GENETIKA

BAKTERI

26/02/2009 11:21:31 1

Genom Prokariota

secara umum :
-genom prokariota < eukariota
-sirkuler (mayoritas), linier
(minoritas)
-mempunyai plasmid (sebagian)

26/02/2009 11:21:31 2

1
 Genom Prokariota

secara umum :
-lebih padat
-tidak punya intron
-membentuk superkumparan
(supercoil) :
girase DNA (topoisomerase)

26/02/2009 11:21:31 3

Ukuran Genom

E. coli 4,64 Mb
S. cerevisiae (yeast) 12,1
Mb
H. sapiens (humans) 3.000
Mb
26/02/2009 11:21:31 4

2
 Ukuran Genom

Mus musculus (mouse)

3.300 Mb
Oryza sativa (rice) 565 Mb
Zea mays (maize) 5.000
Mb
26/02/2009 11:21:31 5

Glosarium
genom : one complete copy of the genetic
information in a cell (Tortora et al., 2001) ;
the entire genetic complement of a living
organism (Brown, 1999)
intron : a noncoding region within a
discontinuous gene (Brown, 1999)
exon : a coding region within a
discontinuous gene (Brown, 1999)
26/02/2009 11:21:31 6

3
 Glosarium

Mb = Megabase pair = 1.000 kb

= 1.000.000 bp
bp = base pair = pasang basa =
pb
M = Mega = 1.000.000
k = kilo = 1.000
26/02/2009 11:21:31 7

Suplemen

1 sel E. coli : 2,0 m (p) x 1,0 m (l)

-ukuran genom : 4,64 Mb = 4.640.000
pb
-linier 1 mm
prokariota : bakteri, ganggang biru
eukariota : fungi, protozoa,
nonvertebrata, vertebrata, tumbuhan
26/02/2009 11:21:31 8

4
 Genom Escherichia coli

26/02/2009 11:21:31 9

Pengaturan Ekspresi Gen Pada Bakteri

reaksi metabolis
-dikatalisis oleh enzim
-dibagi 2 (dua), yakni reaksi anabolis
(biosintesis) & reaksi katabolis
(degradasi)
gen sintesis protein (antara lain
enzim)
26/02/2009 11:21:31 10

5
 Pengaturan Ekspresi Gen Pada Bakteri

sel menghemat energi dengan cara

membuat protein yang diperlukan
6080 % gen konstitutif produk
dihasilkan secara tetap, misalnya enzim
untuk glikolisis
sisanya (2040 %) diatur (diregulasi)
dibuat apabila diperlukan

26/02/2009 11:21:31 11

Glosarium

constitutive enzyme
: an enzyme that is
produced
continuously
26/02/2009 11:21:31 12

6
 Pengaturan Ekspresi Gen Pada Bakteri

terdapat 2 mekanisme, yakni

represi dan induksi

transkripsi mRNA

sintesis enzim dari mRNA
26/02/2009 11:21:31 13

Pengaturan Ekspresi Gen Pada Bakteri

represi
-inhibisi ekspresi gen
-menurunkan sintesis enzim respons
terhadap kelebihan produk akhir
-dimediasi oleh protein yang disebut
represor (memblok polimerase
RNA)
26/02/2009 11:21:31 14

7
 Pengaturan Ekspresi Gen Pada Bakteri

induksi
-inducer mendorong transkripsi
(misalnya alolaktosa)
-inducible enzyme, misalnya
*E. coli medium tanpa laktosa
galaktosidase (-)
* E. coli medium berisi laktosa
galaktosidase (+)
26/02/2009 11:21:31 15

Suplemen

polimerase RNA (RNA

polymerase)
-mengatalisa transkripsi DNA untuk
membentuk RNA
-inisiasi transkripsi

galaktosidase : laktosa
galaktosa + glukosa
26/02/2009 11:21:31 16

8
 Model Operon Ekspresi Gen
1961-Franois Jacob & Jacques Monod-
formulasi
dasar : penelitian pada induksi enzim-
enzim katabolis pada E. coli
-galaktosidase (Z) : laktosa galaktosa +
glukosa
-permease (Y) : transport laktosa di dalam sel
-tranasetilase (A) : metabolisme disakarida

26/02/2009 11:21:31 17

Model Operon Ekspresi Gen

promoter (P)
-promotor
-daerah dimana polimerase RNA memulai
transkripsi
operator (O)
-seperti lampu lalu lintas
menjalankan/menghentikan transkripsi gen
struktural

26/02/2009 11:21:31 18

9
 Model Operon Ekspresi Gen
operon : P, O, Z, Y, A
lac operon :
-gen struktural : Z, Y, A
-daerah kontrol : P, O
regulatory gene (I)
-gen pengatur
-mengode protein represor
26/02/2009 11:21:31 19

Lac Operon

Lihat slide
berikut !
26/02/2009 11:21:31 20

10
26/02/2009 11:21:31 21

Mekanisme Pertukaran Genetik

memasukkan DNA ke
dalam bakteri
ada 3 mekanisme, yaitu
transformasi, transduksi,
dan konjugasi
26/02/2009 11:21:31 22

11
 Mekanisme Pertukaran Genetik

transformasi
-beberapa bakteri secara spontan
mengambil DNA dari medium dan
menyisipkannya ke dalam genom
-contoh : S. pneumoniae, E. coli,
H. influenzae
26/02/2009 11:21:31 23

Mekanisme Pertukaran Genetik

transduksi
-memasukkan materi
genetis ke dalam bakteri
dengan memakai fage

26/02/2009 11:21:31 24

12
 Suplemen

fage
-= bakteriofag
-virus yang menyerang bakteri
-contoh : C. diphtheriae ; phi
X 174 Salmonella ; Mu, , P1,
F1, T1, T2,T4, T7 E. coli
26/02/2009 11:21:31 25

Mekanisme Pertukaran Genetik

konjugasi
-memerlukan kontak sel ke sel
-syarat : mempunyai plasmid
konjugatif
-contoh : E. coli mempunyai
plasmid F
26/02/2009 11:21:31 26

13
 Suplemen

plasmid
-cincin DNA kecil dalam sitoplasma
-umumnya terdapat pada bakteri
-tipe-tipe plasmid :
*resistance resistensi terhadap
antibiotika
: Rbk E. coli
26/02/2009 11:21:31 27

Suplemen

*fertility konjugasi & transfer

DNA di antara bakteri : F E.
coli
*killer sintesis toksin yang
membunuh bakteri lain : Col E.
coli (produksi colicin)
26/02/2009 11:21:31 28

14
 Suplemen
*degradative enzim untuk
metabolisme molekul tak lazim : TOL
P. putida (metabolisme toluen)
*virulence patogenisitas : Ti
Agrobacterium tumifaciens (
crown gall disease pada tumbuhan
dikotil)

26/02/2009 11:21:31 29

Mutasi

mutan
mutasi spontan
-jarang
-1 : 106109 pembelahan sel
- mutagen
26/02/2009 11:21:31 30

15
 Mutasi
berbagai jenis mutasi
-urutan asli (wild type) : GAA (glu) GGU
(gly) UAC (tyr) AUU (ile) ACU (thr)
-substitusi basa : GAA (glu) GGU (gly) AAC
(asn) AUU (ile) ACU (thr)

-delesi : GAA (glu) GGU (gly) ACA (thr)

UUA (leu) CU
26/02/2009 11:21:31 31

Mutasi

-insersi : GAA (glu) GGU (gly) AUA (ile)

CAU (his) UAC (tyr) U
-duplikasi : GAA (glu) GGU (gly) GGU (gly)
GGU (gly) UAC (tyr)
-perubahan menjadi kodon terminasi : GAA
(glu) GGu (gly) UAA (kodon terminasi)
AUU ACU

26/02/2009 11:21:31 32

16
 Suplemen

AUG Met/Start
UAA Stop
UAG Stop
UGA (Stop)
26/02/2009 11:21:31 33

Glosarium

mutation : any change in the

nitrogenous base sequence of DNA
mutation rate : the probability that a
gene will mutate each time a cell
divides
mutagen : an agent in the enviroment
that brings about mutations
26/02/2009 11:21:31 34

17
 Replikasi DNA Bakteri

Lihat slide
berikut !
26/02/2009 11:21:31 35

26/02/2009 11:21:31 36

18