berlangsung. Sebaliknya pada eukaryot terdapat struktur nukleus yang
memisahkan bahan genetik dari organel sel lainnya. Oleh karena itu, pada jasad eukaryot, proses
transkripsi terjadi di dalam nukleus sedangkan proses translasi terjadi di sitoplasma. Dengan
demikian, translasi baru dapat dilakukan jika proses transkripsi sudah selesai.

Meskipun ada perbedaan fundamental dalam hal mekanisme transkripsi antara prokaryot
dengan eukaryot, namun secara umum pola mekanisme sintesis RNA serupa. Beberapa karakteristik
kimiawi sintesis RNA pada prokaryot dan eukaryot dapat dijelaskan sebagai berikut:

1. prekursor untuk sintesis RNA adalah empat macam ribonukleotida yaitu 5-trifosfat ATP, GTP,
CTP, dan UTP (pada RNA tidak ada thymin)

2. reaksi polimerisasi RNA pada prinsipnya sama dengan polimerisasi DNA yaitu dengan arah 5
menuju 3

3. Urutan nukleotida RNA hasil sintesis ditentukan oleh cetakannya, yaitu urutan DNA yang
ditranskripsi. Nukleotida RNA yang digabungkan adalah nukleotida yang komplementer dengan
cetakannya. Sebagai contoh jika urutan DNA yang ditranskripsi adalah ATG maka urutan
nukleotida RNA yang digabungkan adalah UAC

4. molekul DNA yang ditranskipsi adalah molekul untai ganda tetapi yang berperan sebagai
cetakannya hanya salah satu untaiannya

5. hasil transkripsi berupa molekul RNA untai tunggal

Pada umumnya gen yang mengkode protein pada prokaryot berupa gen dengan kopi tunggal,
sedangkan gen yang mengkode tRNA dan rRNA berupa gen dengan jumlah kopi banyak. Gen-gen
pada prokaryot yang bertanggungjawab dalam jalur biokimia tertentu pada umunya diorganisasikan
dalam struktur operon. Suatu operon adalah organisasi beberapa gen struktural yang ekspresinya
dikendalikan oleh satu promoter yang sama. Sebagai contoh adalah operon lac, yaitu operon yang
mengendalikan kemampuan metabolisme laktosa bakteri E. coli. Dalam operon lac terdapat tiga
macam gen struktural yang mengkode protein berbeda, yaitu gen Z (mengkode B galaktosidase, gen
Y (mengkode permease), dan gen A (mengkode transasetilase). Masing-masing gen struktural
tersebut mempunyai kodon inisiasi (awal) dan kodon terminasi, tetapi ekspresinya dikendalikan oleh
satu promoter yang sama. Pada waktu ditranskripsi, operon lac akan menghasilkan satu mRNA yang
membawa kode-kode genetik untuk tiga macam polipeptda yang berbeda (polisistronik). Masing-
masing polipeptida akan ditranslasi secara independen dari satu untaian mRNA yang sama. Kejadian
tersebut tidak ditemukan dalam sistem jasad eukaryot.pada jasad eukaryot, satu gen struktural yang
mengkode suatu protein dikendalikan ekspresinya oleh satu promoter yang spesifik sehingga mRNA
yang dihasilkan berupa mRNA yang monosistronik. Molekul mRNA yang hanya membawa rangkaian
kode genetik untuk 1 macam protein.

Tiga kelompok RNA yaitu: 1) mRNA, yaitu molekul RNAyang urutannya akan diterjemahkan
menjadi urutan asam amino suatu polipeptida, 2) rRNA yaitu molekul yang menyusun ribosom yang
merupakan molekul tempat sintesis protein, 3) tRNA yaitu molekul RNA yang khusus membawa asm-
asam amino yang akan dipolimerisasi dalam proses sintesis protein. Operon adalah organisasi
beberapa gen sruktural yang ekpresinya dikendalikan oleh satu promoter yang sama. Sebagai
contoh: operon lac, yaitu operon yang mengendalikan kemampuan metabolisme laktosa pada
bakteri E.coli.

Ciri utama gen struktural jasad prokaryot, khususnya gen sruktural yang mengkode suatu
polipeptida, adalah bahwa sekuens yang ada pada DNA prokaryot mulai dari sekuens inisiasi
translasi ATG sampai kodon terakhir sebelum titik akhir translasi kodon stop TAATAGTGA akan
diterjemahkan ditranslasi menjadi rangkaian asma amino. Dengan kata lain tidak ada sekuen yang
tidak mengkode asam amino (jika gen struktural terdiri atas 900 nukleotida maka gen struktual
tersebut mengkode 300 asam amino karena satu asam amino dikode oleh tiga sekuen nukleotida
yang berurutan.

Dengan demikian pada jasad prokaryot tidak ada sekuens penyisip (intervening
sequences atau intron). Hal ini berbeda dengan eukariot ada banyak gen yang tidak semua sekuens
nukleotidanya mengkode asam amino (intron), sedangkan ekson merupakan nukleotida pengkode
asam amino. Tidak ada intron merupakan ciri khas gen struktural jasad prokaryot, meskipun ada
perkecualian, misalnya pada archaebacter dan bakteriofag tertentu yang menyerang E. coli (pada
genom kedua jasad tersebut diketahui terdapat intron). Tidak semua gen mengkode terutama asam
amino yang menysusun suatu polipeptida atau protein. Secara garis besar gen dibagi 3: gen yang
mengkode protein gen, yang mengkode rRNA, gen yang mengkode tRNA.

Urutan nukleotida yang mengkode protein akan disalin menjadi mRNA selanjutnya translasi
menjadi urutan asam amio. Gen yang mengkode rRNA dan tRNA tidak pernah ditranslasi karena
yang diperlukan dalam proses ekspresi genetik molekul mRNA.

1. Mekanisme transkripsi pada prokaryot

Transkripsi pada dasarnya adalah proses penyalinan urutan nukleotida yang terdapat pada
molekul DNA. Dalam proses ttranskripsi, hanya salah satu untaian DNA yang disalin menjadi urutan
nukleotida RNA (transkrip RNA). Urutan nukleotida pada transkrip RNA bersifat komplementer
dengan urutan DNA cetakan/template, tetapi identik dengan urutan nukleotida DNA pada untaian
pengkode/coding DNA strand/nontempate strand).
a. Inisiasi

Insisiasi meliputi empat langkah yaitu:1) pembentukan kompleks promoter tertutup, 2)


pembentukan kompleks promoter terbuka, 3) penggabungan beberapa nukleotida awal sekiar 10
nukleotida, 4) perubahan konformasi RNA polimerase karena sub unit alfa dilepaskan dari kompleks
holoenzim. Sub unit alfa tersebut selajutnya digunakan lagi dalam proses insisasi transkripsi
selanjutny. Bagian DNA yang terbuka setelah RNA polimerase menempel biasanya terjadi pada
daerah sekitar -9 sampai +3 sehingga menjadi struktur untai tunggal. Bagian DNA yang berikatan
dengan DNA polimerase membentuk suatu struktur gelembung transkripsi (transcription bubble)
sepanjang lebih kurang 17 pasangan basa. Setelah struktur promoter terbuka secara stabil, maka
selanjutnya RNA polimerase melakukan proses inisiasi transkripsi dengan mengunakan urutan DNA
cetakan sebagai panduannya. Dalam proses transkripsi, nukleotid RNA digabungkan sehingga
membentuk transkrip RNA.

Sub unit alfa mempunyai peranan dalam menstimulasi inisiasi transkripsi tetapi tidak
mempercepat laju pertambahan untaian RNA. Proses inisiasi transkripsi merupakan proses yang
menentukan laju transkripsi. Setelah proses inisiasi transkripsi terjadi, selanjutnya sub unit alfa
terlepas dari enzim inti dan dapat digunakan lagi oleh enzim inti RNA polimerase yang lain

b. Elongasi/proses pemanjangan transkrip

Pada bagian gelembung transkripsi, basa-basa molekul RNA membentuk hibrid dengan DNA
cetakan sepanjang kurang lebih 12 nukleotida. Hibrid RNA-DNA ini bersifat sementara sebab setelah
RNA polimerasenya berjalan, maka hibrid tersebut akan terlepas dan bagian DNA yang terbuka
tersebut akhirnya akan menutup lagi. RNA polimerase akan berjalan membaca DNA cetakan untuk
melakukan proses pemanjangan/elongation untaian RNA. Laju pemanjangan maksimum molekul
transkrip antara 30 sampai 60 nukleotida per detik meskipun laju rata-ratanya lebih rendah dari nilai
ini. Secara umum berdasarkan atas nilai laju semacam ini suatu gen yang mengkode protein akan
disalin menjadi RNA dalam waktu sekitar satu menit. Meskipun demikian, laju pemanjangan transkrip
dapat menjadi sangat rendah (sekitar 0,1 nukleotida perdetik) jika RNA polimerase melewati sisi jeda
yang biasanya banyak mengandung basa GC. Dalam pemanajngan transkrip nukleotida ditambahkan
secara kovalen pada ujung 3 molekul RNA yang baru terbenuk. Nukleotida RNA yang ditambahkan
tersebut bersifat komplementer dengan nukleotida pada untaian DNA cetakan .

Dalam proses pemanjangan transkrip ada dua hipotesis yang diajukan mengenai perubahan
topologi DNA. Hipotesis pertama menyatakan bahwa enzim RNA polimerase bergerak melingkari
untaian DNA sepanjang perjalanannya. Dengan cara demikian maka dapat dihindari terjadinya
pelintiran pada struktur DNA, tetapi untaian RNA hasil transkripsinya akan melintir sepanjang untaian
DNA. Sebaliknya hipotesis kedua, menyatakan bahwa enzim RNA polimerase bergerak lurus
sepanjang untaian DNA sehingga RNA yang terbentuk tidak mengalami pelintiran, tetapi untaian DNA
yang ditranskripsi harus mengalami puntiran. Untaian DNA yang ada di depan RNA polimerase akan
membuka sedangkan DNA yang berada dibelakangnya akan memuntir kembali untuk menutup.

Dalam proses pemanjangan transkrip RNA, demikian juga pada proses inisiasi sintesis RNA,
terjadi pembentukan ikatan fosfodisester antara nukleotida RNA yang satu dengan nukleotida
berikutnya. Pembentukan ikatan fosfodiester tersebut, ditentukan oleh keberadaan sub unit beta pada
RNA polimerase. Transkripsi akan berakhir pada saat RNA polimerase mencapai ujung gen yang
disebut terminator.

c. Pengakhiran /terminasi transkripsi pada prokariot

Pada bakteri E. Coli ada dua macam terminator, yaitu: 1) terminator yang tidak tergantung
pada protein rho (rho dependent terminator), 2) terminator yang tergantung pada protein rho (rho-
independent terminator).

Protein Rho: Enzim ini mempunyai aktivitas RNA-DNA helikase, untuk aktivitasnya membutuhkan
ATP, mungkin berfungsi untuk merusak/mengganggu hibrid RNA-DNA. ATP dihidrolisa oleh protein
Rho pada terminasi.

Protein Rho-independent: terdiri atas 2 pola (Moeloprawiro, 2007):

1. urutan yang merupakan Self-Complementary 15-20 nukleotida sebelum RNA berakhir

2. Urutan basa adenylat pada DNA template ditranskrip menjadi uridylat pada RNA

Urutan jepit rambut ini mengganggu sebagian hybrid RNA-DNA

Tiga gambaran terjadinya terminasi

1. Gangguan hybrida RNA-DNA akibat pembentukan pasangan basa G-C (jepit rambut)

2. Penghentian peran RNA polimerase akibat terhalang tusuk/jepit rambut

3. Ketidakstabilan daerah Uridilat-Adenilat

(Moeljoprawiro, 2007)

1. Pengakhiran transkripsi yang tidak tergantung pada fakto rho

Pengakhran transkripsi yang tidaktergantung pada faktor rho dilakukan tanpa harus
melibatkan suatu protein khusus, melainkan ditentukan oleh adanya sustu urutan nukleotida tertentu
pada bagian terminator. Sinyal yang akan mengkhiri transkripsi dengan mekanisme semacam ini
ditentukan oleh daerah yang banyak mengandung urutan GC yang dapat membentuk struktur batang
dan lengkung (stem and loop) pada RNA dengan panjang sekitar 20 basa disebelah hulu dari ujung 3
OH dan diikut oleh rangkaian 4-8 residu uridin berturutan. Struktur batang lengkung tersebut
menyebabkan RNA polimerase berhenti dan merusak bagian dari hibrid RNA-DNA. Bagian sisa hibrid
RNA-DNA tersebut berupa urutan oligo rU yang tiada cukup stabil berpasnagan dengan dA.
Akibatnya ujung 3 hibrid tersebut akan terlepas sehingga transkripsi berakhir.

Eksperimen yang dilakukan Peggy Franham dan Terry Platt menunjukkan bahwa
pengakhiran transkripsi tanpa melibatkan faktor rho mempunyai dua ciri utama yaitu: 1) lengkungan,
2) adanya rangkaian basa T pada untaian DNA bukan cetakan/nontemplate strand sehingga
terbentuk pasangan basa yang lemah antara rU-dA yang menahan transkrip RNA pada untaian DAN
cetakan. Pada waktu lenkungan RNA terbentuk, maka RNA polimerase berhenti dan ikatan basa yang
lemah menyebabkan RNA yang baru terbentuk akan terlepas.

2. Pengakhiran transkripsi yang tergantung pada faktor Rho

Mekanisme pengakhiran transkripsi semacam ini memerluka protein rho, hanya terjadi pada
daerah jeda yang terletak pada jarak tertentu dari promoter. Dengan demikian jika ada daereh jeda
yang terletak pada jarak tertentu dari promoter, tidak dapat berfungsi sebagai daerah pengakhiran
transkipsi. Terminator yang tergantung pada rho terdiri atas suatu urutan berulang balik yang dapat
membentuk lengkungan loop tetapi tidak ada rangkaian basa T seperti pada daerah terminator yang
tidak melibatkan faktor rho.

Faktor rho diduga ikut terikat pada proses transkrip dan mengikuti pergerakan RNA
polimerase sampai akhirnya RNA polimerase berhenti pada daerah terminator yaitu sesaat setelah
menyintesis lengkungan RNA. Selanjutnya faktor rho menyebabkan destabilisasi ikatan RNA-DNA
sehingga transkrip RNA terlepas dari cetakan (Yuwono, 2005).

Secara umum mekanisme dasar transkripsi pada eukariot serupa dengan yang terjadi pada
prokariot, yaitu memerlukan DNA cetakan, DNA polimerase, NTP ribonukleotida serta molekul protein
regulator. Transkripsi pada eukariot juga berlangsung dengan diawali proses inisiasi transkripsi
kemudian dilanjutkan dengan pemanjangan transkrip, dan berhenti pada saat DNA polimerase
mencapai daerah terminator. Meskipun demikian ada banyak perbedaan fundamental antara sistem
transkipsi prokariot dengan transkripsi pada eukariot.

Berbeda halnya dari organisasi gen pada prokariot yang ada umumnya bersifat polisistronik,
gen-gen pada jasad eukariot bersifat monosistronik, artinya satu transkrip yang dihasilkan hanya
mengkode atau macam produk ekspresi. Pada jasad eukariot tidak dikenal adanya sistem operon
karena satu gen struktural dikendalikan oleh satu promoter. Gen-gen eukariot tersebar pada
beberapa kromosom. Hal ini berbeda dari organisasi gen prokariot yang umumnya hanya terdapat
dalam satu unit bahan genetik utama. Banyak gen eukaryot yang bagian strukturalnya berselang
seling antara sekuens yang mengkode suatu urutan spesifik (ekson), dan sekuens yang tidak
mengkode urutan spesifik (intron).

Secara genetis jasad eukaryot yang paling sederhana mempunyai organisasi gen yang lebih
kompleks dibandingkan prokaryot. Tidak seperti pada prokariot pada jasad eukariot terdapat tiga
macam RNA polimerase yang bertanggungjawab di dalam proses transkripsi tiga kelas gen. Pada
eukariot dapat dibedakan tiga kelas gen yaitu: 1) gen kelas I (ditranskripsi oleh RNA polimerae I)
meliputi gen-gen yang mengkode 18S RNA dan 28S rRNA dan 5,8S rRNA; 2) gen kelas II
(ditranskipsi oleh RNA polimerase II) meliputi semua gen yang mengkode protein dan beberapa RNA
berukuran kecil yang terdapat di dalam nukleus; 3) gen kelas III (ditranskripsi oleh RNA polimerase III)
meliputi gen-gen yang mengkode tRNA, 5S rRNA, dan beberapa RNA kecil yang ada di dalam
nukleus. Perbedaan kelas gen tersebut mempunyai implikasi dalam hal struktur gen. Corebima (2002)
menyatakan secara opeasional kajian transkripsi pada makhluk hidup eukariotik ini adalah yang
dikatalisasi oleh enzim RNA polimerase I, II, III. Russel (1992) dalam Corebima (2002) menyatakan
RNA polimerisasi I hanya mengkatalisasi transkripsi unit-unit transkripsi RNA r precursor.
Inisiasi Transkripsi
Terdapat empat langkah inisiasi pada transkripsi yaitu:
1. Pembentukan kompleks promoter tertutup, yaitu RNA polymerase holoenzim
menempel pada DNA bagian promoter suatu gen. Dalam hal ini subunit s yang menempel
pada RNA Polimerase berperanan dalam menemukan bagian promoter suatu gen. Pada awal
penempelan, RNA polymerase masih belum terikat secara kuat dan struktur promoter masih
dalam keadaan tertutup(closed promoter complex).
2. Pembentukan kompleks promoter terbuka, RNA polymerase terikat secara kuat dan
ikatan hydrogen molekul DNA pada bagian promoter mulai terbuka membentuk struktur
terbuka (open promoter complex). Struktur khas promoter biasanya berupa suatu kelompok
ikatan hydrogen antara kedua untaian DNA pada posisi -35 dan -10. Sedangkan bagian DNA
yang terbuka setelah RNA polymerase menempel biasanya terjadi pada daerah sekitar -9 dan
+3 sehingga menjadi struktur untai tunggal.
3. Penggabungan beberapa nukleotida awal (10 nukleotida). Bagian DNA yang berikatan
dengan RNA polymerase membentuk suatu struktur gelembung transkripsi (transcription
bubble) sepanjang kurang lebih 17 pasang basa. Setelah struktur promoter terbuka secara
stabil, maka selanjutnya RNA polymerase melakukan proses inisiasi transkripsi dengan
menggunakan urutan DNA cetakan sebagai panduannya. Dalam proses transkripsi, nukleotida
RNA digabungkan sehingga membentuk transkrip RNA. Nukleotida pertama yang
digabungkan hampir selalu berupa molekul purin.
4. Perubahan konformasi RNA polymerase karena subunit s dilepaskan dari kompleks
holoenzim. Setelah RNA polymerase menempel pada promoter, subunit s melepaskan diri
dari struktur holoenzim. Pelepasan subunit s biasanya terjadi setelah terbentuk molekul RNA
sepanjang 8 9 nukleotida. RNA polymerase inti yang sudah menempel pada promoter akan
tetap terikat kuat pada DNA sehingga tidak lepas. Selanjutnya subunit s dapat bergabung
dengan RNA polymerase yang lain untuk melakukan proses inisiasi transkripsi selanjutnya.
Elongasi Transkripsi
1. Pada bagian gelembung transkripsi, basa-basa molekul RNA membentuk hybrid
dengan DNA cetakan sepanjang kurang lebih 12 nukleotida. Hybrid RNA-DNA ini bersifat
sementara sebab setelah RNA polimerasenya berjalan, maka hidrid tersebut akan terlepas dan
bagian DNA yang terbuka tersebut akhirnya akan menutup lagi. RNA polymerase akan
berjalan membaca DNA cetakan untuk melakukan proses pemanjangan untaian RNA. Lalu
pemanjangan maksimum molekul transkrip RNA berkisar antara 30 sampai 60 nukleotida
perdetik, meskipun laju rata-ratanya dapat lebih rendah dari nilai ini. Secara umum,
berdasarkan atas nilai laju semacam ini, sutu gen yang mengkode protein akan disalin
menjadi RBA dalam waktu sekitar satu menit. Meskipun demikian, laju pemanjangan
transkrip dapat menjadi sangat rendah jika RNA polymerase melewati sisi jeda yang biasanya
mengandung banyak basa GC.
2. Dalam pemanjangan transkrip, nukleotida ditambahkan secara kovalen pada ujung 3
molekul RNA yang baru terbentuk. Nukleotida RNA yang ditambahkan tersebut bersifat
komplementer dengan nukleotida pada untaian DNA cetakan. Ada dua hipotesis yang
diajukan mengenai perubahan topologi DNA dalam proses pemanjangan transkripsi, yaitu:
1) Enzim RNA polymerase bergerak melingkari untaian DNA sepanjang perjalanannya,
2) Enzim RNA yang terbentuk tidak mengalami pelintiran, tetapi untaian DNA yang
ditranskripsi harus mengalami puntiran.
3. Dalam proses pemanjangan transkripsi RNA, terjadi pembentukan ikatan fosfodiester
antara nukleotida RNA yang satu dengan nukleotida yang berikutnya dan ditentukan oleh
keberadaan subunit b pada RNA polymerase. Transkripsi berakhir ketika RNA polymerase
mencapai ujung gen(terminator).
Terminasi Transkripsi
Terdapat dua macam terminator transkripsi pada Prokaryotik, yaitu:
1. Terminator yang tidak tergantung pada protein rho (rho-dependent
terminator). Dilakukan tanpa harus melibatkan suatu protein khusus, melainkan ditentukan
oleh adanya suatu urutan nukleotida tertentu pada bagian terminator. Sinyal yang akan
mengakhiri transkripsi dengan mekanisme semacam ini ditentukan oleh daerah yang
mengandung banyak urutan GC yang dapat membentuk struktur batang dan lengkung (steam
and loop) pada RNA dengan panjang 20 basa di sebelah hulu dari ujung 3-OH dan diikuti
oleh rangkaian 4-8 residu uridin berurutan. Struktur batang lengkung tersebut menyebabkan
RNA polymerase berhenti dan merusak bagian 5 dari hybrid RNA-DNA. Bagian sisa hybrid
RNA-DNA tersebut berupa urutan oligo (rU) yang tidak cukup stabil berpasangan dengan
dA. Akibatnya ujung 3 hybrid tersebut akan terlepas sehingga transkripsi berakhir.
Selanjutnya, pita DNA cetakan yang sudah tidak berikatan atau membentuk hibrid dengan
RNA segera menempel kembali pada pita DNA komplemennya. RNA polimerase inti pun
akhirnya terlepas dari DNA.
2. Terminator yang tergantung pada protein rho (rho-independent
terminator).Pengakhiran transkripsi yang memerlukan faktor rho hanya terjadi pada daerah
jeda yang terletak pada jarak tertentu dari promoter, maka daerah itu tidak dapat berfungsi
sebagai daerah pengakhiran transkripsi. Terminator yang bergantung pada rho terdiri atas
suatu urutan berulang-balik yang dapat membentuk lengkungan (loop), tetapi tidak ada
rangkaian basa T seperti pada daerah terminator yang tidak melibatkan faktor rho. Faktor rho
diduga ikut terikat pada transkrip dan mengikuti pergerakan RNA polymerase sampai
akhirnya RNA polymerase berhenti pada daerah terminator yaitu sesaat setelah menyinstesis
lengkungan RNA. Selanjutnya, faktor rho menyebabkan distabiliasi ikatan RNA-DNA
sehingga transkrip RNA terlepas dari DNA cetakan.