Anda di halaman 1dari 13

DNA (Deoxiribonucleic Acid)

a. Pengertian DNA
DNA adalah suatu asam nukleat yang menyimpan segala informasi biologis
yang unik dari setiap makhluk hidup dan beberapa virus.
DNA memiliki beberapa fungsi diantaranya membawa informasi genetik, membentuk
RNA, dan mengontrol aktifitas sel baik secara langsung maupun tidak langsung.
DNA juga berperan penting dalam proses sintesis protein.
b. Susunan DNA
Molekul DNA pertama kali diisolasi oleh F. Miesher pada tahun1896 dari sel
spermatozoa. Ia tidak dapat mengenali sifat zat kimia tersebut secara pasti, kemudian
menyebutnya sebagai nuklein. Nuklein ini berupa senyawa kompleks yang
mengandung unsur fosfor sangat tinggi. Nuklein selanjutnya dikenal sebagai
gabungan asam nukleat dan protein sehingga sering disebut nukleoprotein.
Dalam kedua jenis asam nukleat ini (DNA dan RNA) terdapat dua basa
nitrogen yaitu purin dan pirimidin. Keduanya ditemukan oleh Fischer pada tahun
1880. Pada penilitian selanjutnya , kossel menemukan dua jenis pirimidin, yaitu
sitosin dan timin serta dua jenis purin, yaitu adenin dan guanin. Selain basa purin dan
pirimidin, dalam asam nukleat levine (1910) mengenali gula berkarbon lima, yaitu
ribosa dan deoksiribosa. Ia juga menyatakan adanya asam fosfat dalam asam
deoksiribosa. Ia juga menyatakan adanya asam fosfat dalam asam nukleat.
Menurut James Watson dan Francis Crick (1953) DNA memiliki struktur
sebagai berikut.
1) gula dan fosfat sebagai rantai atau tangga utama
2) basa nitrogen sebagai anak tangga dengan pasangan tetap, yaitu :
a) guanin dengan sitosin (dihubungkan oleh tiga atom H)
b) timin dan adenin (dihubungkan oleh dua atom H)

1
Berdasarkan hasil penelitian Watson dan Crick dapat disimpulkan bahwa DNA
terdiri atas gula pentosa (deoksiribosa), fosfat (PO4-), dan basa nitrogen yaitu purin
meliputi guanin (G) dan adenin (A) serta pirimidin yang meliputi timin (T) dan
sitosin (C= Cytosin).
c. Replikasi DNA
Replikasi DNA adalah proses penggandaan rantai ganda DNA.
Replikasi DNA akan menghasilkan DNA baru. Ada 3 hipotesis yang menjelaskan
terjadinya replikasi DNA. Hipotesis pertama menyatakan bahwa bentuk double helix
DNA yang lama tetap dan langsung menghasilkan double helix yang baru disebut
konservatif. hipotesis kedua menyatakan double helix akan terputus putus,
selanjutnya segmen segmen baru yang bergabung dengan segmen lama membentuk
DNA baru. Hipotesis ini disebut dispresif. Hipotesis ketiga menyatakan dua pita
spiral dari double helix memisahkan diri dan setiap pita tunggal mencetak pita
pasangannya disebut semikonservatif.
d. Perbaikan DNA
DNA repair merupakan suatu mekanisme perbaikan DNA yang mengalami
kerusakan / kesalahan yang diakibatkan oleh proses metabolisme yang tidak normal,
radiasi dengan sinar UV, radiasi ion, radiasi dengan bahan kimia, atau karena adanya
kesalahan dengan replikasi DNA.
Apabila ada kesalahan / kerusakan DNA, sel mempunyai dua pilihan :
1. Kesalahan tersebut diperbaiki dengan cara mengaktifkan DNA repair. Namun
apabila kesalahan yang ada tidak mampu lagi ditanggulangi, sel memutuskan
untuk beralih kepilihan kedua.
2. Apabila DNA tidak mampu diperbaiki lagi, akibat dari adanya kesalahan yang
fatal maka akan dimatikan dari pada hidup membawa pengaruh yang buruk
bagi lingkungan sekililingnya. Kemudian sel dengan DNA yang normal akan
meneruskan perjalanan untuk melengkapi siklus yang tersisa yaitu S (sintesis)
G2 (gap 2) dan M (mitosis).

2
RNA (Ribonucleic Acid)

a. Pengertian RNA
RNA adalah rangkaian nukleotida yang saling terikat seperti rantai. RNA
merupakan hasil transkripsi dari suatu fragmen DNA, sehingga RNA sebagai polimer
yang yang jauh lebih pendek jika dibangdingkan DNA. berbeda dengan DNA yang
umumnya dijumpai dalam inti sel, kebanyakan dari RNA terdapat dalam sitoplasma,
khusunya di ribosom.
Fungsi RNA yaitu sebagai perantara antara DNA dan protein dalam proses ekspresi
genetik karena berlaku untuk organisme hidup.
Jenis jenis RNA :
1. Transfer RNA
RNA yang dibentuk dari dalam nukleus, tetapi menempatkan diri
dalam sitoplasma.
2. Ribosomal RNA (rRNA)
rRNA merupakan ribosom yang mengandung protein dengan
massa yang hampir mirip.
3. Messenger RNA (mRNA)
mRNA merupakan polinukleotida yang berbentuk pita tunggal
linear dan sintetis oleh DNA di dalam nukleus.
b. Proses sintesis RNA
RNA adalah rantai tunggal dari pengkopian DNA, yang merupakan hasil dari
proses transkripsi DNA yang terjadi dalam inti sel/nukleus. Enzim yang diperlukan
dalam transkripsi DNA menjadi RNA adalah RNA polymerase. Reaksi enzimatik
tersebut menghasilkan polimerase RNA dan ribonukleotida. Sekuen nekleutida pada
DNA merupakan tempat atau cetakan seperti poli (A) polimerase yang penting dalam
ekspresi gen. Penambahan nekleutida pada saat sintesis RNA mengikuti aturan
pasangan basa: A berpasanga dengan U, G berpasangan dengan C. Setiap
penambahan satu nukleotida , B- dan Y- fosfat dihilangkan dari nekleutida yang baru

3
datang, dan gugus hidroksil dihilangkan dari ujung 3-karbon pada nukleotida, sama
seperti polimerisasi DNA.
RNA polimerase merupakan komponen pusat dari kompleks inisiasi
transkripsi. Setiap kali suatu gen ditranskrip, suatu kompleks baru digabungkan
segara pada daerah upstream dari gen. Kompleks inisiasi disusun pada posisiyang
sesuai dan tidak pada sembarang tempat di genon karena lokasi target ditandai
dengan sekeun nukleotida khusus yang disebut promotor yang hanya terdapat di
daerah upstream dari gen. Promotor bakteria dapat langsung dikenali oleh enzim
RNA polimerase, tetapi pada eukariot dan archaea suatu protein intermediet yang
mengikat ke DNA diperlukan dan membentuk platfrom tempat RNA polimerase
mengikat.
c. Pemprosesan RNA
Kebanyakan RNA, terutama pada eukariot, awalnya disentesis sebagai
prekursor atau premRNAyang harus di proses sebelum bisa menjalankan fungsinya.
Berikut ini adalah garis besar pemprosesan pre-RNA. Modifikasi akhir terjadi selama
sintesis mRNA eukariot dan archaea yang umumnya dengan penambahan pada
nukleotida pada ujung 5 yang disebut cap dan ekor poli A pada ujung 3. Keduanya
terlibat dalam penggabungan kompleks inisiasi translasi dari mRNA ini. Splicing
adalah penghilangan intron dari prekursor RNA. Banyak gen gen pengkode protein
pada eukariot mengandung intron dan intron ini dikopi saat gen di transkrip. Intron
dihilangan dari pre-mRNA dengan reaksi pemotongan dan penggabungan. Pre-
mRNA yang tidak mengalami penghilangan intron membentuk Fraksi RNA nuklear
yang disebut heterogenous nuclear RNA (hnRNA). Beberapa pre-Rrna dan pre-tRNA
eukoriat juga mengandung intron, sama seperto transkip pada archea, tetapi hal
tersebut jarang pada bakteri.
Pemotongan merupakan peristiwa yang penting dalam pemprosesan rRNA
dan tRNA. Kebanyakan diantaranya awalnya disentesis dari unit transkripsi yang
mengkhususkan diri pada lebih dari satu molekul. Oleh karena itu, pre-rRNA dan pre-
tRNA harus dipotong kecil-kecil untuk menghasilkan RNA yang matang. Tipe
pemprosesan ini terdapat baik pada prokoriat maupun eukariot.

4
Pemprosesan mRNA mempunyai pengaruhyang penting pada komposisi
transkriptom. RNA editing, sebagai contoh dapat menghasilkan suatu pre-mRNA
tunggal yang diubah menjadi dua mRNA yang berbeda. Peristiwa itu nampaknya
tidak umum, tetapi splicing alternatif, dimana suatu pre-mrna menghasilkan dua atau
lebih mrna dengan cara penggabungan exon dengan kombinasi yang berbeda sangat
umum terjadi. Dengan mekanisme ini, jumlah gen yang sedikit bisa menghasilkan
protein yang lebih banyak.
d. Modifikasi RNA
Hasil transkripsi dari gen gen pengkode protein, RNA-r, RNA-t dan RNA-sn pada
dasarnya belum siap pakai baik pada makhluk hidup prokariotik maupun eukariotik.
Proses pembentukan RNA siap pakai (RNA-d, RNA-r,RNA-t) terutama pada
makhluk hidup prokariotik maupun eukariotik.
1. Pembuatan RNA-d
Molekul RNA-d pada makhluk hidup prokariotik maupun eukariotik dapat
dipilih menjadi tiga bagian, yaitu urutan urutan kepala 5 (5 leader sequence),
dan urutan pengkode protein (protein-coding sequence).
2. RNA-d siap pakai pada makhluk hidup prokariotik
Pembuatan RNA-d siap pakai dikalangan makhluk hidup prokariotik dan
eukariotik secara mendasar berbeda.
3. RNA-d siap pakai pada makhluk hidup eukariotik
RNA-d siap pakai pada makhluk hidup eukariotik bukan merupakan hasil
transkripsi langsung, sebagaimana yang ditemukan pada makhluk hidup
prokariotik, tetapi merupakan hasil modifikasi pasca transkripsi yang
dikatalisasi oleh enzim enzim spesifik (Russel, 1992)
4. Penyingkiran hasil transkripsi intron
Pada penyingkiran hasil transkripsi intron terjadi pula peyambungan hasil-
hasil transkripsi exon.
5. Capping
Sebagaimana yang telah dikemukakan pula proses penambahan suatu penutup
diujung 5 dari calon RNA-d di sebut sebagai 3 capping.

5
6. Penambahan ekor poly (A)
Pada modifikasi pasca transkripsi ujung 3 RNA-d eukariotik terjadi
penambahan suatu urut-urutan nukleotida yang berjumlah sekitar 50 hungga
250 nukleotida berbasa adenin yang disebut ekor poly (A).

PENGERTIAN KODE GENETIK DAN KODON.

Kode genetik adalah urutan basa nukleotida dalam asam nukleat (DNA dan
RNA) yang mengkode rantai asam amino dalam protein. DNA terdiri dari empat basa
nukleotida: adenin (A), guanin (G), sitosin (C) dan timin (T).
RNA mengandung nukleotida adenin, guanin, sitosin dan urasil (U). Ketika tiga
kontinyu basa nukleotida kode untuk asam amino atau menandakan awal atau akhir
sintesis protein, set ini dikenal sebagai kodon. Ini set triplet memberikan instruksi
untuk produksi asam amino. Asam amino yang dihubungkan bersama untuk
membentuk protein.

Kode Genetik: kodon


Kodon RNA menunjuk asam amino tertentu. Urutan dasar dalam urutan
kodon menentukan asam amino yang akan diproduksi. Salah satu dari empat
nukleotida dalam RNA dapat menempati salah satu dari tiga posisi kodon mungkin.
Oleh karena itu, ada 64 kombinasi kodon mungkin. Enam puluh satu kodon
menentukan asam amino dan tiga (UAA, UAG, UGA) berfungsi sebagai
menghentikan sinyal untuk menunjuk akhir sintesis protein. Kodon AUG kode untuk
asam amino metionin dan berfungsi sebagai sinyal awal untuk awal penerjemahan.
Beberapa kodon juga dapat menentukan asam amino yang sama. Misalnya, kodon
UCU, UCC, UCA, UCG, AGU, dan AGC semua menentukan serin. RNA kodon
tabel di atas daftar kombinasi kodon dan asam amino yang telah ditentukan.
Membaca tabel, jika urasil (U) berada di posisi kodon pertama, adenin (A) di kedua,

6
dan sitosin (C) di ketiga, kodon UAC menentukan asam amino tirosin. Singkatan dan
nama semua 20 asam amino yang tercantum di bawah ini.

Produksi protein
Protein yang dihasilkan melalui proses transkripsi DNA dan translasi.
Informasi dalam DNA tidak secara langsung diubah menjadi protein, tapi pertama
harus disalin ke RNA. Transkripsi DNA adalah proses dalam sintesis protein yang
melibatkan menyalin informasi genetik dari DNA ke RNA. Protein tertentu yang
disebut faktor transkripsi unwind untai DNA dan memungkinkan polimerase enzim
RNA untuk menuliskan hanya untai tunggal DNA menjadi RNA beruntai tunggal
polimer disebut RNA (mRNA). Ketika RNA polimerase mentranskripsi DNA,
pasangan guanin dengan sitosin dan adenin pasang dengan urasil.
Setelah transkripsi terjadi di dalam inti sel, molekul mRNA harus menyeberang
membran nuklir untuk mencapai sitoplasma. Setelah di sitoplasma, mRNA bersama
dengan ribosom dan molekul RNA lain yang disebut RNA transfer, bekerja sama
untuk menerjemahkan pesan ditranskrip ke dalam rantai asam amino. Selama

7
penerjemahan, setiap kodon RNA dibaca dan asam amino yang tepat ditambahkan ke
rantai polipeptida yang sedang tumbuh. Molekul mRNA akan terus diterjemahkan
sampai penghentian atau kodon stop tercapai.

Kode Genetik: Mutasi


Sebuah mutasi gen adalah perubahan dalam urutan nukleotida dalam DNA.
Perubahan ini dapat mempengaruhi sepasang nukleotida tunggal atau segmen yang
lebih besar dari kromosom. Mengubah urutan nukleotida yang paling sering
menghasilkan protein yang tidak berfungsi. Hal ini karena perubahan pada urutan
nukleotida mengubah kodon. Jika kodon berubah, asam amino dan dengan demikian
protein yang disintesis tidak akan menjadi pihak yang dikodekan dalam urutan gen
asli. Mutasi gen secara umum bisa dikategorikan menjadi dua jenis: mutasi titik dan
pasangan basa insersi dan delesi. Mutasi titik mengubah satu nukleotida tunggal.
Pasangan basa insersi atau delesi terjadi jika basa nukleotida dimasukkan ke atau
dihapus dari urutan gen asli. Mutasi gen yang paling sering hasil dari dua jenis
kejadian. Pertama, faktor lingkungan seperti bahan kimia, radiasi, dan sinar
ultraviolet dari matahari dapat menyebabkan mutasi. Kedua, mutasi juga dapat
disebabkan oleh kesalahan yang dibuat selama pembagian sel (mitosis dan meiosis).

REGULASI EKSPRESI GEN


Ekspresi gen merupakan rangkaian proses penerjamahan informasi genetik
(dalam bentuk urutan basa pada DNA atau RNA) menjadi protein. Di dalam gen,
urutan nekleutida di sepanjangan untaian DNA menentukan protein,yang akan
dihasilkan oleh organisme disebut sebagai ekspresi gen. Dimana dalam ekspresi gen
terjadi proses transkripsi materi genetik (DNA) di dalam sel menjadi RNA dan
selanjutnya di translasi menjadi polipeptida yang spesifik
Kontrol utama ekspresi gen terjadi pada tingkat awal transkripsi . Transkripsi
di awali oleh pada unsur promotor proksimal yang membentuk sekitar 30 nukleotida
di hulu dari tempat star transkripsi.pengaturan pada tahap transkripsi merupakan

8
pengaturan utama pada ekresi gen.pengaturan pada tingkat translasi merupakan
mekanisme tambahan yang berlangsung di sitoplasma. Untuk suatu gen spesifik,
pengaturan dapat terjadi secara bersamaan untuk merangsang atau menghambat
kreasi suatu gen.
Proses ekspresi gen dalam organisme
Dalam tubuh manusia terdapat banyak gen (unit dasar hereditas dalam
kehidupan organisme) yang nantinya akan terekspresi mejadi fenotip (sifat yang
tampak), misalnya rambut hitam, kulit sawo matang, hidung mancung, dan
sebagainya. Dalam istilah biologi molekuler kita kenal dengan istilah dogma sentral
biologi molekuler. Dogma disini adalah suatu kerangka kerja untuk dapat memahami
urutan transfer informasi antara biopolymer (DNA, RNA, protein) dengan cara yang
paling umum dalam organisme hidup. Sehingga secara garis besar, dogma sentral
maksudnya adalah semua informasi terdapat pada DNA, kemudian akan digunakan
untuk menghasilkan molekul RNA melalui transkripsi, dan sebagian informasi pada
RNA tersebut akan digunakan untuk menghasilkan protein melalui proses yang
disebut translasi.

1. Transkripsi
Merupakan tahapan awal dalam prosessintesis protein yang nantinya
proses tersebut akan berlanjut pada ekspresi sifat-sifat genetik yang
muncul sebagai fenotip. Dan untuk mempelajarai biologi molekuler
tahap dasar yang harus kita ketahui adalah bagaimana mekanisme
sintesis protein sehingga dapat terekspresi sebagai fenotip. Transkripsi
merupakan proses sintesis molekul RNA pada DNA template. Proses
ini terjadi pada inti sel / nukleus (pada organisme eukariotik.
Sedangkan pada organisme prokariotik berada di sitoplasama karena
tidak memiliki inti sel) tepatnya pada kromosom.
Komponen yang terlibat dala proses transkripsi yaitu:

9
DNA templat (cetakan) yang terdiri atas basa
nukleotida adenin (A), guanin (G), timin (T), sitosin
(S).
Enzim RNA polimerase
Faktor-faktor transkripsi
Prekursor (bahan yang ditambahkan sebagai
penginduksi).
Hasil dari proses sintesis tersebut adalah tiga macam RNA, yaitu :
mRNA (messeger RNA)
tRNA (transfer RNA)
rRNA (ribosomal RNA)

tahapan dalam proses transkripsi pada dasarnya terdiri dari 3 tahap, yaitu :
a) inisiasi (pengawalan)
transkripsi tidak dimulai di sembarang tempat pada DNA, tapi
di bagian hulu (upstream) dari gen yaitu promoter. Salah satu
bagian terpenting dari promoter adalah kotak pribnow (TATA
box). Inisiasi dimulai ketika holoenzim RNA polimerase
menempel pada promoter. Tahapannya dimulai dari
pembentukan komplekspromoter tertutup, pembentukan
kopleks promoter terbuka, penggabungan beberapa nukleotida
awal, dan perubahan konformasi RNA polimerase karena
struktur sigma dilepas dari kompleks holoenzim.
b) Elongasi (pemanjangan)
Pemanjangan disini adalah pemanjangan neukleotida. Setelah
RNA polimerase menempel pada promoter maka enzim
tersebut akan terus bergerak sepanjang molekul DNA,
mengurai dan meluruskan heliks. Dalam pemanjangan,
nukleotida ditambahkan secara kovalen pada ujung 3 molekul
RNA yang baru terbentuk. Misalnya nukleotida DNA cetakan

10
A, maka nukleotida RNA yang ditambahkan adalah U , dan
seterusnya. Lajupemanjangan maksimum molekul transkrip
RNA berkisar antara 30-60 nukleotida per detik. Kecepatan
elongasi tidak konstan.
c) Terminasi (pengakhiran)
Terminasi juga tidak terjadi di sembarang tempat. Transkripsi
berakhir ketika menemui nuleotida tertentu berupa STOP
kodon. Selanjutnya RNA terlepas dari DNA template menuju
ribosom.
2. Translasi
Tahap selanjutnya setelah transkripsi adalah terjemahan (translasi).
Penerjemahan adalah suatu proses penerjemahan urutan nukleotida
molekul mRNA yang ada dalam rangkaian asam amino yang
menyusun suatu polipoptida atau protein. Apa yang dibutuhkan dalam
proses penerjemahan adalah mRNA, ribosom, tRNA, dan asam
amino. Ribosom terdiri atas subunit besar dan kecil.. ketika dua sub
unit digabung untuk membentuk sebuah monosom. Sub unit kecil
berisi peptidil(P), dan Aminoasil (A). Sedangkan sub unit besar
mengandung Exit (E), P dan A. Kedua terikat pada protein yang
membantu menguraikannya.
3. Pengaturan translasi
Pengaturan tingkat translasi merupakan pengaturan pada pembentukan
protein. Faktor inisiasi untuk translasi, terutama faktor inisiasi
eukariotik 2 (ELF2) merupakan pusat mekanisme pengatur ini. Kerja
ELF2 dapat dihambat oleh fosfolirasi, sedangkan MRNA lain
memiliki lengkung tajam yang menghambat inisiasi translasi.

11
4. Pengaturan pasca translasi
Pengaturan setelah terbentuknya protein. Setelah disintesis, lama
hidup protein diatur oleh degradasi proteolik.protein lain di degradasi
oleh protease di dalam sitoplasma.sebagian protein ini nampaknya
mengalami degradasi melalui pengikatan suatu protein yang di kenal
dengan nama ubikuitin. Ubikuitin adalah protein yang sangat hemat.
Urutan asam aminonya hanya memiliki sedikit variasi antara berbagai
organisme.

12
DAFTAR PUSTAKA

Bresnick, Stephen. 2003. Intisari Biologi. Jakarta: Hipoktrates.


Guyton,A.C. 2007. Buku Ajar Fisiologi Kedokteran Edisi II. Jakarta: EGC.
James D, Watson. 1988. DNA Recombinaan Suatu Pelajaran Singkat. Jakarta:
Penerbit Erlangga.
Kimball. 1999. Biologi. Jakarta: Erlangga.
Pratiwi. 2000. Biologi. Jakarta: Erlangga.

13