Anda di halaman 1dari 3

TUGAS UAS

MATA KULIAH BIOINFORMATIKA

TOPIK 2 APLIKASI METAGENOMIC DALAM BIDANG KEDOKTERAN

Dosen : Dr.rer.nat.Tri Yudani MR, MAppSc

Oleh:
Yulinar Risky Karaman
166070100111004

PROGRAM MAGISTER ILMU BIOMEDIK


FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
2017
Review Jurnal
Metagenomic analysis of the microbial community in kefir grains
Ufuk Nalbantoglu a,1, Atilla Cakar b,1, Haluk Dogan c,1, Neslihan Abaci b, Duran
Ustek b, Khalid Sayood a, Handan Can c,*

Pendahuluan
Metagenomika adalah suatu ilmu yang mempelajari metagenom yaitu seluruh DNA
dari suatu ekosistem secara lengkap (bukan hanya dari satu organisme saja), misalnya
segenggam tanah, sepuluh mililiter air laut, atau isi perut manusia. Dengan membaca seluruh
cetak biru genetik dari seluruh spesies organisme yang ada pada suatu ekosistem, dapat
diketahui jenis-jenis organisme (mikroba) apa saja yang terdapat dalam ekosistem mikro
tersebut, serta interaksi yang terjadi di dalamnya. Informasi cetak biru genetik yang
dihasilkan akan membantu ilmuwan dalam memperkirakan nutrisi apa saja yang diperlukan
oleh organisme sumber DNA tersebut untuk bertahan hidup. Sebagai hasilnya, mikroba yang
sebelumnya tidak berhasil dibiakkan, dapat dibiakkan untuk selanjutnya diisolasi dan
diperbanyak dalam laboratorium. Ketika seluruh gen dalam suatu organisme yang berhasil
dibiakkan telah diketahui, maka dengan teknologi DNA/gen chips akan mudah diketahui gen
mana yang aktif atau tidak ketika diberikan stres pada lingkungan yang berbeda.
Kefir merupakan produk susu fermentasi yang dapat dibuat dari bahan baku susu sapi,
susu kambing atau susu domba dengan menambahkan bibit kefir (kefir grains). Kefir grains
merupakan granula tak beraturan seukuran biji gandum dengan diameter 2-3 mm yang
berwarna keputih-putihan atau kekuningan (Wood, 1998). Banyak mikroorganisme yang
terdapat dalam kefir grains diantaranya adalah Bakteri Asam Laktat (BAL) dan khamir antara
lain Lactobacillus lactis dan Lactobacillus kefirgranum yang berperan membentuk asam
laktat, Lactobacillus kefiranofaciens berfungsi pada proses penggumpalan, Leuconostoc
penghasil senyawa diasetil dan Candida kefir yang membentuk etanol dan CO2 (Susilorini
dan Sawitri, 2005). BAL dalam kefir bermanfaat sebagai probiotik penghasil senyawa
antimikroba seperti bakteriosin, hydrogen peroksida dan berbagai senyawa seperti antibiotik
yang menekan pertumbuhan bakteri penyebab penyakit saluran pencernaan, meningkatkan
fungsi pencernaan dan penyerapan nutrisi makanan serta membantu memperlancar BAB
(Bahar, 2008).
Kefir merupakan makanan yang dapat disebut bahan pangan fungsional karena fungsi
kesehatan kemampuan untuk mencegah beberapa penyakit. Kualitas dari kefir sangat
tergantung dari Kefir grain yang digunakan, dan telah dilakukan penelitian untuk
mengidentifikasi komunitas bakteri dan mikroorganisme lain yang terdapat pada kefir grain.
Hal tersebut dilakukan untuk mengetahui diversitas mikroba yang terdapat pada kultur kefir
grain sehingga dapat dilakukan tindakan lebih jauh agar kefir grain dapat ditingkatkan
kualitas dan fungsinya. Pada penelitian ini dilaukan identifikasi secara metagenomic yaitu
dengan menggunakan whole genome shotgun pyrosequencing pada dua jenis kefir grains. Hal
tersebut dilakukan berdasarkan penelitan sebelumnya yang melakukan identifikasi pada kefir
grain dengan metode berbasis PCR dan sequencing gen 16s rRNA memiliki beberapa
kertebatasan diantaranya adalah tidak dapat menggambarkan komunitas total mikroba pada
kefir grain, sehingga menimbulkan hasil yang bias pada beberapa identifikasi. Keterbatasan
tersebut berakibat pada tidak teridentifikasinya separuh dari DNA mikroba yang terdapat
pada kefir grain.

Bahar, B. 2008. Kefir. Minuman Susu


Fermentasi dengan Segudang
Khasiat Untuk Kesehatan. P.T.
Gramedia Pustaka Utama,
Jakarta.
Wood, B.J.B.1998. Microbiology of
Fermented Foods. Blackie
Academic and Profesional
London. Elsevier Applied
Science Publishing, New
York.