Anda di halaman 1dari 3

Perbandingan Beberapa Metode Molekuler

dalam Uji DNA HPV (Human Papillomavirus)

Metode PCR dan Elektroforesis

Metode PCR dan Elektroforesis PCR (Polymerase Chain


Reaction) atau reaksi berantai polimerase adalah suatu metode
enzimatis untuk memperbanyak secara eksponensial suatu
sekuen nukleotida tertentu secara invitro. PCR pertama kali
dikembangkan oleh Kary Mullis pada tahun 1985 seorang
peneliti dari CETUS Corporation. PCR dapat melipat
memperbanyak molekul DNA dan memisahkan gen-gen;
kelebihan metode ini adalah suhu yang dapat tinggi dan rendah
dengan cepat selain itu PCR juga bekerja dengan komponen
yang jumlahnya sedikit.

Pada tahun 1990 Ting dan Manos telah mengembangkan


suatu metode deteksi HPV dengan PCR. Metode tersebut
dikembangkan dengan mengidentifikasi suatu daerah homologi
di dalam genotipe HPV yang kemudian digunakan sebagai
dasar untuk mendesain primer untuk amplifikasi. Daerah
homologi tersebut panjangnya 20-25 pasangan basa dan
diketahui setelah dilakukan perbandingan urutan nukleotida
HPV-6, HPV-11, HPV-16, HPV18, dan HPV-33 terutama pada
daerah ORF E1 dan L1.

Prinsip kerja PCR dan elektroforesis yaitu (1) isolasi DNA


sampel dari bahan klinis atau dari jaringan yang disimpan pada
paraffin, (2) proses amplifikasi DNA yang telah diisolasi; proses
amplifikasi sendiri terbagi tiga tahapan yaitu denaturasi,
annealing, dan elongasi. Tahapan denaturasi terjadi pada suhu
970C. Pada proses ini terjadi denaturasi linearisasi DNA. Tahap
kedua adalah penempelan primer atau annealing pada DNA
target yang akan diperbanyak, membutuhkan suhu sekitar
550C. Tahap ketiga adalah elongasi (polimerisasi)
membutuhkan suhu 720C agar siklus polimerisasi lebih optimal,
(3) hasil amplifikasi dideteksi menggunakan alat elektroforesis
pada gel agarosa; teknik elektroforesis adalah teknik yang
memisahkan molekul-molekul bentuk, muatan netto, dan berat
molekulnya dalam sebuah medan listrik pada medium padat
atau semipadat.

Metode PCR dan elektroforesis hanya digunakan untuk


mendeteksi ada atau tidaknya DNA HPV di dalam sel epitel
yang dicurigai terinfeksi HPV; sulit untuk menentukan genotipe
HPV yang menginfeksi. Proses genotyping dengan metode PCR
dan elektroforesis memerlukan waktu yang cukup lama, karena
hanya menggunakan satu kontrol positif untuk satu genotipe
HPV saja; umumnya HPV-16 atau HPV-18. Pada gambar 2 dapat
dilihat nomor 1 sd.11, nomor 1 dan 2 merupakan kontrol
negatif dan kontrol positif genotipe HPV-16. Nomor 3-11 adalah
sampel-sampel yang positif terinfeksi; ke-9 sampel
menunjukkan sinyal yang sama dengan nomor 2, menunjukkan
bahwa ke-9 sampel tersebut positif terinfeksi HPV, namun tidak
cukup untuk menentukan genotipe HPV dalam setiap
sampelnya.

Metode Hybrid Capture System (HC-II)

Hybrid Capture System (HC-II) adalah metode


pemeriksaan hibridisasi dengan teknologi terbaru di bidang
biologi molekuler. Teknik HC-II memeriksa pada kondisi lebih
awal yaitu kemungkinan seseorang terinfeksi HPV sebelum
virus tersebut membuat perubahan pada serviks yang akhirnya
dapat mengakibatkan terjadinya kanker serviks. HC-II telah
diakui dunia serta disahkan oleh FDA (Food and Drug
Administration) Amerika Serikat. HC-II memiliki keakuratan
yang tinggi dalam mendeteksi infeksi HPV karena mampu
mendeteksi keberadaan DNA HPV dalam jumlah yang sangat
kecil. Teknik HC-II adalah antibody capture/solution
hybridization/signal amplication assay yang memakai deteksi
kualitatif chemiluminescence terhadap DNA HPV; secara umum
HC-II ialah teknik berbasis DNA-RNA yang dapat mendeteksi
secara akurat dan cepat dengan sensitivitas 98% dan
spesifisitas HC-II 98%
Prinsip kerja HC-II yaitu (1) menghancurkan protein kapsid virus
HPV dalam sampel yang telah dimasukkan ke dalam botol
sampel yang telah disediakan,(2) Setelah kapsid dirusak, tahap
berikutnya adalah mendenaturasi DNA untai ganda menjadi
untai tunggal dengan menambahkan larutan denaturasi.
Denaturasi merupakan langkah awal prosedur untuk
mengeluarkan DNA (release DNA) target dari sel, (3) hibridisasi
antara DNA virus dengan probe RNA menghasilkan DNA-RNA
hybrid yang ditangkap oleh antibodi yang kemudian akan
bereaksi dengan antibodi kedua. Antibodi kedua ini bertindak
sebagai sinyal amplifikasi; makin banyak hibrid DNA-RNA yang
tertangkap pada dinding capture plate maka makin banyak
pula antibodi kedua yang dapat mengenali hibrid DNA-RNA, (4)
Kuantitas antibodi yang terikat pada hibrid DNA-RNA diukur
dengan menambahkan zat chemiluminescent sehingga
menghasilkan sinyal chemiluminescent, (5) sinyal ini akan
ditangkap oleh alat luminometer yang dihubungkan dengan
komputer.

Penentuan nilai positif uji DNA HPV didasarkan pada


perbandingan sampel dengan ratarata RLU/PV; jika
perbandingan RLU/PC (relative light unit/posirif kontrol)
melebihi nilai ambang positif maka spesimen dinyatakan positif
terhadap tes DNA HPV. Penentuan konsentrasi ambang DNA
HPV yang akan berpeluang terbentuknya kanker leher rahim
adalah sangat penting. Digene menetapkan nilai ambang
positif sebesar 1.0 RLU/PC.

Regina Asri Imanta Putri


03013163