RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) merupakan teknik yang digunakan untuk

mengidentifikasi genotipe tumbuhan, karena memiliki kelebihan dalam pelaksanaan dan

analisisnya. Dibandingkan dengan penanda DNA yang lain, seperti restriction fragment
length polymorphisms (RFLP) dan simple sequence repeats (SSR), teknik RAPD lebih
murah, mudah dilakukan, cepat memberikan hasil, menghasilkan polimorfisme pita DNA
dalam jumlah banyak, tidak memerlukan pengetahuan tentang latar belakang genom yang
dianalisis dan mudah memperoleh primer acak yang diperlukan untuk menganalisis genom
semua jenis organisme.
Metoda RAPD merupakan metoda baru untuk mengidentifikasi sejumlah besar
polimorfisme DNA pada genom dengan cepat dan efisien. Tipe polimorfisme ini membuat
RAPD cocok untuk studi keanekaragaman genetik, hubungan kekerabatan, peta genetik, sidik
jari DNA.Sidik jari DNA banyak digunakan untuk kasus paternity dan forensik. Metoda
RAPD menggunakan oligonukleotida pendek (biasanya 10 bp) sebagai primer yang akan
berikatan dengan bagian (sites) komplemennya . Metoda RAPD digunakan untuk mendeteksi
polimorfisme DNA yang digunakan sebagai genetik marker dan menentukan hubungan
kekerabatan pada bermacam-macam tanaman dan serangga hama.

Proses :
1. Ekstraksi dan isolasi DNA
Ekstraksi dan isolasi dari genom sampel dilakukan berdasarkan metode CATB yang
dimodifikasi. Kuantitas setiap DNA hasil isolasi diukur dengan Flourometer (Shimadzu
UV1201), sedangkan kualitasnya dilihat pada gel elektroforesis 0.8%. Hasil ekstraksi DNA
yang menghasilkan kuantitas dan kualitas DNA yang cukup baik, dilanjutkan dengan
polymerase chain reaction (PCR).
2. Optimasi PCR dan amplifikasi DNA
DNA genom dari sampel diamplifikasi menggunakan primer acak yang terdiri dari 10
basa (dekamer) (Operon Tech). Optimasi PCR dilakukan untuk mendapatkan kondisi PCR
yang optimal. Beberapa variabel seperti konsentrasi primer, konsentrasi cetakan DNA, dan
suhu penempelan primer yang digunakan untuk PCR dipelajari dan dicoba untuk
mendapatkan produk PCR yang optimal.
3. Analisis Data

Manfaat :
1. Pendeteksian polimorfisme pada parasitoid
2. Pola pewarisan dengan marker RAPD
3. Pemeriksaan asal populasi
4. Pemetaan genom local dan global suatu spesies
5. Asal geografi seranggga hama
6. Diagnosis spesies yang saling berhubungan
7. Menentukan berapa banyak spesies yang dikumpulkan di suatu daerah
8. Membantu mengenal karakter morfologi untuk membedakan bermacam-macam spesies.
9. Membantu menetapkan suatu spesies
10. Mengiidentifikasi etahui keanekaragaman genetic suatu organisme