Makalah PBL Blok 4

Teknologi DNA Dalam Penelusuran Hubungan Keluarga

Ayudhea Tannika / 10.2012.298 / F3
Fakultas Kedokteran UKRIDA
Jl. Arjuna Utara No. 6 Jakarta Barat 11510

Abstrak

Pemahaman tentang gen ternyata membawa dampak yang besar. Unit hereditas pada
makhluk hidup ini sangat berpengaruh dalam kehidupan manusia. Hasil penelitian Mendel
tentang pewarisan sifat sangat berguna terutama dalam bidang biomolekuler. Selanjutnya
materi hereditas dihubungkan dengan pemahaman tentang struktur dan fungsi molekul DNA
sebagai unit pembawa sifat. Dalam perkembangan IPTEK, gen yang terdapat dalam DNA
makhluk hidup menjadi pusat perhatian para peneliti. Teknologi DNA sekarang diaplikasikan
dalam berbagai bidang, mulai dari pertanian hingga hukum kriminal. Tidak sedikit orang-
orang zaman sekarang memanfaatkan keberadaan teknologi ini untuk memastikan hubungan
keluarga dan berbagai kepentingan lainnya. Teknologi tersebut antara lain Polymerase Chain
Reaction (PCR), gel elektroforesis, southern blotting, dan masih banyak lagi. Perkembangan
selanjutnya dari teknologi DNA ini diharapkan dapat membawa dampak positif lainnya
dalam kehidupan.

Kata kunci: teknologi DNA, PCR, elektroforesis, southern blotting

Abstract

An understanding of the genes was found to be a major impact. Units of heredity in

living organisms is very influential in people's lives. The results from the Mendelian
inheritance of properties is very useful, especially in the field of biomolecular engineering.
Furthermore, the material of heredity is linked with an understanding of the structure and
function of the DNA molecule as a trait carrier unit. In science and technology development,
the genes contained in the DNA of living creatures has been the center of attention of
researchers. DNA technology now applied in various fields, ranging from agriculture to
criminal law. Not a few people today take advantage of this technology to ensure the
existence of family relationships and a variety of other interests. These technologies include
Polymerase Chain Reaction (PCR), gel electrophoresis, southern blotting, and much more.
Further development of DNA technology is expected to bring a positive impact in the lives of
others.

Keywords: DNA technology, PCR, electrophoresis, southern blotting

Fakultas Kedokteran UKRIDA Jakarta 2012

Jl. Arjuna Utara No. 6 Jakarta Barat 11510 1
Pendahuluan
Pemahaman tentang gen ternyata membawa dampak yang besar. Unit hereditas pada
makhluk hidup ini sangat berpengaruh dalam kehidupan manusia. Hasil penelitian Mendel
tentang pewarisan sifat sangat berguna terutama dalam bidang biomolekuler. Selanjutnya
materi hereditas dihubungkan dengan pemahaman tentang struktur dan fungsi molekul DNA
sebagai unit pembawa sifat. Dalam perkembangan IPTEK, gen yang terdapat dalam DNA
makhluk hidup menjadi pusat perhatian para peneliti.
Pada skenario PBL kali ini, dikatakan bahwa dari televisi diberitakan tentang
ditemukannya seorang bayi, bayi tersebut diduga bayi hilang ketika baru dilahirkan, yang
dilaporkan ibunya. Pihak kepolisian ingin membuktikan bahwa bayi itu adalah benar anak
dari ibu tersebut.
Makalah ini akan membahas masalah tersebut dengan pendekatan hereditas dan
teknologi DNA. Termasuk di dalamnya konsep pewarisan sifat Mendel, sistem golongan
darah ABO, struktur dan fungsi molekul DNA, dan contoh-contoh dari teknologi DNA.
Tujuan penulisan makalah ini selain untuk tugas mandiri PBL, juga untuk mendalami materi
tentang dasar biologi sel berkaitan dengan bioteknologi beserta aplikasi materi tersebut dalam
kehidupan sehari-hari.

Pembahasan

Percobaan Mendel Mengawali Prinsip Dasar Hereditas

Mendel menemukan prinsip dasar hereditas dengan membudidayakan kacang ercis
dalam suatu percobaan yang terencana dan teliti. Mendel mungkin memilih untuk bekerja
menggunakan kacang ercis karena kacang ercis memiliki banyak varietas. Sebagai contoh,
ada varietas yang mempunyai bunga ungu, sementara varietas yang lain ternyata mempunyai
bunga putih. Ahli genetika menggunakan istilah karakter untuk menjelaskan sifat yang dapat
diturunkan, seperti warna bunga, yang terdapat pada individu. Setiap varian dari suatu
karakter, seperti warna bunga ungu dan putih pada bunga, dinamakan sifat (trait).1
Penggunaan kacang ercis juga membuat Mendel dapat melakukan kontrol yang ketat
berkenaan dengan tanaman mana saja yang akan saling dikawinkan. Organ kelamin dari
tanaman kacang ercis terdapat pada bunganya dan setiap bunga kacang ercis mempunyai
sekaligus organ kelamin jantan dan betina. Biasanya tanaman ini berfertilisasi sendiri.
Mendel memilih untuk menelusuri hanya karakter-karakter yang bervariasi dengan

Fakultas Kedokteran UKRIDA Jakarta 2012

Jl. Arjuna Utara No. 6 Jakarta Barat 11510 2
pendekatan apakah karakter tersebut ada atau tidak ada dan bukan dengan karakter tersebut
lebih banyak atau lebih sedikit. Sebagai contoh, tanaman Mendel mempunyai bunga ungu
saja atauh putih saja; tidak ada karakter antara pada kedua varietas tersebut. Seandainya
Mendel ternyata memfokuskan penelitiannya pada karakter-karakter yang terus berubah-ubah
pada individu contohnya berat biji- Mendel tidak akan pernah menemukan sifat partikulat
pada penurunan sifat.
Mendel juga memastikan bahwa dia memulai percobaannya dengan varietas galur
murni (true-breeding), yang berarti ketika tanaman menyerbuk sendiri, semua keturunannya
akan mempunyai varietas yang sama. Contohnya, suatu tanaman dengan bunga ungu adalah
perkawinan galur murni jika biji yang dihasilkan melalui penyerbukan sendiri menghasilkan
tanaman yang juga mempunyai bunga ungu. 1
Dalam sebuah percobaan pengembangbiakan yang biasa dilakukan, Mendel
biasanya akan melakukan penyerbukan silang terhadap dua varietas ercis galur murni yang
kontras-contohnya tanaman berbunga ungu dan putih. Perkawinan, atau penyilangan dua
varietas ini disebut hibridisasi. Contoh yang dijelaskan di sini lebih spesifik yaitu
penyilangan monohibrid, istilah untuk penyilangan yang menelusuri penurunan sifat sebuah
karakter pada kasus ini adalah warna bunga. Induk galur murni disebut generasi P (dari kata
parental), dan keturunan hibridnya adalah generasi F1 (dari kata filial keturunan pertama).
Membiarkan hibrid F1 ini melakukan penyerbukan sendiri menghasilkan generasi F2 (filial
kedua). Mendel biasanya mengikuti sifat-sifat bawaan paling sedikit untuk tiga generasi: P,
F1, dan F2. Seandainya saja Mendel menghentikan percobaannya pada generasi F1, pola dasar
penurunan sifat bisa saja menipunya. Analisa kuantitatif Mendel pada tanaman F2 inilah yang
terutama mengungkapkan dua prinsip dasar hereditas yang sekarang dikenal sebagai hukum
segregasi dan hukum pemilahan bebas.1
Namun sebelum masuk ke dalam pembahasan tentang hukum Mendel, perlu
diketahui pemahaman mengenai fenotipe dan genotipe.

Fenotipe dan Genotipe

Fenotipe adalah "luar, manifestasi fisik" dari organisme. Ini adalah bagian fisik,
jumlah dari atom, molekul, makromolekul, sel, struktur, metabolisme, pemanfaatan energi,
jaringan, organ, refleks dan perilaku, apa saja yang merupakan bagian dari struktur yang
dapat diamati, fungsi atau perilaku suatu organisme hidup.2

Fakultas Kedokteran UKRIDA Jakarta 2012

Jl. Arjuna Utara No. 6 Jakarta Barat 11510 3
 Genotipe adalah "kode internal, informasi yang diwariskan" yang dibawa oleh
semua organisme hidup. Informasi yang tersimpan ini digunakan sebagai "cetak biru" atau set
instruksi untuk membangun dan memelihara makhluk hidup. Instruksi-instruksi ini
ditemukan dalam hampir semua sel ("internal" bagian), mereka ditulis dalam bahasa kode
(kode genetik), mereka akan disalin pada saat pembelahan sel atau reproduksi dan diwariskan
dari satu generasi ke generasi berikutnya ("diwariskan"). Instruksi ini sangat erat terlibat
dengan semua aspek kehidupan sel atau organisme. Mereka mengendalikan segala sesuatu
dari pembentukan makromolekul protein, untuk regulasi metabolisme dan sintesis.2

Hukum Segregasi Mendel

Hukum Mendel I dikenal juga dengan Hukum Segregasi menyatakan: pada
pembentukan gamet kedua gen yang merupakan pasangan akan dipisahkan dalam dua sel
anak. Hukum ini berlaku untuk persilangan monohibrid (persilangan dengan satu sifat beda).
Contoh dari terapan Hukum Mendell I adalah persilangan monohibrid dengan dominansi.
Persilangan dengan dominansi adalah persilangan suatu sifat beda dimana satu sifat lebih
kuat daripada sifat yang lain. Sifat yang kuat disebut sifat dominan dan bersifat menutupi,
sedangkan yang lemah/tertutup disebut sifat resesif. Perhatikan contoh berikut ini:
Disilangkan antara mawar merah yang bersifat dominan dengan mawar putih yang bersifat
resesif.3

Persilangan monohibrid dengan kasus intermediet

Sifat intermediet adalah sifat yang sama kuat, jadi tidak ada yang dominan ataupun resesif.
Contoh: disilangkan antara mawar merah dengan mawar putih

Fakultas Kedokteran UKRIDA Jakarta 2012

Jl. Arjuna Utara No. 6 Jakarta Barat 11510 4
Hukum Berpasangan Bebas/Hukum Pemilahan Bebas
Hukum Mendell II dikenal dengan Hukum Independent Assortment, menyatakan:
bila dua individu berbeda satu dengan yang lain dalam dua pasang sifat atau lebih, maka
diturunkannya sifat yang sepasang itu tidak bergantung pada sifat pasangan lainnya.
Hukum ini berlaku untuk persilangan dihibrid (dua sifat beda) atau lebih. Contoh:
disilangkan ercis berbiji bulat warna kuning (dominan) dengan ercis berbiji kisut warna hijau
(resesif).3

Pewarisan Keturunan Menurut Golongan Darah

Golongan darah yang ada dalam setiap anggota keluarga dapat ditelusuri dengan
mengaplikasikan pola hereditas. Gen yang menjadi golongan darah ABO bersifat
berpasangan, ada alel Ia, Ib, Io. Golongan darah ditentukan oleh pasangan gen-gen tersebut,
deskripsinya sebagai berikut.
*Golongan darah A pasangan yang mungkin Ia Ia dan Ia Io.
*Golongan darah B pasangan yang mungkin Ib Ib dan Ib Io.

Fakultas Kedokteran UKRIDA Jakarta 2012

Jl. Arjuna Utara No. 6 Jakarta Barat 11510 5
*Golongan darah O hanya satu pasangan yang mungkin Io Io.
* Golongan darah AB hanya satu pasangan yang mungkin Ia Ib.
Dalam hal ini terjadi penyilangan jika ayah dan ibu mempunyai golongan darah yang
berbeda, bisa kita lihat pada contoh dibawah ini:
Jika ayah bergolongan darah B dan Ibu bergolongan darah O, maka ada dua
kemungkinann penyilangan yaitu: kemungkinan pertama: Ib Io x Io Io dengan hasil: Ib
Io, Ib Io, Io Io dan Io Io. (jadi kemungkinan anaknya 50% bergolongan darah B dan O.
kemungkinan kedua: Ib Ib x Io Io dalam hal ini anak yang lahir pasti bergolongan
darah B (Io Ib).
Jika Ayah O dan Ibu AB, kemungkinan pertama: Ib Io x Ia Ib hasilnya: Ia Ib, Ib Ib, Ia Io
dan Ib Io. Anak yang lahir kemungkian 50% bergolongan darah B, 25% bergolongan
darah A, AB. Kemungkinan kedua: Ib Ib x Ia Ib, hasilnya: Ia Ib, Ib Ib, Ia Ib, Ib Ib.
kemungkinan anak yang lahir bergolongan darah B atau AB.
Jika Ayah B dan Ibu A, kemungkinan pertama: Ib Io x Ia Io hasilnya: Ia Ib, Ia Io, Io Ib,
dan Io Io. Anak yang lahir bisa bergolongan darah A, B, O, AB. Kemungkinan kedua:
Ib Ib x Ia Ia, hasilnya: Ia Ib, Ia Ib, Ia Ib, dan Ia Ib. anak yang lahir pasti bergolongan darah
AB(Ia Ib)

Tabel pewarisan golongan darah kepada anak

Ibu Ayah
O A B AB
O O O, A O, B A, B
A O, A O, A O, A, B, AB A, B, AB
B O, B O, A, B, AB O, B A, B, AB
AB A, B A, B, AB A, B, AB A, B, AB

Struktur dan Fungsi DNA

Ahli biologi tahun 1940-an mengalami kesulitan dalam menerima DNA sebagai
materi genetik karena kesederhanaan yang terlihat dari kimia nya. DNA dikenal sebagai
polimer yang panjang terdiri dari hanya empat jenis subunit, yang mirip satu sama lain secara
kimia. Pada awal tahun 1950-an, DNA pertama kali diperiksa oleh x-ray analisis difraksi,
suatu teknik untuk menentukan struktur tiga dimensi atom dari molekul. Hasil difraksi X-ray
menunjukkan bahwa DNA terdiri dari dua untai polimer menjadi heliks. Pengamatan bahwa

Fakultas Kedokteran UKRIDA Jakarta 2012

Jl. Arjuna Utara No. 6 Jakarta Barat 11510 6
DNA beruntai ganda itu adalah signifikansi penting dan memberikan salah satu petunjuk
utama yang menyebabkan struktur Watson-Crick DNA. Hanya ketika model ini diusulkan itu
potensi DNA untuk replikasi dan pengkodean informasi menjadi jelas. Dalam bagian ini kita
memeriksa struktur molekul DNA dan menjelaskan secara umum bagaimana ia mampu
menyimpan moleku informasi secara turun-temurun, untuk regulasi metabolisme dan
sintesis.4
Sebuah molekul DNA terdiri dari dua rantai polinukleotida panjang terdiri dari
empat jenis subunit nukleotida. Masing-masing rantai dikenal sebagai rantai DNA, atau
sebuah untai DNA. Ikatan hidrogen antara bagian pangkal nukleotida memegang dua rantai
bersama-sama (Gambar 1).

Gambar 1. Struktur DNA4

Nukleotida terdiri dari gula lima-karbon yang melekat satu atau lebih gugus fosfat
dan basis yang mengandung nitrogen. Dalam kasus nukleotida DNA, gula deoksiribosa
melekat gugus fosfat tunggal (maka asam deoksiribonukleat nama), dan dasar dapat berupa

Fakultas Kedokteran UKRIDA Jakarta 2012

Jl. Arjuna Utara No. 6 Jakarta Barat 11510 7
(A) adenin, sitosin (C), guanin (G), atau timin (T). Nukleotida yang kovalen dihubungkan
bersama di rantai melalui gula dan fosfat, yang dengan demikian membentuk "tulang
punggung" gula-fosfat-gula-fosfat (lihat Gambar 1). Karena hanya dasar berbeda di masing-
masing dari empat jenis subunit, masing-masing rantai polinukleotida dalam DNA analog
dengan sebuah kalung (tulang punggung) dirangkai dengan empat jenis manik-manik (empat
basa A, C, G, dan T). Simbol-simbol yang sama (A, C, G, dan T) juga sering digunakan
untuk menunjukkan perbedaan empat nukleotida-yaitu, dasar dengan gula terpasang dan
gugus fosfat.4
Struktur tiga dimensi DNA-helix ganda-muncul dari kimia dan fitur struktural dari
dua rantai polinukleotida. Karena dua rantai yang diselenggarakan bersama oleh ikatan
hidrogen antara dasar pada untaian yang berbeda, semua basis berada di dalam double helix,
dan gula-fosfat tulang punggung berada di luar. Dalam setiap kasus, dua-cincin basa
dipasangkan dengan basa tunggal; A selalu berpasangan dengan T, dan G dengan C ( Gambar
2).4

Gambar 2. Pasangan Basa Komplementer Dalam Untai Ganda DNA4

Hubungan Antara Informasi Genetik dalam DNA dan Protein

Set lengkap informasi dalam DNA suatu organisme disebut genom dan ia membawa
informasi untuk semua protein organisme akan pernah mensintesis. Jumlah informasi yang
terkandung dalam genom yang mengejutkan: misalnya, sebuah sel manusia yang khas berisi

Fakultas Kedokteran UKRIDA Jakarta 2012

Jl. Arjuna Utara No. 6 Jakarta Barat 11510 8
2 meter dari DNA. Ditulis dalam abjad empat huruf nukleotida, urutan nukleotida dari gen
manusia sangat kecil menempati seperempat halaman teks, sedangkan urutan nukleotida
lengkap dalam genom manusia akan mengisi lebih dari seribu buku ukuran satu ini. Selain
informasi penting lainnya, ia membawa instruksi untuk sekitar 30.000 protein yang berbeda.4
Pada setiap pembelahan sel, sel harus menyalin genom untuk lulus untuk kedua sel
anak. Penemuan struktur DNA juga mengungkapkan prinsip yang membuat menyalin
mungkin: karena setiap untai DNA mengandung urutan nukleotida itulah melengkapi urutan
nukleotida untai mitranya, masing-masing untai dapat bertindak sebagai template, atau
cetakan, untuk sintesis untai komplementer baru. 4
Dengan kata lain, jika kita menunjuk dua untai DNA sebagai S dan S ', untai S dapat
berfungsi sebagai template untuk membuat untai S baru, sedangkan 'untai S dapat berfungsi
sebagai template untuk membuat untai baru S (Gambar 3). Dengan demikian, informasi
genetik dalam DNA dapat disalin secara akurat oleh proses indah sederhana di mana untai S
memisahkan dari untai S, dan setiap helai dipisahkan kemudian berfungsi sebagai template
untuk produksi untai mitra baru pelengkap yang identik dengan mantan mitra.4

Gambar 3. DNA Sebagai Template Untuk Duplikasi Sendiri 4

Penyidikjarian dengan Teknologi DNA

Sidik jari DNA dalam genetika, merupakan metode mengisolasi dan membuat
gambar urutan DNA (asam deoksiribonukleat). Teknik ini dikembangkan pada tahun 1984
oleh ahli genetika Inggris Alec Jeffreys, setelah ia melihat adanya urutan tertentu DNA
(disebut minisatellites) yang tidak memberikan kontribusi pada fungsi gen tetapi diulang
dalam gen dan gen lain dari DNA sampel. Jeffreys juga ditentukan bahwa setiap organisme
memiliki pola unik dari minisatellites, pengecualian hanya menjadi beberapa individu dari
zigot tunggal (misalnya, kembar identik).5

Fakultas Kedokteran UKRIDA Jakarta 2012

Jl. Arjuna Utara No. 6 Jakarta Barat 11510 9
 Prosedur untuk membuat sidik jari DNA terdiri dari terlebih dahulu mendapatkan
sampel sel yang mengandung DNA (misalnya, dari kulit, darah, atau rambut), mengekstrak
DNA, dan membersihkannya. DNA ini kemudian dipotong pada titik-titik tertentu di
sepanjang untai dengan zat yang disebut enzim restriksi. Hal ini menghasilkan fragmen dari
berbagai panjang yang diurutkan dengan menempatkan mereka pada gel dan kemudian
menundukkan gel untuk arus listrik (elektroforesis): semakin pendek fragmen yang lebih
cepat itu akan bergerak menuju kutub positif (anoda) (Gambar 4). 5

Gambar 4. Teknik Pemisahan DNA dalam Gel Elektroforesis5

Kemudian, diurutkan beruntai ganda fragmen DNA yang kemudian dibebani dengan
suatu teknik blotting di mana mereka dibagi menjadi alur tunggal dan dipindahkan ke
lembaran nilon. Fragmen menjalani autoradiografi di mana mereka terkena DNA probe-
potongan DNA sintetis yang telah dibuat mengikat radioaktif dan bahwa untuk minisatellit.
Sepotong X-ray film kemudian terkena fragmen, dan tanda gelap diproduksi pada setiap titik
di mana probe radioaktif telah menjadi melekat. Pola yang dihasilkan dari tanda ini kemudian
dapat dianalisis.5
Awal penggunaan sidik jari DNA dalam sengketa hukum, terutama untuk membantu
memecahkan kejahatan dan menentukan ayah. Teknik ini memang menantang, namun, lebih
dari kekhawatiran tentang kontaminasi sampel, prosedur persiapan rusak, dan interpretasi
yang keliru dari hasil. Upaya yang dilakukan untuk meningkatkan kehandalan, dan hari ini
teknik ini telah disempurnakan melalui penggunaan probe lebih spesifik dan lebih-sensitif

Fakultas Kedokteran UKRIDA Jakarta 2012

Jl. Arjuna Utara No. 6 Jakarta Barat 11510 10
dan membran blotting baik. Telah diakui bahwa DNA sidik jari, mirip dengan DNA lain-
analisis teknik, dibatasi oleh kualitas sampel yang diperoleh. Sampel DNA yang rusak atau
postmortem dikumpulkan biasanya menghasilkan kurang dapat diandalkan dibandingkan
hasil sampel yang diperoleh dari individu yang hidup.5
Jika hanya sejumlah kecil DNA yang tersedia untuk sidik jari, rantai polimerase
reaksi (PCR) dapat digunakan untuk membuat ribuan salinan segmen DNA. PCR merupakan
prosedur otomatis yang primer oligonukleotida tertentu digunakan berulang kali
menduplikasi segmen tertentu dari DNA. Setelah jumlah yang cukup DNA telah diproduksi,
urutan yang tepat dari pasang nukleotida dalam segmen DNA dapat ditentukan dengan
menggunakan salah satu metode sekuensing biomolekuler beberapa. Peralatan otomatis telah
sangat meningkatkan kecepatan sekuensing DNA dan telah tersedia banyak aplikasi praktis
baru, termasuk penentuan segmen gen yang menyebabkan penyakit genetik, pemetaan genom
manusia, tahan kekeringan tanaman rekayasa, dan memproduksi obat-obatan biologis dari
bakteri diubah secara genetik.5

Penutup
Kesimpulan dari makalah ini adalah bahwa penelusuran hubungan keluarga (dalam
hal ini ibu dan anak) dapat dilakukan dengan memanfaatkan teknologi DNA, yakni dengan
penyidikjarian DNA. Lebih lanjut, DNA yang terdapat dalam sidik jari pihak yang
bersangkutan akan diperiksa diperbanyak dengan PCR kemudian akan menghasilkan pola
DNA yang dapat dibaca pada gel elektroforesis. Pola yang terbaca kelak akan menentukan
apakah benar antara pihak yang bersangkutan terdapat hubungan keluarga.

Daftar Pustaka
1. Campbell NA. Biology. 5th ed. California: Benjamin Cummings; 2002. p.257-8.
2. Phenotype and Genotype. [Cited 2013 Jan 5]. Available from URL:
http://www.brooklyn.cuny.edu/bc/ahp/BioInfo/SD.Geno.HP.html
3. Genetika : Hukum Mendel. [Cited 2013 Jan 5]. Available from URL:
http://biologimediacentre.com/genetika-hukum-mendel/
4. Alberts B, Johnson A, Lewis J, et al. Molecular Biology of the Cell. 4th edition. New
York: Garland Science; 2002.
5. Read, MM (ed). Focus on DNA Fingerprinting Research. New York: Nova Science
Publisher; 2006. p. 99-103.

Fakultas Kedokteran UKRIDA Jakarta 2012

Jl. Arjuna Utara No. 6 Jakarta Barat 11510 11