Anda di halaman 1dari 39

protein

Dewi Ekaputri Pitorini


Kelas A
K4315013
Asam amino
Protein merupakan biomolekul yang paling berlimpah di dalam sel.
Protein tersusun dari peptida-peptida yang membentuk
polipeptida. Setiap monomernya tersusun atas suatu asam amino
dengan suatu atom karbon asimetrik pada pusatnya. Atom karbon
asimetrik tersebut berpasangan dengan gugus amino, gugus
karboksil, atom hidrogen, dan berbagai gugus yang disimbolkan
dengan huruf R. (Campbell et al., 2009).
1.
Struktur Protein di Dalam Sel
STRUKTUR PRIMER
Struktur primer merupakan struktur yang sederhana dengan urutan-
urutan asam amino yang tersusun secara linear yang mirip seperti
tatanan huruf dalam sebuah kata dan tidak terjadi percabangan
rantai. Struktur primer terbentuk melalui ikatan antara gugus amino
dengan gugus karboksil. Ikatan tersebut dinamakan ikatan peptida
atau ikatan amida. Struktur ini dapat menentukan urutan suatu asam
amino dari suatu polipeptida (Voet & Judith, 2009).
STRUKTUR SEKUNDER
Struktur sekunder merupakan kombinasi antara struktur primer yang
linear distabilkan oleh ikatan hidrogen antara gugus =CO dan =NH di
sepanjang tulang belakang polipeptida. Salah satu contoh struktur
sekunder adalah -heliks dan -pleated. Struktur ini memiliki segmen-
segmen dalam polipeptida yang terlilit atau terlipat secara berulang.
(Campbell et al., 2009; Conn, 2008).
-heliks
Struktur -heliks terbentuk antara masing-masing atom oksigen
karbonil pada suatu ikatan peptida dengan hidrogen yang melekat ke
gugus amida pada suatu ikatan peptida empat residu asam amino di
sepanjang rantai polipeptida (Murray et al, 2009).
-pleated
Pada struktur sekunder -pleated terbentuk melalui ikatan hidrogen
antara daerah linear rantai polipeptida. -pleated ditemukan dua
macam bentuk, yakni antipararel dan pararel, keduanya berbeda
dalam hal pola ikatan hidrogennya. Pada bentuk konformasi
antipararel memiliki konformasi ikatan sebesar 7 , sementara
konformasi pada bentuk pararel lebih pendek yaitu 6,5 (Lehninger et
al, 2004).
STRUKTUR TERSIER
Struktur tersier dari suatu protein adalah lapisan yang tumpang tindih
di atas pola struktur sekunder yang terdiri atas pemutarbalikan tak
beraturan dari ikatan antara rantai samping (gugus R) berbagai asam
amino. Struktur ini merupakan konformasi tiga dimensi yang mengacu
pada hubungan spasial antar struktur sekunder. Struktur ini distabilkan
oleh empat macam ikatan, yakni ikatan hidrogen, ikatan ionik, ikatan
kovalen, dan ikatan hidrofobik (Murray et al, 2009; Lehninger et al,
2004).
STRUKTUR KUARTENER
Struktur kuarterner adalah gambaran dari pengaturan sub-unit atau
promoter protein dalam ruang. Struktur ini memiliki dua atau lebih dari
sub-unit protein dengan struktur tersier yang akan membentuk
protein kompleks yang fungsional. ikatan yang berperan dalam
struktur ini adalah ikatan nonkovalen, yakni interaksi elektrostatis,
hidrogen, dan hidrofobik. Protein dengan struktur kuarterner sering
disebut juga dengan protein multimerik. Jika protein yang tersusun dari
dua sub-unit disebut dengan protein dimerik dan jika tersusun dari
empat sub-unit disebut dengan protein tetramerik (Lodish et al., 2003;
Murray et al, 2009).
2.
Karakterisasi N-Terminal dan C-Terminal pada
Polipeptida
N-TERMINAL
N-terminal merupakan awal dari
protein atau polipeptida yang
merujuk pada gugus amino bebas
(-NH2) yang terletak di akhir
polipeptida
C-TERMINAL
C-terminal merupakan akhir dari
protein atau polipeptida yang
merujuk pada gugus karboksil
bebas (-COOH)
Ketika protein di translasi, rantai polipeptida disusun dari N-terminal ke
C-terminal. Dalam menulis rangkaian peptida, C-terminal diletakkan di
sebelah kanan dan N-terminal diletakkan di sebelah kiri.
3.
Faktor-Faktor yang Mempengaruhi
Karakterisasi Molekul Protein
SUHU
Pada protein suhu sangatlah dijaga, hal ini di kerenakan kenaikan suhu
menyebabkan terjadinya proses denaturasi. Denaturasi adalah
rusaknya struktur protein yang menyebabkan protein kehilangan satu
hingga sebagian fungsi biologiknya.
DERAJAT KEASAMAN
Pada umumnya struktur ion protein tergantung pada pH lingkungannya.
Struktur protein terdiri dari beberapa asam amino, dimana asam amino
ini dapat bertindak sebagai ion positif, ion negatif atau berdwikutub
(zwitterion). Bentuk ion dwikutub bentuk tak berdisosiasi Disamping itu,
pH yang rendah dan tinggi dapat menyebabkan terjadinya denaturasi
dan merubah strukktur dari protein.
RADIASI
Radiasi merupakan faktor lainnya yang dapat mempengaruhi struktur
dari suatu protein. Banyak orang mungkin tidak mengetahui bahwa
radiasi sangatlah berpengaruh terhadap struktur protein. Hal ini
disebabkan karena dalam struktur protein terdapat ikatan-ikatan
yang bila terkena sinar radiasi akan berpengaruh. Contoh yang umum
adalah mengenai rambut yang merupakan protein, dimana akan rusak
strukturnya bila terus menerus disinari sinar matahari (salah satu
bentuk radiasi).
PELARUT ORGANIK
Protein terdiri atas asam amino yang memiliki struktur yang berbeda.
Jadi pelarut organik sangatlah berpengaruh terhadap striktur protein.
Selain itu karena ikatan-ikatan yang terbentuk pada protein inilah
yang mempengaruhi perubahan struktur protein bila dilarutkan dalam
pelarut organik.
4.
Sintesis Protein secara Denovo dalam Sel
Sintesis protein adalah proses dimana sel dapat mengubah asam
amino menjadi polimer rantai panjang yang disebut protein. Sintesis
protein diprogram oleh DNA. Selama proses ini DNA akan diubah
menjadi RNA yang kemudian ditranslasikan menjadi protein di ribosom.
Sintesis de novo adalah pembentukan sebuah molekul penting dari
molekul prekursor sederhana.
PERAN ASAM NUKLEAT
Kedua tipe asam nukleat, DNA dan RNA, memungkinkan organisme
hidup memproduksi komponen-komponen kompleksnya dari satu
generasi ke generasi berikutnya. DNA merupakan satu-satunya
molekul yang menyediakan arahan untuk replikasi dirinya sendiri. DNA
juga mengarahkan sintesis RNA dan, melalui RNA, mengontrol sintesis
protein.
JENIS RNA
1. Ribosomal RNA (rRNA)
Merupakan molekul kompleks yang umumnya
disebut riboson. Sebuah ribosom terdiri dari dua
subunit yaitu subunit kecil dan subunit besar

2. Messenger RNA (mRNA)


Rantai tunggal yang merupakan copy
Dari rantai DNA. mRNA mengandung
kodon yang mentukan jenis dan urutan
dari asam amino pada polipeptida
3. Transfer RNA (tRNA)
Merupakan molekul yang membawa asam
amino pada satu ujungnya dan antikodon
pada ujung yang lainnya. tRNA
mentransfer asam amino ke mRNA dan
kompleks ribosom.
TAHAP SINTESIS PROTEIN

transkripsi
translasi
DNA RNA protein
1

TRANSKRIPSI

Transkripsi melibatkan perakitan molekul mRNA dari untaian DNA.


Pertama, enzim RNA polimerase berikatan dengan urutan spesifik
nukleotida yang disebut promoter. RNA polimerase melepaskan ikatan
pada rantai double helix DNA.
2

Ribonukleotida kemudian memasuki tempat katalitik enzim dan rantai


RNA dibangun dengan menggunakan satu rantai DNA sebagai template.
Rantai RNA komplemen terhadap rantai DNA karena penggunaan aturan
pasangan basa. DNA dan RNA menggunakan basa nitrogen yang sama
kecuali bahwa RNA menggunakan urasil dan bukannya timin seperti
pada DNA
3

Terminasi dari transkripsi terjadi ketika RNA polimerase menemukan


stop signal dalam urutan DNA. RNA polimerase kemudian memisahkan
diri dari rantai DNA
Setelah transkripsi, pre-messenger RNA
diproses di dalam nukleus untuk
menghilangkan non-coding sequences yang
disebut introns. Coding sequences yang
disebut exons nantinya akan mengkode
protein. Exons akan bergabung setelah
introns dihilangkan
TRANSLASI

inisiasi elongasi terminasi


INISIASI
mRNA kemudian memasuki sitoplasma
melalui pori-pori nukleus dimana mRNA akan
berikatan dengan subunit kecil ribosom
untuk memulai proses tranlasi. Molekul tRNA
membawa asam amino pertama, metionin,
ke subunit kecil/kompleks mRNA. Kode
nukleotida dibaca sebagai kodon dengan 3
huruf. Kodon AUG merupakan awal dari
translasi
INISIASI
Subunit besar ribosom dengan dua tempat
untuk mengikat tRNA yang disebut P dan
A, berikatan dengan subunit kecil ribosom
yang merupakan bentuk fungsional dari
ribosom. tRNA yang pertama akan terikat
pada P dan tRNA yang selnajutnya akan
terikat pada A. Salah satu ujung dari tRNA
akan terikat pada asam amino, sedangkan
ujung yang berlawanan yang merupakan
anti-kodon akan berikatan dengan kodon
ELONGASI
Elongasi merupakan tahap kedua dari translasi
dan dimulai dengan pergeseran ribosom pada
mRNA, satu kodon pada satu waktu. tRNA lainnya
menggantikan posisi dan mengikat kodon mRNA
melalui pasangan basa komplemen dari anti
kodon.
TERMINASI
Tahapan akhir dari translasi adalah terminasi.
Elongasi rantai polipeptida akan berhenti ketika
telah mencapai stop codon. Ketika telah
mencapai stop codon, translasi berakhir dengan
terikatnya release factor pada stop codon. Rantai
polipeptida yang telah terbentuk kemudian
dilepaskan dari komplek ribosom. Ribosom
terpisah menjadi dua subunitnya sehingga proses
translasi lain dapat dimulai
TERIMA
KASIH